吴汝纶以古文老师而信仰西医最深，于中医则极端诋斥不遗余力。其见于尺牍等者，有如下列：
手示尊体自去冬十月起疾，今五月中尚未平，殊为系念。吾兄体素强健，何以如此？此殆为服药所误。今西医盛行，理凿而法简捷，自非劳瘵痼疾，决无延久不瘥之事，而朋好间至今仍多坚信中国含混医术，安其所习，毁所不见，宁为中医所误，不肯一试西医，殊可悼叹。执事久客上海，宜其耳目开拓，不迷所行，奈何愿久留病魔，不一往问西医耶？岂至今不能化其故见耶？千金之躯，委之庸医之手，通人岂宜如此？试俯纳鄙说，后有微恙，一问西医，方知吾言不谬。（辛卯六月晦日《答萧敬甫》）
今侄还京后，想益调摄强固。是否尚服西药？每恨执事文学精进而医学近庸，但守越人安越之见，不知近日五洲医药之盛，视吾中国含混谬误之旧说，早已一钱不值。近今西医书之译刻者不少，执事曾不一寓目，颛颛焉惟《素问》、《灵枢》、《伤寒》、《金匮》、《千金》、《外台》等编，横亘于胸而不能去，何不求精进若是？平心察之，凡所谓阴阳五行之说果有把握乎？用寸口脉候视五脏果明确乎？《本草》药性果已考验不妄乎？五行分配五脏果不错谬乎？人死生亦大矣，果可以游移不自信之术尝试否乎？以上所言，吾将斫树以收穷庞，未可以客气游词争胜，愿闻所以应敌之说！（癸巳三月二十五日《与吴李白》）
绂臣灾病应退，某岂敢贪天之功？但平日灼知中医之不足恃，自《灵枢》、《素问》而已然，至《铜人图》则尤不足据，《本草》论药又皆不知而强言，不如西医考核脏腑血脉，的的有据，推论病形，绝无影响之谈，其药品又多化学家所定，百用百效，而惜中国读书仕宦之家安其所习，毁所不见，其用医术为生计者又惟恐西医一行则已顿失大利，以此朋党排摈，而不知其误人至死者不可胜数也。今绂臣用西医收效，自此京城及畿南士大夫庶渐知西术之不谬，不至抱疾忌医，或者中上庸医杀人之毒其稍弛乎。（丁酉正月二十一日《答王合之》）
中医之不如西医，若贲育之与童子。来书谓仲景所论三阳三阴强分名目，最为卓识。六经之说仲景前已有，仲景从旧而名之耳。其书见何病状与何方药，全不以六经为重，不问可也。西人之讥仲景，则五淋中所谓气淋者实无此病，又所谓气行脉外者实无此理，而走于支饮留饮等病，亦疑其未是。此殆亦仲景以前已有之常谈，未必仲景创为之也。盖自《史记·仓公扁鹊传》已未尽得其实，况《千金》、《外台》乎？又况宋以后道听途说之书乎？故河间、丹溪、东垣、景岳诸书，尽可付之一炬。执事谓其各有独到，窃以为过矣。（二月十日《答王合之》）
前书言柯病新愈而咳嗽未已，近来如何？又言中西医皆不用，此似是而非。中药不足恃，不用宜也。若不用西药，则坐不知西医之操术何如，仍中学在胸不能拔弃耳。实则医学一道，中学万不可用，郑康成之学尤不可用。中医之谬说五脏，康成误之也。咳嗽一小疾，然可以误大事。中医无治咳嗽之药，亦不知咳嗽之所关为至重，此皆非明于西医者不能自养。（三月二十三《与廉惠卿》）
医学西人精绝。读过西书，乃知吾国医家殆自古妄说。（十一月十七日《答何豹臣》）
闻目疾今年稍加，深为悬系。又闻近服中药，医者侈言服百剂当服复旧观，前属张楚航等传语，倘已服百剂，其言不效，则幸勿再服，缘中医所称阴阳五行等说绝与病家无关，此尚是公理，至以目疾为肝肾二经，则相去千里。吾料公今所服药大率皆治肝补肾之品，即令肝肾皆治，要于目光不相涉也。况中药所谓治肝补肾者，实亦不能损益于肝肾也乎？然且劝公勿久服者，中药性质言人人殊，彼其所云补者不补，其所云泄者不泄，乃别有偏弊，而本草家又不能知，特相率承用，而几幸其获效，往往病未除而药患又深，此不可不慎防者。尊甫先生不甚通西医之说，其于中医似颇涉猎，尝抄撮经验良方，令我传钞。今若语以中药之无用，必不见信，然目疾所谓一痛耳，若因药而致他病，则全体之患矣。此不可以尝试者也！（戊戌十二月四日《与贺松坡》）
汝堂上属买燕菜鹿茸等物，一时无人携带。自西医研精物理，知燕菜全无益处，鹿茸则树生之阿磨利亚及骆驼粪中所提之阿磨利亚皆与茸功力相等，而价贱百倍，何必仍用此等贵物乎？西医不但不用鹿茸，亦并不用阿磨利亚者，为其补力小也。汝平日不考西书，仍以鹿茸为补养之品，何其谬耶！（己亥五月二十四日《与千里》）
令四弟如系肺疾，应就西医，并宜移居海滨，借海风所涵碘质以补益肺家，服麦精鱼油以调养肺体，仍戒勿用心，勿受外感。此病甚不易治，中医不解，亦无征效之药。其云可治，乃隔膜之谈。若西医用症细心审听，决为可治，乃足信耳。（九月二十日《与廉惠卿》）
前初见文部大臣菊池君，即劝兴医学。昨外务大臣小村君亦谆谆言医学为开化至要。且云他政均宜独立，惟医学则必取资西人，且与西人往来论医，彼此联络，新学因之进步，取效实大等语。是晚医学家开同仁会款待毓将军及弟等，长冈子爵、近卫公爵、石黑男爵皆有演说，皆望中国明习西医，意至恳至。东京医家集会者近百人，可谓盛会。而弟所心服者，尤在法医。法医者，检视生死伤病以出入囚罪，近年问刑衙门获益尤多，吾国所凭《洗冤录》仵作等，直儿戏耳。恐议者以医为无甚关系，故具书此间所闻，以备张尚书采择。（壬寅六月十日《与李亦元》）
敝国医学之坏，仍是坏于儒家，缘敝国古来医书列在《汉书·艺文志》者皆已亡佚，今所传虽经《素问》大抵皆是伪书，其五脏部位皆是错乱。其所以错乱之故，缘敝国汉朝有古文、今文两家之学，古文家皆是名儒，今文则是利禄之士，古文家言五脏合于今日西医，今文家言五脏则创为左肝右肺等邪说。及汉末，郑康成本是古文家学，独其论五脏乃反取今文，自此以后近二千年，尽用今文五脏之说，则郑康成一言不慎，贻祸遂至无穷，其咎不小。敝国名医以张仲景、孙思邈为最善。仲景《伤寒》所称十二经，今西医解剖考验实无此十二经路。苏东坡论医专重孙思邈，今观《千金方》所论五脏亦皆今文之说。此敝国医道所以不振之由也。（《同仁会欢迎会答辞》）
犬孙目疾，若中药虽可见效，吾不主用，缘中药难恃，恐贪其效而忽其敝。中医不能深明药力之长短。孙儿障翳苟不碍瞳人，即可置之不问，久亦自退，较胜于用不甚知之药。观西医不见病不肯给药，则知中国欲以一药医百人，其术甚妄也。（辛丑二月二十七日《谕儿书》）
汝纶于西医之极口推崇，于中医之一笔抹杀，其态度可以概见。光绪二十年（癸卯）卒于里（桐城），其所聘学堂教习日本人早川新次以报丧书寄其本国，中述延美医治疗事，谓：“正月九日下午，突有先生之侄某，遣使送书，报先生病状，且言先生不信汉医，专望西医之诊视，乞伴美国医偕来。小生不敢暇，即与美医交涉。十日晨发安庆，夜半到吴氏宅。直抵病床询问，见其容态已非现世之人，惊其病势之急激，知非等闲之病。亲戚辈具述疝气之亢进，腹部膨胀如石，热度高，美医不能确定病名，小生疑为肠膜炎也。是夜及次日，美医种种治疗，病势益恶。先生自觉难起……小生酬知己之恩，正在此时，与美医议良策，奈传教兼通医术之人内科非所长。先生病势益恶，至十二日早朝呼吸全绝……先生于卫生医术，生平注意……今兹之病，斥一切汉医不用，辩汉医之不足信，特由安庆奉迎西医。闻生等一行到宅，甚为欣喜，岂料美医毫无效验。美医云：‘若在上海或日本，得与他医协议良法。’小生亦觉此地有日本医士一人，或可奏功。遗憾何极！”盖笃行其志，到死不肯一试中医也。壬寅在日本考察学制时，西历七月七日《日本新闻》云：“先生昨日乍前往观医科大学，于本学附属医院见割胃癌病者，由近藤教授执刀破腹部，切割胃管，通胶皮管于下，以进饮食。先生观此大手术，颜色不变，晏然省察焉。”又六月二十二日云：“君……聘医亦好西医。李鸿章尝戏谓曰：‘吾与执事笃信西医，可谓上智不移者，余人皆下愚不移者也！’”汝纶师事鸿章，其笃信西医之由来，殆即受教于鸿章。至观破割大手术而神色夷然，亦缘信之既深，故无疑诧之感耳。（民国二十三年）