女娲与伏羲的关系是兄妹而兼夫妇，但在秦以前的典籍中，却没有这项记载。《路史·后纪二》注引《风俗通义》说：“女娲，伏希（羲）之妹。”这才确定了他们的兄妹关系。唐卢仝《与马异结交诗》说：“女娲本是伏羲妇。”又确定了他们的夫妇关系。其实从现代所发掘出的汉代石刻画像与砖画中，作人首蛇身以夫妇姿态出现的伏羲女娲画像是常见不鲜的。他们上身通作人形，穿袍子，戴冠帽；下身则是蛇躯，两尾相交，紧紧缠绕。两人的脸面，或正向，或背向。男的手拿曲尺，女的手握圆规。或是男的手捧太阳，太阳里面有一只金乌；女的手捧月亮，月亮里面有一只蟾蜍。有的画像还饰以云景，中间有生翅膀的人首蛇身的天使翱翔。有的画像还在当中着一天真烂漫的小儿，手拉两人的衣袖，双足卷走，状似飞腾，给我们呈现了一幅非常美妙的家庭行乐图。
不但石刻画像和砖画是如此，就是斯坦因在隋高昌故址阿斯塔那发掘出土的绢画也是如此。往上推则汉代初年所画的壁画也早就如此了。壁画如今已不可见，但从东汉王延寿（《楚辞》编辑并注释者王逸的儿子）《鲁灵光殿赋》“伏羲鳞身、女娲蛇躯”二语可以推想而知。灵光殿是汉景帝（公元前156年—前143年）的儿子鲁恭王的建筑物，到汉末王延寿游鲁见到此殿的壁画而作赋时，时间已经过将近三百年了。汉代初年即有伏羲女娲壁画，可见传说渊源之古。
但关于他们以兄妹结婚再造人类的神话，直到唐末李冗的《独异志》才有正式记录：
昔宇宙初开之时，有女娲兄妹二人，在昆仑山，而天下未有人民。议以为夫妻，又自羞耻。兄即与妹上昆仑山，咒曰：“天若遣我二人为夫妻，而烟悉合；若不，使烟散。”于烟即合。其妹即来就兄。乃结草为扇，以障其面。今时取妇执扇，象其事也。
这就是《独异志》的简单记录。这个记录虽然简单，却是非常可贵。第一，它证明了如今流传在西南地区少数民族如苗、瑶等中的伏羲女娲兄妹结婚神话，早在千多年前的汉族地区已有流传，说明二者是同出一源的。第二，神话称“女娲兄妹”，说明是以女娲为中心的，还保存着原始社会母权制时期思想意识的残余；现在则无论汉、苗的民间传说，多已转到伏羲这方面来，说明已经经过从母权制到父权制的演变了。
不过这个简单的记录仍有一些缺点。头一个缺点就是漏掉了洪水的情节。女娲伏羲本是洪水遗民，后来兄妹结婚，乃是为了再造人类。但从这个记录中，女娲兄妹仿佛是当“宇宙初开之时”突然出现似的。既然是突然出现，他们的“兄妹”关系又从何而来呢？既然是“天下未有人民”而创造人民，那就是责无旁贷，又何“羞耻”之可言呢？第二个缺点是神话所写“结草为扇、以障其面”情节，应当完全是附会封建社会礼俗习惯的产物，不是神话本身所应有的。从整个神话看，记录者的目的大约也只在于说明“今时取妇执扇”这个风习的由来，神话在这个框子里因而被简单化和被歪曲了。
唐末道士杜光庭《录异记》卷八说：“陈州为太昊之墟，东关城内有伏羲女娲庙。东关外有伏羲墓，以铁锢之，时人谓之翁婆墓。”又说：“房州上庸界，有伏羲女娲庙，云是抟土为人民之所，古迹在焉。又华陕界黄河中，有小洲岛，云是女娲墓。”和李冗《独异志》所记“女娲兄妹”结婚神话相印证，知此一神话在晚唐时期已普遍流传在民间，因而才有他们的祠墓及有关他们的传说等。
流传在如今西南地区苗、瑶等少数民族中的伏羲女娲神话，情节大同小异，其中一则大致是这样的：
兄妹的父亲因争财产和天上他的兄弟雷公结怨，雷公前来报仇，被捉住，囚禁在铁笼里。父亲上街买盐，准备腌吃雷公，嘱兄妹好生看守雷公，不许给他水喝。兄妹可怜雷公，给口渴讨水的雷公喝了一点水。雷公得水，忽然轰开铁笼，从笼中飞出。临去，拔牙赠予伏羲兄妹，嘱咐他们赶快种入土中，如遇灾难，可逃入所结果实中躲避。父亲回来，发现雷公已逃，赶紧打造铁船。伏羲兄妹也试将雷公所赠牙种入土，顷刻发芽开花结果，长成一个大葫芦。雷公报仇，发洪水淹灭世间，父亲乘铁船直撞天门，天门不开，洪水退去。父亲和铁船从高空跌落，登时粉身碎骨。伏羲兄妹入葫芦避水，洪水退后，兄妹得以不死。那时世上人全因洪水而淹毙，他俩是人类中仅存的孑遗。他们常攀登天梯，到天庭游玩，因为其时天和地本相距不远。时光荏苒，他们都已长大成人，哥哥便要和妹妹结婚。妹妹起初不肯，经哥哥再三恳求，便答应绕树追赶，能追上便和哥哥结婚。于是围绕着一棵大树，兄妹追赶起来。追了许久，总追不到。哥哥心生一计，忽然转身而走，妹妹便落入哥哥的怀抱。于是二人结婚，成了夫妇。不久，女的产下一个肉球。夫妇觉得奇怪，便将肉球切碎，用纸包裹起来。带着肉球碎块，仍然攀登天梯，去天庭游玩。刚升到半空，一阵大风吹来，纸包破裂，细碎的肉块散落到大地上，都变作了人。落到树叶上的，便姓叶，落在木头上的，便姓木，不论落在什么地方，便拿那个地方东西的名称来当作姓氏。从此世界上又有了人类，伏羲夫妇便成了再造人类的始祖。
伏羲女娲兄妹结婚神话反映了原始社会人类曾经经历的血亲婚配的艰难阶段。闻一多《伏羲考》说，伏羲当作匏 （xī），原本就是葫芦的意思；女娲又称“㚿（páo）娲”，以音求之，实即匏瓜，也是葫芦一类的东西。神话中说二人曾躲进葫芦逃避洪水，葫芦竟成了他们的名称。徐旭生《中国古史的传说时代》第六章说：“有一部分（苗族）传说，说这个男子叫作 Bu－i，女子叫作 Ku－eh。Bu－i 就是伏羲的古音，Ku－eh 同娲字的古音也极相近。Bu 字的原义为祖先，i 是‘一’或‘第一’的意思——Bu－i 就是指最早的祖先。照这样说，苗人最早的祖先就是伏羲、女娲。”我认为两种说法都有意义，足供参考。
伏羲、女娲之为苗族的始祖神，从《山海经·海内经》的一段记叙中已可见到：
有人曰苗民。有神焉，人面蛇身，长如辕，左右有首，衣紫衣，冠旃冠，名曰延维。人主得而飨食之，伯天下。
闻一多《伏羲考》说，这名曰“延维”“人面蛇身”“左右有首”的苗民所奉祀的神，实即交尾的伏羲、女娲，其说甚是。这神，郭璞注中已指明，即《庄子·达生篇》里记叙的齐桓公所见的怪物委蛇，起初把桓公吓得病得要死，等到管仲向他解释清楚：人主见到这怪物有霸天下的希望。桓公的病一下子就好了。闻一多说，“相传伏羲本是‘为百王先首’的帝王，故飨之或见之者可以霸天下。”其说亦是。总而言之，伏羲、女娲在两千多年的古书记载中，已明确证实为苗族所奉祀的神了，实在令人惊异。
从苗、瑶民族所传伏羲、女娲神话中，有三点值得我们注意。一是关于洪水。伏羲、女娲由于逃避洪水灾祸才兄妹结婚再造人类的，因而反映在女娲补天神话中，女娲平息洪水便成了此一神话的中心内容。二是伏羲兄妹的父亲所与斗争的雷公，原是他们的亲族。推论起来，伏羲兄妹自然也当是雷族的后裔。这一点在有关伏羲的古神话中也有所反映。《太平御览》卷七八引《诗含神雾》说：“大迹出雷泽，华胥履之，生伏羲。”而《山海经·海内东经》说：“雷泽中有雷神，鼓其腹而熙（别本‘而熙’作‘则雷’）。”那么华胥所履雷泽的“大迹”，自当是雷神之迹——伏羲是雷神的儿子。三是伏羲兄妹所攀登的天梯，汉民族古神话中也有反映。《海内经》说：“建木……大皞爰过。”就是说伏羲曾攀登天梯建木。关于此，下一节中我们就要讲到。
总之，将西南少数民族所传伏羲、女娲兄妹结婚神话来和古书记载的这一神话互作比较，就可发现两者实出同源，互相沟通：古书记载的某些情节既反映在如今少数民族的口头传述里，如今少数民族口头传述的某些情节也早反映在古书的记载里了。研究起来，是很有兴趣的。