汉高祖原来是很讨厌儒生的，曾把儒生的帽子拿来撒溺。但他做了皇帝，就抬高儒家的政治地位，利用它来统治天下。
秦始皇焚书除《易经》之外，其他经书全烧光了。他的这些作法，连他儿子也不准说反对话。他的大儿子扶苏，曾对秦始皇说：儒生是读圣贤书的，不要杀他们。秦始皇大怒，并把扶苏派到北边去防守匈奴。
前面已经讲过，被杀的儒生主要是孟子一派的。汉时的赵岐即说过：“始皇焚书坑儒，孟子之徒党绝矣！”孟子一派的儒生被杀死了，于是，政治权力落在荀子一派的人手里。丞相李斯，是荀子的学生，秦二世从赵高学《韩非子》。秦亡虽然不能由荀子学派负责，但秦是用韩非的刑名之学的，所以，秦亡与荀子学派是有关系的。秦时本来应该让老百姓休养生息，但秦始皇却大兴土木，造阿房宫，筑万里长城等等，劳民伤财，用刑法强迫老百姓服役，因此引起农民大起义。
汉高祖看到了秦亡的原因。他即位后实行了两条政策，一是统一天下，二是与民休息。天下虽定了，但汉高祖的部将，如韩信、黥布、彭越等都封了王，形成割据局面，刘邦自己管的地方只有 15 郡，其余 25 郡都为各王所割据。高祖的统一政策是消灭异姓王，除了长沙王吴芮、闽越王无诸、南粤王赵佗三个边区与安抚少数民族有关的王外，其余的异姓王，都被高祖先后消灭了。异姓王消灭之后，封自己的子弟为王，这些子弟都很年幼，都奉行朝廷的法令。所以废异姓王为同姓王，这对巩固当时的中央统治是有利的。
与民休息，是采取黄老的政治思想——无为而治。曹参继萧何为相，天天喝酒不治国事，惠帝不满，派人问曹参。曹参说，先王和萧何比陛下和我高明，照旧就是了，何必有什么作为。
儒和墨是战国时的两大显学，汉时墨家衰微，儒是仅存的显学。儒家教义本来是不造反的。孔子的后代孔鲋参加了陈胜、吴广的农民起义，这是因为秦始皇杀儒生。汉高祖看到了这点，因此他尊重儒家。但这是表面的，实际上是任用黄老。
汉高祖即位初期，朝廷没有礼仪，那些和汉高祖一块起义打天下的兄弟，对汉高祖很随便，儒生叔孙通帮助他定了朝仪，臣子见他不敢再胡闹了。汉高祖很高兴地说，今天才知道做皇帝的尊严。他体会到了儒家学派对巩固他的统治有作用，在他死的前一年，便用太牢祭孔子。
汉惠帝废除了秦时的书禁，民间始有儒家经典在传授。汉武帝时更进一步，形成罢黜百家，独尊儒术的局面。在惠帝时，掌权的都是功臣——武臣，所以不重视儒生。到文帝、景帝时，割据的诸侯王的势力大为增长，再用黄老的政治思想统治不了了。景帝时把七个大王国都消灭了，统一工作又进了一步，这样，就要求进一步加强思想上的统一。
武帝提出独尊儒家，罢黜诸子百家。从表面上看，好像是由于董仲舒上疏要独尊儒家，实际上，是由于当时政治上的要求。
经学在当时都是口耳相传的，没有写本（因为除了《易经》之外，其余的经书都被烧光了），因此，只有记忆力强的人才能记得住。在传述过程中，由于记忆不准确或口音听不清等等原因，错误很多。
当时，经书在民间的传述者：田何传《易》，伏生（伏胜）传《书经》。《书经》是古代语言，与汉代语言已相差很远。关于《书经》的传述，有两种说法，一说《书经》是口传的。景帝叫晁错去跟伏生学《书经》，伏生是济南人，而晁错是河南人，口音不同，记错不少。
申培传《诗》，高堂生传《礼》，《春秋》的传者有公羊、穀梁两家。这些书是口传后用隶书写的（隶书等于当时的简笔字），故叫今文经。
汉时，各经都立博士。博士类似于顾问或教授。秦时博士很多，汉初也有博士，但皇帝从来不去问他们，博士是有学问、能通一经的人。伏生传的《书经》立了三家博士：欧阳氏、大夏侯氏、小夏侯氏。《诗经》博士也有三家：鲁诗、齐诗（辕固生）、韩诗（燕人韩婴）。传礼的有三家：大戴、小戴、庆氏。《周礼》，从王莽到太平天国都有很大影响。《周礼》从河间献王出，他收集到了古文书《周礼》。但他所收集到的《周礼》缺了《冬官》篇，他用《考工记》补进去，是为《周礼》。《春秋》，汉初时由邹氏、夹氏所传。《左传》由张苍所传。《公羊》《穀梁》两传都写成书。邹氏、夹氏所传的，后来都丧失了。《左传》由张苍传给贾谊，《春秋》只有《公羊》《穀梁》立博士。
汉朝的博士，数目有多有少，一般是十四人：
《易》博士三：施氏（施雠）、孟氏（孟喜）、梁丘氏（梁丘贺）。
《书》博士三：欧阳（欧阳生）、大夏侯（夏侯胜）、小夏侯（夏侯建）。
《诗》博士三：鲁（申培）、齐（辕固生）、韩（韩婴）。
《春秋》博士二：颜氏（颜安乐）、严氏（严彭祖）。
到汉献帝时，立的博士就更多了。
这许多书都立了博士，但最重要的是《公羊传》。汉武帝特别重视《公羊传》，这是有原因的。一方面，武帝在政治上需要利用孔子的名义来进行自己的统一工作，《公羊》第一句即讲“大一统”。“元年春王正月”，“何言乎王正月？大一统也。”“王正月”，本来并没有别的意义，春秋时，各国历法不同，有建子（以十一月为岁之始）、有建丑（以十二月为岁之始）、有建寅（以正月为岁之始），各不统一。“王正月”，只是说按照周历，以十一月为岁之始，来统一历法。汉武帝则利用这句话，作为政治统一的根据。武帝表面上尊崇儒家，实际上杀人很多，用的是法家的刑名之学。《公羊传》说：“君亲无将，将而必诛。”意思是说，臣子对君父不能有弑逆的念头，如果有的话，就可以把他杀死。这个论点很合乎汉武帝随便杀人的意思。《公羊》传又说“复九世之仇”，这也很合汉武帝借口替高祖复仇而要打匈奴的口味。《公羊》兴起的另一原因，是《公羊》家出了一位大师——董仲舒。董仲舒非常好学，用功读书“三年不窥园”。董仲舒的同学胡母生，把《春秋》经义系统化，由于他们两人的关系，《公羊》成了五经中地位最高的一经。汉武帝独尊儒家，归根到底是尊《公羊》。
今文、古文争得很剧烈。西汉立的十四个博士，都是今文博士，古文一直到王莽时才立博士。今文博士坚决反对古文立博士，也就是反对古文经学成为官学。古文经学的提倡者刘歆，曾写了一篇《移让太常博士书》斥责今文博士。
今、古文之争，实际上是齐、鲁之争。鲁的学风比较朴实保守，接近于孔子的讲法；齐学比较浮夸，好讲阴阳五行。鲁学要把孔子神化，儒学宗教化，一直是看不起齐学。从孟子起，就看不起齐学。他说：“此非君子之言，齐东野人之语也。”又说，齐人只知管仲、晏子，其余一概不知。又如，叔孙通定朝仪，到鲁国去请 30 多个儒生，其中有两人不肯来，并说，你侍候的主人将近七个了。又说，那能随便讲礼，要行百年仁政始能讲礼。叔孙通则笑他们是“鄙儒”，不识时宜，于此可见齐鲁之风的不同。
武帝偏袒今文，喜好《公羊》，曾经叫治《穀梁》的江公与董仲舒辩论。仲舒通五经，善作文；江公“讷于言”（不善说话）；丞相公孙弘也是学《公羊》的。结果，自然董仲舒胜利了。于是江公就不能充当博士。由于江公的失败，穀梁也不得立为官学。
汉武帝的太子（戾太子）原先跟董仲舒学《公羊》，后来他又去学《穀梁》，并且很喜欢《穀梁》传。汉宣帝是戾太子的孙子，他听说自己的祖父喜欢《穀梁》，就去找学《穀梁》的人，找到了荣广、皓星公。两人都是江公的学生。荣广口才很好，与董仲舒的学生眭孟辩论，荣广胜利了。但是还不能立《穀梁》为博士，于是，宣帝去找了十个最聪明的青年人（其中有刘向）学《穀梁》。最后叫他们跟《公羊》家辩论。太子太傅肖望之也站在《穀梁》方面。《公羊》派参加辩论的有严彭祖、尹更始等，双方各五人，结果自然《穀梁》胜利，从此，《穀梁》才立于官学。可见某一学派立于官学是不容易的。
汉人最重师法，师法是不能改的，只准按照老师的样子讲。传《易经》的孟喜，其师为田王孙。孟喜好吹牛，诈称田王孙临死时曾传给他一本讲阴阳灾异的书。他的同学梁丘贺揭露也说，田生死时，送终的是施雠，你那时到东海去了，根本不在侧。宣帝听说他不守师法，就不准他做博士。
汉初儒者没有官做，武帝始用儒生公孙弘为丞相。公孙弘本来是东海的牧猪人，学《公羊》，为人“曲学阿世”。武帝召集全国文士考试，他考第一。官位升得很快，于是人们争着学《公羊》。
武帝时，五经博士教授的学生每一经只有 10 人，全国博士弟子一共只有 50 人。博士弟子可以“复其身”，即可以一辈子不要服徭役。成绩优良的，可以作官。故士人争为博士弟子。汉昭帝时，博士弟子增至 100 人。宣帝时博士弟子增为 200 人。汉元帝时，汉朝已走下坡路了，但因为剥削严重，表面上显得很富庶，故有博士弟子 1000 人。汉成帝时，有人说，孔子一布衣，尚有弟子 3000 人，皇帝不应比孔子少，于是，太学弟子也增为 3000 人。后来由于负担太重，仍降为 1000 人。王莽时，博士弟子一年考试一次，考上甲科，可做郎中；考上乙科，可做太子舍人；考上丙科，可补文学掌故。弟子们虽不得大用，但可求个出身。
汉武帝特别重视《公羊》，因为《公羊》可以与刑名之学配合。《公羊》讲灾异，这也有些好处。因为皇帝很专制，没有人敢批评，可以用灾异来告诫皇帝。灾异家们说，皇帝是天的儿子——天子，皇帝作了坏事，天就现出灾异来告诫了。这也是董仲舒讲灾异的一个动机。所以，他讲得多了，引起了武帝的反感。有一次，辽东高庙火灾，董仲舒又发议论，他写的稿子被主父偃偷去送给武帝。武帝召诸生评论。董仲舒的学生吕步舒不知道是他的老师董仲舒写的，便说是“大愚妄”。于是判董仲舒死刑，后来虽蒙诏赦，但董仲舒从此不敢再讲灾异了。
西汉衰时，用《诗经》治国。宣帝表面上讲儒，实际上是用“刑名”。一天，太子（元帝）对宣帝说，陛下刑罚太甚，宜用儒生。宣帝大怒，说，汉家自有制度，“以霸（刑名）、王（儒）道杂之”，儒家不通时务，是古非今，如何能用？将来乱我汉家制度的一定是你。元帝立，外戚王氏逐渐掌权，不用《公羊》，而用《诗》为教。《诗》提倡温柔敦厚，便于统治者无忌惮地奢侈腐朽。结果，王权下移，外戚专政，直到西汉灭亡。
总的说来，从高帝到文、景，用黄老之术；武帝到宣帝，霸王道杂之；元帝以后至西汉亡，《诗》学盛行，皇帝无权。
西汉末年有两个大问题：一是土地集中，农民流亡，二是农民卖身为奴。土地和奴隶两个问题是相关的，农民没有土地就只好卖身为奴。早在武帝，甚至文帝时，这两大问题即已存在。董仲舒主张限田（名田），即规定占有土地的一个最高限额，但是这个办法实行不了。西汉末年更严重。王莽为了夺取政权，用托古于《周礼》的办法，提出“王田”的主张，即根据《周礼》中关于井田制的说法，把土地收归国有。王莽一举一动都学周公，以《周礼》作为政治改革的根据。《周礼》是古文经，因此便提高古文经的地位。刘歆是王莽的帮手，他写了一封《移让太常博士书》，大骂今文家的博士，遭到博士的激烈反对，博士都罢。大司空上奏，说刘歆反先帝遗法，于是刘歆被贬出去做河内太守。平帝时，古文经由于有王莽的政治力量做后盾，立了五个古文博士，以与今文博士对抗。
光武帝即位，又废古文，提倡今文，要求今文博士讲“谶讳”。谶是托名孔子的预言，纬是解释经书的。光武因为谶纬中有“刘秀当为天子”的话，深信谶纬。但遭到古文家的反对。如古文家桓谭不读“谶纬”，上书极言谶纬妖妄。光武说他“非圣无法”，差点被砍头。当时用人，有的也以谶纬来决定。所以，有个叫尹敏的在整理“谶纬”书时，他便在书的空白地方写了“君缺口，为汉辅”几个字，企图使皇帝重用他。光武帝看出来了，把他大骂一通，但没有处罚他。
古文经是不语怪力乱神的，今文经不同，它专投皇帝之所好。西汉时今文家讲灾异，原来有点限制皇帝暴虐的意思，到东汉时，就变成有灾异要策免三公了。由于东汉时天文学的进步，日蚀也可推算出来，灾异不大好说了，今文学家就改说谶纬。古文家反对谶纬。王充是古文家反对灾异和谶纬的代表。
东汉时，统治阶级内部宗派斗争极为严重。世家大族收集一批贫寒士人，荐他们做个小官小吏。有些人善于做官，可能从小吏上升为公卿。这种贫寒士人称荐举者为恩主，恩主死，要服三年丧。门生故吏成为集团。例如袁绍世代三公，门生故吏遍天下，势力很大。
经学中的派别斗争也很激烈。古文家中出了几位大师，如贾逵、服虔、马融、许慎等。马融对东汉的古文的发展有很大关系。马融是马太后（明帝皇后）的侄子，贵族地位足以保卫他的经师地位。他学问广博，通各经，门下有好几千学生。因此，古文地位就更高了。他的学生郑玄，名望尤高，于是推倒了今文，古文成为独占的了。
今文的衰落有其本身的原因。第一，东汉时不再通过今文经的途径做官，做官是通过征辟之途了。士人学今文经不再那么热心。第二，今文太繁琐，秦延君说《尚书》“尧典”二字，竟达 10 多万字。说“曰若稽古”四字，多至 3 万字。一部经书的章句，多至 100 万字，少的也有几十万字。苦死了学习的人。光武帝自己在学今文时，也吃过这个苦头。他当皇帝后，便令儒臣删五经章句作为太子的课本。桓荣删欧阳氏《书经》，从 40 万字删为 23 万字，桓郁又删为 12 万字。又，张奂删牟氏《尚书章句》45 万字为 9 万字。可见其中绝大部分都是废话。《汉书·艺文志》说：“幼童而守一艺，白首而后能言。”这确是打中了今文的弊病。古文家主张通训诂，通大义，所以没有繁琐的弊病。东汉时，“通人恶烦，羞学章句。”由于今文的繁琐。人们都不愿意学了。
虽然如此，但是，今文经学的势力仍很大。今文经是官学，太学生仍达一万人。各地私人的“精庐”（私立大学），学生多的也达几千人。当时古、今文学都开设私立大学招收学生。此外还有小学称“书馆”。例如王充八岁进书馆，书馆中有学生百余人。王充的故乡上虞，不过是个小地方，竟有学生一百多人，足见当时读书人之多。“书馆”教的是今文经，王充幼时学的是今文，后变成古文派了。
今文经的大师为董仲舒，古文经的大师为郑玄。郑玄通所有的今文、古文各经。郑玄所以能通今、古各经，主要是东汉时造纸术的进步，以及今文章句的删减。因此，郑玄比马融达到的成就更高。马融给古文全部经作了注解，而郑玄则采用了今文的某些说法，甚至某些谶纬家的说法注经。《诗·大雅·生民》关于姜嫄感天而生的说法，这本是出于今文家，郑玄也采用了。郑玄基本上是古文派，但他采用了今文家的一些观点。由于郑玄善于吸取今文派中的某些经说，今文被推倒了。郑学成了天下所崇的儒学。
魏文帝以后，做官的道路是“九品中正”。做官的必须是门阀士族，不须要搞什么今文、古文了。士族最讲究的是礼，礼中最重视的是丧礼。郑玄对丧礼最有研究。郑注三礼最受人重视。这也提高了郑学的地位。
西晋永嘉之乱，博士们保存的章句（讲义）都丢掉了。但古文的注解很简单，所以儒生还记得住，而今文，由于太繁琐，都记不得了。这样，西汉博士所传的今文也就全部消灭了。
一个学派的独尊地位是暂时的，一定会出现和它对立的学派。郑学是讲《左传》的。当时，讲《公羊》的何休与之对立。另一个与郑学对立的是专讲马融之学的王肃。《公羊》在东汉时已不是重要的学问了。《左传》《穀梁》是抑制《公羊》的。何休用 17 年的时间作《公羊解诂》，来为《公羊》辩护，他写了《公羊墨守》《左氏膏育》《穀梁废疾》三篇文章。他所根据的是胡母生的《春秋条例》。他的注解很简单，是《公羊》注解中最好的一种。此书保存至今。
马融的学派为王肃所传，王肃是王朗的儿子。王肃根据马融的学说对古文各经作了注解。王肃敌不过郑学，他造了《圣证论》《孔子家语》《孔丛子》三部假书来反对郑康成。他所以能把郑康成压下去，是由于他的女儿是司马昭的夫人，他是晋武帝司马炎的外祖父，所以他写的东西都立于博士。这样，经学就成了郑、王之争而不是今、古之争了。郑学的政治后台是魏帝曹髦。曹髦帮郑氏博士来反驳王氏博士。后来曹髦被杀，王学是胜利了。但是郑学究比王学高明，东晋时，郑学又压倒了王学。
当郑、王之学在斗争时，有的经学阵地却被别的学派夺去了。首先是《周易》，玄学大师王弼注《周易》。古文只讲训诂，不讲义理。魏晋的玄学，不仅讲训诂，而且讲义理。王弼用玄理说易，故其所注《周易》压倒了以前各学派。杜预注《左传》，范宁注《穀梁》，梅颐作《伪古文尚书》，又一玄学大师何晏注《论语》。这些书出来后，把原来汉学的古文、今文家所作的注解都打倒了，只有《毛诗》、郑注《三礼》及何休的《公羊解诂》仍存在。梅颐的《伪古文尚书》，到清初阎若璩作《古文尚书疏证》，才把它推倒。这些注所以能推倒汉经学家的经注，并不是他们的学问一定比汉经学家高明，主要是由于他们吸取了前人注释中的长处。
魏晋玄学盛行，今文学已是强弩之末。特别是永嘉之乱以后，今文经全部散失（除何休的《公羊解诂》外），古文独存。南北朝通行的就是《毛诗》、郑注《三礼》、杜注《左氏》、范注《穀梁》等，这些都是古文。
南北朝时，大体上南方仍继承魏晋学风，北朝仍继承东汉学风。南方通行的是王注《周易》，杜注《左传》，何注《公羊》；北方通行的则是郑注《周易》，郑注《尚书》，服虔注《左传》。《毛诗》《三礼》则南北都通行郑氏。《隋书·儒林传》说：“南人约简，得其英华；北学深芜，穷其枝叶。”这句话可以作为当时南北学风的概括。
隋唐统一之后，南北的经学的不同，考试取士有困难。唐太宗便叫孔颖达撰《五经正义》。他以“疏不破注”的原则，将南北经学统一起来。从此，儒生记住《正义》，便可考试作官，经学至此也就没有什么发展了。
宋学另开门面，与汉学全然不同。宋学受了佛教的影响。佛教在魏晋南北朝时盛行，引起了儒学的反对。北朝儒者崔浩，与道士寇谦之联合反佛。崔浩在政治上主张恢复周朝的割据局面，五等爵制，保持门阀的特殊地位。后来为鲜卑贵族所杀。他的死，实际上与反佛有关，佛徒与鲜卑贵族联合杀害他。南齐范缜（古文家），他根据古文家的学风写了《神灭论》，击中了佛家的要害。梁武帝帮佛家，把范缜压下去了。宋学兴起的原因之一，是采用儒家的思想去反对佛家。宋学吸取了佛家的佛性说，所谓狗子也有佛性，儒家用来说明人人可以为圣人（人皆可以为尧舜）的思想。佛学成为丰富宋学的养料。宋学有缺点，但反佛是应该肯定的。