随着国民革命的深入，混迹于国民党内的地主、买办、军阀、政客日益惊恐不安，造成国民党左、中、右的分化。斗争主要围绕着应否坚持反帝国主义、反封建军阀、赞成孙中山的三大政策这三个政治纲领进行。以蒋介石为代表的新右派的出现，预示了中国革命的巨大危机。
革命阵营内错综复杂的阶级关系
1924年建立的革命统一阵线，其成分是工人阶级、农民阶级、城市小资产阶级和民族资产阶级。它们之间的关系，瞿秋白在1923年6月《〈新青年〉之新宣言》中指出：“无产阶级在社会关系之中，自然处于革命领袖的地位，”“即使资产阶级的革命亦非劳动阶级之指导，不能成就”，明确提出了无产阶级领导地位问题。同年12月，邓中夏在《中国青年》上著文指出：“工人的群众不论在民主革命或在社会革命中都站在主力的地位……是革命中最勇敢的先锋队。”资产阶级在五卅运动中的动摇软弱表现，为共产党人提供了阶级分析的新认识。在实践的基础上，毛泽东等著名共产党人进行了阶级论的理论创造。1925年12月，毛泽东发表《中国社会各阶级的分析》的重要文章，清楚地区分了敌我友。他指出：“一切勾结帝国主义的军阀、官僚、买办阶级、大地主阶级以及附属于他们的一部分反动知识界，是我们的敌人。工业无产阶级是我们革命的领导力量。一切半无产阶级、小资产阶级，是我们最接近的朋友。那动摇不定的中产阶级，其右翼可能是我们的敌人，其左翼可能是我们的朋友——但我们要时常提防他们，不要让他们扰乱了我们的阵线。”
由于国民党原来组织成分的复杂性，在国共合作的情况下，革命阵营内部出现了错综复杂的情况。
地主阶级是封建制度的物质代表。反帝反封建的新三民主义与封建地主阶级的利益是不相容的。但大革命的统一战线，却在一开始就包含了一部分地主阶级分子，不但有中小地主，还有某些大地主。这是一些“自由派”的大地主。他们不害怕资产阶级的某些口号，如民主、自治，甚至他们自己也使用这些口号，以控制当前新的政治潮流。买办阶级也是大革命的对象，但由于中国被各个帝国主义强国分割瓜分，买办阶级也分别依附于不同的帝国主义主子，而帝国主义之间又是既有一致又相互矛盾的。所以买办势力相互之间为了维护各自的利益，有时会形成激烈冲突。中国的三大财团——江浙财团、天津财团、广东财团对待南方革命势力的态度也就有所不同。封建军阀更是国民革命的直接对头，革命阵营中理应没有他们的地位。但孙中山在历史上已同某些封建军阀结成了特殊的合作关系，一批地方军阀在革命武装中掌握了权力。于是，地主、买办、军阀中的一部分人，先是统一战线的参加者，后来又成了统一战线的掘墓人。这就是大革命发展到一定阶段时出现争夺革命领导权斗争的阶级根源。
国民党内左右派的分化，是当时阶级斗争的必然产物。当时，国民党是中国第一大党。大革命开始时，国民党共拥有15—20万名党员。 国民党是一个复杂的团体。据1924年彭述之、陈潭秋分别发表在《向导》《中国青年》上的两篇文章 的分析，在国民党成员中有工人、农民、手工业者、小商人、知识阶级、工商业家、大商人、银行家、地主，此外还有军人、政客、买办。并指出：从知识阶级以上为被剥削者，以下为剥削者。国民党左中右的分化，就是以此为经济的与阶级的背景。国民党左派代表了工人、农民、小资产阶级的意志，拥护孙中山实行新三民主义，其代表人物为廖仲恺、宋庆龄、何香凝等。国民党右派代表了国民党内的地主、买办、右翼资产阶级党员，他们反对三大政策，主张投靠外国帝国主义。属于中间派的，代表了民族资产阶级和上层小资产阶级，对新三民主义不十分赞成，只因孙中山的态度坚决，左派力量强大，他们也就跟着走，而每当政治气候发生变化时，他们当中就总有一些人动摇出去，加入右翼阵营，胡汉民和蒋介石都是从中派转向右派的。1924年10月，广州商团在帝国主义支持下发动叛乱。主持广东政权的中派领袖举棋不定，蔡和森在《向导》发表《警告中派诸领袖》一文，不指名地批评了国民党领袖的犹豫、动摇，并公开挑明了中派的态度与地位问题。这表明当时左右派争夺领导权斗争已趋激化。在这种背景下，中共中央又决定产业工人尽可能不加入国民党，共产党不要再在组织上帮助国民党发展， 随后，又根据国民党右派不断向共产派和国民党左派进攻的事实，提出了一个新的口号：“与资产阶级争夺领导权”！
廖仲恺被害
廖仲恺被害是国民党左右派斗争尖锐化的表现之一。
廖仲恺，国民党中央常务委员，工人部长，黄埔军校党代表，国民政府财政部长。他是孙中山的主要助手之一，国民党左派著名领袖。他的被害，有深刻的背景。
当时，广东政府财政困难，军需军饷均由各部队自行就地筹集。一些军队虽号称革命军，实为未经改造的旧军阀部队，他们纷纷圈地自封，巧立名目，征收形形色色的捐税，甚至开设赌局，贩卖烟土，聚敛不义之财。廖仲恺坚决拥护孙中山的革命主张，竭力推行维护军事、财政统一的重大措施。著名共产党人罗亦农曾撰文分析，当时广东政权内部，许多人反对军政、财政的统一，反对改组军队，滇军、桂军、闽军自不待言，即使革命因素较多的粤军，“诚心悦意改组者只有李济深和许济，其他如梁鸿楷、李福林、林树巍、莫雄、郑润琦、杨坤如、罗翼群等，不仅不愿改组，且公然表示反对，占据财政机关，包烟包赌，干涉民政，毫无顾忌”，“粤军大部分有五分之四，立于反革命地位以与革命政府相抗，其余之五分之一又多不甚可靠”，“赞成军财两政统一禁烟禁赌改组军队者，以廖仲恺为最力。” 因此大招右派之忌。此为廖仲恺被刺的首要原因。
廖仲恺被害的另一个原因是帝国主义者对失意政客、官僚的策动。由于左派掌握了广东革命政权中的主要职位，“许多右派的官僚政客，得不到做官的欲望”，“如胡毅生、林直勉等都是赋闲。” 胡毅生是胡汉民的堂弟，曾入同盟会。在胡汉民任大本营代理大元帅时，他大肆进行卖官鬻爵的活动。胡汉民因对平定杨刘叛乱态度暧昧而降为外交部长后，胡毅生心怀不满。林直勉曾是孙中山的秘书和国民党中央负责工作人员，因公开反对孙中山联俄联共而被斥责并受到冷落。帝国主义者利用这些失意政客对革命的不满，以大笔金钱通过买办商人出面，在广州沙基设立了一个规模很大的俱乐部，供这批人经常聚集之用，同时资助胡毅生、林直勉等创办《国民新闻》，“专门与政府为难”。
中国共产党和国民党左派对右派的猖獗活动早有警惕，1925年8月初，曾酝酿对反动势力采取行动。11日，中国共产党领导省港罢工工人以“肃清内奸”为口号举行示威，赴国民政府请愿，反对右派，要求解散一切不良军队。
然而，右派抢先采取了行动。1925年8月20日，廖仲恺坐汽车去国民党中央党部开会。车子刚到达中央党部门口，突然从大门里冲出几名刺客，向廖仲恺的座车连开几枪，廖仲恺身受重伤。卫士开枪打伤了一个名叫陈顺的凶手，其余凶手逃逸。廖仲恺立即被送往医院抢救，终因伤重而不幸去世。
廖案发生后，群众十分震惊，坚决要求国民政府追缉凶手及其指使者。国民党中央决定成立廖案特别委员会，由汪精卫、许崇智、蒋介石3人组成，这是一个权力很大的机构，“委员会的权力是受之中政会，不止可以调动军警缉凶，而且可以扩张范围乃至于镇压反动。”同时成立了由朱培德、周恩来、陈公博等9人组成的廖案检察委员会，负责审讯凶犯。但阴谋集团成员胡毅生、朱卓文、魏邦平、林树巍、赵士觐等均已逃走，只捕到梁鸿楷、林直勉等人。在共产党支持下，国民党中央免去许崇智重要部将魏邦平、梁鸿楷、张国桢、杨锦龙、梁士锋、林树巍等人之职，将他们的部队缴械遣散或收编。蒋介石又进而派黄埔学生军包围许崇智的粤军总部，迫使许崇智离开广州，逃往上海。胡汉民因廖案涉嫌，十分惊惶，仓皇避到亲戚家中，旋即被蒋介石软禁。后虽恢复自由，但已名望大损，无法继续留在广州。9月23日，国民党中央政治委员会开会，汪精卫提议，派遣胡汉民去莫斯科“考察”。
廖仲恺被害，是左派一大损失。但因此而逼走了右派领袖胡汉民和在军事上根深蒂固的许崇智，解除了一部分右派军官的军权，“广东政权完全递入左派之手。此一时期，可说是左派执政。”
处理廖案也出现了另一个结果，即蒋介石地位和权力上升。廖案发生前，广东国民政府中掌握实权的四巨头是国民政府主席兼军事委员会主席汪精卫、财政部长廖仲恺、外交部长胡汉民、军事部长许崇智。而此时，一个被杀害，两个被逼走，“四巨头”只剩下了一个汪精卫。许崇智离粤后，他的军队便落到蒋介石手中。从此，蒋介石以国民革命军第一军军长兼广州卫戍司令的身份，成为掌握广东实权的显要人物之一。
反对西山会议派
左派势力在广东的增长，使右派的活动日益困难，因而逐渐向上海、北京转移。如戴季陶因不满于联俄联共，辞去国民党中央常委与宣传部长等职，离粤赴沪。谢持向孙科要了1000元钱后亦去了上海。张继竟上书孙中山：“耻于为伍，请解除党职与党籍”，北上从事反共联络活动。右派势力在“反共产”旗帜下成立了一些小组织，最主要的是1925年2月在北京成立的“国民党同志俱乐部”，国民党中央执行委员石青阳、居正、石瑛、覃振，候补执行委员茅祖权等人都是它的成员。实际领袖为冯自由、彭养光，他们从段祺瑞政府秘密取得资助，进行破坏国民党的活动。此外还有林森、张继、沈定一等人的“辛亥革命同志会”，邹鲁、谢持等人的“民治主义同志会”等。在以上这些人中，冯自由是国民党内的著名老右派，早在国民党“一大”前就坚决反对联俄联共，因达不到目的，就离开广州前往北京，继续从事反对孙中山联共方针的活动，被国民党中央开除党籍。张继曾在孙中山与苏俄代表越飞秘密接触时做了有益的工作，在国民党“一大”后，却走上反对孙中山三大政策的道路，向孙中山提出分共，遭到孙中山斥责。邹鲁与林森在广州从事反对三大政策的活动，1925年9月，国民政府在处理廖仲恺被刺案的过程中，决定派他们以外交代表名义去上海、北京等地宣传国民政府外交政策，实际上是不让他们在广州当绊脚石。这是国民党中央当时处理不同政见常用的方法。
林森、邹鲁到达北京后，即策划夺取国民党北京执行部。北京执行部当时由共产党员李大钊、于树德主持。林森等纠集几十名民治主义同志会成员，手执铁手杖，企图冲入北京执行部。那天正逢大批工人集结在执行部内准备出发游行。民治主义同志会的打手们见形势对己不利，未敢下手。
北京当时处在封建军阀的统治中心，这一环境对国民党右派的活动极有利。11月下旬，先后聚集到北京来的右派人物已有林森、居正、覃振、石青阳、石瑛、邵元冲、叶楚伧、邹鲁（以上为国民党中央执行委员）、谢持、张继（以上为国民党中央监察委员）、沈定一、茅祖权、傅如霖、张知本（以上为国民党中央候补执行委员）等人。他们于23日在西山碧云寺孙中山灵前集会，自称国民党一届四中全会（史称“西山会议”），除以上诸人以外，“吴稚晖署名通电召集西山会议，并于西山会议第一次预备会出席且做主席的” ，戴季陶也赶到北京参与他们的活动，但会议开场前夕，老右派中有人认为戴季陶曾与中共有过关系，因而把他绑架出去并痛打了他一顿，威胁他不准再来，他才被迫离京回沪，但临走仍留下一份书面声明，表示在一定条件下他将同意会议的决议。
西山会议共开会22次。他们作出决议，宣布取消共产党员的国民党党籍，开除谭平山、李大钊、于树德、林祖涵的国民党中央执行委员和毛泽东、瞿秋白、韩麟符、于方舟、张国焘的候补执行委员职务，开除汪精卫的国民党籍6个月。他们在组织上分裂国民党，宣布停止广州的国民党中央执行委员会职权，取消国民党中央政治委员会。选出25人为“中央执行委员”，决定将国民党“中央”设在上海，推居正为“中央”组织部长、戴季陶为宣传部长、叶楚伧为青年部长、茅祖权为妇女部长、沈定一为工人部长、覃振为农人部长、孙科为商人部长、林森为海外部长、石青阳为调查部长。并决定于3月29日召开“国民党第二次全国代表大会”，篡夺上海《民国日报》为“机关报”。
西山会议是一次非法集会。国民党一届中央执行委员会共有成员24人。按国民党党章规定，中央会议至少要有13个正式委员出席才有效，而西山会议“实际只有9个正式委员出席，根本不得谓之中央全体会议，更不得有所决议。” 并且，根据国民党党章，取消中央委员或候补委员的资格和开除其党籍的处分，必须留待国民党全体代表大会决定，几名中央委员根本无权作出决议。
广东的国民党中央认西山会议为非法，决定在广州另行召集一届四中全会并筹备召开第二届全国代表大会。但中共主要领导人认为，西山会议派中也有一些中派人物可以争取，并主张向右派作某些让步，以维持联合北伐的局势。于是由陈独秀、张国焘、蔡和森3人为代表，与西山会议派的孙科、叶楚伧、邵元冲3人在上海苏联领事馆谈判，争取他们回广东，并为此而特地致电国民党中央，推迟国民党“二大”召开的日期，以等待他们去广州开会。
国民党“二大”是在国民党左派和共产党员的积极筹备下召集的。负责实际筹备工作的是汪精卫、谭延闿、谭平山（共产党员）、林祖涵（共产党员）和吴玉章（共产党员）；代表资格审查委员会的5名委员中有共产党员毛泽东、谭平山和林祖涵。1月4日，国民党“二大”正式举行。大会秘书长是吴玉章，出席大会的共产党员数占代表总数256名中的1／3以上。 在“二大”上，林祖涵代表国民党中央执行委员会作关于大会准备工作的报告，董必武作代表资格审查的报告，吴玉章作大会秘书处的工作报告。“其他由共产党担任一连串的报告，其数目之多，令人瞩目。” 据统计，由共产党员担任报告人的，共14人，占报告人总数37人的1／3强。大会对各项报告进行审查。大会主席团指定16名代表审查中央组织部长谭平山的报告，其中10人是共产党员；指定28人审查中央常务报告，其中9—11人为共产党员。以上数字，反映出共产党员在国民党“二大”上发挥了重要作用。
处理西山会议派是“二大”的主要议程。大会决定永远开除邹鲁、谢持党籍；居正、石青阳参加了冯自由的反动团体“同志俱乐部”，石青阳并“勾结军阀，陷害同志”，大会决定开除两人党籍。其他西山会议派分子受到书面警告，限期悔过，否则亦予除名。对戴季陶也发出了“促其猛省，不可再误”的警告。
“二大”以记名投票（在选票上签名或盖章）方式选举了国民党中央领导机构，共选出中央执行委员36名（其中有共产党员李大钊、林伯渠、谭平山、吴玉章、恽代英、杨匏安、于树德等7名）候补中央执行委员24名（其中有共产党员毛泽东、许盨魂、夏曦、韩麟符、董用威〔即董必武〕、邓颖超等6名），中央监察委员12人（其中有共产党员高语罕1名），候补监察委员8人。
二届一中全会选举中央常务委员9名（汪精卫，谭延闿、谭平山、蒋介石、林祖涵、胡汉民、陈公博、甘乃光、杨匏安），其中3人是共产党员。
在中央领导机构中，国民党左派人士占了很大比重。有宋庆龄、何香凝、陈友仁、彭泽民、徐谦等多人。
国民党“二大”本来可以有更多的共产党人和国民党左派进入中央领导机构，但中共中央决定主动让权。张国焘以共产党党团负责人身份向汪精卫表示中共中央并不希望共产党员占据太多名额，因此瞿秋白和他本人的国民党中央执行委员职务可不再连任。于是他们两人的姓名就从国民党二届中央执委候选人名单中删去了。与此相反，中共中央某些领导人设法使国民党右派进入国民党执行委员会。右派领袖胡汉民在廖案审查中被放逐赴苏联后，自充左派，以革命言词迷惑人们，由此受到苏联方面的盛大欢迎。陈独秀也在《向导》撰文称胡为国民党左派。在“二大”上，胡汉民以最高票数当选为国民党中央执行委员，继而又进入中央常委会。“得票结果很难令人相信不是事前经过安排的” 。另一著名右派戴季陶也连任中央执行委员，“主要原因为受到蒋介石的支持” 。蒋介石竭力主张戴季陶必须当选。右派人物占据中央监察委员会的情况依然如故。值得特别提出的是蒋介石由于表现出积极反对西山会议派、批评了戴季陶的文章，以及东征陈炯明取得胜利，提高了他在国民党中央的地位，在会上先后被选为中央执行委员和中央常务委员，不久又被任命为指挥全部武装力量的训练总监。这就为他进一步夺取权力提供了有利条件。
国民党“二大”坚持了反帝国主义、反封建军阀的政治方向，坚持了“一大”所定的联俄、联共、扶助农工的三大政策，反击了右派的进攻，对革命事业起了推动作用。它的缺点是对于从中间派分化出来的一些新右派认识不清，以致留下了革命事业的隐患。
与戴季陶主义的斗争
戴季陶主义的出现，是国民党内左右派斗争加剧的又一表现。它成了国民党右派共同的反革命理论基础。
戴季陶曾追随孙中山从事革命活动，担任过护法军政府法制委员会委员长和大元帅府秘书长等重要职务。他在五四新文化运动中，还翻译介绍过马克思主义的部分著作，与陈独秀有过密切交往。但当孙中山着手改组国民党，决心采取联俄联共扶助农工政策时，戴季陶却对孙中山在政治上的前进表示反对。戴季陶写信给廖仲恺，明白地提出他“根本怀疑”联合共产党方针的正确性，认为“叫共产党参加进来，只能把他们当作酱油或醋，不能把他们当作正菜的。” 戴季陶在国民党“一大”上被选为中央执行委员，接着又当选中央常务委员，并被任命为黄埔军校政治部主任，但他对广东的革命气氛深感不安，经常离粤居沪。孙中山去世后，他开始无所顾忌地反对国共合作。他以孙中山革命思想的理论“正宗”自居，“见着人就痛哭流涕地大讲其‘孙文主义’，上海讲到广东，又从广东讲到上海。” 在他的参与下，1925年4月24日，黄埔军校内的一些右派成立了“孙文主义学会”。这个右派组织后来发展到全国许多地方。5月，戴季陶在国民党中央一届三中全会上提出了一个所谓“建立纯正三民主义”的政治口号。在这前后，他住在上海的“戴季陶办事处”内从事反共理论著述。6、7月间，他的《孙文主义之哲学基础》和《国民革命与中国国民党》两本小册子出笼。这两本小册子在所谓建立“纯正三民主义”的口号下，歪曲、篡改了孙中山的新三民主义学说，被称为“戴季陶主义”。
“戴季陶主义”把孙中山学说歪曲为“仁爱”说，反对阶级斗争。他说孙中山学说“完全是中国的正统思想，就是继承尧舜以至孔孟而中绝的仁义道德的思想”。在中国“不需要取阶级斗争的形式……可以仁爱之心感动资本家，使之尊重工农群众的利益”。戴季陶打着孙中山的旗号，鼓吹“和平中正”“温和中庸”，叫喊“举起你的左手打倒帝国主义，举起你的右手打倒共产党”，以“中庸”的面孔来掩盖其反共的真面目。
反共是戴季陶主义的实质。他说团体具有“排他性”，攻击共产党员以个人身份加入国民党是“CP 的寄生政策”，寄生在大团体中，尽量吸收大团体的营养，使旧的细胞失去生命力。他认为国民党要图生存，就必须排他独立。因此他发起了所谓国民党的“独立运动”。
中国共产党对戴季陶的进攻给予坚决回击。1925年8月，恽代英发表了《读〈孙文主义之哲学基础〉》；9月，陈独秀写了《致戴季陶的一封信》；瞿秋白在同月发表了《中国国民革命与戴季陶主义》；10月，萧楚女撰写的《国民革命与中国共产党》一书出版。在这些重要论著中，他们首先揭露了戴季陶关于仁爱的骗人说教的实质是要工农停止自己的斗争，“听凭上等阶级的恩命和指使。”指出戴季陶口头上主张放弃阶级斗争，而他抛出戴季陶主义这一行动本身，就是对工农进行思想上的阶级斗争。其次他们批判了戴季陶反对国共合作的论调，指出共产党员之所以跨党，是因为国民党的政纲部分地代表工农群众的利益，所以具有合作的基础，污蔑共产党实行寄生政策，是荒谬的，共产党有它堂堂的组织，堂堂的言论机关，堂堂的铁的纪律，共产党有光明磊落的立场，它决不是寄生的。
戴季陶的小册子在国民党内也受到谴责。在北京、广州、武汉等地被烧掉了几万册，连蒋介石也说：“吾侪当鸣鼓而攻之”。事后，戴季陶哀叹说：共产党人对这本小册子下总攻击，是“无足怪的，然而国民党的同志当中……亦复一样对这本小册子下总攻击”，致使戴季陶的同伙们“一半是忍泪吞声，一半是委曲求全。” 1926年1月的国民党“二大”有关决议中，对于戴季陶的“未得中央执行委员会之许可，以个人名义，刊布《国民革命与中国国民党》一书，遂使党内引起纠纷，发生不良影响”，提出了严厉警告，并规定“禁止三年不得作文字” 。
中山舰事件
经过“廖仲恺案”的查处和国民党“二大”的召开，蒋介石在广东已居于高层的领导地位。他企图进一步扩张自己的权力，而面临的最大障碍是苏联顾问、中国共产党和国民党左派。为此，他于1926年3月制造了一起重大阴谋事件——中山舰事件。
关于中山舰事件的原委，在国民党官方出版的书刊中一直蒙着一层迷雾，蒋介石本人也始终秘而不宣。他在事件结束后到黄埔军校发表演说时曾说“我要讲也不能讲，因为太离奇太复杂了”，“今天还有我不忍说的话，只有我个人知道”。这一阴谋事件的主要打手、孙文主义学会头子之一的王柏龄也说：“当中详细惟鄙人与蒋先生二人知之，未得蒋先生许可，我固不敢披露，而蒋先生对学生训话，‘有如果要知道此回事变真相等，我死后，看我的日记。’”
蒋介石发动中山舰事件，是因为对左派势力的发展发生恐惧。1926年2月的国民党“二大”标志着共产党和国民党左派的巨大胜利。鲍罗廷看到广东革命形势很好，就放心地回国述职，将首席顾问一职托付给季山嘉代理。季山嘉是个军人，秉性刚直，缺少鲍罗廷所具有的政治经验，以致与蒋介石发生几次争执。蒋介石对他极为恼火，多次在汪精卫面前诉苦：“苏俄同志疑忌我，侮辱我”，要求汪精卫下令辞退季山嘉，甚至以辞去军事总监及广州卫戍司令对汪精卫进行要挟。据蒋介石多年以后所写的文章记载，汪精卫听了蒋介石的诉苦，非但毫无辞退季山嘉的意思，反而暗示蒋介石离开广州。 蒋介石由此产生一种危机感。汪、蒋之间的这种矛盾，被西山会议派所发觉并加以利用，他们采取尊蒋抑汪的方针，拉蒋介石向右，孤立与打击当时的左派领袖汪精卫。于是，在广州传出谣言，说汪精卫已加入共产党，共产党要绑架蒋介石去俄国。孙文主义学会分子在蒋介石指使下对这些谣言竭力进行播扬，作为发动一场打击共产党的阴谋事件的借口。
3月18日，发生了段祺瑞执政府镇压北京爱国群众的“三一八惨案”。无独有偶，广州的反革命事件也出现了。当晚，三名孙文主义学会分子给当时担任广东国民政府海军局代理局长的李之龙（共产党员）送去一封信，信是黄埔军校驻省城办事处秘书写的，内容大意是：接到军校教育长邓演达的电话通知，校长蒋中正命令海军局派得力兵舰两艘开赴黄埔，听候使用。李之龙接到这一任务后，因另一军舰正在修理，就给中山舰下了命令。19日晨6时，中山舰奉命到达黄埔，向军校报到，但无人接头。中山舰不敢熄火，停留黄埔待命。李之龙见中山舰并无任务，而苏联的一个高级代表团当天要参观中山舰，于是命令中山舰驶回广州。这就是中山舰在这一天中的全部行动。而蒋介石却据此硬说中山舰在没有得到命令的情况下驶向黄埔军校所在地，“无故升火达旦”，图谋反叛，因而在20日凌晨派出孙文主义学会分子将李之龙从床上拖起，蒙上眼睛，进行绑架和囚禁，并宣布广州全城戒严，派出第一军占领海军局和中山舰，扣押在黄埔军校和第一军工作的共产党员50余人，包围广州东山的苏联顾问团住宅和省港罢工委员会，夺了工人纠察队枪支。这就是“中山舰事件”。因为发生在3月20日，所以亦称“三二〇事件”。
国民党新右派这一猖狂的反共行径，激起广大共产党人和国民党左派人士的愤慨。在国民党中央工作的毛泽东和中共广东区委负责人陈延年、周恩来等都主张对蒋介石组织坚决反击，并认为依靠共产党人叶挺所领导的四军独立团和省港罢工工人的力量，完全可以制服蒋介石。但苏联顾问团和中共中央以陈独秀为代表的一些领导人却害怕刺激蒋介石，决定对这一事件采取妥协退让方针。中共中央派张国焘为代表从上海专程赶到广州，对蒋介石进行“亲善访问”，并竭力压服党内主张反击的正确意见。陈独秀接连在《向导》撰文推崇蒋介石，表白共产党不可能有推翻蒋介石的计划。陈独秀写道：“蒋介石是中国民族革命运动中的一个柱石，共产党若不是帝国主义者的工具，决不会采用这种破坏中国革命势力统一的政策。” 6月4日，陈独秀又发表《给蒋介石的一封信》，说“倒蒋必以蒋确有不可挽回的不断的反革命行动为前提，而事实上从建立黄埔军校一直到3月20日，都找不出蒋有一件反革命的行动，如此而欲倒蒋……这是何等反革命！”并对蒋介石说：“如果中国共产党是这样一个反革命的党，你就应该起来打倒他”，“如果是共产党同志中那一个人有这样反革命的阴谋，你就应该枪毙他。” 处心积虑打击共产党的蒋介石，非但没有受到应得的反击，反而备受共产党主要负责人的颂扬，蒋介石的气焰自然更形嚣张。
蒋介石在广州调兵遣将，实施军事政变式的严重行动，竟连军事委员会主席汪精卫也被蒙在鼓里。汪精卫不敢与蒋介石抗争，先是称病在家，接着又弃官出走，“从此以后汪精卫‘失踪’了，国民党左派束手无策。” 以后，国民政府要人们才知道汪精卫已悄悄离开广州，经香港去欧洲。蒋介石“一石二鸟”，既打击了共产党，又打击了国民党左派。在蒋介石压迫下，共产党员从国民革命军第一军和黄埔军校退出，蒋介石完全控制了第一军。4月16日，蒋介石取代汪精卫爬上了军事委员会主席的宝座。他又趁势从党权上进一步发起进攻。5月15日，国民党在广州召开二届二中全会，蒋介石等人提出了以“整理党务”为总题目的四个提案，内容包括：共产党应将加入国民党的共产党员名单交国民党中央保存；共产党员在高级党部任执行委员时，其人数不得超过执行委员总数的1／3；共产党员不得担任国民党中央部长；共产党发给跨党党员的一切训令，应先交国共两党联席会议讨论通过。蒋介石提出的“整理党务案”，严重削弱了共产党在革命统一战线的共同组织——国民党中的地位和作用，许多共产党人认为不能接受，但陈独秀派了张国焘、彭述之来领导出席国民党二届二中全会的中共党团。党团会议讨论了7天，多数人还是反对。“后来张国焘用了非常不正派的办法要大家签字接受。” 这个以限共为宗旨的提案才勉强在共产党的党团会议上被接受。于是，国民党二届二中全会正式通过了“整理党务案”。
二中全会后，国民党中央的人事进行了大幅度调整。在国民党中央任部长的毛泽东、谭平山、林祖涵被迫辞职，蒋介石的亲信纷纷上台执掌要职，“右派的蒋介石占了极大的优势。他把张静江捧出来做中央执委会的主席。” “蒋介石亲自做了组织部长，新设军人部长也是由他兼任。组织部长实际上由陈果夫代理。” 二中全会后不久，蒋介石又担任国民党中央常务委员会主席和国民革命军总司令，集大权于一身。
中山舰事件是蒋介石由中派蜕变为新右派领袖的标志。但因他羽毛未丰，还不能完全脱掉左派的外衣，他还要继续利用共产党，继续借重苏联的影响。于是，他着手了结中山舰事件，下令释放李之龙，处分了王柏龄、欧阳格等几个孙文主义学会头目，“又囚了广州的公安局长吴铁城，接连又迫走广州市长伍梯云。” 他继续大唱“左”倾高调说：“我对于共产同志，亲爱的精神是不言而喻的”，“如果杀共产党，无异他自杀。” 蒋介石就这样仍然以“左倾”面目混迹在革命阵营中。但是他的政治立场已经发生了根本性的变化，“蒋介石在大革命初期，起了一些一般资产阶级代表人物的作用，但在1926年3月20日中山舰事件以后，很快就转到大地主大资产阶级方面。”