袁世凯死后，北洋军阀内部由于派系矛盾出现了权力斗争，握有军权的地方军阀，借“独立”为名，拥兵自重。帝国主义在幕后操纵，使南北军阀的割据混战愈益加剧。以孙中山为代表的资产阶级革命民主派，举起“护法”旗帜，企图依托西南军阀的实力，反对北洋政权，由于没有广大人民的支持和参加，在军阀政客的排挤下，护法”失败。
“府院之争”
袁世凯的垮台，使资本主义列强失去了共同的走狗，于是各自寻找和扶植一部分军阀，充当自己的代理人；军阀集团则分别投靠各个资本主义列强，自成派系，割据称雄。促使中国陷入南北军阀割据的混战局面。
北洋军阀内部，袁世凯的心腹段祺瑞和冯国璋，原已结成两个派系的潜在势力；袁死后，段、冯的矛盾表面化，分裂为直、皖两个派系。
皖系首领段祺瑞（1865—1936），字芝泉，安徽合肥人，毕业于北洋武备学堂炮兵科，后去德国留学。1896年袁世凯小站练兵时，他任炮兵队统带兼随营学堂监督。1912年袁世凯窃国后，历任陆军总长、参谋总长、代国务总理。1916年袁死后，出任国务总理兼陆军总长。以段祺瑞为首领的皖系军阀，势力最大，在日本帝国主义支持下，不仅掌握北洋政府实权，而且控制了安徽、陕西、山东、浙江、福建等省，竭力排斥异己，扩充实力。
直系首领冯国璋（1857—1919），字华甫，直隶河间人，毕业于北洋武备学堂。1896年袁世凯小站练兵时，他任步兵学堂监督兼督操营务处总办。袁世凯出任大总统后，委冯为总统府军事处处长，兼管禁卫军，后调任直隶都督。1913年“二次革命”爆发后，冯以上将军衔领兵南下，就任江苏都督。以冯国璋为首领的直系军阀，是英、美等国的走狗，他们直接控制长江流域的江苏、江西、湖北以及直隶等省，经常联合其他派系，与皖系军阀对抗。
稍后，以张作霖为首领的奉系军阀崛起。张作霖（1875—1928），字雨亭，奉天（今辽宁）海城人，出身农家。甲午战争爆发后加入清军，精于骑击。1896年投身马贼，出没彰武一带，打家劫舍。1903年受清政府招抚。辛亥革命后，他奉调驻沈阳，被授予陆军中将衔，升二十七师师长。1915年，袁世凯复辟帝制时，他竭力劝进，表示对“倡异议者，誓以死当之”，得封子爵。护国战争打响后，他把袁世凯亲信奉天督军段芝贵逼走，迫袁任他为督理奉天军务兼巡按使，夺得奉天军政大权。接着，他又逐步控制吉林、黑龙江，仗着日本的扶持，割据东北三省，成为介于直、皖两系之间的一股举足轻重的军阀势力。
皖、直、奉系，是北洋军阀内三大势力。此外，还有以阎锡山为头目的山西军阀集团，割据徐州一带的“辫子军”张勋等。
西南地区的军阀，主要是滇、桂两系。以唐继尧为头目的滇系军阀，原据云南为主要地盘，护国军兴兵讨袁前，他犹豫观望；护国战争胜利后，却迅速将滇军由两师扩为八师，不但占据云南、贵州，更向四川扩充势力。以陆荣廷为头目的桂系军阀，原据广西为主要地盘。云南组织护国军时，陆以出兵攻滇名义，向袁索得大批饷械；及至帝制垂危，又宣布独立，以“反袁”为名出兵广西，占据广东，并进军湖南。为了维护自己的割据地位，滇、桂两系都投靠英、美等国，与直系较接近，而与皖系军阀对峙。
当时，全国除南方六省外，几乎都处在北洋军阀控制之下。大大小小的军阀，或割据一省称“督军”，或割据一省的某一地区称“镇守使”。大军阀往往网罗小军阀以壮声势，小军阀常常投靠大军阀以求自保。正如毛泽东指出的那样：“辛亥革命后，一切军阀，都爱兵如命，他们都看重了‘有军则有权’的原则。” 凭借自己手中的武力，各派军阀互争地盘，混战不息，并与城乡买办豪绅阶级狼狈为奸，搜刮民脂民膏，占有巨额财富和大量土地。如段祺瑞，除占有大量土地外，又是龙烟煤矿公司和几个机器煤矿的大股东；冯国璋在苏北与张謇合办盐垦公司，占地七十五万亩，在直隶另有金矿三处；张作霖在东北占地一百五十万亩，还拥有煤矿；阎锡山在山西是土皇帝，霸占财产多达三千万。
1916年6月，副总统黎元洪继任大总统。29日，大总统申令，遵行民国元年《临时约法》，继续召集国会；又重新任命段祺瑞为国务总理，兼陆军总长。7月14日，南方各省取消独立，护国军军务院宣告撤销；8月1日，国会在京复会，补选冯国璋为副总统。于是，南北表面上又暂时归于“统一”。段祺瑞在日本的支持下独揽政府大权，视黎元洪为签字盖章的傀儡，并在国会中拉拢研究系政客（即以梁启超、汤化龙为代表的进步党人组成的“宪政研究会”议员），不断向黎元洪施加压力。黎元洪和非皖系军阀，则以英、美两国为后台，拉拢商榷系政客（即以张继、吴景濂为代表的旧国民党议员组成的“宪政商榷会”），对抗段祺瑞。这样，就形成了所谓“府（总统府）院（国务院）之争”。
中国是一个许多资本主义列强互相争夺的半殖民地，“中国内部各派军阀的矛盾和斗争，反映着帝国主义各国的矛盾和斗争。” “府院之争”形式上是中国内部两个政客集团、两派军阀之间的矛盾和斗争，实际上却反映着美、英两国和日本之间的矛盾和斗争。这一斗争，在中国要不要参加第一次世界大战的问题上，尖锐地爆发出来。
1917年2月，德国实行“无限制潜艇战”，击沉了几艘美国商船。美国政府宣布对德国绝交，准备参战，要求中国和它采取一致行动，并提议给中国贷款作参战经费。3月14日，经国会议决后，中国政府也宣布对德国绝交。当时，日、美两国都想操纵中国参战，以加强对中国的控制。日本立即派人与段祺瑞秘密接洽。段祺瑞极力主张参战，并向日本借款。美国见势不妙，便改变主意，唆使副总统冯国璋拒绝参战。国会内黎元洪一派议员也反对参战。显然，“府院之争”焦点不在是否参战，而在谁主持参战，以便掌握借款，扩充实力，吃掉对方。4月，段祺瑞自为主席，由陆军次长傅良佐出面，召集以皖系军阀为主干的十几省督军，在北京开“督军团会议”，胁迫国会和黎元洪，立即宣布对德作战。黎元洪以“军人不能干政”，对督军团大加申斥；傅良佐则在督军会议上叫嚷，“非赶去黎元洪，毫无办法！”
5月10日，国会众议院讨论对德国参战案。段祺瑞重演袁世凯故技，开会之日，“忽有所谓公民请愿团、五族请愿团、北京市民主战请愿团、军政商界请愿团，共约三千余人，由陆军部人员指挥（傅良佐、靳云鹏到场指挥，为当时人所目见），包围众议院，殴辱议员多人，并声言必俟参战案通过才解散。” 议员们十分愤慨，决定停止会议。段祺瑞恼羞成怒，唆使督军团呈请政府解散国会。恰在这时，段祺瑞向日本借款的卖国丑行被揭露，全国人民群起反对。黎元洪感到既有舆论支持，又有部分军阀赞助，5月23日下令免去段祺瑞国务总理兼陆军总长职。段愤而出京赴津，组织反扑。
短命的张勋复辟
段祺瑞到达天津后，立即授意皖系、奉系各省督军闹“独立”。5月29日，安徽督军倪嗣冲，首先在蚌埠宣布“独立”，继起响应者有奉天张作霖、山东张怀芝、陕西陈树藩、山西阎锡山等十省督军。6月初，段祺瑞在天津设独立各省军务总参谋处，剑拔弩张，准备向北京进军。黎元洪一筹莫展，竟于6月1日向张勋求救。结果张勋和段祺瑞演了一幕“清帝复辟”和“再造民国”的双簧戏。
清室复辟活动由来已久。正如末代皇帝溥仪所说，这复辟活动自“颁布退位诏起到伪‘满洲国’成立止，没有一天停顿过。” 被辛亥革命推翻了的清朝皇室，在北京故宫还保存着一个小朝廷。在这个小朝廷周围，麇集着以张勋为头目的一群复辟丑类。张勋（1854—1923），字绍轩，江西奉新人。1895年参加袁世凯小站练兵，1899年随袁世凯在山东屠杀义和团而升至总兵。1902年后多次给光绪皇帝、慈禧太后充当“扈从”，接连升迁。1911年任江南提督，11月江浙起义，他在南京大肆捕杀革命党人，负隅顽抗。12月战败北窜，旋任江苏巡抚、署两江总督兼南洋大臣。清朝帝制被推翻后，为表示忠于清廷，他和他所统率的“定武军”，顽固地在脑后拖着一条发辫，人们称这支怪模怪样的军队为“辫子军”，称张勋为“辫帅”。1913年，“辫子军”奉袁世凯之命镇压“二次革命”，9月攻陷南京。张勋住在两江总督衙门，挂上清朝龙旗，后因纵兵抢掠，误伤外侨，被调回徐州。袁世凯死后，张勋、升允等人以为“人心思旧”，只要捧出废帝溥仪，“立建龙旗，宣言复辟”，必能“薄海远近，望风兴起。” 因此，张勋接到黎元洪要他“即速来京共商国是”的邀请，非常高兴，认为这是带兵北上以图“复辟”的天赐良机。可是，段祺瑞和研究系政客却另有算计，他们是想利用张勋，先赶走黎元洪，解散国会，默许张勋“复辟”，然后借“反复辟”为名，打倒张勋，再握大权。
从1916年6月到1917年5月，张勋纠集各省督军先后四次在徐州开会，策动“复辟”清朝。张勋等人深知，如果离开资本主义列强的支持，就寸步难行，因而到处寻找靠山。德国出于保持在华侵略权益和阻止段祺瑞政府参战的目的，表示愿向张勋提供经费，以及供应枪炮武器，并“承认”复辟后的“帝国新政府”。作为交换条件，“新政府”应恢复对德邦交，严守中立。日本在支持段祺瑞的同时，也援助张勋，这是“黑龙会”特务的惯用伎俩。张勋把十三省督军在徐州会议的誓约派升允送往东京，日本首相寺内正毅看后表示：请勿顾虑，尽可按计划行事。
1917年6月7日，张勋以十三省“盟主”身份，依靠资本主义列强的支持，借“调停”之名，带领三千名“辫子军”自徐州北上。到达天津时，通电威胁黎元洪解散国会。14日进入北京后，又逼黎元洪去职。这时，复辟势力纷纷麇集北京，康有为也剃去胡须，带着为复辟起草的十几道“诏书”，从上海秘密赶到京城。“武圣”张勋和“文圣”康有为，经过一番紧张策划，于7月1日，拥十二岁的废帝溥仪在紫禁城“登极”，演了民国以来第二场复辟丑剧。
复辟的头一天，连下了九道由张勋、康有为等早已拟定的“上谕”。在“即位诏”里，定国名为“大清帝国”，改民国六年为宣统九年，申明凡与东西各国正式签订条约及已付债款合同，―律继续有效。张勋被授以首席内阁议政大臣兼直隶总督、北洋大臣；徐世昌、康有为分授为弼德院正副院长；各省督军一律改为巡抚；其余官制均按宣统初年办理。据老北京人回忆当时北京街上的情形：“那天早晨，警察忽然叫各户悬挂龙旗，居民们没办法，只得用纸糊的旗子来应付”。“前门外有些铺子的生意也大为兴隆。一种是成衣铺，赶制龙旗发卖；一种是估衣铺，清朝袍褂成了刚封了官的遗老们争购的畅销货；另一种是做戏装道具的，纷纷有人去央求用马尾给做假发辫。”
张勋复辟的倒行逆施，激起人民群众的无比愤怒。各地报纸，也都口诛笔伐，痛斥复辟行为。段祺瑞眼见诡计得逞，立即组成“讨逆军”，自任总司令，于7月5日誓师马厂，带兵五万余人，进军北京，讨伐张勋。“辫子军”一触即溃，狼奔豕突。12日，“讨逆军”攻入北京，张勋由两个德国人保护，仓皇逃入荷兰使馆，康有为避往美国使馆，溥仪再次宣布退位。复辟丑剧仅十二天，就完全失败了。
段祺瑞轰走张勋后，以“再造民国”的元勋自居，又一次出任国务总理，兼陆军总长。黎元洪宣布辞职，冯国璋继任大总统。可是，这时冯国璋却徒具虚名，中央政府的实权已全部操在段祺瑞手中。
护法运动
新的段祺瑞内阁是以皖系军阀为核心，加上研究系和新交通系政客的联合内阁。九名阁员中，除陆军、海军总长外，外交、内务、财政、司法、农商、教育各部总长都由研究系担任，梁启超就任财政总长；交通总长则由新交通系曹汝霖出任。段祺瑞大权在握，为了加强自己的统治，急于解决两个问题，即对外参战，对内取消国会与约法。
8月14日，段祺瑞政府在日本怂恿下，正式对德、奥宣战。实际上，段祺瑞对外是“宣而不战”，对内却“战而不宣”。他是借“参战”为名，通过所谓编练“参战军”来扩充皖系实力，以达到杀戮异己、用武力来统一全国的目的。日本之所以乐于提供借款和军火，则是企图利用段祺瑞作走狗，以实现独霸中国的野心。俄国十月革命爆发后，在“共同防敌”的幌子下，日本更想把中国军队变成其附庸和炮灰。新内阁组成不久，段祺瑞就与日本合办“中华汇业银行”，任命陆宗舆为总裁，并经陆宗舆和曹汝霖之手，向日本大借外债。日本方面，代表寺内正毅内阁来华经手公开或秘密借款的，是西原龟三。
“西原借款”的总数，历来众说纷纭。据《中华汇业银行行员抄存本行密件》 统计：从1917年7月21日起，到1918年9月28日止，已经协议成交的借款有十五笔，共计二亿二千二百万日元，另加英镑五十三万六千镑，合计约二亿三四千万日元。此外，还有议而未成的借款，估计有十笔，约二亿九千五百万日元。总计，成交与未成交的借款，达五亿二三千万日元之多。十五笔借款中，标明军事用途的，名义上只有“军械借款”和“参战借款”两笔，其实，各种名目的经济借款以及善后借款，无非假借名义，主要还是用于政府的军政开支。为了取得借款，把军火搞到手，段祺瑞肆意拍卖国家利权，诸如银行、税收、电台、有线电报、金矿、铁矿、船厂、铁路、东三省地租、国有森林等等，都被作为借款的担保或抵押。1918年，日本提出霸占山东各项权利的要求时，段祺瑞政府竟无耻地表示“欣然同意”。致使日本首相寺内正毅在下台后自夸：“借与中国之款，三倍于从前之数，实际上扶植日本在中国之权利，何止十倍于二十一条。”
段祺瑞一面用出卖主权来换取日本的支持，一面又接受梁启超等人的献计，拒绝恢复张勋复辟时期已被抛弃的国会和《临时约法》，准备另行召集由各省督军指派的“临时参议院”，制造一个更能为军阀效劳的政治工具。段祺瑞的专制独裁和武力统一，使亲英、美的西南军阀感到威胁。陆荣廷、唐继尧联合谴责北洋政府解散国会、废弃约法的行径，否认段内阁的合法性，宣布“暂行自主”。于是，南北公开分裂。
1917年7月，当张勋复辟之初，孙中山就在上海寓所召集同志会商，决定通电全国，南下护法，讨伐叛逆。7月6日，孙中山、廖仲恺、朱执信、章炳麟、何香凝等，乘海琛号军舰由上海启程赴广州。17日，孙中山在广州黄埔公园发表演说时，尖锐地指出：民国以来，北洋军阀“执共和国政之人，以假共和之面孔，行真专制之手段”。“故今日变乱，非帝政与民政之争，非新旧潮流之争，非南北意见之争，实真共和与假共和之争。” 24日，更在致陆荣廷的复电中，揭露段祺瑞“以伪共和易真复辟，其名则美，其实尤窳。民国之号虽复，而祸乱之机方始”， 敦促陆荣廷协力护法，恢复国会。
孙中山以恢复民元约法和国会为目的，举起了护法旗帜，与北洋军阀的假共和作斗争。7月21日，原海军总长程璧光发表拥护约法、恢复国会的宣言，率领第一舰队，由吴凇起航赴粤。同时，原国会议员一百五十余人（大部分为商榷系和政学系议员），在7—8月间陆续到达广州。西南军阀由于想利用孙中山的威望，借“护法”之名来对抗段祺瑞的“武力统一”，因而也表示愿意和孙中山“合作”。8月，孙中山在广州召开由南下议员组成的非常国会，议决成立军政府。9月，护法军政府选举孙中山为大元帅，陆荣廷、唐继尧为元帅（陆、唐未宣言就职），建立了与段祺瑞对峙的南方政府。
10月6日，护法战争在湖南开始。孙中山随即以军政府大元帅名义颁布讨伐令，斥责段祺瑞等阳托共和，阴行帝制，号召全国奋起讨伐。
护法战争打响后不久，南北双方内部都出现了矛盾和分裂。黎元洪、段祺瑞分据府、院之时，双方争斗只是以虚击实；冯国璋、段祺瑞分据府、院之时，直皖争斗已是各具实力。10月，段祺瑞对西南各省用兵，派直系军队进入湖南，与护法军在湘南衡山、宝庆一带鏖战。陆荣廷见势不利，派桂系军队援湘对抗。段祺瑞阴谋消耗直系和桂系双方的兵力，坐收渔人之利。直系、桂系原以英、美帝国主义为共同后台，替段祺瑞“武力统一”当炮灰，更非直系头目冯国璋、曹锟、吴佩孚所愿。鉴于此，冯国璋提出“和平统一”的口号，指示进入湖南的直系军队消极怠战，拆皖系“武力统一”的台。11月，直系军队在湖南自动退兵，发表宣言，要求停战；直隶、江苏、湖北、江西等省督军，又联合通电，主张与军政府和平解决。北洋军阀中的直、皖两系，处于尖锐对立，段祺瑞被迫在11月辞去国务总理职。梦想依托北洋军阀实力以改良国家的研究系阁员，如梁启超、汤化龙、范源濂等，也都随之下台。
作为护法军政府名义上的领袖，孙中山有“政府”而无“军队”。盘踞南方的滇、桂军阀和其余政客，打起“护法”旗号，原只是挂羊头卖狗肉；于今则和直系军阀互相勾结，共同排斥坚持革命立场的孙中山。1918年1月20日，西南军阀陆荣廷、唐继尧，伙同非常国会中的政学系头目、旧官僚岑春煊等人，图谋在广州成立所谓“西南自主各省护法联合会”，与孙中山领导的护法军政府对抗。4月下旬，唐继尧密电西南各省，逼孙中山去职。5月20日，西南军阀与反动政客操纵非常国会，悍然改组军政府，废大元帅首领制为总裁合议制，推唐继尧、孙中山、陆荣廷、岑春煊等七人为总裁；后又以岑春煊为主席总裁，而由陆荣廷把持实权。孙中山洞悉其奸，5月4日向非常国会辞大元帅职。21日，孙中山孑然一身，愤而离粤转沪。护法军政府成立还不到一年，已变成滇、桂军阀与政学系共同组成的亲英、美政权，与直系军阀同流合污。护法运动仅有的一点进步性，至此也丧失殆尽。
段祺瑞虽然被迫辞去国务总理职，但仍以“参战督办”名义，指挥皖系军阀搞“武力统一”。1917年12月，段祺瑞唆使皖系督军在天津开会，张作霖也来参加，叫嚷对南方继续用兵。为阻止直系军阀与西南各省合作，段祺瑞及其亲信徐树铮，勾结奉军进驻直隶，既壮自己的声势，又用以威胁冯国璋。1918年3月，冯国璋只得再任段祺瑞为国务总理。段祺瑞重新上台后，“武力统一”的气焰更嚣张，4月，派曹锟、吴佩孚进兵湖南，连克岳州、长沙、衡山、衡阳。但是，攻城略地的吴佩孚，除了后来被授予“孚威将军”空名外，什么好处也没捞到；湖南督军的优缺，被皖系军阀张敬尧占据。于是，曹锟、吴佩孚按兵不动。8月21日，吴佩孚干脆发布通电，请罢内战。“武力统一”的如意算盘打不成了；直、皖两系的争斗，却愈演愈烈。为排挤直系，段祺瑞拨出巨款，派徐树铮收买大批政客，组成“安福系” ，操纵新国会选举。选举结果，安福系在新国会中占最大多数（称安福国会），研究系惨败被弃。1918年9月4日，安福国会另选前清老官僚徐世昌为大总统，把直系头目冯国璋逐出中央。此后，直、皖两系之间，以及直、奉之间，粤、桂之间，军阀混战不息。
“南与北如一丘之貉”
护法运动失败后，孙中山心情十分沉痛。为了维护民主共和，反对军阀统治，孙中山曾经发动“二次革命”，领导护法运动，但每次都归于失败。在护法军政府中，孙中山艰难支撑一年之久，结果“孑然无助，徒为亲厚所痛，仇雠所快，终至于解职以去”。 错误和挫折使孙中山认识到：“吾国之大患，莫大于武人之争雄。南与北如一丘之貉。”不管是西南军阀或者北洋军阀，都是国家的大祸害，“虽号称护法之省，亦莫肯俯首法律及民意之下”。
孙中山把民国元年确立的《临时约法》和国会，看成是民主共和国的象征。但是，列宁早就指出：“如果没有政权，无论什么法律，无论什么选出的机关都等于零。” 几年来，孙中山百折不挠，在坚持民主共和，反对帝制复辟的斗争中，败而不馁，踣而复起。但是，中国的民族资产阶级，已经提不出彻底反帝反封建的政治纲领，组织不起既能团结群众又能进行战斗的革命政党，手里更没有自己的革命军队。护法运动对广大人民群众并没有什么号召力，因为约法也好，国会也好，没有给他们带来任何实际利益，以致民众“闻有毁法者不加怒，闻有护法者亦不加喜”。 而且孙中山把护法的希望寄托于西南军阀身上，败局则是必然的。
护法运动的失败，表明中国资产阶级领导的民主革命已走入绝境。吴玉章深沉地在回忆录中写道：“在当时，军队是统治者私人的财产和工具，军队的活动完全听命于他们的统帅，不知道有国家民族，我们也没有可能去根本改造旧军队，使它成为革命的工具，而只是看到个人的作用，力图争取有实力的统帅。从辛亥革命起，我们为了推翻清朝而迁就袁世凯，后来为了反对北洋军阀而利用西南军阀，再后来为了抵制西南军阀而培植陈炯明，最后陈炯明又叛变了。这样看来，从前的一套革命老办法非改变不可，我们要从头做起。但是我们应该依靠什么力量呢？究竟怎样才能挽救国家的危亡呢？” 中国迫切需要一个资产阶级的民主革命，但历史的行程已经表明，领导这个革命取得彻底胜利的重担，只能由无产阶级及其政党来肩负。