袁世凯就任临时大总统，窃取了辛亥革命的果实。但资产阶级革命党人仍保留着南方各省和十几万军队，在人民群众中有一定的影响。袁世凯在资本主义列强的支持下，积极准备发动内战，消灭民主势力，进而帝制自为。资产阶级革命党人则想仿照西方各国的议会制度，通过公开合法的政党竞争，建立资产阶级民主政治。双方矛盾是尖锐的，斗争是激烈的，终于爆发了战争，这就是孙中山发动和领导的，反对袁世凯独裁统治、维护民主共和制度的“二次革命”。
国民党的成立
孙中山让位给袁世凯，许多下层革命党人和广大人民群众是不满意的，不少人预感到将来还会发生战争。1912年春，山西、陕西的部分革命党人秘密商谈时，皆“谓袁不可靠，终有二次革命之举”， 同时在暗中为此进行各种准备。河南的一些革命党人特地组织了“铁血监督团”，发表声明，称有谁抱野心，弄兵柄，效拿破仑故事者，就用“铁血”来对付。南方省区也相继出现“讨贼”“诛奸”“铁血”“血光”等反袁团体，决心把革命斗争继续下去。
可是，在革命党人的主要领导人当中，对于时局的看法以及所抱的态度，并不完全一致。孙中山在正式解职的当天发表讲话：“今日满清退位，中华民国成立，民族、民权两主义俱达到，惟有民生主义尚未着手，今后吾人所当效力的，即在此事。” 此后，他周游各地，到处发表演说，宣传民生主义，号召革命党人一心一德，从事建设，完成所谓“经济革命”。特别强调，在实业建设中铁路尤为当务之急，表示在十年以内不参与政治，自愿以“在野”的身份筹款六十亿元，修筑二十万里铁路，使中国变成世界上最为富强的国家。1912年9月，孙中山接受袁世凯的委任，担任全国铁路督办，在上海成立全国铁路总公司，计划在各大城市设立分公司，积极准备招股兴筑。黄兴在辞去南京留守府的职务后，同样认为：“吾党从前纯带一种破坏性质，以后当纯带一种建设性质”。 提出今后要发奋经营实业的主张。他非常拥护孙中山的铁路政策，在同年12月初也接受袁世凯的任命，担任督办汉粤川铁路事宜。与这种“功成身退”的做法相反，宋教仁在政治上同袁世凯仍进行着斗争。
宋教仁是一位积极向西方寻求救国真理的革命家。在向西方学习的过程中，当时的各种社会思想几乎都进入他的视野，但他最感兴趣的是议会政治和国家制度。经过长时间的探索，他主张采行民权的立宪政体，具体为法国式的责任内阁制。他认为只要建立了责任内阁，总统政治上的权力很小，虽有野心者，也不得不就范。因此，他满腔热情地参加了根据《临时约法》的基本原则组织起来的唐绍仪内阁，担任非其所素习的农林总长。但由于袁世凯事事独断专行和袁的爪牙从中阻挠，这届内阁一事无成，形同虚设。唐绍仪不得已于6月宣布辞职，宋教仁也随即提出了辞呈。这时，宋教仁尚未想到应立即设法组织政治和军事实力同袁世凯较量，只是感到仅仅组成责任内阁不能保证内部意见的统一，充分显示内阁的力量。因此，当6月28日同盟会再次开会讨论组阁问题时，他进一步提出了组织纯粹政党内阁的主张。
当时，一部分同盟会员、立宪派与旧官僚企图在新政府中能争得一席之地，或为其他政治目的，纷纷组织公开的政党或政治团体，致使各种各样的政团纷纷涌现。在武昌起义不久就散布“革命军起，革命党消”的章太炎，公然与同盟会分离，组织了中华民国联合会。不久，章太炎将中华民国联合会进行改组，与张謇等人联合组成以江浙人士为中心的统一党。接着统一党又联合一些党派组成共和党。共和党在北京临时参议院中占有四十余席，与同样占有四十余席的同盟会相对抗。
决心实行纯粹政党责任内阁制的宋教仁，从事政党活动也极努力。他对同盟会的状况不满。宣称：“惟同盟会分子复杂，本非政党组织，前此勉强改为政党，原非余之本意。” 宋教仁所怀的本意是，选择同盟会中的稳健分子，结为政党，改变名称，与同盟会分离。5月初共和党组成后，事事处处与同盟会为难。这使宋教仁更感到应组织一个大党，以便在国会中造成多数党的声势，已刻不容缓了。
7月16日，同盟会本部在宋教仁的主持下召开全体大会，讨论同盟会改组的意见。后来终于决定吸收几个小党，改组同盟会，以“国民党”作为这个新党的名称，并通过了五条政纲：（1）保持政治统一；（2）发展地方自治；（3）厉行种族同化；（4）采用民生政策；（5）维持国际和平。
国民党领袖宋教仁
8月25日，国民党在北京湖广会馆举行成立大会，孙中山参加大会。大会选举孙中山、黄兴、宋教仁等九人为理事。9月3日，黄兴和宋教仁等七个理事函推孙中山为理事长。孙中山因忙于筹办铁路事宜，又委托宋教仁为代理理事长。
国民党成立后，宋教仁满怀喜悦地写信告诉海外的同盟会员：“自斯而后，民国政党，唯我独大，共和党虽横，其能与我争乎？” 其实，比起同盟会来，国民党的组织是扩大了，但其革命精神已大为减色。它抛弃了同盟会秘密活动时期的“平均地权”纲领，取消了同盟会公开以后的“男女平权”主张，把“力谋国际平等”改为“维持国际和平”，失去了积极斗争的意义。同时，随着形势的发展，原来的一部分同盟会员已变成官僚政客，宋教仁和黄兴等为了扩大国民党的声势，又兼容并蓄地把社会上的一批官僚政客拉入党内，从而使党的成分更加复杂。这样就大大削弱了国民党的实际战斗力。
宋教仁被刺
权欲和野心极大的袁世凯，决不愿意充当一个受法律约束的总统。他登上了临时大总统的高位，就把《临时约法》践踏在脚下，利用权势地位，向全国接二连三地发布军令和政令，要各军一定服从中央，要全国听从他的指挥。他迫使黄兴把南京留守府统率下的赣军、浙军、桂军、粤军等将近三十万兵力，几乎全部遣散；而其自己的嫡系武装北洋军队却大肆扩充。此外，又极力维护资本主义列强在中国的侵略利益，以换取对他的承认和支持。然而，在全国人民面前，他却装腔作势地邀请孙中山和黄兴晋京“面商国事”，对孙中山提出的各种建议频频点头称是，甚至高呼“孙中山先生万岁”的口号，把自己打扮成一个豁达大度的政治家和共和制度的积极拥护者。
袁世凯要实行专制独裁，对于任何有抱负、有才望的政治家，都容纳不下。所以，他除了蒙骗孙中山和黄兴以外，对宋教仁也大费心思。宋教仁是国民党的灵魂，政治能量很大，手腕也较灵活。正是因为这样，袁世凯对宋教仁很不放心，总想把他控制在自己手中，最低限度也要使他无法妨碍自己的独裁统治。因此，他对宋教仁百般笼络，说了许多赞许的话。当宋教仁提出辞职以后，袁世凯又一再进行挽留，甚至放出烟幕，称自己有意要让宋教仁出任国务总理，继陆征祥之后组阁。
宋教仁对袁世凯并没有任何好感，他决心为实现自己的政治理想而努力奋斗。1912年10月18日，他离开北京南下，去南方布置各省为正式国会的选举事宜。袁世凯赠以五十万元的交通银行支票，他如数退还，拒绝收受。袁世凯知道宋教仁非高官厚禄所能收买，就起了暗杀的念头。他密令心腹赵秉钧谋划，赵秉钧又委洪述祖、程克两人主持其事。他们物色到上海的流氓头子应桂馨具体负责执行。
宋教仁在湖南桃源老家住了一个多月，1913年1月由长沙到武汉，过九江到上海，又到杭州和南京，到处发表长篇竞选演说，对袁世凯的阴险奸诈进行揭露，对北京临时政府的政策进行抨击。3月9日，他在国民党南京支部的欢迎会上，阐述了自己的全部政治主张，其中说道：“总统当为不负责任，由国务院负责，内阁制之精神，实为共和国之良好制也。国务院宜以完全政党组织之。” 随着形势的变化，宋教仁的思想也在发展。鉴于要袁世凯做一个没有实权的总统是很难行得通，宋教仁正在秘密酝酿选举黎元洪为总统，以保证充分发挥纯粹政党责任内阁的作用。因此，他在武昌访问黎元洪时，对黎元洪说：“我们不能使袁世凯做我们听话的工具，我要我党党员选你当总统。”这一谋划不仅为袁世凯的密探所获悉，而且很快就在社会上流传。
宋教仁的这一计划，无疑地对袁世凯是致命的一击；况且正式国会的选举已经揭晓，国民党在每个选区都获得胜利。在参、众两院八百七十个议席中，国民党独得三百九十二席，占百分之四十五，而共和党、民主党、统一党所得总和只有二百二十三席，还不到总数的百分之二十六。国民党占了绝对的多数。在这种情况下，宋教仁的计划是很有可能实现的。这更使袁世凯坐立不安。
为此，袁世凯要阴谋杀害宋教仁的进行速度大大加快。2月1日，洪述祖密电应桂馨，声称，“大题目总以做一篇激烈文章，乃有价值。”第二天，洪述祖又给应桂馨一封密函，写道：“紧要文章已略露一句，说必有激烈举动。弟（指应桂馨）须于题前径（25日）电老赵（指赵秉钧），索一数目。” 其中所谓“紧要文章”“激烈举动”，即指暗杀宋教仁的事。与此同时，袁世凯还指使其喽啰匿名投稿各报，并以“救国团”的名义通电全国，对宋教仁进行恶毒诬蔑和攻击。袁世凯在接到3月14日应桂馨关于“梁山匪魁（指宋教仁），四处扰乱，危险实甚，已发紧急命令，设法剿捕之，转呈候示”的密电以后，18日就发出“寒（14日）电应即照办”的复电，正式下达了杀害宋教仁的命令。
宋教仁正沉醉于正式国会选举的胜利。他以全国第一大党的领袖自居，自诩未来的总理，在上海与国民党的其他领导人一起商讨应付未来国会的党略，起草政见，准备带到北京国民党本部议决实行。别人已发现袁世凯将有不轨行为的端倪，劝他应有所戒备，他却说那是“杯弓蛇影之事”。他只考虑到，袁世凯一旦大总统落选，很可能要同国民党最后摊牌，所以他只对国民党员说：“他（袁世凯）不久的将来，容或有撕毁约法背叛民国的时候。我认为那个时候，正是他自掘坟墓，自取灭亡的时候。到了那个地步，我们再起来革命不迟。” 他万没想到袁世凯已伸出毒手。这时袁世凯来电催他晋京，他便决定于3月20日乘夜车北上。
十时四十五分，宋教仁和黄兴等走出上海沪宁车站的议员休息室，准备上车，刚走到剪票处，忽听到一声低低的手枪射击声，接着又是第二声，第三声。宋教仁摇晃了一下，倒在一张铁椅子上，说：“吾中枪矣！”由于前来送行的人忙于救护他，竟使凶手安然逃去。
宋教仁被送进附近的铁路医院里进行抢救，神志还比较清醒。他不知道向他开枪的主谋人正是袁世凯，所以还请黄兴代笔，给袁世凯拍了一封电报，报告他的不幸，并最后赠言，他希望袁世凯“开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国会得确定不拔之宪法”。 22日凌晨，这个年仅三十一岁的资产阶级政治家与世长辞了。
赣宁之役
袁世凯接到宋教仁已被刺的消息，心中甚为高兴，在表面上却假装十分震惊，连忙说：“竟有这种事吗？快拿电报来！”看过电报以后，他又装出痛惜的神态。3月21日，他通过国民党上海交通部致电宋教仁，假惺惺地表示慰问。次日，给江苏都督程德全及民政长应德闳连发两封电报，要他们“迅缉真凶，穷究主名，务得确情，按法严办”。还提出对黄兴等革命党人，也要妥为保护。
袁世凯在故作姿态对全国人民进行欺骗的同时，暗中却在为消灭国民党而进行周密的部署，利用他所控制的报纸散布谣言，挑拨离间，诬称宋教仁的被刺是国民党内部互相倾轧，欲使国民党自行分裂。当应桂馨及其收买的凶手武士英先后被逮，并从应桂馨的住宅搜出电报密码和密电多件，案情的真相大白，袁世凯又百般狡辩，矢口否认他与此案有关。并指使洪述祖潜入青岛租界，暂行躲避。上海组织特别法庭传讯国务总理赵秉钧出庭对质时，袁世凯通过他的所谓“义女”、孙毓筠的妻子金珠，收买因行为不端而被天津女校开除的滦州女生周予儆，要她到北京检查厅“自首”，诡称黄兴在各地组织了一个专门从事暗杀的“血光团”，她是奉黄兴之命，前来北京暗杀军政要人的。北京检查厅根据这个编造出来的假案，传讯黄兴到法庭听审，借以抵制上海特别法庭对赵秉钧的传讯，转移全国人民的视线。
以军事力量起家的袁世凯十分清楚，单凭口舌并不能达到消灭国民党的目的。因此，他除了耍弄无耻手段，极力给案情制造混乱以外，更加致力于物质方面的准备，以便诉之武力。他同帝国主义各国的驻华公使多次密商。在孙中山与黄兴的强烈要求下，公布宋案证据的4月26日晚上，袁世凯以全国的盐税作担保，同英、法、德、日、俄五国银行团签订了二千五百万英镑的“善后大借款”，用以购买武器和其他装备。5月1日，赵秉钧提出辞职后，袁世凯马上派段祺瑞代理国务总理，开始进行备战。在5月6日和15日，连续召开两次军事会议，制订了具体用兵计划。还拨给湖北一百万元军饷，使黎元洪为己所用，一旦战争爆发，能坚定地站在他一边。另外，他又以一百六十万元的高昂代价，促使共和党、民主党、统一党三者合并，以便在国会中抵制国民党，充当他的打手。到5月下旬，袁世凯在各个方面大体安排就绪后，便向国民党人寻衅挑战。他要梁士诒等公开转告国民党人：“现在看透孙、黄，除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱，我受四万万人民付托之重，不能以四万万人之财产生命，听人捣乱！自信政治经验，外交信用，不下于人。若彼等能力能代我，我亦未尝不愿，然今日诚未敢多让。彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之！国民党诚非尽是莠人，然其莠者，吾力未尝不能平之！”并且汹汹地嚷道：“即说是袁蔚亭说的，我当负责任！” 袁世凯已经准备同国民党人兵戎相见了。
宋案发生，全国人心鼎沸，“国贼”“国贼”之声，震遍寰宇。许多资产阶级革命党人都从对袁世凯的幻想中猛醒过来，看清了袁世凯的狰狞面目。正在日本访问的孙中山一闻宋教仁被刺的噩耗，立即返国。3月27日到达上海，当天晚上在黄兴寓所召开紧急会议，商量对策。他指出，袁世凯排除异己，是杀害宋教仁的主犯，法律对此是无能为力的，只有用武力才能解决问题，并主张联络日本，进行“速战”，以先发制人，迅速开展斗争。谭人凤也从北京赶到上海，向孙中山和黄兴建议，派人促使湖南、广东、云南三省赶快独立，然后再传檄各省，同兴问罪之师。连一贯主张和平的蔡元培，也深深感到，“往日希望和平之美意，诚不能不谓之失望”，必须分清正当战争与不正当战争。黄兴虽然一度主张法律解决，但为了应付可能爆发的战争，仍然做了一定的准备工作。他派密使到湖北送信给蒋翊武及其他将领，提醒他们要提高警觉，并建议同派去的密使商讨今后的行动。可是，国民党在组织上非常软弱无力，内部意见又参差不齐，所以时间过了两个多月，对袁世凯的讨伐还是停留于口头上，未能采取任何实际行动。
在国民党人中，以汪精卫为代表的一部分人则被袁世凯的张牙舞爪吓倒。他们一方面奔走于南方各地，反对武力讨袁，同时与进步党理事张謇等人搅在一起，出面进行所谓“调解”活动。袁世凯并不接受任何人的调解，尽管他也写信对汪精卫大加吹捧，说什么“执事（指汪精卫）道德学问，如庆云在霄，俯视尘垢”，还要汪精卫晋京“以罄心曲”， 但他对作战计划丝毫不放松。6月初，北洋军的第二、六两师已全部进抵武汉；直隶、山东、奉天、吉林、黑龙江、甘肃、陕西、云南、贵州等省的都督，在袁世凯的授意下发表通电，既对南方的讨袁派进行攻击，也反对从中进行调解。而在北京的江西籍官吏，则以“人民代表”的名义，要求袁世凯对江西都督李烈钧加以制裁。袁世凯见时机已到，就于6月9日下令免除了李烈钧的江西都督职务，14日和30日，又分别下令将广东都督胡汉民和安徽都督柏文蔚撤职，分别改任为西藏宣慰使和陕甘筹边使。
在袁世凯的步步进逼之下，革命党人不得不起来应战。7月12日，李烈钧根据孙中山的指示，从上海返回江西湖口，召集旧部，举行起义。江西首先宣布独立，并且广发檄文，揭露袁世凯的种种罪恶，号召人们起来参加反对袁世凯专制的正义斗争。黄兴也明确宣布：“法律解决，既已无效，乃不得不诉之于武力，作最后之解决。” 14日黄兴赶到南京，迫使程德全宣布江苏独立；又于15日组织江苏讨袁军，任总司令，誓师讨袁。7月17日柏文蔚宣布安徽独立，组织安徽讨袁军；18日陈其美组织上海讨袁军，宣布上海独立。此外，广东、福建、湖南和四川等省区也相继宣布独立，组织讨袁军，准备北上。孙中山则辗转于上海、澳门、香港之间，召集讨袁力量，发表讨袁宣言和通电，决心同反对清朝的封建统治一样，与袁世凯进行一场大决战。这就是中国近代史上的“二次革命”，因主要战场在江西、南京，又名“赣宁之役”。
“二次革命”是辛亥革命后资产阶级民主势力对封建专制势力的一次反击，有相当的规模，地域涉及江西、江苏、安徽、湖南、广东、福建、四川和上海等八个省区。在革命党人的指挥下，江西和江苏的讨袁军都同袁世凯的北洋军进行浴血奋战。李烈钧部起义军在起义的当天，同北洋军李纯部进行了激烈战斗。南京第八师的部分官兵在17日开到徐州以北，立即布阵作战。他们自韩庄散开，东西策应，追击敌兵十数里，经过利国驿、韩庄直抵运河南岸，全线获胜。当冯国璋和张勋两部大军进攻南京时，讨袁军又进行了十分顽强的抵抗，紫金山三得三失，天堡城五得五失，一直坚持了二十天。
可是，由于革命党人没有一个坚强统一的领导核心，各地讨袁军的行动很不一致，况且在军事上也处于相当大的劣势，又没有有力的后援，所以讨袁军不久就被优势的袁世凯北洋军各个击破，各省的独立也相继取消。至9月1日，北洋军攻陷南京；9月12日重庆放弃，持续两个月的“二次革命”迅速失败了。