在英、法发动第二次鸦片战争前后，太平天国却经历着天京变乱和由此带来的一系列挫折。天京变乱后，洪秀全力图重整朝纲，太平军也取得过几次重要的战役胜利，但终因未能重建起强有力的领导核心，太平天国无法根本扭转由内乱造成的颓势。
领导集团的矛盾
天京内乱是由洪秀全与杨秀清的矛盾引起的。1848年初，冯云山被紫荆山地主团练逮捕下狱，洪秀全回粤设法营救时，紫荆山拜上帝会会众发生动摇，杨秀清和萧朝贵分别自称天父、天兄“下凡附身传言”，稳定人心，渡过了难关。事后，洪秀全看到这套“下凡附身”的办法已取信于群众，只得承认杨、萧“传言”之权。天父是拜上帝会最高权威，洪秀全自己也只称天父的次子，以往只有他有资格传达、解释天父的意旨，现在这个神圣大权落入杨秀清之手。金田起义后，洪秀全又先后封杨秀清为左辅正军师领中军主将和东王，并规定节制其他各王。杨秀清一人独揽了教、政、军大权，洪秀全只保持名义上最高领袖的地位，从而种下了洪、杨矛盾的祸根。在开始时，由于太平天国处在初创阶段，除全力对敌，以求生存外，无暇旁顾，加以有冯云山、萧朝贵在，能调和洪、杨之间关系。不幸的是，冯、萧在太平军出广西北上时相继牺牲，洪秀全失去两位有力的助手，从此杨秀清更加大权独揽，难以牵制了。
在冯云山和萧朝贵牺牲后，韦昌辉成了仅次于洪、杨的第三号人物。他是金田村年收租谷约二万斤的地主，加入拜上帝会后，称天父第五子。金田起义前后，韦氏毁家附义，阖族从军，对太平天国运动有过贡献。但韦昌辉品质不良，平时对洪、杨一意奉承讨好，骗取洪秀全对他的好印象。他对杨秀清表面极其恭顺，实际衔恨极深，时时欲取而代之。在天京变乱以前，清方情报人员已预计到，他对杨是“阳下之而阴欲夺其权”，认为杨、韦间“似不久必有并吞之事”。 这是太平天国领导集团矛盾的又一个基因。
随着形势的发展，起义军迅速扩大。太平天国既无有效措施教育、改造新“兄弟”，也未足够重视防止敌人和坏人混入，反以“天下同是兄弟，凡来归顺入教者，随意可投，不问根底，不用发誓”。 这就便利了大量投机分子以至奸细的混入破坏。定都天京后，太平天国的物质条件，已与在广西起义之初不同了。起义之初，不仅广大将士生活艰苦，连洪秀全、杨秀清等主要领导人，也是敝衣草履相从，全军保持艰苦奋斗、上下一心的精神状态，这是革命很快发展的重要因素。定都以后，太平天国领导人感到已有了一个“小天堂”，而到“金陵小天堂”享福，是他们在起义不久即已许诺于众的，因而此时享乐思想很快发展。他们无力抵挡封建意识的侵蚀，为江南的繁华所迷惑，追求声色货利。在战争激烈进行之际，各王都大兴土木，修建穷侈极丽的王府，其中洪秀全的天王府周围十余里，墙高几丈，内外两重，里面各座宫殿皆雕琢精巧，金碧辉煌。太平天国甚至还为已经去世的萧朝贵、冯云山建造了西王府、南王府。太平天国领袖们还模仿封建帝王的排场和礼仪，规定众多的服侍人员。如专理洪秀全生活诸务的人员有一千四百九十一人，专理杨秀清生活的更多达一千七百六十四人。杨秀清外出，用轿夫五十六人，鸣锣喝道和护卫服侍的多达一千余人，形同乡村里的赛神会。各王还像封建帝王一样选大量民女入宫，洪秀全共有八十八个后妃。他在所写《幼学诗》，特别是充满封建糟粕的《天父诗》中，对后妃们定出“十该打”的规矩，诸如“讲话极大声”“面情不欢喜”等都在“该打”之列。此外，在服饰、称呼、礼仪等许多方面，太平天国也按照官爵高下，定出了烦琐的等级区别。
天京的天王府正门
随着追求享乐、讲究排场和等级而来的，必然是争权夺利和互相倾轧，致使昔日亲密无间的关系，很快被破坏。
定都以后，洪秀全更加沉溺在宗教和迷信之中。杨秀清则更加专横跋扈。他下压首义诸王，常为一些细故肆意凌辱各高级将领，甚至肆无忌惮地凌辱洪秀全。1853年12月，为了天王府有四个女子在雨雪中挖塘之事，他假借“天父下凡”，要杖责洪秀全四十。作为拜上帝教创始人，洪秀全当然深知此中利害。他虽深居简出，不理政事，但有烈火般的个性，决不会甘受摆布。杨秀清亦很了解这一点，特在事后前往劝慰，说：“自古以来，为君者常多恃其气性，不纳臣谏，往往以得力之忠臣，一旦怒而误杀之，致使国政多乖，悔之晚矣！” 可是，他虽知劝人，却不知自检，因而使太平天国领导集团的矛盾没有缓和，反而继续发展。
1856年上半年，太平天国西征已取得很大胜利，控制着武昌、九江、安庆等重镇和从湖北到镇江的千里长江及沿江许多地区；江北大营和江南大营相继被击溃，江南大营的统帅向荣自杀；太平天国的劲敌曾国藩困守南昌，势穷力竭。胜利冲昏了杨秀清的头脑，其权力欲恶性膨胀，急于废洪自立，于是演出了“逼封万岁”的恶剧，导致了天京变乱的爆发。
天京变乱
1856年8月中旬，杨秀清借天父下凡，召洪秀全到东王府，说：“尔与东王均为我子，东王有咁（意为这样）大功劳，何止称九千岁？”（杨当时为九千岁）洪秀全答道：“东王打江山，亦当是万岁”；杨进而说：“东世子岂止是千岁？”洪再次退让：“东王既万岁，世子亦便是万岁，且世代皆万岁。” 并答应在杨秀清生日（阴历八月二十五日）正式举行封典。一国不能有两个“万岁”，杨秀清既然不仅自己，且其儿子也要称万岁，就等于要洪秀全让位。洪秀全深知事态的严重，密诏当时在江西的韦昌辉、在湖北的石达开和在镇江的秦日纲等速回。9月1日深夜，韦昌辉带了三千精兵赶回天京，在先已回京的秦日纲配合下，迅速控制城内要道，包围东王府。9月2日凌晨，韦昌辉、秦日纲带着随从入东王府，杀死杨秀清。这天是太平天国天历七月二十七日，后来被定作“东升节”（东王升天节）。
杨秀清被杀后，矛盾的主导方面已去，本应停止杀戮了。阴奸的韦昌辉却乘机扩大事态，进而发动一场血腥的大屠杀，竟将东王府内所有的男女老幼统统杀害。接着，他又巧设毒计，残杀留在天京的东王部下各级文武及其家属，历时两个月。前后被杀者达二三万人，太平天国许多骨干罹难。
9月中旬，石达开从湖北赶回天京，不满韦昌辉滥杀无辜。韦昌辉又起杀心，要杀害石达开。石达开当夜逃出天京。韦昌辉将其留京家室全部杀死，并派秦日纲率兵出城追石达开。石达开跑到安庆，召集四万大军，宣布讨伐韦昌辉，并要求洪秀全诛韦昌辉，否则就要班师回京靖难。这时，韦昌辉的暴乱早已引起洪秀全和朝内广大将士的愤慨，而他越发疯狂，公然围攻天王府。洪秀全乃循广大将士之请，下诏诛韦昌辉，交战两天，粉碎韦昌辉的抵抗。11月2日将他逮捕处死，派人将其首级送安徽，交石达开验看。
石达开于11月底回到天京。这时，他已是除洪秀全以外首义诸王中唯一的幸存者了。他虽只二十六岁，却极有军事、政治才干，为敌所怕，为己所尊。他回京时，“众人欢悦”， 推举他提理政务。洪秀全封他为“电师通军主将义王”，命他执掌军政大事。应该说，如果当时石达开与洪秀全和衷共济，那么，太平天国仍然可以重新形成一个团结有力的领导核心。但可惜的是，洪秀全经过惊心动魄的杨秀清逼封、韦昌辉暴乱以后，对外姓重臣深怀戒心，见到石达开回朝受到众人热烈拥戴，顿生疑虑不悦之心，乃封其长兄洪仁发为安王、次兄洪仁达为福王，明为辅助，实为监视石达开。洪仁发、洪仁达又皆贪鄙无能，毫无威信，他们对石达开嫉妒、挟制，以至有阴图戕害之意，引起石达开强烈不满和不安。洪秀全没有妥善处理好与石达开的关系，这是有过错的。但石达开也并未作出认真努力，来消除洪秀全的疑虑，竟不顾大局，贸然决定出走。
1857年5月底，石达开抛离天京，6月到安庆。沿途张贴告示，历诉自己对天国“惟矢忠贞志，区区一片心”，而洪秀全却对他“重重生疑忌”的遭遇，煽动将士们跟他远走。 他在安庆驻留四月，纠集了二十多万精兵良将后，开始远走。此后，他虽仍保持太平天国爵衔，打着太平天国旗号，洪秀全方面也继续在所有官书、文件中列其职衔，多次劝其回京，但石达开坚持己见，不愿回头。石达开率部转战江西、浙江、福建、湖南，1859年秋入广西，对太平天国的官制礼文多所更改。两年来，流离转徙，处处受挫，入广西后竟萌隐居山林之念。大部分将士觉悟到他的道路越走越窄，纷纷离他而去。石达开却一意孤行，1861年9月离广西，经湖南、湖北、贵州，1863年春，率军三万人从云南昭通府米粮坝渡金沙江入四川。5月14日到达大渡河边紫打地（今石棉县安顺场），被山险水急的大渡河挡住去路，受清军和当地土司兵包围，几经突围不成，陷于绝境。乃投书清军，愿以自己受“斧钺交加”和“身首分裂”，换取敌人对自己部下“赦免杀戮”。6月13日，他带三名助手和五岁的儿子石定忠，自赴清营。结果，其余部三千多人被杀害，石达开本人于6月25日被带到成都凌迟处死，连石定忠也未能幸免。
韦昌辉暴乱和石达开出走，给太平天国带来极大的损害。
首先，由于变乱发生在上帝派遣“下凡救世”的儿子与其“传言人”之间，发生在拜上帝教创始人、宣传人之间，因此严重损害了太平天国作为立国基础和精神支柱的拜上帝教理论的威信，从而带来无可挽救的严重政治后果。在变乱前，太平天国内部总的说是团结的，“众心坚如金石” ，士气旺盛，战斗力很强；变乱以后“政涣人散，外合内离” 了。投敌叛变的事接连发生，结党营私、拥兵自重的现象，也日益严重。这些都是政治上衰落的突出反映。
其次，变乱使大批久历战阵的将领或死或走。大批队伍丧失，太平军的战斗力是大大削弱了，致使许多城池迅速弃守，其中包括与围敌血战一年多的武昌，也在1856年12月失陷。从此，再也无力夺回这个至关重要的战略城市，湖北其他城邑亦随之被占。江西袁州守将李能通献城降敌。1857年6至7月间溧水、句容失守，12月镇江、瓜州失守。清军得以重建江南大营，在和春、张国梁主持下重围天京。同年10月，鄱阳湖与长江连接处的小池口、湖口失陷，自1855年1月被石达开阻隔在内湖和外江二处的湘军水师，又复汇合一起。1858年5月，另一个战略要城九江失守，贞天侯林启荣部一万七千人战死，血洒长江，流水为之变赤。同年秋，滁州、全椒因守将李昭寿投敌而陷。从10月起，湘军围困天京上游太平天国剩下的最后一个战略重城安庆。在此前后，江西大部分城邑都失守了。变乱以后两年左右时间，太平天国简直有兵败如山倒之势，以至曾国藩在1858年狂叫，“洪杨股匪，不患今岁不平”， 这一妄言虽未得逞，但亦可见当时太平天国形势的险恶了。
后来，李秀成总结导致太平天国失败的“天朝十悮”，把东、北二王相杀作为十个“大悮”之一；把石达开带兵出走，更称之为“此悮至大” 。天京变乱给后人留下了多么沉痛的教训！
重整朝纲
天京变乱后，全国的形势是：各地各族人民的反清斗争仍在蓬勃开展，第二次鸦片战争正在进行，清朝统治者内部，尤其是湘军与朝廷之间，仍有很大猜忌，等等。由于这些客观条件，洪秀全得以从多方面努力重整朝纲，挽救危局。
在争取石达开回朝不成后，洪秀全于1857年10月任命蒙得恩为正掌率，陈玉成为又正掌率，李秀成为副掌率。次年，又命陈玉成为前军主将，李秀成为后军主将，李世贤为左军主将，韦俊为右军主将，蒙得恩为中军主将。除蒙得恩之外，这些人都是长期带兵作战，具有军事才干的将领。尤其是陈玉成，从1850年十四岁入伍后，身经百战，屡建奇勋，是在太平天国运动中锻炼出来的一位赤胆忠心、智勇双全的卓越将领。至此，太平天国初步重建了新的领导核心，由蒙得恩主朝政，林绍璋、李春发辅之；陈玉成、李秀成、李世贤、韦俊等统率军队作战，而洪秀全自己则亲自总掌军政。
为了扭转兵败如山倒的危局，太平军在陈玉成等指挥下，开展了一系列战役。1858年8月，陈玉成、李秀成和各路将领，在安徽枞阳会商共解京围之策。之后，陈、李两路大军于9月25日在滁州乌衣会师合击江北大营，歼敌三四千人。26日又在江浦小店歼灭江南大营援军五千，进而在浦口向江北大营主力夹击，歼敌一万余人，江北大营溃不成军，不复再立（至次年3月9日，清政府正式明令撤销）。太平军乘胜克复江浦、天长、扬州、六合等地，天京与江北的交通恢复。
太平军炮击在天京挑衅的英舰（1858年）
浦口战役前后，湘军悍将李续宾所部六七千人猛扑安徽，连陷太湖、潜山、桐城、舒城等地。1858年11月初进攻三河。三河在巢湖西岸，是太平天国重要的后勤基地。陈玉成立即挥师西上，并命庐州守将吴如孝会同捻军张乐行部南下，又奏调李秀成前往助战。各路大军十万多人很快汇向三河，切断湘军的支援和退路。11月14日，陈玉成首先向敌军进攻。次日，湘军反攻，冲过三河附近的金牛镇时，陈玉成乘大雾漫天，率队从敌后杀出，李秀成也从附近白石山引军到达，三河守将吴定规则从里杀出。太平军把湘军围住环击，李续宾所部几乎全部被歼，李本人及曾国藩之弟曾国华，亦被击毙。围困安庆的清军，闻风而逃。太平军乘胜克复舒城、桐城、太湖、潜山等县。李续宾部是湘军中“威望冠诸军”的精锐，这支部队被歼，使湘军元气大丧。曾国藩在给邑人的信中哀叹：“三河之败，歼我湘人殆近六千，不特大局顿坏，而吾邑士气亦为不扬”， 可见湘军所受打击的严重。
经浦口、三河两役的重大胜利，太平天国制止了湘军长驱直入的攻势，改变了天京和安庆受围困的局面，复苏了广大将士被挫伤了的士气。
可是，太平天国在政治上起色却不大。主持朝政的蒙得恩，在定都天京以来长期主管女营事务，不出京门，缺乏政治才干。辅助他的是西征时在湘潭被湘军打败后革职闲居的林绍璋，他并无多大本领。李春发历任朝内官，也是一个无甚业绩的人。因此，太平天国“至蒙得恩手上办事，人心改变，政事不一，各有一心”。
就在这时，洪仁玕于1859年4月来到天京。
洪仁玕是洪秀全的族弟，他与冯云山是拜上帝教的最早信徒。金田起义时，他从正在执教的清远赶往赴义，因太平军已转移，而折回广东。1852年春到香港，直到1858年6月，他大部分时间都在香港，努力研究西方的宗教、文化及其政治、经济制度，结交了一批外国传教士，并曾任基督教伦敦布道会牧师。1858年6月离香港后，经陆路于次年4月22日到达天京。洪秀全对他的来到大喜过望，赞其“志同南王，历久弥坚”，比作“板荡忠臣，可为万世法” 。5月11日即封其为“开朝精忠军师顶天扶朝纲干王”，总理朝政。同年6月，洪秀全晋封陈玉成为英王。不久，又封李秀成为忠王、李世贤为侍王、杨辅清为辅王。
洪仁玕的《资政新篇》
洪仁玕是那时富有世界知识的中国人。他看到太平天国政涣人散等严重问题，亟欲通过革新，重振革命，并使中国独立富强，开创一个“新天新地新世界”。因此，在主持朝政几个月后，即向洪秀全提出了振兴太平天国的纲领《资政新篇》。
《资政新篇》从“因时制宜，审势而行”的施政原则出发，根据太平天国的实情和当时世界的潮流，提出了各项革新主张。在政治方面，强调中央集权和上下沟通，反对结党营私、卖官鬻爵、拥兵自重。其具体措施是严明赏罚，设立不受一般官员节制的新闻纸（即报纸）、暗柜（即检举箱）、新闻官（类似于监察官）等。在经济方面，提倡学习资本主义经营方式和先进技术，全面发展近代交通运输业，开办工厂，开发矿藏，创设银行、邮政、保险各业；一切皆提倡私人创办，给予专利权。在文化和社会改革方面，提倡兴办学校、医院和慈善机构，废除庙宇，禁止溺婴、喝酒和鸦片，改革文风等。外交方面，提倡中外自由通商和开展文化交流，在国际交往中去掉一切夜郎自大的词句，但亦不准外国干涉中国内政，“准其为国献策，不得毁谤国法”。 《资政新篇》上述主张，是要在中国发展资本主义经济和进行一些相应的上层建筑改革。它是中国历史上要求学习资本主义的第一个比较系统的纲领性文件。这一要求，是顺应当时世界大势和中国历史发展方向的。洪秀全除对其中设新闻纸、暗柜和“勿杀”两条，从当时斗争需要认为不能实行之外，对其余建议大都批上赞同的意见，并批准予以全文颁布。这些表明洪秀全和洪仁玕等先进中国人向西方寻找救国真理的热情。但是，《资政新篇》只字未提农民最关心的土地问题，提出的建设要求，也脱离太平天国的实际。所以这个纲领得不到广大农民和太平军将士的拥护，其基本内容均未实行，甚至根本没有试行过。
为了进一步争取形势的好转，太平天国在军事上继续作了坚持不懈的努力，1860年又取得了消灭江南大营并乘胜进军苏南等战役的胜利。
1860年初，江南大营加紧围困天京。为解京围，洪仁玕等制订了用进攻江南大营必救的湖州、杭州，引其撤兵，然后乘机迅速击之的策略，经洪秀全批准，由李秀成、李世贤两路大军于3月初开始行动。3月5日占浙江长兴后，李世贤攻湖州。李秀成则率谭绍光、陆顺德、吴定彩等，以轻骑六千人，用清军旗帜衣帽伪装，直趋杭州，3月19日一举入城，浙江巡抚罗遵殿自杀。这时，江南大营果然中计，急调一万多人，由张玉良率领奔救杭州。3月24日，李秀成见敌人已到杭州，诱敌目的已达，当晚从杭州撤兵，迅即经浙西入皖南，在建平会合各军将领。陈玉成、李秀成、李世贤、杨辅清、刘官芳等十多万人，分五路向天京进发，5月2日与江南大营决战开始，城内太平军亦分路杀出。5月5日，陈玉成首先突破天京西南的敌军长濠，毁敌营五十余座。当天，太平军歼敌几万人，江南大营被击溃，残部退至镇江。5月19日，太平军追敌至丹阳，又歼其万人，张国梁落水而死。5月26日，和春在浒墅关自杀。至此，江南大营最后消灭，太平军取得了重大胜利。
在击溃江南大营后，太平天国于5月11日商讨了下一步作战计划。陈玉成主张立即全力解救正遭湘军围困的安庆。洪仁玕主张分两步走：先乘胜东下取苏、常，再回师西上取鄂、赣，救安庆。李秀成附和洪仁玕。最后，洪秀全批准洪仁玕的方案，令陈玉成、李秀成东下，规定以一月为限，即返师西上。
陈玉成、李秀成大军于5月15日从天京出发东征，19日克丹阳、歼灭江南大营残部万余人后，陈玉成奉命渡江取扬州，东征战事交李秀成军进行。李秀成于26日克常州，30日克无锡，6月2日克苏州和江阴，东取苏、常的任务提前完成。但李秀成不顾洪秀全一月为期的时限，擅自决定进取上海。在分兵追逃敌入浙，并于6月14日克嘉兴的同时，他自率大军于6月15日克昆山，继而克太仓、嘉定、青浦，7月1日克松江，兵临上海城下。
上海是外国资本主义侵华势力集中之地。在太平军东进时，英国公使卜鲁斯、法国公使布尔布隆，于5月26日悍然宣布“保护”上海，阻止太平军的进击。6月2日，在苏松太道吴煦、买办杨坊等的支持下，美国退伍军人华尔（F．T．Ward, 1831—1862年）招集一批外国人组成“洋枪队”，助清政府对抗太平军，于7月16日夺取了松江。不久，洋枪队改由中国人为兵，外国人为官。面对外国侵略者的挑衅，太平军奋起反击，8月9日在青浦消灭洋枪队六七百人，缴获大批武器，8月12日夺回松江。
8月18日，李秀成以三千兵力进攻上海，尽管他事先向外国驻沪官员通知进攻日期，请他们不要对抗，但结果遇到英、法军队的正面干涉。李秀成对此缺乏思想准备，几乎一枪不还地撤出了上海，带大军去嘉兴，至9月才回苏州。这时离规定返师西上的时限已逾三个月，严重地贻误西线的战事。
美国人华尔率领的洋枪队
安庆失陷和进军浙江
在江北、江南两大营相继覆灭后，清廷把镇压太平天国的军事，完全交给了曾国藩。1860年6月8日，咸丰皇帝任命曾国藩署两江总督，8月10日改为实授，并任以钦差大臣，督办江南军务，节制大江南北水陆各军，事权划一，大大地助长了湘军势力。
曾国藩认为要打击江南的太平军，“必踞上游之势，建瓴而下，乃能成功” ，因此把战略重点放在争夺安庆上。他派其弟曾国荃带一万五千人担任主攻；李续宜、多隆阿二万多人屯扎安庆和桐城之间，以打太平军之援；胡林翼一万五千人扎潜山、太湖一带作后援；鲍超五千人驻安庆南岸；杨载福率水师扼沿江各要口，共投入八万人夺安庆。
安庆此时已是太平天国西线最后一个战略重城，它屏障天京，提供粮食等物资，又是与捻军联络的最重要据点，因此，太平天国也极端重视安庆的保卫战。但因李秀成延误西上师期，迟至9月，太平天国才重新部署好分路西进的计划：陈玉成在长江以北，李秀成在长江以南，两路大军同时西上，约定于1861年4月会师武昌，迫使湘军从安庆撤围驰援。另由李世贤、杨辅清在皖南配合，牵制敌人。按当时的敌我形势，这一战略部署是解安庆之围的正确办法。
太平军水师在长江与清军作战
陈玉成立即行动，9月30日率军从天京渡江入皖北，11月合捻军龚得树、孙葵心部进桐城，但随即在挂车河被湘军打败，退至庐江休整。1861年3月，陈玉成率五万大军从桐城出发，昼夜兼行，于3月17日克湖北蕲水（今浠水）、黄州（今黄冈），提前逼近武昌。
当时，湘军全在安庆一带，湖北空虚。太平军的迅速进入，使湘军万分惊慌，胡林翼急得口吐鲜血，急调彭玉麟、李续宜率水陆军回援。
正在这时，英国中将何伯和参赞巴夏礼率舰窥探按《北京条约》开放的长江通商口岸，来到汉口。3月22日，巴夏礼到黄州会见陈玉成，以太平军进攻武昌会影响英国通商，要陈玉成军远离汉口。为了避免与英国冲突，同时由于南岸李秀成杳无音讯，而安庆又很吃紧，陈玉成在留下赖文光守黄州等待李秀成，并分兵攻占武汉外围一些城邑后，自率大军回救安庆。
李秀成自始即并不愿意全力保卫西线。他迟至1860年10月下旬才进军皖南，至11月中从芜湖出发，12月逼近祁门曾国藩湘军老营（指挥部）。这里湘军的力量很薄弱，曾国藩已预立遗嘱准备一死。可是，李秀成怕打硬仗，绕道而过，进入浙江，直到1861年2月才离浙入赣。在由赣去鄂路上，他又不顾预定会师的约期，一路招兵买马，以至拖到6月才抵达武昌前沿。此时，他的部队已有三十万人。赖文光送信过江，向他报告江北军情，李秀成不提会攻武昌一事，却于7月初径自把大军从湖北东撤。
太平天国会攻武昌以救安庆的正确战略，就这样先在外国侵略者的干涉，后在李秀成的消极怠工下功败垂成，因此使安庆的形势大大恶化。
这时安庆被围已一年。曾国荃在城外挖了三道长壕，用深沟高垒、步步为营之法，困住安庆。至1861年4月，围敌已达四万之众。太平军在城内守军有一万多人。陈玉成从湖北东撤赶来，以三万多人在城外扼守集贤关要地。天京另派洪仁玕、林绍璋率军赴援，吴如孝从庐江、桐城，黄文金和捻军也从芜湖，分别赴援。但所有这些援军，皆在挂车河一带被湘军击败。6月8日，湘军陷集贤关外赤冈岭要地，太平军英勇善战的刘玱琳所部精锐近四千人，全部战死。曾国藩得意地报告咸丰皇帝：自太平天国起义以来，一举歼除太平军至四千名之多，实为从来所未有。7月，太平军在安庆外围的据点，几乎全部陷落。8月上旬，陈玉成会同杨辅清、林绍璋、吴如孝、黄文金等，三路进援安庆，陈玉成身先士卒，亲冒矢石，苦战十几天。8月20日冲入集贤关，猛扑曾国荃后壕，城内守军也奋勇杀出，惜终为敌人的深沟高垒所阻，不得会师。这时，安庆已粮尽弹绝，坚持到9月5日终于失陷，叶芸来、吴定彩等一万多太平军将士战死。陈玉成受革职处分，退守庐州（今合肥）。
安庆保卫战进入最后阶段时，李秀成正在江西招兵买马。安庆陷落后，他在铅山会集七十万人马，于9月下旬入浙。李世贤部已先于5月入浙，相继攻占了处州（今丽水）、金华等府。李秀成在严州（今桐庐、淳安、建德一带）与李世贤会合，然后李世贤继续经略浙东、浙南，李秀成经略浙北。到1861年底，李世贤又攻克台州、宁波等地，李秀成则攻克绍兴、杭州和浙北一些城邑。至此，浙江大部分州县均已归于太平军掌握，并与以苏州为中心的苏南地区联络一气，成为太平天国最后几年人力、物力的供应地。但是，这些胜利并不足以弥补安庆之失；而且李秀成从此更以苏、杭繁华为念，拥兵自重。他以苏州为中心，建立了“苏福省”，把苏南、浙北地区视作自己的范围，很少计及全局的得失。洪仁玕曾写信向他指出：“自古取江山，屡先西北而后东南，”并以长蛇比喻长江：“湖北为头，安省为中，而江南为尾。今湖北未得，倘安徽有失，则蛇既中折，其尾虽生不久。” 李秀成对这些语重心长的话，却无动于衷。
1862年2月，湘军多隆阿部进攻庐州。在安庆失守后，陈玉成已派手下战将扶王陈得才、遵王赖文光、启王梁成富、祜王蓝成春，率部远征西北，去招兵买马。所留兵力已很单薄，在多隆阿进攻下，渐感不支。4月，明投太平军、暗通清军的寿州团练头子苗沛霖，来信劝他去寿州。陈玉成于5月13日从庐州突围，到寿州后被苗沛霖诱捕，解送清军胜保大营。胜保审讯时要他跪下，陈玉成痛斥胜保是手下败将，拒绝跪下。当胜保敬酒劝降时，他正气凛然地回答说：“大丈夫死则死耳，何饶舌也！”1862年6月4日，在槛送北京途中，英王陈玉成被杀害于河南延津，年仅二十六岁。
安庆的失陷和陈玉成的牺牲，是太平天国后期极为沉重的挫折。洪仁玕后来追述说：“英王一去，军势、军威同时堕落，全部瓦解，因此清军便容易战胜。我军最重大之损失，乃是安庆落在清军之手。”“安庆一失，沿途至天京之城相继陷落，不可复守矣。”