一、《阵纪》一书有明万历十九年刻本，清嘉庆二十二年《墨梅金壶》丛书本，清道光《珠丛别录》丛书本，道光二十六年《惜阴轩》丛书本，道光二二十八年《戊申瓶花书屋》丛书本，清同治中《半亩园》丛书本，清咸丰间《长恩书室》丛书本，清抄本，民国二十四年(1935年)商务印书馆的《丛书集成初编》本等版本流传于世。除原刻本以外，较好的本子就是《惜阴轩》本和《初编》本了，本书点注所用底本，是《初编》本，并用万历十九年刻本（缩微胶卷）进行校对，以保本书维持原刻面貌。《墨》本，《珠》本，《瓶花本》、《长恩》本均有大段大段阙文，均不宜做底本。《初编》、《惜阴》两本均出自原刻，基本忠于原刻，比较适合做底本。
二、本书标点按原书六十六篇分成大段，篇与篇之间的区分均用*号相隔。每一篇又按文中大意划成若干小段。
三、本书注释对较难字词、历史人物、地理、典故，战争战役、军事术语等方面问题作了一些简单解释，一般问题都不注出处，有些能说明《阵纪》作者军事思想承继关系的材料，尽可能、注明出处。
四，注释过程中，遇到一些制法失传的兵器、战车，生平不详的人物，生辟而难查知的问题，采取了“疑以传疑”的办法，注明不详，俟识者赐教，让能者为师。
五、凡《阵纪》引文与原书有出入的地方，一律不改，在注中加以说明。
六、《阵纪》中的通假字、异体字尽可能改成通用字，没有改的，加以说明。错字查有实据的也径改，没有确实把握的不改，注释中说明。如“六真八母”，据《纪效新书》改为“六直八母”，“偏箱”据《武备志》、《续武经总要》改为“扁箱”。“使拔剃滚杀起磕”中的拔字，疑为拨字之误，但无根据，不敢径改，只好存疑。
七、对一些著名军事理论。作战指导方针，除作字面解释外，也适当选了一些古代战例进一步加以说明。
八、对一些需要考证的问题，凡力所能及者，尽量查清，纠正《阵纪》中的疏忽，如齐恒、管仲入孟门、封少水一事，据《左传》所载，为齐庄公时事，在注中加以说明。对一些难以考证的问题，采用成说，有分歧意见的，适当介绍众说，取近情理者加以注释。如《吴子兵法》、《六韬》、《李卫公问对》等兵书，就是这样处理的。
本书在注释过程中曾请教过中国人民解放军军事科学院战理部吴如嵩、北京大学武术教员李士信等同志，并得到北京图书馆，北京大学图书馆善本室。文科出纳台诸同志热情帮助，特此致谢。