顾宪成是明末东林学派的主要创始人之一。黄宗羲在《明儒学案》中，赞扬他们所创建的东林学派是“一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤”（卷五十八《东林学案·序》） 。
顾宪成的理学倾向，基本是宗程、朱而诋陆、王。他标榜气节，崇尚实学，反对王学末流弃儒入禅、空谈心性而不务实学的风气。
第一节 顾宪成的学术渊源和理学派别
一、顾宪成的生平和学术渊源
顾宪成（公元1550—1612年）字叔时，号泾阳，无锡人，世称泾阳先生或东林先生。万历八年（公元1580年）进士，授户部广东司主事。与魏懋权（允中）、刘国徵（廷兰）合称“三元”，“言时政得失，无所隐蔽”（《明儒学案》卷五十八《东林学案·顾宪成传》） 。万历十五年（公元1587年），他上疏“分别小人，刺及时政”（同上） ，被贬为湖广桂阳州判官。万历二十年（公元1592年），擢吏部考功司主事。后因他在立皇太子和会推阁臣问题上，与神宗及权臣抵牾，于万历二十二年（公元1594年）被革职回家。顾宪成罢归后，即从事著述，相继写了《小心斋札记》《还经录》《质疑编》《证性编》《桑梓录》等。万历三十二年（公元1604年），他又与高攀龙、顾允成、钱一本等重建东林书院，从事讲学活动。他的著作被编为《顾端文公遗书》。
顾宪成青年时，初学于张淇门下，后又师薛应旂（方山）。据史料记载，张淇年幼曾“师事阳湖邵公，闻阳明致良知之说”，后又拜薛应旂为师，“学益进，已乃亟称考亭曰：‘毕竟盘不过此老’”（《泾皋藏稿》卷十六《明故学谕损斋张先生墓志铭》） ！称道朱学。万历二十八年（公元1600年），他声斥王学末流为“异说横流”，“其害真酷似夷狄禽兽”（同上） ！褒朱学而贬王学的态度十分明显。薛应旂从师于王守仁弟子欧阳德，但他却反对那些把王学引向异端的人，批评这些人是“世之堕于腐俗过于玄虚者”（《方山纪述》卷五《与孔文谷提学》） 。其晚年倾向朱学，重订宋端仪所撰《考亭渊源录》二十四卷，并将此书授予顾宪成、允成兄弟，称赞朱熹之学，谓“洙泗以下，姚江以上，萃于是矣”（《顾端文公年谱》上） 。由此可见，从师承上来说，顾宪成是王门的三传弟子。其师张淇和薛应旂虽出入王门，但思想却已由王学转向朱学，因此，顾宪成的宗程、朱而斥王学末流的理学倾向，多少与其师承有关。
顾宪成还自称曾“私淑本庵方先生有年”（《东林书院记》卷十六） 。方学渐是方以智之祖父，虽受学于泰州学派的张甑山、耿楚侗，但已背离王学，“别出一机轴矣”（《明儒学案》卷三十五《泰州学案·方学渐传》） 。
此外，从顾宪成、高攀龙重建东林书院的意图来看，是想继承杨时东林书院的传统，以恢复和发扬程朱理学正宗。顾宪成在万历三十一年（公元1603年）《请复东林书院公启》中说：
有宋龟山杨先生受业两程夫子，载道而南，一时学者翕然从之，尊为正宗。考锡乘先生（即杨龟山）常讲学是邑，十有八年，建有东林书院。岁久旁落为东林庵，而书院废矣。距今五百年，俯仰顾盼，莫不喟然叹息。某等僭不自量，欲相与共图兴复，然念祠堂以崇先哲之懿范，则道脉系焉，书院以广友朋之丽泽，则学脉系焉，所关重大。……会庠友马希尹等会呈上请，乃敢拜首飏言曰：先生（指杨龟山）之道其源远矣，其流长矣，及门之乐育既多，过化之余风未泯，而今而往有能绍述遗训，如当年之在东林，一传而为喻工部，再传而为尤文简，三传而为李简肃、蒋忠文，无坠道南之一线者乎，是惟先生之赐。而今而往，有能冥契心宗如当年之在剑南，一传而为罗豫章，再传而为李延平，三传而为朱考亭，直接周、程之正统者乎，亦惟先生之赐。其大造于吾锡何如也！台臺为斯文主盟……幸亟允希尹等之请，上之表章正学，焕发幽光……九峰二泉之间，行将坐收濂洛关闽之胜，其大有造于吾锡，又当何如也！（《东林书院志》卷十七）
后来，高攀龙在万历四十二年（公元1614年）写的《东林原志序》中，也同样强调：
龟山杨先生上承洛统，下开闽传，其棲止于晋陵梁溪间，浮云流水之迹耳。而吾郡至今言学不畔洛闽，不忍曲学阿世，于是见先生之精神大而远也。先生于梁溪东林，东林之废久矣，屡有复者而未竟。顾泾阳先生始率同志告于当道而一新之，使吾锡之士，进则行其道于天下，退则明其道于此，如行者之有家，耕者之有土也。（同上卷十六）
可见，顾、高重建东林书院的意图是十分明确的，即发扬杨时的“上承洛统、下开闽传”之传统，“无坠道南之一线”，“直接周程之正统”，使“道脉”“学脉”有所系。
顾宪成、高攀龙之所以提出要维系“道脉”“学脉”，正反映了明朝自正德、嘉靖以来，王守仁心学兴起，天下风靡，朱学衰微，程朱理学的传统发生了危机，所以他们急于要复兴朱学，以矫王学之弊。
顾、高重建东林书院以兴朱学而斥王学的行动，开启了由王返朱的思想趋势。清朝胡慎《东林书院志序》中论述了这一思想历程。他说：
至明弘、正之世，则姚江之学大行，而伊洛之传几晦，东林亦废为丘墟。至万历之季，始有端文顾公、忠宪高子振兴东林，修复道南之祀，仿白鹿洞规为讲学会，力阐性善之旨，以辟无善无恶之说，海内翕然宗之，伊洛之统复昌明于世。
这一叙述指出了顾宪成的思想渊源于程朱理学。
二、顾宪成的理学派别
至于顾宪成的理学派别，从他对周惇颐、二程、朱熹的赞扬备至的态度，即可明显看出其理学派别倾向。他在《小心斋札记》中说：
孔子表章六经，以推明羲、尧诸大圣之道，而万世莫能易也。朱子表章《太极图》等书，以推明周、程诸大儒之道，而万世莫能易也。此之谓命世。（卷三）
把朱熹看作是继孔子之后集儒学大成之圣人，在《朱子节要序》中，甚至得出“论造诣，颜、孟犹有歉焉；论血脉，朱子依然孔子也”（《泾皋藏稿》卷六） 的结论，足见他对朱子的尊崇。不仅如此，他对理学的开创者周惇颐很推崇。他说：
孔孟既没，吾道不绝如线，至宋而始一光，发脉得一周元公，结局得一朱晦翁。（《小心斋札记》卷一）
《太极图说》，元公之《中庸》也；《通书》，元公之《论语》也。上下两千年间，一人而已矣。（同上）
卓哉其元公乎！吾始以为元公也，而今乃知其宛然一孔子也。（同上卷三）
可见，顾宪成是把周惇颐的创建理学，看成为孔孟之真传、儒学之复兴，其功绩不在孔孟之下。而程、朱，尤其是朱熹，则被视为周惇颐理学的发扬光大者，其功不在周之下。因此，高攀龙在顾宪成病逝后，对顾的学术思想所做的结论是：“远宗孔圣，不参二氏（指佛、道）；近契元公，恪遵洛、闽”（《东林书院志》卷七《顾泾阳行状》） 。方学渐在他亲赴东林书院参观归来所写的《东游记小引》一文中也说：“东林之学，以朱子为宗”（同上卷十六） 。而并非像有人所说的是“王学的修正派，”朱、王之学的调和折中者。
顾宪成的思想学说，虽然“恪遵洛、闽”，“以朱学为宗”，但不抱门户之见。对陆王心学之短长，以至朱熹之不足，他大都能持公允的批评态度。他虽然推崇朱熹，但并不遮掩朱熹之短。在他评论朱（熹）、王（阳明）异同时，其态度更是谦逊而平实。他说：
不肖，下里之鄙人耳，无所闻知。少尝受阳明先生《传习录》而悦之。（《泾皋藏稿》卷四《复方本庵》）
又说：
当士人桎梏于训诂辞章间，骤而闻良知之说，一时心目俱醒，恍若拨云雾而见白日，岂不大快。（《小心斋札记》卷三）
学宗程、朱的顾宪成，在这里非但毫不讳言自幼学自王门，而且也很称道王守仁，并无门户之见。更可贵的还在于他从总结理学思想发展的途径，肯定了理学各派不同意见的短长和应有的地位。他反对互相排斥，提倡互相尊重、取长补短的见解是可取的。他反对门户之见，而从总结学术思想发展史的角度，给予不同理学派别应有的历史地位，这一做法开启了后来以黄宗羲、全祖望为代表的《宋元学案》《明儒学案》对宋明理学总结的端绪。
第二节 “理是主宰”的本体论和对《太极图说》的解说
一、“理是主宰”的本体论
顾宪成尊奉程、朱“性即理”“理为主”的本体论。他说：
伊川曰：“性即理也”。此一语极说得直截分明，亘古亘今、颠扑不破，却亦有个来历。《书》云：“惟皇上帝降衷于下民。”《诗》云：“天生蒸民，有物有则。”曰衷曰则，非“理”而何？但不如拈出“理”字，尤觉易晓耳。朱子尝言：“自程、张气质之说出，而后诸子纷纷之论息。”予以为未也。别气质于性则性明，溷气质于性则性晦，犹在人善看。惟“性即理也”之说出，而后诸子更无所置其喙耳。（同上卷十一）
认为理既是宇宙万物的本源，又是宇宙万物的规律和法则，“曰衷曰则，非理而何？”
在理与气的关系上，他认为理在气先，理是主宰，气是从属于理的。他尊奉程、朱的“性即理”“理为主”的本体论，阐述理与气的关系。他虽然认为理不离气，理气相依，但强调理是始终处于主宰的地位。因此，他反对分理气为二的理气二元论，也反对混理气为一的混一论。
二、对周惇颐的《太极图易说》的解说
顾宪成同朱熹一样，把“理”也称作“太极”。如说“性，太极也”（同上卷四） 、“太极，理也”（《证性编·质疑》下） ；并且按照朱熹“理生气”的观点来解释周惇颐的《太极图易说》，同时还借《周易》的传统观点予以论证。他说：
《易》曰：“天地 蕴，万物化醇。”周子曰：“太极动而生阳，动极而静，静而生阴，静极复动。一动一静，互为其根。”愚谓知天地之所以生万物，则知太极之所以生天地。周子此数语模写 蕴情状，宛然如画，真造物传神乎也。（同上卷一）
乾之《彖》曰：“大哉乾元，万物资始。”坤之《彖》曰：“至哉坤元，万物资生。”《系辞》曰：“乾以易知，坤以简能。”又曰：“乾知大始，坤作成物。”这是太极两个大总管，千变万化，皆由此出。人心之有知能，亦犹是也。（同上卷二）
认为太极（理）是产生天地万物以至人的精神知能的根源，是“超形气之上”的“形而上者”之“道”的精神本体。最后他把自己的以“理为主宰”的本体观归结为“太极生天生地之本，阴阳生天生地之具”（同上卷十六） 。这个归结也是从朱熹的所谓“理也者，形而上之道也，生物之本也。气也者，形而下者之器也，生物之具也”（《朱文公文集·答黄道夫书》） 的概述中脱胎而来的。
顾宪成之所以把精神本体的“理”（“太极”）赋予主宰的地位，是针对佛教经典称“佛为生天生地之圣人”而言的。他说：
《内典》推佛为生天生地之圣人。按《汤诰》有曰：“惟皇上帝，降衷于下民”。予以为非特降衷于下民，实乃降衷于天地，此之所谓生天地之圣人也。（同上卷十六）
当时，在学术思想界，有像管志道、陶望龄、钱渐庵等人为代表的王学末流，他们弃儒入禅，大倡所谓儒、佛、道“三教合一”。于是，一时谈玄说空之论，甚嚣尘上。顾宪成以天帝为“生天生地之圣人”这一儒家传统观点反对“佛为生天生地之圣人”的说法，显然具有防止儒学禅化的意义。
顾宪成之所以要同朱熹一样，把“理”称为“太极”，并且按照程、朱“理生气”的观点来解释周惇颐的《太极图易说》，意在消除佛、道的影响，以破除管志道、钱渐庵、陶望龄等人想从周惇颐的“无极”观点中，为“无善无恶是心之体”寻找本体论依据的企图。
顾宪成在解释周惇颐的《太极图易说》时，与朱熹不同的，是他明确宣称周惇颐之所以作《太极图易说》，正以“匡（佛、道）二氏”，曰“无极”，“正为辟老氏而发”。他说：
盖周子标○为太极矣，而其两之为阴阳也，即系○于阴阳。五行之为水、火、木、金、土也，系○于水、火、木、金、土。是混者不嫌于析也。何也？混之以本体，析之以为用，体用本一原也。老氏却曰：“失道而后德，失德而后仁，失仁而后义，失义而后礼，失礼而后智。”将无于体用之间，自生拣择。即所云“有物混成”，亦归之笼统而已耳。
周子标○居上矣，而其次之以水、火、木、金、土也，即系水、火、木、金、土于○，是上者不离于下也。何也？形而上谓之道，形而下谓之器，道器本一贯也。佛氏却曰：“迷妄有虚空，依空立世界，想澄成国土，知觉乃众生”。将无于道器之间，自生取舍？即所云：惟吾独尊。亦归之孤亢而已耳。由此观之，周子之为是图，正以匡二氏也。其指微矣。（同上）
又说：
或曰“无极”二字，原出于老氏，分明与“无善”义同。周子《太极图说》奈何宗之？曰：周子此语正为辟老氏而发……（《还经录》）
从顾宪成对周惇颐《太极图易说》的解说，可以看出他是把“太极”（理）作为宇宙万物的本原，认为所谓“无极而太极”，只是“明其非真无也”，赋予了“太极”（理）以实在性。这当然并非周惇颐《太极图易说》的本意，而是顾宪成借周惇颐的思想资料，经过自己一番的加工改造而得出的观点。他还以此破除王学末流利用周惇颐的“无极”观点为他们的“无善无恶心之体”的观点寻求依据的企图。
第三节 “道性善是说本体”的人性论
顾宪成在《东林书院院规》中提出“以性善为宗”（《东林书院志》卷二） 。高攀龙也认为顾宪成“辟东林精舍”是“讲明性善之旨”（《高子别集》卷六《泾阳顾先生小传》） 。
顾宪成的本体论既然是“以理为主宰”；那么，自然认为太极（理）是世上万事万物的本原。因而太极（理）赋予人，则自然谓之性，这正如朱熹所谓“在天曰命，在人曰性”，性就是天理，而天理也就是太极。所以，顾宪成说：“性即理也”（《小心斋札记》卷十一） 、“性，太极也”（同上卷四） 、“性，天道也”（同上） 。这就把人的本性问题，提到了本体论的高度。
不过，顾宪成与朱熹的观点也有所区别，他为了强调人性“善”的作用和地位，还根据《周易》万物生成的传统观点，提出“善”是天地万物的本原。他说：
《易》曰：“大哉乾元，万物资始。”曰：“至哉坤元，万物资生。”曰：“元者，善之长也。”可见乾坤万物，一齐从“善”中流出。圣人要范围天地，曲成万物，所以欲培植此“善”字。（《还经录》）
根据《周易》的注释，《乾》卦象天，故《彖传》以天之德解释卦辞：“元”作“善”解，“资”作“赖”讲。因而，“大哉乾元，万物资始”，即谓大哉天德之善，万物赖之而有始。《坤》卦象地，故《彖传》以地之德解释卦辞。因而，所谓“至哉坤元，万物资生”，即至哉地德之善，万物赖之以生长（参见高亨《周易大传今注》） 。把天地万物的起源与化生都归之于“善”的作用，这就直接地把“善”提到了和“太极”“理”的同等地位，认为“乾坤万物，一齐从善中流出。”于是“善”被赋予了本体的性质。
他又说：
吾人时刻受用者，性而已矣。性之所以为性者，善而已矣。天地间止是此件，故可欲者，止是此件，受用者，止是此件。（《东林书院志》卷六《补录未刻稿＜东林商语＞一则》）
这就是他自己所归纳的“道性善是说本体”（《经正堂商语》） ，以及他临终绝笔：“语本体，只是‘性善’二字”（《小心斋札记》卷十八） 。即是说，“善”与“太极”（理）一样，不仅是天地万物生成的本原，而且具有“天之德”“地之德”的性质。
顾宪成对《周易》《乾》卦卦辞“元、亨、利、贞”的解释，不仅认为“善”具有天地之德，而且还具有仁、义、礼、智等道德属性。元、亨、利、贞是《周易》《乾》卦卦辞，是乾（天）之四德，即仁、礼、义、正。《周易正义》又以“元、亨、利、贞”（仁、礼、义、正）四德与天之四时（春生、夏长、秋收、冬藏）相配。朱熹认为元、亨、利、贞具有仁、义、礼、智的道德属性。如说：“在天曰元、亨、利、贞，在人曰仁、义、礼、智”（《朱文公文集》卷六十七《仁说》） 。顾宪成在继承前人思想的基础上，做了自己的发挥。他强调“善”的作用，认为天之四德“元、亨、利、贞”，皆是“善”的体现，又是“善”的复归。这样，“善”不只是“天之四时”的体现者，也是“君子四德”仁、义、礼、智的体现者。名称虽异，实出一原。
顾宪成之所以如此强调性善说，是有针对性的。当时王守仁的“无善无恶心之体”四句教流行，王学末流掀起空谈心性而不务实学之风，顾说对此而言。他说：“将这‘善’字打破，本体只是一个‘空’”（《小心斋札记》卷三） 。又说：“往岁唐仲卿过访泾上，语次痛疾心学之说。……仁卿曰：‘而今一切托之心，这是无形无影的，何处究诘也？’予曰：‘只提出“性”字作主，这心便有管束。孔子‘从心所欲，不逾矩，矩即性也’”（同上卷五） 。顾宪成认为“点出‘善’字，正示性有定体，不可以歧见淆也”；“提出‘性’字，正示善有大原，不可以局见窥也”（同上卷二） 。可见，顾宪成之所以要抬高性善说，把“性”与“善”结合起来，目的就是用来防范和破除王学“无善无恶”之说的泛滥。
第四节 “道性善”与对“无善无恶心之体”的论辩
明后期，王学末流利用“四句教”的“无善无恶心之体”的理论，谈空说玄，并提倡“三教合一”，大张宗风。刘宗周的门人董玚曾指出，“自文成而后，学者盛谈玄虚，遍天下皆禅学”（《刘子全书》卷四十《刘子年谱·万历四十年条》） 的严重状况。这种大张宗风的行径，可以管志道（东溟）、钱渐庵、周汝登（海门）、陶望龄（石篑）等人为代表。据《明儒学案》记载：
管志道，字登之，号东溟，苏之太仓人，隆庆辛未（公元1571年）进士。……受业于耿天台，著书数十万言，大抵鸠合儒释。……谓乾元无首之旨，与华严性海浑无差别（卷三十二《泰州学案·序》） 。他认为“儒、释、道其心皆一门庭”（管志道《从先维俗议》卷五） ，故“倡道东南，标三教合一之宗”（《泾皋藏稿》卷十七《文石张君墓志铭》） 。
钱渐庵，东林党人钱龙锡之父，云间（今江苏松江）人。曾为官于山东蓬莱，后退居故里，主持日新书院。著有《会语》《空说》等文，主“无善无恶”之说。
周汝登，字继元，别号海门，嵊县（今嵊州市）人，万历丁丑（公元1577年）进士。“闻道于（王）龙溪”，后又求教于罗汝芳（近溪）。南都（金陵）讲会，他“拈《天泉证道》一篇相发明”，“以无善无恶为宗”（《明儒学案》卷三十六《泰州学案·周汝登传》） 。
陶望龄，字周望，号石篑，会稽人，万历己丑（公元1589年）进士。他的学问“多得之（周）海门，而泛滥于方外”；“其时湛然、澄密、云悟，皆先生引而进之，张皇其教，遂使宗风盛于东浙。其流之弊，则重富贵而轻名节，未必非先生之过也”（同上《陶望龄传》） 。
这时与管志道、钱渐庵、周汝登、陶望龄等人相对峙的，除了顾宪成、顾允成兄弟和高攀龙等东林学派人士外，还有湛若水的再传弟子许孚远、陕西学者冯从吾，以及原出于王门而后又别立宗旨，倡“止修”学说的李材，还有和管志道同出于泰州学派的方学渐等人。据《明儒学案》记载：
许孚远，字孟仲，号敬庵，湖州德清人，嘉靖壬戌（公元1562年）进士。年二十四，学于湛若水的弟子唐枢之门。他“信良知，而恶夫援良知以入佛者”；“南都讲学，先生（即许孚远）与杨复所、周海门为主盟，周、杨皆近溪之门人，持论不同。海门以‘无善无恶’为宗，先生作《九谛》以难之”（卷四十一《甘泉学案·许孚远传》） 。周汝登“作《九解》以伸其说”（卷三十六《泰州学案·周汝登传》） 。
方学渐，字达卿，号本庵，桐城人。曾受学于泰州学派的张甑山、耿楚侗。他“见世之谈心，往往以‘无善无恶’为宗，有忧焉”（卷三十五《泰州学案·方学渐传》） 。“独以‘性善’扫除‘无善无恶’，直狂澜之砥柱也”（《小心斋札记》卷十六） 。
冯从吾，字仲好，号少墟，陕西长安人，万历己丑（公元1589年）进士。受学于许孚远。曾与邹元标（南皋）于京师建首善书院，“倡明正学”（《明儒学案》卷四十一《甘泉学案·冯从吾传》）
李材，字孟献，别号见罗，丰城人，嘉靖壬戌（公元1562年）进士。初学于邹守益（东廓），“学致良知之学”，后“别立宗旨”倡“止修”学说（同上卷三十一《止修学案·李材传》） 。他的《性善编》“专为阳明致良知之说而作”，认为“阳明以无善无恶为性，则亦以无善无恶为良知，此其合商量处也”。顾宪成评云：“见罗校勘到此，可谓洞见病根”（《小心斋札记》卷十四） 。
他们虽然不出于同一学派，但都主“性善”之说，并与“无善无恶心之体”的学说展开了论辩。当时著名学者刘宗周就曾对这场论辩的性质做过评论，他说：
王守仁之学良知也，无善无恶，其弊也，必为佛、老顽钝而无耻。……佛、老之害，自宪成而救。（《刘子全书》卷十四《修正学以淑人心，以培国家元气疏（万历四十一年十月）》）
可见，顾宪成等人与管志道、周汝登等人的这场论辩，是旨在以程朱理学来矫正王学末流之弊。其实，王守仁的“良知”说，既有本体论，也有认识论的内容。从认识主体的分析来说，“良知”的“无善无恶”，排斥它的道德属性，仅从主体的意义上来分析，这无疑是对哲学的一个贡献。顾宪成等人排除对认识主体的分析，而用道德学说来代替认识学说，这从理论思维方面说并不是一种进步，毋宁说是一种后退。
这场论辩，围绕“无善无恶”之说而展开。万历二十年前后在南都金陵，有许孚远和周汝登的《九谛》与《九解》的论辩。事隔五年，在吴中，则有顾宪成、高攀龙等人和管志道、钱渐庵的论辩。顾和管等人论辩的问题，可归纳如下几点：
（一）关于本体论
论辩双方，首先从本体论来立论。管志道认为，“无善无恶心之体”来自周惇颐的“太极本无极”的本体论。他说：
王子（王守仁）拈出此心无善无恶之本体，可谓重新周子之太极。（《证性编·质疑》上）
周子之融会二氏（指佛、道），正其所以溯太极于无极也。（同上）
显然，他是想从“太极本无极”中，寻求“无善无恶”之说的本体论的根据，企图把“无善无恶”指为“无极”。
顾宪成则指出周惇颐的“太极本无极”的“本”字，是“原来如是也”（同上《质疑》下） 的意思，“太极”即“无极”，并非“太极”之上还有一个什么“无极”。他认为“太极”乃是“生天生地之本”（《小心斋札记》卷十六） ，而不是虚无的。他还说：
盖周子自无极而太极说到阴阳、五行，所谓“体用一原”也。自阴阳、五行说到太极本无极，所谓“显微无间”也。（《证性编·质疑》下）
顾宪成这种解释，意在指出太极即无极，太极具有阴阳五行等实在的性质，并不是虚无。他极不赞同管志道把周惇颐的《太极图易说》说成是佛、老“空”“无”论的渊薮，是“无善无恶”之说的理论根据。他说：
翁（管志道）谓周元公出没三教，融合而成《太极图说》。顾谓其隐释显孔，其说近于相反矣。至云从（高攀龙）谓《太极图说》与佛相反，翁又不肯也。（同上）
围绕本体论，管志道提出以“阴阳”对“善恶”的观点。他说：
善恶从阴阳而分也，阴阳一太极也。……阳善而阴恶，阴阳之中又分刚善刚恶、柔善柔恶，一成而不可易。故曰：成之者性也。然其所以生阴生阳、生善生恶、永无间断者，谁为之？太极为之也。（同上）
按照管志道上述的观点，则把阴阳等同于善恶，以阳对善，以阴对恶，所谓“善恶从阴阳而分也”，“阳善而阴恶”。加之阴阳又是太极所生，这样势必得出“言太极必于阴阳未分之始，言真性必于善恶未分之始”（同上） 的结论。管志道的所谓“无阴无阳”状态，也正是他一贯强调的善恶未分的“无善无恶”的状态。
顾宪成针对管志道以“阴阳”对“善恶”的观点，提出了反驳。他说：
按周子曰：“太极动而生阳，静而生阴，一动一静，互为其根，分阴分阳，两仪立焉。”所谓分阴分阳，就两仪言也。是故就两仪未立，而曰阴阳未分，可耳。就阴阳未分而曰无阴无阳，可乎？诚使就阴阳未分而曰无阴无阳，彼其动而静、静而动者，果何物乎？而以证性之无善无恶也，疑二。（同上）
根据周惇颐的论述，顾宪成指出分阴分阳是指天地“两仪”。天地未立则谓“阴阳未分”，但不能谓“无阴无阳”。如若说是“无阴无阳”，那么“动而静、静而动”，又是指“何物”呢？他认为以“无阴无阳”的观点来论证“性之无善无恶”那是不妥的，对此他是存疑的。他根据朱熹的观点，认为“乾元资始，坤元资生，则独阳不生，独阴不成，造化周流，须是并用”；“阴阳者造化之本，不能相无而消长”（同上） 。他指出管志道想从周惇颐的《太极图易说》中寻找“无善无恶”的本体论的根据，那是徒劳的。
（二）关于本体与功夫
管志道信从王守仁的所谓天泉证道的“四句教”，即“无善无恶心之体，有善有恶意之动，知善知恶是良知，为善去恶是格物。”“四句教”的第一句“无善无恶心之体，”既有本体论问题，也有认识论问题。其他三句，属于工夫问题。把本体论、认识论问题与方法论问题区别开来，这在理论思维发展史上是一种进步。可是，顾宪成则认为本体与工夫应是合一的，二者既紧密相关，又相互作用，指出管志道所信从的“四句教”，则是把本体与工夫分离为二了。他说：
本体工夫原来合一，是故儒者以性善为宗，则曰为善去恶。释氏以无善无恶为宗，则曰不思善、不思恶。若曰无善无恶心之体，有善有恶意之动，知善知恶是良知，为善去恶是格物。愚窃疑其二之也。（同上《罪言》上）
顾宪成从“本体工夫原来合一”的观点出发，进而指出“四句教”自相矛盾而不能自圆其说：一是既然说“无善无恶心之体”，又言“为善去恶是格物”，这就不免将本体与工夫分离为二，造成“往往执上一句，忽下二语”（同上《质疑》下） ；二是既然说“无善无恶”，但又要“为善去恶”；那么，“善”又从何来？既然要“为善去恶”，但又说“无善无恶”；那么，“善”又何往？三是“心既无善”，“知安得良？”“即其言，亦自相悖矣！”（《小心斋札记》卷十五） 他指出：
心既无善无恶，意、知、物安得有善有恶？意、知、物若有善有恶，心安得无善无恶？（《证性编·罪言》下）
本体如是，功夫如是，其致一而已矣。今以无善无恶语心，以为善去恶语格物，已不免判而两歧。（同上《质疑》下）
顾宪成在揭示“四句教”之内在矛盾的同时，还指出管志道所谓“四句教”的“四有说”和“四无说”是分接上、中、下根之说，又与他们的“无善无恶谓之至善”的观点相矛盾。因为既然承认“无善无恶为至善”；那么“安得不以无善无恶为上根也”（同上《质疑》上） ？总之，这样烦琐的争论，在顾宪成看来，无非是说，用善恶的道德学说可以代替一切。
（三）关于统体之善与散殊之善
管志道、钱渐庵均认为抽象的“统体之善”（管所谓的“至善”）与具体的仁、义、礼、智的“散殊之善”（亦称“条件之善”）是不能“相对”（同上《质疑》下） 的，而是“于执”（《东林商语》下） 不变的，也就是说，两者的关系是可分割的、互不联系的。
顾宪成则认为“统体之善，即散殊之善”（同上） 。他说：
按其统体而言，所谓大德敦化也；指其散殊而言，所谓小德川流也。仁、义、礼、智既列四名，便属散殊。……且统体之善，即散殊之善也，何曾余却一毫。散殊之善即统体之善也，何曾欠却一毫。今以其为散殊，不得等于统体，因别而名之。……颇过于分析矣。（同上）
他反对把“统体之善”与“散殊之善”分割开来，认为“善”不仅是“天之四德”——元、亨、利、贞的体现，也是“君子四德”——仁、义、礼、智的体现。“统体之善”，就具有仁、义、礼、智的道德属性。而仁、义、礼、智又归结为“统体之善”。因此，“统体之善，即散殊之善”，“散殊之善，即统体之善”（同上） ，两者紧密相关。
顾宪成在反驳钱渐庵时，说得更加明白，认为“善是仁、义、礼、智之统体，仁、义、礼、智是善之条件”（《东林书院志》卷四《东林商语》下） 。故他说：
言仁，即性之全体在仁；言义，即性之全体在义；言礼，即性之全体在礼；言智，即性之全体在智，有何剩欠？（同上）
他十分强调作为具体的“散殊之善”（“善之条件”）的仁、义、礼、智可以体现抽象的“统体之善”。
顾宪成之所以强调“统体之善”与“散殊之善”的不可分割，目的在于说明善性并非抽象虚无，而是具有仁、义、礼、智的道德内容的。
顾宪成在和管志道、钱渐庵等人论辩“道性善”与“无善无恶心之体”时，还指出“无善无恶”说的危害性。
首先，它导致人们蔑视道德礼教而放诞不轨。
顾宪成认为“无善无恶”说，是提倡佛、老空无论。“空则一切解脱，无复挂碍”，其后果必然导致人们蔑视一切封建道德，引导人们放弃道德修养而放诞不轨：
以为心之本体原来是无善无恶也，合下便成一个空。……空则一切解脱，无复挂碍。高明者入而悦之，且从而为之辞曰：理障之害甚于欲障。于是乎委有如所云：以仁义为桎梏，以礼法为土苴，以日用为尘缘，以操持为把捉，以随事省察为逐境，以讼悔迁改为轮回，以下学上达为落阶级，以砥节砺行、独立不惧为意气用事者矣。（《证性篇·罪言》上）
其次，它取消判断是非善恶的道德标准。
顾宪成指出，由于“无善无恶”说所宣扬的是“可是可非之间”，取消了判断是非善恶的道德标准，就必然导致人们采取“混则一切含糊，无复拣择”的处世态度：
以为无善无恶只是心之不著于有也，究竟且成一个混。……混则一切含糊，无复拣择。圆融者便而趋之，且从而为之辞曰：行于非道乃成至道。于是乎委有如所云：以任情为率性，以随俗袭非为中庸，以阉然媚世为万物一体，以枉寻直尺为舍其身济天下，以依违迁就为无可无不可，以猖狂无忌为不好名，以临难苟免为圣人无死地，以顽钝无耻为不动心者矣。（同上）
他描绘了这种“一切含糊、无复拣择”的处世态度，痛斥了导致取消判断是非善恶的道德标准所造成之危害。
顾宪成把上述“无善无恶”说所造成的危害，归结为“空”“混”二字。“本病只是一个‘空’字。末病只是一个‘混’字”（《还经录》） 。并进而指出这种“无善无恶”的“空”“混”之论，势必导致“空则并以善为恶，混则遂以恶为善”（同上） 的是非颠倒。而且指出这种“空”“混”之论的迷惑力很大，“上之可以影附君子之大道”，“下之可以曲投小人之私心”（同上） ，其危害之深，甚至已达到“孔、孟复作，其奈之何哉”的程度。所以，顾宪成视“无善无恶”说是“以学术杀天下”（《证性编·罪言》上） 的严重祸害。
管志道等人所宣传的“无善无恶”说，既然导致人们蔑视封建道德，引导人们放弃道德修养而自由放任；那么，它在客观上是否具有冲击封建网罗的进步作用？这需要做具体分析，不能一概而论。因为像管志道这批王学末流，与封建的“异端”学者李贽强烈反抗封建正统思想的作为不同。他们宣扬“无善无恶”说的目的，主要在于提倡佛、道的空无之论，主张儒、释、道合流。这些与顾宪成为首的东林学派一贯提倡的“家事、国事、天下事，事事关心”的学风是不相容的。
顾宪成之弟顾允成也指出：
迩来反复体勘世道，人心愈趋愈下，只被“无善无恶”四字作祟。君子有所淬励，却以“无”字埋藏；小人有所贪求，却以“无”字出脱。（《小辨斋偶存》卷六《与邹大泽铨部》）
顾允成所说的“君子”，一般是指关心国事、同情百姓、对朝廷腐败之事直言敢谏的官吏和文人学士。“小人”，主要是指一批热衷利禄、贪恋权势的官僚和追随魏忠贤“阉党”的阁臣和爪牙。“小人”结党营私、欺压百姓、贪赃枉法，而“无善无恶”说，实际是为他们这帮人做了护身符。应该说，这样揭露管志道等人鼓吹“无善无恶”说的实质，是颇为深刻的。
第五节 辟佛论
顾宪成对佛教进行了批驳。严瑴在《东林或问》中，就明确指出“顾（宪成）、高（攀龙）诸先生严心学、性学之辨”，又“力排佛学之非”（《东林书院志》卷十七） 。
顾宪成首先批评王守仁“四句教”“无善无恶是心之体”句的根据，是来自佛教禅宗。他说：
提宗亦曰：“无善无恶心之体”。居然与宗门之旨不异矣。侈谈元虚，而学者竞崇悬解。（《证性编·质疑》上）
或问佛氏大意。曰：三藏十二部五千四百八十卷，一言以蔽之曰“无善无恶”。试阅七佛偈便自可见。（《小心斋札记》卷十）
查阅禅宗《坛经》，确有这方面的思想内容。其说认为，从宇宙本体到人的精神世界皆空无。既无方圆大小，亦无任何善恶是非。因此，像管志道、钱渐庵等一些宗禅倾向的学者，均企图依据禅宗的“无善无恶”谓之“空”“无”的理论，来说明儒家经典中所云“喜怒哀乐之未发”和“上天之载、无声无臭”，从而否定“道性善”，而顾宪成则依据程朱理学的观点予以批驳，认为“喜怒哀乐之未发”，只是指“性”（理）而言，并非佛教所谓的“虚空”。“上天之载、无声无臭”，正是指“无极而太极”是“无形而有理”（《朱子语类》卷九十四） ，也并非佛教所言的“虚空”。他说：“无声无臭，吾儒之所谓空也。无善无恶，（佛、老）二氏之所谓空也。名似而实远矣”（《小心斋札记》卷四） 。所以，顾宪成指斥他们“不必借彼之所谓空，证我之所谓空也”（《东林书院志》卷四《东林商语》下） ，“以‘无声无臭’，伸‘无善无恶’矣”（《小心斋札记》卷十四） 。从而进一步论述“道性善”的实“有”，批驳佛教崇“无”的宗旨。他说：
“无声无臭”，儒宗也。“无善无恶”，释宗也。（同上）
以性善为宗，上之则羲、尧、周、孔诸圣之所自出，下之周、程诸儒之所自出也。以“无善无恶”为宗，上之则昙、聃二氏之所自出，下之则无忌惮之中庸，无非刺之乡愿之所自出也，不可不察也！（《东林会约》）
夫善者，指吾性之所本有而名之也；恶者指吾性之本无而名之也。……性以善为体，犹眼以明为体。此体万象咸备曰实，此体纤尘不着曰空，所谓一物而两名者也。厌有崇无，妄生分别，总为性体之障耳。（《东林书院志》卷四《东林商语》下）
释氏要混沌天地，灭绝万物，所以欲斩断此“善”字。（《还经录》）
顾宪成对王守仁所谓儒、释、道的“一厅三间之喻”的“三教合一”论，进行了批评。他说：
一厅，言同也，俨然以范围三教为己任。曰三间，言异也，又以自托于吾圣人。同而异，天下又孰能议其混异而同？……仙家说到虚，圣人岂能虚上加得一毫实。释家说到无，圣人岂得无上加得一毫有。是以吾之性命与二氏混也，不可言也！（同上）
他认为，这种所谓儒、释、道的“一厅三间之喻”，是一种“阳离阴合”的论调，为后来王学末流提供了由儒入禅的理论根据。所以，顾宪成批评王守仁是“为异端而攻吾儒，此何心哉！”（同上）
顾宪成辟佛，十分赞赏唐代韩愈《原道》篇的观点。他说：
予始读韩昌黎《原道》，以为粗之乎其辟佛者，年来体验，乃知其妙。……《原道》之作，似乎平平无奇，而上下二千年间，辟佛家竟未尚之者也。（《小心斋札记》卷八）
他继承了韩愈从儒家传统的伦理观入手去批驳佛学的主张，认为只有从伦理观去批驳，才能使对方“无辞以解”（同上） ，使佛学的心性之说，“不攻自破”（同上） 。可见，以道德学说代替一切，摒弃在理论上的研究，这是顾宪成思想的特色。他对佛学也是采取这种方法的，以儒家的正统观念代替了对佛学的客观研究。
第六节 知行观与修养论
顾宪成认为，“无善无恶”说沿袭佛教禅宗的空虚幻灭理论，在知行观与伦理观上，则具有“不说工夫”、取消封建道德修养的倾向。他针对这种弊病，极力反对“不学不虑”“不思不勉”的“见成良知”说，提倡“躬行”“重修”的修养功夫。
一、反对“不说工夫”，提倡本体功夫“合一”
顾宪成一贯提倡本体与功夫的“合一”（《证性编·罪言》上） 。他说：“道性善，是说本体。称尧、舜，是说工夫”（《经正堂商语》） 。“称尧、舜”之目的何在？“揭示标准，鼓舞向往，在此。激发秉彝，振起积习，在此。策懦为强，破昏为明，唤醒一时之醉梦，豁开万世之心眼”（《小心斋札记》卷二） 。他激励人们，要以尧、舜为学习的榜样，努力于仁、义、礼、智等封建道德的践履。他强调说：“性，天道也。学，人道也”（同上卷十三） 。这里所说的“性”，即指本体；“学”即指功夫，两者是合一的。认识本体，才明了用功所达之目标；实下功夫，本体才能得以实现。所以，顾宪成在《东林书院院规》中就定有一条专谈“立志”，要求君子立志做“圣贤”，否则“浮生浪死，虚担一个人名而已。”他赞同罗洪先对“终日谈本体，不说工夫，才拈工夫，便以为外道”的非议（同上卷一） 。
首先，顾宪成反对“不学不虑”的“见成良知”说，指出“不学而能良能”“不虑而知良知”的所谓“良知良能”，本身就“自相矛盾”（同上卷五） ，也违反孔子的“学而不思则罔，思而不学则殆”的教导。他赞同罗洪先的“世间那有见成良知”的说法（同上卷十一） ，认为“良知不是见成的”（同上） 。这种“不学而能”“不虑而知”的“见成良知”说，是“自欺欺人”“自误误人”之谈。他说：
良知不虚而知，不学而能，本自见成，何用费纤毫气力。这等大话，岂不自误误人，其为天下祸甚矣！（同上）
顾宪成既而否定世上有“见成圣人”。他说“世间那有见成良知，犹言世间那有见成圣人”（同上） 。
顾宪成对孟子“不学不虑”的“良能良知”说采取否定态度，重新做了解说：
孟子以不学而能为良能。吾以为学而能亦良能也。何也？能之入处异，而能之究竟处同，非学不学之所得而歧也。
孟子以不虑而知为良知。吾以为虑而知亦良知也。何也？知之入处异，而知之究竟处同，非虑不虑之所得而歧也。（同上卷六）
顾宪成的这段十分精彩的论述，强调了以下三点：第一，正由于“不能”“不知”，而促使人去“学”、去“虑”；第二，一反孟子“不学不虑”的“良能良知”的本意，做出了自己新的解说，即“吾以为不能而学亦良能也”，“吾以为不知而学亦良知也”；第三，区别了“学”和“虑”与“不学”和“不虑”的分歧。而这三点归结为一点，就是强调后天的“学”和“虑”。他不赞成孟子所谓的“不学而能为良能”“不虑而知为良知”的“良能良知”说，从而使自孟子到陆、王的“良知良能”的认识论得到了修正。
与此同时，顾宪成还批驳了以“不知为知”的“世间通病”（《东林书院志》卷四《东林商语》下） 。他对“知”做这样的解释：
所谓知之云者，非可凭空胡乱杜撰，非可临时造次主张，须是我这里光光净净，一切呈出本相，没些子遮盖在那知不知处，乃所谓知之耳。（同上）
认为真知既不是任凭胡乱编造，也不是个人的主观偏见。因此，他比较重视闻见之知，反对以“不知为知”和“生而知之”的论调。他说：“不知而作，正犯了不知为知之的病。多闻而择，多见而识，亦须是不知而作的药”（同上） 。他还举出孔子所谓“‘我非生而知之者，好古敏以求之者也’，‘吾尝终日不食终夜不寝以思，无益，不如学也。’”的言论，来批驳“生而知之”的论调，认为孔子的“入太庙，每事问”，是启发那些以“不知为知”者的一剂良药。他说：
这话头极易简，又极精密；极直截，又极周致。极能开发人，又极能磨练人。展转玩绎，真是意味无穷耳！（同上）
顾宪成反对“不学不虑”的“良能良知”说和“生而知之”说，说明他的认识论具有唯物主义的思想因素。在王学还颇风行之际，他能这样做，是要有一点勇气的。
其次，顾宪成反对“不思而得”“不勉而中”之说，指出：
圣人不思而得矣，未尝不思而得概天下也；不勉而中矣，未尝不勉而中概天下也。是故曰：择善固执，曰：博学、审问、慎思、明辨、笃行，曰：人一己百，人十己千。……是故曰：发愤忘食，曰：好古敏求，曰：不如丘之好学。而今开口便说个不思不勉，何言之易也！（《小心斋札记》卷二）
所谓“不思而得，不勉而中”，原出于《中庸》：“诚者，不勉而中，不思而得，从容中道，圣人也”（第十九章） 。朱熹注：“诚者，真实无妄之谓，天理之本然也。……圣人之德，浑然天理，真实无妄，不待思勉，而从容中道。”可见，顾宪成对“不思不勉”的解说，却是一反《中庸》和朱注，大胆否定有“不思而得”“不勉而中”的“圣人”，认为要获得对具体事物的认识，“不思不勉”是不行的，而是要靠自己百倍乃至千倍的努力，要有“发愤忘食”“好古敏求”的好学精神，以及经过“博学、审问、慎思、明辨、笃行”的知行阶段，才能有所“得”、才能措置适中。这与他号召君子要立志做“圣贤”，学者第一要“发愤”的意思是一致的。要做“圣贤”，得通过自我努力才行；而“不思不勉”是永远也做不了圣人的。这就打破了圣人是“生而知之”的传统观点。这种知行观有积极意义。
顾宪成还抨击了陈献章（白沙）的“以自然为宗”的学说。他指出，“近世儒者皆宗之，而不思不勉之说盈天下”（同上卷十三） ，这是祸害。他认为所谓“自然”，就是“天理”（同上） 。这就有个体认“天理”和“行乎天理”的封建道德践履问题。他从体认天理和“行乎天理”的观点出发，提倡探求天理和践履封建道德。
第三，顾宪成反对“不须防检、不须穷索”之说，认为奢谈本体，而不下功夫去“穷索”和践履，是不行的。当时这种空谈本体而不重功夫的风气是十分严重的。他说：
愚谓近世儒者，莫不以明道（程颢）《识仁说》为第一义。徐而察之，大率要洒脱、要自在、要享用。有以工夫言者，辄曰：“不须防检，不须穷索，未尝致纤毫之力，此其存之之道”。恐明道复生，亦当攒眉也。（同上卷一）
这种忽视“工夫”的状况，高攀龙也曾指出：“世之所谓本体，高者只一段光景，次者一副意见，下者只一场议论而已”（《东林书院志》卷七《顾泾阳行状》） 。至于如何体认“天理”和道德践履却是空无下文。因此，他不满这种空谈本体而不言功夫的现象，反对“不须防检、不须穷索”之说，提倡“真穷索”，“真防检”。他所谓的“真穷索”，即是对“天理”，要有“仰之弥高，钻之弥坚，瞻之在前，忽焉在后”的精神。他所谓的“真防检”，即是对道德的践履，要真正做到“非礼勿视、非礼勿听、非礼勿言、非礼勿动”。他认为，只有将本体与功夫相结合，才能真正将封建伦理道德（仁、义、礼、智）付诸践履。从这里，我们可以多少窥出顾宪成的知行观和道德修养论是互相结合的，知是知这封建伦理，行是行这封建伦理，不复别有所谓道德修养。
二、“躬行”“讲习”的知行观
顾宪成惩于当时“空言之弊”（《泾皋藏稿》卷十《尚行精舍记》） ，十分赞同邹元标“躬行立教”（同上） 的主张，认为这是“今日对病之药”（同上卷五《简邹孚如吏部》） 。他对邹元标在故里新置一书舍，题名“尚行”的举止，大为赞赏，特为撰写《尚行精舍记》以颂之，说“邹子之勇”，“当拜下风矣！”
顾宪成提倡“讲习”（《东林书院志》卷三《丽泽衍》） ，认为“学问”是个重大的事，“须用大家帮扶，方可得手”（同上） 。他主张志同道合的朋友聚集一起，“并胆同心，细细参求，细细理会。未知的要与剖明，已知的要与印证。未能的要与体验，已能的要与坚持。如此而讲，如此而习。讲以讲乎习之事，习以习乎讲之理。……两下交发，缉熙庚续，循环无间”（同上） 。这样必能“碍者通，混者析，故者新，相推相引，不觉日进而高明矣”（同上） 。他指出过去讲学的缺陷，在于“所讲非所行，所行非所讲”（《东林会约》） ，也就是“讲”与“习”之间脱节。他所谓的“讲”，就是“研究讨论工夫”，属知；所谓的“习”，就是“持循佩服工夫”，属行。“讲”和“习”的一致，就是“知”和“行”的一致。他反对知行不一的“空言之弊”。
“讲”“习”结合，要“破二惑”。所谓“二惑”，一则曰：“讲学迂阔而不切，又高远而难从”；一则曰：“讲之而所行则非”（《东林会约》） 。这是当时封建当权者用来禁止自由讲学的借口。顾宪成严正驳斥这种借口。他说：
学者学此者也，讲者讲此者也。凡皆日用常行、须臾不可离之事，何云迂阔？又皆愚夫愚妇之所共知共能也，何云高远？此其不当惑者也。（同上）
至于对“讲”与“行”的关系，他指出：“病在所讲非所行，所行非所讲耳”（同上） 。士之讲学与农之耕地一样，不能由于禾苗的干枯而归罪于耕，乃至“以耕为讳”；不能由于某某士人之“毁行”而归罪于讲学，乃至“以讲学为讳”。
顾宪成通过这类朋友聚集一起的“讲习”结合的讲学活动，看到了“群”的作用。他说：
自古未有关闭门户独自做成的圣贤，自古圣贤未有离群绝类、孤立无与的学问。……群一乡之善士讲习，即一乡之善皆收而为吾之善，而精神充满乎一乡矣；群一国之善士讲习，即一国之善皆收而为吾之善，而精神充满乎一国矣；群天下之善士讲习，即天下之善皆收而为吾之善，而精神充满乎天下矣。（《东林书院志》卷三《丽泽衍》）
顾宪成的这段议论，是他为东林书院成立第二年（万历三十三年，公元1605年）九月的全体集会而写的。他在这次全体集会上对“群”的作用如此称道，实际是对集会结社活动的讴歌赞美，也是东林学派人士要求讲学自由和结社自由的呼吁。
三、“重修”的道德修养论
顾宪成为何持“重修”的道德修养论？他认为“悟”是由“修”而入，没有渐修阶段，最终也达不到“悟”的境界。他把“修”与“悟”，比作是“下学”和“上达”的关系，认为“舍下学而言上达，无有是处”（《泾皋藏稿》卷十一《虎林书院记》） 。
他还认为“悟”并非凭空而悟，而是与“行”（人们的道德践履）相结合、相终始的。他说：“悟于何始？因行而始。悟于何终？因行而终”（同上卷十《尚行精舍记》） 。说明顾宪成是重视平时道德的践履，反对不修而悟的“顿悟”说的。
顾宪成提出“重修”，有其针对性。他企图以“重修”来“救正”王学末流重“悟”“不修”之弊。他说：
窃见迩时论学率以悟为宗，吾不得非之也。徐而察之，往往有如所谓以亲、义、序、别、信为土苴，以学、问、思、辨、行为桎梏，一切藐而不事者，则又不得而是之也。识者忧其然，思为救正，谆谆揭修之一路指点之，良苦心矣。（《东林会约》）
他认为造成这种“以亲义序别信为土苴，以学问思辨行为桎梏”的放荡不羁之弊的，始于“无善无恶”为性之说，而致病之根源，则在提倡“悟”。其弟顾允成认为“‘正心诚意’四字不著，则‘无善无恶’四字不息。‘无善无恶’四字不息，则修、齐、治、平未易几也”（《小辨斋偶存》卷二） 。他们认为，与其失于王守仁的“荡”，毋宁失于朱熹的“拘”，故重“修”而不重“悟”。
顾宪成的修养方法，基本上是继承程、朱的。他除了强调要“躬行”外，还主张“居敬穷理”。关于穷理，他认为“必从性入”（《小心斋札记》卷八） 。从“性”入手，就是他所说的“道性善”，就是落实到“识仁”，因为“仁”是“四德”之首，又是包括仁、义、礼、智一切封建道德的总原则。“识仁”就是体验“天理”。他很赞同程颢所提出的“须先识仁”的主张：
程伯子曰：“学者须先识仁，识得此理，以诚敬存之而已。”又曰：“学者识得仁体实有诸己，只要义理栽培，如求经义，皆栽培之意。”愚谓以诚敬存之，是收摄保住工夫，以义理栽培是维持助发工夫，说得十分精密。（同上卷一）
顾宪成所谓“以诚敬存之，是收摄保住工夫”，就是朱熹所谓“居敬”，是对封建道德的“执持工夫”。顾宪成一再强调“小心”二字。所谓“语本体，只是‘性善’二字。语工夫，只是‘小心’二字”（同上卷十八） ，认为“小心是个敬”（同上卷十二） 。关于“敬”的解释，顾宪成与朱熹基本相同，认为“敬”并非像佛家的坐禅和道教的“清静”那样，“块然兀坐，耳无所闻，目无所见，心无所思”（《朱文公文集》卷二） 。“敬”只是“有所畏谨，不敢放纵。身心收敛，如有所畏”（同上） 。顾宪成之所以提出“小心”二字，也正是针对某些王学末流的放荡不拘，无复忌惮而开的药方。他说：
世儒放胆多矣，提出这“小心”二字，正对病之药。曰这是百草中一粒灵丹，不论有病无病都少他不得。而今须要实实调服，莫只把来做个好方子，随口说过，随手抄过，却将自家放在一边也。（《小心斋札记》卷十二）
顾宪成提出的“以义理栽培是维持助发工夫”，是指读书尊经以穷理。这方面，他也继承了朱熹的观点，认为古来圣贤之书是用来解说义理之精微的，因为读书尊经乃是穷理的手段。顾宪成之所以提倡读书尊经，用意还是针对王学“求诸心而得”（《泾皋藏稿》卷二《与李见罗先生书》） 的观点而发的。他说：
学者试能读一字，便体一字；读一句，便体一句。心与之神明，身与之印证，日就月将，循循不已。……至乃枵腹高心，目空千古。一则曰何必读书，然后为学？一则曰六经注我，我注六经。即孔子大圣，一腔苦心，程、朱大儒，穷年毕力，都付诸东流已耳。然则承学将安所持循乎？异端曲说，纷纷藉藉，将安所折衷乎？（《东林会约》）
又说：
凭恃聪明，轻侮先圣，注脚六经，高谈阔论，无复忌惮，不亦误乎！（《泾皋藏稿》卷二《与李见罗先生书》）
他认为王学任心太过，目空千古，容易失误，故提出要“质诸先觉、考诸古训”（同上） ，即必须尊经（《东林会约》） 。
顾宪成生活的时代，正是明王朝腐朽没落、“天崩地陷”（高攀龙《顾季时行状》） 的时代。顾宪成、高攀龙等在被罢黜返归故里后，仍关心国事，重建东林书院并创立东林学派。他们的理想是要通过讲学，唤起人心，治国平天下。他们的座右铭是“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心。”于是，在距今四百一十年前的太湖之滨，东林书院成了正直之士的活动中心。他们在“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物。”一批身在中央和地方任职的正直官吏如赵南星、邹元标、冯从吾、李三才等，与之遥相应和。于是，作为一个学术团体的东林学派，逐渐扩大而形成一个政治派别，封建保守势力乃称之为“东林党”。
顾宪成、高攀龙为首的东林学派，代表了地主阶级的开明派和商人、市民的利益。他们在和封建腐朽势力的集中代表——阉党及其爪牙专权乱政的斗争中，主张革新朝政，反对矿监税使的横征暴敛，要求惠商恤民、减轻赋税，重视工商业的发展。
与顾宪成的社会政治经济思想相关联，他的理学思想是以能否治世作为评价理学思想或其他学说的邪正是非的标准。尽管顾宪成对“无善无恶”说的论辩和批驳，是从儒家正宗立场出发来反对王学末流的佛、老“空”“无”思想，其理论深度和理论分析不足，但是他强调治世，反对出世，表露出对讲学自由和结社自由的要求，甚至发出“外人所是，庙堂必以为非；外人所非，庙堂必以为是”和“天下之是非，自当听之天下”（《以俟录·序言》） 的呼声。这些思想的进步因素，对明清之际早期启蒙思潮的兴起，产生了积极的影响。它反映了处在资本主义生产关系萌芽时期，新思想开始萌发。因此，在某种程度上，顾宪成、高攀龙等东林学派人士也可说是早期启蒙思潮兴起的先驱人物。但顾宪成的哲学思想，仍然不能摆脱程朱理学的束缚。