明代中期，理学史发展的主要内容是王守仁心学的崛起及王学的广泛传播。朱学虽然也还是官方哲学，但逐渐退居次要地位。在这种情况下，王学与朱学有一些相互诘辩。到嘉靖以后，出于王学而又不同于王学，则有“掀翻天地”的泰州学派，在下层社会传播。王学于是走向式微。历史向明末清初对理学的批判总结阶段转化。
在王学崛起之前，陈献章的江门自得之学已为之前驱。江门心学提倡“静中养出端倪”。所谓“端倪”，也就是心之本体，即虚灵明觉的心体。这与王守仁的“良知”并无不同。陈献章心学在岭南形成一个学派，自相传授。大弟子湛甘泉得其心传，“江门钓台付与湛民泽（湛甘泉字民泽）收管”，意即以衣钵传之。湛甘泉主张“随处体认天理”，从事事物物上体认本心的精微，实与陈献章心学一致。湛甘泉历官各地，筑书院以祀献章，张大师说。王守仁与湛甘泉友善，二人互相切磋，对湛的学说深为契合。陈、湛之学对王守仁有所影响甚明。而王守仁一生并未齿及陈献章。黄宗羲于此表示不能理解，明眼人自不能不蓄此怀疑。
王守仁学凡三变，最后建立了心学体系。其学说集宋明理学史上心学一派之大成，达到了心学的高峰。王守仁心学的主要论题有三：一曰心即理；二曰知行合一；三曰致良知。这三个论题俱围绕发明本心的良知这一中心思想。可见，他的思想渊源上承陆九渊立大本，发明本心的统绪。王守仁事功赫奕，弟子众多，而传其学者不能不无所歧异。其“无善无恶心之体”四句教，遂有钱德洪、王畿理解的不同。王守仁弭缝其间，以王畿为“四无”，可以接上根人。以钱德洪为“四有”，可以接中根人以下。这等于自己承认其心学必然要走向分裂。果然，王学的后学分了若干派别。王守仁长期讲学，积累了教育经验，其教育思想与原则，有积极的因素。王学对后世及日本、朝鲜，有一定影响。
王学广泛传播，浙中则有王畿、钱德洪。王畿把王守仁的主观唯心主义推向极端，“挤阳明而为禅”。他到处讲学，在上层社会影响甚大。钱德洪比较谨慎，成就不如王畿。王守仁的亲家黄绾，以其为师，后乃对王学流弊有所批评。张元忭奉阳明之说，对王学流弊亦有讥议。张元忭的后人张岱，明末清初以文学名家，间亦治史。所作《四书遇》，辑录宋、明人研究诠解《四书》言论，颇有新意，要亦近于王学。这些都属于浙中王学。
江右王学以邹守益为正传，欧阳德与之相近。聂豹、罗洪先亦负盛名，为说稍背于王守仁。聂豹的“归寂”说颇与阳明异同，为同门所非难。罗洪先不名一师，为学博杂，虽自列于王门，但亦受朱学影响，刘邦采、王时槐、胡直，均为江右王学，对王学的发展都有一定贡献。江右王学为王学的重要分支，学者众多，为世所重。
南中王学有薛应旂，造就不大。唐鹤征有唯物主义思想，值得重视。
此外，楚中王门、粤闽王门、北方王门，地域很广，但没有突出的学者。黄安耿定向，曾讲学于南京，其复初书院，至今犹存。耿以不救何心隐之故，为李贽所诟病。《明儒学案》列耿于泰州学派。
泰州学派出于王学，而不同于王学。开创者王艮，及门于王守仁，然自立门户，倡“淮南格物”之说，谓“百姓日用即道”，要求做到“人人君子，比屋可封”。弟子中多有农工商贾，与其他王学学派不同。何心隐、罗汝芳、李贽等，都是泰州学派的有名学者。何心隐、李贽为封建政府迫害致死，被目为“妖逆”，或目为“异端之尤”。可见其学派的“异端”性格异常鲜明。
当王学盛行于海内的时候，不断受到学术界批评。陈建著《学蔀通辨》，批驳王守仁“朱熹晚年定论”之说。罗钦顺为朱学学者，仍然维护朱学，其思想含蕴唯物主义因素。王守仁曾与之论学。王廷相的唯物主义特别突出，其所著《雅述》《慎言》，谓“天地未生，只有元气”，“元气之上，无物、无道、无理。”批评宋儒之论“天地之先，只有此理”，乃老、庄“道生天地”之改易面目，诚为一语破的。吕坤亦有唯物主义思想。
东林党人顾宪成、高攀龙，组织社团，讲学著书，评论朝政。顾宪成论性，批评王学“无善无恶心之体”四句教，与管东溟论辩，对王学末流的无忌惮，深致不满。东林党人的政治活动，遭到明政府的严厉镇压。
刘宗周和黄道周是明末两大师。刘宗周创“慎独”之说，讲学于蕺山，明亡，不食而死，气节令人钦敬。黄宗羲、张履祥、陈确皆其弟子之著者。黄道周精于《易》学象数，其天文、历算之学，十分深邃，明亡，起兵抗清，兵败被执，以死殉国。明有天下三百年，初有方孝孺、齐泰、黄子澄，末年乃有刘宗周、黄道周，俱以身殉节，足以为青史生色。
方以智及“易堂九子”，对理学有所讥评。“易堂九子”的经世之学，殊有价值。当明清易代之际，思有所建树，然终亦无补于大局。