由北宋兴起的理学，至南宋朱熹集其大成。这种哲学化的儒学，对于维护封建制度的作用，自非汉唐时期的儒学所能比拟的。可是，程朱理学直到朱熹去世之后才宣布开禁，到元代才将程朱的经传、集注列为试子程式，成为官学。及至明初，程朱理学定于一尊，更进一步强化了它作为封建统治阶级的统治思想的地位。
明朝不仅建立了统一强大的封建王朝，而且它比起宋、元两朝来说，又进一步加强了封建专制主义。这个王朝的君臣非常懂得程朱理学的重要。早在明初开国伊始，即有刘基、宋濂等一批近臣，与明太祖朱元璋“论道经邦”，议论“礼乐之制”，以孔孟之书为经典，以程朱注解为“规矩”。其后，解缙等人对明成祖朱棣的讲筵、入对，更是君臣唱和。遂于永乐年间，在朱棣的御临下，以程朱为标准，汇辑经传、集注，编为《五经大全》《四书大全》《性理大全》，诏颁天下，统一思想，是所谓“合众途于一轨，会万理于一原”，“使家不异政，国不殊俗”。至此，程朱理学才取得了独尊的地位。
由于三部理学《大全》，只不过是以钦定的形式，使程朱理学成为统治思想，因此对于程朱的经传、集注和接近程朱的其他注解，也只是加以辑集，整齐划一，其目的并不在于发明。这就是章懋说的“自程朱后，不必再论，只遵闻行知可也”，和薛瑄说的“自考亭以后，斯道大明，无烦新著”。明末顾炎武、朱彝尊指责三部《大全》，尽是“窃取”“抄袭”，没有新义，对人们的思想起着桎梏的作用。
虽然程朱理学在明初被钦定下来，但是，在明代前期也有一些理学家，他们固然是宗奉程朱，但不是徒守吟诵。他们往往以一种“体认”的方式，发其新义。而其中又因为各自的“体认”不同，“所得”不同，使得明代前期的理学，也呈现了错综复杂的情况。这样的理学人物，有刘基、宋濂、方孝孺、曹端、薛瑄、吴与弼等。
刘基、宋濂的理学思想和著作，多成于元末，但其影响和作用，又主要是在明初。其中刘基在理学上是强调天以“理为其心”，以“元气”说为“天理”到“化生万物”之间的中介物，进一步强调了“元气”在“天理”中的位置和作用。他在《郁离子》《天说》篇中，反对佛、道的鬼神论，以维护儒家“天理”的绝对性。他的《春秋》经解，比起胡安国《春秋传》，不仅发挥夷夏之防的思想，而且使《春秋》学更具有理学的气味。与刘基同出浙东的宋濂，是宋、元以来金华朱学的传衍人物。他强调吾心“天下最大”，以佛教的“明心见性”为“入道之要”。他“饱阅”佛典，称儒、佛“其道揆一”，“同一”，谓学道者当兼儒、佛，因而成为金华朱学“三变”之后的“佞佛者流”。在理学内部，他也主张“折衷群说”，唱朱陆“本一”，其说“有若”元代“和会朱陆”的吴澄。他强调理学不仅修身，而且用世，“立事功”，“著之于民用”。由此他推尊陈亮。这充分反映出明初开国时期的生动气象。
宋濂最得意的门生是方孝孺。但方孝孺与乃师宋濂不同，他是“放言驱斥二氏”，被称为“千秋正学”，“明之学祖”。他忠于君臣大义，面斥朱棣“篡国”，致被磔死，以身殉道，实是一个崇信理学而又被理学扼死的戆迂人物。在理学上，方孝孺认为朱熹而后，不必新著，其要在于道德的实践，指责一些道学人物侈谈性命而行为不端；主张以小学“养其心志，约其形体”，注重治心悟道，而称朱熹的格物补传为多余；倡言以齐家为治国之本，而齐家治国又以《周礼》的宗法制为“遗典大法”；认为《周礼》可以“经世淑民”，行于今日。
与方氏同时而稍后的曹端，是明初北方大儒，开“河北之学”。其理学多是宋人的议题，好“翻出古人一段公案”，讨论周惇颐提出什么是“孔颜之乐”的问题，把程颢所说道德修养的精神境界，从玄远的天人一体，拉到现实的道德实践中。尤其是他的《戾说》一篇，提出理气“一体”，“未尝有间断”，委婉地不同意朱熹所谓理与气如人之乘马；由此提出了新的论题。当时罗钦顺、王廷相谓曹端提出的理气无“间断”，是“深有体认”，但又嫌其不足。他们发挥曹端理气“一体”之说，提出“理气为一物”，“理出于气”，将理气颠倒过来，引向唯物主义，因而越出曹端本意，但问题却是曹端引起的。在曹端之后，“闻风而起”者是薛瑄。
薛瑄学宗程朱，读《性理大全》，作《读书录》，开山西“河东之学”，门徒遍山西、河南、河北、关陇一带，蔚为北方朱学大宗。其理学发挥曹端理气“一体”之说，谓理散于气，故“气中有理”，理气无“缝隙”。同样，在道与器、性与气的关系上，他认为也是道散于器，性赋于气，故道器不相离，性气相即。由此在心性修养方法上，为求得“一个性字”，他主张当于气中求性。而气即万事万物、日用人伦。所以学道者在日用酬酢的道德实践中，即可获见此性，达到“复性”。于是认为道德实践、恭行礼教本身，就是“复性”。这在朱学中是偏于“下学”，而不重视心悟的“上达”工夫，致使他的理学思想“悃愊无华”，趋于偏枯。其学传至吕柟，又开明代关中之学。关中之学的形成，已进入明代中期，适与王学同时，故吕柟曾与王学有所辩论。但吕柟为首的关中之学，亦以“躬行礼教为本”，同薛瑄一样，也只重视道德实践。在理学上虽然有所议论，但其大端并无新义，故其学没有生气，最后默然无闻，而为王学所淹代。
与北方薛瑄差不多同时的吴与弼，在南方开“崇仁之学”，亦称朱学大宗。吴与弼与重视下学工夫的薛瑄相反，他是“兼采朱陆之长”，“寻向上工夫”，其学只重上达一路，强调“静中体验”“静中思绎”的“静观”。其徒陈白沙和娄谅，或“得其静观涵养”，或“得其笃志力行”，俱流衍为王学的“发端”和“启明”。明中期王学的产生，与明代前期理学思想的变化不无关系；虽然王学的产生还有其他的原因，不能仅仅归之于康斋之传。
通观有明一代前期一百多年的历史，虽然有三部理学《大全》的钦定，独尊程朱，但就程朱理学思想来说，宋濂的“佞佛”，方孝孺的戆迂，曹端的《戾说》，在他们对朱学的“体认”中，与朱学往往不能合辙，有的甚至对朱学是“得其半而失其半”。后来薛瑄与吴与弼也是各走极端。薛瑄只重朱学的下学工夫，以至“困于流俗”；吴与弼只重朱学的上达工夫，强调“静观”“洗心”，以至成为王学的肇端。在明代前期的理学中，由宋濂、曹端到薛瑄、吴与弼，所出现的这些思想变化，致使程朱理学的思想体系，被弄得“支离破碎”，这不能不说是王学得以风靡一时的重要原因之一。
可以看出，由北宋兴起的理学，到明代前期又是一大变化。一方面是程朱理学真正成为统治阶级的统治思想，另一方面就程朱理学的思想来说，却是不景气，走下坡路。自此以后，直到清中期的汉学出现为止，所谓程朱理学，尽管仍然是统治思想，但已没有活力。