元承宋祚，理学到了元代也起了变化。这种变化，一方面是由于理学有它自身演变的原因，另一方面也是更重要的，是由于元蒙入主中原的原因。十三世纪，崛起漠北的蒙古人，在消灭金和南宋的过程中，也开始了他们的封建化过程。这一过程，包括吸取以儒学为主的汉族思想文化。当然，他们也同时把自己的思想传统传播到中原来，形成民族之间的思想交融。还在成吉思汗和蒙哥从欧洲回师东向，征战中原的时候，就网罗以耶律楚材为首的亡金儒士大夫，如王楫、李藻、郭宝玉、李国昌、元好问、郝经、姚枢、杨惟中等人。但是，由于这一时期南北“声教不通”，南方的理学，还没有传到北方，因此当时蒙古人所接触的儒学，也只是北方的经学章句。如严实当年在东平兴学，所用的亡金儒士，只是“授章句”。许衡早年受学，也是金之“落第老儒”的“句读”。但是，也就是这些儒士大夫，对于汉民族文化的保存，对于汉、蒙思想文化的融合和交流，以及对于后来蒙古在征战南宋时期，对汉族知识分子的保护，都起了一定的作用。
当窝阔台进兵南宋时，杨惟中、姚枢随军在湖北俘获理学名儒赵复，加以保护，并礼送至燕京太极书院，请他传授程朱理学。自此，北方的儒士大夫姚枢、刘因、许衡、窦默、郝经等人，才得知理学的奥义。然而，北方的理学虽传自赵复，但赵复不愿用世，只处于师儒的地位，且不久又隐迹于真定。在北方传授理学，影响最大的，却是间接受学于赵复的许衡。这正如全祖望所说：“河北之学，传自江汉（赵复）先生，曰姚枢、曰窦默、曰郝经，而鲁斋（许衡）其大宗也，元时实赖之”（《宋元学案·鲁斋学案》）。许衡在理学上私淑朱熹，但他对于理学只是注意普及，不重“义奥”。他力劝元帝兴儒学，以作为推行“汉法”的重要内容。朱学在元代能成为官学，与许衡父子有很大的关系，故明、清的理学家对他是颂词连篇，称他是“朱子之后一人”，是道统的接续者。
与许衡同时的刘因，初从章句之学，后转而崇信理学。与许衡不同，刘因高蹈不仕，消极用世，故在理学上倡主静、不动心，借庄子学说以逃避现实。但他提出“古无经史之分”和理学本于六经的求实思想，有一定的积极意义。
许衡、刘因是元初北方的两个理学家，而吴澄则是南方的理学家。吴澄到了元中期，随着许衡、刘因的相继去世而成为元代著名的理学大师。他于理学、经学，乃至天文、律算，都有所涉猎。元代人称他是“通儒先之户牖，以极先圣之阃奥”，“考据援引，博极古今，近世以来，未能或之先也”（虞集《道园学古录》卷五《送李扩序》）。吴澄从其师承来看，虽为朱学系统，但他在元代的理学中，却是一位“和会朱、陆”的代表人物，一度被人目为陆学（见《元史》本传）。
在元代，除了许衡、刘因、吴澄三个比较重要的理学家之外，也还有在浙东金华一支的北山何基的弟子金履祥、许谦等人，他们入元之后，多隐迹不仕，以讲学授徒终生。他们坚持朱学门户，仍与陆学对立，所以他们与许衡、吴澄虽同称朱学，但又各具特色。作为元末明初的名儒显宦宋濂等人，就是出自这一朱学系统。
朱学虽然在元代列为科场程式，开始成为官学，但陆学并未因此衰竭。相反，陆学在被压抑的情况下，其势固不及朱学，但如赵偕、陈苑这些陆学徒裔，仍在坚持陆学“门墙”，一直与朱学敌垒，而作为元代的一个理学派别存在着。当然，元代陆学比起杨简来说更加禅学化，由所谓“静观”能见“虚明之妙”，“无际皆在目中”，以至“闻蛙声而悟”（《宋元学案·静明宝峰学案》）。
与南宋的理学比较，元代理学的一个重要特点是，除一部分坚守朱、陆学统的门徒以外，有不少朱学和陆学的人物，如吴澄、许衡、郑玉、史蒙卿、徐霖、胡长孺、许谦、宋濂等，这些有影响的理学家，他们看到南宋朱、陆的争论，一是“支离”，一是“简易”，各走极端，以致使各自的学统，难以为继，所以他们主张打破门户，以汇综朱、陆两家之长。即陆学方面的人物固然坚持反求自悟的本心论，但也兼取朱学致知、笃实的“下学”工夫，使陆学不致于“谈空说妙”，流入禅门。而朱学方面的人物，虽然坚持笃实的工夫，但也兼取陆学“简易”的本心论，以避免朱学的“支离”泛滥。此即所谓折中朱、陆两家，可以兼长避短，“足以补两家之未备”。当然，这种“和会朱陆”，实际上是以陆学的本心论，兼取朱学的某些观点，而且也兼取朱学的理气论与理欲之辨。至此，由北宋二程那里就已出现的诚、敬与致知，博与约的“两橛”矛盾，中经南宋朱、陆的争论，到了元代，复又折中融合，从而导致了朱、陆的合流。而明代王阳明的所谓“范围朱、陆而进退之”，这或者可以说是沿承元代朱、陆合流的趋势，只不过是王阳明以陆学为主，在朱、陆之间更加圆融周备，熔铸而为所谓“博大、精细”的王学体系。从这一点来说，元代的理学，是宋、明之间的过渡环节。
总之，由北宋兴起的理学，到了元代有所变异，首先是朱学开始成为官学。与此同时，在元人修撰的《宋史》中，首开《道学传》，把程、朱和与程、朱观点相接近的两宋理学人物，正式列入孔、孟以后的所谓儒学“道统”中。这两点，在理学上的影响，直至于明、清。其次是就理学的心性问题而言，元代的理学，虽然许衡、吴澄、刘因这些理学家也有些看法，但总的来说，并无重大的发展。不过，许衡在理学中提出的“治生”论，刘因提出的理学根基于质朴的六经和“古无经史之分”等思想，却具有特色。最后，由北宋以来的理学，发展到元代所出现的朱、陆合流，诚是理学史上的一个重要迹象。以上这几个方面，都说明元代理学，在理学史上是一个不可忽视的历史时期。