一、乾嘉学派
王阳明以后，理学日益空疏虚伪，因而引起反动，产生了清代实事求是的朴学。这种实学可说是一个对理学彻底批评与推翻的运动，它以考据为中心，注重于资料的收集和证据的罗列，主张“无信不征”，以汉儒经说为宗，从语言文字训诂入手，主要从事审订文献、辨别真伪、校勘谬误、注疏和诠释文字、考证典章制度以及地理沿革，等等，少有理论的阐述及发挥，也不注重文采，成为清代学术思想的主流学派。朴学盛于乾隆、嘉庆，故又称“乾嘉学派”。其启蒙运动之代表人物，有顾炎武、胡渭、阎若璩等。其全盛运动之代表人物，有惠栋、戴震、段玉裁、王念孙等。
梁启超在《清代学术概论》中说：“综观二百余年之学史，其影响及于全思想界者，一言以蔽之，曰‘以复古为解放’。第一步，复宋之古，对于王学而得解放。第二步，复汉唐之古，对于程朱而得解放。第三步，复西汉之古，对于许郑而得解放。第四步，复先秦之古，对于一切传注而得解放。夫既已复先秦之古，则非至对于孔孟而得解放焉不止矣。”
二、科学不发展
明末以下传入中国的西洋科学并未发生多少影响。蒋方震在为梁启超《清代学术概论》作的序中表现如下意思：一是清政府以异族入主中原，知识分子为了逃避政治迫害，不敢研究经世致用之学，遂埋头于训诂考据之中。二是缘于社会之风尚，中华民族富于调和性，尊重传统，不如西方文明富于怀疑精神，敢创新，这也是科学的一大障碍。三是中国人崇尚谈玄，不善实干，中国精神是艺术的，而不是科学的。大致如此。