一、朱陆
韩愈、李翱所提倡的新儒学，到宋代发扬光大，被称为“道学”或“理学”。这种新儒学名义上为孔孟思想的正传，实际上却导源于释老的玄理。理学大致流为两派：一派是调和的实在论，由朱熹集其大成；一派是绝对的唯心论，由陆九渊集其大成。两派见解根本不同，来往论辩甚多，但“同植纲常，同宗孔孟”（黄宗羲语）。南宋后期，理学的发展出现了朱、陆合流的趋向。南宋灭亡，理学北传，至元代出现一大批理学大儒。
朱熹为《大学》《中庸》《论语》《孟子》作注释，这本书称为《四书章句集注》，简称为《四书集注》，它宣扬从孔、孟到二程的道统，强调天理纲常和名分等级的永恒性。元朝统治者为强化统治，以程朱理学为官学；科举考试以“四书”“五经”为准。《四书章句集注》对帝制时代后期的政治、文化、教育产生了重大的影响。
二、书院
一种文化潮流必有它借以表现的机关或工具。书院就是理学的机关。于唐朝后期，书院与新儒学同时产生，宋初两者也同时盛行。南宋时理学极盛，同时书院也最多，甚至已发展到泛滥的程度。
北宋初年，私人讲学的书院大量产生，陆续出现了白鹿洞、岳麓、睢阳（应天府）、嵩阳、石鼓、茅山、象山等书院。其中白鹿洞、岳麓、睢阳、嵩阳书院并称为中国古代四大书院。绍熙五年（1194年），朱熹扩建岳麓书院，学生达千余人。他又以白鹿洞书院作为研讨、传布理学的中心。其建置、规约，乃至讲授、辩难等方式，无不受禅宗寺院的影响。各派理学家的书院相继而起，如理学心学派陆九渊的象山书院、理学婺学派吕祖谦的丽泽书院等。南宋先后兴建的书院总数达三百所以上，书院大多得到官方的支持。书院与州县官学，成为南宋地方的主要教育机构，书院大多又是理学的传布中心，理学因而益盛。