一、儒教之凝结与衰颓
儒教到东汉晚期已发展到尽头，内部开始凝结。六经刻石，经文由此固定。马融、郑玄注经，兼采今古文，由此宗教派别式的经传学说也趋于固定。东汉“表彰气节”，太学大盛，儒生也居然结合成了一种势力遍天下的团体，但党锢之祸由此发生，儒生大受摧残。汉末大乱，经典焚毁殆尽。人书两丧，儒教由此消沉。
随着经学走到穷途末路，一些士大夫开始转而从道、名、法诸家学说中去发掘有用的思想资料，思想界非常活跃，动摇了儒家独尊的地位。到三国时，国家甚至公然提倡一种非伦理的人才主义，这与儒教的精神完全相反。
在西晋的粉饰太平之下，儒教又暂时受了口头的尊仰；但风靡一世的颓废主义使枯燥乏趣的儒教无法继续维持，于是主张“以无为本”的玄学开始兴起。玄学发展到西晋，已经成为一种时髦的谈资。许多士族中人其实不懂玄学为何物，不过手执麈尾，口中雌黄，附庸风雅而已。
傅玄是最后诚心提倡儒教的人。此后五百年间学术思想方面的人才都在儒教范围之外。大多数所谓文人学士的心灵完全枯竭，几个世纪间只作出些无病呻吟的造句文字。
二、清谈与隐逸
参透宇宙人生一切因而产生的悲观主义于战国时代已经萌芽；到王充而大盛，不过仍含有一点悲壮慷慨的成分；到魏晋以下就笼罩了精神界，并且全成了放荡颓废的消极主义。这是一个文化由成熟以至衰老所必经的过程。过度庄重的儒教式微，极端任性的清谈大盛。一般文人以老、庄为借口而尽量发挥道家思想中的颓废倾向。庄子的书尤为时髦，甚至有人窃取别人的庄子疏注以出风头。同时这些人在著作与行为方面也极力地宣扬实行他们的主义。
这些人“妙善玄言，唯谈《老》《庄》为事，每捉玉柄麈尾，与手同色。义理有所不安，随即改更，世号‘口中雌黄’。……累居显职，后进之士，莫不景慕仿效。选举登朝，皆以为称首。矜高浮诞，遂成风俗焉”（《晋书·王戎传·从弟衍附传》）。其卑下者，更以无耻为放达，以肉麻为有趣，乃至脱衣服，露丑恶，偷酒喝，挑逗女人，行同禽兽。无怪乎在西晋灭亡后，人们谴责玄学清谈误国！
但有少数的人，虽不能脱离时代精神的影响，却也不甘于自暴自弃，陶渊明就是一个这样自爱的人，言行一致地服膺一种超脱人世的隐逸主义。陶渊明一反玄言诗风，经常以田园生活为题材，风格清新平淡，语言质朴自然。东晋时代那些表述老庄哲理的玄言诗，虽然已几乎失去了文学趣味，也已不成其为诗了，然而，东晋的玄言诗中却酝酿着一种新的重要的东西，这就是山水诗的萌芽。陶渊明的田园诗，开创了新的审美领域和新的艺术境界。虽然一般玄言诗人都注意到从审察自然来体会哲理，并由此产生了山水诗的萌芽，但没有人把目光投向平凡无奇的乡村。只有在陶渊明的笔下，农村生活、田园风光才第一次被当作重要的审美对象，由此为后人开辟了一片情味独特的天地。
陶渊明对后世影响最大的是“真”与“自然”。这两点从某种意义上讲也是魏晋风流名士们所汲汲追求的，但是他们都没有做到。提出“越名教而任自然”的嵇康没做到，阮籍没做到，此后会稽名士、中朝名士都没有做到。也许是当时社会历史条件的限制，又或者他们对“真”与“自然”的理解不同。他们走向的只是反面，即“佯”与“狂”。陶渊明不像他们那样放诞和极端，他虽有孤傲的性情，但更多一分理性的节制。钟惺、谭元春则说陶渊明“竟是一小心翼翼、温慎忧勤之人。东晋放达，少此一段原委。公实补之”。
基于以上论述，我们便可以回答另一个问题，即《世说新语》何以不收陶渊明？原因就在于陶渊明的表现与魏晋风流是有所背离的。可以说，陶渊明之所以伟大，并不在当时，而在于后人对他的发现与解读。
三、道教
在几百年来神秘空气的熏陶之下，道家所宗的老子到汉末也成了神。同时在民间，于儒士团结最盛时，神仙黄老派也组成秘密团体，如黄巾起义失败后，太平道被禁止。张鲁投降曹操，五斗米道继续流传，因而奠定了后世道教会的基础。修仙、炼丹、治鬼、符箓等的道教信仰与法术也渐渐都发展成熟。两晋之际，葛洪对道教实行改造，提出以道为本，以儒为末，道儒结合；宣扬服食炼丹、延年益寿之术，迎合大族官僚的需要。从此，道教完全变成统治阶级的宗教，皇室、门阀士族中出现了许多道教信徒。
四、佛教之输入
在文人消极颓废与民众迷信法术的环境之下，最利于神秘宗教的产生或输入。儒学的式微和玄学的兴起，使佛教乘虚而入，借助玄学去推行佛法；而玄学家也对佛教的“空”“无”哲学发生兴趣，从中吸取营养。佛教关于“来世”的许诺，更容易使在长期动乱中饱受苦难折磨的人们产生出幻觉而皈依到佛门之下。自东晋十六国以后历代君主的提倡，则进一步推动了佛教的发展。
佛教何时输入虽不可知，但最晚到东汉初期已有人信仰，到汉末无论宫中与民间都很欢迎这个新的宗教。但起初的信徒并没有深刻的认识，浮屠也不过是一种新的神祀而已，直到三国时代仍有此种情形。当初国家不准汉人出家，到五胡乱华时人民才有为僧尼的完全自由；风气所趋，许多动机不纯的人也都出家。“看破红尘”的现象日渐加盛，摒弃财色隐遁修行的神秘过程中的种种特殊心理表现也发生于向来实事求是的汉族中。在四民之外，无形中产生一个打破家族的出家阶级，相率以“释”字为标志，甚至有超脱国家管束的趋向。
面对佛教兴起带来的统治危机，许多统治者对佛教利用的同时，也不时地对发展过盛的佛教进行抑制。北魏太武帝镇压盖吴起义时，发现长安佛寺中私藏武器，遂禁断佛教，坑杀僧人。北周武帝出于经济上的原因，也采取灭佛措施，勒令僧尼还俗。
而此时佛教的内容也渐渐充实，不只是作为一种神祀。有人往西域留学求经，认真研究。到东晋时代，译经日多，以至需要整理篇目。翻译之外，汉人也从事著作，最早的一种重要作品就是无名氏模仿道家圣经的《老子》所撰的《四十二章经》。这可说是一本佛法入门的宣传品。