一、神仙家与黄老学
古代的宗教到战国时渐渐破裂，战国诸子大半以理性为根据而立论，只有墨子是一个特殊的例外。但到战国末期宗教精神复兴，除旧有的宗教外，阴阳五行、神仙丹药以及各种新奇信仰都有文人提倡。秦汉的宗教可说是集这种发展之大成，古代的各种信仰，秦汉的人都兼收并蓄，后日的所谓儒道二教都在此时萌芽或成立，此后两千年间日常生活的一切神秘理论也都在此时开始支配人生。
秦汉的神仙家与黄老学就是后世道教的渊源。秦始皇一统天下后，派人带童男童女赴海上求仙，并亲自巡游四海，寻访方士，求长生不死之药。汉武帝也迷信长生，先后听信李少君、齐少翁、栾大的话，终究没有求到神仙。
二、儒教之成立——素王
皇帝或由于真正的信仰，或出于牢笼人民的政策，对一切的神仙与各地各种的神怪无不崇奉。但一部分的文人只崇拜孔子，皇帝对他们也不得不有应付的方策。秦始皇用焚书坑儒的蛮法，未见很大的功效。汉武帝于是改变方针，用尊孔的办法去牢笼当时在文人中势力最大的儒家。汉武帝时代，贬斥黄老刑名等百家之言，起用文学儒者数百人，如齐地儒生公孙弘相继任博士、太常，后做了丞相。著名儒学大师董仲舒以贤良身份，就汉武帝提出的命题发表对策，讨论成就治世的策略。他认为，要想达到善治，必须进行文化体制改革，确定儒学独尊的地位，实现天下的“大一统”。
同时儒家尊君的思想与半历史、半理想的古制传说对于皇帝政治的建设也有很大的贡献。在这种皇帝与儒家交相利用的情势之下，就建设起盛极一时的素王教。儒家也不能逃脱当时的浓厚神秘空气的影响，孔子由一个古代的大师变成一个半人半神受命而未得命的素王。
三、儒教之成立——经典
孔子被尊为教主，同时儒家历代所传授的五经也成了国家所承认的唯一经典，其他百家杂学都被排斥。经过公孙弘、董仲舒诸人的提倡，五经都立于学官。此外并立学校，由各派的经博士担任教授。
汉武帝元朔五年（前124年）创建太学。太学的创办，是接受了董仲舒的献策。董仲舒指出，太学可以作为“教化之本原”，也就是作为教化天下的文化基地。汉武帝时期的太学，虽然规模很有限，只有几位经学博士和五十名博士弟子，但是这一文化雏形，却代表着中国古代教育发展的方向。太学生的数量，汉昭帝时增加到一百人，汉宣帝时增加到二百人，汉元帝时增加到一千人，王莽时代进一步扩建太学，一次就曾经兴造校舍“万区”。除了太学之外，天下郡国都有学校，初步建立了地方教育系统。
太学的兴立，进一步助长了民间积极向学的风气，同时使大官僚和大富豪子嗣垄断官位的情形得到改变，出身中下层的人也有了入仕的机会。
西汉的经学界几乎完全为富于时代的浓厚神秘思想的今文学家所包办，到王莽时比较富于历史态度而只以孔子为大师的古文学家才渐抬头。当时极力提倡古文的就是刘歆。
所谓今古文的“文”，是指记载经典所使用的文字。今文指的是汉代通行的隶书，古文则指秦始皇统一中国以前的古文字（“蝌蚪文”），即大篆或籀书。可是，经过秦朝焚书的浩劫，儒家经典遭到毁灭性的破坏。西汉流行的儒学经典多无旧典文本，而是靠幸存的经师口授相传，由从习经的学生们记录下来。他们记录所用的文字便是西汉通行的隶书，属当时代的“今文”，故而这类经书被称为“今文经”。
秦朝焚书之时，一些儒生冒死将一些儒学书籍藏在墙壁的夹层里。这些经书到了汉代陆续有所发现。汉武帝末年，鲁恭王拆孔子旧宅以广其宫室，在孔府旧宅的墙壁夹层中发现包括《尚书》在内的大批藏书。这些藏书都是用六国时代的蝌蚪文书写的，所以称为古文经。因为当时识先秦古文的人不多，所以这些古文典籍重新问世以后，主要藏于皇家图书室，并没有得到当时人的重视。
第一个为古文经呐喊的是刘歆。他在协助父亲刘向校书期间，发现了古文本的《春秋左氏传》。刘歆认为《左传》的价值远远超过今文经《公羊传》和《谷梁传》，因此他向朝廷建议将古文经正式列于学官，给予合法地位。但他的这一建议遭到今文经学博士的强烈反对，他们给刘歆扣上了“颠倒五经”“变乱师法”的罪名。刘歆的建议最终未被采纳，他本人也离开了首都长安。但中国历史上延续了两千多年的经学今古文之争，则由此开始，刘歆也被称为古文经学的奠基人。
从表面来看，今古文之争主要表现在文字及对经义的理解、解释的不同上。一般来讲，解经时，今文学派注重阐述经文中的“微言大义”，而古文学派则注重文字训诂。今文学派竭力把经书和神学迷信相联系，特别在西汉，今文经学家为迎合统治者的喜好，解经时喜欢掺杂当时流行的谶纬迷信。他们把经学和阴阳五行相附会，把经书说得神乎其神。古文学派虽然还未能完全摆脱神学迷信的羁绊，但反对讲灾异谶纬，注重实学。
到东汉时立于学官的虽然仍只有今文，但从此以后经学就有今文与古文、神秘的与历史的，两个并行的潮流，并且古文的势力渐渐有压倒今文的趋势。
四、阴阳谶纬学
秦汉时代第三种宗教的潮流，并且是神秘成分最多，而同时对儒道两家都有极大影响的潮流，就是烦琐的阴阳谶纬学。此学有两个大题目。一个就是附会扩大《洪范》而产生的“五行灾异说”，一切非常甚至平常的事都用这个万能的学说解释。《洪范》原是商代贵族政权总结出来的统治经验。“洪”的意思是“大”，“范”的意思是“法”。“洪范”即统治大法。认为龟筮可以决疑，政情可使天象变化，后成为汉代“天人感应”思想的理论基础。董仲舒、刘向等人均鼓吹阴阳五行、天人感应之说。
阴阳谶纬学的第二个大题目就是“五德终始说”。“五德终始说”是战国时的阴阳家邹衍所主张的历史观念。“五德”是指五行木、火、土、金、水所代表的五种德性。“终始”指“五德”的周而复始地循环运转。邹衍常以这个学说来为历史变迁、皇朝兴衰做解释。后来，皇朝的最高统治者常常自称“奉天承运皇帝”，当中所谓“承运”就是意味着“五德终始说”的“德”运。
秦自认为水德，汉犹豫不定，开始定为土德，但直到西汉将亡时自己仍不能确知以往二百年到底由何德支配。汉室中兴，光武才最后决定汉为火德。五德终始的学说在王莽与东汉之际最为盛行。王莽要假借这种《推背图》式的预言学作为他篡汉的工具。汉朝是火德，他制造各种预言和祥瑞，使世人相信，火德销尽，土德当代。光武又用它作为汉室复兴的根据，告天祭神，以确定自己政权的合法性。
中兴成功之后，光武对谶纬更加崇信，平常极大方的皇帝对于怀疑谶纬的人也很不大方。当时的经学家桓谭上书反对谶纬，认为荒诞不经，光武帝很不高兴，说：“桓谭非圣无法，将下斩之！”谭叩头流血，才得以保命，后被贬官外放，病死于途中。
五、儒道阴阳糅合之国教
当时，任何的信仰、任何的神祇，皇帝都代表国家对它表示相当的敬意，因为皇帝现在于名实两方都是个天下的君主。社稷山川都有神灵，且有一套完备的谱系，都要由皇帝主持祭拜。
其中，最隆重的典礼就是封禅。封禅，封为“祭天”，禅为“祭地”，即古代帝王在太平盛世或天降祥瑞之时的祭祀天地的大型典礼。战国时齐鲁有些儒士认为五岳中泰山为最高，帝王应到泰山祭祀。秦始皇、汉武帝等都曾举行过封禅大典。封禅活动实质上是强调君权神授的手段。