中世纪是一个教会的世界，哲学脱不了教会背景，先是拉丁神父对哲学歧视着，但为了争辩，哲学却慢慢为他们所吸收了。因此整个中世纪中，时时回荡着雅典大哲学家的回声。这时的中心问题，不用说，是信仰与理智的如何调和亦即神学与哲学的如何交流、亦即希腊的精神遗产如何为一新民族——西欧民族——及其新精神所改制或化装。信仰与理智是分而合又合而分的。二者的合是经院哲学（scholasticism）之成立；二者之分，是经院哲学的告终。中世纪哲学为教会所压制，“犹如河流限于峡谷，谷愈窄，流愈深，哲学既不能越过教会经典，只好企图深入其中，深入的结果，却把它倾覆了” [113] 。经院哲学分两期，第一期是受柏拉图精神支配的时代，第二期是受逍遥派哲学（即亚里斯多德主义）支配的时代。
开端者是圣奥古斯丁（St. Augustine）。奥古斯丁是非洲人，生于公元三五四年，卒于四三〇年，是中国晋末到刘宋初年的人物，和他并世的是我们大诗人陶潜。奥古斯丁是由希腊思想而度入经院哲学的中间人物。他一方面是哲学家，一方面是宗教家，哲学家的他时常和宗教家的他相冲突。他的可爱却就在此——他是时代的象征！他的名著《忏悔录》（Confessions）和《神之城》（City of God），都栩栩有生气。他以智慧与上帝同视，有了智慧即有了上帝。真哲学即真宗教。但是信仰却在理智之先，要去懂一件事，却先须要去信它。他很想抬高神的地位，所以反对万物自神流出之说，而主张万物由神创造。可是他常不能维持其立场，他又觉得神仍受“绝对之善”的支配，这就是他的矛盾。灵魂的存在，他也有一个证明，他说假若你疑惑它不存在时，你就是已经在思想了，在思想，却便是证明灵魂存在着了——这是后来笛卡儿“我思故我在”一名言的先驱。
由于奥古斯丁的介绍，经院哲学受了柏拉图主义的影响，在受柏拉图主义影响下的经院哲学，可注意者有四人：这就是伊烈基那 [114] （Scotus Eriugena）、圣安瑟伦 [115] （St. Anselm）、阿柏拉德 [116] （Abelard）和圣微克忒之嚣俄 [117] （Hugh of St. Victor）。
伊烈基那是经院派中第一个伟人，生于爱尔兰，活动于九世纪中间，是中国中唐时代韩愈同时人。他很博学，拉丁之外，又通希腊文，阿拉伯文。他觉得哲学之对象应该和宗教同，所以哲学即信仰之学。由他看，世界在神中，神亦在世界中（世界以神为生命、为常德、为灵魂）。神为未显现之实体，世界为实体已显现者，二者实是一而二、二而一的。神是不能形容的，我们不说神善，因为神超乎善恶之别；即实体也不能用来形容神，因为实体就与“非实体”对待，可是神超乎这种对待。神是不能定规也不能理解的，神是“绝对的无”（absolute nothing），是“永恒的神秘”（eternal mystery）。人类灵魂的深处也同样神秘，因为那即是神之所在故。“恶”并没有实质的存在，善才能真的存在，实在与完美乃是一事。行善之报，即在可与神通；而邪恶之报，则在自悔自责之痛苦。
圣安瑟伦在一〇三三年生于意大利西北部亚俄斯塔 [118] （Aosta），于一一〇九年卒。这在中国已经到了宋朝，是周濂溪、邵康节、张横渠、程明道、程伊川一般人奠定理学基础的时代了。圣安瑟伦有圣奥古斯丁第二之称，也主张“信以求知”。无信仰之人，将永无了悟之时。虽说如此，安瑟伦自己的求知欲却极强，他对于“最高实体”不只要肯定，还要拿证据来。在他百思不得时，他曾忘了寝食，他甚而觉得这样思索怕是魔鬼的作弄而想放弃了，但是枉然——中世纪的人总有这样矛盾！最后，他思索出来了，他说万物之原因或为一或为多。倘为一，则此“一”即神。倘为多，则有三可能：一是多源于一，二是万物各以其自身为原因，三是万物各以其他诸物为原因。由第一说，是万物源于多因，而多因又源于一，这就等于万物之原因为一了。由第二说，既然万物各以其自身为原因，则必有一共同力量，使万物各皆如此者在，既有此共同力量，便又等于一因了。由第三说，则此物既靠其余诸物为原因，而其余诸物之任一物又不能脱离此物为原因，是一物自为因果，当然不通了。由此可见神之存在。神不可形容，神超越一切。对于“道成肉身”（incarnation），即上帝化身显基督之事，他认为必要，因为人的罪恶是不可计量的，以人有限之生命，实在偿赎不了这许多，所以只好由神代罪。由此而人类被谅，被恕，也被救了。
阿柏拉德的贡献在调和这时的“实在论”（realism）与“唯名论”（nominalism）之争。实在论以“共名”为实在，唯名论以“共名”不过是空名，这其中有教会的背景。假若理念或其名或其相，不过是空名，那么，那唯一无二的天主“教会”（the Church）不只是一个集合体，反而个别的教堂或个人是实在了吗？假若个体是实在，那么，人类生来就有的罪孽深重（original sin），岂不也是空话了吗？假若个体是实在，那么三位一体也就不可靠了，岂不只有天父、圣子、圣灵，而不能有一个唯一的上帝了吗？所以站在天主教会的立场，实不能允许唯名论的存在。主张唯名论的有洛塞里纳斯 [119] （Roscellinus），因此他在一〇九二年便被斥责，强迫撤销其学说。阿柏拉德对此次争端，却以“概念论”（conceptualism）调和之，阿柏拉德是法人，生于一〇七九年，卒于一一四二年。因恋爱一高僧之女哀绿绮思 [120] （Heloise）之故，曾被逐，被囚，被焚书，终生不宁。他主张共名即存于个体，在个体之外之共名，只是以“概念”的形式存在而已。他很热情，极羡慕希腊，他有时置希腊哲学于以色列（Israel）的圣书之上。他不主“信以求知”，而且以轻信之人为非。恶并非罪，恶是善的条件，因为善就是斗争，斗争便须先设下对手。这宛然是后来菲希特 [121] 的口吻了。
圣微克忒之嚣俄是日尔曼人 [122] 。他是中世纪第一个伟大的神秘主义者，和代表法人精神的阿柏拉德正做一个好对照。他生于一〇九六年，卒于一一四〇年。他觉得神是绝对不能理解的，神超越了一切人类的概念。神不但在我们的理解之外，甚而我们也不能用任何比方去悬拟神。了解神是不可能的，只有信仰神。在阿柏拉德，不可理解的神是不可能的；在嚣俄却只有不可理解的神，才配是最高的实体。灵魂与精神是同一原则，就其离身体而独立言时，是精神；就其予身体以生命言时，是灵魂。
以上是中世纪哲学的第一期，受柏拉图精神支配的情形。在这一期中，教会就等于柏拉图的理想国，共相高于殊物，全体统制部分。但慢慢有一种自由思想起来了，提出了许多难以应付的问题。例如，神之创世是否预知？假若预知，预知了而不得不去创造，神之自由何在呢？倘若不预知，那么，神之无所不知又作何解？创世之前，神在何处（神不能在天上，因为天也是神所创造）？倘若人无“原罪”，可以不朽吗？如果那样，人如何生殖？难道小孩一生下就是大人吗？圣子可以成“人”，天父和圣灵何以不行呢？神化身为女子是否也和化身为男子同样容易呢？……这些不易答复的问题便使许多神秘宗教家舍弃理论而只重实行，又使有些人看出信仰和理性之未必符合来。这种自由思想至一二〇〇年（即中国朱子逝世的一年）而达于极峰，教会是需要新的武器以资应付了，这便找到了亚里斯多德的学说。这成了经院哲学的第二期。
经院哲学的第二期，开始于十三世纪，这要感激阿拉伯人，由于他们物理学和本体论（ontology）的著述，大家对逍遥学派有了兴趣。在十一、十二世纪以前，亚里斯多德不过只被人视为一个逻辑家而研究之，而且这研究也是肤浅的，现在知道亚里斯多德还是道德家、物理学家、形上学家了，可是教会在起始对亚里斯多德的书还是歧视的，直到一二五〇年以后，才发现可以利用，于是宣布谁反对亚里斯多德就是异端，一变而成正统哲学了。原来亚里斯多德曾主张神存在于宇宙之外，这正可以作为抵抗泛神论的援军，泛神论则往往求救于柏拉图。同时，教会对于“自然”这观念之兴起感到不容易应付，其棘手与对于现代型的欧洲国家之兴起同，潮流既不可抗，于是转思顺势驾驭之，这样便又找到亚里斯多德了。现在和第一期大不同，那时只是在普泛的意味下的信仰与理性合而为一的问题，所以思想还比较自由些，现在变成将思想要强符合于亚里斯多德的文字（文字当然比较更固定些）的问题了，思想受压迫当然更厉害。只是这样一来，无疑将亚里斯多德的权威抬高于教会之上，经院哲学中自不得不加入一新成分，科学的精神和分析的兴趣便活跃了，结果促成经院哲学的告终——这其中有种辩证性的发展在！
受亚里斯多德精神支配的经院哲学又分为两个小段落，前一段落是所谓“半唯实论的逍遥主义”（semi-realistic peripateticism），后一段落是所谓“唯名论的逍遥主义”。前一段落中，有两个特殊的人物，一是阿奎之圣多玛 [123] （St. Thomas of Aquinas），二是邓司各脱斯 [124] （Duns Scotus）。
阿奎之圣多玛为意大利人，死于一二七四年，享年五十左右，生的时日则不很确定。他的哲学完全是以复述莱西亚姆学派（即亚里斯多德学派）为事的。他对于后世影响很大，我们现代哲学上的语汇，大半即源于圣多玛。圣多玛分实体为二类，一是实在的实体，二是只为抽象或消极意义的实体，后者如贫乏、无知等是。在实在的实体中又分为二小类，一是为单纯的常德的、亦即只有一种常德或纯粹形式者，此即神；二是为形式与质料相合而成者，此即万物。神为形式之形式，无生灭。形式愈不完全，愈需要甚多之个体以实现之；形式愈完全，则此种个体可以愈少，神为纯粹形式，并无质料，故亦最无不完全之点。神即真理，故神存在。（因为，假若你反对神存在，即必须据一真理而后可，既有所据之真理，那么神还是存在了。）亚里斯多德所谓潜在之与实在，圣多玛便比作自然之与神恩，常人之与教徒，国家之与教会，帝王之与教皇，哲学之与神学；总之，前者是手段，后者是目的。神的意志并非随便任意者，乃具必然性的。人之理智亦然，其向善为必然的。有时而向恶，只是由于感官情欲的打搅而已。这样说，便无形中把理性抬高了，可见教会信仰已渐趋动摇。就在圣多玛的时候，哲学已取得巴黎大学四科之一的地位，哲学无疑是要抬头了！
邓司各脱斯是苏格兰人，生于一二六五年，卒于一三〇八年，是中国宋末元初的人物。死时才三十几岁。可是他终不失为经院哲学中极煊赫的一人。他认出了哲学与宗教之别，他说哲学家之不同于神学家者即在问：人是否在理性所不能解决之问题外仍需要超自然的方法？他自己却是在二者之间的，他一方面是神学家，他以为《圣经》与教会应当是哲学思想之最高准则，但他另一方面又是哲学家，则以为《圣经》与教会之所以为准则乃是因为合于理性，从此可知“宗教改革”已早有其潜流。不过邓司各脱斯是反对多玛的主智主义（intellectualism）而别倡主意主义（voluntarism）的，正如叔本华之与黑格耳之对照然。他觉得主智主义的结果，势必至减削神的权威和人类的自尊心，因此他又反对阿柏拉德所说神之创世为不得不然，更反对多玛所说神所创之世为不得不完美，他却给神以完全自由，爱创不创是神的自由，爱创什么就创什么，更是神的自由。至善之为绝对，只因为那是出自神之“意志”而已。神之规律，唯有“自由”。因为邓司各脱斯重自由，他觉得理想与现实只以结合在个体中而为实在，他无意中遂推崇个性，而成了颠覆教会思想的极大助力。他很近于唯名论，而且以意志置诸理性之上，无异抑推理而重经验与观察。时代在转变着！
经院哲学的第二期之后一段落是“唯名论的逍遥主义”。代表人物有英人奥坎 [125] （Franciscan William of Ockham），他大约生于一二七〇年，卒于一三四三年。他说，假若照唯实论的看法，共名可以在好些事物中而存在，但是同一事物是不能同时存在于好些事物的，所以共名不是一件事物，也就不是一种实在了，却只是标明几种相似的事物之记号而已，只是名字而已。也可说除了个体之外，并没有真实的东西。由于主张唯名论，也就怀疑科学，因为科学正建在共名上，就是神学，也在怀疑之列。科学应当归于神，人只可以有信仰，让教会的僧众只讲信仰好了，空洞的科学还是闭口不谈吧！唯名论不但把信仰与科学的联系弄松了，把教会和世俗的关系也切开。奥坎的唯名论本来是表示效忠于教会的，但是大势所趋却和这时国家生活、现代语言等同一消息。把凯撒以来所统驭欧洲的种种羁绊挣脱了，自阿柏拉德时所一度压抑了的唯名论（那是在十一世纪），乃经过二百年而再兴，这次却只有胜利而无失败了。
像奥坎那样的哲学家，虽不承认关于神学的“知”，但还维持神学的“信”，另一般人却更进一步了，如麦邱列亚 [126] 人约翰（John of Mirecourt）竟主张世上所有万物，无论善恶，皆受神志的支配，罪恶宁是善而不是恶。屈服于不可抵抗之诱惑，亦不能以罪恶视之。又如奥特列古里人尼哥拉 [127] （Nicolas of Autricuria）竟主张假若放弃亚里斯多德及其注释家之学说而直接研究自然，得真理当更易，也更快些；我们固可意想神为一最实在之物，但如此之神确否存在，我们实不能知之。宇宙是无限且是永恒的。这是一三四七和一三四八年的事。自然科学由亚里斯多德著作之重习和阿拉伯人之影响也兴盛起来。英国的僧人罗哲尔·培根 [128] （Roger Bacon）便是根据这种科学运动而主张改革当时教育最力的一人，他不特主张要观察自然，学习语言，而且已见到数学的演绎与实验方法有相互为用之妙便，自己对于光学并有所发明。
另一方面神秘主义依然得势，它是曾给经院哲学的冷酷推理以不少温暖的。但由神秘主义之故，信仰之事毋宁重在去信仰的主观，而不在被信仰的对象。它所冀求的是一种冥游于神界的宗教生活。他们甚而反对逻辑，而只重感觉，那教会中种种幼稚的琐屑问题，以及亚里斯多德那枯燥的范畴探讨，当然更不足以餍这派人的希望了。所以教会中的官场哲学竟成了各方面都不讨好的东西。
中世纪也许是欧洲人睡得最浓的时期吧，但那希腊精神的残像却还不时在梦中浮现，同时那隐伏的新活力也常常要冲决而出！中世纪的教会颇像一个蛋壳，说是它限制了小鸡的活动固然可以，说是它保护了小鸡的成长更可以，无论如何是时机一到，壳只有被里面孵好的小鸡冲碎了，而跳出来了！