余每覽越人入虢之診，望齊候之色，未嘗不慨然嘆其才秀也。怪當今居世之士，曾不留神醫藥，精究方術，上以療君親之疾，下以救貧賤之厄，中以保身長全，以養其生，但競逐榮勢，企踵權豪，孜孜汲汲，惟名利是務，崇飾其末，忽棄其本，華其外而悴其內，皮之不存，毛將安附焉。卒然遭邪風之氣，嬰非常之疾，患及禍至，而方震慄，降志屈節，欽望巫祝，告窮歸天，束手受敗。賫百年之壽命，持至貴之重器，委付凡醫，恣其所措。咄嗟！嗚呼！厥身以斃，神明消滅，變為異物，幽潛重泉，徒為啼泣。痛夫！舉世昏迷，莫能覺悟，不惜其命，若是輕生，彼何榮勢之云哉？而進不能愛人知人，退不能愛身知己，遇災值禍，身居厄地，蒙蒙昧昧，蠢若游魂。哀乎！趨世之士，馳競浮華，不固根本，忘軀徇物，危若冰谷，至於是也。
余宗族素多，向餘二百，建安紀年以來，猶未十稔，其死亡者三分有二，傷寒者十居其七。感往昔之淪喪，傷橫夭之莫救，乃勤求古訓，博採眾方，撰用《素問》、《九卷》、《八十一難》、《陰陽大論》、《胎臚藥錄》，並《平脈辨證》，為《傷寒雜病論》，合十六卷。雖未能盡愈諸病，庶可以見病知源，若能尋余所集，思過半矣。
夫天布五行，以運萬類，人稟五常，以有五藏，經絡府俞，陰陽會通，元冥幽微，變化難極，自非才高識妙，豈能探其理致哉？上古有神農、黃帝、岐伯、伯高、雷公、少俞、少師、仲文，中世有長桑、扁鵲，漢有公乘陽慶及倉公，下此以往，未之聞也。觀今之醫，不念思求經旨，以演其所知，各承家技，終始順舊，省疾問病，務在口給。相對斯須，便處湯藥。按寸不及尺，握手不及足。人迎趺陽，三部不參。動數發息，不滿五十。短期未知決診，九候曾無彷彿。明堂闕庭，盡不見察，所謂窺管而已。夫欲視死別生，實為難矣。孔子云：「生而知之者上，學則亞之，多聞博識，知之次也。」余宿尚方術，請事斯語。
漢長沙太守南陽張機仲景撰
［程郊倩註］曰：「古人作書，大旨多從序中提出，孔子於《春秋》未嘗有序，然其言曰：『知我者其惟《春秋》乎！罪我者其惟《春秋》乎！』又曰：『其義則丘竊取之矣。』即此是《春秋》孔子之自序。孟子則曰：『孔子懼，作《春秋》。』又曰：『孔子作《春秋》，而亂臣賊子懼。』是即孟子之代《春秋》序也。迄今未讀《春秋》者，亦能道及《春秋》，無非從此數句書，讀而得其大旨。
余讀《傷寒論》仲景之自序，竟是一篇悲天憫人文字，從此處作論，蓋即孔子懼，作《春秋》之微旨也。緣仲景之在當時，猶夫《春秋》之有孔子，道大莫容。一時驚怖其言而不信，是以目擊宗族之死亡，傷之而莫能救，則知仲景之在當時宗族，且東家丘之矣。況復舉世昏迷，莫知覺悟，安得不賫百年之壽命，持至貴之重器，悉委凡醫，恣其所措乎。『恣其所措』四字，於醫家可稱痛罵，然實是為病家深悼也。醫家苦於不知病，病家苦於不知醫，『知』之一字，兩難言之。若欲愛人知人，先是愛身知己，凡勤求博採，從天之五行，人之五常，與夫經絡府藏、陰陽會通處，殫了多少體認工夫，此非醫之事而已，而己之事也。醫不謀之己而謀之人，則醫者人也。而厥身以斃，神明消滅，變為異物，幽潛重泉，徒為啼位者已也，非人也，醫不為之代也。從此處語醫，自是求之於己，不復求之於人，從己求醫，求之於知；從人求醫，求之於行。知行合一之學，道則皆然。醫事獨否，知則必不能行，行則未必能知，行者之精神力量，都用在行上，何由去知。但能各承家技，終始順舊，罔不能行矣。終日殺人，亦只是行。知者之精神力量，都用在知上，何暇去行，即使欲行，而思求經旨，以行其所知，較之相對斯須便處湯藥者，鈍不如敏。庶幾見病知源，較之省疾問病務在口給者，藏不如炫。徒知活人，孰與活口。所以群言莫正，高技常孤，在仲景之身，已是一鈍秀才，持此誨及於醫，又何利於醫。而屑其教誨者，故半夜晨鐘，僅於序中，為蒙蒙昧昧輩，一喚起此游魂，預掩其啼泣也。若是真正惜命，亟從己上作工夫，等醫事於自家之身心性命，即君親亦是己之君親，貧賤亦是己之貧賤。至若保身長全以養其生，蓋是己之身與心，從愛身知己中，廣及愛人知人，無非自己求之者，於己處求知，不於己處求行，則尋師俱在吾論中，無他覓也。其間見病知原，是全論中丹頭。若能尋余所集，思過半矣，是全論中鼎灶。思求經旨，以演其所知，是全論中火候。要此火候足時，須要曉得此論。是知醫的淵源，從艱難得之，不是醫的方技，以簡便法取之者也。故一篇之中，創凡醫之害，正痛舉世之昏迷，於憂讒畏譏之際，不啻三致意焉。蓋深懼夫邪說惑民，將來不以吾論為知之次，反借吾論為行之首，從醫道中生出鄉愿來，以賊吾論中，千百世後恣其所措，將何底止。故預示讀吾論者，亟從醫懲艾也，吾故曰：『得仲景之《傷寒論》而讀之，先須辟去叔和之《序例》始，敢向叔和之《序例》而辟之，先須讀著仲景此處之自序始。』」
［按］程郊倩，名應旄，新安人也，喜讀書，神悟過人，但變更仲景原文，以為註疏，未免聰明誤用，而少陽、太陰等篇，尤多葛藤，不可為法，若使全部中，盡如此註之純，則仲景必許為賢弟子，後學者可奉為大宗師矣。
［補曰］仲景序中「天布五行，以運萬類，人稟五常，以有五臟，經絡府俞，陰陽會通」，此數句已括全書大義，蓋《傷寒》以六氣立論，而此序則以五行開宗，五行為體，六氣為用，人稟五行而有五臟，然後有六腑。有五臟六腑，遂有經絡俞穴，而成為三陰三陽，總皆秉天之陰陽，以為人身之陰陽。其間臟腑經俞，貫通會合，必先洞悉，而後可見病知源，病之用藥，亦因藥在萬類中，同稟五行之運，故借以治人之病，要皆天地萬物，陰陽一體之義，仲景此數句，最有包蘊，故曰：「元冥幽微，變化難極，自非高才識妙，豈能探其理致哉。」吾於各經篇首，特補總論以明此旨。
［正曰］鄧雲航云：「仲景自序，明言『《傷寒雜病論》，合十六卷』，蓋《傷寒》六經為六卷，後附三章為一卷，《金匱要略》九卷，二書共合，恰得一十六卷。《金匱》當是雜病論，即以此序之卷數而知之也。《金匱》之名，亦疑後人所加。又觀《傷寒論》後痓濕暍篇，仲景曰此三種宜應別論，以與傷寒相似，故見於此，所謂應別論者，即謂應列入雜病論也，故復於《金匱》之首列此三證，足見《金匱》即是雜病論，嗣經王叔和添辨脈、平脈等證，冠於傷寒之首。而《傷寒》之卷數已亂，又不知何人將雜病論題為《金匱要略》，復於卷後添俗傳雜療方為第十卷，狗尾續貂，混誤已甚。陳修園刪去辨脈、平脈等篇，詢有卓見，而猶存雜療方，不免遺累。且陳書分卷亦與仲景未符，今應刪去雜療方，將《傷寒論》依六經分為六卷，後附三章，又為一卷，合之《金匱》九卷，適符仲景原文一十六卷之數。然則仲景二書，實為合集，仲景此序，亦是合序，並非單序《傷寒》也。讀者將兩書合讀，則融會貫通，毫無遺義矣。」雲航此說，至為精確，當即從之，將二書卷數釐正，復還其本來面目，願與天下讀者共訂正焉。