一、五脏六腑（包括奇恒之府、传化之府）
中医重视内脏的生理功能，并重视内脏病理变化的反映，还重视内脏之间和内脏与形体各组织的联系。根据内脏的性质和作用分为五个脏、六个腑，又把另外的一部分称为奇恒之府和传化之府。
五脏是心、肝、脾、肺、肾，六腑是胆、胃、小肠、大肠、膀胱和三焦，五脏中还有心包络，为心的外卫，也有把它独立起来，与五脏并列，称为六脏，惟心包络的功能和病变总是与心脏相一致的。脏和腑俱为内脏，其区别是：五脏藏精气而不泻，六腑传化物而不藏。凡具有出纳转输、传化水谷功能的脏器，归属于腑；没有直接传化水谷而具有贮藏精气功能的脏器，归属于脏。
1﹒心
心生血，主藏神。为人体生命活动的主宰。心脏本身不健全，或受情志的刺激，或因病邪的侵犯，就会出现心悸、惊惕、失眠，或善忘、喜笑失常，或谵语、神识昏迷等症。心脏有了病变，不仅本身无以自主，并能影响其它脏腑的活动，使之发生紊乱。
2﹒肝
肝藏血，主谋虑。肝性刚强，故又有将军的称号，当受到精神刺激时，往往影响其正常功能而发生恼怒、头胀等症，甚至火气上逆而发生吐血。肝又为女子的“先天”（即有生殖机能在内的意思），故调经、种子必须重视对肝脏的治疗。
3﹒脾
脾统血，主运化。维持生命的力量主要是营养，脾能消化水谷，把食物的精华运输到全身，故被称为“后天”之本。倘脾的运化能力不足，则食后作胀，因而引起肌肉消瘦，精神疲乏。脾又主运化水湿，水湿停滞的症状，如胸闷呕恶，大便泄泻，肌肤浮肿，大多由于脾弱所致，因此利湿常用健脾方法。
4﹒肺
肺主气，司清肃。肺气不降，最易引起咳嗽、气喘，在虚症的情况下，又常见少气、言语低怯无力。肺对于心脏所主的血液循行，有调节作用，前人为了形容两者间的密切关系，曾把心脏称作君主，肺脏称作相傅。
5﹒肾
肾藏精，主作强。肾脏对于人的精力充沛起有积极作用，肾虚则脑转，耳鸣，目无所见，腰痛，胫痠，懈怠思卧等症均起。肾为男子的“先天”，与女子以肝为先天的意义相同，即指生殖功能而言。故性欲衰退及滑精、精寒、早泄等症，都从肾脏治疗。肾与其它内脏有一不同的特点，即肾有两枚，左者为肾，右者为命门，肾主阴，命门主阳，故肾又有“水火之脏”之称。临症上一般所称的真阴、真阳亦即指此。
6﹒胆
胆为清净之腑，主决断。胆与肝为表里，肝气虽强，非胆不断，肝胆相济，勇敢乃成。人身心为“君火”，胆与命门为“相火”，胆火偏亢，则出现急躁易怒，头胀、胸闷、胁痛、口苦、呕吐苦水等症。
7﹒胃
胃为水谷之海，主受纳。胃与脾为表里，前人虽分胃司受纳，脾司消化，但胃的基本功能既能受纳，亦能消化，故脾胃往往相提并论。并认为不能受纳，也就谈不到消化，因而又说“纳谷者昌，绝谷者亡；有胃气则生，无胃气则死”，把胃的功能看得非常重要。
8﹒小肠
小肠为受盛之腑，主化物。小肠承受胃中腐熟的水谷，进一步分别清浊，使精华归于五脏贮藏，糟粕归于六腑排泄，并将糟粕中的水液归于膀胱，渣滓归于大肠。这些都是小肠化物的工作。
9﹒大肠
大肠为传导之府，主排泄。大肠接受小肠糟粕，负责输送排泄，为整个消化过程的最后阶段。由于大肠的功能是传导糟粕，职司大便，故凡大便闭结，或泄泻，以及痢疾和便血等，都从大肠着手，而有通导、润泽、固涩等不同的疗法。
10﹒膀胱
膀胱为州都之官，司气化。膀胱为水液潴汇之处，气化不利，则小便癃闭；气化不约，则遗溺、小便不禁。但膀胱的气化与肾有关系，肾气足则能化，肾气虚则不能化，故治小便不利或不禁，有时应用温肾之法。
11﹒三焦
三焦为决渎之官，主行水。三焦由上焦、中焦、下焦三部分组成。它的主要作用为疏通水道，例如治停水胀满，常用利气来帮助行水，所谓利气，多用疏畅三焦的药物。
每一个脏或每一个腑都有它的主要功能，并在相互协作中进行的。故脏与脏之间有“相主”关系，如肾为心之主，心为肺之主，肺为肝之主，肝为脾之主。主是主持的意思，即相互约制，以维平衡的作用。脏与腑之间也有“相合”关系，如肺合大肠，心合小肠，肝合胆，脾合胃，肾合膀胱。合是配合的意思，说明以脏为体，以腑为用，配合起来以完成二者的综合功能。脏为阴属里，腑为阳属表，因而这种配合也叫“表里”。
脏腑虽然处于体内，但与形体的各组织和器官有密切联系，所以观察形体各组织和器官的表现，可以测知脏腑的情况，这在诊断上具有重要意义。内脏与形体各组织、器官的关系，在临症上比较常用的，如：肝开窍于目，其充在筋，其华在爪；心开窍于舌，其充在脉，其华在面；脾开窍于口，其充在肉，其华在唇；肺开窍于鼻，其充在皮，其华在毛；肾开窍于耳，其充在骨，其华在发。又：脾主四肢，并以关节处两肘属心、肺，两腋属肝，两髀属脾，两腘属肾，等等。
脏腑之外尚有奇恒之府，即脑、髓、骨、脉、胆、女子胞。奇恒的意义是似脏非脏，似腑非腑，形虽似腑而作用似脏；是异乎寻常的一种内脏。它们在人体中也是极其重要的部分。这些奇恒之府并不是孤立的，和脏腑都有联系，比如脑和心、肝有关系，又因脑和髓有关，髓又和骨有关，骨属于肾，脑又和肾有关；女子胞即子宫属肝，由于行经、养胎等与血有关，故又和心、脾有关了。与奇恒之府对称的还有传化之府，即胃、大肠、小肠、三焦、膀胱，这五个腑，在六腑中都是属于消化系统。如上所述，全身组织都是有机的联系，是完整的不可分离的。
熟悉五脏功能之外，还须明白五脏的性质，这种性质好像一个人的性格，根据它的性质来调整其失却平衡所产生的病变，可以证明是完全正确的。例如：肝的性质喜条达，心的性质喜宣明，脾的性质喜健运，肺的性质喜清肃，肾的性质喜润下。在治疗上就有一个规律：肝欲散，宜食辛以散之，肝苦急，宜食甘以缓之；心欲软，宜食咸以软之，心苦缓，宜食酸以收之，脾欲缓，宜食甘以缓之，脾苦湿，宜食苦以燥之；肺欲收，宜食酸以收之，肺苦气上逆，宜食苦以泄之；肾欲坚，宜食苦以坚之，肾苦燥，宜食辛以润之。
根据五脏生理的正常活动现象和某种反常情况结合起来，可以探测内脏的病理变化，前人对这方面曾有很多的经验。如上所说，心藏神，多笑知其神有余，悲哭知其神不足；肺主气，咳嗽气喘知其气有余，少气呼吸不利知其气不足；肝主血，易怒知其血有余，恐怯知其血不足；脾主形，腹胀、小便不利知其形有余，四肢不用知其形不足；肾主志，腹泻胀满知其志有余，厥逆知其志不足。又如：胸腹胀满，语声重浊不清，知其中焦积湿；语言低微，不能接续，知其气分极虚；言语不避亲疏，衣被不自盖覆，知其神识已乱；大便泄泻无度，知其大肠不固；小便不禁，知其膀胱不能约束。还有如：头为精明之府，头垂不举，目陷无光，知其精神极疲；背为胸中之府，背部佝偻，两肩下垂，知其脏气无力；腰为肾之府，腰痛不能转侧，知其肾脏已虚；膝为筋之府，关节屈伸不利，行走俯伏，知其筋腱无力；骨为髓之府，不能久立，行立振掉，知其骨弱不强。诸如此类，所谓有诸内者形乎外，故可从外部来探知其内情，在临症上有很大帮助。
二、十二经脉（包括奇经八脉）
十二经脉与脏腑有密切联系，脏腑也需要它来和各个组织取得密切联系，这就是经络。经络是经脉和络脉的简称，经脉上下直行，络脉左右横行，用粗浅的比喻来理解，经似地上的长江大河，络似江河之间的溪流沟渎，上下衔接，左右贯通，好像一个环子，周流不息，循行无端。
经络相当复杂，主要的有十二支，称做正经，即手太阴肺经，手少阴心经，手厥阴心包络经，是为手三阴经；手太阳小肠经，手少阳三焦经，手阳明大肠经，是为手三阳经；足太阴脾经，足少阴肾经，足厥阴肝经，是为足三阴经；足太阳膀胱经，足少阳胆经，足阳明胃经，是为足三阳经。这十二经的循行路线，有一个简单的口诀：“手之三阴，从脏走手，手之三阳，从手走头；足之三阳，从头走足，足之三阴，从足走脏。”就是手阴经从胸走手而交于手阳经，再由手阳经从手走头而交于足阳经，再由足阳经从头走足而交于足阴经，再由足阴经从足走内脏而交于手阴经，成为一个循环。把十二经分开来说，由手太阴而手阳明，而足阳明，而足太阴，而手少阴，而手太阳，而足太阳，而足少阴，而手厥阴，而手少阳，而足少阳，而足厥阴，而手太阴。这样，循环不息地由阴入阳，由阳入阴，从表走里，从里走表，自上而下，自下而上。
一般以为经络适用于针灸，殊不知经络由于循行全身，很自然地把全身划分为若干区域，并建立起体表和内脏的表里关系，因而可从某一区域内所发生的症状，测知发病的经、脏，并能根据这一经、脏来进行治疗，所以在内科临症上也占重要地位。例如十二经的发病：肺手太阴经发病常见喘咳，缺盆中痛，两手交心，臑臂内侧前缘痛厥，掌心发热；大肠手阳明经发病常见齿痛喉痹，肩前臑内作痛，食指痛不能动；胃足阳明经发病常见鼻衄，口㖞，唇内生疮，膝膑肿痛，沿膺乳股胫外侧足背皆痛，足中指不能屈伸；脾足太阴经发病常见舌本强硬，胃脘痛，股膝内侧发肿厥冷，足大趾不能运用；心手少阴经发病常见心痛，胁痛，臑臂内侧后缘痛厥、掌心发热，小肠手太阳经发病常见咽痛，颊肿，肩臑、肘臂外侧后缘疼痛；膀胱足太阳经发病常见头痛，项强，腰脊痛，尻腘腨足等部均痛，足小趾不用；肾足少阴经发病常见咽肿，烦心，脊股内侧后缘疼痛痿厥，足心热痛；心包手厥阴经发病常见手心热，肘臂拘挛，腋下肿，胸胁胀满；三焦手少阳经发病常见耳聋，喉痹，颊痛，耳后、肩臑、肘臂外侧均痛，无名指不用；胆足少阳经发病常见头痛，眼外角痛，腋下肿，胸胁髀膝外侧直至胫骨外踝前皆痛；肝足厥阴经发病常见喉干，胸满，疝气，遗尿，或小便不利。以上十二经病症，均可就其何处痛，何处热肿，分别治疗所属的各经、脏，了若指掌。
十二经有别行的一部分，出入阴经和阳经之间，作为中途联系的通路，比较络脉为深长，称做“经别”。经别之外，又有循行体表不入内脏，起于四肢末梢，行于四肢腕、肘、腋、踝、膝、股之间，与经别走入深部恰恰相反的，称做“经筋”。还有十五络为经脉传注的纽带，络和孙络错综分布于诸经之间。
十二经称为正经，与它相对的有“奇经”，包括督脉、任脉、冲脉、带脉、阳跷脉、阴跷脉、阳维脉、阴维脉、称做奇经八脉，可补正经的不足。八脉中督脉沿脊内行于身后，主一身之阳；任脉沿腹内行于身前，主一身之阴；冲脉走腹内散于胸中，为十二经的冲要，皆起于会阴部，所谓一源而三歧；带脉则环绕季胁下，犹如束带，总约诸经；跷有跷捷的意义，其脉行于肢体外侧称阳跷，行于内侧的称阴跷；维有维系的意义，维系诸阳经的为阳维，维系诸阴经为阴维。八脉中督脉、任脉和十二经相合，称为十四经，最为重要。
十四经各有穴位，穴有孔隙的含义，故也称“孔穴”。这些穴位联属在一定的经脉上，为脏气输出而聚集于体表的部位，故又称“腧穴”和“经穴”，腧即转输的意思，因而或作“输穴”，并简写为“俞穴”。十四经共有三百六十多穴，各有专名，兹简单地介绍各经起止穴位和总穴数如下。
1﹒手太阴经
起于中焦中府穴，止于拇指少商穴，共十一穴。
2﹒手阳明经
起于食指商阳穴，止于鼻旁迎香穴，共二十穴。
3﹒足阳明经
起于目下承泣穴中，止于次趾厉兑穴，共四十五穴。
4﹒足太阴经
起于大趾隐白穴，止于胸胁大包穴，共二十一穴。
5﹒手少阴经
起于胸中极泉穴，止于小指少冲穴，共九穴。
6﹒手太阳经
起于小指少泽穴，止于耳前听宫穴，共十九穴。
7﹒足太阳经
起于眼内角睛明穴，止于小趾至阴穴，共六十七穴。
8﹒足少阴经
起于足底涌泉穴，止于巨骨下俞府穴，共二十七穴。
9﹒手厥阴经
起于胸中天池穴，止于无名指中冲穴，共九穴。
10﹒手少阳经
起于无名指关冲穴，止于眼外角丝竹空穴，共二十三穴。
11﹒足少阳经
起于眼外角童子髎穴，止于小趾、次趾窍阴穴，共四十四穴。
12﹒足厥阴经
起于大趾大敦穴，止于胸中期门穴，共十四穴。
13﹒督脉
起于尾骶端长强穴，止于唇内上龈龈交穴，共二十八穴。
14﹒任脉
起于两阴间会阴穴，止于唇下承浆穴，共二十四穴。
脏腑与经络，在生理方面有不可分割的关系，喻嘉言曾说：“治病不明脏腑经络，开口动手便错。”但明白脏腑经络以后，又究竟如何来应用于临症呢？现在举肝作例子来说明。从脏腑和经络的生理和病理方面，对于肝病的认识可分如下数项。
1﹒依据“肝藏血”，又“其化为荣”。认识到贫血症与肝有密切关系。
2﹒依据“肝者罢极之本，魂之居也”，又“谋虑出焉”。认识到肝病与疲劳和情绪极有关系。
3﹒依据“肝者将军之官”，又“在志为怒”。认识到肝气善于横逆冲激。
4﹒依据“其性为暄”又“此为阴中之少阳”。认识到肝病能发生“火”的症状。
5﹒依据“风气通于肝”，又“其用为动”。认识到肝病又能发生“风”的症状。
6﹒依据“春三月此为发陈，逆之则伤肝”，又“其令宣发”。认识到肝病会有气血不能条达和郁结的现象。
7﹒依据“肝开窍于目”，又“其华在爪，其充在筋”。认识到肝病能影响眼目和筋膜。
8﹒依据“肝足厥阴之脉，循阴股，入毛中，过阴器，抵小腹，上贯膈，布胁肋，循喉咙之后，上出颃颡，连目系，上出额，与督脉会于巅”。认识到肝病又可影响到头面、巅顶、胁肋、小腹、前阴和下肢等部。
此外，依据五行生克规律，“水生木、木克土”。认识到肾阴亏乏能生肝病，肝病易使脾胃受害，因而有阴虚肝旺，肝胃不和等名称。这样，根据肝脏和肝经的生理功能及病理变化去认识肝病，就成为治疗肝病的一套理论。以此作为依据，从而分析症状，考虑治法，都可头头是道了。
三、气 血
气和血并重，更把气作为血的统帅，这是中医生理上的一种认识方法。气的名称相当多，有元气、真气、精气，这些都是指整个人体内气血和其他物质及能力，名虽异而实为一种。另有阳气、阴气之称，这是从元气内分别两大作用，说明一种能保卫体表，另一种能保持精力不使亏耗，故也叫真阳、真阴。还有宗气、中气，是指元气中有一部分属于上焦肺，另一部分属于中焦脾胃，所以亦叫肺气、胃气。概括的说，均为元气。
气血的气，有些地方代表能力，有些地方代表物质，因而有气属无形、血为有形的说法。我们的体会，前人把气和血对待提出，血是物质，气也应该是物质，气所发生的作用就是“能力”。血液循行脉内全身受其营养，气能改善血液的功能和帮助血液的正常运行，二者是构成人体正常生理活动的重要因素，《内经》说：“血主濡之，气主煦之。”这就说明二者是绝对不能分离的。假使气受到心理上、环境上的刺激，无论情志方面的喜、怒、哀、乐，气候方面的冷、热，以及工作方面的劳逸，都会影响到血。因此，前人特别重视气，称做“气为血帅”，又说：“百病皆生于气”。
一般的说，血分病虽当用血分药治疗，但还有理气和血、行气逐瘀、血脱益气等治法，这是因为气行则血行，气滞则血滞，要使血液循行正常，先使气机舒畅；要使瘀血排除，先使气分通利。在出血不止的症候，还能用补气药来帮助收摄；严重的贫血症，根据阳生则阴长的道理，同样需要用补气药来加速恢复。这些方法，在临症上都是很有效的。
中医临症时所称的气，多数是指脏腑机能的障碍，或消化不良等产生的气体。常见的如胸膈痞闷，胁胀脘塞，筋脉不舒，腹内攻冲响鸣，用气滞、气壅、气郁、气积、气聚、气闭等名词，作为病理的解释。发生这些症状的病症，也就多用气字为病名，如气厥、气膈、气胀、气臌、气呃、气淋、气秘、气瘿、气疝和肝气、胃气痛等等。举例来说，临症所见的厥症、膈症、臌胀病等，它们的成因有多种，其中属于气分酿成的，只要调畅气机，症状就能消失，因而又有舒气、疏气、调气、理气、行气、散气、顺气、降气、破气等多种治法。所以生理上所说的气和病理所说的气意义不同，应予区别。
血液的作用，《内经》上指出：“目受血而能视，足受血而能步，掌受血而能握，指受血而能摄。”说明全身都靠血液营养，所以又说：“以奉生身，莫贵于此。”在生理方面，特别指出：“心生血，肝藏血，脾统血。”凡是心脏衰弱或血亏，循行失调，会出现心悸、惊惕，脉来歇止；当精神过度刺激影响“肝藏血”的职守，容易引起吐衄；在脾脏功能发生病变，也会失其统摄作用，产生大便出血和妇女月经过多及崩漏等症。治疗上常用的和血、养血和引血归经方法，大多是针对心、肝、脾三脏而用的。对于虚损症采用治疗心、肝、脾的方法不能收到效果时，又把目标移转到肾，着重“先天”，如《圣济总录》所说：“嗜欲不节，劳伤肾气，精血耗竭，脏腑虚损，血气不能充养。”
血液得寒则凝滞，得热则妄行，这寒和热包括外界的寒邪和热邪，饮食的寒凉和辛热，以及体质的偏寒、偏热和肝火偏旺等。故血病主要分为瘀血和出血，当然与气也有密切关系。血虚多起于疲劳过度、创伤出血过多和病后及妇人产后，当已经成为血虚症时，就须从心、肝、脾三脏治疗，必要时并应进一步从肾脏治疗。
四、精 气 神
精、气、神，中医称为三宝，就是说明这三者对于人体极为重要。气在上面已经说过，现在先谈精，精是人体生长、发育以及生殖能力的物质基础。中医把精归于肾脏，《内经》说：“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之。”又说：“肾者主蛰，封藏之本，精之处也。”又因“两精相搏，合而成形”和“人始生，先成精”，然后脑、髓、骨、筋 脉、皮肉、毛发等形体组织逐渐生成，精为生命的基础，所以称肾为“先天”。待到出生以后，便靠饮食来给养，这是脾胃的作用，故称脾胃为“后天”，并在临症上认为先天不足，可用后天来调养。
精，对于体力有密切影响，故患有遗精的人，多呈腰痠、背痛、足软、腿弱；严重的神疲力乏、气短、肌肤不润泽、耳鸣、目无精光、不能久立，称做“精极”。由于肾主藏精，一般对上述症状称之为肾亏，以补肾为主。
必须指出，中医书上有很多地方是指广义的精，就是指人体的精气。如《内经》说：“精气夺则虚。”又说：“精气竭绝，形体毁沮。”在疾病方面，如说“冬不藏精，春必病温。”及“尝富后贫，名曰失精”等等。也有单指一种物质的，如说：“热者邪气也，汗者精气也。”这些都不能和狭义的精混为一谈。
次谈神，前人认为人体的各组织都是有形的，还有一个高级的、无形的一种能力在主持活动，称它为“神”。假使神能充旺，内脏和形体就活泼，神一涣散，一切不起作用了。神在内脏方面的活动，《难经》上曾指出：“脏者人之神气所舍藏也，肝藏魂，肺藏魄，心藏神，脾藏意与智，肾藏精与志也。”可知中医所说的魂、魄、意、志等是用来区别各脏的活动现象的，名称虽有不同，总的说来只是一个神。由于心脏统率内脏，故一般以心脏的神来概括其它四脏的神，而且彼此之间有密切关系。《内经》说：“生之来谓之精，两精相搏谓之神，随神往来者谓之魂，并精而出入者谓之魄。所以任物者谓之心，心有所忆谓之意，意之所存谓之志，因志而存变谓之思，因思而远慕谓之虑，因虑而处物谓之智。”这一系列的思想意识活动，都是神的作用。
神发生病变，便会产生胸膈烦闷，两胁不舒，精神不能自主，手足无力，狂妄不识人，记忆力衰退，前阴萎缩，腰脊痠痛不能俯仰转侧等一系列的症状。成方中如朱砂安神丸、琥珀定志丸等，均是治疗这种病的。但是，神不空空洞的，需要物质来营养，《内经》所说：“五味入口，藏于肠胃，味有所藏，以养五气，气和而生，津液相成，神乃自主。”这就在治疗神病时候，不能单靠安神定志，必须结合养血、补气等方法了。
精、气、神三者有着链锁性的关系。气生于精，精化为气，精气充盛，神自活跃，反之，神不充旺，定然精气不足。同时神如活动过度，也能影响精气，从而使形体衰弱。所以在养生和治疗方面，又须互相照顾。
五、津 液
津和液是两种不同性质的液质，但不等于一般所说的水分。《内经》指出：“三焦出气，以温肌肉、充皮肤为津，其留而不行者为液。”故津液亡脱，在津为腠理开、汗大泄，在液为身体萎枯，毛发憔悴，耳鸣、胫痠，骨属屈伸不利。
津液可以转化为血，故《内经》说：“夺血者无汗，夺汗者无血。”因而中医有津血同源的说法，理由是亡血有吐、衄、便、溺四大症，亡津亦有呕、吐、消、汗四大症。吐血出于贲门，与呕吐同；鼻衄名为红汗，与汗出同；便血出于大肠，与下利同；溺血出于胞中，与下消同。两者相比，性质相似。故保津即所以保血，养血亦可以生津，临症上常把亡血和亡津液并提，在《伤寒论》上主张亡血家不可发汗，在“温病学”方面主张留得一分津液便有一分生机，两者的见解是一致的。
津液也能化为汗、涕、泪、涎、唾，主要是属于肾脏，故称肾主五液。脾阳虚弱的人，津液不化，还能凝聚成痰饮，痰饮内阻，津液无以上升，口干不欲饮，当用温药和之。
临症上常见的津液缺少症状为口渴，多由热性病引起，常用的生津药，为石斛、麦冬、玉竹、天花粉一类。但轻浅的口渴不一定用生津药，清热则津自回转，生津药性多黏腻，用时应考虑有无流弊。口渴严重的非生津能治，又当进一步与养血、养阴同用。