话说刘敬宣佔据山阳，聚众方图报复，闻有大军来讨，忙同众人整顿人马迎敌。无如兵未素练，人无斗志，战阵方合，四散奔走，进不能战，退不能守，只得弃城而逃。於是敬宣、休之。刘轨奔燕，高雅之、袁虔之等奔秦，今且按下不表。
却说何无忌闻牢之自缢，敬宣出奔，不胜感悼，谓裕曰：「北府旧将，半遭杀戮，吾挤恐终不免，奈何？」裕曰：「无害，玄方矫情饰诈，必将复用吾辈，子姑待之。」俄而桓修镇丹徒，引裕为参军，何无忌为从事，二人皆就其职。一日，修入朝，裕与无忌随往。玄见裕，谓王谧曰：「刘裕风骨不凡，盖人傑也。」谧曰：「公欲平天下，非裕莫可任者。」玄曰：「然。」因屡召人宴，以示亲密，玄妻刘氏有智鉴，谓玄曰：「刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，宜早除之。」玄曰：「我方平荡中原，非裕莫济，俟关陇平定，然后议之末晚。」时玄已封楚王，用天子礼乐，妃为王后，子为太子。殷仲文、卞范之阴撰九锡册命等文，朝臣争相劝进。桓谦私问裕曰：「楚王勋德隆重，朝野之情，咸谓宜代晋祚，卿以为何如？」裕曰：「楚王，宣武之子，勋德盖世，晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可？」谦喜曰：「卿谓之可即可耳。」谦以裕言告玄，玄亦喜。因诈言钱塘临平湖开，江州甘露降，使百僚集贺，为受命之符。又以前世禅代，皆有高隐之士，耻於当时独无，乃求得西朝隐士皇甫谧六世孙，名希之，给其资用，使隐居山林。屡加徵召不至，诏旌其闾，号曰「高士」。时人谓之」充隐」。
元兴二年十二月了丑，群臣入朝，请帝临轩，手书禅诏，遣司徒王谧奉玺绶禅位於楚。帝即避位，逊居雍安宫。百官诣楚王府朝贺。庚寅朔，筑坛於九里山北，即皇帝位，建号大楚，改元雍始。玄入建康宫，将登御座，而牀忽陷。群下失色，玄亦愕然。殷仲文趋进曰：「将由圣德高厚，地不能载。」玄大悦，追尊父温为宣武皇帝，母司马氏为宣武皇后。以祖彝而上，名位不显，不复追尊立庙。或谏之不听，卞承之曰：「宗庙之祭，上不及祖，有以知楚德之不长矣。」
玄自即位，心常不自安。一夜，风雨大作，江涛拥入石头，平地水数丈，人屍漂流，喧哗震天。玄闻之惧曰：「奴辈作矣！」后知江水发，乃安。性复贪鄙，闻朝士有法书名画，必假樗蒲得之。玩弄珠王，刻不离手。主者奏事，或一字谬误，必加纠摘，以示聪明。制作纷纭，朝换夕改，人无所从。当是时，三吴大饥，户口减半，会稽郡死者什三四。临海、永嘉等县，人民饿死殆尽。富室衣纙纨，怀金玉，闭门相守饿死，而玄不加恤。更缮宫室，土木并兴，督迫严促。由是中外失望，朝野骚然。秘书监王玄德同弟仲德，一日来见裕曰：「自古革命，诚非一族。然今之起者，恐不足以成大事。异日安天下者必君也。」裕久有建义意，因答曰：「此言吾何敢当？倘有事变，愿同协力。」仲德曰：「吾兄弟岂肯助逆者哉？君如有命，定效驰驱。」於是密相订约而去。
时桓宏镇青州，遣主簿孟昶建康。玄见而悦之，谓参军刘迈曰：「吾於素士中，得一尚书郎，与卿共乡里，曾相识否介？」迈问：「何人？」曰：「孟昶。」迈素与昶不睦，对曰：「臣在京口，惟闻其父子纷纭，更相赠诗耳。」玄笑而止。昶闻而恨之。桓修将还镇，裕当共返，托以金创疾动，不能乘骑，乃与无忌同船共载，密定匡复之计。既至京口，会盂昶还家，亦来候裕。裕谓之曰：「草间当有英雄起，卿闻之乎？」昶曰：「今日英雄有谁，正当是卿耳。」裕大笑，相与共定大计，密结义勇。一时同志者，有刘毅、魏咏之、诸葛长民、檀凭之、王玄德、王仲德、辛扈兴、童厚之、毅兄迈、裕弟道规等二十七人，愿从者百有余人，皆推裕为盟主。裕乃命孟昶口：「吾弟道规为桓宏参军，卿为主薄，可在青州举事，吾使希乐共往助之，杀宏收兵，据广陵。」希乐，刘毅字也。又谓魏咏之曰：「长民为刁逵参军，卿往助之，杀逵收兵，据历阳。」谓辛扈兴、童厚之曰：「卿二人速往京师，助刘迈、王玄德兄弟，临时为内应。吾与无忌在京口，杀桓修，收兵讨玄。」约定同日齐发，不可迟误。众人受命，分头而往。
且说盂昶妻周氏，富於财，贤而有智。昶归语其妻曰：「刘迈毁我於桓公，使我一生沦陷，我决当作贼，卿幸早自离绝，脱得富贵，相迎不晚也。」周氏曰：「君父母在堂，欲建非常之业，岂妇人所当止，事若不成，当於牢狱中奉养舅姑，义无归志也。」昶怆然久之而起，周氏追昶还坐，曰：「观君作事，非谋及妇人者，不过欲得财物耳。」因指怀中儿示之曰：「此儿可卖，亦当不惜，况财物乎！」昶曰：「果如卿言，此时济用颇紧，苦无所措。」妻乃倾囊与之。昶弟顗，其妇即周氏之妹，周氏诈谓之曰：「昨夜梦殊不祥，门内绛色物，悉取以来，为厌胜之具。」其妹与之，遂尽缝以为战士袍。又何无忌将举事，恐家人知之，夜於屏风后作檄文。其母刘氏，牢之姊也，登高处密窥之，知讨桓玄，大喜，呼而谓之曰：「吾不及东海吕母明矣，汝能为此，吾复何恨！」问所与同谋者何人，曰：「刘裕。」母益喜，为言，玄必败，裕必败。无忌气益壮。
乙卯，裕及无忌托言出猎，收合徒众百余人。诘旦，京口城门开，无忌着传诏服，称敕使居前，徒众随之而入。桓修方坐堂上，无忌突至堂阶，称有密事欲白，乞屏退左右，修挥左右退。问何语。无忌出不意，拔剑斩之。大呼，徒众并至，挺刃乱击，左右皆惊窜，遂持其首诣裕。裕大喜，以首号令城上时，司马刁宏闻变，率文武官吏来攻裕。裕登城谓之曰：「郭江州已奉乘舆反正於寻阳，我等并受密诏，诛除逆党。今日贼玄之首，已枭於大航矣。诸君非大晋之臣乎？尚欲助逆耶？」众信之，一时并散，遂杀刁宏。
当是时，义旗初建，百务纷如。裕问无忌曰：「此时急须一主簿，何由得之？」无忌曰：「无过刘穆之。」裕曰：「然。非此人不可。」遂驰信召焉。原来穆之世居京口，为人多闻强记，能五官并用，不爽一事。曾为瑯玡府主簿，弃官归。是夜，梦与裕乘大风泛海，惊涛骇浪，舟行如驶，俯视船旁有二白龙，夹船以行。既而至一山，山峰耸秀，树木葱范。携手而登，其上皆瑶台璇室，有玉女数人，向裕迎拜。裕上坐，己旁坐，闻呼进宴，佳餚异馔，罗列满前，皆非人世间味。及觉，口中若有余香，心甚异之。晨起，闻京口有喧噪声，出陌头观望，直视不言者久之。返室，命家人坏布裳为袴，而裕使适至，遂往见裕。裕曰：「始举大义，方造艰难，须一军吏甚急，卿谓谁堪其任？」穆之曰：「仓猝之际，当无逾於仆者。」裕笑曰：「卿能自屈，吾事济矣。」即於座上署为主簿。
话分两头，是日，孟昶在青州，劝桓宏出猎，宏许之。天未明，开门出猎人，昶与刘毅、道规，率壮士数十人，乘间直入。宏方啖粥，见毅等至，放箸欲起，道规直前斩之。左右大乱，击杀数人方止。毅持其首，出徇於众曰：「奉诏诛逆党，违者立死！」军土披甲欲战，道规摇首止之曰：「朝廷大军旋至，卿等勿同族灭。」青州军士素畏服道规，遂散走。乃留道规守广陵，收众过江，与裕军合。
丁巳，裕率二州之众一千七百人军於竹里，移檄远近，共讨桓玄。玄闻京口难作，怒曰：「无端草贼，速击杀之。」继问首谋者何人，左右曰：「刘裕。」不觉失色。又问其次，曰：「刘毅、何无忌。」恐惧殊甚。左右曰：「裕等乌合微弱，势必无成，陛下何虑之深？」玄曰：「刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅，共举大事，何谓无成。」乃命桓谦为征讨大都督，屯军於覆舟山待之，戒勿轻进。
却说王玄德等探得外已举事，谋俟京旅出征，夜伏壮士於关内，纵火烧其官室，乘乱攻之，可以杀玄。刘迈狐疑不敢发，事泄，迈及玄德、扈兴、厚之皆死。仲德逃免。桓谦请进兵击裕，玄曰：「彼兵锐甚，计出万死，若有蹉跌，则彼气成，吾事去矣。彼空行二百里无所得，锐气已挫，忽见大军，必相惊愕。我按兵坚阵，勿与交锋，彼求战不得，自然散走、此策之上也。」谦曰：「贼兵初起，扑之易灭，缓则养成其势，图之转难矣。宜急击勿失。」玄不得已从之，乃遣左卫将军吴甫之，右卫将军皇甫敷，引兵相继北上。二人皆玄之勇将，素号万人敌者，故用为军锋。
却说甫之进至江乘，与裕军相遇。甫之兵，多裕数倍，甲骑连营，干戈耀日，裕众皆恐。裕曰：「今日之战，有进无退，成败在此一决，诸君勉之。」乃身先士卒，手执长刀，大呼以冲之，敌皆披靡。甫之迎战，裕突至马前，甫之方举刀，头已落地。西军争奋，东军大败，皇甫敷闻前军失利，分兵作两路来援。裕与檀凭之亦分兵御之。凭之冲入敌军，奋力乱砍，一将从旁刺之，中其要害，大叫一声而死。军少却，裕见事急，进战弥厉。敷合两军夹攻，围之数重。裕战久刀折，见路旁一大树，遂拔以挺战。敷喝曰：「刘寄奴，汝欲作何死！」拔戟刺之，刃不及者数寸。裕瞋目叱之，敷觉眼前似有一道红光冲来，人马辟易。其时无忌率众杀人，不见裕，问裕何在。军士指曰：「在兵厚处。」乃直透重围救之，射敷，中其额，敷踣於地。裕弃树取刀，向前砍之。敷将死，谓裕曰：「君有天命，愿以子孙为托。」遂斩其首。众见主将死，皆乱窜，裕大呼曰：「降者勿杀。」於是降者过半。获其资粮甲冑无数。裕归营，抚凭之屍而哭之。先是义旗初建，有善相者，相众人皆大贵，其应甚近，独相凭之不贵。裕私谓无忌曰：「吾徒既为同事，理无偏异，凭之不应独贱。」深不解相者之言。至是凭之战没，裕悲其死，而知大事必成。乃以孟昶为长史，守京口，尽合其众，往建康迸发。
玄闻二将死，大惧；问群臣曰：「吾其败乎？」吏部郎曹靖之对曰：「民怨神怒，臣实惧焉。」玄曰：「民怨有之，神何怒焉？」对曰：「晋氏宗庙，飘泊江滨，兴楚之际，上不及祖，神焉得无怒！」玄曰：「卿何不谏？」对曰：「辇上君子，皆以为尧舜之世，臣何敢言？」玄默然。时敌信日急，玄悉起京师劲旅，付桓谦将之，使何澹之一军屯东陵，卞承之一军屯覆舟山西，众合三万。庚颐之率精卒一万，为左右救援。
乙未，裕军至，覆舟山东，先使赢弱登山，张旗帜为疑兵，佈满山谷，使敌人望之，不测多少。诘旦，传餐毕，悉弃资粮，与刘毅分兵为数队，进突敌阵。裕与毅以身先之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。时东北风急，裕乘风纵火，烟燄涨天，鼓噪之音，震动京阙。桓谦股栗，诸将不知所为。又颐之所将，多北府人，素畏服裕，见裕临阵，皆不战而走，军遂大溃。
先是，玄惧不胜，走意已决。潜令殷仲文具舟石头，而轻可载服玩书画。仲文问其故，玄曰：「兵凶战危，脱有意外之变，富使轻而易运。」及闻大军一败，率亲卒数千人，声言赴战，上挟乘舆，下带家室，出南掖门以走。胡藩执马鞚谏曰：「今羽林射手，尚有八百，皆是精锐，且西人受累世之恩，不驱一战，一旦舍此，欲安之乎？」玄不答，鞭马急奔，西趋石头，与仲文等浮江南走。
斯时京中无主，百官开门迎裕。裕乃整旅入建康，下令军士，不许扰及民间，百姓安堵如故。庚申，屯石头城，立留台百官，焚桓温神主於正阳门外，尽诛其宗族之在建康者。一面遣诸将追玄，一面命臧熹入宫，收图籍器物，封闭府库。有金饰乐器一具，裕问熹曰：「卿欲此乎？」熹正色对曰：「皇上幽逼，播越非所，将军首建大义，勤劳王家，熹虽不肖，实无情於乐。」裕笑曰：「聊以戏卿耳。」壬申，群臣推裕领扬州，裕感王谧恩，使领扬州报之。於是推裕为大将军，都督扬、徐、衮、豫、青、冀、幽、井八州军事。以刘毅为青州刺史，何无忌为瑯讶内史，孟昶为丹阳尹，诸大处分，皆委於穆之。仓猝立定，无不毕具。穆之谓裕曰：「晋自隆安以来，政事宽弛，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙。元显政令违舛，桓玄科条繁细，皆失为治之道。公欲治天下，非力矫从前之失不可。」裕乃躬行节俭，以身范物，内外百官，皆肃然奉职。不盈旬日，风俗顿改。一日，长民槛送刁逵至京，报豫州已平，裕大喜。原来长民、魏咏之本约在历阳举事，为刁逵所觉，收兵到门，咏之走脱，长民被执，囚送建康。行至当利而玄败，送人破槛出之。长民结众还袭豫州，遂执刁逵以献。裕怒斩之，及其子姪无少长皆弃市，以报昔日之辱。后人有诗歎之曰：
王谧为公刁氏族，平生恩怨别秋毫。
回思雍齿封侯事，大度千秋仰汉高。
却说刘敬宣逃奔南燕，燕主慕容德待之甚厚。敬宣素晓天文，一夜仰瞻星象，谓休之曰：「晋将复兴，此地终为晋有。」乃结青州大姓，谋据南燕，推休之为主，剋日垂发。时刘轨为燕司空，大被委任，不欲叛燕，遂发其谋。敬宣、休之知事泄，连夜急走，仅而得免。逃至淮、泗间，尚未知南朝消息。敬宣夜得一兆，梦见丸土而吞之，觉而喜曰：「丸者，桓也。桓既吞矣，吾複本土乎？」俄而，裕自京师以手书召之。敬宣接书，示左右曰：「刘寄奴果不我负也！」便与休之驰还。既至建康，裕接入大喜，谓敬宣曰：「今者卿归，不唯济国难，兼当报父仇也。」敬宣泣而受命，裕乃以敬宣为晋陵太守，休之为荆州刺史。
且说桓玄奔至寻阳，郭昶之给其器用兵力，军旅少振，及闻何无忌、刘毅、刘道规三将来追，留何澹之守湓口，而挟帝西上。至江陵，桓石以兵迎之。玄入城，更署置百官，以卞范之为尚书仆射，专事威猛，摄服群下。殷仲文微言不可，玄怒曰：「今以诸将失律，还都旧楚，而群小纷纷，妄兴异议，方当纠之以猛，未可施之以宽也。」时荆、江诸郡，闻玄败归，有上表奔问起居者，玄皆却之，令群下贺迁新都。时无忌等已至桑落州，何澹之引舟师迎战。澹之常所乘舫，羽仪旗帜甚盛。无忌欲攻之，众曰：「贼师必不在此，特诈我耳，攻之无益。」无忌曰：「不然，今众寡不敌，战无全胜。澹之既不居此，肪中守卫必弱，我以锐兵进攻，必得之。得之则彼势败而我气倍，因而薄之，破贼必矣。」道规曰：「善。」遂往攻之，果得其舫，传呼曰：「已获何澹之矣！」西军皆惊惧扰乱，东军乘之，斩获无数，澹之走免。遂克湓口，进据寻阳。是役也，胡藩所乘舟，为东军所烧，藩带甲入水，潜行水底数百步，乃得登岸。欲还江陵，路绝不得通，乃奔豫章。裕闻而召之，遂降於裕。玄闻何澹之败，大惧，谋欲出兵拒之。乃以大将符宏，领梁州兵为前锋，大军继进。
当是时，玄重设赏格，招集荆州人马，曾未三旬，有众数万，楼船器械俱备，军势甚盛。而东军兵不满万，颇惮之，议欲退保寻阳，再图后举。道规曰：「不可，彼众我寡，今若畏儒不进，必为所乘。虽至寻阳，岂能自固？玄虽窃名雄豪，内实恇怯。加之已经奔败，众无固心，决机两阵，将勇者胜，不在众也。」说罢，披甲而出，麾众先进，矢石并发。西军皆闭舫户以避。诸将鼓勇从之，直出军后，纵火烧甚辎重，西师大败，玄乘轻舸，西走江陵。郭铨临阵降毅。殷仲文已随玄走，半路而还，因迎何皇后及王皇后於巴陵，奉之至京。裕赦其罪不问。
再说玄至江陵，计点军士，散亡殆尽。而有嬖重丁仙期，美风姿，性柔婉，玄最亲昵，与之常同卧起，即朝臣论事，宾客宴集，时刻不离左右，食有佳味，必分甘与之。其时战败失散，玄思之，涕泣不食。遣人寻觅，络绎载道。及归大喜，抚其背曰：「三军可弃，卿不可弃也。」将士闻之皆怒曰：「吾等之命，不及一嬖童，奚尽力为？」於是众志益离。冯该劝玄勒兵更战，玄不从。时桓希镇守汉中，有兵数万，玄欲往汉中就之，而人情乖阻，号令不行。夜中处分欲发，城内已乱，急与腹心数百人，乘马西走。行至城门，或从暗中斲之，不中。其徒更相杀害，前后交横，仅得至船。左右皆散，从者不满百人。恐有他变，急令进发。犹幸后无追师，船行无碍。一日正行之次，忽有战船百号，蔽江而来。船上枪刀林立，旗号云屯，大船头上，立一少年将军，白铠银甲，手执令旗一面，旁立偏将数员，皆关西大汉。舟行相近，来将大喝曰：「来者何船？」船上答曰：「楚帝御舟。」说犹未了，来将把旗一挥，左右战舰，一齐围裹上来，箭弩交加，矢下如雨。玄大惊，忙令退避，水手已被射倒，舱中已射死数人，丁仙期以身蔽玄，身中数箭而死。来将跳过船来，持刀向玄。玄曰：「妆何人，敢杀天子？」来将曰：「我杀天子之贼耳。」玄拔头上玉导示之曰：「免吾，与汝玉导。」来将曰：「杀汝，玉导焉往？」遂斩之。悉诛其家属，但未识杀玄者何人，且听后文再述。