何桂清由於在江蘇學政任內，喜歡談兵，屢次上奏，論列軍務，為文宗所欣賞，因此，在咸豐四年四月，調補倉場侍郎，到秋天漕米海運畢事，繼黃宗漢而為浙江巡撫。此中當然有「巧妙」；大致內有他的同年軍機大臣彭蘊章的援引，外有也是他的同年的黃宗漢的支持，但穿針引線王有齡功不可沒，當然也有朱大器的謀畫在內。
何桂清撫浙，王有齡自然更得意，咸豐五年調補首府杭州府知府，不久又兼署督糧道。同一年，賞戴花翎，並奉旨交軍機處記名，遇有道員缺出，請旨簡放；這稱為「內記名」，越過吏部這一關，是補缺最優先的「班次」。
咸豐六年，王有齡又奉委兼署鹽運使，護理按察使，集糧政、鹽務、司法於一身，為浙江第一能員，也是浙江第一紅員。因此遭人之忌，有個通判叫徐徵，告了一狀，告何桂清獎薦不公，奉旨明白回奏。何桂清「年少氣盛」，覆奏的語氣，不免亢激，因而下詔責；何桂清便只好稱病辭官，已經打點行李回鄉了，而忽有意外的轉變，奉旨以二品頂戴署理兩江總督。
據說轉變的經過是如此，兩江總督怡良，因病免職，文宗召見軍機，商量繼任人選；他說：「兩江總督一缺，以籌餉為命。派誰去好？」
「以何桂清為宜。」彭蘊章毫不遲疑地答奏：「何桂清在浙撫任內，籌給防守徽州兵勇數萬人的餉，應付裕如。」
徽州原屬兩江該管，與浙江無干；但地勢上卻是密切相連的，因此徽州的防務劃歸浙江。這是加重了浙江的負擔，而何桂清毅然挑起這副擔子──文宗最恨封疆大吏，自劃界限，不但各人自掃門前雪，如秦人之視越，甚至將雪掃到他人門前，推出了事，所以此時想到何桂清的好處，也是毫不猶疑地接納了彭蘊章的建議。
這一來，王有齡的行蹤也改變了。當何桂清辭官之前，先替王有齡作了安排；利用「內記名」的方便，外放為雲南糧儲道──何桂清回雲南，王有齡改官雲南，依然可以朝夕過從。
這雖是出於感情深厚的安排，卻到底是不得已之舉；既然何桂清有此意外的恩典，王有齡當然要留在江南做官。於是拜託新任浙江巡撫曾國藩的同年晏瑞書出面上摺說，浙江辦理防剿，與安徽接壤的寧國府正在吃緊之際，請求派王有齡幫辦浙江軍務；等到各路軍情稍鬆，再行馳赴新任。這有個名堂，叫做「奏留」；凡遇到軍務、河工等等有關國計民生的大事件，都可以「奏留」得力人員，通常也都可以邀准的。
王有齡留在浙江，是為了改官兩江的第一步；第二步是在寧國府克復後，由何桂清與江蘇巡撫趙德轍會銜出奏，說王有齡在浙江籌餉如何精敏，現在江蘇的稅捐，非他來清查整頓不可。這也有個名堂，叫做「奏調」；向例封疆大吏除了翰林以外，外官道員以下，京官司員以下，都可以奏調。而且文宗派何桂清繼任江督，本就是為了籌餉；所以奏調王有齡的摺子，自是「准如所請」。
王有齡到了兩江，先在上海整頓海關；關務把持在書辦手裏，黑幕重重，經過王有齡的清查整頓，公庫增收了兩百多萬銀子。由於這一勞績，何桂清保他升官江蘇按察使；不久又署理布政使，就是藩司，掌管一省的財政與人事。
江蘇的地方官最多，兩江總督駐江寧，江蘇巡撫駐蘇州；藩司亦有兩員，稱為江寧布政使與江蘇布政使，前者管江寧、淮安、揚州、徐州四府，及通州、海州兩直隸州；後者管東南膏腴之地的蘇、松、常、鎮、太五府州。照系統上說，江蘇藩司的直屬長官是江蘇巡撫；兩江總督隔了一層，是管不到的，而此時的情形不同。
其時因為江寧失守，兩江總督駐常州；常州既為江蘇藩司所管，所以王有齡便事事請命於何桂清，趙德轍根本不在他眼中，每次「上院」，仰面朝天，滔滔不絕地講他辦了些什麼事，辦得對不對，巡撫是不是同意？他都不問。趙德轍受不了這股氣，又拿他沒奈何，只好告病辭官。
接趙德轍遺缺的是徐有壬，由湖南藩司升任；未到江蘇以前，就聽說王有齡跋扈專橫，決心要殺殺他的威風。
第一天到任，會過學政，便是接見藩司；王有齡習性不改，上院帶兩個極漂亮的小跟班，每人手裏一支雲白銅的水煙袋，站在他左右，輪流替他裝煙。
「慢慢！」徐有壬揮手阻止小跟班送煙，「老兄官做到藩司，還不曉得官場的通例嗎？」
王有齡愕然，只好請問：「請大人指點。」
「向例：藩司謁見巡撫，只許吸旱煙，不許吸水煙。老兄雖然才略無雙，不過做此官，行此禮，定例不可違背。」接著用很威嚴的聲音對那兩個小跟班說：「你們下去！」
王有齡的氣焰一挫，對徐有壬的禮貌不同了；但辦到公事，因為有何桂清撐腰，擅專如故。
其時金陵被圍，已經一年有餘，存糧將絕，人心惶惶；而太平天國內部，大鬧奪權的內訌，楊秀清與韋昌輝的衝突以後，石達開獨樹一幟，遠走西南，偽朝只能託命於兩個人，一個是外號「四眼狗」的陳玉成；一個是被公認為太平天國第一人物的李秀成。
為了號召「勤王」，洪秀全接受李秀成的建議，封陳玉成為「英王」，賜「八方金印，便宜行事」。但陳玉成作戰慓悍絕倫，而威信不孚，所以太平天國各路將帥，不遵他的調遣。同時，由於清軍利用降將，想通款曲於李秀成；因而反促成李秀成的被重用，洪秀全「進封秀成忠王、都督中外諸軍，錄尚書事，賜尚方劍，八方金印，便宜行事，自主將以下，先斬後奏」。時為咸豐八年十二月；正是徐有壬剛到任的時候。
咸豐九年二月，李秀成大會諸將於安徽樅陽；此會有一極重要的戰略宣布，李秀成說：「官軍精銳，聚集金陵，而餉源在蘇州與杭州。如今金陵城外的長壕，已經構築完成；『江南大營』的張國樑又是有名的勇將，所以要解金陵之圍，不論內外如何硬攻，都難得手。我現在決定，以輕兵間道，奇襲杭州；杭州告急，蘇州亦必震動，官軍怕我們絕他的餉源、糧道，一定分兵相救；然後我們諸路合圍，直搗江南大營，大營一破，不但金陵圍解，蘇杭亦皆為我所有。」
戰略雖已決定，卻一時難以實現；因為金陵外圍，官軍雲集，每一路都逼得很緊，使得李秀成無法脫身。
一直到了咸豐十年李秀成方能出金陵；三天以後，張國樑率領水陸諸軍，攻克浦口九洑洲，約期攻上關、下關，以為金陵指日可破。而何桂清則以九洑洲之戰，籌餉有功，加官銜「太子少保」，與胡林翼齊名，並稱長江上下游、胡何兩宮保──此為何桂清一生事業頂點；過此就走了下坡，而且一落千丈，垮得極快。
當官軍將帥士兵，無不得意洋洋，躊躇滿志的當兒，李秀成親領精騎一千餘人，由皖南鳩江越清弋江，出寧國後路；解圍以後，疾趨廣德，撲入浙江泗安──泗安守兵十五營大潰，總兵李定泰逃之夭夭。於是李秀成分兵兩路，一路由他族中弟兄李世賢率領，攻擊湖州；一路由他親自指揮，自安吉、武康進犯杭州。
這一支奇兵，震動了兩江，也震動了朝廷。朝旨命接替向榮的欽差大臣，也就是負江南大營全責的和春，兼督浙江軍務，分兵赴援。
江南大營的戰將分兩個系統，向榮的舊部，多為他的同鄉四川人；同樣地，張國樑的部下，多為他的同鄉廣東人。當時大家希望張國樑能親自出馬，赴援浙江，但圍攻金陵，正當功在垂成之際，不僅陣前易將，為兵家大忌，而張國樑亦不願將可到手的功勞，拱手讓人，因而只有派蜀將援浙，此人叫張玉良，重慶人，其時的官職是肅州鎮總兵，受命統率援浙諸軍。
由張玉良擔任浙江方面的主將，是何桂清與和春會商後所作的決定；同時何桂清又在奏報援浙經過，順手放了浙江巡撫羅遵殿一枝冷箭，說他「主守不主戰，守近不守遠」。所謂「守近不守遠」，是指羅遵殿將守湖州一路的重兵，移防省城，湖州虧得有趙景賢的團練，不然危乎殆哉！當然「守近不守遠」確是措置乖方的事實，但何桂清放那枝冷箭，卻是別有用心，目的在為王有齡開路。
張玉良援浙，路過蘇州，王有齡留他住了兩天，為他講解杭州附近的形勢，而就在這「面授機宜」之際，李秀成的軍隊，已經直薄杭州，羅遵殿和駐防將軍瑞昌、副都統來存，晝夜防守，相持了十天；李秀成在清波門掘了一條地道，用火藥轟開二十餘丈，蜂湧而進。瑞昌退保子城──或稱滿城，在湖邊上，是駐防旗人的營區；苦苦守了六天，張玉良的八千援軍到了。
李秀成的目的，就是要引誘江南大營分兵援浙，好減輕金陵被圍的壓力；一看張玉良的兵到，立即展開撤退的計劃，先設疑兵，在城上遍插簇新的旗幟，表示他亦有援軍新到。張玉良見此情形，未免膽怯；將八千援軍，安頓在距杭州四十里的塘樓，同時派人混入杭州，與瑞昌取得聯絡，預備內外夾擊。
可惜，他們的行動慢了一步；李秀成使了一條奇計，找了許多瞎子來當更夫，一面偃旗息鼓，全師而退，走天目山，經孝豐，一日一夜行軍三百里，回到廣德。
瞎子茫然，五更三點，照打不誤。李秀成走了三天，瑞昌才發現杭州是座空城；於是張玉良率親兵六百人，直搗空城，一路往廣德追了去；李秀成早已算到，將從杭州藩庫、鹽庫、關庫中得來的數十萬兩銀子，沿路散佈，張玉良的兵撿銀子要緊，顧不得追敵，李秀成得以安然脫身。
杭州城破之日，羅遵殿仰藥殉節；等到「克復」，則是瑞昌和張玉良的「奇功」，御賜黃馬褂，封騎都尉的世職，張玉良還升了官，擢為廣西提督。此外何桂清又上奏，說張玉良援浙、受王有齡的密計，所以收功如是之速。於是王有齡順理成章地升任了浙江巡撫；而羅遵殿則有人彈劾他不能禦賊，以致追奪恤典。
這時的李秀成，已聚集五十萬人，會議解金陵之圍，當時的部署是如此：
楊輔清進溧水、雨花台；
李世賢進溧陽、攻句容；
劉官芳進秣陵關、逼七甕橋；
黃文金進高橋門。
首先收功的李世賢，攻占句容，疾趨淳化，張國樑大敗，退入大營。其時何桂清與和春已發覺中計，飛調張玉良回師，卻已來不及了。
當時對洪楊的征剿，責任區分，大致如此：金陵城外由欽差大臣主持、成立江南大營；後路蘇、常一帶，則由兩江總督與江蘇巡撫防守。在軍事指揮系統上，有時不免紊亂；江南大營之毀於一旦及蘇、常之失手，此為主因。
江南大營由向榮所創立，他是四川大寧人，寄籍甘肅，由行伍出身，為道光朝名將楊遇春所識拔；當洪楊起事，他正當湖南提督，在宿將中名望最高，所以文宗特地調他為廣西提督，與滿洲名將烏蘭泰，為欽差大臣賽尚阿的左右手；以後賽尚阿失機獲罪，洪楊大舉東下，向榮受命欽差大臣，沿江窮追，直到金陵，屯兵孝陵衛，繼而進屯紫金山，所率一萬七千餘人，結營十八座，這就是江南大營的創始。
向榮手下的第一大將就是張國樑。他是廣東高要人，本名嘉祥、號殿臣；「大天二」出身，但不妄殺，是「盜亦有道」之流。以後為廣東臬司勞崇光所招降，改名國梁，剿匪得力，積功升到守備；咸豐元年，改隸向榮部下，一路打到南京，勇猛絕倫，深為向榮所賞識。
咸豐六年七月，向榮病歿軍中，由和春繼任欽差大臣，督辦江南軍務；以張國樑幫辦軍務，升官湖南提督，所以稱為「副帥」。文宗頗有知人之明，曾有好幾次優詔，獎許張國樑忠勇，有一次，張國樑因作戰炮傷中指，文宗特頒御用傷藥，並且親筆硃諭：「勇猛中宜加慎重」。尚方珍玩，不斷賞賜以外又命圖形進覽，所以張國樑感恩圖報，奮不顧身。當向榮病歿後，金壇被圍，而和春還未接任，就由於張國樑的招集流亡，激以忠義，解金壇之圍，進克句容，使得江南大營的聲勢，復又大振。
可惜，文宗雖能賞識張國樑，而其時用兵命將，還不脫成見；以為膺專閫之寄者，非旗人不可，所以用了和春；如果當時以張國樑接替向榮，則局面又自不同。和春比賽尚阿、琦善雖要高明些，卻仍不脫旗人蔑視漢人的積習；以及好逸惡勞，喜歡奉承等等「旗下大爺」的習氣，因而江南大營的士氣，大不如前。
士氣之壞，壞在和春所用的一個翼長王浚，翼長有二，顧名思義，可知如鳥之雙翼，為欽差大臣的左右手。王浚以受和春的寵信，把持軍政，剋扣糧餉，因而部下無不懷恨；除了張國樑直屬的部隊以外，其他各軍，紀律廢馳，普遍傳播著這樣一個說法：敵人如果來攻，我們堅守不出；看大帥跟翼長如何退敵？
軍心如此，偏偏又有一道打擊士氣的命令發布：四十五天發一個月餉。也就是說：一個半月當一個月。本來江南大營的餉，由兩江總督專責籌措，每個月約須五十萬兩銀子，由江蘇的蘇州、松江、常州、太倉以及浙江的杭州、嘉興、湖州、寧波、紹興等等地方籌措，按期供應，毫不缺乏。
這穩定的收支情況，漸有無法保持之勢，因為在金陵城外築長壕，添募兵伕，糧餉增加；又因為分援各處，開拔要一筆「行費」，亦是很重的負擔。支出如此；收入卻以浙江防務吃緊，自顧不暇，「協餉」不能如數解足，「糧台」每月虧短二、三十萬兩銀子，所以何桂清與王有齡仔細商量，不得已採取減餉的辦法。
其時頓兵日久，紀律鬆弛，營盤裏遊娼出入，酒色皆備；照數發餉，尚感不足，何況減餉？而和春又聽信了王浚的話，以「不破城、不發餉」為激勵之計，這一下越發動搖軍心。張國樑一看情勢不穩，有譁變之虞；痛哭流涕地要求和春發餉，而和春一口拒絕，說是後路糧台的餉銀未到。其實，王浚手裏存著三十萬的公款。
※※※
李秀成在廣德建平所定的作戰計劃是：分五路回救「天京」；他自己擔當左翼，在李世賢於閏三月初三，攻占句容時，他亦從句容以南的赤山湖，趕來會師。其時張玉良一軍，已從浙江沿太湖西岸趕來，經過常州，為何桂清留住助守，因此，江南大營仍舊是空虛的。
在靜止了四天以後，大戰在閏三月初七爆發，李秀成、李世賢兄弟，合力往西進攻，大敗張國樑於馬鞍山；同時陳玉成，從全椒撤圍，自東西梁山間渡過長江，經當塗往東，與二李會師。至此西楚霸王起兵自刎之地的烏江，東至道教勝地的茅山，都在太平軍掌握之中，對江南大營，形成了反包圍，但是何桂清在常州則有重兵兩萬餘人，為太平軍所隔斷，無法為江南大營所用；同時，何桂清亦不願意為江南大營所用。
在常州的兩萬餘人是這樣集中的，當金壇被圍時，和春先後調守防揚州的總兵馬德昭，及援浙的參將羅希賢，各領三千人赴援；走到中途，何桂清下令馬、羅兩人，改援常州，而以由浙江趕回來的副將周天孚，以及戰鬭力不甚堅強的新募潮州兵數千，換到金壇。其次是張玉良的全軍，亦不下萬人，為何桂清所留住，加上宜興、廣德及王有齡特從蘇州調來的精兵一千人，將常州保護得十分周密。在江南大營後路未斷時，和春想調張玉良，不許；想調馬德昭，又不許。在這時，何桂清已經打定了主意，棄和春、張國樑於不顧；在常州擁眾自衛，打算著和、張兵敗以後，另起局面。其時常州附近，並無太平軍的蹤跡，因而他又飛章報捷，奏陳常州、鎮江一帶的軍情，分常州、宜興、鎮江、丹陽、金壇五路部署，各路都請歸張玉良節制，自願力保蘇、常辭氣甚壯。
其實，這是色厲內荏。何桂清先以書生論兵；其後則全靠王有齡替他策劃、替他擔當。王有齡一到浙江，何桂清頓時六神無主；因此王有齡不得不每天給他寫一封信，規劃一切，由專差逐日遞到常州；若有一天信不到，何桂清便忽忽如有所失。
王有齡真不負何桂清，看出他好大言而無用，是個經不起考驗的人；在此一生禍福，千秋功罪所繫的緊要關頭，萬萬錯不得一步，所以一再以極嚴重的語氣，警告何桂清：千萬離不得常州一步。他的信中有這樣幾句話：
艱難之秋，萬目睽睽，瞻大帥為進退；一搖足則眾心瓦解，事不可為矣！
何桂清起先亦未嘗不想堅守，但兵敗如山倒；覺悟到擁兵自衛，不援前線則等於自撤屏藩時，悔之已晚。
※※※
當閏三月初七，太平軍發動總攻擊時，五路十道，同時出兵，士氣極旺；相反地，江南大營則流言四起，士無鬭志，「開小差」的不計其數，所以太平軍所踩的大部分是空營盤；當然，張國樑一軍，不致如此。
其時天氣極壞，雷電交作。凡是大會戰，天時的影響極大，漢光武的昆陽之戰，是個最明顯的例子；特別是雙方士氣旺弱不同，壞天氣對已壞的士氣，必是更壞的打擊。所以此際在江南大營中，便分成截然不同的兩支部隊，和春那部分，逃的逃，躲的躲，不逃不躲的則天天到王浚的營帳去索餉；而張國樑的部下，則受了「副帥」的激勵，忍饑受寒，堅守不退，搏戰七晝夜之久，到了閏三月十六日，戰況發生了劇變。
這一夜各營起火，情況不明，王浚部下首先逃散，接著是和春的部下各自為計，這一下牽動大局，和春、王浚所部，全軍皆潰。最倒楣的是何桂清的同年，原任江蘇巡撫許乃釗，本不知兵，而強賦以領兵之任；先以失機被革職，卻又不放他回杭州原籍，賞給光祿寺卿的頭銜，仍留江南大營幫辦軍務。和春與何桂清不和，與張國樑相左，都靠他從中調停，費盡口舌而不討好；此時失陷軍中，吃盡千辛萬苦，才得回到鎮江，狼狽不堪。
這一退，沿途拋棄的糧餉軍械、鍋碗帳篷，以及其他軍需，不計其數。張國樑的部隊，此時尚屹然未動；但一聽大軍潰散，自然動搖；張國樑頓足痛惜：「八年心血，毀於一旦！」憤激傷痛之下，跟曾國藩靖港兵敗一樣，打算自裁；為部將苦勸而止。
於是，他第二天親自殿後，撤退部屬；太平軍所懼的官軍將領，沒有幾個，多隆阿、鮑超以外，張國樑的威名最著，所以還不敢相逼，容他安然退到鎮江。
這時何桂清曉得糟糕了，和春是欽差大臣，論軍事指揮權，在兩江總督以上；九度行檄，乞取援軍而何桂清置之不理，該負戰敗的全責。和春先因身在前線，拿他無可如何；現在退到後方，自然要跟他算這筆帳。如果據實嚴劾，何桂清百口莫辯。非革職嚴辦不可。因而連夜致書慰勞；同時請和春移守丹陽。
和春自然萬分憤怒，但一則自己也有聽信王浚，扣餉不發，以致士兵譁變的罪過；再則此時卸甲丟盔，狼狽不堪，諸事要靠何桂清照應，所以只得暫且隱忍。
於是何桂清又上奏，劃分防守責任，丹陽以上的軍務，歸和春、張國樑主持；常州軍務，由他與張玉良負責，一等佈置稍定，進窺溧陽，其實是空話。張玉良的部隊，由常州西南到西北，結營二十座，圍成一個弧形，都只是為了保護他個人的安全。
收拾殘局是靠張國樑，招集潰勇得一萬三千餘人，自守丹陽；另外他的部將馮子材未敗，以一萬二千人扼守丹陽之西，正當第一線的鎮江。安頓尚未完成，何桂清已來公事催了；他自己的部隊，按兵不動，卻催和春、張國樑，進援金壇。
※※※
其時太平天國，正在大開慶功宴；接著由李秀成主持會議，商定戰略，先取蘇杭上海，再購置輪船二十艘，水陸並進，西取湖北。這是閏三月二十一的事；四天以後，開始行動，由李秀成統率全軍，方略如此：
一、偽侍王李世賢、輔王楊輔清等，隨同李秀成，攻取蘇州；
二、皖南調來的部隊回防。
三、英王陳玉成再攻揚州，目的牽制江北清軍，不能南援蘇常。
四、別遣一隊赴皖北，支援捻匪張洛行。
太平軍「東征」的先鋒，是陳玉成的部將劉瑲琳；陳玉成因為要渡江攻揚州，所以亦在東徵軍中。劉瑲琳受計，不攻正面鎮江，由句容往西南，先取珥村，其他在金壇之北、丹陽之南，相距各四十里，是鎮江與常州往來間道的中心，亦為北面丹陽、南面金壇、東面常州這個三角形的中心，奪取其地，可以進而截斷常州與丹陽的通路，果然，何桂清聞警，派馬德昭往西北方面的奔牛鎮迎敵；而敵人則化裝成清軍，直趨西北的呂城──東吳大將呂蒙所築的城，東距奔牛鎮十八里，隔絕了常州通丹陽的大道；至此，水陸兩途都為太平軍所衝斷，丹陽孤立無援了。
就在這時候，前軍有一批餉銀解到，王浚依然如故，每名士兵僅發銀二兩，而且名之為「借給」，因而包括張國樑所部在內的全軍大譁，各營普遍表示：「如果不發餉銀，不換翼長王浚，決不接仗。」而和春執迷不悟，無所處置。
到了第二天，兩軍接戰，劉瑲琳的部隊首先開火，不斷一排槍、一排槍地放，清軍真個「不接仗」；相持了一個多時辰，和春部下熊天喜的馬步，在丹陽蘇西南的白土鎮潰敗，熊天喜本人自殺。
這時候李秀成已親將十萬人，抵達丹陽，震於張國樑的威名，不敢造次，步步為營地向丹陽城下逼近。張國樑開丹陽南門迎敵；太平軍望見「張」字帥旗，立即撤退，而張國樑實力不足，未敢窮追，此時他最主要的工作，便是收容散兵游勇，編組成軍，好穩住陣腳。
收集潰散之卒，最要緊的是照料生活；可是這批饑卒疲兵，既無營帳可以容身，亦無鐵鍋可以造飯，至於其他軍需，更不用談起。部隊成了這樣子，不但不能拒敵，而且如置火藥於熱灶之上，是件極危險的事。
閏三月二十九，清軍不戰自潰，頓兵觀望的太平軍，向丹陽西門進擊；其時一片混亂，但見張國樑率親兵，往來馳驟，不斷衝殺，卻無法殺出重圍，而太平軍改扮清軍，乘機混入潰卒中，反向張國樑襲擊，以致渾身重傷，力竭時還手刃數敵，躍馬入丹陽南門尹公橋下而死。
李秀成佔領丹陽，第一件事就是找尋張國樑的屍首，以禮葬在尹公橋塔下。接著，送陳玉成渡江佯攻揚州，而仍派劉瑲琳為先鋒，直逼常州。
常州本地人，決意自保，潰兵過境時，老百姓在城上拋擲磚石，用意是迫他們不可潰退，但無效果。第二天，和春與許乃釗脫險到常州，連隨從只得十二騎，王浚則死在亂軍中了。
何桂清見此兵敗如山倒的景象，嚇得心膽俱裂，「力保常州」的壯語，早已拋到九霄雲外。同時接替王有齡而總管糧台的卸任按察使查文經，迎合意旨，邀集同官，向「大帥」上一通「公稟」，請退保蘇州。何桂清大喜，當即批示「照準」；即日拜摺，說欽差大臣和春已到常州，軍務仍歸督辦；他則移駐蘇州，以便籌餉接濟。
這一下招致了常州百姓大大的驚懼與不滿。在先前，何桂清已密遣親信，將他那「門稿」出身的老太爺與兩個姨太太送到通州；卻又貼出告示，派兵按戶嚴查，不得遷移，以免影響民心士氣。至此，狐狸尾巴完全露了出來；無錫、常州的民姓，一向對利害觀念的感覺比較尖銳，所以有「無常一到，性命難逃」的諺語，何桂清玩弄常州人於股掌之上，自然難逃性命；四月初一那天，常州耆紳到總督行轅去「跪香」，留他勿走。
何桂清豈肯留在危城？一面派人敷衍，一面喬裝改扮，溜出東門，正待上馬時；遇見在城外巡邏的常州府知府平翰。
何桂清當他是來追自己回城，親自拔出洋槍，威脅平翰；等他一走，何桂清率五百親兵，絕塵而去，十里外運河邊上，已有船在等著，下船直放蘇州──他是第二個脫逃的大吏；第一個是查文經，前一天上公稟為何桂清開路，以此「功勞」，得用「護運餉銀」為托詞，奉總督批准，先期脫出。
何桂清到達蘇州，碰了個大釘子；這是後話，先要敘常州的情形。
常州官場，從總督逃之夭夭，變成群龍無首；文武官員盡皆奔散。明、清兩朝，地方官的威權特重，總督開府，出巡的派頭，連王公都不能比，但有一條決不可移易的原則，就是「守土有責、城在人在、城亡人亡」。如今何桂清一走，棄地的責任，歸他一肩承擔，文武官員，樂得避危趨吉，王有齡告誡何桂清「不得離常州一步」，原因在此。
文武官員一逃，諸軍皆潰，既燒且搶，無所不為；只有張玉良的部隊未散，但軍紀亦很壞。張玉良為防守計，下令堅壁清野，他的部下便藉燒民房的機會大肆劫掠；丹陽的潰兵，如法炮製，三番搶劫，民無孑遺而常州畢竟未曾守住。
先是官軍有一營通敵，迫使張玉良退往無錫高樹；但城外的居民無屋可住，退入城內，城內存銀七十四萬兩，柴米油鹽及一切生活必需的雜貨，存量相當充足，所以當地紳士中，以康熙名臣趙申喬的六世孫趙振祚為首，倡議舉唯一不逃的官員，職居通判的旗人諾穆布為「城主」，自行守城。李秀成、李世賢、楊輔清自四月初二圍攻常州府城，並致書招降；到了初六，張玉良留在城內的一小隊，與太平軍有了勾結，縱敵以繩梯登城，常州淪陷，太平軍屠城，死的人不計其數。
常州城破之日，逃到無錫滸墅關的和春，悔恨交集，吞鴉片自殺。其時何桂清已到蘇州；徐有壬閉城不納，下令凡總督的隨從，一個人不許進蘇州。同時上疏嚴劾何桂清棄城喪師，縱兵殃民。何桂清無奈，由蘇州到常熟，當地紳士遞了一個公稟，說「常熟小邑，不足煩督府親駐，請免稅駕以召寇」。何桂清表示親兵缺餉，當地百姓送了一千兩銀子的餉，二百兩銀子的程儀，何桂清住了三天，以借洋兵為名，逃到上海。
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太平軍既下常州，第四天進攻無錫，張玉良倒是狠打了一陣，無奈眾寡不敵；太平軍別遣一軍繞出九龍山之西，由間道攻無錫，只守得一日，即已淪陷。張玉良收集殘部，奔向蘇州，自請助守；徐有壬不放他進城，指定他屯兵葑門外。其時東來的潰卒，一批一批地燒搶，城外富庶之區，成了一片瓦礫，蘇州人恨極了官兵，竟發現了反動的標語，張玉良見此形勢，一無可戀，連夜拔營遁走。
其時蘇州城內，已有兩名太平軍的間諜埋伏著，一個叫李文柄，廣東人，原跟小刀會劉麗川在上海起事，上海克復，投降官軍，以後改了名字，捐官候補道，分發蘇州，走門路做了帶兵官。另一個叫何信義，也是廣東人，候補知府，帶過撫標中軍。這兩個人等李秀成的軍隊一到，開城出降；正好遇上徐有壬帶兵在巡邏，於是短兵相接，展開巷戰，徐有壬不屈被害。李秀成只派了二百七十多人進城，就佔領了蘇州。
太平軍的東征，初步至此告一段落。此一役也，清軍降的有五、六萬，所獲金銀財寶、大砲洋槍無計其數，到了四月下旬，繼續東進，崑山、太倉、嘉定、青浦、松江，相繼淪陷，東南膏腴之地，盡入太平軍掌握，於是決定第二階段的計劃，進攻上海。
在上海的兩江大員有總督何桂清及由藩司坐升的江蘇巡撫薛煥。何桂清這時已上了奏摺，說「和春溘逝，兵勇解體，大局搖動，非臣書生所支持。」文宗接奏震怒，親筆批示：「平時侈談彼短，一旦決裂，不知認罪，猶以書生自居，可歎可恨，殊有愧書生二字。」
所謂「侈談彼短」者，指他在江蘇學政任內，一再上書論兵，對他的同年江蘇巡撫許乃釗，多所指責而言。許乃釗雖不知兵，但先練「撫勇」攻小刀會劉麗川，次則在和春大營，身臨前線，進退與共；而何桂清擁兵自衛，置精銳於無用之地，以致江南大營因勢孤而陷，已不可恕，及至太平軍自東而至，丹陽未失，鎮江屹然，常州則兵糧俱足，民氣可用，居然望影先逃，並且在耆紳跪香攀轅時，命親兵以洋槍轟擊，殺無辜十九人之多，真所謂喪心病狂，衡諸國法、天理、人情，都非殺不可。
然而京內消息隔膜，江南人「都曰可殺」：京朝大老，卻頗有人為何桂清緩頰。先是當江南大營一破，文宗憂慮蘇常不保，大學士軍機大臣彭蘊章還說：「何桂清駐常州，籌劃精詳，又有張國樑、張玉良一批驍將，文武協力，戰守有餘，蘇常必保無虞。」不數日敗訊到京，文宗痛責彭蘊章無知人之明；因而解除軍機大臣的職務。同時，何桂清被革職查辦，以曾國藩為兩江總督兼欽差大臣，督辦江南軍務。
當時湘軍還未入江蘇地界，江蘇的最高地方長官是薛煥，他是何桂清所提拔的人，自然向著何桂清；其次是浙江巡撫王有齡，也要救何桂清，所以多方庇護，一再聯銜上奏，「請棄瑕錄用，俾奮後效，以贖前愆」，文宗不許。於是又說他在上海激勵團練，運動內應，設法光復蘇州，請求等到蘇州克復，再赴京伏罪，文宗又不許。以後英法聯軍內犯，文宗出奔，接著發生辛酉政變，肅順被誅，恭親王掌國，西宮太后垂簾聽政，由於這一連串的大事；拿問何桂清一案，便拖了下來，容他在上海苟且偷生了兩年。
同治元年四月，朝中大局已定，於是何桂清不能不就逮，解到京城下刑部大獄；主審的秋審處四總辦中，有一個是直隸司的郎中，名叫余光倬，正好是常州人，冤家遇著對頭，何桂清就沒有活路了。依照大清律，「封疆大吏失守城池」應得的罪是「斬監候」，但秋後處斬，須先經御筆「勾決」，這就有了一絲生機，到時候可以設法為他乞恩緩決。所以余光倬加上一條罪名，說他「擊殺執香跪留父老十九人，忍心害理，罪當加重」。因而擬了「斬立決」，余光倬必殺何桂清，雖有私憾，但論法則亦實無活理。當時的刑部尚書是雲南昆明人趙光，他是嘉慶二十五年的進士，這一榜是名榜，出了個連中三元的廣西人陳繼昌，榜眼叫許乃普，就是許乃釗的胞兄；以此淵源，趙光對何桂清如何掣和春、張國樑的肘，如何失陷蘇常、如何縱兵殃民，十分清楚，所以傳說在何案定讞覆奏的折子中，趙光有這樣的警句：「不殺何桂清，何以謝江南百萬生靈？」趙光為人庸愚，但這句話卻是義正辭嚴的公論。
慈禧太后當時垂簾未幾，處事以君臣「同治」為宗旨，對於刑部定擬的罪名，不肯輕作裁決，降旨命大學士六部九卿科詹科道會議，這就是明朝的「廷議」，是件很鄭重的事。會議結果，如刑部所議；而慈禧太后還不忍輕殺大臣，另有一道懿旨。
懿旨上這樣說：「何桂清曾任一品大員，用刑宜慎，如有疑義，不妨各陳所見。」這意味著，「上頭」預備網開一線；所以跟何桂清有交情的、受了運動的，或者間接有關係可能受株連的，本以為何桂清罪無可逭，救亦無用，而在廷議中默無一言者，此時紛紛上疏論救，總計有十七人之多。
一馬當先的是大學士管部的祁雋藻，他的行輩甚高，在當時已列入耆宿之列；山西壽陽人，所以多稱他為「壽陽相國」。此人還存著清初貳臣的觀念，當曾國藩辦團練，出師有功時，他居然以為漢人一呼而集萬千眾，非朝廷之福。此時上疏救何桂清，首先就引用嘉慶的諭旨：刑部議獄，不得有加重字樣。認為余光倬所擬，不合祖制。此外如工部尚書萬青藜、御史高延祜，都是聲名不佳的人物；而薛煥感恩知遇，又以重金替何桂清在京裏走門路，所以初夏被逮，到深秋還拖在那裏。
慈禧太后為了籠絡大臣，倒不一定想殺何桂清；但正人君子饒不過他。首先是最早參劾何桂清的御史卞寶第，抗章駁祁雋藻。原疏抬出仁宗睿皇帝的聖諭，這頂帽子太大，本難指駁，而卞寶第駁得十分痛快，他說仁宗上諭，只就承平時期尋常罪名而言。輕輕一語，就把他那頂大帽子卸掉；然後又說：道光年間浙江提督余步雲失定海，咸豐年間湖北巡撫青𪊲失武昌，皆以失陷封疆伏法；其時祁雋藻當軍機大臣，沒有聽見他說什麼話，「何獨於何桂清護惜若此？」這個奏摺一發抄，時論大快。
不過，何桂清生死之機，最後決於一個人，就是曾國藩。當時京卿中有個李棠階，河南人，跟倭仁、曾國藩都是當年做京官時講理學的朋友；慈安太后聽文宗生前提到過這個人，所以特旨內召，任用為太常寺正卿；當浮議囂張時，李棠階上一個密摺，說是：「刑賞大政，不可為謬悠之議所撓；今欲平賊，而先庇逃帥，何以作中興將士之氣？」這是撇開刑律及何桂清個人的禍福，以大局軍務為著眼點；東南軍事在著著進展之時，自然不能做出打擊士氣的事情來，所以，連慈禧太后看了這個奏摺以後，態度也迅速地轉變了。
何桂清這一案的關鍵，本在他為何由常州脫逃？如果這一點能有所辯解，則可以不死；所以刑部審問時，他提出一份薛煥等人所具的公稟，請他退到蘇州，以保餉源重地，證明他本心並不打算棄地。事過境遷，當時是否有必要退至蘇州？是非無從判斷，同時這張公稟，究竟真的出於當時，還是事後補具，以為卸責的餘地，亦無從查究，因而朝廷特意降旨，命現任兩江總督曾國藩查核具奏。
曾國藩身在兩江，瘡痍遍地，目擊心傷；而且他帶著兵負破敵的全責，亦不能不為士氣著想，因此，一向不大肯說題外之話的他，覆奏措詞，如老吏斷獄，犀利無比。
曾國藩的覆奏是這樣說：「督撫權尊，由來已久，司道以下，承迎風旨，不敢違拒，若此類者，無庸深究，疆吏以城守為大節，不當以僚屬一言為進止；大臣以心跡罪狀，不必以公稟有無為權衡。」
這幾句話精警絕倫，無人可駁。而在曾國藩覆奏未到以前，救何桂清的祁雋藻等人，費盡九牛二虎之力，已搞出一絲生機，至此又復斷送。
祁雋藻他們所想的辦法，就是將何桂清的罪名，弄成斬監候。為達成此一目的，分兩方面迂迴進行，一方面在廷議中格於公論，仍照刑部所擬「從重擬以斬立決」；一方面由祁雋藻領銜上奏，說「遍察刑律如臨陣而退、棄城先逃等條，罪至斬監候而止」。加重罪名至斬決，「是為擬加非律」，也就是說超乎律法以外，非臣下所得擅請。然後由軍機面奏，擬發上諭：
此案既疊經廷臣等會同刑部定擬罪名，自應按律科斷，即不必於法外施刑，以昭公允；何桂清著仍照本律，定為斬監候，歸入「朝審」「情實」，秋後處決。此後為定照定律，詳慎用刑之意起見，非為何桂清情有可原，將來可從末減，致蹈輕縱也。
這道上諭，看起來合法、合理，一秉大公，毫無可議；其實是軍機上欺兩宮太后問政未幾，不諳制度，用的是瞞天過海的手法；因為這年是同治元年，凡遇改元，太后皇帝整生日等等慶典，照例「停勾」，所謂「歸入『朝審』『情實』，秋後處決」，根本是空話。
所謂「朝審」，起於明朝英宗復辟以後的天順三年，將待決之囚，在霜降以後處決以前，作一次最後的審判。對各省的死囚而言，此一程序稱為「秋審」，而刑部獄中的死囚，則稱為「朝審」，由刑部特選精幹的司官人員，組織秋審處，主辦其事。朝審或秋審的結果，分為五類：情實、緩決、矜疑、留養、承祀，最後兩類多為獨子以承宗祧，奉養父母，可以不死；緩決、矜疑則尚待進一步審訊，惟有情實一類，則在勾決之列，須另繕黃冊呈覽。不過，這年雖然停勾、招審冊，仍應照呈，何桂清的罪名，已指明為「情實」；卻由於打通了秋審處的關節，而余光倬勢孤不能力爭，所以未將上諭中「非為何桂清情有可原，將來可從末減，致蹈輕縱」的「緊要之語」敘入，企圖蒙混過關，不想又遇到了一個硬錚錚的對頭。
這個對頭就是李棠階。軍機大臣中除了恭親王以外，本以恭親王的老丈人桂良為首；桂良在咸豐八年與英法公使在上海議和時，深得何桂清的助力，所以何桂清被逮到京，他亦很出力相救。哪知這年夏天一病而亡，軍機大臣空出來一個缺，秋天補了李棠階；此時便根據曾國藩的覆奏力爭，因而降旨切責刑部，嚴加申飭。
於是刑部補具手續，特降諭旨：
已革兩江總督何桂清一犯，因廷臣會議，互有異同，酌中定議，將該犯比照帶兵大員失陷城寨本律，予以斬監候，秋後處決，已屬法外之仁。
今已秋後屆期，若因停勾之年，再行停緩，致情罪重大之犯，久稽顯戮，何以肅刑章而示炯戒？
何桂清著即行處決！
於是何桂清被綁赴菜市口，一刀斬訖。而余光倬則跟何桂清的私黨結了怨；他本來已考上了御史，而且「京察」一等，照例立即可以升補，為人藉故彈劾，京察一等及御史記名，一律撤銷，竟致閒廢。
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現在再回頭來談王有齡。
他是咸豐十年閏三月初到杭州的，一到先辦善後；李秀成初次攻占杭州，雖只逗留了七天功夫，但杭州府屬的百姓，死了二十幾萬。城是空城，大小衙門統通燒光，無錢無糧，而要撫輯流亡，確是大不易之事，好在他跟浙江的關係特深，又有朱大器幫忙，勉強修葺城牆，製造器械，將張國樑所部以及他自己從江蘇帶來的親兵，總共三千人不到，分駐各處，算是防務粗定。
但不過一個月的功夫，江蘇的局勢急劇惡化；太平軍勢如破竹地一路打過來，佔領松江，並已迫近浙江邊境，果然，四月二十四日嘉興失守。此時如果長驅南下，杭州可能早已不守；但太平軍的基本戰略，是要鞏固「天京」外圍，如果進攻杭州，則一線深入，自蹈危地，為兵家所忌。
太平軍當時的第一目標是上海，如能攻占上海，則不但海關的洋稅，大堪潤澤，而且有了通外洋的海口，購舊船二十艘，水陸並進攻湖北的計劃可以實現，同時軍械糧食，亦可猶得源源接濟。因此，嘉興的一支兵，為攻上海的後備，自然不肯用於無用之地的杭州。
但是，東北面的壓力雖不重，西北面卻又吃緊，廣德失守，總兵米興朝退至孝豐。接著，陳玉成佯攻揚州，牽制官軍的任務，由於李秀成席捲吳中而完成，回金陵休養數日，於六月初五日由宜興入浙江，連佔長興、於潛、臨安，十三天攻到餘杭，離杭州只有幾十里的路了。
其時浙江的兵力，以不受徐有壬歡迎的張玉良一軍為主，正在嘉興一帶防守；浙江除了湖州附近以外，就數嘉興到杭州這一段最富庶，為保餉源，這一路不能不著力防守，所以張玉良一軍不能撤回相救。此外，福建的援兵未到，江西有援兵三千人，卻遠在玉山；只有守門的三千餘人，可以調遣，帶兵官叫劉季三，是個總兵，受命攔截，在杭州城北的拱宸橋遭遇；王有齡亦帶隊上城牆助戰，劉季三總算打得不錯，身先士卒，親以洋槍斃敵。太平軍暫時退走，但大隊有十幾萬人之多；而官軍總數只得一萬三千，就在這眾寡懸殊，形勢危殆之際，陳玉成忽然得了重病，不能指揮。
於是陳玉成全軍撤退，餘杭、臨安、於潛、富陽、新城等地，相繼克復，杭州暫時轉危為安。但是，軍餉卻成了大問題。
浙江全省軍餉，每月需四十幾萬。當時籌餉的方法，各地大同小異，大同者，取之於商民的厘捐；小異者，稅源因地因時而有差別。浙江的釐捐，以絲茶為大宗，皖南一途，兵連禍結，茶商裹足；此外行銷江西徽州的所謂「餉鹽」，亦由於烽煙處處，道路艱難而無法運銷，釐捐收入，大不如前。
除本省自籌以外，又有所謂「協餉」，靠比較平靖而富庶的省分協助；浙江每月的協餉是：江西六萬、湖南三萬、四川五萬。此時都自顧不暇，根本不解；只偶爾福建有所接濟。這樣通扯計算，每月要差半數；王有齡雖以善於籌餉著名，但差額過大，亦有難於彌補之苦。
幸好，李秀成對上海發動的攻勢，受到了有力的打擊，所以整個東南大局，猶有可為。
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江蘇膏腴之地，其時只剩下馮子材一軍苦守鎮江，以及上海與浦東三縣而已。但上海由於租界的關係，造成了畸形的繁榮，所以關稅釐金，數倍於往昔。在何桂清未失蘇常以前，上海的官商就有自保的計劃，官則蘇松太道吳煦作主；商則四明公所的董事楊坊為首。同時，英法領事為了維護其在上海僑民的生命財產及商業利益，亦支持吳煦與楊坊的計劃。
這個計劃是招募洋人編練洋槍隊。有個美國紐約人，叫做弗立克．華爾，軍校出身，在國內犯了法，亡命到上海；本來是想投效太平軍的，為人所勸而中止。結果為吳煦所物色──一說華爾為美國領事署所逮捕，預備押解回國，歸案審判；經吳煦代為向美國領事說項，得獲解放，華爾受惠感恩，是自願投效的。
華爾所編組的洋槍隊，以菲律賓人為主；總數只一百，另外招募了幾百中國人，一半改穿西服，冒充外國人；一半仍著常服，跟在隊伍後面，聊壯聲勢。就憑這一支怪隊伍，經過一個半月的訓練，居然大敗太平軍於松江。
主要的原因，中國人當時雖已會用洋槍，但由洋槍而來的「兵法」，卻茫然無知。當華爾率隊出發之前，他就下了嚴厲的命令：「有進無止，止者斬！」等到兩軍相接，李秀成的所屬陸順德的部卒，槍炮齊發，火網甚密，華爾只是下令「臥倒」，太平軍的槍炮完全虛發。等打過一陣，華爾下令還擊，一百二十人的排面，打了一排槍；第二批接著來；然後第一批趁此空隙裝子彈，接著第二批再打。一共只打了三排槍，太平軍就死了幾百人，敗退入城；華爾領先衝鋒，跟著到了城裏，展開巷戰，太平軍四散潰逃，松江城就這樣輕易地克復了。
當華爾出發以前，吳煦曾經稟明已升為江蘇巡撫的薛煥，只要攻入松江，太平軍的一切，以及官府庫藏，都歸洋槍隊所有。因此，太平軍一退，華爾首先就清查戰利品，誰知打開府庫一看，空空如也；太平軍早已席捲而去。華爾跟吳煦提出交涉，結果另外送了他五千銀子，作為補償。
於是華爾以松江為根據地，擴充洋槍隊，六月間曾一度進攻青浦，未曾得手；上海得此犄角之勢，總算穩住了。
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在浙江的戰事，始終緊張。張玉良攻嘉興狠打了幾場勝仗，七月下旬，李秀成親自領軍對敵；血戰五晝夜，相持不下。於是李秀成出奇兵自間道攻石門；此地為張玉良的糧台所在，一把火燒了軍糧，前線士氣，大受影響。張玉良負傷敗退，太平軍跟蹤而下，從海寧分兵兩路，一路向石門，有進犯湖州的模樣；一路直撲杭州。王有齡與將軍瑞昌、提督饒廷選，分守西北兩城；同時因為各地都有官兵通敵的事情發生，所以王有齡下令，將散兵游勇，盡皆驅逐出城；杭州城內的治安，相當良好，但糧餉不足的困難，卻愈來愈甚。
不久，進犯杭州的兩路太平軍，不戰自退；這是因為李秀成攻上海不利，收兵回蘇州，預備重新整頓補充，檢討局勢，另作部署的緣故。
可是皖南一路，依然吃緊。由廣德過來的大股太平軍，目標是在湖州。湖州的防務，完全得力於趙景賢；當時各地紛紛舉辦團練，自保地方，而功效卓著，則首推湖州。此亦不能不歸功於王有齡當湖州知府時，慧眼識英雄，能夠支持趙景賢。
湖州是水鄉，太湖在北，苕溪在西，汊港紛歧，一葦可航，所以在防務上，到處都是漏洞。趙景賢跟王有齡商量，添築外城一道，緊靠龍溪大河；城牆上下，多築炮眼，外城左右亦安設砲位，只要敵人一過河，火力壓制，便無立足餘地。當時攻城最通行的戰術是挖地道，填火藥，轟坍牆，一擁而進。湖州由是利用地形，添築這道外城，大為得力；始終不虞敵人挖掘地道，此為湖州得以久守的一個主要原因。
到了十月初旬，嚴州一路失利，新城、臨安相繼不守，富陽隨即失守，前敵兩員主將，總兵劉芳貴，副將劉季三、雙雙陣亡。這一下，不但省城吃緊，而且由富陽渡江，可以威脅寧紹；浙東在此時是全省主要的糧源，不能不保，因而王有齡作了一次奇襲。
他在富陽失守的第二天，抽撥馬隊五百人，步兵一千人；下令已在傍晚，限定二更拔隊，五更到達富陽，調集最精良的火器，由東南兩面集中攻擊，大聲吶喊，聲勢甚壯，太平軍不知有多少人馬，望西北兩門敗退，王有齡親自領兵攔截，斬獲甚多。到了第二天上午八點鐘，收復富陽。這一仗打得相當漂亮。
在此由七月到十月的一百天中，中國的國際關係，有了極大的變化，英法聯軍，終於內犯，七月初七攻占天津，接著侵入北京，火燒圓明園。文宗倉皇出奔，逃到熱河行宮避難；九月十一日，恭親王簽訂了北京條約十條，成就所謂「撫局」。這自是喪權辱國的條約，但對平定太平天國，卻大有幫助。
在清朝與太平軍之間，英國最初嚴守中立，其後由於兩廣總督葉名琛的顢頇，換約問題，引起軒然大波；英國改變策略，有意利用太平軍來威脅清朝，與江寧方面的接觸，不絕如縷，清朝是希望洋將「助順」；如果「助逆」，則出入之際，關係太大。這只是恭親王與英法議和時，不能不委曲求全的苦衷。及至北京條約成立，塵埃落地；英國因為有條約的關係，不論是保護他們自己的利益也好、遵守國際公法、盡其應盡的義務也好，都不能不支持清朝。且不說以後李鴻章的「用滬平吳」，得力於此「正常化」的中英關係；即就當時而論，上海的局面便立刻發生了極深刻的影響。
李秀成是極有政治頭腦的人，他並不以攻城略地，耀武揚威滿足，而是要取得膏腴之地來支持他「北征」的計劃，因此攻取蘇州時，僅派二百七十人入城，一面嚴申軍紀；一面極力安平，務求促使地方士氣。上海在短短三數年間，一躍而為東南的精華，當然更不肯輕加兵火，所以他以運動會黨及官軍起義與聯絡洋人，雙管齊下，打算和平接收上海；此中的關鍵，當然繫於英法公使的態度，李秀成早於五月間遞送了一件「照會」，申明佔領上海、松江的必要，自以為已取得諒解及默契，而其實不然。
在北京條約沒有簽訂以前，英法公使雖循薛煥之請，以武力保護租界，並派兵協守上海縣城，但對外仍表中立；這就等於間接答覆李秀成，太平軍攻上海，英法將出以「默成」的態度。等到北京條約一成立，英國人公使布魯斯對太平軍的表面如舊；暗底下卻已準備「助順」。這一轉變，李秀成自然不知道，同時當時中國人對國際事務的缺乏瞭解，他亦看不出北京條約對他會發生這樣迅速而嚴重的影響，因此在上海吃了個大虧。
李秀成只帶了三千人到上海，先在南市九畝地與清軍遭遇；打了個勝仗，便分西南兩面推進，以為預先有接洽的會黨和官軍會開城迎接，而助守的洋人，一定袖手旁觀。哪知一到城下，城上的一千二百英法聯軍，隨即開火，太平軍死了好幾百。其時風雨大作，李秀成以為視界不明，引起了誤會，不願還擊──事實上在英法聯軍強烈的火力，且是居高臨下的優勢壓制之下，亦無法還擊，急急下令退兵。
其實，誤會的是李秀成，他的整個和平接收上海的計劃，已經完全破滅；除了洋人態度的轉變以外，所聯絡起義的會黨及官軍，亦為薛煥事先防範無法動手。
這些情形，李秀成不知道，第二天又迫近城下，由南門轉往西門，英法聯軍，水陸並攻，開炮轟擊，以致李秀成亦受了輕傷。這時他才恍然大悟，外援內應，皆不可恃；只能撤退。臨走時留下一封長信，痛責英法公使；無非出氣而已。
上海一撤退，浙江方面的壓力便重了。嘉興、石門的攻防戰告一段落；李秀成先回蘇州部署防務，然後到「天京」參加軍事會議，與洪秀全族中的兄弟「干王」洪仁玕，商定了五路進兵援安慶的策略。
安慶是當時整個戰局的焦點。湘軍攻下安慶，便可再度進圍江寧；而在太平軍，則安慶圍解，不獨對「天京」的直接威脅，可以消除，而且進窺兩湖，打通長江，東南與西南聯成一氣，這局面自然非局處東南一隅所可同日而語。
※※※
當曾國藩受命總督兩江時，原有東援的任務；但他遲遲不進。這因為曾國藩的用兵，有他與眾不同的一套──清朝的皇帝以明為鑒，而有見識的大臣，亦無不如此；曾國藩熟讀明史，練兵學戚繼光，用兵則學楊嗣昌，以靜制動，穩紮穩打；他的整個戰略，乃是以高屋建瓴之勢，從長江上游，打到長江下游。自東晉開發江東，長江代替了黃河的地位以來，欲保長江下游的金陵，必守住長江上游的武昌；武昌、九江既為湘軍所掌握，那麼，下一步就必攻安慶，捨此而東援，則氣勢不貫，且可能腹背受敵，所以儘管上海、杭州吃緊，薛煥、王有齡乞援的公文，雪片飛來，曾國藩始終不肯撤安慶這圍。圍安慶的是他的幼弟，「老九」曾國荃。
當然，要穩住長江上游，克復安慶，必先控制整個安徽，因此，他除了以曾國荃圍安慶，派多隆阿攻桐城，並請胡翼經營霍山、舒城一路以外，自統鮑超的霆軍六千人，以及其他部隊總計一萬人，移鎮祁門，接替江西巡撫張芾，主持皖南軍務。
其時江浙兩省的官軍，奔走不暇，為李秀成擺佈得團團轉；薛煥、王有齡則都寄望於曾國藩，而主張不同。王有齡巴望援軍，薛煥則希望曾軍能直搗「天京」，則太平軍「回顧根本」，壓力便可減輕。這些意見不但訴之於曾國藩，亦上達於朝廷，那時文宗在熱河，恭王留守在京，肅順與恭親王不和，各行其是，根本拿不出整套的辦法，只是將薛煥、王有齡的原奏，照樣轉給曾國藩而已。
曾國藩當時很不怕得罪人，首先就指責張芾，奏摺中說：「徽寧兩處防軍，歷年取用浙餉，約計千萬；浙中恃為長城。本省別無防守之師，一旦藩籬盡撤，任賊長驅，杭人慘遭浩劫，張芾不能不任其咎。皖南地方遼闊，處處與江浙毗連，一片逆氛，幾無完土：惟系臣兼轄地方，自應力籌兼顧。斷不能更顧浙江。」另外有一道奏摺，則更說得老實：「臣由皖南進兵，以急援寧國，急攻廣德為要；力不能兼顧，則以專救寧國為要。」
又說：「徽寧等屬，一片賊氛，皖南不安，臣軍且有岌岌不保之勢，何能屏蔽浙江；更何能規復蘇常？目下兵力未齊，上不能分聖主宵旰之憂；下不能慰蘇人雲霓之望，寸心負疚。惶悚無地。」話說到這樣子，江蘇、浙江大可死心了。
不過，曾國藩亦不是全置江浙於度外，只是他的打算緩不濟急──曾國藩的打算是讓左宗棠獨當一面，另練一軍，專負援浙江之任。其時湖南巡撫駱秉章奉命督辦四川軍務。奏請以左宗棠隨同入川，曾國藩急奏挽留，以「湖南本省空虛，人心驚恐」的理由，請留駱秉章於湖南，命左宗棠兼程赴皖，「合兩湖江西之全力，以救浙而攻蘇。」朝旨雖准如所請，但左宗棠領兵五千，要由江西一路打過來，不是三兩個月可以辦到的事，所以「救浙以攻蘇」這句話，亦如畫餅。
※※※
在曾國藩立腳未定之時，太平軍已經展開了五路進兵安慶的計劃，戰鬥序列是：
第一路、由李秀成從「天京」出發，經皖南，西入贛鄂，進攻南岸，直取武昌。
第二路、由陳玉成自皖北西引入鄂，進攻北岸，直取漢口、漢陽。此兩路為大箝形攻勢。期以下一年春天會師武漢，奪取三鎮，則下游安慶之圍必解。
第三路、由楊輔清會同黃文金、李遠繼一軍沿南岸趨贛北。
第四路、由李世賢經徽州進入贛東。此兩路可以牽制南岸湘軍。
第五路、由劉官方、賴文鴻、古隆賢，繼續圍攻祁門曾國藩大營，以牽制其麾下各軍，當然最好乘機消滅。同時，李秀成又行文安慶守將張朝爵、葉芸來等竭力死守。等各路進兵成功，則安慶不救而自救。湘軍如不撤退，回救湖北及祁門大營，將被一網打盡。綜計五路軍隊，多的十餘萬，少亦八、九萬。全部動員，總在五十萬人以上，超過湘軍十倍，所以曾國藩的處境，實在也很困難，不能說他坐視江浙危殆而不救。
其中攻祁門大營的主將是李世賢，由浙西統兵四萬餘人，助攻寧國，曾國藩所部張運蘭一軍，受阻於旌德，於是寧國府以援絕而失守，戴罪圖功的提督週天受殉職，其時距曾國藩立大營於祁門，不過十天的功夫。
接著徽州也失守了。這是曾國藩一生師友交遊中的一件大事；也是一大憾事。但平情而論，曾國藩亦實在有不得已的苦衷。
徽州失守的責任，全屬李元度。當時李元度是回湖南平江募勇，自成一軍；在寧國府失陷之前，到達祁門。李元度原任浙江溫處道，曾國藩特請調補為皖南道；預備讓他主持皖南的軍務，所以等他帶著平江的人馬一到，隨即派他接辦徽州的防務。此時立足未穩，曾國藩一再告誡，惟當堅守，但李元度急於見功，不遵調度，出城接仗，屢戰屢敗；李世賢由績溪猛撲，平江新募之勇，抵擋不住，竟致徽州失守。
徽州失守後，李元度下落不明；曾國藩馳奏以後，並奉到文宗的溫諭：「李元度謀勇兼優，戰功屢著，此次挫劫，深為可惜。人才難得，著該大臣迅速查明下落具奏。」結果不待查明，李元度自己出現在祁門大營。
曾國藩對他異常失望。這不僅因為喪師失地，還夾有感情上的複雜因素──李元度本是舉人；當曾國藩辦團練時，他在貴州當學官，平生喜歡談兵說劍，此時便寫了一封數千言的長函，暢論戎機。曾國藩得信大為欣賞，招入幕府。咸豐五年，曾軍奉旨移軍江西；命李元度回湖南平江原籍，招募了三千人屯湖口；第二年移兵撫州，後來又移到張天師的老家貴溪，協助沈葆楨防守廣信府，而三千子弟兵，卻只剩下七百了。
咸豐七年，太平軍兩萬攻玉山；而李元度便以七百人迎敵，燒斷了浮橋，敵人無法渡河，由上游淺處涉水而過，包圍玉山。
李元度回城拒守，被敵軍連續不斷的攻了兩晝夜；他在城頭親自督戰，左頰還中了子彈，負傷不退。而敵軍忽然罷攻；仔細查察，發現地面下有雜聲，知道又在挖地道了。於是，相準了地方，先挖一條壕溝等著。地道挖通，太平軍恰好自投羅網，亟亟退去，而李元度已按下伏兵，以寡擊眾，打了極漂亮的一仗，廣信府轉危為安，也就因為這場戰功，得由知府以道員記名，並加按察使銜，賜號巴圖魯──滿州話「勇士」之義，此後又以應援浙之功，放了實缺，是浙江溫處道，但浙江的官卻一直未到浙江效力，為此，浙江前後兩任巡撫羅遵殿、王有齡對曾國藩頗有怨言。
曾國藩對李元度的期望甚殷，而且有意助他成大功、立大業，首先奏調他為皖南道；皖南道本名徽寧池太廣道，慈禧太后的父親惠徵就當過這個官，是有名的一個道缺，照例加按察使銜。
其次當曾國藩出奏之時，曾有一封長信給李元度，所作規劃，可見愛重之意。
入皖南膏腴之地，大有可為。頃已奏閣下調補斯缺。明年國藩有維揚之行，此四府一州者，敬以相屬。大抵地方事，閣下主之，軍務事季高主之，升遷舉劾，則兩公商辦。
由此可見，在曾國藩心目中，是以李元度與左宗棠相提並論的。不僅如此，在感情上，對李元度也有偏愛：
閣下不赴浙履任，浙人避免怨閣下而兼及不佞。然僕以貴部守寧國之名城，而以左、張、鮑三軍左右夾輔，則僕之為閣下謀也甚忠。
左是左宗棠，當時正提新軍六千，兼程赴江西，曾國藩預備讓他當廣德一路；張是張運蘭，在廣德與寧國之間遊擊接應；鮑則是鮑超，將由石埭攻池洲，所謂「左、張、鮑」三路「夾輔」者如此；曾國藩是以所部精銳，助李元度成大功，就像他多方設法助曾國荃成大功一樣，等於拿元度當同胞手足一樣。
照曾國藩的打算，皖南一地可以託付李元度，他便好去整頓江北大營，既以援安慶，亦以復蘇常。那時候祁門大營，自然由李元度主持；雖不能當欽差大臣，至少會有個「幫辦軍務」名義；然後補實為監司，署理巡撫，順理成章地以方面大員，當方面之任。
就為了這樣一份苦心殷望，變成愛之深則恨之切；大營立腳未定，連失名城，實際上的僨事，亦使曾國藩有創巨痛深之感。如果李元度真的殉了節，則地雖失而士氣不失，對朝廷亦好交代。像現在這樣空身逃了回來，何以慰君父之望，更何以鼓舞將士？因此，曾國藩大傷腦筋，當然也不會有好嘴臉給李元度看。
於是軍中有些刻薄的人，做了一副嵌字的對聯：「士不忘喪其元；公胡為改其度？」橫額叫做「道旁苦李」。李元度受不了這些譏訕，來了個不辭而別。
這一下，曾國藩真的冒火了。照公事來講，李元度此刻是「聽勘」的待罪之身，何能來去自如？因而請幕友具奏嚴劾。
這個幕友也是他的門生，就是李鴻章。李鴻章先從呂賢基回安徽辦團練，後來在安徽巡撫，也是在他的老師福濟幕府中，極不得意；輾轉投入曾國藩大營，專司章奏公牘。平日謹遵師命，唯獨這一件事，卻提出了異議。
「李次青跟老師共過患難。似乎不宜出以如此決絕的手段。」
「李次青自取之咎。」曾國藩說：「大營初立，像他這樣子不中用，又不聽調度，我何能在祁門立足？」
「祁門形如釜底，是兵家的所謂『絕地』，本不宜安營。」李鴻章又說：「老師如果一定要奏劾李次青，門生不敢擬稿。」
曾國藩摸著鬍子，慢吞吞地說：「我自己來！」
「果然如此，門生也要告辭了。」
李鴻章以去就力爭，而曾國藩絲毫不為所動，將手向外一伸：「悉聽尊便！」
師徒二人言語碰僵了，李鴻章當天收拾行李，投奔江西。曾國藩果然親自擬稿出奏；十月初十奉到上諭：「皖南道李元度不能堅守待援，著即革職拿問。」
※※※
此時的李元度，已經回到了老家平江。他的從祁門大營不辭而別，倒不是畏罪潛逃；只覺得自己決不是無人欣賞的「道旁苦李」，預備回平江另外招募人馬，帶出來報仇雪恥。
李元度禦下極寬，但不大明是非；部下犯了法，求個情就可以寬免。所以營官部卒，愛戴有之，卻不大怕他，也不大聽他的號令。畏嚴樂寬，人之常情；家鄉子弟聽說李元度來招兵，十分踴躍，很快地又成一軍，名為「安越軍」。
「越」者浙東，所以「安越軍」顧名思義，可知是一支援浙東的軍隊──李元度與浙江再度發生關係，是一個名叫鄧輔綸的人，居間拉攏。
鄧輔綸的父親做過江西臬司，家道小康。由於與李元度是小同鄉，所以替他「管帶」過平江子弟兵。廣信府的攻防戰告一段落，李元度回平江重新招兵，鄧輔綸卻由同知報捐了一個道員，分發浙江；到杭州是在這年七月。
不久李元度就有喪師失地之辱；鄧輔綸跟他取得了聯繫，為他進言於王有齡，說可招募平江勇丁援浙。王有齡所最感困難的就是兵力不足。所以鄧輔綸的建議，深中下懷，應允李元度如能辦到此事，他可以出面奏調，無形中解消了他的皖南失機的責任。於是而有李元度在祁門大營的不辭而別。
及至十月初十的降旨李元度革職拿問時，他已帶兵出平江。其時李秀成由皖南、江西，竄入湖北；沿途收羅人馬，復又原途回金陵。李元度就跟在太平軍的後面，由湖南入江西；一前一後，旌旗相望，而實在不曾接仗，但李元度卻誑報克復了江西義寧等地。湖北、江西，居然據以出奏；這一下革職拿問之事，便無形中擱置了下來。
祁門大營，自寧國、徽州接連失陷後，情勢危殆，幸虧鮑超、張運蘭兩軍得力；而左宗棠由幕僚轉為帶兵官，如新硎初發，其勢極銳，駐軍江西景德鎮，與皖南為犄角之勢。左宗棠當時驕氣還不太盛，與曾國藩相處，還能和衷共濟。此外則彭玉麟駐湖口，當水路要隘，對於局勢的穩定，亦頗有幫助，所以在咸豐十一年初，大致已站定腳步。其時的情勢，可由曾國藩致其長子紀澤的一封家書中，看出大概：
正月十四日發第二號家信，諒已收到。日內祁門尚屬平安。鮑春霆自初九日在洋塘獲勝後，即追賊至彭澤，官軍駐牯牛嶺，賊匪踞下隅板，與之相持，尚未開仗。日內雨雪泥濘，寒霜凜冽，氣象殊不適人意，偽忠王李秀成一股，正月初五日圍玉山縣，初八日圍廣豐縣，初十日圍廣信縣，均經官軍竭力堅守，解圍以去。現竄鉛山之吳坊、陳坊等處，或由金溪以竄撫建，或經由東鄉以撲江西省城，皆意中之事。餘屬劉養素等堅守撫建，而省城亦預籌防守事宜，只要李逆一股，不甚擾江西腹地，黃逆一股，不再犯景德鎮等。三、四月間，安慶克復，江北可分兵來助南岸，則大局必有轉機矣！目下春季尚早，必有危險迭見，餘當謹慎圖之，泰然處之。
鮑春霆就是鮑超。他的部隊即名為「霆」軍。其人是中國行伍出身的軍人中，最可愛的一個；曾國藩平生馭將，亦以得鮑超為賞心快意的一大樂事。彼此相知甚深，有許多佳話流傳。
皖南及江西的局勢倒是穩定好轉了，浙江的局面卻是從咸豐十年二月杭州初次失守，到此時將滿一年，始終未見起色；論各省軍務，浙江是最弱的一環。提督饒廷選固少將略，談浙江本省的兵力，主力不過衢州鎮總兵李定太的一萬二千人，保土禦匪，都靠楊昌濬的所謂「借將」，最顯著的是張玉良，借自江南大營；此外還有林文察，是清朝台灣的唯一將才。
借將以外，復有借勢。借勢者靠恃他省為屏障；因此皖南的軍餉，一直由浙江籌撥，年耗三十餘萬，而周天受門戶之見極深，浙江並未能獲得保護的實益。當洪楊初起時，各省都在練兵，惟有黃宗漢採取禦敵於境外的策略並不錯，且頗受文宗的獎許；但因此便缺乏如胡林翼所說的，「得力之將數人以折衝禦侮於其間。」實亦非始料所及。
至於彼此相仇，則說來最令人痛心，所謂「乖氣致戾」，只談一件事，就可想見：有個四川人，叫王道平，在杭州城內巡撫衙門前面的「梅花碑」擺測字攤，已經十幾年，忽然有人疑心他通匪，說已接受太平天國的偽號，就是王道平三個字翻過來，偽封為「平道王」。
這樣匪夷所思的事，居然有人相信，拿他捆送營務處，要求立即處決。官府當然要依律審問，搜查他的寓所，毫無佐證；而暴民鼓譟轅門，群聚不散，結果將王道平拉了出來，「臠割其肉立盡」，這股乖戾之氣，實在可驚亦復可憂。
乖戾之事，不一而足，愈到危急時愈甚，遠道風聞，只道浙江的局勢，是名副其實的「兵凶戰危」，避之為吉。
當然，認為浙江的局面不祥，僅是他省手握兵符的大帥不肯援浙的三個原因之一，此外兩個原因是：第一，自顧且不暇，如果捨己耘人，何異縱井相救；第二，何桂清失陷蘇常，影響大局不細，士論對何桂清十分不利，而王有齡是何的謀主，連帶予人以很不佳的印象，當然亦無法激起他人奮身援手的俠義心腸。
因此，儘管王有齡賞加頭品頂戴聖眷甚隆，但他支撐浙江的局面，其中艱難困窘，怨謗叢集，幾次欲哭無淚之苦，實非局外人所能想像。最感棘手的，還是兵餉兩事。餉則竭澤而漁，先以協濟他省的，至此自給不足，先是積欠三四個月始能發給一個月，換句話只能照原額發放三分之一或四分之一；到了咸豐十一年春天，積欠三四個月竟只能發放半個月了。
因此，不但軍紀愈壞，擾民更甚，兵民相仇的程度更深，而且借來的客軍，紛紛求去──當然，討還援兵的省分，亦有其不得已的苦衷，如福建由於咸豐十年冬，武平、連城、長汀失守；第二年春天便不能不要求撤回閩勇。
閩勇由總兵曾玉明、副將惠壽所統帶，而實際上的主將是林文察。他是台灣彰化人，字子明；咸豐八年助剿淡水土匪，捐餉助軍，做了武官；官銜是遊擊，留福建補用。咸豐十年，建寧、邵武及寧洋、永安間，有兩大股土匪騷擾，為林文察所破，因功擢升參將，賜號「巴圖魯」；巴圖魯必賞穿黃馬褂，但稱號不同，林文察此時的稱號叫做「固勇巴圖魯」。
林文察受命援浙，是在咸豐十年十二月初。當時太平軍由江西出浙江婺源，攻下常山，接著江山亦易手。林文察以孤軍受命收復江山；在失守後的第五天，與太平軍大戰於大溪灘，旗開得勝，連夜追擊，李世賢屯江山一帶的部隊有兩萬多人，傾巢而出，分三路抄襲。林文察所部只有二千人，分別迎戰，又大勝一仗，斬獲千餘；李世賢退回江山城內，自此日有接戰，互有勝負，形成膠著的形勢。
十二月廿五，林文察發動一次突襲，親自帶兵「踏營」；林文察的部隊，得力於火器精良，一時火光燭天，城內大震。他在踏毀十幾座敵營以後，乘勝攻城。他一面身先士卒，登雲梯、攀城牆；一面設下埋伏。李世賢所部倉卒遇變驚惶失措，由西、北兩面遁走，為林文察預先埋伏的砲兵所轟擊，傷亡甚眾。江山縣城亦就在這一夜為林文察所收復。因此，擢升副將，晉號為「烏訥思齊巴圖魯」。
到了咸豐十一年二月間，閩浙總督慶端要求撤回閩勇，王有齡萬分不願，但其勢實不可留；因為名義上浙江歸閩浙總督管轄，而總督又有節制轄區軍務的全權，可以直接下令總兵曾玉明撤調人馬。
這一下，去了一萬多人；而且是頗能打仗的台灣和漳州籍的部隊，浙江的防務大受影響；王有齡奏調在湘軍中不甚得意的將領秦如虎、劉培元募勇來浙。但最盼望的卻是李元度，王有齡讓朱大器籌集了一筆現銀，間關送到軍前；而李元度一入江西境內，行軍甚慢。杭州城內天天傳說：「李道臺的兵快到了！」其實是地方大吏，為了安定人心，故意放的空氣。
其時除了杭州以外，上起嘉興，下至浙江與江西、安徽交界之處，都有太平軍的蹤跡。所幸者，錢塘江南岸的寧波、紹興兩府，完整無缺，但全省十五路軍需，亦不能盡靠寧紹。此外湖州孤懸，而趙景賢守得極好；此人是一奇才，與太平軍作戰，幾乎從未吃過敗仗，是王有齡唯一可以信任的帶兵官。
那時已經文武不分，由監司到縣令，莫不是帶兵官；而且亦似軍民不分，辦團練的紳士，亦莫不是帶兵官。寧紹的防務，就由在籍紳士王履謙負責；他寄籍順天府大興縣，本籍紹興，字吉雲，與曾國藩同一年點的翰林，官做到左副都御史，咸豐七年免職，為文宗派為浙東團練大臣，跟王有齡不和，成了浙江局面的致命傷。
※※※
到了這年夏天，太平軍五路援安慶的計劃，幾乎完全失敗。其中最重要的是李秀成的第一路、陳玉成的第二路和李世賢的第四路；第四路的任務是先攻皖南，斷湘軍的糧道，但集中二、三十萬人圍攻祁門一隅之地，卻始終未能打垮曾國藩的大營。先是第三路黃文金為鮑超、左宗棠一敗再敗，不能成軍；接著是李世賢的第四路，先勝後敗，為左宗棠大破於景德鎮以南的樂平。統全軍撤回浙江，從此不復再能窺伺皖贛。
第二路先由陳玉成自桐城、霍山進入鄂北，佔領英山，陳玉成其前鋒偽裝清兵，長驅直下，向南疾進，十一日之間，行軍六百餘里，連下三城，由蘄水攻陷黃州。據說英國公使館的參贊巴夏禮，正陪英國海軍司令何伯，從上海坐兵艦西上，到漢口去調查開商埠的事，經過黃州，與陳玉成見面，勸他不可再向西進兵攻武漢，以免妨礙英國通商，否則必致與英國軍隊發生衝突。同時又告訴陳玉成，說一路西來，絕未聽到李秀成或有其他太平軍部隊進兵江西的消息；警告他孤軍深入，必無後援。陳玉成信以為真，放棄了與李秀成會攻武漢的計劃，回軍去援安慶──陳玉成的老母妻兒，全軍都被圍在安慶城內。
當時湖北防務，甚為空虛，武昌只有巡撫的直屬部隊，所謂「撫標」二千餘人。所以聽說黃州失守，在前線的胡林翼，大為震動；調兵回救，則陳玉成已經遠去，安徽巡撫李續宜的部隊，和彭玉麟的水師，一路追擊，頗有所獲。於是湖北解嚴而安慶的大戰爆發了。
安慶是於上年六月間起被圍，城內的太平軍只有一萬多人。曾國荃在城外構築長壕，紮營三處：集賢關、鹽河及城東北的菱湖，互為犄角，並有楊岳斌的水師支援，陣勢相當鞏固。外圍則有多隆阿的馬隊作接應；多隆阿原屬科爾沁親王僧格林沁部下，與鮑超一在皖北，一在皖南，為曾國藩麾下最重要的兩支部隊。
由於「天京」定策，有五路援安慶的計劃，所以此一地區由秋徂冬，由冬至春，戰況沉寂。城雖被圍，糧食彈藥無缺，多由英國商船自上海經長江運來接濟。這樣「相安無事」的局面，至此打破，陳玉成未到之前，就檄調留守天長、六合的太平軍，西來助戰，一方面由菱湖通城內的水路增援城防；一方面在菱湖北岸建營壘十三座，預備里外夾擊攻曾國荃。
曾國荃當然亦有相應的措施，第一步是加強控制菱湖，通知楊戰福開來二十幾隻砲船，由長江抬上岸，再自菱湖東岸入水、巡弋湖面。第二步是向曾國藩求援；其時曾國藩由於左宗棠樂平大捷，皖南局勢安定了下來，已接到陳玉成回撲安慶的消息，移駐安慶附近的東流，派鮑超一軍赴援，同時胡林翼亦派副將成大吉一軍助戰。當然，多隆阿亦早由桐城回師，配合作戰；李績宜以安徽巡撫的身分，守土有責，帶軍會戰，更不在話下。
清軍一增援，太平軍亦不能不再添兵力；五路援安慶的計劃，既已失敗，則安慶一地直接成為雙方短兵相接，勢在必爭的焦點，所以太平軍方面，凡能動用的兵力，無不投入，由洪仁玕親自渡江到前線指揮。安慶北面的戰場重重包圍，陳玉成包圍曾國荃；紮營在高路浦的多隆阿包圍陳玉成；而新趕到的洪仁玕則屯兵在新安渡至練潭一帶，又包圍了多隆阿。
雙方接戰，由菱湖水面開始，互有勝負。但岸上的仗，清軍打得很好，多隆阿一勝於練潭、再勝於新安渡。而陳玉成想攻破曾國荃，則以憑壕固守，太平軍勞而無功。
於是太平軍重行部署，以掛車河為中心，分左、右、中三路，共三萬人發動總攻擊，多隆阿首當其衝，分五路迎敵。由於陳玉成「後期」，以致三路皆北。這是四月中旬的事，不久，陳玉成先鋒，安徽桐城人的程學啟，率領部下千餘人，在集賢關投降湘軍。程學啟是太平軍的名將，後來為李鴻章所用，深為得力。
到了五月初一，鮑超與成大吉合力攻赤崗嶺的太平軍；其地在集賢關，共有四壘，鮑超第一天攻破了三壘，守將三人均陣亡。第二天攻殘餘的一壘，這壘的守將，是陳玉成最得力的部下劉瑲琳。因為勢孤力弱，棄壘而走，結果為鮑超部下陣斬。曾國藩一次給朋友寫信，曾稱劉瑲琳為「瑲琳先生」，不知盜亦有道，值得如此尊稱，還是戲謔之詞？
這一仗下來，曾國荃一軍轉危為安。太平軍則另調楊輔清一軍，與陳玉成在皖北會合，預備再舉。但菱湖南北岸的太平軍八千人，卻又投降了。
在傳說中，這八千人的下場極慘。據說，當太平軍派人接洽投降時，曾國荃下令，須先繳械。太平軍遵令而行，結果曾國荃命他部屬中，唯一非湖南人的朱洪章，盡屠此八千人，靡有孑遺。正史中有關安慶之役的記載，及曾氏兄弟與朱洪章的紀傳，都不曾提到有這八千人投降的事，自然更談不到「盡屠」之說。殺降不祥，而況菱湖東岸為曾家的老么貞幹所防守，程學啟的投降，就是曾貞幹的設計；同為降軍，待遇大不相同，似乎是一大矛盾，但研究太平天國史者，多主此說。看來是一重難明的疑案了。
不過到了六月初一，菱湖西岸太平軍的營壘，盡為曾國荃所破，則是記此戰役必須大書一筆的；因為從此安慶城外已無太平軍，而真正的圍城開始了。
適逢其會的是，恭親王所主持，新成立的「總理各國事務衙門」，在外交上相當活躍，與英國公使達成了一項協議：「禁止洋船濟匪」；同時嚴令「禁止漢奸附載長江英法輪船，貪利濟匪」。總理衙門並以同樣內容的照會，分致法國和俄國公使。英國海軍並派兵艦，巡弋長江作有效封鎖。於是安慶城內，大起恐慌；守軍乏食，紛紛出降。城內百姓到後來甚至吃人肉來苟延殘喘。
外圍的太平軍，當然也要作最後的掙扎，楊輔清會合陳玉成由無為州繞道桐城以北，攻懷寧以西的太湖，同時一路搶割已熟的稻子。這一帶屬於多隆阿的防區，雙方兵力為十比一；但多軍士氣正旺，迎面痛剿，斬獲甚多，太平軍桐城西南二面的七座營壘，為多軍攻破。但多隆阿甚為機警，防備太平軍夜襲，每每紮營以後，又復他去，敵人常常撲空，反為多隆阿所伏擊，死傷甚眾。
到了七月下半月，太平軍集合餘部，獲得四五萬人，重新進入集賢關，築新壘四十餘座，預備固守。集賢關是桐城與安慶之間的一處要隘──安慶府北三十裏，有座大龍山，稍東相接的另一高峰，名為小龍山。兩山盤亙，下瞰長江；南面兩山相夾之處，名為門山，形容其為兩山之門，再向南有白麟、火爐諸峰，山脈潛而復現，聳起如脊，所以名叫脊現嶺。集賢就是脊現二字，以訛傳訛的諧音。集賢關就在脊現嶺上，離安慶府十五里；安慶的北門，即以集賢關得名，叫做集賢門。
從以上介紹的形勢，可知集賢關易守難攻；但為解安慶之圍，實亦不容此處的太平軍，固守自保，所以從七月二十起，這四五萬太平軍，分十餘路猛撲曾國荃所部的長壕。城內太平軍亦在四門列隊，準備接應，這樣到了七月廿八，始終無功。
其時城內外兩處太平軍，一線交通，就靠菱湖通安慶水門的河道，城外太平軍以小艇偷運糧食接濟城內；城內則以因為欠缺火藥而廢置無用的槍炮，接濟城外太平軍。不幸在七月廿九日，雙方的接濟，都為在菱湖巡弋的清軍水師所截獲。
在同一天，朱洪章擊退了集賢關向菱湖進攻的太平軍，這是安慶之戰的最後一仗。從此，不但城內守軍已斷指望；集賢關上的援軍亦放棄了救安慶之想，退出集賢關外，退桐城、退石牌、退太湖、退宿松，有的回天京、有的到皖南。
七月三十，城內守軍逃的逃，降的降，殘餘少數，與曾國荃取得聯絡，以放一條生路為條件而獻城；於是八月一日卯刻，湘軍入城，百戰艱難，終於克復了安慶。
安慶之克，是平洪楊戰史上的一件大事，亦是曾國藩「以靜制動」戰略成功的一大效驗。雙方的重視安慶，可由曾國藩的函札中見其大概，咸豐十一年四月初四日致其長子紀澤的家書中說：
此次賊救安慶，取勢乃在千里以外，如湖北則破黃州、破德安、破孝感、破隨州、雲夢、黃梅、蘄州等屬。江西則破吉安、破瑞州、吉水、新淦、永豐等屬，皆所以分兵力，亟肆以疲我，多方以誤我。賊之善於用兵，似較昔年更狡更悍。吾但求力破安慶一關，此外皆不遽與之爭得失。轉旋之機，只在一二月可決耳。
在這封信的十天以前，祁門解圍，而陳玉成回軍皖北，曾國藩急遣鮑超赴援時，曾有信致其四弟曾國潢，得失縈懷，憂思忡忡，溢於言表：「忽聞四眼狗逼集賢關外，九弟季弟又十分緊急，不得已抽朱雲嚴五百人，赴安慶助守於壕內；及調鮑春霆帶八千人赴安慶助攻於關外。此次安慶之得失，關係吾家之氣運，即關係天下之安危；不知沅、季能堅守半月，以待援兵否？若安慶能轉危為安，則事尚可為耳。」
在此時，曾國藩的全部希望，寄託在鮑超身上，他確信，只要鮑超能夠趕到，戰局即可穩定。但其時風雨大作，道路泥濘，即令鮑超能冒雨行軍，輜重用羊角車裝載，則無法求速；所以曾國藩所憂慮的是，鮑超未到之前，曾國荃的長壕可能已先為陳玉成所攻破。結果鮑超不負所望，大敗陳玉成於集賢關，所以論克安慶之功，關鍵系在鮑超身上。
安慶既克，曾國藩當日便在對岸的東流接到了捷報，即時有信覆曾國荃說：
接喜信，知本日卯刻克復安慶。是時恰值「日月合璧，五星聯珠」，欽天監於五月具奏，似為非常祥瑞。今皖城按時應驗，國家中興，庶有冀乎？
安慶克復，竟被視作非常祥瑞，可知關係之重。但文宗卻已不見此中興徵兆，於半個月前的七月十六，崩於熱河。如果安慶早克復一個月，病中得此喜信，文宗或許竟能延年；則辛酉政變，可能無由而作，歷史便又是另一樣寫法了。
安慶之克，是清廷的喜事，但浙江，特別是杭州卻大倒其楣。從洪楊金田起事以後，失守的名城，不知其數，唯有杭州的遭遇最慘，為百年未有的浩劫。
何以安慶克復，浙江會倒楣呢？這道理說起來很簡單，困獸猶鬭，何況太平軍裹脅百萬之眾，皖北不能立足；皖南又有左宗棠的嚴密防範，自然得要找一條出路，而浙江是唯一的可以「就食」之區。
當時太平軍內部，在戰略上亦有兩派不同的主張，一派以洪仁玕為首，認為自古取江山先西北而後東南，由上而下，其勢順而易，由下而上，其勢逆而難。所以仍主張反攻皖北，謀取長江以北，黃河以南的中原。另一派則是李秀成、李世賢兄弟的打算，就雙方形勢著眼，以為皖北以上，及江西、皖南等地，「敵無可敗之勢，譬如食果，尚未合時，其味必苦」，這就是說，浙江是一樹熟得將爛的果子，振力一撼，俯拾可得。
當然，此時太平軍只剩下李家兄弟的兵馬，可稱勁旅；發言的分量，非洪仁玕可比。事實上，「天京」對在外的戰將，亦已失去控制。於是李氏兄弟的六七十萬人，由常山、開化入浙江，行軍如螞蟻搬家，首尾不絕，歷時十餘日之久，浙東的守將，閉城自保，不聞不問。加以鮑超在後路追擊，更如驅虎入羊群；鮑超由江西撫州，追到邊界，收復鉛山，亦解了廣信之圍，便收兵回皖北休息，因為再過去是浙江地界，與己無關。
在鮑超之後還有一隊官兵，就是李元度的安越軍，兵到衢州，入了浙江地界，大概耳聞目擊，無一處不是亂糟糟的景象，覺得犯不著蹚渾水、打爛仗，因而屯兵衢州，觀望不前；以後敵兵阻隔，更到不了杭州，儘管王有齡跟杭州城內的官民，如大旱之望雲霓，安越軍卻始終只在鬧賊人家的後門口徘徊。
李秀成於九月初二進圍浙東的重鎮衢州，守將總兵李定太，深溝高壘，務求自保；於是李秀成捨衢州而去，在嚴州與李世賢會師，商定了進取杭州的計劃，分南北兩路，李秀成由北路直指杭州，李世賢任南路，繼續攻嚴州。這是九月初十的事；七天以後，嚴州守將張玉良棄城而走，李世賢連佔遂昌、松陽，勢如破竹。
大概在九月中旬，上而金、衢、嚴三府，下而杭、嘉、湖三府，盡是太平軍的天下，所餘者，杭州、湖州兩孤城，以及寧波、紹興兩府。其時寧、紹為浙江全省的餉源；此兩府不失，王有齡猶可緊守待援，不幸地，太平軍畢竟渡過錢塘江，攻向南岸了。
當此時也，正為曾氏兄弟揚眉吐氣，彈冠相慶之時，曾國藩賞加太子少保銜；曾國荃本是道員，賞加布政使銜以按察使記名，遇缺題奏；曾貞幹的本職是訓導，一縣的學官，奉旨免選本班，以同知或直隸州知州，盡先選用。戰死三河的曾家老六曾國華，陣亡時的官職是同知，小官本不予謚，因為「一門忠義、深堪嘉尚」，特旨賜謚「愍烈」，此外湘軍將領，除卻李元度以外，幾乎無不升官；曾國藩移駐安慶，日日開單辦保案，忙得不可開交。
對於軍務政事，曾國藩當然亦有一番籌劃。湘軍的士氣可用，紀律亦勝於原有的綠營，以及其他各省自招的勇丁；但有個先決條件，就是按月發餉。「皇帝不差餓兵」；就肯奉差遣，也一定是克敵不足、擾民有餘。曾國藩是上馬治軍、下馬治民的兩江總督，不比專領一軍的將官，只管打仗，糧餉可以跟朝廷、跟地方去要；在他的職責來說，吃了敗仗，可以指名參劾失機之將，如果糧餉不能按時支應，就是自己的責任。因此，他不僅以克復城池為已足；還要維持安定，振興市面，道路暢通，商旅不絕，方能使唯一糧餉所出的「釐金」，源源不絕。
就為了這個緣故，王有齡奏請以太常寺正卿左宗棠督辦全浙軍務，浙江全省提鎮以下，統歸節制。他在奏摺中對「左宗棠」推崇備至，說他「體用普優，才識洞達，韜略素裕，紀律嚴明，所部盡皆勁旅」。在左宗棠本人，一向恥於屈居人下，如果「督辦全浙軍務，浙江全省提鎮以下，統歸節制」，便一定是督撫、將軍都不能不尊敬的「欽差大臣」；而且方面之寄，遇事獨斷獨行，可以發抒抱負，亦強似為曾國藩「幫辦軍務」，所以頗有躍躍欲試之意。
無奈曾國藩不放他走，因為皖南一地剛剛穩定；而江西則大致已經肅清，非左宗棠著意整頓，不能確保餉源。
幾經籌劃，決定先調蔣益灃一軍到皖南。蔣益灃字薌泉，也屬於湘軍系統，此時正在廣西作戰；此人湖南安福，少小為鄉裏無賴，他的部下軍紀不好，但能打仗。曾國藩認為左宗棠有駕馭蔣益灃這種悍將的能力，所以已奏調，等他到達，接替一部分防務，再讓左宗棠分兵援浙。
至於規復蘇常，朝命一再催促，曾國藩亦耿耿於懷，但苦於無法抽調兵力。而在上海的江蘇巡撫薛煥，及避難在上海租界上的江蘇士紳，則亦如王有齡一樣，苦苦乞援於安慶大營。但曾國藩始終表示心有餘而力不足，雖受無以為助。