被革了職的潘英章，由雲南的督撫，派人解送進京，一到就被收押，不准任何人跟他見面。但一關好幾天，並未提堂審問。這因為張之萬不如潘祖蔭那樣有魄力。期望分擔責任的人，越多越好，要求加派大員查辦。軍機處問了惇王的意思，奏請加派戶部尚書閻敬銘，刑部左侍郎薛允升會同辦理，因而耽誤了下來。
當然，審問潘英章，並不需他們親自到堂，各派親信司官，連同趙舒翹，一共是五個人會審。
「潘英章！」趙舒翹問道：「你跟崔尊彝等人，是何關係，先說一說。我可告訴你，你是革了職的，不說實話，就會自討苦吃。」
在用刑的威脅之下，潘英章非常知趣，「我一定說實話。崔尊彝是雲南善後局總辦，同官一省，向來交好，周瑞清是世交。」他說，「龍繼棟原是我當知縣的時候的幕友，知縣交代，虧空了一筆公款，是龍繼棟拿他的住屋借了給我抵債的。」
「李郁華呢？」
「李郁華到雲南做過考官，因為是同鄉，彼此有過往來。」
「你跟崔尊彝是怎麼起意，進京來遊說雲南報銷案的？」
「崔尊彝為報銷案很著急，急於了結以後，預備辭官回家。去年我補了永昌府，奉旨進京引見，崔尊彝亦要進京，當時便託我替他幫忙，找周瑞清託戶部司員代辦，較為省事。這完全是因為怕戶部書辦有意刁難的緣故。」
問到這裏，趙舒翹先看一看由順天祥、百川通兩家查出來的帳目，記明崔尊彝由雲南匯到京裏的銀子是十八萬五千兩，另外借用順天祥兩萬八千兩，總數二十一萬三千兩。這筆巨款的來路去向，一直不明，此刻弄清楚了潘英章的人事關係，便得從這裏入手，查問究竟，案情就容易清楚了。
於是他問：「匯到順天祥的銀兩總數，你知道不知道？」
「當然知道，共計十八萬五千兩，公款只有十萬七千六百兩──。」
這筆公款是預備辦報銷津貼部裏用的，此外有崔尊彝、潘英章私人的款子，以及代雲南官員匯到京裏的私款，總計十八萬五千兩。編列三個字號：福、恆、裕。如果是公款開支，便用「福記」名下的存款，而這個戶頭，最初只支用了五萬兩。
「到京以後，我就找周瑞清談報銷的事，周瑞清不願意管，再三懇求，他才答應──。」潘英章彷彿有些礙口似的，停了下來。
「答應了怎麼樣？」
潘英章想了一會，終於老實招供，「周瑞清到戶部去打聽，這個案子歸雲南司主稿孫家穆承辦。正好龍繼棟跟孫家穆同司，所以託他跟孫家穆去商量，講定津貼八萬兩，先付五萬。後來在周家付了孫家穆四萬五，餘款──。」
「慢點！」會審的沈家本打斷他的話問：「說定五萬，怎麼又變了四萬五？」
「是這樣的，」潘英章很吃力地說，「我請周瑞清扣下五千兩，等到兵、工兩部議准，手續都清楚了以後再付。」
「那麼，其餘的三萬兩呢？」
「其餘三萬兩，等崔尊彝到京，結案以後自己付。」
「既然這樣，扣下五千兩在情理上就不通了。如果你認為孫家穆沒有辦妥，兵、工兩部未曾議准，可以扣住那三萬兩不給，為甚麼先扣五千兩？」沈家本問道，「你想想看，是不是情理不通？」
他問得含蓄，趙舒翹卻是直揭其隱，「這五千兩，」他問，「是不是給周瑞清的酬勞？」
潘英章早就在路上便接到警告了，千萬不能牽涉到周瑞清跟他以上的人物，所以用斬釘截鐵的聲音答道：「決不是！」
「然則所為何來？好了，這話暫且也不問你。」趙舒翹說：
「你再往下講。」
「到後來我就不大問到這件事了，一來要忙著引見，二來，水土不服、身子不爽，一直在龍家養病。」
「龍繼棟也用過百川通的銀票，是你送他不是？」
「不是！」潘英章說，「我自己有一萬銀子，劃出五千給龍繼棟，是還他的房價。另外送了四百兩銀子，是津貼他的飯食，送他老太太的壽禮。」
「李郁華呢？有沒有幫著你遊說？」
李郁華是個不能「共事」的人，潘英章一到京，跟周瑞清和龍繼棟談起雲南報銷案時，就受到過警告。此時老實答供，同時又說：「李郁華曾經一再問起，我也不敢冷落他，所以拿崔尊彝託買東西這件事，轉託李郁華去辦。」
「這是甚麼意思呢？」
潘英章苦笑不答。其實這是無須問得的，當然是借此「調劑」之意，要問的是，李郁華得了多少「好處」？
「託李郁華買的甚麼東西？」
「是人參、鹿茸這些珍貴藥材。」
「交給他多少錢？」
「是──，」潘英章想了想說，「兩千五百多兩銀子，細數記不得了，是開了單子買的。」
「李郁華是不是照單子買了？」沈家本問。
「大致照單子的。」潘英章說，「有些東西買不到，或者貨色不好沒有買。一共買了兩千一百多兩銀子。」
「這就是說，多下四百兩銀子，可曾繳回？」
潘英章遲疑了一會才答：「送給他了。」
問官相視而笑，又彼此小聲商量了一下，由剛毅問道：
「你將你替崔尊彝經手的帳目，說一遍看。」
「是！」潘英章眨著眼思索了好一會，很謹慎地答說：「備用報銷銀一共十萬七千六百兩，我代崔尊彝買東西，花了九千四百多兩，餘下一萬五千八百多，交給他本人了。」
「那十萬七千六百兩，是雲南的公款？」
「是的。」
「這一說，除掉部費八萬兩，餘下的兩萬七千六百兩，是崔尊彝挪用了？」
沈家本的這一問，分清了眉目，略有倦意的問官，無不精神一振，凝視著潘英章，要看他怎麼說？
潘英章有些緊張，結結巴巴地回答：「這，這也可以這麼說。」
「甚麼叫『也可以這麼說』？事實俱在！現在我們替崔尊彝算筆帳看，他自己私項是三萬二千兩，借用順天祥兩萬八千兩。就是六萬，再挪用公款兩萬七千六百兩，總共八萬七千六！」沈家本提高聲音問道：「一個道員進京引見，何致於用到這麼多錢？」
翻來覆去的盤問，問到這一句上，才是擊中要害。但問官的想法不同，有人求水落石出，有人講「就事論事」，趙舒翹感念潘祖蔭在王樹汶這一案上的自悔魯莽，歉然謝過，因而對他在雲南報銷案上所持的「完贓減罪」，不事苟求的宗旨，覺得應該做到「不為已甚」這句話。而此時正是他該執持宗旨的時候。
於是，他先咳嗽一聲，意示他有話要說，接著看一看左右，是打個招呼，等於在說：「稍安毋躁，且等我說完。」
未說之前，先看一看潘英章的神態。他眨著眼，凝望著磚地，顯得非常用心的樣子，此時只要一聲斷喝，便可以教他張皇失措，但趙舒翹不願意這麼做。
草草問了幾句，吩咐還押，接下來便是提審孫家穆。潘英章未到案以前，都推得一乾二淨，此刻人證俱在，無可抵賴，他見風使舵，覺得不如和盤托出，一則見得誠實不欺，再則責任分開來擔負，罪名可減，所以一堂下來，案情縱非水落石出，大致也都明白了。
當然，周瑞清是個關係特殊重要的人物，孫家穆只管在報銷上替崔尊彝彌縫，他所收的四萬五千銀子，都分了給本司的官吏，與堂官無涉。如說王文韶、景廉受賂巨萬，當然是周瑞清過付。但是，牽涉到一二品大員，非司官所能訊問，因而在眼前，要問他的，也只是如何在崔尊彝、孫家穆之間說合而已。
他的供詞與潘英章的話無甚出入，問到應付五萬，何以只付四萬五，為何留下五千？他卻說不出一個究竟。只表示那五千兩銀子，一直未曾動用，仍舊存在順天祥，便是他未曾受過任何「好處」的明證。
※※※
案子辦到這裏，分開兩部分在「追」，明的是追人追贓，照孫家穆所供，凡曾分到錢的官員，是奏請解任或革職，到案應訊，書辦則由步軍統領衙門，派兵逮捕。有的逃掉、有的畏罪自盡、有的心驚肉跳，但也頗有人鼓掌稱快，認為經此雷厲風行的一番整頓，官場風氣，將可丕然一變。
暗的部分是重新調集順天祥、百川通的帳簿，清查崔尊彝的收支，要想揭開一個疑團：何以他進京一趟，要用掉八萬多兩銀子。
盈千上萬的進出，自然用的是銀票。由崔尊彝寫條子通知順天祥、百川通開票，而銀票承兌，大致亦可查明來龍去脈，銀樓、綢緞鋪、藥店，都有他們往來相熟的銀號代為兌過崔尊彝所開的票子。一筆一筆追根到底，連崔尊彝花在「八大胡同」的纏頭之資，亦很清楚，這樣結算下來，有著落的花銷，總計是五萬三千多，還有三萬四千多銀子，不知去向。
「這用到那裏去了呢？」沈家本向問官表示看法：「三萬四千多銀子，不是一個小數，總要有個交代。不然──。」
不然如何呢？他雖未說，大家亦都瞭解，言官未見得肯默爾以息。
「再說，惇王對這一層看得很重，如果含混了事，也怕他不會善罷干休。」
「很痛快地說吧，」趙舒翹將雙手一攤，「明知道他這三萬四千多銀子，用在甚麼地方，只是死無對證，我們不能武斷，說這筆款子一定是送給誰了。各位看，這話是不是呢？」
這話當然說得是，連沈家本都不能不默認。
「於此可見，這件案子入手之初，就要用迅雷不及掩耳的手段，逮住崔潘兩人，才是正辦。如今，崔尊彝死了，甚麼話也都不用說了。」
「崔尊彝雖死，有周瑞清在。」沈家本大聲抗爭。
再要提審潘英章時，他忽然告病，派人查看，倒是實情。但雖不能到堂應訊，卻遞了一紙「親供」，說明崔尊彝何以進京引見，要用到如許巨款？親供上說：
「崔尊彝素性浮華，用度揮霍，其將靈柩眷屬帶出，沿途有小隊數十名護送。到京後，又將銀兩帶給其弟崔子琴；將寄停荊州靈柩扶回原籍安葬，自己帶回眷屬，先至涿州為兒女護親，後到京居住。多購服物玩好，商賈不絕於門，是以費用浩大。迨由京回南，川資必巨，亦可想見。且崔尊彝到京後在五月中旬，五月以前用款內，如革員代為買物各項，有各鋪供詞帳單可據。崔尊彝自行買物之款，有順天祥鋪伙查出帳單為憑。革員於五月間出京，崔尊彝向該號取銀，大半在六七月間，其餘款作何使用，實不知情。」
這份親供，要緊的話，只在最後幾句，崔尊彝的不知去向的款項，用在潘英章出京後的六七月間，這時閻敬銘已經到任，雲南報銷案亦早已結束，不需再向王文韶、景廉行賄。
就為了有這個看法，會辦大員都覺得案子辦到這裏，應該奏結，不須再多作追索。但是，惇王卻不是這樣的看法。
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惇王派到刑部會審的兩名官員，是內務府的郎中，一個叫文佩，一個叫廣森。
這兩個人比其他承審官員佔便宜的是：對於京城地方情形，十分熟悉。照他們的訪查，崔尊彝誠然「素性浮華，用度揮霍」，但就是他實際用掉的六萬銀子之中，也有許多虛帳。換句話說，表面是「多購服物玩好，商賈不絕於門」，其實並未用到六萬銀子，有些款子是在這個名目掩飾之下，用到別處去了。
因此，惇王仍舊主張嚴追，同時認為崔尊彝帳目中，所列的「冰敬」及「節禮」，亦應該徹查。這使得翁同龢等人都大感為難，外官饋贈，向有此例，不能視作受賄。如果要照惇王的意思徹查，那就牽連無窮，根本不是了局。然而百端譬解，惇王總是不以為然，於是案子想結亦無法結了。
日子拖得一久，不免就有流言，甚至還傳到醇王那裏。他是很看重翁同龢的，當時就寫信忠告，勸他遠避嫌疑。翁同龢問心無愧，除了覆信道謝之外，覺得好笑，也就置之不理了。
然而，事情並不如他們所想像的那樣單純。慈禧太后召見麟書、召見薛允升，都問到雲南報銷案，唯獨對他不曾提起，見得流言亦已傳到慈禧太后耳中，對他已有所懷疑，疑心他站在王文韶這面，有意彌縫。這分猜疑，如果不加消釋，是件很不妥的事，所以翁同龢相當著急。
不過，翁同龢當了三十年的京官，由師傅而軍機大臣，在內廷行走了二十二年，見得事多，經歷的風波亦多，自然不會做出甚麼自落痕跡的舉動來。這一案只要能夠快快結束，塵埃落地，浮言自息。
因此，他指示他派去會審的兩名工部司官，從中策動，該查的盡快查，該問的盡快問，不斷催促，案子的頭緒，亦愈來愈清楚。崔尊彝雖有三萬多兩銀子的去向不明，但除此之外，供詞中並無牽涉到景廉和王文韶的地方，就事論事，也應該是結案的時候了。
於是，他首先向麟書接頭，因為這一案原派的是他跟潘祖蔭查辦，從潘祖蔭丁憂以後，他就成了唯一瞭解全案首尾的人，所以也就無形中成了主持全案的人。一談起來，麟書跟他的意思相同，亦希望早早結束，了卻一樁差使。
「本來早就該結了，只為五爺始終不肯鬆手。叔平，你是跟五爺一起奏的旨，五爺若是有甚麼不在道理上的言語，我們不便申辯，要靠你來擋他。」
這意思是說，如果翁同龢能對付得了惇王，案子就很快地可以結束，否則就要拖到惇王無話可說時，才能奏結。
「好的。」翁同龢毅然答應，「我來擋。」
「除了五爺，咱們現在一共是五個人，得先聚在一起談一談，而且也得推出一個主持的人來。」
「說得是。就在舍間小集好了。那一天？」
「太匆促了也不必，總得讓刑部有個預備。我看過了節挑一天，等我跟張子青、薛雲階談定了日子，再來奉告。」
※※※
過了端午節，定在五月十三聚集翁家。主客一共只有五個人，正就是奉派查辦這一案的五大臣。除了翁同龢以外，麟書亦願意幫景廉、王文韶的忙，閻敬銘著眼在整頓戶部風氣，張之萬深通黃老之學，向來無所作為，一切都推在刑部侍郎薛允升身上。
薛允升字雲階，西安人，跟翁同龢是同年，通籍就在刑部當司官，浮沉郎署十七年，才外放為江西饒州府。看起來仕途蹭蹬，其實倒是大器晚成。這十七年中翻破了律書會典，不但精通刑名之學，而且深諳牧民之道，所以由饒州府扶搖直上，四年工夫當到山西按察使。
其時正是河南、山西大旱災，山西從巡撫曾國荃以下，以辦賑為第一大事，臬司雖掌一省刑名，但也奉令參與賑務，襄助閻敬銘，綜核出納，點塵不染。第二年以優異的勞績，調升山東藩司，署理漕運總督。光緒六年內調為刑部侍郎，是潘祖蔭極得力的助手。
雲南報銷案本來與他無關，由於閻敬銘的保薦，特為派他會辦，而張之萬毫無主張，所以實際上是由他主辦。就律例而論，當然要聽他的意見。
於是薛允升一口氣背了八條律例，都是有關貪贓枉法的，背完了又說：「本案科罪，皆以此八條為斷，最要緊是這兩條：『官吏因事受財，不枉法，按贓折半科罪』，『不枉法贓罪，一年限內全完，死罪減二等發落，流徒以下免罪。』」
後一條大家都明白，也就是潘祖蔭「完贓減罪」這個辦法的由來。但第一條卻頗費解，大都不明白甚麼叫「按贓折半科罪」呢？
「是這樣的，」薛允升又作解釋，「受贓枉法，與雖受贓不枉法，情形不同，前者罪重，後者罪輕，所以『按贓折半科罪』。話雖如此，所謂折半，另有明文規定。受贓枉法，得贓在八十兩以上者絞監候，按照贓折半計算，不枉法受贓，應該在滿一百六十兩，方處絞刑。而明文規定滿一百二十兩者絞，照實計算是按贓減三分之一科罪。這是有祿之人──。」
「慢慢，」麟書問道：「甚麼叫有祿之人？」
坐在他旁邊的翁同龢先後當過兩次刑部堂官，律例亦相當熟悉，因而代為答說：「月俸米在一石以上者謂之『有祿人』，不及一石者，就是『無祿人』。」
「喔！」麟書又問：「無祿人怎麼樣？」
「無祿人枉法受贓一百二十兩以上者絞，不枉法只是杖一百，流二千里。」
「然則現在很清楚了，關鍵在枉法不枉法。」閻敬銘環視週遭，最後眼光落在薛允升身上。
「老前輩，」薛允升從容答道，「枉法不枉法，原指刑名而言，律載：『事後受財不枉斷者，准不枉法論』，這個『斷』字，便指斷案。像這個報銷案，既然都有例案，只能說他引例不當，卻不能說他枉法。」
「既然如此，」閻敬銘慢吞吞地說了句：「都算不枉法。」
「是！」薛允升重複一句：「只好算他們不枉法。」
「失入不如失出，庶幾見得朝廷仁厚。」麟書看著閻敬銘問：「丹翁意下如何？」
閻敬銘拱拱手：「我無成見，悉聽公議。」
「那就請雲階主持，按律定罪。」翁同龢特別加重語氣：「悉依律例。」
「這中間自然也有些斟酌。有的該加重，有的該輕減，也得定個宗旨出來。」
「輕減只怕不能了。就這樣子，惇王已經不肯點點頭，再說輕減，他決不肯領銜出奏。」
大家都覺得麟書的看法不錯。為了應付惇王，翁同龢提出一個辦法，定罪分兩種，一種是按律擬定，該如何便如何，不必法外原情，有所增減，一種是一律酌量加重。擬好罪名，請惇王去決定。
這個辦法總算很尊重惇王，足以安撫他的「不平」。接下來便談到當面復奏該說的話，以及推那個來說。
「自然是丹翁前輩──。」
「不！」閻敬銘打斷翁同龢的話說：「不是你，便該子青，何用我來說話。」
閻敬銘的意思是翁同龢是軍機大臣，張之萬是刑部尚書，論地位、談職掌，都不該由他發言。這當然帶著謙虛的意味，因此，在翁同龢以「奉旨會辦，與本身職司無關」的說法，再度敦促時，他也就答應了。
於是刑部在薛允升主持之下，逐一按律例的明文規定，加減定罪。第一張單子擬好，才發覺那天在翁家商定的宗旨不切實際，果真按律定罪，是太輕縱了。
於是他不得不跟張之萬去商量，略陳緣由以後，接著說道：「就拿福趾來說，他雖是雲南司的掌印郎中，可是雲南報銷案，是主稿孫家穆承辦，一同畫押的時候，並不知道其中有甚麼情弊，事後風聞，向孫家穆問起，才分到了四千兩銀子。依『事後受財律』，作不枉法論，罪名是杖一百流三千里，又依『不枉法贓罪，一年限內全完，死罪減二等發落，流徒以下免罪』的律例，只要將四千兩銀子吐出來，就可無罪。這從那方面來說，都是交代不過去的。」
「是啊！」張之萬問道：「該如何補救呢？」
「原定兩條宗旨，一條按律定罪，一條加重，請惇王定奪。如今第一條行不通，自然是行第二條，竟無須乎再跟惇王請示了。」
這是理所必然，勢所必至的辦法，但張之萬不敢作主，他吞吞吐吐地說：「我看，再琢磨琢磨，仍舊要請會辦諸公合議。」
越說越不對了，這樣明白的道理，竟還要「琢磨，琢磨」！薛允升心想，張之萬但求長保祿位，只要不妨礙他的前程，盡可放手辦事。因而退了下來，亦不必再跟閻敬銘等人商議，逕自交代司官，衡量情罪，斟酌加重，大致應減二等的，都減了一等。
定讞以前，還有一道畫供的手續。薛允升分訪會辦各大臣，說明不得不加重定罪的緣故，約定五月十九齊集刑部「過堂」，就請惇王到刑部商量復奏結案。