從中午審到晚上，商人也好，戶部的書辦也好，都是支吾其詞，始終不肯透露實情，秋審處的總辦，主審本案的剛毅相當焦急。
「堂上一直在催！」他跟他的同僚說，「上諭上『定須究出實情』這句話，得有交代，我看，只好動刑了。」
刑部司官問案，重在推求案情，難得用刑，但這一案情況特殊，大家都覺得剛毅的辦法亦未嘗不可，只有另一個總辦沈家本，態度比較緩和。
「那些票號掌櫃，戶部書辦，平日起居豪奢，何嘗吃過苦頭？只要嚇一嚇他們就行了。」沈家本說，「能不動刑，最好不動。」
「你倒試試看！」剛毅不以為然，「我原來也是這麼想，無奈民性刁頑，真是不到黃河心不死。明天一定得有個結果，此案千目所視，刑部不能丟面子。」
於是第二天問案的情形就不同了，傳了提牢廳的差役伺候著。將人犯帶上堂來，剛毅先提警告，倘有人不說實話，自己皮肉受苦。接著便從商人王敬臣問起。
「王敬臣，你開票號，豈有不知同行例規的道理？凡是捐官上兌，請誥封之類的，應納官項，向例都由票號經手代辦。你們跟六部書辦，都有往來，外省官員匯到票號的銀子，用到甚麼地方，那有不曉得的道理？你說，雲南匯來的銀子，是怎麼支出去的？」
「回老爺的話，實在不知道。」
「還說不知道！」剛毅大怒，使勁拍著桌子說：「我教你知道！掌嘴！五十。」
「喳！」值堂差役齊聲答應。
其中一個右手套著皮掌，踏上前來，對準王敬臣的臉就抽，左右開弓，手法極其熟練。王敬臣「嘩嘩」大叫，抽不到十下，就打落了兩個牙齒，滿嘴是血。
「我招，我招！」
只要犯人一說「招」，行刑的就得住手，不然便有處分，但其中當然也有出入。王敬臣為人吝嗇，從吃上官司，一個小錢都不肯花，差役恨他，所以「招」字已經出口，還使勁抽了他一巴掌，將門牙都打掉了。
這一下識得厲害，王敬臣比較老實了，說聽潘英章談過，雲南匯來的銀子，是辦報銷用的。崔尊彝到京以後，曾經有兩封給周瑞清的信，是由他鋪子裏的夥計送去的。
「信上說些甚麼？」
「回老爺的話，信是封口的。」
剛毅自己也發覺了，這話問得多餘，便又喝道：「還有甚麼話？一起說了，省得費事。」
「小的不敢隱瞞，就是這些話。」
看樣子，也就是如此了。剛毅吩咐押下王敬臣，另問戶部跟工部的書辦。
這些人就不如王敬臣那樣老實，熬刑不招。剛毅自覺刑部司官，須格外講法，不便動用大刑，只好改換方式，請沈家本用水磨功夫去套問。
旁敲側擊，一層一層慢慢往裏逼，總算從戶部書辦褚世亨口中套出幾句話，雲南報銷案是雲南司一張一盧兩書辦擬的稿，派辦處一陳一沈兩書辦經手覆核以後，才送上司官，轉呈堂官畫的稿。
所獲雖不多，無論如何是抓著了線索。剛毅當面向堂官細陳經過，決定採取穩健而不放鬆的宗旨，即刻行文戶部，將張、盧、陳、沈四書辦「嚴密查傳，迅予咨復。」
覆文很快地就到了，說這四個書辦都傳不到，已經奏請捉拿。
「這太不成話了！」潘祖蔭很生氣，「奉了旨就咨戶部，請他們看管書辦，結果還是讓他們逃走。這算怎麼回事？」
「回大人的話，」剛毅答道：「這明明是有意縱放，正見得畏罪情虛。大可嚴參。」
「參是要參的，案子還是要辦，只是線索中斷，如之奈何？」
「不要緊，還有周瑞清一條線索。」
於是據實奏陳，指責戶部雲南司司官「難保無知情故縱情弊」，除查取職名飭令聽候查辦以外，周瑞清既曾與崔尊彝通信，則洪良品所參，並非無因。只是周瑞清為三品大員，未經解任，不便傳訊，奏請飭令周瑞清將崔尊彝的原信呈案，以便查核。
此奏一上，不但照准，而且因為周瑞清既有接受崔尊彝信函情事，特命「解任聽候傳質」。這一下顯得案子又擴大了，不過周瑞清倒還沉著，看到上諭，首先就派聽差當「抱告」，拿了崔尊彝的兩封信呈上刑部。
信裏不過泛泛通候之語，於案情無關。剛毅看完了，往桌上一丟，冷笑著說：「這又何足為憑？崔尊彝給他的信，當然很多，隨意找兩封不關痛癢的送來，以為可以搪塞得過去，這不太拿人當傻小子了嗎？」
因為有此反感，他「一朝權在手，便把令來行」，派一官兩役去傳周瑞清。
「這就不對了，上諭是『聽候傳質』，質者對質，是跟崔潘二人對質，此刻怎麼可以傳我？」
「是跟王敬臣對質。」派去的「七品小京官」說話也很厲害，「上諭並未明指跟崔、潘對質。請吧，『是福不是禍，是禍逃不過。』」
周瑞清無奈，只得乖乖地跟著走。
不過，周瑞清到底只是解任，並非革職，所以刑部司官亦不敢過分難為他，邀到部裏，以禮相見，圍著一張圓桌相談，就算是「傳質」了。
問話的三個人，預先作過一番商議，不必問崔、潘賄託之事，就問了他也決不肯說，不如側面探詢他跟崔、潘的交情，或者蛛絲馬跡，有助於案情的瞭解。
這樣，問話的語氣恰如閒談交遊。周瑞清字鑒湖，便稱他「鑒翁」，鑒翁長，鑒翁短，相當客氣，周瑞清亦就不能不據實相告。他說他與潘英章一向熟識，跟崔尊彝在以前沒有見過面。只因他有個捐班知縣的侄子，分發雲南，跟崔尊彝一起在軍營裏當差，交情很好。他的侄子在雲南因為水土不服而得病，全虧崔尊彝盡心照料，所以他亦很感激其人。
光緒元年開恩科，周瑞清放了江南的主考，取中的舉人中，有一個崔應科，是崔尊彝的堂弟，加上了這一層淵源，才通信認為世交，崔尊彝的信中，稱他為「世丈」的由來在此。他亦承認，崔尊彝對這位「世丈」，常有接濟，但小軍機無不如此，逢年過節都有外官的饋贈，無足為奇。
「鑒翁，」沈家本問道，「有件事，不知有所聞否？聽說潘道由昆明進京的時候，就不打算再回雲南了，在雲南的產業都已處置淨盡，一家十三口靈柩，亦都盤回安徽。」
「這倒不甚清楚。」
「據安徽奏報，潘道至今未歸，他是六月底出京的，現在九月初，計算途程，早該回家。不知道他逗留在那裏？」沈家本緊接著說：「鑒翁跟他至好，自然有書信往來，可能見告？」
周瑞清想了一下答道：「我沒有接到過他的信。不過他一家十三口靈柩，都寄停在荊州，或者因為迂道湖北，耽誤了歸程，亦未可知。」
這話就頗為可疑，話鋒中聽得出來，崔尊彝的行蹤，他是知道的。不過，既然他不肯承認，亦就無可究詰，很禮貌地將他送了回去。
※※※
案子擱淺了。整個關鍵在崔尊彝和潘英章身上，這兩個人不到案，就是將在逃的書辦抓到了，依然無用，因為沒有對證，便可抵賴。
就在這個時候，剛毅升了官，外放為廣東的一個好缺，潮嘉惠道。潘祖蔭指派趙舒翹接手，主辦本案。他手裏原有件王樹汶的案子，因為塗宗瀛調職，接任河南巡撫的李鶴年，聽信任愷的話，力主維持原讞，河南京官大譁，言官紛紛上奏指摘，彈劾李鶴年包庇任愷，因而又指派河道總督梅啟照複審。而梅啟照居然又跟當年楊乃武一案中的胡瑞瀾一樣，站在巡撫這一面。所以趙舒翹建議堂官，由刑部提審，估計全案人犯解到，總在年底。有此一段空閒的工夫，正好接辦本案。
閱過全卷以後，他提出一個看法，認為正本清源，先要就事論事，查核雲南報銷案中，那一項可以報銷，那一項不可以報銷？
潘祖蔭認為這話很有道理，並且引伸他的看法，確定了辦理此案的宗旨，將案內所有涉嫌人犯匯齊。審訊對質，要問枉法不枉法，當以應銷不應銷為斷。
於是傳訊戶部及工部的承辦雲南報銷案的司官，各遞「親供」。有的說：「軍需用款，均按照同治十二年前成案辦理」；有的說：「查照咸豐年間例案核辦」；有的說：「遵照同治九年奏定章程核銷」，各人一個說法，各人一個根據，紛歧疊出而語焉不詳，刑部只知道其中必有毛病，卻不知毛病何在？
這就只有一個辦法了，奏請飭下戶部、工部堂官，指派幹練的司官秉公核算，一時帳簿紛繁，算盤滴答，刑部大堂，熱鬧非凡。
這一來，王文韶裝聾作啞就有裝不下去之勢了，因為說他受賄巨萬，他可以表示清者自清，濁者自濁，總有水落石出的一天，所以越泰然便越顯得問心無愧。但在他署理戶部尚書任內，已經核銷結束的案子，奉旨重新核算，便無異朝廷明白宣告：王文韶不可信任。
不但他自己如此想法，清流也在等候這樣一個時機。自然又是張佩綸動手，等慈禧太后萬壽一過，便上了一個「請飭樞臣引嫌乞養，以肅政體而安聖心」的摺子，將王文韶貶得一文不值，說他「即無穢跡，本亦常才，就令伴食中書，束身寡過，殆未能斡旋時局，宏濟艱難；今屢受彈章，望實虧損，度其志氣消沮，憤懣不平，內發歎吒之音，外為可憐之意，久居要地，竊恐非宜。」
接著引用乾隆朝的一個大臣，也是杭州人的梁詩正的故事。梁詩正物望不孚，高宗暗示他辭官，而梁詩正戀棧不去，於是高宗趁南巡經過杭州之便，命梁詩正在家侍養八十歲的老父，以為保全之計。張佩綸認為這個故事，正適用於王文韶：「例載：親年八十以上，即有次丁終養者。王文韶母年八十有三，終鮮兄弟，養親乃人生至樂，當此崦嵫漸迫，喜懼交縈，實亦報國日長，報親日短之際。若聽其去官終養，該侍郎家在杭州，有湖山以滌塵氛，有田園以供甘旨。」如其不然，就算王文韶「持祿保身，其子慶鈞，及其交遊僕從，狂恣輕揚，非王文韶所能約束，必令白首偏親，目見子孫不肖之事，憂危惶懼，損其餘年，殆非文韶所忍出也。」
最後是在「以安聖心」這句話上做文章，說「皇太后聖躬雖臻康復，猶宜頤養舒勤，乃九月初一日因鄧承修劾王文韶，召見樞臣，二十二日因雲南報銷案，又召見樞臣，此兩日並無內外簡放員缺，亦無各省急遞章奏，當霜風漸厲之時，正幾暇養和之日，乃以文韶奉職無狀，至增宵旰憂勞。該侍郎夙夜捫心，能無悚愧？」因而要求：將他的這個奏摺，交下軍機處，「令王文韶善於自處。」
慈禧太后便真的不作任何表示，將原摺發了下去。王文韶一看汗流浹背，識得張佩綸的嚴重警告，如果再不「善於自處」，他還有更厲害的手段，要參劾他的兒子王慶鈞以及門客僕從，仗勢恃強，所作的許多不法之事。
在他看，最惡毒的是，以為慈禧太后因為他的「奉職無狀」而「宵旰憂勞」，當此秋風多厲之際，亦不得安然怡養。這一挑撥，如果忽視，則慈眷一衰，真的可能有不測之禍。
於是，當天他就上了個奏請開缺的摺子。慈禧太后胸有成竹，降旨慰留，預期著張佩綸必不罷休，要看他第二個摺子，說些甚麼？
張佩綸的第二個摺子，對王文韶展開正面的攻擊，措詞運用，卻另有巧妙。共是一摺一片，摺子上說他才具不勝，如果慈禧太后據以罷斥，則發抄原摺，可以不提雲南報銷案的弊端，對王文韶還算是顧面子。但要說服慈禧太后，則又非提雲南報銷案的弊端不可，因而加一個附片，指出雲南報銷案三可疑：
第一疑：「王文韶曾在雲南司派辦處行走，報銷之弊，當所稔知。此案既致人言，必有書吏在內，若於奉旨之日，即密飭司員將承辦書吏，羈管候傳，抑或押送刑部，豈不光明磊落，群疑盡釋？乃讞傳函牘屢傳，機事不密，任令遠揚，歸過司員，全無作色。人或曰：文韶機警，何獨於書吏則不機警？」
第二疑：「雲南此案報銷，將歲支雜款，全行納入軍需，本非常科，即疆吏聲敘在先，亦宜奏駁，既已含混復准，經言者論劾，若戶部即請簡派大臣覆核，則過出無心，猶可共諒。乃至戶部堂官奏請覆核，始與景廉面懇迴避。風聞銀數出入，散總不甚相符，且事先迅催兵工兩部，不及候復，率先奏結，尤為情弊顯然。人或曰：文韶精密，何獨於報銷則不精密？」
第三疑：「崔尊彝、潘英章為此案罪魁禍首，既據商人供稱：匯款係為報銷。狀證確鑿，該兩員即屬有玷官箴。周瑞清已經解任，該兩員不先革職，亦當暫行開缺，乃迭降明諭，但曰：『嚴催解送』。他樞臣即未見及，王文韶若欲自明，何以默不一語？人或曰：文韶明白，何獨於該兩員處分則不明白？」
字裏行間的指責，慈禧太后當然看得出來，第二疑暫且不論，第一疑指王文韶故意放書辦逃走，意在消滅罪證。第三疑是指王文韶包庇崔尊彝、潘英章。衡情度理，確有可疑。
因此，持著這一摺一片，慈禧太后開始認真考慮讓王文韶走路。繼任人選，倒是早就想好了的，此刻還要考慮的是，張佩綸分析事理，精到細緻，不光是會罵人、會說大話。然則該當如何重用？
思考未定，便只有暫且擱置，於是王文韶第二次上摺辭官，又蒙慰留。但語氣跟前不同了，說「覽其所奏各情，本應俯如所請。不過軍機處及總理各國事務辦事需人，王文韶尚稱熟悉，著仍遵前旨，於假滿後照常入直。」
這「尚稱熟悉」四個字，是軍機章京看風頭所下的貶詞，經寶鋆和李鴻藻商量過，奏請裁可而見諸明發上諭的。熟悉朝章故事的，一看王文韶落得這四個字的考語，就知道他非出軍機不可了。
王文韶自己卻有些拿不定主意，因為他的親族故舊，門客僚屬，平素出入門下的一班人，聚訟紛紜，意見甚多。主張自己知趣，及早抽身的固多，認為反正面子已經丟完了，裏子不能不要也有，慈禧太后雖然精明，到底是婦人心慈，不見得會聽信張佩綸的話，罷斥樞臣。再有一派認為要引退也得等些時候，張佩綸一上彈章，隨即請辭，看來完全受他擺佈，面子上未免太下不去。
王文韶對這個看法，頗有同感，還想看看再說，無奈壞消息不一而足。先是江蘇巡撫衛榮光奏報，據崔尊彝的家丁呈報，說他家主人在丹徒縣旅途病故。丹徒縣就是鎮江府城，雖為循運河入長江、到皖南的必經之地，但崔尊彝死在九月，丹徒縣接到崔家家丁的呈報是在十月，何以在鎮江逗留如此之久，又何以遲一個月呈報，情節自然可疑，所以上諭命衛榮光確切查明，崔尊彝是否病故？
其實用不著查，與衛榮光的奏報同時傳到京裏的消息，說崔尊彝是服毒自殺的，這就見得情虛畏罪了。趙舒翹聽得這話，大為緊張，案中兩名要犯，已經去了一個，如果潘英章步崔尊彝的後塵，也來一個「病故」，那時死無對證，周瑞清可以逍遙法外，全案亦就永遠要懸在那裏，因而不能不採取斷然的手段。
他做事向來有擔當，也不必稟明堂官，將王敬臣和周瑞清的家丁譚升，秘密傳訊，軟哄硬逼，終於又搾出來一些內幕。據譚升供認：崔、潘二人到京後，跟他家主人都常有往還。這倒還不關緊要，王敬臣供出來一段事實，對周瑞清卻大為不利。
他說：潘英章從他那裏取去的銀票，其中有一張是由百川通票號來兌現的。於是傳訊百川通的店東，承認周瑞清跟他的百川通有往來。上年九月間，周瑞清拿來一張順天祥的票子，存入百川通，換用了他那裏的銀票，顯然的，這是周瑞清的一種手法，不願意直接使用順天祥的銀票，免得落個把柄。
此外王敬臣還說，有個戶部雲南司的「孫老爺」，也曾經拿潘英章用出去的票子，到他那裏取過銀子。這都是「通賄有據」，戶部奏請將周瑞清暫行革職，以便傳訊。戶部雲南司的「孫老爺」，是不是主稿的郎中孫家穆，自應查究，亦請先行解任。
照准的上諭一下，趙舒翹立即執行，親自帶人逮捕周瑞清，先送入戶部「火房」安置，不准家屬接見。送進去的舖蓋、用具、食物，無不仔細檢查，連饅頭都掰開來看過，怕內中夾著甚麼紙條。
於是，第二天召見軍機，王文韶不能不再一次面奏，懇請准予開缺養親。慈禧太后沒有准，也沒有不准，只說：「先下去！另有旨意。」
等軍機退了下去，跟著又「叫起」，指明只要寶鋆和李鴻藻進見。
這是可以料想得到的，召見必是為了諮詢繼任王文韶的人選。照例兩名漢軍機大臣一南一北，王文韶的遺缺應該挑南邊人來補，寶鋆夾袋中雖有人物，但資望都還差得遠，所以他很知趣，將這個人情賣了給李鴻藻。
「蘭翁，」他說：「一上去自然是談王夔石空下來的位子，凡有保薦，請你作主。」
李鴻藻對這件事亦早就想過，但一直有左右為難之感，形勢很明顯地擺在那裏，不是翁同龢就是潘祖蔭，潘祖蔭是會試同年，翁同龢是弘德殿多年的同事，而且交情一向不錯，雖然他前幾年依附沈桂芬，形成壁壘，但為國求賢，決不能摒絕此人，不作考慮。
既然如此，不妨聽聽寶鋆的意見，於是拱手答道：「不敢、不敢！正要向佩公請教。如今物望，不出翁潘，倘或不能兼收並蓄，去取之間，請問佩公，於意云何？」
寶鋆亦很圓滑，不願意「治一經、損一經」，薦翁就得罪了潘，反之亦然。而且所薦能用，也還罷了，就怕薦甲用乙，得罪了被用的人，更加犯不著，所以不置可否：「這兩位都負一時清望，難分軒輊。只好看上頭的意思了。」
這雖是很滑頭的話，對李鴻藻卻是一個啟示，「看上頭的意思」是最聰明的辦法。