「三庫」是銀庫、緞匹庫、顏料庫。最重要的當然是銀庫，特設管庫大臣，派戶部侍郎兼任。三庫的弊端，閻敬銘是早就知道的，他的第二件興革之事，就是想革除三庫之弊，所以下令查庫。
查庫之日，有特選的司官跟著，其中有兩個都姓李，亦都是翰林出身，一個叫李用清，丁憂起復，從原籍山西平定州進京，背著個小舖蓋卷，徒步三千餘里，不雇一車一騎，京裏詫為千古未有的奇事，公送他一個外號叫「天下儉」。
另一個李嘉樂較為遜色，名為「一國儉」，他不如李用清的是，做了官居然常喚剃頭挑子來替他剃頭。剃完，親手付予剃頭匠二十個小錢。自覺出手已很大方了。
有一次他問他的聽差：「剃頭的應該很高興吧？我每次都給他二十文。」
聽差的據實答道：「外面剃頭，最少也得四十文，何況是做官人家？剃頭的每次都要吵，我只好再墊二十文，才把他打發走。」
李用清大怒：「我在家鄉偶爾叫人剃頭，每次只要十二個錢，現在給他二十個已經多了，他居然還不知足，你也居然就添了給他，真正豈有此理！好了，從此以後我不請教剃頭的，連二十文都可以省下。」
果然，言出必行，從此以後，李嘉樂不再請教剃頭匠。要剃頭由他太太動手，剪得參差不齊，怪模怪樣，惹多少人在背後當笑話講。
但閻敬銘卻很欣賞，以為做官必從一個「儉」字著手，才能「無慾則剛」，做個晚節不改，始終如一的清官。為此特別重視兩李，帶著他們一起去查庫。
戶部三庫在三處地方，顏料庫在西安門內；緞匹庫在東安門內；銀庫又稱大庫，則在戶部衙門的後身的東北角。查庫先從遠處的顏料庫查起。
顏料庫是個雜庫，包羅萬象，無奇不有。掌管國家度支的戶部，何以會有這樣一座庫房？誰也不知道。有人猜測，戶部有此物庫，大致起於明朝萬曆年間徵收礦稅之時。礦稅苟擾遍天下，民間名產珍物，輸往京師，終年絡繹於途，奇珍異寶，收入大內，常用的物料，歸工部及戶部存貯，才設了這樣一座顏料庫。
在清朝，各省貢品，名目繁多，內務府認為無甚用處，容納不了的，亦都歸於戶部。日積月累，用之不竭，隨意堆積在庫房裏，但是帳目卻是分門別類，異常清楚的。
閻敬銘早年當司官的時候，奉派查過顏料庫，知道這座庫是無法查的，同時他要整頓的也不是這一庫。不過表面上決不能放鬆，所以雖無法查也要查。到了庫中坐定，拿料帳來看，逐日有記，逐月有結，毫無毛病。便派李嘉樂入庫，實地查察。
一進了庫房，他愣住了，在門口躊躇又躊躇，提起了一隻腳，竟不能踏下去，因為滿地的檀香、黃蠟、石綠、硃砂，五色粲然，積成厚厚的一層，無可下腳。
「李老爺，請啊！」庫吏催促著。
「怎麼不收好？堆得滿地！」
「向來這樣的。」庫吏答道：「我同治三年到庫裏時候，就是這個樣子。」
「這樣子叫人怎麼走路？」
庫吏大為詫異，「就是這樣子走嘛！」庫吏毫不遲疑地舉步踏了進去，踩得那些物料「嘎吱、嘎吱」地響。
李嘉樂心疼不已，但也只好跟著他舉步。走到中間一看，四周擺滿了塵封的木架子，陽光從天窗裏漏下來成為一條光柱，其中飛舞著億萬灰塵，看上去像是金屑。
他有無從措手之苦，同時也困惑異常，不知一年兩次查庫，何以還會這樣子的雜亂無章？想了一會，只有請教庫吏：
「別人是怎麼查的？」
「李老爺沒有聽說過嗎？」
「沒有。」
「李老爺，」庫史指著地下說：「東西都在這裏，一草一木沒有人敢動，只要屋頂不漏，門窗嚴緊，就不要緊了。」
聽這一說，李嘉樂才明白，原來查庫就是來看看屋頂門窗。如果都是這樣奉行故事，那裏談得到整頓？自己特蒙閻尚書識拔，委派查庫，可不能跟別人那樣敷衍了事。
但是，一片混雜，實在無從措手，看了又看，發覺有一樣東西好查，「那是紙張？」他指著堆積如牆，已泛成黃灰色的白紙問。
「是。是宣紙。」
「點點數看。」李嘉樂翻出帳來唸道：「『五尺夾貢總計十八萬五千七百二十一張』，就查這『五尺夾貢』。」說著走過去要動手。「動不得！」庫吏大聲警告：「裏面有蛇！」
李嘉樂不信，伸手掀開一角，是想看看可是真的夾貢，還是被掉了包？
那些不知堆積了多少年的陳舊宣紙，幾已粘在一起，數量既多，壓力亦大，一時那裏掀得起。李嘉樂是喜歡蠻幹的性子，一隻手不行，加上另一隻手，使勁攀著紙角，往上一推。只見一條四五尺長，黑章白文的蛇，從紙堆後面鑽了出來，遊走無聲，李嘉樂直到臨近才發現，大叫一聲，連連倒退，嚇得面如土色。
庫吏急忙上前將他扶住，四隻眼都盯著那條蛇，從紙堆上蜿蜒而下，鑽入雜物堆中，無影無蹤。
「李老爺，你也真是！」庫吏大為埋怨，「跟你說動不得，您老偏不信，現在怎麼樣？」
「我只以為你說笑話嚇我，那知道真的有蛇！」
「蛇多著呢！天這樣熱，它本來就想游出來涼快、涼快，那經得住您老再這麼一折騰？如今壞了，蛇也不知躲在甚麼地方？步步都得小心。」
聽他這一說，李嘉樂便覺得那雙腳發麻，深怕一舉步就踩在蛇身上，釘在原處，動彈不得。
「快走吧！」庫吏拉著他一陣風似地找到了門口，卻又問道：「李老爺，怎麼樣？」
這是取進止的意思，李嘉樂搖搖頭說：「不查了！」
「是！」庫吏加重語氣說：「查過了！」
他說「查過了」，就只好說是「查過了」，不然無法交差。好在閻敬銘深知積弊，意不在此，他的想法是要仔細核查帳簿，看各省的貢品，有沒有可以減少甚至裁減的，所以只關照李嘉樂將一本「料帳總冊」帶走。
※※※
接下來是查緞匹庫。公家緞匹沿襲明朝的制度，由江寧、蘇州、杭州三個織造衙門，負責供應，一共分為三等，第一等專供「御用」；第二等稱為「上用」，質料較次；第三等專供賞賜之用，就叫「賞用」，質料更次。
「御用」和「上用」的珍品，存貯內務府緞庫。戶部緞匹庫只儲「賞用」緞匹，數量極多，查不勝查，照例分派十幾名司官，虛應故事。庫中有樓，樓板上的灰塵，照規矩不准打掃，積土太厚，無法下足，就鋪一張蘆席在上面。兩百年來，不知道鋪了多少層，所以一踩上去像踩在棉花堆上，而且一踩就揚起一團灰，沾得滿身都是，所以查緞匹庫是樁苦差使。
李用清卻不以為苦，精神抖擻地上了樓，揚目四顧，只見木架子高可及頂，上面堆滿了一捆捆的緞匹，不知如何措手，便有些躊躇了。
「李老爺，」庫吏看他是外行，加以指點：「緞匹是少不了的，向來只不過抽查點數。」
「好！抽查。」李用清有了計較，手往上指，用很威嚴的聲音說：「你替我把最上面那一捆棗兒紅的，取下來。」
庫吏一愣，看李用清板著臉，一副公事公辦的樣子，料知說不進話去，便轉身取了梯子來，爬上去費了好大的勁，將李用清所要的那一捆取到，雙手舉起，使勁往下一扔，陳年積土，像火藥爆炸似的，往上直衝，將李用清沒頭沒腦地籠罩在內。
時逢盛暑，汗流浹背，這一陣灰土飛上頭臉，立刻為汗水沾住，面目黧黑，像個煤炭鋪的夥計了。
李用清大怒，但是發不出脾氣，只巴望這一捆緞匹中，數目不符，捏住把柄，便好處治那庫吏。但是，解開來照標籤所載的數目一數，應該是十四匹，一匹不少。
這一來啞巴虧吃定了，跟李嘉樂談起來，同病相憐，嗟咨不絕。
「老前輩，」李用清跟比他早一科的李嘉樂說：「蠢吏可惡！有意惡作劇，打算著嚇倒司官，他們就可以為所欲為，我輩偏要認頂，倒看看到底誰強得過誰？」
「說得是！我們受閻丹老的知遇識拔，必得幫他切實整頓一番，顏料、緞匹兩庫，不是上頭著眼之處，馬上要查銀庫了，一定要捉它一兩個弊端出來。」
「查弊必先知弊。銀庫的弊端甚多，先要請教請教內行才好。」
兩人商量的結果，決定合請一個客，請在衙門附近的一處「大酒缸」。間壁就是月盛齋，五香醬羊肉名馳九城，買了一大包款客。客人是戶部的一個蘇拉，名叫張福，伺候過十幾位尚書，見多識廣，部中大小積弊，無不明白。
「銀庫，照例書辦是不能進去的，只有庫兵可以入庫。」張福舉杯在手，慢吞吞地說：「庫兵規定十二名，三年一挑，挑到那天去應點，要請十來個保鏢護送──。」
「慢點，老張！」李用清打斷他的話說，「這是為甚麼？」
「為了怕綁票，」張福解釋庫兵何以應點之日要防被擄：「入選庫兵有正選，有備選，正選應點不到，馬上由備選補上，所以綁他只要綁一個時辰，應點時辰一過，煮熟了的鴨子飛走，放了他也就沒用了。」
「這樣看起來，庫兵的身價不得了。」
「是啊！補上一個名字，總要花到一萬銀子，應點不到，往後的好處不說，起碼一萬銀子就算扔了在水裏。」
「那麼，」李嘉樂問，「庫兵入庫，到底有點甚麼好處？說偷銀子是藏在谷道裏面，可有這話？」
「怎麼沒有？」張福問道：「外省解銀到部，怎麼樣入庫？李老爺見過沒有？」
「沒有。你細細說來我們聽。」
「外省解銀，每一萬兩解費六十兩，這歸管庫司官跟書辦分，庫兵是沒分的。庫兵的好處，就是搬銀子入庫的當兒偷銀子。進庫的時候，衣服都要脫光，庫裏另有衣服，不過，這一身衣服也不能穿出庫。光身進去，光身出來，寒冬臘月也就這個樣，所以庫兵非精壯的小伙子不能幹。這還有個道理，小伙子中氣足，提得住氣，如果年紀一大，提不住氣，就補上名字也沒用。」
「這又是甚麼道理？」李用清問。
「就是這位李老爺說的，」張福指著李嘉樂答道，「為的是能在谷道裏藏銀子。本事最好的，一次可以藏十兩一個的銀錁子八個。」
這不是駭人聽聞之事？但張福言之鑿鑿，說在東四牌樓有一新藥鋪，專有一種要有門路的人才能買得到的藥，服下能使谷道交骨鬆開。偷銀的方法是用豬網油卷銀錁塞入谷道，不過即令年輕力壯，提氣支持，亦至多只能容納半點鐘的工夫。
「這個法子在內庫就用不著了，內庫多是五十兩一個的大元寶，那裏也偷藏不下，所以內庫庫兵，入庫用不著脫光衣服。」
這一說，是個反證，李嘉樂點點頭又問：「還有甚麼偷銀的法子？」
「冬天要當心，有個換茶壺的法子。庫裏的空茶壺拿出來，照例揭開蓋子，往下一倒，表明沒有東西在裏頭，冬天就兩樣了，茶水冰凍，拿銀錁子凍在裏面，就倒也倒不出來。」
「說破了不值錢。」李用清覺得這頓大酒缸請得不冤，「真正不經一事，不長一智。」
然而細想一想，總覺得有些荒誕不經，所以事後又去請教部裏的老司官，「谷道藏銀，事誠有之。」那老司官笑道，「不過說得太玄了。兩位請想，十二名庫兵，每人偷銀八十兩，一次就是九百六十兩，解餉入庫之日，庫兵進出好幾次，這要偷漏多少？年深日久，不都偷完了嗎？」
雖是以常理度測，卻足以破惑。但庫兵裸體入庫，這個規矩歷數百年不改，總有道理在內。二李都覺得雖不可全信，亦不可不信，決定去看個明白。
一看果然，庫兵進出，無不赤身露體。出庫還有一番很特別的交代：跨過一條長凳，雙手向上一拍，口中喊道：「出來！」表示股間、肋下、口中都不曾夾帶庫藏。
「能抓住他們驗一驗嗎？」李嘉樂問。
「不能！」李用清搖搖頭。
李嘉樂廢然而歎：「看起來，就是有弊也無法查了。」
※※※
而閻敬銘卻查出來一項極大的弊端。其實也不用查，弊端已擺在那裏，只看有沒有決心整頓而已。
查銀庫那天，閻敬銘找管庫的郎中姚覲元來問：「掌天平的是誰？」
「是書辦史松泉。」
「領我去看天平。」
領到出納之處，只見史松泉一身服飾，異常華貴，閻敬銘先就大為不悅。正在提倡儉樸節用的他，認為史松泉逾越體制，敗壞風氣，而看他的服用，錢從那裏來，更不可不問。
「你這一身衣服很漂亮啊！」他斜睨著大小眼，冷冷地問。
「回大人的話，」史松泉答道：「都是舊衣服。」
「砝碼是舊的不是？拿來我看！」
銀庫有好幾架天平，大大小小的砝碼不少，等取到了，閻敬銘卻不看，只吩咐包好。
「送到工部去檢驗。」他對李嘉樂說，「你親自送去，面見工部堂官，說我重重拜託，即時檢驗，立等結果。」
李嘉樂奉命唯謹，帶著從人，捧著砝碼，直奔工部，請見堂官。正好翁同龢在部裏，他的侄子翁曾源是李嘉樂這一榜的狀元，世交原就熟識，區區小事，做「老世叔」的當然照辦。立時找了製造庫的司官來，一檢驗之下，大小砝碼，有重有輕，符合標準的，十不得一。
回到戶部覆命，閻敬銘還在坐等，將檢驗過的砝碼，逐一清查了上面的記載著的輕重不等的差額，接著便傳召待命的銀庫郎中姚覲元。
「你看！」他指著砝碼問道，「你怎麼說？」
姚覲元早就知道有此結果，何用看得？「回大人的話，」他說，「銀庫重進輕出，向來如此。咸豐以後，庫裏存銀，大為減少，也要存到七百萬至九百萬。偷竊之事，在所不免，一兩百年，不靠重進輕出來彌補，難道倒請堂上大人分賠不成？」
「你倒還振振有詞？」閻敬銘說，「照你的說法，重進輕出，是為了彌補偷漏，完全為公，然則你倒說給我聽聽，重進輕出是甚麼個規矩？進，每兩銀子加重多少；出，每兩銀子減輕多少？不能借彌補為名，漫無稽考，你拿帳來給我瞧瞧！」
「這那裏會有帳？」
「原來沒有帳？」閻敬銘說，「那將是混帳！」他吩咐「當月處」值班的司官，「將史松泉拿交刑部。」
史松泉就在堂下，聽得這話，便想開溜，無奈從閻敬銘到部，雷厲風行，毫無瞻顧，當差的大小官員懍然在心，當然容不得史松泉脫逃，一把抓住，立即備文咨送刑部訊辦。
「我久聞你把持公事，劣跡多端，你今天就移交了公事，在家聽參。」閻敬銘對姚覲元說，「這對你已經算是客氣了！你心裏要明白。」
這是警告姚覲元不必去鑽營門路，希冀脫罪。解職的官員，與平民無異，如果不知趣，不聽話，隨時可以步史松泉的後塵，吃上官司。
姚覲元識得利害，乖乖移交了公事，在家聽參。