第二天宮中「吃肉」，軍機大臣開年第一次聚會，直廬治公，只有一件事，就是商議沈桂芬的身後之事。因為慈禧太后已指示恤典從優，所以王文韶親自動筆擬的恩詔，極其堂皇：
「協辦大學士兵部尚書沈桂芬，清慎忠勤，老成端恪，由翰林洊升卿貳，外任封疆，同治年間入參機務，擢任正卿。朕御極後，重加倚任，晉協綸扉，辦理一切事宜，均能殫心竭力，勞瘁不辭。前因偶患微疴，賞假調理，遽聞溘逝，震悼殊深！著賞給陀羅經被，派貝勒載漪帶領侍衛十員，即日前往奠醊。加恩晉贈太子太傅，照大學士例賜卹，入祀賢良祠，任內一切處分，悉予開復。賞銀二千兩治喪，由廣儲司發給應得恤典，該衙門察例具奏。靈柩回籍時，著沿途地方官妥為照料。伊子沈文燾著賞給舉人，准其一體會試，伊孫沈錫珪，著賞給郎中，俟及歲時帶領引見，以示篤念草臣之至意。」身後哀榮，最可貴的是「入祀賢良祠」，其次是「易名」。賜諡照例由內閣擬呈圈定，但軍機亦可提出意見。自嘉慶以來，宰輔賜諡，第一個字照例用「文」字，內閣擬呈沈桂芬的諡是文清、文勤、文端、文恪。咨送到軍機處，大家都覺得擬得並不高明。
「清、勤二字，不足以盡沈經笙的生平。」寶鋆大發議論：「端字雖好，但經笙不是理學一路的人物，所以並非美諡，恪字更不必談了。」
文恪亦非美諡，而且不是宰輔之諡。恭王認為沈桂芬最不可及的長處是有定力，因而主張用「文定」。這也不是頂好的諡稱，從順治以來，諡「文定」的一共八個人，並沒有甚麼名臣。但用「定」字諡沈桂芬，不能不說是很恰當，因而寶鋆和王文韶，亦無可為死者再爭。
接下來便要分配沈桂芬所留下來的差缺，管理國子監事務，已決定派翁同龢；掌院學士由於寶鋆的推薦，派了不是翰林出身的董恂；國史館正總裁派了潘祖蔭；兵部尚書則順理成章地補上了李鴻藻。他從服闕復起，只是以「前工部尚書」的職銜回軍機，並在總理各國事務衙門行走，以後由於吏部尚書萬青藜兼管順天府府尹，照例不常到部，算是出差，才派了李鴻藻兼署。但這是很勉強的處置辦法，所以一有尚書缺出，必定得補李鴻藻。
協辦大學士的缺，照例該吏部尚書萬青藜補，只是他的物望不佳，恭王心裏有數，只要提名萬青藜當協辦，清流一定會不滿，彈章一上，那就可能連他的尚書都當不成。愛之適足以害之，則多一事不如少一事，將這個缺為李鴻藻留著。
還剩下軍機大臣一個要職，恭王跟寶鋆已經商量過了，決定留下來給一個人：左宗棠。
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左宗棠奉召入覲，直到上年十二月才從蘭州動身，沿途逗留，走了一個多月，在正月二十六，方始到京。儀從煊赫，儼然凱旋班師的模樣。
一到京仍舊住在賢良寺，照例宮門請安，軍機處和兵部都派了人在照料，請安摺子即時批了下來，第二天一早召見。然後分謁諸王，最後才到恭王的鑒園。這是恭王預先關照好了的，最後到他那裏，便好留了下來，接受款宴。宴會極其隆重。陪客是惇、醇兩王、御前大臣及軍機大臣，還有一個就是潘祖蔭。
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這一陣子，慈禧太后的病情又反覆了，因而御殿垂簾的，只有慈安太后。為了優禮勳臣，慈安太后特命太監扶掖左宗棠進殿，行完了禮，慈安太后第一句話是問他的年紀。
「臣今年七十歲。」
「七十古來稀。身子倒健旺！」慈安太后問道，「你是那一天動身的？」
「臣是上年七月間，在哈密奉到上諭，召臣入覲。那時因為部署未定──。」
於是左宗棠從保薦劉錦棠督辦新疆軍務說起，如何奏請，如何奉准，如何等劉錦棠到了哈密，在十月間方能啟行入關，又如何在蘭州作了必要的部署，再由蘭州動身進京，沿途百姓如何攀轅相留，滔滔不絕，聽得慈安太后想插句嘴都不能。
「如今是派楊昌濬護理陝甘總督。他的才具怎麼樣？」
「楊昌濬的才具是好的。前在浙江巡撫任內，很做了些事，後來因為楊乃武一案革職，經臣奏保，蒙天恩起用，越知惕厲。請太后放心。」
「那好！」慈安太后問道，「劉錦棠跟楊昌濬，一個在新疆，一個在甘肅，是各辦各的事呢，還是合起來辦事？」
「是各辦各的事，不過有事互相照應。」左宗棠答道，「以前新疆軍務，跟陝甘軍政民事，歸臣一個人辦理，軍餉政費，臣可以相機調度。如今劉錦棠、楊昌濬各有專責，各項經費，應該劃分清楚，臣這幾個月，就是辦這件事。」
「那裏一年要用多少款子？」
「關外各營餉項、各項經費，每年要三百七十多萬，關內要兩百一十多萬。各省及海關協餉，只有五百萬兩，不敷八十多萬，只有相其緩急，節省著用。以後各省協餉，歸楊昌濬主持，六成撥解關外，四成留給陝甘。這個章程，是奏報過的。」
「喔。」慈安太后轉臉問恭王：「有這個摺子嗎？」
「是！」恭王答道，「面奏過的。」
慈安太后想了好一會才想起：「是的，有這回事。」她再問左宗棠：「現在俄國的交涉總算辦成了──」
「是！」左宗棠不等慈安太后話完，便搶著說：「臣過天津，跟李鴻章見面，才知道詳細情形。曾紀澤的交涉還算是辦得好。」
「你跟曾國藩是至好，他有這麼一個好兒子，想來你也替曾國藩高興？」
「是！」左宗棠答道，「臣與曾國藩論公事，意見不合，論私交，臣與曾國藩共過患難，交情不同。」
「現在國事都靠你們幾個老成人，大家總要和好，凡事商量著辦，把大局撐住。」
這是慈安太后暗示他要跟李鴻章和衷共濟，而左宗棠與李鴻章不和，由來已非一日。近幾年來，論邊防、論洋務，跟李鴻章針鋒相對，措詞尖刻的奏疏很多，但朝廷常採納李鴻章的獻議，而對左宗棠，則持敷衍的態度，所以他的牢騷很多，這時聽慈安太后提起，正好當面告個「御狀」。
恭王已防到他有此一著，自不會容他開口，召見的時候也不少了，便搶在前面奏道：「左宗棠剛剛到京，旅途勞苦，請母后皇太后格外體恤。」
「喔，喔！」慈安太后會意，隨即說道：「左宗棠，你路上辛苦了，回去好好息著吧！」
於是左宗棠跪安退出，到軍機處、南書房打了個轉，恭王派他的轎子，將左宗棠送回行館。然後跟寶鋆、李鴻藻等人商量，預備保薦左宗棠進軍機，決定第二天面奏取旨。
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第二天是沈桂芬開吊的日子。春雪霏微，彤雲陰黯，益增淒愴，但靈堂內的氣氛，卻大不相同，因為左宗棠很早就到了，一直坐著不走，大談他經略西陲的得意之事。到了十點多鐘，退值的軍機大臣，絡繹來吊，李鴻藻和王文韶連袂而至，形跡相當親密，很引人注目。因為從沈桂芬一死，王文韶彷彿繼承衣缽，成為南派的首腦，跟李鴻藻是處在敵對的地位。如今看來，南北兩派，大有攜手和好的模樣，這自然令人驚異，也令人感到安慰。
靈前行完了禮，李鴻藻轉身向左宗棠道賀：「恭喜、恭喜！上諭已經下來了！」接著取出一張字條，遞給左宗棠。
那是上諭的底稿：「奉旨：大學士左宗棠著管理兵部，在軍機大臣上行走，並著在總理各國事務衙門行走。」
這一下弔客們紛紛向左宗棠道賀，正亂哄哄在周旋之際，廊下樂聲又起，執帖的高呼：「寶中堂到！」
寶鋆一到，不及在靈堂行禮，先遞了一張彩箋給左宗棠，口中說道：「急就章，請指教。」
那幅彩箋寫的是一首詩，題目叫做「贈左侯」：
「七十年華熊豹姿，侯封定遠漢官儀。盈冑浩氣吞雲夢，蓋代威名鎮月氐；司馬臥龍應合傳，湘江衡岳共爭奇。紫薇花省欣映袂，領取英謀絕妙姿。」
「紫薇花省」不是指內閣，是指軍機處，「英謀」雖有，卻非「絕妙」。左宗棠第一天入值，大家就頭痛了。
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「李少荃這個摺子，近乎紙上談兵。我為諸公一述往事。」
左宗棠撇開正題，滔滔不絕地大談他在陝甘用兵之妙，恭王等人插不進嘴去，只能耐心靜聽。
天天如此，一個奏摺議了十天，還沒有結果，恭王實在不耐煩了。這個奏摺是李鴻章所上，籌議山海關的防務。恭王心想，中俄交涉已可和平了結，山海關的防務，已可暫緩，而且駐紮山海關的曾國荃亦已接替左宗棠的遺缺，當了陝甘總督，李鴻章的奏摺，不議辦不要緊。
因此，恭王吩咐軍機章京，將原摺歸檔。第二天左宗棠到軍機處，對議而未決的案子，尚無下文，竟亦不問，一坐下來便大罵甘肅臬司史念祖。
史念祖字繩之，江蘇溧陽人，是乾隆年間名臣史貽直之後。此人聰明絕頂，但不大喜歡讀書，二十歲上捐了一個通判，在安徽巡撫英翰軍中當差。此人工於應酬，講究飲饌服飾，史念祖又年輕英爽，所以極受「旗下大爺」出身的英翰的賞識。每次軍功保案都有他的分，年未三十就做到直隸臬司，但年少氣盛，不知怎麼得罪了言官，奏劾他「不堪方面」。像這樣的彈章，照例下督撫察復，直隸總督是曾國藩，認為史念祖雖有才幹，尚少歷練，宜乎暫緩任事，於是被開缺成了閒員。
光緒初年，由於董恂的援引，史念祖放了甘肅臬司，左宗棠也是愛才的人，對他亦頗稱許。但史念祖少年得意，不免驕慢，其時他折節讀書，已寫得一手極好的古文，越發視督撫將相如無物。左宗棠一直以諸葛武侯自命，好諛惡直，戰功亦多誇誇其詞。史念祖在人背後常有譏評，不但形諸口頭，而且見諸筆墨，日子一久，為左宗棠知道了，大為不悅，便借一件公事，說他「避事取巧，應候查參」。
這時左宗棠剛要從蘭州啟程入京，史念祖心想，入覲之日，兩宮太后當然會問到陝甘的吏治，左宗棠只要說一聲：「史念祖性近浮滑，不堪其任」，用不著具摺，就會毀了自己的前程。因而要搶先進京活動，正好三年之期，可以奏請陛見，於是具摺請總督代奏。左宗棠只當他去活動調任，而且照例奏請，亦不便攔阻，就為他代奏，自然照准。
於是史念祖兼程北上，等左宗棠到京，他已經事畢出都，在山西等候消息。他看得很準，左宗棠雖想提拔楊昌濬，打算保薦他由護理總督而真除，而朝廷未見得會准，到京走董恂的門路一打聽，果然，陝甘總督已經內定由曾國荃接任。史念祖在山西等候消息，就是為了好等著伺候新任總督。不久，曾國荃的新命一下，史念祖也仍舊回任當他的甘肅臬司。得意之餘，在太原寫了一封信給左宗棠，表面是報告行蹤，字裏行間卻流露出「奉旨回任，其奈我何」的意思。左宗棠這一氣自然不小，上了個摺子，指史念祖種種不端，請旨飭「護督」楊昌濬查案，據實參劾。
左宗棠的這個奏摺，已經遞了上去，並且已經發交軍機核議。恭王正為此在為難，所以聽了左宗棠的話，心存警惕，將寶鋆找到一邊去商議。
「史念祖是奉旨回任的，而且剛剛陛見過，如果不中用，朝廷當面察問，早該知道，現在又准了他的摺子，交楊昌濬查參，這像話嗎？」
寶鋆本來對左宗棠極其仰慕，但此時已非贈詩推崇的心情，不過十幾天的工夫，發覺左宗棠天生是不合群的人，心目中只有自己，並無同僚，印象大壞。因而附和恭王的看法，連連點頭。
「這當然要駁──。」
「當然要駁！」寶鋆搶過來說，「也挫挫他的驕慢之氣。」
「我話還沒有完。」恭王說道，「駁是要駁，但又不宜掃他的面子。你看怎麼辦？」
寶鋆想了一會答道：「辦法倒是有一個，不過，又開一惡例。」
「怎麼呢？」
「只有把他這個摺子『淹』了。」
所謂「淹」了，就是請太后將奏摺「留中不發」，這是明朝留下來的最壞的一種制度，如果君上動輒「留中」，則諫勸不納，實情不明，國事非敗壞不可。恭王當年制抑慈禧太后擴張權力，所用的手法之一，就是力爭奏摺須發交軍機處，現在自請「留中」，豈非開一惡例。
可是他的英銳之氣，消磨得也差不多了！想了一會，嘆口氣說：「就這麼辦吧。」
「那麼，先『遞牌子』？」
「好！」
軍機每日常例召見，只由太監傳喚，單獨請見，才遞「綠頭簽」。慈安太后當然即時「叫起」，上去三言兩語說好了，才召其他軍機大臣全班進見。
軍機獨重首輔，是左宗棠所知道的，所以在班裏倒也不敢越次奏對。他心裏在想，提到自己這個奏摺，當然要問詳情，那時再將史念祖種種貪墨狡猾的情形，細細面奏，說不定即時降旨，革職查辦。
正在這樣想著，已經談到了，「史念祖這個案子，」慈安太后說道：「擺著再看一看。」
「是！」恭王很快地答應一聲，隨即領頭跪安，全班退出。不但左宗棠的摺子被「淹」了，連他的話亦被「淹」掉了。
而他自己還不明白，回到軍機處問寶鋆：「佩公，我那個摺子，如何著落？」
「這當然是『留中』了。上頭是因為你的面子，不便處置，只好這麼辦。不然，你想，史念祖是奉旨回任的──。嘿，嘿！」寶鋆乾笑了兩聲，損了他一句：「侯爺，你也得替朝廷留點面子啊！」
左宗棠默然。到了七十歲才知道，督撫權重，只是在封疆上，到了朝裏，便全不是這麼一回事。
於是，他第二天便帶著人去看京畿的水利了。
這也是左宗棠預定要辦的兩件大事之一。第一件是訓練旗兵，早在他從蘭州啟程以前，就有個奏摺，要帶親軍步營馬隊兩千餘人入關，先駐紮張家口，聽候調遣，移營近畿，一則拱衛京師，再則代為訓練旗兵。