就在這時候，江寧發生了一件清朝開國以來，從未有過的怪事：兩江總督馬新貽被刺。馬新貽在江寧練了四營新兵，規定每天操演兩次，專習洋槍、抬炮、長矛，每月二十五校閱，主要的是看新兵用洋槍打靶，地點就在新建總督衙門未完工前，暫時借用的江寧府署西面的箭道。他對新兵用洋槍的「準頭」如何，看得很認真，好在出了署西一道偏門，就是箭道，走了來，走了去，不費甚麼事，所以每一次都是親臨校射。
七月二十五又逢校閱之期，因為下雨，延遲一日。第二天一早，依例行事，到了九點多鐘看完，馬新貽亦同往常一樣，步行回署。後面跟著負責警衛的督標中軍副將喻吉三和替總督傳令的武巡捕葉化龍，還有兩三名馬弁。走近偏門，只見有個中年人，用馬新貽家鄉，山東荷澤的口音喊道：「大帥！」
接著便跪了下來，雙手捧著一封信，高舉過頂。
馬新貽認識這個人，一見便問：「你還沒有回去？」
「回大帥的話，盤纏用完了。今天特為來求大帥。」
「不是給過你兩次了嗎？」馬新貽的神色顯得頗不耐煩。
「是──。」
正當那人囁嚅著不知何以為詞時，右面又有人高聲喊道：「大帥伸冤！」接著也跪了下來。等馬新貽回頭來看時，那人突然從衣襟下取出一把雪亮的短刀，左手拉住馬新貽的手臂，右手往上一遞，刀已插入右胸。
「紮著了！」馬新貽大喊一聲，接著便倒在地上。
於是喻吉三和葉化龍等人，一擁上前抓住了刺客和告幫的那個山東人，同時將馬新貽抬回上房，找醫生來急救。
這樣一件大事，立刻傳遍全城，無不驚詫萬分。於是將軍魁玉、署理藩司孫衣言、臬司梅啟照，還有學政殷兆鏞，一起趕到督署，只見馬新貽奄奄一息，已無法說話，他的兩個已入中年的姨太太嚎啕大哭，跪在魁玉面前，口口聲聲：「請將軍替我家老爺伸冤！」
魁玉知道，話中是要請他緝拿指使的正凶。但是魁玉自己也在害怕，在他看裁撤的湘軍，個個都像是指使的正凶。這話不能說，說了保不定連他都會挨一刀。
因此，魁玉除了好言安慰以外，不敢說甚麼擔當的責任的話，只巴望能保得住馬新貽一條命。無奈刺中要害，群醫束手，延到第二天中午，終於嚥氣了。
這時，江寧知府孫雲錦和上元、江寧兩知縣會審兇手的供詞，亦已呈送到魁玉那裏。兇手名叫張文祥，河南汝陽人，做過洪軍李侍賢的裨將。供詞離奇不經，魁玉看了，只是不斷搖頭，連稱「荒唐」。
「出缺的原因，怎麼說？」魁玉問臬司梅啟照，「這麼荒唐的供詞，怎麼能出奏？」
「是！」梅啟照緊皺著眉說，「主使的人，其心凶毒，不但要馬制台的命，還要毀他的清譽。好在兇手還在審訊之中，只好先含糊其詞。」
於是以「行刺緣由，供詞閃爍」的措詞，飛章入奏，到京城那天是八月初二。
總督的權柄極重，威儀極盛，居然會在官兵校射的地方被刺，這件事不但令人驚駭，而且無不詫異。因此也沒有一個人不懷疑張文祥後面有主使的人，只是主使的人是誰，目的何在？卻只有極少數人能夠看出一個大概，這少數人中便有恭王在內。
慈禧太后正有喪母之痛，身體也不很好，但仍力疾視朝。恭王怕嚇著了兩宮太后，不敢多說被裁湘軍流落在兩江的種種不法情事，只在嚴訊兇手優恤馬新貽外，談到兩江總督懸缺，認為非曾國藩回任不可。
就不為鎮撫兩江的散兵游勇，曾國藩回任也是公私並顧的好安排。論公，曾國藩沒有把天津教案辦妥，只是他為此心力交瘁，大損清譽，朝廷既不忍責備，更不便把他調開，另外派人主持和議，現在有此順理成章的機會，是再好不過。論私，曾國藩回兩江，駕輕就熟，正好休養病體。所以兩宮太后同聲准奏。
於是直隸總督便落到李鴻章身上。這也是順理成章的事，一則他有「精兵」可拱衛京畿，再則他也是辦洋務的第一把好手，正好讓他接替曾國藩未能辦成的和局。
這一下便宜了李鴻章的長兄李瀚章。李鴻章奉旨帶兵援左宗棠西征，朝廷特命浙江巡撫李瀚章署理湖廣總督，替他「看守老家」，現在李鴻章調為直督，卻不便叫李瀚章回任，因為署理浙江巡撫楊昌浚，雖是曾國藩的小同鄉，卻是左宗棠的「嫡系」。浙江是左宗棠克復的，一直被視作他的「禁臠」，前後巡撫蔣益澧、楊昌浚都是左宗棠所力保，這兩個人的報答便是替他在浙江籌餉。陝甘軍務正吃緊之際，一動楊昌浚就會影響西征的「協餉」，既然楊昌浚不能動，李瀚章就不能回任，由署理而真除，則淮軍的「協餉」，亦仍可取給於湖廣，是件一舉兩得的事。
李家雙喜臨門，馬家則是禍不單行。張文祥除了信口侮蔑馬新貽以外，對於行刺的原因，是否有人指使，堅不吐實。地方官會審時，態度桀驁不馴，將軍魁玉親自審問時，他只說了一句：「我為天下除了一個通回亂的叛逆，有何不好？」馬新貽雖是回教家世，但從洪武初年由武昌遷居山東曹州府，到馬新貽已傳了十八代之久，是道道地地山東土著，與陝甘回民風馬牛不相及，可知張文祥話，完全誣蔑。
但問來問去，到底有句要緊話漏了出來！「養兵千日，用在一朝」，見得他是被買出來的兇手，而且早有密謀。就因為這一句話，署理藩司，曾受馬新貽知遇的孫衣言，堅持要求刑訊，但是臬司梅啟照和江寧府、上元縣、江寧縣三地方官都不敢。他們心裏都很清楚，有人巴望著能在這時滅張文祥口，一用刑說不定就會在獄裏動手腳，把欽命要犯報個「刑傷過重，瘐死獄中」，這個責任誰也擔不起。
張文祥本人只有離奇的片段供詞，但在江寧城內，卻有兩種首尾俱全，枝葉紛披的傳說：一種是說馬新貽與陝甘回亂有關；另一種是說他負義漁色，陷害患難之交。當然，後一個傳說更能聳動聽聞。
傳說中的馬新貽，在安徽合肥署理知縣時，曾經為捻軍所擒，擒獲他的就是張文祥。但張文祥久有反正之心，所以捉住了馬新貽，不但不向捻軍頭腦張洛行等人去報功，反而加意結納，為他引見了兩個好朋友，一個叫曹二虎，一個叫時金彪，四個人拜了把子，然後悄悄放馬新貽回去，跟撫台說妥當了，再來接他們投降。
事情非常順利，張、曹、時三個人都拉了部隊，投向官方。上頭委任馬新貽揀選降眾，編設兩營，因為馬新貽號轂山，所以稱為「山字營」，他的三個把兄弟都當了「哨官」。馬新貽就憑這兩營起家，一路扶搖直上，升到安徽藩司。
洪楊平定，大事裁軍，山字營遣散，張、曹、時三人都隨著馬新貽到藩司衙門去當差。據說，這時候的馬新貽，已有些看不起貧賤患難之交的意思了。
因此，曹二虎準備去接家眷時，張文祥就勸他一動不如一靜，但曹二虎不聽，把他的妻子從家鄉接了出來，住在藩司衙門裏。既來了，不能不謁見馬夫人，恰好馬新貽也到上房，一見曹二虎的妻子，驚為絕色，就此起意，勾搭上手，只是礙著本夫，不能暢所欲為。於是，馬新貽經常派曹二虎出差，而每一趟的差使，總有油水可撈，曹二虎樂此不疲，馬新貽亦得其所哉。
這樣不多日子，醜聞傳播得很快，張文祥不能不告訴曹二虎，他起先還不肯相信，暗中去打聽了一番，才知真有其事，便要殺他妻子。
張文祥勸他：「殺奸須雙，光是殺妻，律例上要償命，太犯不著。大丈夫何患無妻？你索性就把老婆送了他，也保全了交情。」
曹二虎想想也不錯，找了個機會，微露其意，誰知馬新貽勃然大怒，痛斥曹二虎侮蔑大僚。曹二虎回來告訴張文祥，張文祥知道他快要有殺身之禍了。
這樣過了些時候，曹二虎又奉命出差，這次是到安徽壽州去領軍火。張文祥防他此去有變，約了時金彪一起護送。途中安然無事，曹二虎還笑張文祥多疑，張文祥自己也是爽然若失。
於是第二天曹二虎到壽春鎮總兵轅門去投文辦事，正在等候謁見時，中軍官拿著令箭，帶著馬弁，來捉拿曹二虎，說他通匪。等一上了綁，總兵徐鷒戎裝出臨，不容曹二虎辯白，就告訴他說：「馬大人委你動身後，就有人告你通捻，預備領了軍火，接濟捻匪。已有公文下來，等你一到，立刻以軍法從事。你不必多說了。」
曹二虎被殺，張文祥大哭了一場。他跟時金彪表示，一定要為曹二虎報仇。時金彪面有難色，張文祥便指責他「不夠朋友」，願意獨任其事。於是收了曹二虎的屍體埋葬以後，張、時二人，就此分手。在這一段傳說中，唯一真實的是，時金彪確有其人，現在在山西當參將。
傳說中的張文祥，被描畫成史記《刺客列傳》中的人物。據說，他用精鋼打造了兩把匕首，用毒藥淬過，每天夜深人靜後，勤練刺擊的手勁，疊起四、五層牛皮，用匕首去刺，起先因為手腕太弱，貫穿無力，這樣兩年，練到五層牛皮，一刃洞穿。他這樣做的用意，是假定嚴冬有下手的機會，那怕馬新貽身著重裘，亦不難一刀就要了他的命。
自從練成這樣一番功夫，張文祥暗中跟蹤了馬新貽幾年。一次相遇於杭州的城隍山，因為巡撫的護從太多，無法下手，直到如今，始能如願。又有人說，馬新貽被刺時大喊一聲「紮著了！」其實是「找著了」，意思是說冤家路狹，終於被找到了。還有人說，馬新貽被刺，看清兇手是張文祥，說一聲：
「是你啊！」接著便吩咐左右：「不要難為他！」
這些傳說，繪聲繪影，言之鑿鑿，民間即令是腦筋很清楚的人，亦不能不相信。因為，不然就會發生這樣一個疑問：張文祥刺馬，到底是為了甚麼？同時官場中知道張文祥沒有甚麼詳細口供的人，卻又諱莫如深，頗有談虎色變之慨，因而越發助長了這些傳言的流播，不久連京城裏都知道了。
但替馬家不平的，也大有人在，只是有的膽小，不敢多事，有的與湘軍素有淵源，不便出頭。只有安徽巡撫英翰，身為旗人，不涉任何派系，由於跟馬新貽私交甚厚，因而上奏，在表揚賢勞以外，「請嚴詰主使之人，以遏詭謀。」京裏又有個給事中王書瑞，奏請「添派親信大臣，徹底根究」，摺子中「疆臣且人人自危」以及「其中或有牽掣窒礙之處，難以縷晰推詳」的話，意在言外，連慈禧太后都動了疑心。於是以五百里加緊的上諭，指派漕運總督張之萬，「馳赴江寧，會同魁玉，督飭司道各員，將該犯設法熬審，務將其中情節，確切研訊，奏明辦理」。此諭剛發，接著又發密旨，說「此事案情重大，斷不准存化大為小之心，希圖草率了事。」
張之萬是個狀元，也是個「磕頭蟲」，他的獨得之秘的強身之道，是每天臨睡以前，磕多少個頭，說是起拜跪伏，可以強筋活血。為人深通以柔克剛的黃老之學，所以也是個「不倒翁」，這時接到朝命，大起恐慌，如果遵旨根究到底，一定會成為馬新貽第二。果然，不久就接到了間接的警告，勸他不可多事，這一下，張之萬越發膽戰心驚，一直拖延著不肯到江寧。
無奈朝旨督催，魁玉又行文到清江浦，催「欽差」快去，張之萬只好準備動身，把漕標的精銳都調了來保護，數十號官船，在運河中連番南下，他自己一直躲在艙裏不露面。