養心殿地方太小，太后又不能出臨外朝，決定在乾清宮西暖閣集會。奉召的一共十九個人，區分為四個部分，第一是親貴，惇王和孚王。第二是重臣，官文、瑞常、朱鳳標、倭仁四相，以及恭王為首的軍機四大臣。第三是近臣，御前大臣醇王、景壽、伯彥訥謨詁，弘德殿行走的將相，翁同龢、桂清、廣壽。第四是掌管洋務的總理大臣，董恂、毛昶熙。除了孚王以外，其餘十八個人都在近午時分到了乾清宮，由惇王帶班，進殿行禮。軍機大臣和總理大臣跪在東邊，其餘的跪在西邊。
乾清宮是天子的正寢，在康熙以前，皇帝臨軒聽政，歲時受賀賜宴，以及日常召見臣工，都在這裏，是內廷中規制最宏偉的一座宮殿，廣九楹、深五楹，象徵「九五之尊」。中間三楹設寶座，楣間有塊順治御筆的匾：「正大光明」。自從康熙末年鬧出「奪嫡」糾紛以後，從雍正開始，廢除了立儲的制度，皇位的繼承，由皇帝御筆書名，錦盒密封，這個錦盒就藏在「宮中最高之處」的「正大光明」匾額後面。
左面三楹為東暖閣，原名「抑齋」，自從高宗因為得了絕世奇珍王羲之父子的三通帖，珍藏在此，所以又題名為「三希堂」，右面三楹就是西暖閣，題名「溫室」，高懸高宗御製的一篇「乾清宮銘」。其時正當全盛，高宗又享大年，所以銘中最後一段是這樣六句話：「五福敷錫，萬國咸寧，敢恃崇居，惴惴矜矜，益慎體乾，惟皇永清。」現在，兩宮太后及十五歲的皇帝，就是坐在這篇銘文之下，為了「一國不寧」，召見「惴惴矜矜」的親貴重臣。
分班行了禮，所有的太監都奉命退出殿外，這時慈禧太后才用低沉的聲音說道：「天津的教案，沒有想到鬧得這麼厲害！現在法國人蠻得很。曾國藩的摺子，想來你們都在軍機處看過了，要辦地方官，要拿殺洋人的百姓，這件事該怎麼辦？我們姊妹倆想不出主意，所以找大家來商量，有話，你們儘管說！」
這樣的場合，第一個說話的應該是惇王，他是早就預備好了的，片刻沉默以後，開始發言：「曾國藩不是不講理，不體恤下屬的人，他這個摺子，也是大不得已。不過民為邦本，民心一失則天下解體。所以這件事要慎重。」
這幾句話說了等於沒有說。在他肩下的醇王就不同了，一開口就顯得很激動，「民心宜順！」他大聲說道，「天津的地方官也沒有罪，張光藻跟劉傑，平時的官聲很不錯，他們當然不能偏袒教民，討洋人的好。事情鬧開來，全怪那個豐大業太野蠻，拿槍就打，這還成話嗎？如果說中國的使臣，在他們法國也是這樣子蠻不講理，槍擊職官，不也一樣要犯眾怒嗎？至於陳國瑞路過天津，說了幾句嘉許義民的話，正見得他忠勇性成。在法國看，他們有罪，在中國看，何罪之有？他們的罪，是總理衙門給安上的，咱們自己還在查辦，總理衙門倒先替天津的義民認了罪的。給法國公使的照會，說甚麼天津的『舉事者』，等於我『大清仇人』，這種措詞太失體了！還有人說，天津的百姓，無緣無故殺法國人，不過借此搶劫擄掠。誣責義民，於心何安？」
那段話是寶鋆說的，他不能不申辯：「啟奏兩位太后跟皇上，七爺的責備，奴才不能受！燒教堂的時候，有人大搶特搶，是有案可稽的。」
「趁火打劫，總是有的。」慈禧太后為他們排解，「這一層，現在不必再提了。」
「臣有申辯。」董恂接口高喊。
「好！你說吧！」慈禧太后告誡：「就事論事，別鬧意氣。」
「是！」董恂用含冤負屈的聲音答道：「臣等奉旨與洋人交涉，事事以宗社為重。洋人脾氣多很壞，臣等受氣也不是受了一天，局外人不諒，嬉笑怒罵的也很多，臣等總想著受辱負重四個字，能夠為朝廷『求全』，自己『委屈』一點兒，算不了甚麼。這一次教案，原是相激而成，如果地方官實心為國，知道現在還不是可以跟洋人開釁的時候，平日多加化導，就不致於教民相仇。老百姓也應該體諒國家，平長毛、滅捻匪，現在陝甘還在用兵，國力凋敝。明明惹不起洋人而偏要惹他，惹出這樣一個局面，不就等於跟大清為仇？」
董恂一口氣說下來，上了年紀，不免氣喘，所以得停一停，而醇王不容他往下再說，接口便駁：「說百姓與朝廷為仇，是斷斷不會有的事！這話在自己都不能說，何況說給洋人，形諸文字？試問，洋人誤信百姓與我大清為仇，不更以為朝廷孤立無援，越發得寸進尺，沒有個完結？求和反不得和，不但失體，而且失策！」
「原是說委屈求全。」董恂的再度辯解，就顯得有些軟弱了，「措詞當然要不同些。」
「怎麼個不同？」
看醇王咄咄逼人的神態，慈禧太后心想，倘或引出主戰的論調來，今日一會，便難收場了，得要想個辦法，先教大家死了不惜一戰的那條心，專就「撫局」上去研究，如何能夠議和而不太吃虧才是正辦。因此，她搖一搖手：「不必在這些細故上爭執。」接著，擺出不勝悲憤的神情說道：「道光、咸豐兩朝，咱們中國都吃了大虧，洋人是咱們的世仇，你們如果能想一條計策，把洋人滅掉，我們姊妹倆就死也甘心！」
這番話說得群臣動容，都覺得語氣嚴重，不敢輕易奏對。
慈禧太后細看西面那一班從領頭的惇王，到末尾的翁同龢的臉色，知道自己這兩句話把他們「鎮」住了，於是又用緩和的聲音說：「皇帝還沒有成年，諸事要從長計議，你們都是國家的重臣、近臣，休戚相關，跟外頭不一樣，總得要擱下成見，多替國家著想。」
醇王是主戰的一方，既無徹底滅洋人的長策，就不敢再多說。軍機和總理衙門，除了李鴻藻以外，是主和的一方，聽出慈禧太后暗中支持的意思，便不必再多說。彼此沉默之下，作為清議領袖的倭仁，就不能不發言了。
「臣愚昧，」他說，「張光藻、劉傑兩員，既然官聲甚好，不宜加罪。」
「是的，不宜加罪。」瑞常和朱鳳標同聲附和。
因為這三個人的位高望重，寶鋆等人不便說話，只有恭王起而相駁，但他病後虛弱，無力多言，只說得一句：「不依曾國藩所請，此案不能善了。」
於是又出現了僵持不下的沉默，翁同龢覺得這是個給自己講話的機會，便提高了聲音說道：「臣有愚見。曾國藩所請兩事，皆天下人心所繫，亦是國法是非所繫。請再申問曾國藩，洋人此後如無別項要求，尚可曲從，倘無把握，則宜從緩。似乎不必在倉促間定議。」
這是折中的論調，也合乎慈禧太后「從長計議」的指示。在主戰的一方，認為不得已而求其次，至少該這麼辦，而主和的一方，覺得以此作為讓步的表示，亦未始不可。只有一個董恂，聽得翁同龢的話，心裏就冒火。
董恂久為清議所指摘，而他亦對朝士抱著極深的反感，最使他痛恨的是替他安上一個「董太師」的外號，臣子擬於董卓，如在雍正、乾隆朝，憑這個外號，就可斷送一輩子的功名富貴。因此，他總認為那些以講學問務聲氣的名流，徒尚空言，不負責任，所發的議論，成事不足，敗事有餘，如眼前的翁同龢就是。曾國藩的摺子，或准或不准，可否之間只憑慈禧太后一句話就可裁決，反對的人雖多，但上有慈禧、下有恭王，仍可如願以償，不想翁同龢節外生枝，要搞亂了垂成之局，豈不可恨？
於是，他抬臉衝著翁同龢說道：「這時候天津不知道是甚麼局面？那裏容得你往來問答？」這句衝口而出的話，成了危言聳聽，兩宮太后首先就悚然心驚。董恂的意思中是表示，即在這廟堂籌議大計之時，也許大沽口的外國兵船，就已經在開炮了。戰端既然隨時可啟，往來問答，稽延時日，以致誤了大事。這一下原來以為翁同龢有道理的，便覺得他的話亦不免迂腐了。
於是慈安太后微喟著說：「有僧王在，他的馬隊，還可以把洋人擋一擋。現在，也還得要調一支兵進京保護才好。」
「是！」恭王答道，「臣等商議，預備再調駐張秋的銘軍九千人入京。等商議好了，請旨辦理。」
「李鴻章呢？」慈安太后又問，「他此刻在甚麼地方，這件案子，他怎麼個說法？」
「李鴻章此刻在潼關。他給臣寫信，也說『斷乎不可用兵』，只能跟洋人『一味軟磨』。」
惇王聽得這一說，算一算督撫中預備開仗的，只有一個丁寶楨，但「東軍」全靠一個總兵王心安，那兩三千人要拿曹州一帶的土匪，根本就不能調進京。看樣子已非得依從曾國藩的意思不可，那就只有在「討價還價」上打主意，因而接著恭王的話說：「曾國藩所請辦地方官、緝兇這兩件事，既不得不從，那麼，中國人迷拐孩子，也不能不嚴辦。」此又是董恂出的主意，認為嚴拿拐子，刺激洋人，應該從寬，所以惇王這麼說。
這一說勾起了醇王的牢騷，發了好大一篇議論，說素日無備，而臨事則以「無可如何」四字塞責，從咸豐十年以來，試問「所備何事」？這是指責當國十年的恭王。說到最後，他亦是「無可如何」，只好在文字上要求了，「此次綸音，如果仍有措詞失體之處，」他很起勁地說：「臣等仍當糾正。」
慈禧太后點點頭，看著恭王說道：「那種『大清仇人』甚麼的，是有點兒不像話！」
「是！」恭王病後體力不支，急於完事，便敷衍著醇王說：「軍機擬旨如有不妥之處，醇王等人儘管糾彈，臣等虛心接受。」
恭王這樣給面子，醇王不便再發牢騷，於是御前會議到此結束。時間太長，無不汗透重衣，上了年紀的倭仁等人，甚至因為跪得太久，站不起來，得要太監來攙扶。
雖然如此，卻還不能回家，都在朝房裏等著看軍機處所擬的旨稿，如有與廷議不符之處，像醇王所說的，「倘有措詞失體之處」，便可當時「糾正」。
軍機章京的筆下都快，但這天擬旨，要把群臣所發，面奉裁可的意見，都包括進去，而遣詞用字的多寡輕重，與發言者的名位又有關連，因此斟酌損益，費了三個鐘頭，才把兩道明發、兩道廷寄的稿子擬好，邀請大家去看。
兩道明發，是摘敘曾國藩的原摺，為洋人辯解「教民挖眼剖心、戕害生民之說，多屬虛妄」，以及譴責天津地方官辦事不力，革職查辦。兩道廷寄，一道分寄沿海各省督撫，嚴密戒備；一道專寄曾國藩，指示大計，自然最關緊要，所以大都爭著先看這一件，只見寫的是：
「曾國藩、崇厚查明天津滋事大概情形一摺；另片奏請將天津府縣革職治罪等語，已均照所請明降諭旨宣示矣。曾國藩等此次陳奏各節，固為消弭釁端，委屈求全起見；惟洋人詭譎性成，得步進步，若事事遂其所求，將來何所底止？是欲弭釁而仍不免啟釁也。該督等現給該使照會，於緝兇、修堂等事，均已力為應允，想該使自不至再生異詞。此後如洋人仍有要挾恫嚇之語，曾國藩務當力持正論，據理駁斥，庶可以折敵焰而張國維。至豫備不虞，尤為目前至急之務。曾國藩已委記名臬司丁壽昌署理天津道篆，其駐紮張秋之兵，自應調扎附近要隘，以壯聲威。李鴻章已於五月十六日馳抵潼關，所部郭松林等軍亦已先後抵陝，此時竄陝亂民，屢經官軍剿敗，其焰漸衰，若移緩就急，調赴畿疆，似較得力。著曾國藩斟酌情形，趕緊復奏，再降諭旨。日來辦理情形若何？能否迅就了結，並著隨時馳奏。總之和局固宜保全，民心尤不可失！曾國藩總當體察人情向背，全局通籌，使民心允服，始能中外相安。沿江沿海各督撫，本日已有寄諭令其嚴行戒備。陳國瑞當時是否在場？到津後即可質明虛實，已令神機營飭令該提督赴津聽候曾國藩查問矣。將此由五百里各密諭知之。欽此。」
這道廷寄，實際上照曾國藩及總理衙門的意思辦理，而表面上對主戰一方重視民心的議論，亦已完全採納，所以大家都沒有甚麼話說。
再看那兩道明發上諭，摘引曾國藩的原奏，文氣不順，近乎支離。翁同龢心裏在想，如果照此明發，一定會引起指摘，還得重新斟酌。但看看窗外日色，已經偏西，還要清稿，還要「請起」，面奉兩宮太后認可，時間侷促，決無再細作推敲的工夫，因而也就一忍了事。
等恭王入見，又費了三刻工夫，才算妥貼，廷寄即刻飛遞，明發由倭仁帶回內閣去處理。出宮時刻，已快下鑰，卻有一騎快馬，飛奔而來，天津的摺差，遞來崇厚的一個摺子，說是曾國藩病重，請另簡大臣赴津主持。