康熙二十二年癸亥六月十八日，琅与吴英、朱天贵等坐快哨，从虎井过桶盘屿、内外堑，遥观贼城各处炮台并贼船湾泊安所；未时回䑸。奈船多人众，咸忧无水；偶兵士上八罩，就沙中挖开见水，尝之味淡，遂挖开数窟，悉是淡水。猫屿等处亦然。众大称异，遂不乏水。十九早，北面黑云滚滚而起，且风亦微北，浪声渰动，众各怀疑。琅仰天兢曰：“皇天当怜沿海人民，受困已极。琅奉命进剿，切不可起暴，祐琅成功。”忽然雷震，众军大喜〈（语云：六月一雷止九台，七月九台从雷来”）〉。琅加额曰：“皇帝之威灵也。”琅又带罗士珍、张胜、何应元、刘沛、曾成等各坐赶绘船，从澎湖外汛，由内堑细察形势。邱辉、江胜见琅船在外飏驶，亦即浮碇起头帆。琅望见贼船摇动，立即转舵放炮，收诸船回䑸。
二十、二十一两日，琅再申军令：令各船将所配坐镇将营备以及随征千把等官姓名，大书帆上，以便遥观，知其进退。
二十二日，琅命令其六子世骠司随征都督陈蟒、魏明、副将郑元堂，同领赶绘、双帆艍船共五十只为一股、从东畔峙内直入鸡笼屿、四角山，为奇兵夹攻；又令七子世驿同随征总兵董义、康玉，外委守备洪天锡等，领赶绘、双帆艍船共计五十只为一股，从西畔内望直入牛心澳，作疑兵牵制。又将大鸟船五十六只分为八股，每股七只，各作三叠。琅自居中，以便调度，为一股；令四子世骥同黄勇、陆臣、杨林淳、程道明等为中股之末，作一股；同安总兵吴英领一股，居左；平阳总兵朱天贵，领一股，居右；金门总兵陈龙领一股，居次左；提标后营游击曾成同提标游击何应元，合领一股，为次左之右；铜山总兵陈昌同提标中营寥将罗士珍，合领一股，居次左之左；海坛总兵林贤领一股，居末右；厦门总兵杨嘉瑞领一股，居末左；其馀八十只，分为二大股，以为后援。直从娘妈宫前而进。国轩闻外堑山顶瞭望炮连发，立即掌号。各船齐起帆碇，发炮呐喊，从娘妈宫前而出迎战。互将斗头熕交打，飘飏攻击。朱天贵站在尾楼上高叫曰：“亲家：汝看我现任总兵；尔可弃邪归正！速来投诚”〈（天贵与戎旗一镇林应是儿女姻家；；应又与江胜、胜与邱辉，俱是婿门亲家，故天贵系四门亲家）〉。邱蝉应曰：“天岂容汝此等背义之人！”发令施炮直库将左边熕安好〈（直库乃船中施炮之名）〉，喝舵公转舵，顺势开打。天贵不防，被炮穿胁而死。林贤在末右之右，遥见天贵伤炮船溃，遂冲䑸入援。正逢刘国轩坐风之上，督邱辉、陈起明、江胜、蔡明、王隆、施廷、林应、张显、林德、庄起、廖义、陈政、萧武、洪邦柱、杨文炳、黄良骥、陈士勋等船，环围攻击；其火箭、药罐、矢石、炮火，好如星雨。贤督众环敌，力战逾时，左臂贯甲，连伤三节。将士死者伤者，悉无完肤。药罐、矢石、炮子三者咸尽，无奈将船中铁锅打碎，入炮以御。自分必死，正在酣战危急之际，欲取火掷药自焚，幸其中营游击许英、左营游击吴辉、右营游击江新同随征游击施应元、随征游击纪功厅、李廷彪〈（元字干长，别号统斋，泉之同安人；后官四川建昌总兵。彪，武举，晋江人；后官果北口总兵）〉远从外攻救，贤奋勇督击，内外夹攻。忽蔡明船被攻沈碎，而王隆船又被江新火罐掷过发火，诸船方溃散，国轩亦退。贤力合䑸追杀。贤斯役也，琅亲登其船视伤痕，并询其力战御敌情由。抚贤背曰：“今日得澎湖者，公其魁也！他日侯伯勋爵，琅当让之。”借其旋师未久即逝，赠太子少保，世袭。国轩见琅等今日战阵诸船各用命争先，复令刘明督其右镇尤俊龙、骅左镇任用、侍卫中镇黄德、右镇蔡智、骁翊协蔡添、领旗镇林亮、勇卫前镇曾遂、中提督总理陈国俊、右武卫随征二营梁麟、水师二镇前锋镇营李富、左营张钦、水师三镇右营许瑞、水师四镇右营林耀、折冲镇左镇左营陈勇、右提督后镇左营王受等战船、熕船、赶绘船、鸟船、双帆艍船，合䑸齐击。正遇在全吴英督一股舟师进，英令总领旗黄登、副领旗汤明〈（登，漳之漳浦人，官粤东提督、明亦漳浦人，字德侯，官至海坛总兵）〉在船头，己在尾楼督战力敌。明身中数箭，而英被鹿铳飞过右耳，为火气伤裂，负痛死敌。忽船旗被潮退搁浅，众咸慌焉。登等喝“无恐！”急拔㯧，连㯧数㯧，乘微风，船方逐浪移流。而邱蝉、江胜合诸船亦至，锋势愈锐。琅见，急挥罗士珍、曾成、何应元、陈昌等暨浯屿营游击王朝俊、闽安协副将蒋懋勋、海澄营副将林葵、烽火营游击王祚昌、江东协副将詹六奇、平海营游凿李全信、海澄城守左营游击卓策合陈龙、杨嘉瑞、铜山镇右营游击阮钦为、左营游击曾春龙、江东守备韩进忠、灌口营守备黄富、海坛中营守备李琦、提标中营千总林显达、提标左营千总胡泮、后营守备戴名芳、督标左营参将林宝、海坛镇中营游击许英、提标右营守备方劫、金门镇中营游击许应麟、金门镇右营守备林芳、督标左营署守备千总葛永芳、提标右营千总邓高、海坛标右营千总林正春、提标前营千总林鹏、千总蔡琦、凤园头游击陈义、随征加功守备李光琅、随征左都督何义、二等侍卫吴启爵、随征游击施世𫘧、随征外委守备陈玉路、随征副将黄昌、都司黄勇、外委守备施世𩧪、随征参将许光远、陈致远、随征游击方凤、外委守备施世骠、随征副将汤贵、随征参将郑云、外委守备施世忠、随征参将洪云、随征游击廖程、外委守备施世骧、随征副将林元应、外委守备施世辅、李云、随征参将郑英、金门镇左营游击曾荣、厦门镇右营游击陈兰、厦门镇左营游击朱朋等合攻，炮如雨下，烟焰蔽天，诸船各奋勇围击。忽同安城守右营游击赵邦试被江胜一炮，碎脑而死。胜亦被陈儒、廖程、朱明、林凤等环围，伤死者半。而陈阑、游观光、韩进忠、黄富合至奋击；胜见势危，难以脱遁，恐遭擒，将两边大炮齐发，登时沉没（懋勋，浙江人，官温州总兵。葵，漳之潭浦人，官至鹤庆总兵。泮，泉之惠安人，官浙江温州总兵。宝，漳之诏安人，官河北总兵。芳，江南人，官至粤东黄冈副将。爵，粤之湖州海洋人，六奇第四子，官天津总兵。𫘧，字逸园，泉之南安人，系琅第五子〈（一作琅侄）〉，陕西愉林总兵。玉路，漳州人。中浙江武进士，官湖广副将。勇，漳之诏安人，本性沈，官粤东顺德总兵。骠，字怡园，琅之第六子，官历闽粤提督。云，官潼关参将。程，漳之诏安人，字希南，官定海镇中营游击。明，兴化人，官南澳总兵。按凡水战，彼此望见，即发斗头熕。将近，或发左边炮；转舵，发尾送炮，再发右边炮；不敢两边齐发。如遇紧急，左右齐发，则船随即沉没矣）。其陈立、林顺、陈政、黄国助、何有德、庄用、施廷、薛衡、林德、张显、廖义、杨文炳、陈士勋、洪邦柱等船，我师果以五舶合围一只，或被火罐所烧、或被炮击沈，跳水自焚，不可胜计。惟邱辉一船，往来接应，挥炮乱击，其势雄猛，而江新、陈儒、曾成、陈义、施世骠、黄勇、许英、李光琅等合攻。儒搭钩钩住辉船，辉一刀砍断开去；其左足被观光炮打断，尚抖擞精神，船中跳舞，督其左右抛掷火罐、火桶、火箭、矢石以御，负痛死战。迨见势迫，遂自抛火于官舱，药桶齐发，焚死。国轩率曾瑞、黄德、尤俊、林亮、吴福、吴逊、陈陞、陈国俊、梁麟、李富、林钦、林耀、陈勇、王受诸船，横攻直击，往来死拼。然琅有令在先，遇贼船一只，即会数只合政，又连打沈曾瑞、黄德、吴逊、吴福、王受等船。而陈姘、郑元堂、康玉诸船从东西畔咸进，琅复催齐进。轩见诸军丧没七八，欲乘势冲出遁去。我师船只如叶，塞满各港，即插翅难飞；惟吼门一港无船堵截。轩合黄良骥、洪邦柱、林应、尤俊、林亮等残败船只，顺流而退，终为死地。乃谓舵公杨福曰：“急走吼门！”福曰：“吼门礁线甚多，从无船只敢过。”轩情急，免胄跪于战棚上祷曰：“国轩今日奉命守御澎湖，师败不得脱，欲从吼门而出。果天命有在。国轩寿数当终，船过，立碍礁线，登时沉没！如有后福“乞皇天假我潮水，俾轩得以东归！”祝毕，喝舵公从吼门出。福见追兵将近，势在危急，随勒舵向吼门行，果水涨风顺无碍。黄良骥、林应等残败船只馀船䑸，悉尾后遁台湾。琅望而奇之，令陈蟒率快哨追擒。蟒港路不熟，赶弗及，遂率众回师。时日将西，鸣金收军，打旗招降。并拨小哨，沿海捞救跳水未死之贼。其守娘妈宫炮城者，乃将军果毅中镇杨德、游兵镇陈明、中提督前镇黄球、右先锋镇领兵李锡、游兵镇前营薛勇、中军施辰、前锋镇黄茂、游兵镇左营刘斌、提督后镇领兵徐其昌等，以孤岛无援，遂各卸甲投戈，出海请降。琅望见，即令杉板差官持令箭上山，招降薙发，并造报花名册呈缴。又差官坐快哨，各持令箭，分抚诸岛。其守外堑果毅后镇吴禄、右镇林韬、中军严泽、亲随营阮恢、管理大炮冲锋营林武、中提督右镇右营蔡穆等暨守内堑侍卫后镇颜悯祥、果毅右镇左营林新、游兵镇中营周烈、管理大炮冲锋营吴陞、守四角山璧宿镇杨章、桶盘屿果毅中镇领兵曾胜以及守风柜尾果毅后镇左营林和、内峙果毅后镇领兵洪陞、铁线尾征营徐秋、将军澳果毅左镇右营邱肤等，各竖降旗。独有守把西屿头戎旗二镇吴潜，遥望众师已败，欲率神威营林好、管理大炮冲锋营李德等下救，又苦无舟楫；惟督诸炮手发炮乱打，虚作声势而已。及见国轩退从吼门遁去，满港悉系施琅船只，叹曰：“若听江胜、邱辉之言，亦不致有今日！”时林好劝曰：“事既如此，莫非天意？”潜曰：“余不恨事之不济，恨大丈夫不能死于疆场耳！”好曰：“诸岛悉降，此处难守，速当为计！”潜曰：“大丈夫既不能为国驱驰，岂可偷生苟活！”遂拔剑自刎。好率其众降。
于是，三十六岛咸归顺焉。琅大悦，悉令薙发。造报伪镇将，共一百六十五人，赏以袍帽；伪兵四千爪百五十三名，给以银米。出示安民；即飞报澎湖大捷于督抚。
琅缮疏露布，遣吴启爵赍驰进京。正值八月十五日，上大悦，遂解所御之衣赐琅。又御书于卷一轴曰：“海氛不靖，艨艟出没，波涛震惊。滨海居民，鱼、盐、蚕织、耕获之利，咸失其业，朕心恒悯侧焉！迩者，滇、黔、庞、蜀、湖、湘、百粤，悉底敉宁；蕞尔台湾，险阻负固。尔施琅衔命但征，决策进取。楼船所指，将士一心。遂克岛门，逼其营窟。勇以夺其气，诚以致其归。捷书到阙，时值中秋；对此佳辰，欣闻凯奏。念瀛堧赤子，获登衽席，用纾南顾之忧、惟尔丕绩！即解是日所御之衣驰赐，再褒以诗曰：岛屿全军入，沧溟一战收！降帆来蜃市，露布彻龙楼。上将能宣力，奇功本代谋！伏波名共美，南北尽安流！”此谕即交吴启爵赍回以赐，另赐吴启爵御衣。又授琅为靖海将军，晋封靖海侯，世袭罔替〈（余曾于甲子冬，欲观新辟之地，浮海过台湾。舟次澎湖，登共地，偶成一律曰：烟霞荡漾渔人处，已作霸图保障关。退守聚成雄海国，进窥衅隙动华山。百千万士咸芬壮，三十六峰险亦闲。南顾将军诚有赖，德流教化逮荒蛮！）〉
六月二十二日，刘国轩等幸脱出吼门，又苦风微不顺，二十三晚力到台〈（一作至二十四日午刻到台湾）〉。见郑克塽。冯锡范、陈绳武、洪磊等，陈其丧败情由。台湾兵民闻知，各怀戒心，市井风鹤。锡范即驰令守鹿耳门镇将：严加谨防！又谕禁：不许兵民越出村落！大会文武，相议战守之策。建威中镇黄良骥曰：“今日澎湖失守，台湾势危，不如将大小战船暨洋船配载眷口兵士，从此山边直下，取吕宋为基业。”提督中镇洪邦柱挺身向前曰：“建威中镇所言取吕宋者，诚当！桂与良骥愿领为先锋。”塽犹豫未决。锡范曰：“以全师取吕宋亦易事；但不知人民土地如何？”中书舍人郑德潇曰：“议取吕宋以避锋锐，此策甚妙！有地图在此。”并陈可取事宜，略曰：“吕宋者，南海之外国也；横亘数千里，当中国丙离之位。山川绮丽，中包巨湖。四序温燠，盛夏南风发则微凉。田禾四时皆可种，亦产木棉。其水土和甘，人民白哲，百姓繁生，不亚中国。从闽、广舟行七十二更，顺南北风来往，仅七日程耳。前代不载王会图，至万历三年，国王遣其臣隔老察朝贺，上嘉纳之。闽、广人数贸易其地，云山有金，亦未曾见；惟有大小银钱，亦佛郎机酋从其祖家千系腊载以来用也〈（按佛郎机，在西南，干系腊在东北。其用大小银钱：最小者四分半，次者九分，又大者一钱八分；三钱六分者，名曰中钱；七钱二分男，名曰大钱。以中钱为一个钱用，不论大小轻重）〉。其人猫眼鹰准，拳发赤须，诸国中之最桀黠者。四海行贾，不至则已；至则图谋人国。吕宋亦为其阴谋并夺焉〈（按佛郎机入互市得璃，遂奉黄金为吕宋王寿，向王乞地得一牛皮大。王许之。佛郎机酋阴截牛皮细条，相连圈围，已逾百丈。王有难色，但业许之。佛郎机酋立将其地筑城，城内置楼台、城上列大炮以自固。后杀王兄弟，并其众）〉。用巴礼僧天主教，称天曰‘寥氏’，用其术鼓煽四方，名为化人。日本国曾受其害，至今国人深恶绝之。漳、泉逐利之夫多往焉。城外仍庐舍置市，名曰‘墹’。贪色辈亦娶妻置产，虽生子，不许读中国书。禁铁器，无深闺高阁。三、五载，借事杀唐人，名曰‘洗街’目恐其大盛生事也。平时殴詈，不敢回手；杀伤，从无抵偿？诸岛番，惟吕宋待我中国人最无礼。先王在日〈（指成功也）〉，每欲征之，以雪我中国人之恨，因开创无暇。至世藩，业已兴师，因接耿藩之变，遂移兵过厦。细查吕宋，其兵众不过千有馀人；所恃者，城上数门大熕而已。然佛郎机之得国，非有信义，守国又无材武，徙藉巴礼僧。广设礼拜寺，七日一会。男女自赴，燃烛罗拜，凡七日内所行事及阴私必告；不告，则瞒寥氏，罪在不赦。告之，则为忏悔，名曰‘解罪’。初入其教，诱以银钱；既坠其术，惑以登天。人死其地者，有子则请巴礼僧当面开数财产，半入廖氏；无子，则尽没入礼拜寺。耕植虽不征赋税，而每丁月有票例。是凭无稽之梵呗，罔愚蠢之生灵，役使如牛乌，斩芟又如蓬蒿。窃据兹上，已百四十馀年矣。漳、泉入积骸其地者，何啻数十万；羁魂厉魄，痛恨何极！夫积怨者，神人所共愤；而丛货者，兴盛所取贺也。吕宋初无重宝，故不炫于外国。自千系腊舶银至，而后贸贩富饶甲于诸国。今之积于公班、巴礼者数十百万，是皆昔所诱惑贪愚，死而括藏之物。天下安有久积而不散，虐侮而不复之理乎？又安知非天之𫔎其藏，以待兴王之探取也哉？观天运，自北而南，渐启文明之象。稽古圣威武四方、有截海外之权，欲建非常之功，当与非常之人谋之。昔司马错、张仪争论秦惠王前，张仪欲攻韩、司马错欲伐蜀，谓：‘富国，务广其地；强兵，务富其民；王者，务崇其民德。三者备，而王随之矣’。原夫秦之所以雄诸侯，由司马错之计得也。愚谓：今日时势有似于此，故以议取吕宋为上策。”锡范阅其图及其条陈，大悦曰：“公何留心之细且详也！”即启克塽，令郑明同黄良骥、洪邦柱、姚玉等价前队为先锋；其馀船只分配眷口，陆绩待行。
何祐守淡水，接二十二日失澎湖之报，密遣其子何士隆从淡水港坐船往澎湖军前，纳款献台。不俟克塽令，悉彻所统师回。其林亮、董腾、蔡添等，亦密与侦者通谋；请琅远攻台湾，愿为内应。