康熙二十二年癸亥〈（附称永历三十七年）〉正月，黄朝用见国轩、锡范等犹豫，无意投诚，连日辞回。刘国轩启克塽：“和议大事，当遣能员入省报命！”洪磊举天兴知州林良瑞。材堪为使。塽加瑞总兵，改名林珩，同黄学、黄朝用往福州见启圣；国轩嘱珩密探船只虚实。珩二十五日舟次辽罗，令快哨入厦报施琅，欲进见；琅却之。二月初一日，黄朝用等舶，泊惠安县獭窟澳，驰报启圣，圣令黄朝用同林珩等驰驿。初八日，到福州见启圣。圣与喇哈达、金𬭎礼待珩。会疏题报外，另知会施琅：遵剿抚之旨，以抚为善策。琅覆以“奉旨专征，抚不敢主。如果有真诚向化，当必遵制削发。”启圣等亦未能决，惟暂留林珩于贡院。十三日，刘国轩辞克塽，仍到澎湖调度防御。但启圣欲抚而琅欲剿，两议未合。启圣遂送黄粤、林珩二人回台。
四月十六日，澎湖狂风暴雨，涛涌翻天。次日，波息浪恬，一鱼长二丈馀，四足，身上鳞甲金色，边有火焰夺目，从海登陆。兵民见而异之。国轩率诸镇暨澎湖安抚司陈谟等，各烧献冥宝纸钱，金鼓送之下水。越三日，乘夜登山，死于百姓林英之厨下。天明，报国轩，轩令瘗之〈（成功踞金厦，震动滨海。有间黄蘗寺隐元禅师曰：“成功是何星宿投胎？”元曰：“东海长鲸也。”再问：“何时得灭？”元曰：“归东即逝。”辛丑，成功攻台，红毛望见一人峨冠博带，骑鲸鱼从鹿耳门游漾而入。后功诸船果从是港进。癸卯年四月间，功末病时，有副将杨明梦成功冠带骑鲸鱼，由鲲身之东出于外海。觉而大异，与人述之。不数日，而成功卒。正符隐元‘归东即逝’之言。按隐元住黄蘗寺，德行精修。曾遣其百座报师过日本国。至港口，舟覆而死。越岁，元往。将至港口，梦首座领众来迎。次日，风浪大作，群鱼千万。船众咸恐栗，共请于元。元曰：“毋虑！”令侍者出纸笔书‘免朝’二字于水仙门外焚之。顷而风息鱼散。元居日本，国中人奉如活佛）〉。
五月，施琅以平海甘泉之涌，台湾可收之兆，是天之将亡郑氏，宜乘机进剿，不可违时。遂密题疏曰：“为海逆形势将灭，不可少宽，自解贼危事。窃惟臣奉命专征，调集舟师，俟机进发，总期必灭此贼而后已。兹正月十六日，准督臣姚启圣送到会题疏稿‘为选将挑舶，安顿上风等事’，内开；‘选其善识水性，勇往敢战，挑赶绘船六十只，占踞上风湾泊。出其不意，直鼓奋击，俾其惊疑莫定；则洋贩无资、糗粮不给，一、二年间剿抚皆宜……”等因到臣。臣闻之，不解其意。督臣凡所有会同章疏，未尝移稿议定，先已列名入告，然后知会，故臣不得不沥陈缘由。照台湾逆孽情形，臣筹度之甚悉。自去年出海，至十一月杪，各官兵船只方得齐集平海卫澳；取给粮饷，仅领至十二月止。惟官兵渡海应得俸饷，必须预备随带。臣在平海，舟师时驾，出洋操演。若风可进，即直取澎湖；若风未便，则仍获收回。故于十二月二十三日出洋，忽转东南风，乃止。二十七日开骂至青水墘，风轻又转东南顺风，再收平海。虽未及直抵，使官兵屡涉汪洋之中，冲风颠浪，愈练惯熟，贼闻知亦自惊惶不暇。盖大䑸之船，必藉风势顺利，自可直捣贼境，始克成功。若风势未顺，零星不齐、何能协力扑剿？兹于正月初七日据臣署左营中军守备黄复谦报称：‘初二夜有原伪将刘秉忠等，在澎湖挈眷八十二名口，驾双帆船一只，前来厦门投诚’……等情。据此，随于正月十二日准同安镇臣吴英咨送刘秉忠等到，臣询问，据供：‘去年五月间，刘国轩知我师往铜山，东南风进发，甚是惊慌莫措。后侦知撤回归汛，刘国轩乃放心自回台湾料理要口，将大小战艘百号、贼众七千馀名，交镇将林陞、陈谅等，现在澎湖扼守。贼中人人思危，多有离叛之心’。口供在案。臣于本月随将刘柬忠、洪贵二名，转送督、抚二臣查讯去后；今督臣疏称：‘贼欲改炮船为洋贩，聚众耕种；请挑赶绘船六十只南北湾泊，一、二年间自然困疲，剿抚皆宜’。臣不解督臣如此主持不定，似非善策。臣今日水师齐集，在海操演，以制贼众，譬若人焉：有扼其吭，气将垂绝；一为稍松，则其气舒而复起。矧以六十船之南北湾泊，北风，平海可湾；南风，则将军澳、林景屿岂可湾泊之处乎？臣之操演，所以俟机俟风进发。又屡奉温旨：‘进剿海逆，关系重大’。臣所统官兵二万有奇，大小战船二百馀号，责任甚重。大䑸舟师，渡海宜慎，不得不筹出万全，岂敢轻举妄动？又水师在海操演，皆出本分，行坐均各给粮，船兵又无额外添设之费。总以贼一日未灭，则臣一白未敢偷安。且此贼伎俩，臣熟筹深算。力任剿灭，矢志不移，宁敢有片语虚饰于君父之前？而督臣止欲仗赶绘船六十只可为困毙贼势，诚恐一、二年后复张声势，其费力尤甚。臣素知海逆始终虚实：初时犹然疥癣；皆因彼时当道泛忽姑息，不亟政治，养成痈疽溃坏，负抗四十馀载，荼毒数省，致烦圣虑，屡动大兵征讨，縻饷不计。今若再一宽纵，又蹈前辙！故臣惟俟风信之便顺，必无不破之理；断不复遗此贼，以广宸衷。缘系密题海逆形势事理，贴黄难尽，伏乞皇上全览乾断，敕即议覆施行！为此具奏，谨密题讲后！”
刘国轩安设澎湖各岛停当，药讲将商议战守之策。林陞、江胜、邱辉、吴潜等皆愿竭力死守，第患粮饷不足耳。轩遂公同启克塽，塽下六官会议。锡范曰：“有土便有财……再匀派百姓车税、毛丁等类。”国轩闻之，即飞启云：“当今百凡皆出民间，五谷不登，米价腾贵，百姓困有极矣。若再为搜括，恐人心摇动，则外侮立至。须出内帑或捐助，庶可万全！”启上，克塽示锡范。范曰：“兵原以卫民，民自应养兵。今内帑空虚，百僚萧条，不取之民，将何所出？”郑聪亦以范之言为是。克塽不能主决，拱手唯唯而已。上淡水运车李沧献策，取金裕国，安抚司林云为之转启。克塽令锡范问沧取金情由，沧曰：“从上淡水坐番邦小船蚊甲、〈（蚊甲，香小船名）〉向东而行，行至方浪、石湾，转北而南，溯溪直进，此水路也，可取金沙。陆路当从卑南觅社而入，内有强梁土番拦阻，须整师列队，护而前行力呵。”范允其议，启塽。塽令监纪陈福、宣毅前镇叶明统所部，护卫入番取金。明等至卑南觅社，见土番刺身箍肚，硬弓操枪，扼险以守，不得前进。即驱其士魁绕别路，到力踞社，连杀数番，亦不肯指其出金之处，无奈引还。郑聪与智、明等牙爪颜临、李郡、李静等横为肆虐，道路侧目。礼官都吏林数地见百姓不堪，上启，有曰：“颜临力能回天，道路侧目！李郡奸能惑主，睚眦必报！李静财足通神，犯之必死！……”等语。克塽批与锡范审报。虽诸公子关情，而惩儆颇各敛迹，百姓梢安。
五月十一、十二两夜，台湾有大星四、五个从西北坠下，又有无数小星随之。二十八日大雨倾盆，至六月初六日方晴。山川崩裂，谿涧冲陷，田园悉为沙压。万年州獭口地方突有水牛一双，冒雨奔下海，漾过三鲲身登陆，由安平镇过海；又从柴桥头再跳下海，向大港出而死。
姚启圣与施琅各执剿抚。万正色陈‘三不可行’，佐启圣当抚；同启圣合疏有云：“一口、十年生聚，十年教养；况于数十年之积寇乎？二日、汪洋万顷之隔，波涛不测之险。三日、彼船只坚牢。水务精熟。……”之语。琅见主抚者众，遂密陈可取疏曰：“为海逆有日蹙之势、航船有可破之机，密陈情形，仰祈睿鉴事。窃准臣奉命征讨台湾，于康熙二十年十月初六日抵任以来，一面整顿船兵，相机捣巢；并遣心腹三、四人，渐次密往台湾、澎湖贼中，通达臣之旧部在彼现为镇营管兵，令其就申谋叛取事。自去年亦有通信数次，俟大兵临境之时，方敢内乱倒戈迎降。至今年正月初三日，有伪副将刘秉忠等坐双帆艍船一只，带眷八十三口，在澎湖前来投诚。正月二十二日，伪总理李瑞等夺民船一双，带兵二十一名，亦自澎湖前来投诚。三月十一日，有伪兵许福等十四名驾小船一只，自台湾猴树港前来投诚；带有臣前所差之人，要紧潜通，内有叛乱相应消息。并称：“彼处米贵，每担价银五、六两；七社土番倡反。形势甚蹙，人人思危。”此乃天心厌乱明矣。臣前差之人，尚在台湾谋结党类，以待内 应。其许福等，臣只移明督、抚前来投诚之辞，不敢直言，恐泄事机。将人现收军中养活。又三月十六日有伪民许六、吴阿三等夺渔船一只，在澎湖带眷一十九口，前来投诚。四月初三日，有海贼郑才等一十八名，于四月初一日从淡水港夺破柴船一只，前来投诚。是此贼中今日之形势：灭在旦夕。虽刘国轩复差伪官黄学、林珩再来言抚，致书一封，求见于臣；臣劫之不见，令其自赴督臣辕门主议。以幺麽海贼，非可视为敌国；哦以彼为输诚，彼直以我为和议，徒亵国体。借此妄称祇安贼心。臣惟祇遵奉命，捣剿灭逆为念；议抚之事，臣不敢预。及今臣在水陆官兵中挑选二万有奇，操练有日，可称精熟，足以破贼；攻澎湖宜水兵。波台湾则当用陆兵也。但粮最宜预备给足，以鼓士气。乘夏至南风当令，当即进发捣剿。盖北风刚硬，骤发骤息靡常，难以逆料；南风柔和，波浪颇恬，故用南风破贼，健为稳当。臣大䑸舟师航海，责任綦重，自当相机度势，期出万全，以仰慰皇上宵肝之怀。臣每自思：维膺军旅之任者，必虚张贼之声势，乃表见己之大功；臣愚性戆直，荷皇上面谕谆谆，从不敢一字妆饰，自干欺诳。缘系密陈海逆可破之机，其中所有来禀，关系机密，只略陈其概。贴黄难尽，伏乞崖上睿鉴全览，留中勿发；恐剿抚之议不相入，或有漏泄以害成也。为此其本，谨密题达！”
六月，施琅将大队舟师齐集铜山，咨请姚咨圣至，共商给发粮饷及犒赏银两。十一日，琅大会各镇、协，营、守备、千、把随征诸官，将‘先锋银锭’排列，传令：“征剿澎湖，谁敢为先锋者，领取！以便首先冲䑸破敌。”遍示诸将，未有出应。独提漂署右营游击蓝理挺身出领‘先锋银锭’，琅允许。十三日，祭江。十四日辰时，琅统诸船从铜山出师东征，于是晚即放洋。
刘国轩虽各岛筑台提防；每与诸将谕“六月风波不测，施琅是惯热海务者，岂敢故犯突然兴师乎？不过虚张声势，如甲辰年出船，复请旨宽限做官而已。”忽十五日辰时，八罩巡哨船了见背水墘一派帆船如叶，顺风直向澎湖来；想系施琅舟师，随飞报国轩。轩骇然，忙差领兵吴略持令箭与右先锋镇陈谅，著其严督陆路诸将谨守。遍传守狮屿头戎旗一镇吴潜、守风柜尾平北将军果毅中镇杨德、守鸡笼山槌兵镇陈明同中提督前镇黄球、守四角山果毅后镇吴禄同侍卫后镇颜国祥、分守内堑璧宿镇杨章同右先锋镇领兵李锡、分守外堑右虎卫领兵江高、侍卫殚忠营王鲑、守东峙后提督中镇张显、守牛心湾前锋镇黄显等，各移大炮大熕罗列海岸，横截攻打，勿使彼得湾泊寄碇。又传集水师总提调右武卫林陞，督征北将军会瑞、定北将军王顺、左虎卫江胜、援剿后镇陈起明、宣毅左镇邱辉、护卫左镇黄联、后劲镇刘明、折卫左镇林顺、斗宿镇施廷、中提督中镇洪邦柱、中提督右镇尤俊、中提督后镇杨文炳、中提督前镇陈旭、中提督左镇李廷桂、水师一镇萧武、水师二镇陈政、水师三镇薛衡、水师四镇黄国柱等诸镇营，督驾大熕船、鸟船、赶绘船，环泊娘妈宫前口子并内外堑、东西峙各要口守候。邱辉向前请曰：“乘彼船初到，安澳未定，兵心尚摇，辉愿领熕船十只，同左虎江胜前去冲杀。”建威中镇黄良骥曰：“宜毅左镇邱辉此论，正合兵法‘先发制人，半渡而击’也。”国轩曰：“炮台处处谨守，彼何处湾泊？当此六月时候，一旦风起，则彼何所容身？此乃以逸待劳，不战而可收功也。诸公勿虑！”辉等快快而退。
琅统侍卫吴启爵、吴英、朱天赀、林贤、杨嘉瑞、陈昌、陈龙等各镇营船只，至申时方到澎湖地方。即令快哨前去探望，回报：“各岛悉有船只把守，炮台相望；惟猫屿、花屿、八罩、水垵澳贼船无几。”琅发令：“天色将晚，所有船只分䑸，暂寄猫屿、花屿诸澳！”
水师二镇前锋营李富同防守猫屿中提督中镇左营王显、守水垵澳左虎衙领旗协杨武，见琅大队舟师将至，寡众不敌，随将船驾回娘妈宫，报国轩。轩知琅船到。邱辉复挺身请曰：“俟今晚潮落，冲䑸攻击，自然溃散。不可使彼窥探形势！”轩笑曰：“公堪称勇将，竭力报国！但我自有成算。施琅徒有虚名耳！今当此日日飏报之期，敢统舟师越海征战？”遂即发令驰告：各守把要口提防！如夜半风起，则彼无噍类矣。
次早十六日，琅督舟师齐到澎湖。国轩坐快哨如飞，于娘妈宫前澳内，督诸镇迎敌。林陞、江胜、邱辉、曾瑞、王顺、陈起明、杨文炳等，将熕船、战船、赶绘船排列攻打。我舟师镇营各欲争先，互相冲撞，不得前。会潮落，风不顺，邱烨、江胜首争追击，遂少却而退。适琅船被流挽下，兼遇顶风，林陞率前锋镇姚朝玉、智武镇陈侃、戎旗五镇陈时雨与林顺、施廷、洪邦柱等船，结大队合攻琅。琅正在尾楼上督兵御敌，伴儅冯苓见战船鹿铳直指琅，急呼曰：“大老爷！”琅回顾，苓已穿胸膛死矣。忽流炮过，馀焰烧着琅右面，跌倒，子世骥、世骠、世驿、族叔芳、弟朝勋、侄世忠、世骧等大惊。琅曰：“无虞！火气耳。”强起指挥。提标署右营游击蓝理望见琅船受困，将自坐战船逐浪冲䑸，高叫曰：“将军勿忧！蓝理在此。”遂发斗头熕，攻穿陈侃船一只，登时沉没；又发左边横炮一门，攻中提督前锋营陈陞船，坏裂半边；理入䑸督众，挥掷火罐，陈时雨船发火，咸赴水死，故诸船稍退，琅令船众击橹略进。风微起，正转帆行，亦发右边横炮，攻中侍卫右协蔡智船，折头桅，方与理合䑸攻打，打坏姚朝玉船一只。林陞不肯退，挥诸船与理死战。理正酣战，为流炮馀焰所伤，掩身甲烧透及腹，跌倒，肉裂见肠。共裨将等忙舍战救理，理摇手曰：“不妨！”令其仲弟瑶：“督战速进！莫因我一人而误大事！”众急取药敷腹，裂旗幅紧裹。理起整甲奋呼曰：“今日诸君不可怯战；誓与贼无生还！”战愈酣，升身连中三箭，终不退。金门镇千总游观光乘风赶到，发一炮，贼众死伤甚多；忽左腿被理炮所伤，遂倒。船方散开，琅乘势赶入。适江胜、邱辉督熕船复合，琅与理、观光等引师还，退出外洋。
国轩望见琅舟师已退，而江胜、邱辉挥船尾道，恐其贪敌，遂鸣金，打招旗。二人闻收金。亦即转船，仍回娘妈宫前口子下碇。各坐杉板，见国轩曰：“正欲乘势追赶，何本督鸣金之速也？”轩曰：“彼船只众多，我恐汝二人贪敌，倘有别队舟师乘虚而入，岂不欲巧反拙，是以收金。”辉又曰：“乘彼战北，军心必虚，辉与左虎今夜督熕船十只，直抵猫屿、花屿、八罩攻打。料彼必不自安，决然逃回。”轩曰：“今日已挫其锐气，不必追赶。但谨守门户，以逸待劳！彼船许多，所寄泊垵屿，悉无遮拦之澳，咸是石浅礁线，早晚风起；定不战而自溃。”辉曰：“兵法有云：‘半渡可击，立营未定可击，乘虚可击。’今敌人患此三忌，而不乘势赶杀，若早晚无风，合万人一心而死战，将奈何？”轩曰：“子多虑焉。俗云：‘六月三十日有三十六飏。”今日乃十六、明日十七，十八、九就是观音飓、沈蒸笼飓，安有无风之理？暂且养精蓄锐，扼捡守隘，以观其败。”随拨蔡明船，载右武卫林陞回台调理炮伤，兼报大捷。辉、胜等虽不敢违令，但怏怏而退。
琅到洋中，闻国轩鸣金、收船归䑸，叹曰：“何狡狯若是！正欲赚散其船，出奇兵以旁边冲入，直捣其穴。岂期其收军也！”会潮落流急，琅问陈昂曰：“安得收䑸？”对曰：“俟晚潮转，便可。”至旁晚，昂请曰：“可传令收䑸矣！”琅发炮，将大队舟师，收寄西屿头，各照䑸暂泊浮碇，不许卸甲，弓上弦、炮入子。另驰令著配坐一号先锋大熕船金门镇左营千总游观光守把中路要口〈（光字用宾，漳浦人。以克澎、台功，官粤东虎门头副将）〉；海坛镇中营游击许英，配坐三号大熕船，守把左路要口；同安营右哨千总林凤，配坐三号大熕船，守把右路要口〈（凤字岐山，南靖人。以克澎、群功，官北直蔚州参将）〉，以防刘国轩夜间乘潮冲出。
十七日，琅号令全䑸，仍收八罩、水垵澳诸屿，方传诸镇协营将千备随征等官到中军船议事。吴启爵、吴英、林贤、朱天贵、杨嘉瑞、陈昌、陈龙、何义、陈蟒、林实、詹六奇等齐到，琅曰：“贼船无几，尔等俱不协力向前，互相观望，延至潮落，使彼纵志攻击。若非蓝理，本军门岂不危哉？”令笔帖式常在，将钦颁功罪格填明：赏蓝理银二千两、游观光银一千两，馀照有功、有伤者，轻重分赏；拨船载蓝埋等并带伤回厦调理。次将詹六奇、方却、许应麟、葛永芳、方永、刘管、蔡斌等官一十二员，捆缚请王令，以临阵退缩，斩首示众！吴启爵等七人向琅请曰：“昨日之怯，亦由我们船只丛杂，各欲争先，以致互相冲撞，使贼得以肆志用炮攻打，非诸将故违军令。今在用人之际，求宽其罪，令彼等立功！”琅曰：“赏罚乃朝廷法令，本军门安敢自私？”英等复恳之曰：“赏罚固出自朝廷，而行法者实我公也。公苟宽恩，使彼立功，自必奋勇鼓励，以一当百”；各为恳请。琅见诸总镇殷殷求保，即曰：“姑看诸镇情面，暂且记过。倘仍前观望，两罪俱发，决不有恕！”英等拜谢，琅令释其缚。诸将叩首起，琅复面谕用命，苟不竭力，悔之莫及！吴英献策曰：“国轩所恃者，不过数只熕船而已。我们船只，可分开列阵，不必齐进，当用五梅花破之。”琅曰：“何谓五梅花？”英曰：“彼船少、我舟多，以五船结一队，攻彼一只。其不结队者，为游兵；或为奇兵、或为援兵，悉远驾观望，相机而应。则无成䑸冲撞之患，又可以各尽其能，奋勇破敌。”琅大悦曰：“据公妙论，破之必矣！先以三垒浪而进，变以五梅花！”诸镇将得令，遂各回船候期出征。