康熙十七年戊午〈（附称永历三十二年）〉正月二十二日，陆路提督段应举接知‘贼犯沿海’报，提师出巡。至日湖，遇贼将水师四镇陈陞，挥骑与战。冲突不数合，升大溃，死者不计。二十三日，应举又督骑步至东石，攻败贼将前虎卫林陞，方同军泉州。
二十五日，刘国轩连接陈陞、林陞之报：为提督所败。轩启经曰：“前者两次和议不成，必会师合攻。迩时东石、日湖二处连败，岂可坐待？宜速进兵入漳，以观其变。”经允请，调林陞、陈陞等回兵。以国轩为正总督，吴淑副之，令统兵进取。轩启曰：“古为将者，出师在外，必有闽外之寄，君命有所不受。倘若如前掣肘，则轩亦不敢拜命矣”〈（轩此言，指锡范、经武二人在内专权）〉。经遂表请上方剑与轩，得专征伐；自副将以下，听其处决。轩拜受，择日祭江出师。
时总督郎廷相、海澄公管水师提督黄芳世、副都统胡兔俱按兵驻漳，总兵黄蓝驻海澄。星罗棋布：防把玉洲、三叉河、福浒、陈洲、马洲及弯腰树。璧湖、石码、石尾、江东桥等处。二月初九日未刻，国轩辞经登舟。初十日，与吴淑等督快哨、八桨，扬帆泊海澄之海门，金鼓喧天，炮声不绝。黄蓝闻报，意其将来犯城，加意巡防。是夜五鼓，轩乘潮，督船进攻玉洲。守将海澄左营游击刘宗邦，见兵势强盛，不敢战，遂降。十二日，轩令吴淑徇三叉河、福浒皆陷，分遣屯札。十八日，轩又乘潮涨顺风，扬帆进寇江东。至，即断桥，亲率登岸。守将吕韬、王重标等出敌，国轩挥战，标等溃退五里许。忽副将朱志麟、总兵赵得寿同统兵至，标等又合兵转战。国轩抖擞精神，将士倍勇，首先冲杀。得寿等遁去，轩尾追至万松关。关上姚仪望见，率骑兵数百飞驰下援〈（姚仪，启圣子，有膂力，武艺娴熟。从启圣出征，屡著功。后以恩荫，除山西太原知府。陛见，改为狼山总兵，转擢銮仪卫正堂）〉，得寿、重标等又复合战。轩遥见骑兵奔涌下关，即令“后军急退，过坡埋伏，俟吾接战佯败，引彼周岭后冲杀。”轩遂督众向前迎敌。箭如雨点，轩且战且退。仪以为真败，挥骑驰赶。不期过岭，一军从左冲出、一军从右冲出，喊杀合攻，仪仓皇大溃。轩追至关下，鸣金收军，回踞江东；取讨民夫，声言欲抢关，进攻漳州。
关上侦知，飞报郎廷相。相添兵防守。二十三夜，轩乘潮将涨，率其众下八桨。三更，至石码。衔枚登岸，倚梯喊杀，缘城而上。守将海澄镇右营游击刘筏与朱洛、杨朝宗等，不及衣甲，随为所获。天明，国轩竖栅开壕，以窥海澄；江东桥烧断，漳、泉隔绝。副都统孟安从潮来援，国轩督兵出战。未几合，安挥骑冲突。轩虞其败，发令曰：“当速前进！如退缩者，斩！”其领兵苏爵迟延回顾，似欲退意。轩立斩爵，诸将股栗，贾勇杀进。安遂溃，奔入城。轩收寻回营，大赏将士。
提督段应举闻报，立调马步，自泉援漳。亲王接郎廷相文，即令宁海将军喇哈达率满骑，从福州来。轩侦知，遂撤江东守将，让喇哈达大队入漳。又平南将军赖塔接郎廷相移文，即领骑兵从潮州而来。轩计各处援兵咸至，随整备八桨快哨，挑选健勇，乘潮扬帆，直入江东，攻打营寨。忽随潮退，进取海澄；忽又以潮涨，突入镇内，鼓噪往漳，似欲攻城状；忽又银潮落，旋泊镇门之东，上岸欲去抢关。倏水倏陆，而满汉官兵疲于应敌。
又白头贼蔡寅亦乘间率其伙卢世英、纪朝佐、郑不越、吴金龙、王鼎、欧九等，焚掠长泰、天保地方。海澄公黄芳世接总督咨，随领本标步往天保，剿捕蔡寅。三月初一早，卢世英、郑不越恃有妖术符验，率众前迎。芳世挥骑兵冲突，不越等遂败；纪朝佐出援，又为步旅截击，亦溃。寅见二处俱败，踉跄奔窜，死千馀人。芳世进至长泰界，方收兵。
初二日。国轩督诸将驾八桨乘潮。从赤岭港登岸，列阵于赤岭埔。哈达、耿精忠。赖塔、郎廷相、段应举悉领满汉骑步，云集整队相对。贼将前虎卫林陞，奋勇夺先冲出。与满汉骑步鏖战。自辰至午，未分胜负。国轩密约吴淑，从左右进兵合击。骑兵咸溃，伤失甚多。轩遂屯营于东岳。
郎廷相以赤岭之役，国轩树栅屯营于双桥一带地方，逼城仅数里，旗帜耀日，金鼓喧天，其势强盛，心甚悒快。随接黄芳世天保杀土贼蔡寅捷报，即驰请芳世回师护戊。世接收，随即班师。会赖塔、喇哈达、廷相等商议战守。廷曰：“城池为重，当督兵防。”哈达曰：“不可，满汉骑兵悉屯城内，恐贼势猖獗，一旦为其月困，将奈何？公系闽人，地理谙熟、音语相通，宜在外屯札。不但可作声援，且可著人四处侦探，乘机破贼。”廷相是之。芳世将本标骑步出札水头山弯腰厨，御堵石码，芳世至，环营山顶。前标游击吕孝德曰：“岂可全师悉札山上？宜分其半于山下作犄角，防贼冲突。”芳世曰：“临高御下，势如摧枯。”执而不听〈（孝德平和人）〉。廷相又遣一旅屯札镇门，设立炮台，遏贼船之往来。国轩不知水头山是何将领兵屯札，即遣细作一漳打听。次日，回报：“系海澄公。”国轩喜曰：“吾计成矣！”遂附吴淑耳与议，大笑而起。
十一日黎明，国轩发令，悉焚所有营寨，跄踉撤兵，各下快哨、八桨。芳世于山顶望见，以轩为真遁也；顷之，潮涨有八、九分，国轩令齐扬帆，芳世以为将待潮而出也。瞬倏乘风直抵水头汕澄岸，国轩挥军，徒岭逼战。芳世初不以为意，而不预防。一见蜂拥鹜至，遂错愕慌张。正欲督兵出御，又报“贼将陈昌、陈福等驾八桨抄其后。”芳世首尾受敌，障乱四溃，弃辎重营栅而遁。国轩尾后追赶，芳世驰忙，忽马朱足；幸左右扶，急换马，奔入漳，几乎遭擒。轩方收军，踞水头山；所获辎重马匹，分赏将士，大犒诸军。何祐、林陞、江胜、陈昌、陈福等称贺，并请问其烧毁营寨之故。国轩曰：“初虞安营者别将。及探报乃是海澄公，吾谅渠素不知兵，其可取也必矣。故与后提督计议：尽焚营栅者，安其心也，使彼欢喜而懈惰；直抵逼战者，破其胆也，使彼不及于防备；令陈昌、陈福驾八桨抑其后者，乱其阵也，使彼兵心无斗志。此兵法之所谓“不厌诈而声东击西”也。诸将拜服。
十二日，国轩报捷。郑经以国轩江东之役，一日三捷；赤岭挥军。连胜数阵；今又用骄兵计夺水头山而捷弯腰树，敌人破胆，屡有战功。擢为中提督，仍总督诸军，得专征伐。差礼官郑斌赍印谕，入石码与国轩。轩拜受，厚待斌。具启称谢，择日开印。
段应举因江东桥烧断，贼势猖獗，自泉州提师入援。恐海寇从中堵截，海澄粮 为其所绝，与喇哈达、郎廷相相议：亲统军列营于祖山头，接应海澄来往。忽黄芳世水头山被夺，应举愈加提防。
十八日，国轩开中提督印，旗帜新鲜，照耀夺目；炮声金钦，轰哄如雷。各将拜贺，络绎不绝。轩视事毕，即令诸镇营：“速回，整甲为备。吾将踱营地，诱敌出战。各宜奋勇，不可疏忽！”诸将得令，急趋回。国轩号炮遂响，自率骁卒出，从祖山头而进。应举意其将来攻己，随督兵下山迎战。正遇贼将卢仁，应举挥军，箭如飞煌。仁抵敌不住，沈诚、陈起明二镇齐出接御，又败下。适何祐率众至，接战；未数合，亦稍劫退。应举见连胜三阵，督骑兵追杀。不虞吴淑、江胜两军绕祖山之背，抢夺营盘。国轩遥见祖山头应举营盘被淑、胜所夺，即催众合攻，飞马追赶。应举见贼兵上山劫营，亦即返救。江胜率所部众从山上杀下，绕其后喊杀。故应举三面受敌，军乱，自相践踏，死伤甚多。其漳路业被陈昌、陈福、林应等把踞，不得进，遂奔海澄。国轩挥众，追至普贤栅。会日暮，鸣金收军，回踞祖山头，以逼海澄。
十九日，国轩大赏将士；责卢仁、陈起明、沈诚三将退缩不前，革职，戴罪立功。
应举于是日入海澄，副都统穆黑林、孟安与希佛、马虎、总兵黄蓝等共议战守。蓝曰：“灯火寨乃海澄咽喉，宜出兵踞寨，不但可作犄角之势，且可接应漳州援师。倘为贼夺估，则海澄危困矣。”应举曰：“守城为要，何必出据灯火寨？”蓝曰：“城小兵多，且无蓄积，况水路已断；若一旦围困，粮饷不足，将奈可？”应举曰：“方今将军、总督云集漳郡，自当来援。内外夹攻，徒必走矣。何虑此辈一时之猖獗？”固执不听。
刘国轩欲逼海澄，恐满；汉合师救援。令昴宿镇张雄同牛宿镇曾伟，带所部入攻平和。又令副将黄瑞鏖统众攻漳平，以分其势。雄、伟至平和，守将与知县闻报，弃城遁。雄踞某城，分伟出小溪。其黄瑞鏖亦攻陷漳平。
因而各县羽毛告急，廷相调拨，应接不暇。但海澄城小而坚，半山半水，为漳州门户。原设水师提督镇守；迨因施琅同周全斌攻澎湖遇风打回，召琅、全斌入京，裁易总兵，烧毁船只。丁已秋，黄芳世保黄蓝补其缺。前国轩犯江东桥，郎廷相恐其来攻海澄，遣其中军副将朱应麟同马虎带兵协防。至国轩破石码、踞水头山，愈恐海澄有失，再拨副都统穆黑林、孟安、希佛等往守。及段应举祖山头战北奔入，共计满汉兵督提三标暨诸镇营骑步，计有四万馀众。应举令知县祝文郁造册，报城内居民。郁计点百姓胥役：仅有八十三家。应辜欲将此八十三家逐出土城；祝文郁曰：“设城、设兵，原以卫民。苟无百姓，欲城何用？提督若欲逐此数伙百姓出居土城，须给牌照付郁为执。”举闻言方止〈（土城，县城之东，另筑一城”名曰土城，原设水师提督衙门在此）〉。应举又虑兵众粮少，令文郁挨查有蓄积米粟者，报出以充兵食。郁曰：“当此扰攘之际，数伙残黎，自食无力！安有馀栗？”郁虑兵丁暮夜强搜民家，署内立高台，望夜间何处喊叫，即率役驰卫，百姓得安。国轩以海澄贼坚，急猝难攻，度其人众粮少，必能冲出。虽围半月，尚虚西门一道通堑山、龙井，听其自遁。后见应学筑炮台、修壕珊，是欲待援而无去意，方遣林陞守三叉河，林应、江胜守水头山、镇门。其馀诸镇连营扼守围困。
亲王以海澄屡战不利，令郎廷相单骑入京，以署福建布政使司姚启圣为总督〈（启圣，号忧庵，浙江绍兴府人。中北直隶解元，除广东香山知县。缘事革职，永不叙用。甲寅，三藩倡乱，康亲王奉命平闽。启圣投亲王军前，愿捐资募兵，同其子仪从征。亲王加以‘随征道衔’。屡献奇谋于浙之温、处，亲王甚器重；至入闽，亲王以粮饷为军需要务，非贤能筹画者任之不可，故委启圣署布政司事。迨往潮州说刘进忠投诚，亲王愈爱重之。知有方略，任以总督）〉，又令巡抚杨熙致仕，以署按察司吴兴祚为巡抚。飞题，俱奉旨依议〈（兴祚亦绍兴府人。降任江南无锡知县。捐资募兵，从征恢复。亲王军前，事无大小，咸委托焉。入闽，任以刑名。西海氛肆虐，故以祚为巡抚）〉。亲王以段应举被围日久、黄芳世吓伤未痊，乏人料理军务；因查江南提旧杨捷，原在闽省曾任漳浦总兵，历著战功，题调入闽平寇。启圣在漳，催趱粮饷，应济军需；忽接亲王令谕，委署总督，随择日上任。即广张告示，以海逆蔓延，压有年所，漳泉何地何族，无与之为党者？岂可以一人而株连无辜？亟行禁除，以后不许挟怨，指称与海上镇营族戚以及瓜葛陷害。又搜罗人材，凡技勇迈众、并前从逆者，能弃邪归正，悉委以参、游、都、守，任管内标统兵；或就地御侮，或随行征剿。推心置腹，不似郎廷相之怀疑闽人而不敢用焉。是以政令宽宏，百姓赖安。又计兵马繁多，诚恐粮饷一时未至，兵食维艰；题请设𬬻铸钱，裕饷便民。
四月，国轩见应举不肯弃城遁去，遂督其众重镇复垒，结营扼险，断其出入，屡率众攻城，悉被东北八角楼上大炮所击。二十八夜，轩密遣健将林龙潜入城内，将八角楼大炮二门名‘八面威风’者打坏。次早，报应举。举堑放炮五人，搜擒奸细，四门戒严。
五月初五日未时，轩率诸将用火攻，攻夺溶洲码花园栅？应举于土城上督黄蓝、马虎等兵救援；御至三更，被轩所砍。初六日，轩将儒山、合浦、通亘新渡堑山四旁浚渠，与海潮通，故应举、黄蓝等欲逼战破围，不能展其技勇。而喇哈达、启圣屡欲进援，无路可通。满、汉骑兵步卒，惟齐集于笔架山上，连幕洪礁、鳖浦、北峙数十里，相守而已。
初八日，国轩传集诸将会议曰：“敌兵屯于笔架山上，山南有小寨，悬崖如挂灯，俗名为‘灯火寨’。寨下大溪，顺流可达海澄。若不守据，恐为彼所镇，即可援也。但此咫尺敌师营垒，谁敢前去踞守？”诸将默然。副总督吴淑奋然而应曰：“淑愿提兵往据。”轩起谢曰：“当此冲要重险，公肯亲履，吾何虑焉？”淑于是夜令军士各携一铁锄，衔枚进寨。平明，栅垒沟壕完备。赖塔、韩大任、曾养性、江元勋等，望见骇然。初十日酉时，塔令养性率连环炮于山上垂下，绝力攻打，以为无遗类；岂知淑令众各穴地藏身，无一伤者。十一黎明，韩大任等领骑兵下山，合击夺寨；淑率穴中众出栅御战。大任方讶其众尚存，战未几合，即抽兵回。
淑见大任退师，亦不追赶，仍收其众入寨严守。立差心腹李宏基飞报刘国轩曰：“终夜攻打，炮声不绝，今旦黎明即督兵抢寨；此是处蓬计，恐其意不在灯火寨。本督宜迅饬各营堡防备！”轩是之，随遣人转传各镇营。既而赖塔、韩大任、曾养性、江元勋等，率满汉骑兵数万，飞驰齐攻岳庙、祖山头。贼将张凤率众接战十馀合。凤被大任所杀，众溃，大任乘势夺其营垒。塔再进兵，林彪接战，亦退，并弃寨栅。大任等复合塔师，齐攻林陞营盘。升不出战，据营死拒。国轩遥见连失二营，林陞被困，亲率骁勇；飞马来战，未分胜负。忽江胜领其众绕道从中冲杀，将赖塔，韩大任截为两断。林陞方开栅，合轩、胜攻击。塔遂失利，伤损甚多。自是海澄不可救矣。
段应举屡闻战声，欲提兵出救夹攻，其奈沟渠重重，马陷环埔而中止。后阗然不见外援，城内乏粮，人心皇皇。且刘国轩以是日大胜，势愈炽；而围愈紧。二十一日；违张应时赍白米一斗、西瓜二个、生烟四包、酒一罐，入海澄说应举。举于西门楼见之，问应时“欲何为？”应时曰：“时奉主命。以将军之孤城重围，援师屡败。兵多粮少，岂能久守？况我藩主仁爱，凡北将如马信、郝文兴等归顺者，悉推心置腹而重用。故特来劝降，毋自苦焉！”应举笑曰：“汝覆汝主：食君禄、守君土，分所宜然。是头可断，而心不可易也。”收生烟四包，馀物劫还，挥应时出。举谓穆黑林等曰：“此非馈遗，是来探粮饷之有无也。”守益坚〈（东旭曰：任尔仪；秦再世，难说巡远真心；不让前贤住哲，独占盛世于今。将军此头可断，赤心许国无移。宁甘煮皮掘鼠，岂肯剪辫降旗）〉。应时出，覆曰：“提督惟有死而已，无降意”国轩曰：“城内兵民粮食如何？”应时曰：“在西门楼上见提督，未曾入城，兵民不知；但观左右皆菜色。”轩曰：“满、汉兵马许多，谅食亦将尽矣。”即令应时特奉令箭并谕，到各营传示：“不许透漏粮食暨一应蔬菜！如有犯者，察出，该当一体同罪！”加意巡防，而城愈困。
二十四日，署海澄镇左营游击汪明请其镇主文相公、汪定公密议献城。定公佯许之；归语黄蓝，蓝即转告应举。举收汪明并其弟辰、子集，斩育示众。与士卒同甘苦；竭力守御。奈援师无期，粮米已匮，杀战马而罗雀掘鼠，继浸皮煮纸。强者食弱，饿莩遍户。
六月初十日，轩率众环城攻击。众力不支，轩排闼从菜港而入。计受困八十三日，提督段应举知势莫敌，与副都统伯穆黑林谋自缢。行至关帝庙前，举曰：“庙里去。”黑林曰：“帝君在上，不便。”遂同上西门楼。举曰：“守此城，死此城，宜矣！”与黑林相向而缢。希佛闻城陷，发火自焚。海澄总兵黄蓝？不知所之；有传其死于乱军者，有传其溺于水者。孟安、马虎、魏赫、田香五、朱应麟。赖陞、杨壮猷、冯有魁咸投降；惟知县视文郁，称病不出。轩报捷，并请示下〈（后人有诗赞应举、黑林曰：“轻生节操自应难，疋练投梁万古寒！愧杀事仇甘北面，潇潇夜雨冷江干”；又赞希佛诗曰：“火坑聊借藏吾身，岂似朝秦暮楚人？于此令名垂不朽，纲常万古可进新”！）〉经得捷，令户官杨英载米驰入海澄，煮粥赈饥。惟孟安、马虎、田香五、魏赫、朱应麟等降，授衔给札，并配眷口；其骑兵将士二千馀人，载过台湾，分配屯田。并勒知县祝文郁照旧供职；郁赂轩左右暨医者，报病实重，方准其在家调养，寻而从官船逃回。国轩入城，安民毕，寻应举、黑林尸于西门楼，著人解下，面不改容。轩嗟叹异之，备棺厚殓；并希佛骸骨设位，猪羊仪礼祭奠。差人护送应举灵柩至漳州，交喇哈达、姚启圣。圣与哈达重赏其使，遣之归。启圣见海澄已破，会哈达将笔架山各处兵马抽回，保守漳郡。
十六日，经令銮仪陈庆抵海澄，监斩赖陞、杨壮猷、冯有魁三人示众〈（陞与壮猷，系海澄公标。有魁，原漳浦镇中营。今虽为提标仁营；甲寅从海，曾为木武镇。赖陞于丙辰年曾从海，为后冲镇。经以此辈反复，故杀之）〉。
黄芳世得病死。启圣收其敕印。亲王以海澄公原是郑经仇人，今若承袭，不可令其驻漳。题诗移驻汀州。后奉旨；依议。即以黄芳泰袭海澄公爵，削去五标，移其家于汀州居住。