顺治十四年丁西〈（附永历十一年）〉正月，成功督舟师北上，住三都。
二月，令总制张英、后提督万礼统诸镇攻温州金乡卫。守将翟永寿降，收其粮食而回。
三月，拨万礼、韩英、洪善、扬朝栋等轮守闽安罗星塔寨栅。成功舟师至镇下澳，遇雨，回厦门，定国公郑鸿逵卒于金门。成功乘丧，恐其有变，戒严防备。
四月，成功因地方频得频失，终无了局，何时得望中兴，询诸参军。吏官潘庚锺曰：“边地虽得，亦不足以号召天下豪杰。昔太祖起义濠州，若不得俞通海、廖永忠等水军，安能夺彩石而得金陵，以成一统之基？以锺管见：漳、泉沿边，数载争战，民亦苦极。不如将数百号战舰，直从瓜镇而入，遇取江南。南宗一得，彼闽、粤、浙、楚以及黔、蜀之豪杰志士，悉响应矣。”甘辉曰：“江、浙地广，非数十万之师不可。倘大队前进，而贝勒侦知，会合水师出攻两岛〈（金门、厦门）〉，岂不危乎？不如就退，窥其衅隙攻取，进可战、退可守。”庚锺曰：“公所言，眼前常见，非长久计也。今若不取，是自老其师。倘一旦会天下之兵以窥我，两岛岂能独全乎？所以未暇全师及此者，尚有滇，黔、粤西孙可望、李定国等牵制。刻下藩主统貔貅之众，入据长江，截其粮道，则江南半壁悉为我有。彼自顾不暇，奚暇攻找两岛哉？”工官冯澄世曰：“潘参军之论，正是舍末而就本。若今日坐老其师，不取江南，清朝之志未必便忘两岛，亦理势使然也。”甘辉坚执以为不可，恐邯郸学步，反失其旧。参军陈永华曰：“倘徒在闽争野争城而望中兴，此亦甚难。今日潘、冯二参军持论师从江南，号召天下，其见甚高。盖取江南而两岛自安。若偷安岁月，一旦合攻，虽使诸葛复生，亦难措手矣。”成功曰：“吾亦有心久矣。正武俟所言‘势不两立’，清朝其肯每饭忘我耶？当先遣人从间道抵粤西请旨，令孙可望、李定国集滇、黔、粤、楚之师出洞庭而会江南，以分其势。俾天下英雄跂足相从。”庚锺曰：“藩主所见最明。但恐粤西孙、李不睦，稽延而未得进。可差能员请旨，并说孙、李忠君爱国之心，忘私愤而伸大义，分道出师，立功者王。才可摇动，庶得万全。”成功曰：“比论最是。但苦无人可为使耳！”永华曰：“杨廷世极有口才，差往决能成事。”功允华请，即修表并书，遣杨廷世同刘九皋泛海，从龙门问道往粤西。
四月，令水师后镇施举同李顺往浙江，招抚松门一带渔船为乡导，以便进取长江。
五月，察言司常寿宁启郑泰私盗洋船银一万两。成功著六官会议，查常寿宁失实，以其离间左右亲信之人，罪当死覆。成功念其起义，一家四十馀口被杀，姑以老耄误事，休致之，施举至定海关遭风，收入港口，遇水师力战而死。
时有台湾通事何斌者，因侵用揆一王银二十馀万，恐王清算，谋之小通事郭平。平曰：“不过多开条目而已耳。”斌曰：“银至二十万，亦非多开可以了当。”平曰：“不然，将奈何？”斌曰：“语云：‘三年水朝东，三年水流西’，所以有桑田变沧海之语。我想鹿耳门一带沈坏夹板，屈曲之处，乃系深港，其赤嵌郡边虽沙泥污浅，宁无冲崩滩激，流水更变？汝可密驾小船，作钓鱼状，顺鹿耳门至赤嵌城边，打探水道。尚如前浅污，或亦有变更移易，回来再作商量。”平即寻小船，蓑衣斗竺，鱼饵钓竿，顺流荡漾，至潮涨，又顺流而入，暗将竹篙打探，果于污泥中冲流一条港路，自赤嵌城直入鹿耳门，水深有四尺馀。归来，密报何斌。斌大喜曰：“果有是事，此乃天助我也。尔淇秘之”〈（东旭评曰：非关沧海变，多是地将灵。若不假诸辈，何由入典型！）〉
七月，成功以洪旭、陈辉督水师诸镇防守金、厦。自领大队舟师北上。初十日，至兴化黄石，令甘辉驻札涵江、征催粮米。十三日，出屯狼崎，坐快哨巡视，闽安令黄霆把守。霆曰：“闽安道近内地，恐一旦有虞，援之不及，诸军危矣。”成功曰：“尔且暂守，当看人代汝。”功回狼崎，拨护卫前镇陈斌、神器镇卢谦、右提督右镇余程等守闽安罗星塔，代黄霆从征。
八月十二日，成功至海门登岸逼政黄岩县。守将王戎率兵与战，战败议降。知县刘登龙〈（辽东人，监生）〉劝戎坚守，戎执献成功。功嘉其节，令人说之，不从。乘守者睡，投江而死。功怜之，葬其尸于江滨。十八日，进围台州。马信单骑招降。总兵李泌同知府齐维蕃、临海知县黎岳詹献域降。
九月，天台、太平诸邑降，海门卫坚拒不纳。功遣万礼攻之，不得下。功亲到察阅地势，见城坚险，遂按兵，令监督宗继宁入城劝谕。守将张捷从继宁出见成功，功优待之。乞禁骚扰。前所刘崇闻捷献城，亦遣人投降。
永春县林永伪称起义勤王，聚众数万馀，陷永春县。总督李率泰征各标兵将平之，乘胜议攻闽安。密遣标下投诚总兵张蕴玉、随征副将刘陞耀带兵三千，驾船潜渡长乐港，过罗星塔，截其归路，方进兵合攻。贼将余程战死，闽安复失〈（蕴玉，字云路，湖广武冈州人。业儒，有澄清志。时流寇猖横，率众卫乡，奋勇截杀，寇戒莫犯。后隶安国公刘承胤麾下，屡有战功，授总兵官。投诚，随征福建。性极聪明，凡经水程，便记忆礁线浅深。后平金门、铜山之功，官至粤东澳门副总兵）〉。
陈斌等死守罗星塔待援，总兵施琅遣人招赋。斌率卢谦等薙发投诚全师至福州。泰令大厅按册内花名领赏，五人一队，从东辕门入，由西辕门出，即收其器械，枭首千有馀人。斩讫，方收赋与谦等，并杀之。但时呼传甚急，有出玩赌博、患病者，倩人代之，尚活有数十馀颗。成功接陈斌请援文，恐闽安有失，两岛虽保，遂弃台州南下。至狼崎，报斌已投诚，随拨陈尧策守狼崎，御闽安水师。功回厦门。
杨廷世、刘九皋赍表至粤西。时值起冷孟銋为兵部左侍郎〈（孟銋后为贵州巡抚。永历十二年四月，备御安隆，马进忠引兵入贵阳，冯收礼弃平越，大兵云至，孟銋为叛兵所执献功，谕薙发，骂不绝口而死）〉，王应龙为司空。永历忽接成功本称：“欲躬督舟师从瓜州，镇江而入，直取金陵。请命李定国、孙可望等领兵，由楚泛洞庭，会合恢复，以迎圣驾。”永历随宣杨廷世、刘九皋入见。问成功兵船钱粮。二人对以“舳舻千艘，战将数百员，雄兵二十馀万。粮饷虽就地设取，尚有吕宋、日本、暹罗、咬𠺕吧、东京、咬趾等国洋船可以充继。”永历大喜，下廷臣会议。冷孟銋奏曰：“成功执大义，不肯从父授诚；远隔海滨，岁岁贡问不绝。今有大志，欲亲统舟师入镇江。直取金陵，与陛下恢复中兴，实有桓文尊周之义。宜加封晋秩，以鼓豪杰响应之心。”永历又问：“成功部下，所隶何爵？”皋奏曰：“悉系先朝侯伯。”永历又问：“尚有宗亲否？”皋曰：“有监国鲁王、宁靖王、泸溪王、巴东王、益王世子、周世孙……宗戚甚多。”永历又问：“待诸宗亲、侯、伯之礼如何？”皋曰：“凡诸主宗亲，成功以先帝所封宗人府府王之礼相见，月送棒禄。诸难臣逃归者，悉以先辈敬之。或授以参军，预谋军政。其侯伯来归者，有兵者，听其提调。执法无私。待人不贰，不让唐之汾阳也。”永历顾冷孟銋曰：“所属部伍，尚有侯伯，卿当酌议加封何衔？”銋曰：“太祖祖训，外臣无封王例，故徐达以死后追赠王爵。今在扰攘之际，理应从权，不可徒守以经。如李定国不过以战胜定南王孔有德之功，遂封西宁王爵。成功系先帝赐姓，其与祖制无违，亦应封王，以便统表而收人心。”永历曰：“卿所奏甚合时宜，当议王号。”孟銋曰：“当以廷平一府封之。俟江南有功日，再进封‘一字亲王’，方见次第。”永历依议，著礼部铸‘延平王印’，并册一道。另著杨廷世、刘九皋举成功部下将官有功者奏闻，以使加爵。廷世即举左提督王秀奇、右提督马信、中提督甘辉、前提督黄廷、后提督万礼、五军都督陈辉、兵官洪旭、户官郑泰等；永历遂寺王秀奇为‘祥符伯’，马信为‘建威伯’、甘辉为‘崇明伯’、黄廷为‘永安伯’、万礼为‘建安伯’、陈辉为‘忠靖伯’、洪旭为‘忠振伯’、郑泰加少傅；其馀侯伯印数十颗，以锡有功。另以六部郎中各一员，随师纪录。赐上方剑，便宜行事。又自书手诏，令其速进师江南，伸大义于天下；号召英雄，勤王迎驾。遣漳平伯周金汤、太监刘国柱赍印册，同杨廷世、刘九皋从广西间道，由粤东龙门航海来厦。
十月二十八日，成功统舟师南下。十一月朔日，到南澳。忠勇侯陈霸曰：“欲攻惠、潮，须防苏利、许龙。不如先取鸥汀，此寨粮足，当先取之。”左戎旗林胜愿为先锋，功允之。令黄廷为帅，又分拨诸镇入揭阳、潮阳、澄海，以分其势；功遂回厦门。时值冬旱，壕寨悉干。廷令造木牌遮身，以铁锹掘寨脚，堆积火药地雷。火发，寨崩十有馀丈。林胜督众乘势冲入；因恨其屡次率船截劫，屠戮殆尽，活者仅存百有馀人而已。
‘二月，周金汤、刘国柱、杨廷世、刘九皋等到厦门。成功率甘辉等诸文武，恭迎海埏，拜受延平王册封。请安毕，厚待周金汤、刘国柱，详询粤东进取情形。金汤曰：“恢复在于人心。苟人人如贵藩之心，则中兴指日可俟。奈诸将各心其心耳！”功是之。遂拜谢表，并‘会师江南疏’，差参军徐孚远、太监刘之清、刘九皋同周金汤、刘国柱航海龙门覆命。功设长史、审理、典宝、典杖、典仪、典膳等官，悉照王府行事。
顺治十五年戊戌〈（附永历十二年）〉正月，成功调南北征各提镇舟师回厦。
二月，挑选各提督壮勇者为“亲军”，厦门港筑“演武亭”操演。各以五百斤石力能举起遍游教场者五千人，画样与工官冯澄世，监造坚厚铁盔、铁铠及两臂、裙围、铁鞋等项，箭穿不入者，又制铁面，只露眼耳口鼻，妆画五彩如鬼形，手执斩马大刀。每人以二兵各执器械副之，专砍马脚，临阵有进无退，名曰“铁人”，每人月给饷银三两。有功者，擢为营将。令左虎卫陈魁统之。
三月，遗右虎卫陈鹏统兵船南下攻许龙。龙率舟师出御，失利。鹏掠其边民而回。
四月，擢杨来嘉为亲丁镇，属前提督永安伯黄廷统辖，同忠振伯洪旭共商机务，守金、厦。擢思明州知州邓会为监督粮饷。又以薛联桂为思明州知州。修表遣杨廷世往粤西，报出师日期。独甘辉心中犹豫：以其恰封崇明伯，今欲往江南，必由崇明县地方经过，则前日活阎罗所示“官至崇明，寿至崇明”之句，不亦有验乎？因复请于成功曰：“辉闻瓜镇限以铁链，此则船之艰于前进；两挺炮台密布，此则陆之难于登岸。况江阿地方辽阔，以辉愚意，未可深入。不如俟李定国、孙可望二人会师信到，然后进兵，庶首尾相应，战守有方，可以一鼓见效。”功曰：“会师之举，不过欲牵制其势耳。岂不会师，而即不进兵者乎？况兵马云集，日费万金，岂可稽延，自老其师哉？”遂大整兵船；以中提督崇明伯甘辉为前都先锋，统左虎卫陈魁铁人五千、护卫兵一万，并宣毅前镇陈津、宣毅后镇英豪、前冲镇刘巧、右虎镇陈鹏、后劲镇杨正、左冲镇郭义、后冲镇刘进忠、水武镇林世用等兵一万，配坐大熕船二十只、鸟船二十只、快哨十只，为首程；又遣右提督建威伯马信，统右先锋镇杨祖、援剿左镇林朋、殿后镇黄昌、亲兵镇黄应、智武镇蓝衍、木武镇黄昭、正兵镇杨世德、火武镇魏标等兵二万，配坐大战船二十只、赶绘船二十只、快哨十只，为二程接应；又令后提督建安伯万礼，统援剿右镇贺世明、右冲镇蔡禄、宣毅中镇李化龙、神器镇杨祥、援剿中镇蔡文、宣毅左镇黄安、宣毅右镇巴臣兴、奇兵镇张魁等领兵二万，配坐大熕船三十只、崌船二十只、快哨十只，为第三程接应。成功自领侍卫陈尧策、五军都督张英、左武卫林胜、右武卫周全赋、吏官潘庚锺、户官林俞卿、礼官黄开泰、行营刑官程应璠、兵官张煌言、工官冯澄世、闽安侯周瑞、辅明侯林察、定西侯张名振、平北侯周鹤芝、忠定伯林习山、亲兵镇杨好、中权镇李泌、祥符伯五军戎政王秀奇、援剿前镇戴捷、援剿后镇刘猷、护卫右镇杨衍、参军林奇昌、纪许国、蔡鸣雷、监纪柯平等，配坐水师前镇阮美、一镇洪善、二镇蔡福、三镇林德、四镇毛玉、五镇陈瑞等船共一百二十只、兵四万，为合后。号称舟师一十万众，航船北上。
六月初七日，率众登岸犯平阳，守将单任暹降。十三日，瑞安县守将艾诚祥亦献城降。宣毅右镇兼管铁骑巴臣兴病故，功以黑祥霎统共众。十六日，成功至温州，镇将坚守。功细度某城险固，惟征木料。粮饷出往舟山。
七月初二日，成功问引港官李顺：“此去羊山多少水路？”顺曰：“西南风一日便到。其山皆羊，故名之。山上有‘大王庙’，极灵显。海中有独眼龙，系孙真人医治，属其养性、勿得劝气。故凡过往船只，暗献纸钱，暗着更鼓，不敢放炮鸣锣。若惊起发性，兴波鼓浪。船只难当。”成功曰：“此乃里巷之言。本藩尚欲驰驱天下，百神宾服，奚畏此一孽龙乎？”不听，遂传令开船。初九日午时，到羊山，而各提镇咸至。随放炮鸣金，金鼓响天。不移时，风声徐起，浪叠千层，暂尔淜泙。忽而波涌翻江之势，搅海欲狂，船难收䑸，互相触坏，弃碇破桅，遭浪遇礁，呼救遍海。不可胜计。护卫都督陈德、太监张忠跪请成功拜祝。功笑曰：“此不过风时偶然耳，岂真有龙之发性耶？”不听。奈风愈狂。电愈烁。忠等再求；“跪恳藩主祷求！再无不息。”成功方允冠带礼祝曰：“成功统率三军，恢复中原。果天命有在，登时将诸船沈灭。如中兴有日，祈即浪恬风静。”甫福毕，随即天色晴朗，江山如旧。功夫四子睿、七子裕、八子温暨兵士数千人。其所存之船，亦各损坏，乃收回舟山修葺。诸提督咸劝功暂回厦门，功以业已出师，理无再还。
九月，修葺诸船报竣。成功督舟师至象山。初十日，知县徐福率父老出降，功安民毕。时各镇兵士逃其众，悉系北上新附。且讹言‘北将尽欲投诚，故援剿右镇贺世明船桅妆以粉色红色为号。”功亦疑世明船桅之异，遂令姚国泰替世明统其众。又遣张英瑜林世、魏标、李泌、张魁，悉解兵权，为监督。世用大愤，不届死。擢总理监营翁天祐署左提督事。
十月初二日，后冲镇刘进忠率其众入黄岩海门所投诚。功闻报，驰令周全斌追之。全斌督快哨二十只，星夜飞赶。至海门，将城围困攻打，进忠御之。忠恐成功大队齐至，于半夜乘斌无备，开西门突围而去。斌亦不追，拔其城，报成功。功擢广昭为后冲镇。
十一月初七日，成功破磐石卫，分诸提镇就汛养兵。
十二月，成功率众札沙关取粮。
顺治十六年己亥〈（附永历十三年）〉二月，成功仍回盘石卫，调各提镇至磐石听令。
四月，成功众至定海关心，二十九日，入宁波港焚船。
五月初一日，退出。初四月，抵舟山烈港。
十八日，到崇明县。守崇明总兵梁化凤〈（系侠西西安府长安县人）〉敛兵坚守，功欲顺风入瓜州。冯澄世曰：“欲进兵瓜州，必当先取崇明，庶可流通蓄积以为外援。”功曰“崇明城小而坚，取之必迟延日月，反使瓜州有备、不如先取瓜州镇。若得瓜镇，则江南门户已破，先截其种道，是腹心有疾；然后乘势取江南，则崇明不攻而自破。”外则修书遣监纪刘澄，密通江南提督马进宝。又差罗蕴章同张煌言为长江乡道使，命顾忠前往探乌喇、宁古诸港路〈（顾忠，浑名瞎子，去八个月方回。时成功已入长江，败绩回厦。忠是以不果行）〉。随问：“谁敢领先锋印，以取瓜州？”建威伯右提督马信向前曰：“信蒙潘主眷颐，爵居人上，并无寸功。今瓜州之地方脸要、兵马之多寡虚实，颇知其详，愿为先锋破敌。”成功壮其勇，喜曰：“公肯效力，此城必破。”即拨黄安、蔡文、黄昭、蓝衍四将与统辖。又分四队：周全斌居中，甘辉居左，翁天祐居右，万礼居后；陈瑞龙诸镇为接应，或取木营、或断拦江坝，或取谈家州〈（在瓜州镇之中，与瓜州柳堤炮台相对）〉、或抄瓜州之后，而攻其城。
六月十四日，成功至焦山。时有镇江操江军门朱衣佐，虽然防范，不意功突至，又恃江中有‘滚江龙’之拦，故马信等一时舟师扬帆呐喊，旌旗蔽港；金鼓震天，惟有标下巡江营都司罗明升督兵五百守谈家州瓜镇之中列炮与瓜州柳堤炮台相对以待之。信督众环攻，明升分头死拒力战。至炮尽矢绝，全军覆没〈（明升，山西人。丙戌岁，勋建祠于谈家洲。今上南幸，念其忠勇，御书‘奋勇致身’四字。令有司春秋祭祀）〉。信拨蔡文守之。乘胜，合周全斌师飘飏大进，悉为拦江坝所阻，不得前。全斌、张亮、陈大胜等令善州泗人者十馀人，漾去斩断，遂无阻碍。扬帆直进，登岸列队。朱衣佐闻报海贼至，即率游击左云龙出御。全斌奋勇冲阵，连斩十馀人。而马信从其后攻城，韩英、杨祖以藤牌护身，首先上梯，江防同知徐腾鲸弃城遁。衣佐知城已破，无心恋战，同左云龙欲走扬州。陈泽尾追至大表桥下，斩云龙，活擒衣佐。
十七日，陈端龙督诸镇焚夺木浮营三座。长江与共〈（木浮营者，用大杉木结排，另用木为栅，内架大炮十馀门，从上流压下，船遇之，一击立碎）〉。
十八日，成功移屯瓜州，纪马信、周全斌第一功。押朱衣佐见成功，功曰：“此腐儒也，杀之徒污吾剑，释之足见我们宏度。”去缚，与衣服，放之归。周全斌曰：“今瓜州已得，可乘势速取镇江，反掌之易。倘若迟缓，彼得深沟固守，徒费士卒。”成功然之，以援剿后镇刘猷守瓜州，柯平督理江防事。
十九日，成功亲督诸军，进泊镇江南岸七里港。二十二夜二更，直抵银山下。寅时，传令列阵，分为五队而进。陈魁统铁人逼栅，守银山将见之，骇然不敢出战；推齐射之，箭不能入。铁人冒死而进，栅遂破。全斌呼曰：“时不可失，乘此破竹之势攻夺其城，必可得也！”即转身首先向前，连砍数人，众军随之。守镇江总兵高谦闻贼攻银山，领兵出援。遇全斌赶杀势雄，不敢战，敛兵入城。斌见谦怯，乘势尾追，抢门而入，高谦与知府戴可进亦即投降。成功入城安民毕，加高谦为破虏将军。以工官冯澄世为常镇道，兵部主事李征为镇江知府，监纪林若霖为理刑。荆州卫粮船十四只来降，功大悦。擢其首李文正为卫指挥，其馀各授以千百户之职。太平府守将刘世贤遣人献城，功加为镇南将军，令罗蕴章带所部去太平协守。扬州文武香遁，城空；百姓彩旗羊酒，前到镇江请师。功受其款献，厚待父老，给示严禁与之归。
六月二十七日、成功议兴师取江南。参军潘庚锺曰：“今既一鼓而克瓜镇，是则江南门户已破，虽军声大振，天下摇动，未可骤然进兵。当暂住瓜镇，遣将分据淮阳诸郡，扼其咽喉，收拾人心，窥其衅隙，然后大队齐进。况北都满、汉兵民人等不下百万。一旦粮道断绝，待哺不足，两月之间，其兵必溃、其民必乱。如此可不劳而定，此正曹公之所以取胜于官渡也。”冯澄世曰：“江南城池广阔，进攻不易。不如且听庚锺之谋，驻札瓜镇，据其险要，断其粮道。一面收拾人心，一面遣人从间道报捷请旨，命李定国等合师，乃为上策。”成功曰：“不然，时有不同耳。昔汉祚政移，群雄分据，袁、曹争胜，故曹操常以算胜。我明朝历年三百，德泽已久，不幸而有甲申之变，以致百姓遭殃，庸臣剥削、乡绅欺凌，四海鼎沸。彼得假其时，排闼入关，鼠窃乌合，狐假虎威。今大兵一至，自然瓦解，若不进兵，恢复旧业，呼召天下豪杰，是自老其师。倘征各省兵马齐至，首尾合击，我势岂不目孤？太祖昔日一得廖永忠、愈通海等水师，乘势夺彩石而并金陵。破竹摧枯，正贵神速耳！”遂不听二人之言。周全斌同镇江降将高谦守镇江，遭人招抚江南、江北。二十九日，义师陈文达等统船二百馀号归成功，功授以指挥向导使，句容、仪真、六合、浦口、宁国、池州、滁州悉遣人纳款。
七月初二月，功用太牢祀天地，并告太祖、列圣曰：“成功痛恨中原陆沉、不敢偷安，请命恢复，重兴故土。伏祈在天之灵，默加祐相。”初三日，祭江。初四日，扬帆直犯江南。初七日，至观音门，以黄安为水师总督，督洪善等船泊三叉河口，御芜潮、彩石诸隘。
十一日，功由凤仪门登岸，领甘辉、马信等数十骑、侍卫亲随数百人，绕观锺山，采踏地势，潘庚锺曰：“如此皿川形势，龙幡虎踞，真帝王之邦，太祖所以一得而兴。今天资藩主瓜镇，神速进兵，倘一鼓而下，迎驾西来，中兴指日。”功点首曰：“然。我于昔日苟徇诸将臆见，日事争战于边海，何月得望中兴乎？尔等诸将，各协力齐心，千载一时！得此，居中调度，便可号召天下英杰，正所谓不入虎穴，焉得虎子。”
十二日，成功率诸文武祭太祖，哭奠列宗毕，令甘辉、余新札狮子山；万礼、杨祖札第二大桥山上；以翁天祐为救应，御凤仪门要路；马信、郭义、黄昭、萧拱宸屯札汉西门中连林明、林胜、黄昌、魏雄、杨世德诸营垒。又令陈鹏、蓝衍、陈魁、蔡禄、杨奸屯札东南角，依水为营；刘巧、黄应、杨正、戴捷、刘国轩屯札西北角，傍山为垒，连周瑞、林察、张名振等营。又令张英、陈尧策、林习山屯札岳庙山，连诸宿镇护卫成功大营。各设鹿角瞭望，深沟木栅防御。江南一时震动。
总督管效忠初闻瓜州失守，继报镇江又陷，正在调集各处兵马，忽闻海寇临境。登城观望，见旌旗闪烁，金鼓闹轰，未敢出敌，闭门避锋。陡报操江军门朱衣佐单骑至城下，随开门延入细询始末。衣佐曰：“海贼虽是猖獗，其众不过数万、其船不过数百。瓜镇之失皆由一时无备，故遭所破。今可速遣人卑辞宽限，以骄其志。然后设守御之策，征援兵破之。”管效忠然其言，即遣能言者前往成功营中，限期纳款。成功督诸镇据险开壕，参军潘庚锺曰：“细观城内，必然空虚，可令四面攻击，齐倚云梯，此城必然可得。”成功深以为然。正发令各提镇预备云梯、木牌、布袋，以便攻城，忽报王秀寄送城内纳款人到营请见。功令之入，其人叩禀曰：“大师到此，即当开门延入。奈我朝有例，守城者过三十日，城失则罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降。”功允其请，而厚赏之；复谕之曰：“本藩攻比孤城，不过，一脚尖耳。既然来降，姑准其宽限者。盖欲取信于天下也。若至期不降。攻入之时，寸草不留！”差者叩首而去。潘庚锺曰：“此乃缓兵之计，不可凭信。可速攻之”：成功曰：“自舟山兴师至此，战必胜、攻必取，彼焉敢缓吾之兵耶？彼朝实有定例，尔勿多疑。”庚锺曰：“孙子有云：‘辞卑者，诈也；无约而讲和者，谋也’。欲降则降，岂恋内顾？决是城中空虚。速为进兵攻之，乃为上策。”功曰：“古者攻城为下，政心为上，今既来降，又准其约，若骤然攻之，彼心不服。俟其不如前约，然后急攻，莫请城内人心悦服，且使天下皆知我行仁义之师。况太祖皇陵在此，亦不宜震动也。”功实以江上两次之捷，遂不听庚锺之言。发令诸提镇，严防谨守，日则瞭望，夜则伏路，金鼓之声，日夜不息，守困以待其降。管效忠得差回报允限之言，喜曰：“此乃朝廷之福。”随密檄附近救援。
十八日，有漕标副将梁化凤率援剿骑兵五百经过，探知海寇犯境，遂入城请见。愤曰：“谅此狐鼠之辈，妄自猖横；且彼孤军深入，焉能久住？俟其锐气稍懈，一鼓破之”，效忠抚其背曰：“此贼之破，专赖将军。”化凤跃然曰：“食君之禄，当死王事，岂敢临难苟免？”忠留其协守〈（凤，陕西西安府长安县人）〉，惟化凤日夜上城观望，见其营垒，步步相关，首尾相应，无计可施。偶巡到东北角，见一营人马屯札在白土山下，稍疲可破；奈不得节至。忽思此处原有城门，名曰‘神策门’〈（今此门改为得胜门）〉，因出入者少，故垒塞之。不如将此门乘夜挖开冲出，方为胜计。二十一夜三更时分，化凤率兵挖开城门。天色微明，率骑兵五百突出。果然此营以非冲要之地，无甚关防，其伏路、瞭望俱各疏略。忽轻骑直至，疑为天降，被挂不及，遂大溃。化凤率众追杀，至余新营前。新督兵出战，各营列阵以看。因前在镇江，周全斌夺城，各镇争功，互相攻计，功怒，有“不得吾令，擅自进兵者，罪之”之语，不敢向前对敌。俄而新败，投萧拱宸。凤乘势冲入，萧拱宸接战，当不得箭如雨下，亦败而遁。时万妹在桥头山，欲来救援，而化凤已收兵矣。总督管效忠接“梁化凤乘夜挖开城门通贼”报，效忠曰：“梁将军素心忠贞：决无是事，其中别有隐情。”乃差人侦看。随即亲率将士登城，飞报东北角厮杀，随开门接应，出札城外。
二十二日，甘辉、林胜、潘庚锺等劝成功暂抽兵将出观音门，相机以图再举。功曰：“小挫锐气，便欲思退；明日正欲观诸君建功耳？”令万礼诸军勿动，调马信。吴豪、韩英由水路抄其后，姚国泰、杨祖、蓝衍、杨正抽屯山上，甘辉、张英伏在谷内，林胜，陈魁列于山下，陈鹏、蔡禄往观音门接应救援。
二十三日仁化凤率骁骑直逼左先锋镇杨祖，祖奋勇力战。诸将见成功，张盖在山观敌，未有号令，不敢擅出。俄而祖败，蓝衍战死，功方令蔡禄。陈鹏往援。奈山高行迟，而化凤又从山上驰下，鹏与禄军亦大溃。效忠另遗别将，绕山之背，合化凤之师。时甘辉、张英伏谷内，未得号令，遂为所困，乃分头御敌。英伤箭而死，独甘辉力战不退，手刃数十人，左右咸亡，乱箭齐集，乃大叫曰：“我甘国公也，勿射，可擒去请功！”遂被擒。化凤挥骑乘虚冲杀，诸镇营垒咸皆摇动，万礼力御，被乱箭射死。未及战者，见山上黄盖尚在，不敢救援，亦不敢奔走。林胜见蔡禄败下，遥观黄盖尚在山上，又不发号令，急唤中协金岸、领兵康龙曰：“敌人虽胜两阵，实无多骑，藩主之不发号令而郊击者，谬也！尔二人可统出敌，我自督后军接应。”岸与龙二人飞奔出营，与化凤大战，未分胜负。忽东门骑兵突出合政，林胜〈（粤之澄海水。最雄伟多武艺）〉转头御之。而魏雄战死，众溃，胜不能止，全军皆没。成功在山上观战，见蔡禄等败，嘱庚锺曰：“尔立盖下，代吾指麾、不可去盖。吾下山，催本单从后抄杀。”随带健将十馀猛，下快哨，欲催水军。时值潮退，无奈驾至江心，遥望诸军披靡不堪，随飞帆出镇江矣。化凤合城内诸军，见山上黄盖，指曰：“擒贼当擒王！”随挥军杀来。奈矢石如雨，不得上。陈魁因林胜受敌，抽兵绕道而退。见骑兵逼成功营垒，即趋援。魁中箭死，诸军悉赴水死。化凤又含师环攻，山中四面受敌，潘庚锺挥剑督护卫死战，亦皆覆没。
化凤收军奏凯，效忠出迎，问曰：“前夜将军挖城出兵。何不通知，以慰众怀？”化凤顿首曰：“成功积寇，一时猖獗，瓜镇已破，人心摇动。架点狡狯之徒，多有异念。安保城内无有为之侦探者？故不敢请命者，恐泄其机也。今日之胜，正所谓‘出其不意，而攻其无备也’。其擅出师之罪L望乞赦宥！”效忠曰：“古者大夫出使，苟有利于国家社稷者，专之可也。况此大捷，自当奏闻。但乘摧枯拉朽之势，恢复瓜镇，非公不可，公勿卸甲！”化凤却领兵而行，并请顺途欲归崇明，以防馀炽；效忠然之。郎奏“江南之捷，破成功者，乃崇明总兵梁化凤也。”世祖大悦，欲召化凤陆见。因海疆未靖，命下令画工图形进览，即擢为江南提督。
二十四日，功至镇江。令全赋驾快哨载败兵，捞救残卒。再令柯平，亦著快哨沿江救载，忽报黄安全队至，所有残败将士，悉赖载归。继而马信、陈尧策、玉秀奇、林习山、张德、周鹤芝、张名振、周瑞、姚国泰、刘巧、林明、黄昭、郭义、蔡禄、杨祖、陈鹏、吴豪、杨正、冯澄世、萧拱宸、黄应、程应璠、张行、李缵元、蔡鸣雷、蔡政等，陆续俱同。死事者：甘辉、潘庚锺、万礼、张英、林胜、蓝衍、陈魁、李泌、杨标、魏其志、林世忠、张廷臣，洪复、吴赐等十四大将；其馀标下将，不可胜计。功大恸，谓三军曰：“是我欺敌，非尔等之罪也！”
二十六日，报“骑兵云至，沙船亦出。”功令刘猷与周全斌殿后。二十八日，功先行，出泊排沙屿。诸将弃瓜镇，或居三碧山、或往舟山。
八月初一日，成功师回狼山上沙。初四日，泊吴松港。初八日，至崇明港，议攻崇明城，遂架大炮攻击。城崩数十丈，镇将梁化凤于随崩处随筑佣御；并造木马钉，叉排置崩处。十一夜，齐倚云梯，离死正兵镇韩英、监督王起俸等数十人，方退。
十三日，议欲再攻崇明。周全斌曰：“城小而坚，难以骤破。虽得亦无用，徒损士卒耳。”适蔡政同马进宝差刘秉忠回师。成功见谋不遂，乃回师。
十八日，至浙江，擢杨富为正兵镇。分派各提镇就温、台、舟山各港地方屯札征饷。
九月初三日，成功开驾。初七日，到厦门，以江南出师，损兵折将，无尺寸功，修表遣李明世从龙门问道达行在，自贬王爵，仍用“招讨大将军印。”
甘辉力战，见陈谦等尽亡，自称‘甘国公’被擒，见总督管效忠，忠令辉跪，辉不屈。效忠责之曰：“为将自当战死，不能战死而被擒，即当投顺；何敢抗礼？岂以吾剑不利乎？”“辉曰：“吾岂不知大丈夫当死沙场？但大厦已倾，非一木可支。若默默与士卒同偃卧于荒丘，是所不愿耳！吾今声言而来者，正欲知我之死处也。”效忠见其抗壮勇烈，欲其降，乃令降将余新劝之。辉见新至，裂 大骂曰：“余新匹夫，枉生天地之间。兵败投降，有何面目见我？尔今虽降，亦不能久活！我甘国公，头可断而志不可易也！”伸脚便踢，骂不绝口，遂见杀。徐而余新亦被害。
十月，报“援剿镇刘猷在温州征饷，水退，船搁浅，被温州总镇督骑兵突至，力战全军覆没。”功大叹惜，令恤其家。
十二月，报“逮提督马进宝入京勘间，又将军达素督三省水师会剿两岛。”