顺治九年壬辰〈（附称永历六年）〉春正月初二日，成功乘潮大涨，航船直抵中权关。郝文兴迎成功入城安民，以黄维璟知海澄县事。有同安浯州人周全斌投谒〈（斌刀笔吏，有文武才。浯州，金门别号）〉，功问恢复进兵策。斌对曰：“若以大势论之，藩主志在勤王，必当先通广西、达行在，会孙可望、李定国师，连䑸粤东，出江西，从洞庭直取江南，是为上策。奈金声桓、李成栋已没，广州新破，是粤西之路未得即通，徙自劳也。今且固守各岛：上踞舟山，以分北来之势；下守南澳，以遏南边之侵，与贩洋道，以足粮饷。然后举兵取漳、泉，以为基业。陆由汀郡而进，水从福、兴而入，则八闽可得矣。”功大悦曰：“此诚妙论！”授全斌房宿锁。初十日，功遣各镇从江东入玫长泰。王邦俊率兵援之，相遇于溪西，俊失利。二十三日，俊复来援，败回。
二月初三日，功督令攻城，游兵镇吴世珍奋勇先登，被炮打死，城不得下。成功密遣火器镇何明凿地道击之。甫开凿，报总督陈锦提兵至。
三月初七日，功移营江东。初十日，锦师札牛蹄山，相去仅五里。锦欲进兵，提标右营游系张玉谏曰：“海贼国姓，少年英勇，诡计甚多。现札江东，未可徒进。且跼守于此，遣人密通漳镇，另调一旅，由长泰小路出，从中冲出，使彼首尾不顾。”锦喝曰：“皆是尔这班怕死的，虚糜君禄，养成祸胎。这样蝥贼，何足挂齿？本部院前在小盈岭一鼓破之。本该割尔头以敞慢战之罪；姑念用人，暂且记罪。如若再犯，决难轻恕！”锦实狃于同安之胜，不以成功为意〈（陈锦曾同佟鼐、李率泰为三大人，督提督赵国祚攻邱缙于小盈岭复同安县有功，是以擢福建总督）〉。
十三日，锦率诸军冲营逼战。功令苏茂、林胜迎敌，杜辉、吴豪旁出合击。锦军大乱，退札于同安之凤尾山。羞态愤怒，偶食不如意，大鞭挞其奴库成栋。栋恨，夜携匕首刺锦，割其首级，潜奔献成功。功佯喜厚赏之。次日，会文武，令收栋。栋称“无罪。”功曰：“尔杀主求荣，天下之大罪人也。本藩决不用此不义罪人。”令斩首示众〈（有记锦于七月，误也）〉。长泰守将李清闻锦失利被刺，十八夜弃城遁。功入城安民，以冯澄世为知县。擢黄廷为前提督，黄山为后提督。
四月，成功督大队出围漳州，札南院。凡各县钱粮，征解军前。陈锦当被库成栋刺死，将首级盗去，次早方觉，追之不及。众军无主，各星散回汛。抚提会题，又得漳州紧报，随驰调浙镇马逢知〈（原名进宝，浑号金衢马）〉率兵援漳。成功会诸将集议。甘辉曰：“逢知至，辉愿领兵御之。”功曰：“不然。凡行兵之道，岂可全恃男力？当明彼此之情。今陈锦新丧，提调无人，抚提以素称饶勇之逢知，著其前来，必以一当百。勿战，纵之入城，然后围之。城内多添人马，粮食易竭。外调既迟，内势窘促，破之必矣。”诸将拜服。即驰令“自万松关以及龙江一带，悉撤避。援兵至，勿阻他。但扬威而已，纵之入城。”逢知果恃勇猛，率精锐马骑一千、步卒三千，飞驰至灌口、深青地方，无人敢敌，悉避之。待欲安营，忽四面摇旗呐喊，似逼战状，终夜如是，兵马不敢卸甲。后路漫山遍野，连营屯札；惟有往漳一路无阻。甘辉前来邀战，逢知因一夜不宁，人马咸倦，不敢恋战，且敌且退，走入漳城。成功袭其后，仍将城围困。马逢知退入城，养精锐数日，领所带精骑，开东门，直冲成功营垒。功令陈胜、陈斌、苏茂、潇泗四将迎战，自领甘辉、周全斌，陈尧策、郝文兴等四面云梯临城。逢知无心恋战，弃阵回衙。邦俊出兵接应，死伤甚多；而外援遂绝，势益危蹙。成功百计攻击，昼夜不绝。逢知、邦俊悉力堵御，功不能克。巡抚宜永贵先接塘报，屡称马逢知所向无敌，统兵入漳，以为围解。迨后羽檄踵至，知成功用赚兵计，赚逢知入城，连逢知俱围在内，攻打甚急。永贵遂集船二百馀号，效击魏救韩法，出攻厦门。功令甘辉为帅，督水师御之。相遇于崇武，辉大胜，报捷。成功急攻城，逢知虞内变，将所带之兵杂守陴堵，随坏随筑。功屡犯，损伤甚多，而计亦拙。
八月，时值秋霖，张名振献计曰：“离城三十里有镇门者，两山夹岸，可将木石塞满，激水灌城。”功曰：“此计诚妙。”今甘辉、周全斌、陈尧策、陈斌等，督诸镇监攻四门。自领张名振、黄廷、黄山、萧泗等至镇门，令兵士将大木于象鼻列栅过狮头〈（漳城有狮、象把水口）〉，用坏船装石，沈水堆塞。奈溪流澎研，终不能蓄水，塞此崩彼，徒费众力，百姓遭苦。但城内人民繁众，蓄积无备，客主之兵既多，仓廪之储告匮，遂夺民食，至不敢举烟。徐而各户断粒，金珠宝玩，贱如瓦砾；纸皮树叶，寻取殆尽，弱肉强食，死亡塞户。独有一家，见城被围，不能脱出，虞有夺食，将所剩米舂粉，做成块，晒干，叠起，外抹以泥。俟更深人静，逻卒巡更过后，私敲一块，煮烂如糊食之，得保焉。文有公姑饿甚，欲杀其媳食。媳知，逃归母家。其父母间以归之故，女述公姑意。父母曰：“吾生汝，且不得食，反与彼食？”随杀其女食之。
九月，固山金砺奉命入闽，会新任总督刘清泰统满汉宫兵驰救漳围。砺屯同安与诸将议曰：“成功行兵有法。若以大队齐进，恐坠术中。当分一旅，由小路出长泰，将步卒为先锋，从中杀出。吾统骑兵从大路攻击。彼师已老，能略挫其锐气，则势如破竹矣。此围可解。”诸将服其论，依计而行。成功知金砺领兵至，攻愈急。令周全斌为帅，督苏茂、吴豪、黄梧、杨祥等镇前去御敌。相遇于龙江之东。吴豪、黄梧首先冲阵砍杀，全斌率诸镇应之。忽左右骑兵出，箭如雨下。全斌分兵而御。正酣战间，流星马飞报，有兵暗渡长泰小路，抄出江东矣。斌惊为其所截，急鸣金收军。砺飞卷而追，斌退阵乱，桥关悉为砺夺。成功知全赋败，即令甘辉、陈尧策、杨祖、潇酒等守关踞桥。甫至瑞香亭，接全斌军，云关已失，辉不敢前，急报成功。功传令撤围，辉殿后，屯古县〈（离漳三十里〔乙本作二十馀里〕，皆郑姓所居）〉。金砺入城，见残黎饿莩，令守道周亮工〈（字栎园，江南进士）〉发府县仓米，煮粥赈济。但饿死者十有其三；而就赈者下咽立毙，又十有其七。枕籍街衢，横列板巷，发收骸骨，计有七十三万馀众，瘗三大穴：一碑‘同归所’、一碑‘万安所’、一碑‘万公所’。其收不尽、落沟陷阱及自埋者，不可胜计。
金砺休息数日，与马逢知、王邦俊议曰：“郡围虽解，而海贼现在古县，尚有觊觎之心。倘再率众由三叉河截踞江东桥，一队从赤岭港登岸，岂不复加前辙乎？当急除之，以复海澄。公宿将，与士卒同甘苦，仍守城池。俟吾统一旅之师破之。”逢知曰：“公妙算宜速行，莫使馀灰复燃。”
十月初三日，金砺督骑兵作三队而进。成功令提督黄山领右先锋镇廖敬、护卫右镇洪承宠、礼武镇陈俸、亲丁镇郭廷等，率火攻迎之。是早西北风，凡火筒、喷筒、鸟枪、营炮，其烟被风回反阵中，军士一时眼迷。砺乘势冲杀，诸军皆没；非辉与廷力御，几无遗类。成功退屯海澄，仍以郝文兴、王秀奇二将守之。成功出厦门，金砺同漳郡报捷。
顺治十年癸已〈（附称永历七年）〉三月，成功遣张名振率水师船二百馀号北上，陈辉等为援。
四月，金砺奉部文取海澄，刘清泰调水师出福、兴二港合攻。成功令林察、周瑞、周鹤芝、阮骏、黄大振等前往海坛迎敌。察船泊湄州，遇台风飘入兴化港，被擒。二十八日，金砺全师出，扎祖山头。郝文兴飞报成功。功率大队于五月初一日至海澄。令王秀奇、郝文兴、陈尧策、万礼分守镇远寨；甘辉、黄廷守关帝庙木栅，连接相应。就天姬官起将台，亲登观兵督战。初三日，金砺率骑步数万，连营与天姬官相对，安火炮数百门，日夜攻击不绝。木栅倒坏，土卒损伤。后劲镇陈魁、后冲镇叶章请成功令领兵冲营，功许之。初五月辰刻，魁等乘炮烟冲出。被金砺伏骑齐起，叶章奋勇冲击，战死。陈魁箭伤，全军受困。甘辉、黄廷望见，急开栅，突围救回。功令魁出载厦门医治，以杨正暂统其军。擢周全斌为后劲镇。初八日，金砺督众攻营垒，炮声振天，城垣随坏随筑。成功坐将台，张盖指挥。砺望见，令炮对台齐攻。诸将见炮如雨点，劝功下台。功曰：“炮避吾，吾岂避炮？”又劝功去盖，功亦不允。甘辉情急，亲掖功下。甫离台数层，而座已被炮碎矣。砺欲攻城，悉为镇远寨所援。议不击镇远，其城终难攻。随往取镇远，王秀奇等死拒之。短墙皆陷如平地，士卒无可容身，奇令掘地窝藏之。功乘夜遣火器镇何明率洪善等，将河沟边尽掘地道，埋火药，留药心于外以待。砺将老弱者率民夫为势攻击；别选精勇二队饱食，乘五鼓，听营中号炮三声，齐攻填濠，缘城扳栅。成功令按兵守御，忽砺营运发三炮，郝文兴请曰：“是欲临城！”功不信。王秀奇曰：“果是号约，宜防备之！”甫传令，而喊声虫雷，云集风拥，填平沟壕，齐倚登城，文兴、秀奇、尧策、全斌等勒兵执斧木棍火桶火箭交击，凡争先登者，悉死城下栅边。砺督后者再登时，东方将白。功令放地道，一声霹雳，烧死无数。砺方退，又遇苏茂、甘辉等截杀。砺弗敢停鞭，领师回漳郡。自是，海澄功守益固。十五日，成功回厦门，大赏有功将士：以甘辉为第一。
六月，监督池士绅奉成功令，以蜡丸赍帛疏，由陆路诣广西行在，报‘杀陈锦、败杨名高’捷；回同兵部侍郎万年芳〈（江西人，崇祯兵部左侍郎）〉赍永历诏至，晋封成功漳国公。功受封毕，仍遣士绅与年芳从海道进谢表，并请诸将会议恢复。功令冯澄世督修海澄城炮台濠沟，以便出师。
七月，固山金砺回京。成功率船犯海澄，用土人杨广为乡导，攻乌丁坝。寨主陈铁虎者善用兵，寨又坚固。功督诸将用力填壕，为飞弹伤足，遂退师。出港口见海水红光闪烁，有大熕二门浮起。功急令捞之，名之曰“龙熕”；以副将杨廷统五百人翊卫。
八月，功屯揭阳。洪旭遣员报其父芝龙差李德来报，封“海澄公”劝其归降。成功回厦。
九月，潮州总兵郝尚久差心腹将杨清时至厦门请救。成功恶其前至潮州通伊叔南家侯郝永忠，欲令其会师接李成栋，而尚久不从，致矢机会。今一旦无故而杀道府，计穷请救，意不欲援。周全斌请曰：“倡义原当纳降。虽尚久有前日之拒，今已悔过来归，若不往救，恐失大下勤王之心。”功令陈六御为帅，统杨祥、江龙、黄梧、萧泗、吴豪等镇先入揭阳港，自督大队继进。但郝尚久自恃杀车任重有功镇潮，而肆行无忌，百姓苦之〈（按顺治六年，潮州总兵车任重杀惠潮道李光垣、知府凌犀渠并海阳县桂岳等，横虐百姓，李成栋遣尚久用计杀之）〉。惠潮道沈时、潮州知府薛信辰见其凌剥妄为，每事与抗，久心愤甚。迨报刘伯禄代之，尚久集诸将议曰：“本镇屡建奇功，而守比城。前者国姓来通，本镇若稍易念，则全粤去矣。今日太平，文官欺悔我们。况本镇世受国恩，永历现在广西，举义以应，岂不垂名万世？”诸将唯唯，毋敢逆者。于三月十五日执沈时、薛信辰剪辫，会黄锦、邹鋈、梁犹龙等，奉永历朔，称新泰伯，踞潮属各县。惟吴大奇、许龙〈（龙，潮之澄海人，据南阳，横行无忌，后投诚，奉旨入京，为内大臣）〉各治兵不附之〈（黄锦字纲奄，壬辰进士，南京礼部尚书。鋈字□□，辛未进士，官拜襄阳知府。犹龙字临海，戊辰进士，福建参谋。俱潮州府人）〉。奉旨，以平南王尚可喜、靖南王耿继茂、总兵刘伯禄、郭虎。班志等合剿。尚久侦知，虞城中有变，大兴土木之工，于北之金山城顶再筑一寨，高耸坚固。中挖两井，深百丈，源通韩溪，可饮万人不竭。又起盖仓库，堆积粮饷、薪炭、食物诸类，以作永远计。平南王尚可喜、靖南王耿继茂调高，雷、廉、韶以及南雄、肇庆等营暨饶平总兵吴大奇〈（奇宇葛如，福建汀州人，海阳籍。明末踞大埔、程乡、饶平等处。亦“五虎乱潮”之一也。后投诚，援饶平总兵，平潮有功，挂印加少傅衔）〉、碣石总兵苏利、南洋总兵许龙，合围潮州。尚久见围紧援绝，惑信巫术。而巫者每降神语：“自当祐庇。”会天雨暴涨，尚久处灌城，请于巫。巫者降神：“当用大铁锁数百斤锁蛟龙，则安。”尚久立令制造铁索。巫曰：“神退。”诸巫让之曰：“何事不可言，而言此险语？汝当自下海，勿累他人？”铁索成，尚久呜锣击鼓，与诸巫送前巫者沈之江。顷而起，尚久见，令人救之，侥幸不死，愈深信惑，遂疏提防。亲信领旗王安邦见尚久昏迷邪术，不亲军旅，忖其必败，密遣人投降，约书悉投南门外关帝君袍柚里，各以了哨往来相通。十一日，可再督兵放城。夜二更，从西南角云梯上城，城中大乱。尚久知城破，急抽兵入寨。而大队突至，门弗及闭。情急跳井，其子尧亦随之下，潮州平。陈六御舟师甫至南澳，闻潮已破，不敢进援而还。
十月，原浙江监国鲁王逃舟山，阁部熊汝霖与建国公郑彩辅之。迨汝霖死，彩解权，周瑞等悉归成功，兵微船少，而浙江舟师又出，张定国纠众与御，大败。吏部尚书张肯堂，巡按朱天祐死之。鲁王不敢守，与泸溪、宁靖王及益王孙等航船至厦，遣黄门通知成功，成功集冯澄性、潘庚锺、林俞卿、郑肇柱、薛联桂，邓会诸参军议接鲁王礼。庚锺曰：“鲁王虽曾监国浙右，而藩主现奉正朔，均臣也，未可以监国言。”成功曰：“此是朝纲。且论今日相见之礼。”庚锺曰：“相见不过宾主。”成功曰：“不然，若以爵位论之，鲁王尊也；况经监国。若用宾主礼，是轻之。轻之，是纲纪紊乱矣。吾当以宗人府府正之礼见之，则含祖训，于礼两全。”诸参军拜服其论，成功坚宗入府府正旗，请鲁王相见，各安慰叙情。出，随给尾请住，月送俸薪。又有乡绅王忠孝〈（字愧两，泉之惠安人，戊辰进士。初除户部生事。至弘光，授绍兴知府，擢副都御史。隆武陞兵部侍郎，总督军务，赐尚方剑，便宜行事。后依成功。至丁未岁，卒于台湾）〉、张正声〈（戊戌进士，泉之同安人，官兵部职方清吏司）〉、郭贞一〈（庚辰进士，泉之同安人，官都察院右副都御史）〉、谢元汴〈（字途野，癸未进士，粤之潮州揭阳县人。永历授为兵部给事中，寻削发为僧）〉、辜朝荐〈（字在公，粤之潮州揭阳县人，戊辰进士。崇祯朝，官兵科给事中。后依成功，至甲辰年卒于台湾）〉、许璟〈（字得璟，戊辰进士，兴化府入，官潮广参议。依成功，卒于厦门）〉、唐额悦〈（兴化仙游人，壬辰进土，官尚书，以长女孙妻功长子经。后依成功，卒于厦门）〉、张煌言〈（字玄著，浙江鄞县入，壬午进士）〉、李茂春〈（字正青，漳州龙溪县人，隆武学人，后依成功，卒于台湾）〉，蔡国光〈（字观之，同安人，甲辰进士）〉、林兰友〈（仙游人，辛未进士，官副都御史）〉。许吉璟〈（泉州人，癸未进士）〉、万年英〈（荐漳浦县生员刘玉龙有才学经济，成功用之）〉，其安插供给，与诸宗室礼同，悉以前辈重之，军国事辄咨间焉。
成功遣李德回京，惟嘱复以“不听吾言，致有今日。然既误之于前，本藩岂有明知故蹈，再误于后乎？”德不敢复禀，遂行。功令甘辉督率诸镇下粤之揭阳，以措兵饷，以足兵食。