天启六年丙寅二月，龙集众会议曰：“今诸务颇已就绪，岂可坐老其师？我欲领战船十只、快哨三只，配坐前往金、厦，一以观边境，二可取粮饷。不知诸君意下如何？”衷纪曰：“主君此举甚是。夫人惰则力倦、勤则思奋，刘先主之所以泣髀肉生也。”芝龙即令杲卿、衷纪调拨船只，并选精壮匀配。杲卿二人前去派定，开单送阅：第一号先锋，芝虎、芝燕；第二号先锋，芝鹗、芝豸；第三号援剿，芝彪、张泓；第四号援剿，芝獬、李明；第五号冲锋，芝蛟、芝鹄；第六号中军主帅参谋，天生、杲卿；左右亲军，芝豹、芝熊；第七号护卫，芝莞、陈衷纪；第八号游哨，芝麟、陈勋，第九号监督，芝麒、吴化龙。每船各配六十人，第十号哨探艄仔二只，芝凤、芝鸾；各配二十五人。悉给发口粮一月。择三月初三日出师。其馀林翌、杨经、李英、高贯、方胜、傅春等，领诸军看守寨栅。芝龙看毕，曰：“调拨得宜，但不知先往何处？”衷纪曰：“今南风已发，吕宋船以及暹罗、咬𠺕吧各港皆同。可从澎湖下，缓缓坐风，半逆半顺，挨至甘吉等候〈（甘吉海石名，在铜山对面）〉。”芝龙依其议，至初三日连䑸出港。行二昼夜，初五早，龙又令人上桅观望。望者回报曰：“看前面的山，不是南太武，敢是北太武〈（南太武系漳镇海卫，在厦门之下，北太武系泉州同安地，在厦门之上）〉？”芝龙曰：“夜来南风，驶上为是。”遂传令各船火炮军器勿得参差。
初十日，犯金门。十八日，犯厦门。四月杪下犯粤东之靖海、甲子地方。
时太平日久，人不知兵。卫所虽有指挥、千百户、水澎金门游击、钦依把总诸官，悉承荫袭，宽衣大袖，坐享君禄。其所辖军士，亦应操点卯而已。故芝龙得肆志，遇船一鼓而擒；登岸抢掠殆尽。其略有纪律者，不许掳妇女、屠人民、纵火焚烧、榨艾稻谷。比乘风横行，羽檄飞报，沿海戒严，当事者咄咄一筹莫展。惟查郑芝龙系泉州府库史郑绍祖之子，六岁时曾受知府蔡善继掷石不责之恩。即起善继泉州巡海道，招安芝龙。善继抵任，又奉巡抚朱钦相檄，差旗鼓黄昌奇〈（系泉州府礼房，有口才，与绍祖共事；迨继为海道，委为辕门鼓事）〉委之赍谕，出海招安。时郑芝龙统船随风驰逐，适逢雨水不顺，失于收成，富者遏粜，米价腾贵，游手好闲，悉往投之。芝龙将夺来船只，分配驾驶，因而日盛。边将望风披靡，不敢与敌。偶𬊤洗诸船于湄洲，忽报海道差官到，芝龙延之上船，昌奇曰：“数载违别，果然一表魁梧，真将军也！”龙曰：“流落海外，久离乡井，凡诸亲友，有失侯问！今日何幸逐波涛而屈临至此？”执手至官厅，叙礼献茶毕，昌奇曰：“老拙与令先尊共事时，将军才有六、七岁，顽耍丢石，掷耎太守乌纱帽。本有自赞将军非凡，将军尚能记忆否？”芝龙曰：“儿童时事，影响略知。”昌奇曰：“现任海道，即当日将军所掷之太守也”，龙曰：“呵，海道就是当日太府”：昌奇曰：“然。知将军扬名海外，恐为沉迷，专遣老拙前来相劝，有谕在此。”芝龙拆其谕曰：“自儞髻龄时，仪表可爱。岂料壮年，海滨寄迹，使闻之恻然，谅情非得已耳！今特遣旗鼓黄昌奇前来宣谕及儞部属人等，幸勿久恋迷津，须当速登彼岸。本道当为力请，卖刀买犊，永作圣世良民。从此安插，复业归农；坐享太平，和好室家。言出于衷，幸其听之！此谕。”芝龙观毕曰：“海上弄兵，原非本意。因寄迹东洋〈（日本在东，故称东洋）〉，受困倭人，迫而成之。今既承道宪严命，岂敢固执，以负德意？自与诸将领商之。”芝龙心感善继之德，遂傅集众头领曰：“我想飘飖海外，虚度岁月，总无了局。今道宪招安，意欲就抚，不知诸位心曲何如？”衷纪曰：“主公就抚，道宪决然垂青。我等并无风昔之交，虽今日藉主公馀庇：倘后来道宪陞转，官势罗织，有用不谅，那时进退维豁。乞假我船只，仍回台湾。同李英等观看主公得意，纪等再来相寻未迟。不知主公允否？”龙曰：“衷纪兄所言亦是一著，岂有不听之理？”杲卿、天生、子大、陈勋等一十三人，齐向前请命，欲与衷纪同去。龙即拨大小船六只，粮饷薪蔬、布帛器械俱各满足，分支过台。
芝龙统船十二只，计八百馀众，同昌奇入泉州港。指辕门，去衣帽，龙与芝虎、芝豹等二十人背捆，泥首阶下。蔡善继令释其缚，慰抚之曰：“儞原是有家子，生在公门，况又容貌堂堂；虽儞父已死，汝应立志，以图上进，光耀门闾。何忽作乱阶，飘流海外，而暴弃至此？倘非本道，岂能瓦全？今既翻然而悟，贵于自新。木道应为汝详请上宪，通行府县安插得所。”芝龙曰：“此实迫于倭番，不得已也，非芝龙敢萌此不肖之心。”善继曰：“谁能无过，第患知而不改。今儞能改，自是完人，将来功名未可量也。”龙等叩首称谢出，守侯军门安插回文〈（东旭曰：昔日高牙剑戟尊，今朝低首叩辕门。一书非是能饶舌，欲报当年掷石恩）〉。
岂料巡抚朱钦相染病甚重，一切事务悉暂搁起。月馀方愈，检阅文书，见郑芝龙已招安，立批该道即为安插，并将船只军器追存，造册报缴。善继见批，即著昌奇将郑芝龙所带人众，开造籍贯住址，以侯发文行县安插。一应军器船只另造册，以便缴报。龙许诺，造完郎缴昌奇去？芝虎说龙曰：“虎不可失威，人不可失势。今当事举动，不过欲散我们党羽耳。党羽散，将来祸福未定，不如乘今夜潮退，扬帆而去。”龙闻言俛首不答。芝豹曰：“三哥所言诚是；不可错过，追悔莫及！”龙曰：“难负道宪一片好意。”芝虎曰：“不提道宪还可，若提道宪早该去了。”龙曰：“何说？”虎曰：“道宪书呆，如此安插我们，以为恩莫大矣。安望其有格外乎？况汝又未授有官职，倘后来有事，衙门深远，那时呼应不灵，将奈阿？”龙顿悟曰：“若非吾弟提醒，几乎为其所误。”遂嘱芝虎等，密传收拾。于是夜三更，于船上放炮三声，随潮而去〈（东旭曰：因无薄禄难羁絷，顿使英雄脱笼飞）〉。芝龙部将船只人众，驶到围头外湾泊。善继闻报，知龙仍逸去，愤曰：“这辈小人，反复不测，真难凭信！既不受德化，则当以法处之。”随发文行各卫、所、有、县整备，以防劫掠；另具文申请军门。时朱钦相内擢起程，新抚朱之凭尚未莅任，剿抚之议，因此耽延。郑芝龙得以从容将各船𬊤洗，整顿帆席索路军器旗帜。八月，乘北风，下粤之海丰，攻打嵌头村。又犯甲子、靖海二所。
天启七年丁卯正月，芝龙从粤回闽铜山。沿海戒严，全队泊漳浦之旧镇。失之凭檄骁将都司洪先春，会把总许心素、陈文廉等合剿〈（之凭字勉斋，进士，大与人）〉。芝龙侦知，令芝豹领船五只敌先春，芝虎领船三只敌文廉，芝彪领船三只敌心素。龙与芝凤等率大队从中接应。又著芝鹏各领快哨三只，作游兵救援。遂进师，相遇于连江将军澳〈（漳浦县属）〉。先春挥船合进，互相攻击。白辰至酉，冲突数十次，未分胜负。会潮泛涨，风起流逆，心素、文廉二船被流所脱，不能成䑸。先春首尾受敌，无奈，收入旧镇。檄铜山、悬钟、陆鹅、镇海指挥、千户、把总，调拨精壮军士前来配驾；另调附近沿海乡勇各出备捕。芝龙以先春收入旧镇，亦不追赶，就鸣金收军，泊陆鹅外屿。忽细作报，洪先春调各卫所军士配船并乡勇齐御，不日即出兵。龙亦整船拣将，欲决雌雄。芝豹向前献计曰：“洪先春奉巡抚差遣，便于调拨，何不将计就计破他？”龙曰：“计将安在？”豹曰：“乘彼在旧镇调拨军士、乡勇，我带一旅，分为两队登岸，扮作乡勇，前去策应，哥哥即统大队攻击。俟将交锋时，我在岸上两师杀起，彼则水陆受敌，一鼓可擒。”龙曰：“此计甚妙。可乘今夜人静，悄悄带众登岸，须要小心，不可露出圭角！”豹曰：“自然相机而行。哥哥亦速整舟师来。”豹将海丰抢的乡壮旗帜竖起，挑选二百人，乘黄昏带芝麟上岸。
时洪先春调来铜山、悬钟二所军，却配在船，其附近乡勇，令其按队屯札侯齐。日则放炮升旗，夜则定更伏路，提调周密。芝豹于是夜领师登岸，天明至盐墩，造饭食毕，缓缓而行。至黄昏到旧镇，见调乡勇先至者，咸安顿无混。分其牛与芝麟，曰：“汝往洲尾屯札、我在此安营。若问你是何乡来的，汝可应是‘浮南桥’；若再问你镇海卫军可来否，汝可应他‘随后亦来了’；若问汝姓名，说是‘杨德’，若问汝同来者是何乡，汝说是‘湖西黄默’。倘外面有信，彼般出港，常看我这里连珠火箭起，便一齐喊杀，寻岸边船只，毋谕大小，抢并合玫。须谨慎在意，不可孟浪误事主！”芝麟依令往洲尾，凡所过问者，悉照前答之。
二月，先春见船只收拾完备，诸军陆续将齐，惟镇海途远未到。正调拨分配板，忽瞭望炮响；快哨飞报贼船至。先春即发令：“各起碇乘潮落冲出！”再至港口，即遇芝虎。虎站尾楼上高呻：“洪先春！今日誓必擒汝。”春见虎船只，语言狂妄，随趱各船围玫，曰：“先擒此贼，以挫其锐。”指挥间，听见岸上炮声不绝，响杀连天。快哨飞报，有贼从岸上杀来。先春疑惑未定，而芝龙大队至。春无奈，向前督战。芝豹、芝麟杀散乡勇，抢拼鱼船、艋仔，摇旗擂鼓，从旧镇港出，随先春船后，合攻杀来。春首尾受敌，坐潮而遁。诸船无帅，咸星散焉。芝龙大胜，会同豹、麟，亦不追赶，鸣金收军。令芝虎领船五只湾白石头，以作犄角〈（白石头在旧镇之南）〉。又令芝豹领船五只泊港口，以备先春复来。自领全队舟师，随潮至旧镇，犒赏诸军。另著芝莞登岸，安抚附近乡民，禁饬骚晖。先春走到甘吉，回望芝龙不追，其神方定。见南风微起，即令驶上金门，投卢游击，再整船剿捕〈（游击卢毓英，字宁侯，原籍山东卫，荫袭百户。少年猛勇，箭有穿杨之能，兼精武艺，因日本倭番统船犯闽、浙沿海地方，总制胡宗宪题山东参将戚继光前来征剿。继光素知毓英猛剪，详请随军，由浙入闽，屡建奇功，升千户。追兴化陷，继光奉令恢复，却著指挥使马飞龙统船，毓英副之，从福州港出，水陆合剿。光由陆路至埔尾安营，选百人带‘临时硬’欲去偷城。‘临时硬’者，系竹打通锯断，每节共串以绳索，头上另缚一横梁。未用时，放松则软；欲用时，将索推紧则硬，加一枝竹然。将头上横梁挂往城探，人再攀援而上。光带此，令大队掩旗息鼓，随后而进，看火箭为号，便倚梯攻打。行十馀步，光将手按百人胸前，内脉浮跳者，即发回。如此数按，至兴化府城下，只有自己与大旗李明二人。侧听谯鼓三更二点，遂将“临时硬”挂住城垛，口含刀爬上。伏侯巡更来，擒刺之，取其衣帽穿戴。敲锣击拆，缓步挨巡，凡遇者悉砍死。抵府署前，鼓方交四，倭番酣饮，咸熟睡焉。二人偷登鼓楼，将打更者杀倒。令李明下去附近处放起连珠火箭，将所带火药点烧房屋喊杀。自把楼上大鼓刳孔，爬进在内。李明火号放起，火药亦发。倭番睡梦惊醒，不如兵从大降，蒙陇中互相砍杀，不攻自乱。城外大队见城内火箭连发，光焰烛天，掌号放炮，喊杀蜂起，云梯齐泊。倭番两难相顾，惟争开四门逃窜。继光复得城池，扑救馀火，安抚百姓，立即整军追捕。委番奔下夹板，乘潮而遁。将出口，又逢马飞龙督舟帅至。夹板炮声轰天，哨角蜂门。飞龙挥诸船，且避其锋。毓英向前高叫曰：“养军千日，用在一朝，调我们前来，原是合剿，岂有陆师杀来，水师反纵其走。他如今是伤弓之鸟，速当进兵，以火政之，再无不胜。好汉者跟我前进！”其船首冲。飞龙闻英言，遂不敢退。亦即发令鼓噪助威，一齐攻。敏英将火箭喷筒火烺尽放，倭番虽精炮火鸟枪，其奈山上日夜被追，下般又逢此劲敌，终有胆战心惊，炮发悉不准，故各船无不失措。兼之毓英坐上风，乘势所攻，火器咸黏船上。况倭番船系‘打㐷油’造的，黏着者火尽发，火借油力，风助火威，首先二只火起，倭人救之不息，各跳水死。其馀夹板望见，无心恋战，惟逃而已。此役毓英首功，擢指挥，转陞游击，大有声名。召守金门）〉。
五月，巡抚朱之凭接洪先春初败请兵，立飞檄令卢游击带船与洪先春合征。毓英正在遣员知会，忽洪游击奔投，哭诉致败情由。英曰：“量此游魂小丑，无难平也。长兄宽怀！”随整顿本辖舟师，同先春进剿。侦者报芝龙，龙集诸弟曰：“卢游击虽称宿将，素未逢劲敌；况今老矣，无能为也。”谓芝虎曰：“汝带双帆艍船五只，扮作商船，陆续寄泊岛美、浯屿。芝鹏！汝带小鱼船三只，前往东碇一带钓鱼哨探〈（东碇，海中石名，在镇海卫前）〉。若卢游击船出，即飞报芝虎，以便合政。”分拨去后，龙带战船八只，出泊陆鹅候敌。其馀船只，令芝鹗、芝燕等尽藏散处，看我退师，出冲击，则彼可擒。
七月，毓英自负昔日威名，大意欺敌。一见芝龙船仅数只，即挥军冲击。芝豹率二船接敌、未几合即退。龙鼓全䑸齐进，互相玫打，来往冲突。奈稍硝逆，龙亦退下。英见其连败，乘势追赶。芝虎得芝鹏报，尾其后顺风而来，大叫：“勿赶！有吾在此。”龙见虎船已到，即挥诸船转战。英闻后有贼船，遂同先春御之。芝鹗等见龙师退至港口，亦合出齐冲，毓英船䑸遂散。芝虎、芝豹环击英船，英身中五箭，负疼死战。豹将搭钩搭住，芝虎一跃过船，连砍数人。豹亦乘势跳过，大喝落舱者不杀，毓英遂被芝虎所获。龙见二弟俱跳过毓英船，随合拢前来，鸣金收军。龙忙过船，喝虎曰：“休得无礼！”改容向英揖曰：“舍弟卤莽，误犯威颜，冀将军宽宥。”英曰：“败将惟有死而已，将军何必加礼？”芝龙曰：“将军朝延命官，龙安敢不敬礼？非龙敢拒将军，实不得已耳！”英曰：“曾闻将军业已招安，而又逸出。今将军不杀毓英，意欲何为？”龙曰：“某之受招安者，实感蔡道宪前日之恩，故不论轻重，谕到即归。但道宪书呆，奖励无别，不过分散安插而已。因此大众失望，不得不逸去。”英曰：“以将军之才貌，应为干城重寄，岂肯碌碌无闻，难怪将军其然。”龙曰：“苟一爵相加，应为朝廷效力，东南半壁，即可高忱矣。”英曰：“英不才，无力保奏，当为将军荐扬。”龙致谢，带芝虎等过船，令众船鸣金鼓送卢将军回师。英当被获之际，自知必死；不料芝龙加礼相待，心实感激。次日，船进厦门，见都督俞咨皋〈（大猷之子）〉，陈说战败情由以及芝龙始末衷曲。咨皋曰：“老将军所言虽是；但我们武将只管征剿，至招安非所职掌。况将军被获发回，愈难言矣。”英闻‘被获放回’之语，羞愧无地；曰：“末将老而无能，故此被获。但彼惓惓申意，又不得不为之言，正古人所谓知而不讳也。”咨皋曰：“将军奉令征剿，今既如此，亦算失机，本都督未使擅议，应自赴省厅候军处分可也。”英作谢而起曰：“谨遵谕。”退去，咨皋即飞移军门，敏英亦起身。
途次泉州时，蔡道宪已内转，仅留太守王猷〈（字允〔原作胤〕方，粤之东莞人，丙辰进土）〉，毓英谒叙。猷问胜负，英备述始末，称“芝龙将才，因前受抚无职，空为安插，恐势官欺凌，故此逸去。倘当事假以一命，决可再招。弟细思若招此人，年少英勇，尽可用也。”猷点首曰：“将军所言，甚得权宜抚恤用人之要法。”英遂赴省。但朱之凭已接俞咨皋报文，内有云“卢游击舟师战败，被获放回，辱身辱国，莫此为甚”之语。
八月，之凭正欲修文覆咨皋；而皋已亲至三山〈（福州别号）〉，会见之凭。凭责皋：“须会师刻期扑灭，岂可延纵贻害地方？”咨皋即飞檄千户马胜、百户杨世爵，统船二十，前去剿捕。胜与世爵出泊镇海卫，爵谓胜曰：“芝龙在旧镇。我们二十只分为两队，明早我乘潮起，直入海内持捣其穴，彼必然情急死战。俟潮退，诱其出港，公督十只合击，彼必星散，一战可以成功。”胜曰：“此议甚妙！”遂与世爵分船，各叮照应，。芝燕、芝鸾适在东碇，瞭望镇海有许多战舰，却著两个能干军士作渔父，坐小艇带鲜鱼数斤混入䑸内，以卖鱼为由，侦探消息。尚隔里许，各相唤争买。二人望尾楼上插五方旗者，拢卖之，故意叫苦：“海面不宁，难作生活。今幸大师进剿，我们就有性命；但不知老爷是谁？”军士曰：“我这船是马老爷、那船是杨老爷，极出名、会打仗。”始末皆说。二人听毕，收了鱼钱，飞驾从连江还旧镇回报。芝龙方知是马胜、杨世爵奉令前来。芝虎闻说，大怒曰：“亦不必烦哥哥动身，弟自领舶十只，擒此二贼。”龙曰：“马、杨二人是千户、百户中之最骁勇者，吾弟未可轻视！”虎曰：“哥哥何长别人志气？若不生擒此贼，誓不为人”，龙曰：“吾弟既欲前去，须著芝豹同行，凡事要相机而动，不可徒恃而气之勇。”虎应诺，即领船十只，同豹乘潮落山港。天明，到将军澳前，摇旗擂鼓而远。马、杨二人遇之，笑曰：“狂奴来寻死。”发令迎敌。自已至未，火烟蔽空，往来冲击，不分胜负。龙见虎悻然而去，虞其有失，自带船六只前往观敌。马、杨二人正在酣战之际，忽见虎后添船，未知几多，遂尔怯战。被芝虎冲过，持火罐掷去，火遂发。世爵同军士救无及，俱赴水。马胜见世爵船中起火，转舵欲救。芝豹尾后起击。虎又迎敌与战，发斗头炮将胜舶打穿，延着火药桶发火。马胜情急，抱铜炮沈于海底。虎、豹挥船攻击，龙又合击，连沉船二只，馀舰星奔。龙方鸣金收军，仍回旧镇。马、场所统之船烧沈五只、败坏六只；其馀伤残者，回报失机情由。
九月，愈咨皋知杨、马二将阵没，即咨副总兵陈希范刻日进剿。侦卒探报芝龙，龙曰：“希范酒徒耳，一鼓破之。”遂整舶出，相遇于杏仔。芝虎首冲其䑸，豹继之，人莫敢御，范坐潮遁。芝莞、芝豹等合攻，杨六、杨七船不敢前〈（杨六、扬七系受招之盗，后复叛去，被龙所斩，有刻杨略、杨速者误也）〉。百户洪应斗四面受敌，势窘发火自灾，百户张选举抱熕铳赴水死焉，俞咨皋接报，飞调闽安、兴化、永宁、铜山、陆鹅悬钟、镇海、金门众指挥千百户诸船齐到，听令出师。龙侦知，集诸弟会议。芝蚊劝龙且避粤东。龙曰：“咨皋膏梁纨袴，徙读父书，虚有其名。何必远避？”芝虎曰：“弟愿为先锋。”龙许之，整船以待。俞咨皋调军已齐，以指挥张挺桂、千户林盛二人领船各五只为先锋，指挥杨国柱、李应龙、千户吴虎、傅圭各领船五只为合后。咨皋自坐大熕炉船，竖一帅旗，为中军提调。文令指挥黄胜、胡如海、黄庭、李延圭、千户周之士、何世雄、林勋、姚应科、百户王飞熊，李梦斗等各坐船一只，为中护卫冲锋。以游击商世禄领船五只，为监督接应。调拨已定，择日祭江出师。
芝龙在旧镇，日则差芝虎、芝燕等轮流驾大船十只、快哨二只，于陆鹅将军澳瞭望。如有敌情，即便飞报。忽厦门细作探俞都督于六月初八日出师。龙印谕诸弟曰：“明日此敌，惟王飞熊、林盛、李梦斗三人深识水务，兼有胆异，当先除去！其馀碌碌翼鸡，不足介意。”令芝虎为副将、芝彪驾船十只为先锋。又著芝豹、芝凤、芝豸、芝獬、芝鹄、芝鸾、芝颚八将，各坐一船，乘夜潮驾出青水墘，然后回头，约明日午时从东碇杀来。文令芝莞、芝麒、芝燕、芝蟒四将，领船各四只，作左右救护。自领芝熊、芝鸾共船六只，居中策应。是夜三鼓，龙统众出泊陆鹅。天明，咨皋大队至，列阵飘飏，炮声振天，烟焰如云。芝虎恃勇，率诸众冲䑸，与林盛、李梦斗等互相攻击。自辰至午，虽各损伤，却未分胜负。芝龙见不能取胜，又望芝豹之船未见影响，无奈亲督䑸船一齐冲入。忽孙雄船被芝熊尾送一炮打沈。咨皋见雄船失，亦催船齐笼围攻。将及酉时，芝豹大䑸已过东碇，闻炮声不绝，顺风潮起来。咨皋见后面又有贼船将至，急传令与商世禄带领船只分御。世禄辞令，，方指挥转舵欲去迎敌，别船诸将不知是要分军，误为退师，各转舵，一时全䑸闹动大乱。咨皋制按不住，被芝虎、芝熊、芝莞、芝燕四将乘虚奋击。王贵、林盛二船发火。芝豹、芝蛟等又从后杀来。皋首尾受敌，兼之潮起风逆，各星散而遁，咨皋亦退。芝龙挥军急追，又连击坏船三只。至浯屿天昏，方鸣金收军。