逃出监狱之后，塞尔维特有几个月消失得无影无迹。谁也没法想像或者说清，这个被追捕的人一直到那个八月天为止，都经受了什么样心灵的恐惧。这一天，他骑着一匹租来的马进入日内瓦城，下榻在玫瑰旅店。
就像加尔文日后自己说的，这个为 不祥之星所指引的人 ，为什么偏偏要到日内瓦来找个歇脚之处，这座城市对他来讲，可是世上最危险的地方啊。这一点，从来无法揭示清楚。他在这里真的只住了一夜，以便第二天乘船越过湖面继续逃亡？他希望通过口头的交流比通过书信能更好地说服他的死敌？还是说他旅行到日内瓦也许只是神经过分亢奋而做出的一桩无谓的行动，是那种无比惬意、极端刺激的与危险赌博的游戏，是人们恰好在绝望已极的情况下才会萌生的念头？谁也不知道实情，也永远不会知道实情如何。塞尔维特从加尔文身上只能指望得到最阴毒的损招，可他为什么偏偏造访日内瓦，所有的审讯和记录都未能揭示这真正的秘密。
但是他那疯狂的喜欢挑衅的勇气，驱使这个不幸的人还进一步行动。刚到日内瓦，塞尔维特就在星期天走进教堂。加尔文的全部信众都在那里聚会。更荒唐的是，——这么多教堂，他偏偏选中圣·彼耶尔教堂。加尔文在那里布道，就他一个人在那业已淡忘的巴黎时间，曾和塞尔维特有数面之缘，因而认识。这里在两人之间有一种心灵的催眠作用，无法对此进行任何合乎逻辑的解释：是毒蛇在寻觅它牺牲品的目光？还不如说更是牺牲品在寻觅毒蛇钢铁般的、可怕的吸引人的目光？反正势必有一种神秘的力量，驱使塞尔维特硬是迎着他的命运走了过去。
因为在一座每个人都向官厅保证，要互相监视的城市里，一个陌生人的出现必然会吸引大家好奇的目光，可以预见的事情立即发生；加尔文在他虔诚的羊群当中认出了这头凶猛的豺狼，立即向他的走卒下令，在塞尔维特离开教堂时，把他逮捕。一小时后塞尔维特身上就戴上了铁链。
逮捕塞尔维特不言而喻是一件公然违法的行为，粗暴地违反了世界各国都视为神圣不可侵犯的客人的权利和国际公法。塞尔维特是外国人，西班牙人。他是第一次踏上日内瓦的土地，因此他不可能在那里犯有前科，也不应被逮捕。他撰写的书籍全都是在国外印刷的，因此他也绝不可能教唆任何人，以他的离经叛道的观点，使日内瓦的虔诚灵魂受到毒害。此外，一位“宣讲上帝圣言的布道师”，一个神职人员在法院没有下达逮捕令之前，也没有任何权力在日内瓦城里逮捕任何人，给他戴上锁链。——不论从哪方面看，加尔文对塞尔维特发动的袭击，都是世界史上专制独裁恣意妄为的行为，这样公开的嘲弄一切法律章程和协定，只有拿破仑对昂济安公爵 的袭击和谋杀可以与之相提并论。在这里，以违法剥夺人犯自由开始，对塞尔维特进行的，也不是一场正规的诉讼案，而是一个有预谋的谋杀，任何虔诚的谎言也无法掩饰。
没有事先提出控告，塞尔维特就遭到逮捕并投入监狱；现在至少事后得设计出一桩罪行。对于塞尔维特的被捕，在良心上负有责任的那个人，也应该作为他的控告人站出来——加尔文自己承认“ 由于我的倡议 ”，使之被捕——，这才符合逻辑，可是根据的确堪称榜样的日内瓦的法律，每个市民在控告别人犯有某种罪行时，自己也得和被告同时关在牢里，一直待到他的控告被证明为铁证如山为止。这就是说，为了合法地向塞尔维特提出控告，加尔文必须听从法院支配。对于这样一种使人难堪的司法程序，作为日内瓦神权统治者的加尔文觉得有伤他的尊严：因为，万一市政委员会确认塞尔维特实际上并无罪过，那么他自己就得作为告密者继续待在监狱里，那怎么办？这岂不大大有损他的威望，他的敌人岂不是会得意非凡！反正加尔文一向善于机变，宁可让他的秘书尼可拉斯·德·拉·芳泰纳去扮演这个令人不快的控告者的角色。果然，他的秘书便老老实实、不声不响地代替加尔文蹲进了监狱，事先向官厅递交了一份包括二十三条罪状的起诉书，控告塞尔维特。不言而喻，起草人是加尔文：一出喜剧就这样导出这出阴毒的悲剧。随便怎么说，在明目张胆地破坏了法律之后，现在至少从表面上看又保持了合法程序的表象。塞尔维特第一次遭到审讯，法院根据一系列的条款通知他原告控告他的不同罪行。对于庭上提出的问题和控告，塞尔维特都回答得心平气和，聪明机警，他的精力并没有因为囚禁而受损，他的神经完好如初。他逐条反驳原告提出的罪状，譬如，说他在自己的著作中对加尔文先生进行了人身攻击。他说，这条正好是颠倒事实，因为首先是加尔文先生对他进行了攻击，这才使他接着阐述加尔文在某些方面也并非毫无错误。如果加尔文指控他顽固地坚持某些个别论点，他也同样可以指责加尔文态度顽固。在加尔文和他之间只存在着神学上的意见分歧，这些分歧不是一个世俗的法庭所能裁决。倘若加尔文尽管如此仍要坚持把他逮捕，那就不是别的，纯粹是个人的报复行为。不是别人，正好是耶稣教的这位领袖，当时向天主教的宗教法庭对他进行告密。他没有早就死于火刑，这可并不是这位阐述上帝圣言的布道师的功劳。
塞尔维特的这一立场在司法上无懈可击，无可指责。法庭的情绪已经非常倾向于塞尔维特，很可能就仅仅判他一个驱逐出境就了结了这桩案子。但是加尔文想必不晓得从什么信号，感觉到案情对于塞尔维特并非不利。他瞩目的牺牲品到末了很可能得以安全脱身。因为在八月十七日，他突然现身法庭，出人意表地把他演出的所谓并不参与的喜剧就此终结。他清楚明白地公开表态：他不再继续否认，自己就是塞尔维特的真正控告者，他请求法庭允许他从此参加审讯，利用一个伪善的借口，“以便向被告更好地指出他的错误”。——而实际上，不言而喻，是投入他整个个人的威力来阻止他的牺牲品即将成功地逃脱法网。
从此刻开始，既然加尔文独断独行地挤到被告和法官之间，塞尔维特的案情就此恶化，令人担忧。加尔文这位训练有素的逻辑学家和经过深造的法学家自然不同于那个微不足道的秘书德·拉·芳泰纳，他以另外的方式发起攻击。控告者的攻势加强，被告的安全感也就相应地减弱。看到他的控告者和死敌出乎意料地和法官并排坐在一起，容易冒火的西班牙人明显地渐渐失控，看到他的死敌神情冷峻、严厉，摆出一副绝对客观的样子蒙骗众人，提出一些问题。塞尔维特深切感到，加尔文已经铁了心，定要用这些问题把他逮个正着，勒死他才罢休。一股邪恶的好斗精神，一股死硬的愤怒攫住了这个无力防御的被告。他非但不能镇定自若地、安安静静地坚守住自己稳妥的司法立场，反而被加尔文的这些引人上钩的问题诱骗到神学讨论的滑不留步的土地上，以热切的强词夺理的论述自己伤害自己。因为单单他说的这么一句话：魔鬼也是组成上帝本体的一部分，就完全足以使这些虔诚的法官背上激起一阵寒噤。可是一旦激起了他哲学上的野心，塞尔维特便毫无顾忌地对最为棘手、最为敏感的信仰教条大放厥词，就仿佛他面前的这些法官全是业已启蒙的神学家，他可以毫无顾忌地在他们面前阐述真理。但是恰好是这种喋喋不休的论述劲头，激情洋溢的论战渴念，使得法官们觉得塞尔维特十分可疑：他们开始越来越倾向于加尔文的观点，这个陌生人目光如炬，拳头紧握，滔滔不绝，反对他们教会的学说，想必是一个危险的叛乱分子，要破坏宗教上的和平，极其可能是个无可救药的异端分子；反正对他进行一次彻底的调查有益无害。法庭判定将他继续收押狱中，而他的控告人尼可拉斯·德·拉·芳泰纳则予以释放。加尔文的意志得到贯彻，他高高兴兴地写信给他的一个朋友：“我希望，他被判处死刑。”
为什么加尔文这样急切地希望把塞尔维特处死？为什么他不满足于一个稍微小一些的胜利，只是把这个老唱反调的家伙驱逐出境或者给予一个可耻的下场把他打发了事？人们不由自主地首先产生这样的印象，仿佛这件案子，完全是在泄私愤，报私仇。可是实际上加尔文对塞尔维特的仇恨并不甚于仇恨卡斯台利奥和其他任何哪一个敢于冒犯他权威的人：对于每一个敢于发表和他不同教义的人怀着无比的仇恨，这对于他那独裁暴君似的天性纯粹是绝对本能的感情。他恰巧反对塞尔维特，并且恰好在眼下这一时刻试图以他所能采取的最为严厉的措施对付塞尔维特，这的确不是由于个人的原因而是由于争权夺利的政治原因：塞尔维特这个叛乱分子得为另外一个反对新教正统教义的敌人偿付代价。此人是从前的多明各修会的神父希罗尼姆斯·波尔塞克，加尔文同样想用捕捉异教徒的钳子把波尔塞克抓住。可是令人万分气恼的是，此人竟逃出了他的掌心。这个希罗尼姆斯·波尔塞克在日内瓦一些最高贵家庭充当私人医生，受到普遍的尊敬。他公开攻击加尔文学说中最为薄弱最有争论之处，僵死的宿命论的信仰，就像埃拉斯姆斯在同样问题上攻击马丁·路德时使用的是相仿的论据。他把这种思想斥为荒谬：说上帝作为一切善行的原则，竟会有意识地故意地决定和驱使人们去从事他们无比邪恶的罪行。大家都知道，路德是多么不友好地接受了埃拉斯姆斯的指责。这位极善动粗、精通骂人之术的大师是如何把满车的脏水和恶毒的诅骂都劈头盖脑地倾倒在这位年迈、睿智的人文主义者身上。可是他尽管脾气火爆、态度粗野、残暴成性，在他给埃拉斯姆回信时，依然守住思想争辩的方式，丝毫也没有想过，因为埃拉斯姆斯反对宿命论的学说，所以就立即向一个世俗的法院控告他是个异教徒。加尔文则不然，他深信自己的学说绝无错误，达到疯狂的地步，便把每一个持反对意见者，统统视为异教徒。对他而言，反对他的教会学说，几乎相当于叛国大罪。所以不是作为神学家来回答希罗尼姆斯·波尔塞克的问题，而是立刻下令把他投入监狱。
但是出乎意料的是，他想把希罗尼姆斯·波尔塞克当作先例予以严惩，以儆效尤的打算遭到失败，使他十分难堪。因为在日内瓦有众多的民众，深知这位学养深厚的医生敬畏上帝，就像在卡斯台利奥案中一样，大众怀疑，加尔文只是想摒弃一名独立思考、对他不是俯首帖耳的人，以便在日内瓦一人独大，唯我独尊。波尔塞克在狱中写的怨诉歌，陈述自己清白无辜。这首歌的手抄件到处流传。尽管加尔文对市政委员会百般施加压力，市政委员们还是没有勇气，根据加尔文的要求，宣判波尔塞克为异教徒。为了摆脱这个令人进退失据的判决，他们宣布，宗教问题不归他们处理；他们拒绝作出最终决定，因为这个神学事件远远超过他们判断的能力。在这件棘手的事情上，他们首先必须征得瑞士其他各州的教会法律上的鉴定意见。这一征求意见，却使波尔塞克获救，因为苏黎世、伯尔尼和巴塞尔的这些经过宗教改革的教会暗地里都很乐意给他们的这位自以为毫无舛错的狂热同事一次小小的打击，他们异口同声地表示，在波尔塞克的言论中没有看见任何亵渎上帝的思想。于是市政委员会宣判波尔塞克无罪开释。加尔文只好放开他的牺牲品，勉强同意根据市政委员会的要求，让波尔塞克离开日内瓦，从此销声匿迹。
要使人遗忘加尔文的神学权威这次公开遭到的失败，只能用一场新的审理异教徒的官司才能办到。波尔塞克获释，那就得把塞尔维特拿来补偿。在第二次试图审理塞尔维特时，加尔文的机会简直有利到了极点。因为塞尔维特是个外国人，一个西班牙人，他和卡斯台利奥和波尔塞克不同，他们在日内瓦都有朋友、崇拜者和援手。另外，塞尔维特在所有进行了宗教改革的神职人员当中，这些年来，因为他肆无忌惮地攻击三位一体，并且摆出一副挑衅的架势，已经非常令人憎恨。把这样一个毫无背景的外来人用来作为杀一儆百的例子，要容易得多。因此这场官司从第一时刻起，对于加尔文而言，就完完全全是场政治性的诉讼，是个权力斗争问题，对于加尔文要想达到精神独裁的意愿而言，这是考验它能否承载压力的检验，是决定成败的一次检验。倘若加尔文并不想达到别的什么目的，只想摆脱他个人的私敌，神学上的对手塞尔维特，情况对他而言，已经变得多么轻松有利。因为日内瓦的调查刚一开始，法国司法部门的一位使者已经在日内瓦出现，要求把那个在法国判刑的逃犯引渡到维埃纳，并在那里受到火刑。对于加尔文而言，去扮演宽宏大量之人，并且彻底干净地摆脱掉这个令人憎恶的唱反调的家伙，这可真是千载难逢的机会！日内瓦的市议政委员会只需批准引渡此人，这场令人烦恼的塞尔维特案件对于日内瓦而言，便可了结。但是加尔文阻止引渡塞尔维特，对他来说，塞尔维特不是一个活生生的人，不是一个主体，主要是个物体，在这个物体身上，他要给全世界留下深刻印象，显示他自己的学说是神圣不可侵犯的。法国官厅派来的使者一无所获地给打发回去。耶稣教的独裁者要在自己的权力范围内进行这场诉讼，并且结束这场官司，为了把这一条提升为国家的法律：谁若试图反对他，要冒生命的危险。
不久在日内瓦，无论是加尔文的朋友，还是他的敌人都注意到，塞尔维特案件对他而言，仅仅关乎一次政治权力的较量。因此他的敌人不遗余力地想尽一切办法来破坏加尔文的这块漂亮的样板，就再也没有比这更自然不过的事了。不言而喻，这些政治家丝毫也不在意塞尔维特此人的命运如何，对于他们而言，这个不幸的家伙也仅仅只是一只皮球，一个试验品，一个小杠杆而已。他们要利用这个小杠杆动摇独裁者的权力。进行这次试验时，这把工具在他们手里是否会折断，这对他们大家全都无关紧要。事实上这些危险的朋友只是对塞尔维特大帮倒忙而已。他们用谣言来提升这个歇斯底里者摇摆不定的自我意识，并且向他狱中悄悄地送去消息，要他务必坚决抵抗加尔文。这场官司只有变得尽可能地激动人心、引起轰动，才符合他们的利益：塞尔维特反抗得越激烈，对他深恶痛绝的敌人进攻得越疯狂，那就越好。
但是此人行事本来就不假思索，要让他变得更加不假思索，已经没有多大的必要，这个后果可真是不堪设想。长时间这样残酷地囚禁早已产生作用，使得这个神经亢奋的人，达到毫无顾忌、暴跳如雷的境地，因为塞尔维特在狱中受到有意识的、刁钻古怪的虐待（这点加尔文想必一清二楚）。这个神经质的歇斯底里的病人，觉得自己完全清白无罪，却一连几个礼拜，像个杀人犯似的被深锁在一间潮湿冰冷的牢房里，加上脚镣手铐。衣服已经霉烂，挂在冻僵了的身上，尽管如此，仍然不准给他一件干净的衬衣，保持身体清洁的最原始的要求也遭到忽视，谁也不许向他提供援助，哪怕是最起码的援助也不行。他苦难深重，难以忍受，塞尔维特写信给市政当局，要求给以更为人道的待遇。此信的措辞令人震撼：“跳蚤把我活活咬死，我的鞋已经破烂，我没有衣服，连内衣也没有了。”
但是有只秘密的手，——大家都认得它。这只无情的手，像螺丝钳一样灭绝人性地把每一个反抗都夹得粉碎。——尽管市政当局对塞尔维特的投诉，立刻做出反应，下令结束这样糟糕的状况，这只手却在阻碍改善塞尔维特的命运。他们让这个大胆的思想家和追求自由的学者像条浸在屎尿堆里的癞皮狗似的，在他潮湿的粪坑里生不如死地苟延残喘下去。几周之后，塞尔维特发出第二封信，哀号之声更加凄厉。他简直就泡在自己的粪便之中窒息：“我请求你们看在耶稣基督的仁爱分上，请把你们会给予一个土耳其人和犯罪分子的东西，也给我一点，不要拒绝。你们下令给我衣物，让我保持清洁，可什么也没有给我。我现在的处境比以往更加凄惨。他们不让我把我排出的屎尿弄干净，这可真是惨无人道。”
但是没有任何动静！这个从他自己湿漉漉的粪坑里捞出来的人，脚上挂着铁链，每次都屈辱万状地身披发出恶臭的破布条子，而他对面那个人，坐在法官席上，穿着熨得挺挺括括的黑色牧师长袍，冷酷冷静，做好充分准备，精神上养精蓄锐；他一心想和这个人精神对精神，学者对学者地开展一场对话，而此人对他却比对待一个凶手更加凶狠，对他真是百般虐待。此情此景，他火冒万丈，又有什么可奇怪的呢？他被卑鄙到家、阴险已极的问题和暗示百般折磨，拼命刺激。这些问题一直探到他最隐秘的性生活里。他看不见敌人的真正意图，不复谨慎对待，也用极端恶毒的辱骂攻击那个法利赛人 ，这难道不是无法避免的吗？由于夜夜失眠，虚火上升，他用以下的话语刺向那个害他遭受那么多非人待遇的人的咽喉：“你否认自己是个杀人凶手？我将用你的行动予以证明。至于我，我对我正义的事业确有把握，我视死如归。而你却像一个盲人在沙漠中狂呼乱叫，因为复仇的精神焚烧了你的心脏。你撒谎，撒下弥天大谎，你这个无知之徒，你这个诬告者！愤怒在你心里沸腾，你把别人驱向死亡。我本来希望，你的全部魔法还留在你母亲的腹中，而我却有机会，一一指出你的谬误。”狂怒使他心醉神迷，这个不幸的塞尔维特完全忘记了自己一筹莫展、无力反抗；这个发狂的人，身上铁链琅琅地直响，嘴上唾沫星子四溅，要求审判他的法庭，不该判他有罪，要判破坏法律者加尔文，日内瓦的独裁者，有罪。“因此，他这个魔法师，不仅该判有罪，该对他判刑，也应该把他驱逐出城，他的财产应该判给我，用以补偿我因他之故而失去的财产。”
不言而喻，这批老实巴交的市政官员听到这样的话，看到他的这副尊容，真吓得浑身汗毛直竖，惊恐异常：这个骨瘦如柴、脸色苍白、只有皮包骨头的男子，长了一蓬杂乱无章的胡子，眼睛熬得通红，用稀奇古怪的语言，像乱喷乱洒的飞泉似的吐出一大堆骇人听闻的罪状，来攻击他们基督教的领袖，使得这些市政官员不由自主地把他看成魔鬼附体之人，一个被撒旦驱赶着的人。一场审讯又一场审讯，气氛对他越来越不利。其实官司到现在已经结束，塞尔维特判罪已不可避免。但是加尔文的秘密敌人都有兴趣延长官司，把它直拖下去，因为他们不想让加尔文就此高奏凯歌，而反对他的人败在法律手里。他们再一次试图拯救塞尔维特，他们请其他进行了宗教改革的瑞士教会会议发表意见，就像在波尔塞克案子里请他们发表看法一样，他们暗自希望加尔文的教条主义的牺牲品这一次也能在最后时刻逃出加尔文之手。
但是加尔文心知肚明，现在最终事关他的权威。他不会第二次再上他们的当。这一次他及时急忙采取措施。他的受害者毫无抵抗能力地关在监狱里逐渐腐烂，他却一封接一封地写信给苏黎世、巴塞尔、伯尔尼和夏夫豪森的宗教领袖们，企图事先影响他们对塞尔维特一案的鉴定。他向四面八方派出信使，把所有的朋友都动员起来，警告他自己的同事们，切莫让这样一个该受惩罚的亵渎上帝之徒逃脱公正的判决，逍遥法外！而塞尔维特恰好是一个出了名的神学界的捣蛋鬼，从茨文利和布塞尔那时候起，这个“放肆的西班牙人”在整个教会的各个圈子里，就已经为大家所深恶痛绝，而这一情况对加尔文所做的片面影响殊为有利。事实上，瑞士所有的教会会议都异口同声地认为塞尔维特的看法错误不堪、可笑之极。尽管这四个宗教集体没有一个公开要求把塞尔维特判处死刑，或者只是欢迎采用死刑，他们至少在原则上同意使用任何严厉的刑罚。苏黎世这样写道：“究竟对此人采用什么惩罚，我们完全信赖您的智慧。”伯尔尼向上帝呼吁，希望上帝赋予日内瓦人“智慧和坚强的精神，以便您能为您的教会和其他教会效力，把它们从这场鼠疫中解脱出来。”可是这个关于用暴力排除此人的指示同时又被以下的警告所削弱：“可是以这种方式，即你们同时并不做出任何不宜于由基督教的市政委员会做的事情。”任何地方都没有明确地鼓励加尔文采用死刑。可是既然各个教会都批准他对塞尔维特判刑，加尔文感到，他们也会赞同后续的行动，因为他们说了些模棱两可的话，让他放手做出一切决定。一旦让他放手行动，这只手就凶狠、坚定地打将出去。现在那些秘密帮助塞尔维特的人，一听到其他教会城市的教会做出的鉴定，立即设法在最后关头来拖延那即将做出的判决，可是徒劳。佩林 和其他共和党人动议，再去咨询他们这一地区的最高当局，二百人会议。可是时间已经太晚，加尔文的敌人也感到再作反抗已经过于危险：十月二十六日法庭一致同意，判处塞尔维特火刑，活活烧死。这个残酷的判决第二天就要在香佩尔广场执行。
几个星期，几个月之久，塞尔维特关在监狱里，与现实世界隔绝，心里始终热情洋溢地满怀希望。他天性充满幻想容易激动，另外那些自称是他朋友的人向他发出的秘密的悄声耳语也使他晕头转向。他于是越来越热切地沉溺于妄想之中，认为他早已使法官们信服他的论点所阐述的真理，这个篡权者加尔文不出几天，就会蒙受羞辱，在谩骂声中从这里赶出去。因此当市政委员会的几个秘书脸上毫无表情地走进他的囚室，笨手笨脚地打开一卷羊皮纸，宣读对他的判决时，这猝然惊醒就变得更加可怕。这判决对于塞尔维特而言，直如晴天霹雳。他僵立在那里，仿佛这骇人听闻的事情他丝毫也没听懂，他倾听秘书向他宣读判决，他第二天就得作为一个亵渎上帝的罪人，活生生地被烧死。足足有几分钟之久，他像个聋子，完全丧失意识。紧接着，这个受尽酷刑的人神经崩溃。他开始呻吟、怨诉、抽泣，从他的喉咙里迸发出他用西班牙母语发出的狂乱不堪的尖声惊叫：“发发慈悲吧！”他那迄今为止一直病态地紧紧绷着，过分绷紧的高傲神气，似乎被这惊人的消息彻底砸烂，一直砸到根部。这个不幸的人两眼发直，失魂落魄地直瞪着前方，他已被击成齑粉，彻底消灭。自以为是的布道师们认为在取得了世俗的胜利之后，现在已是在宗教上战胜塞尔维特的时候，趁他绝望之际，引诱他自觉自愿地承认他的错误。
妙极了：这个人已经被踩得粉碎，几乎已经油尽灯灭，可是刚一触及他信仰最最深层的这一点——他们刚刚要求他收回他的论点，他旧日倔强的反叛精神立即好像熊熊烈火似的强劲有力，无比高傲地腾空升起。他们尽可把他判刑、施加酷刑，把他烧死。他们尽可把他千刀万剐，凌迟处死。——塞尔维特是一寸一分也不会离开他的世界观的。恰好是他人生的最后几天，使得这位学术上的漫游骑士升华，成为具有坚定信念的殉道者和英雄。为了一同庆祝加尔文的胜利，法累尔特地从洛桑赶来，催逼塞尔维特改变观点，塞尔维特断然驳回法累尔的催逼；他声称，人世间的判决丝毫不能证明，一个人在有关上帝的事情上是否在理。谋杀不算说服。他们没有向他证明什么，只是试图把他勒死。无论法累尔采取威胁还是允诺都无法逼着这个上了镣铐必死无疑的牺牲品，哪怕说出一句改变看法的话来。但是为了明显地表示，他尽管坚守自己的信念，并不是异端分子，而是一个虔诚的基督徒，因此有责任，即使和他的敌人当中最最杀人成性的家伙，也要争取和解，塞尔维特于是宣布，在他去世之前还准备在监狱里接受加尔文造访。
关于加尔文这次探望他的牺牲品的事件，我们只拥有一方的报告，即加尔文的报告。但是即使在加尔文自己的表述里，他的心灵冥顽不化，冷酷无情也展现出来，令人惊悚，使人反感。那个宰杀牺牲者的人下降到潮湿阴冷的囚室里去看望他的牺牲品，但并不是为了说句话安慰那个必死无疑的人，不是为了给那个明天将在最惨烈最可怕的刑罚中死去的人以兄弟般的鼓励或者基督徒的关怀。加尔文以冷漠的就事论事的口气开始和塞尔维特交谈。第一个问题便是，塞尔维特为什么要叫他来，有什么话要对他说。显然他在等待着，塞尔维特这下将屈膝跪下，开始痛哭流涕，哀求这个全能的独裁者能毁掉这份判决书，或者至少能减轻刑罚。但是这位遭到判决的犯人只是非常质朴地回答道——单单这点想必就使每一个人性尚未泯灭的人都深受震撼——，他让人把加尔文叫来，只是为了请他原谅。这个牺牲者向宰杀他的人提出基督徒式的和解。可是加尔文的眼睛，像石头一样阴冷漠然，从来也不愿把一个政治上和宗教上的敌人看成基督徒，也不愿承认那是人。加尔文他在报告里冷冰冰地报导：“接着我便干脆提出异议，我从来对他就没有抱着个人怨恨，这也完全符合事实。”他既不明白塞尔维特临死前做的基督徒的姿态或者也根本不想明白，他拒绝接受在他们两个之间进行任何形式的人性的和解。他要塞尔维特不妨把一切有关他个人的事全都搁置一边，只要承认他对上帝犯下的错误，否认了上帝本质是三位一体的。加尔文作为理论家有意识无意识地拒绝把这个早已注定要牺牲性命的人看成自己的兄弟，这个在第二天就要像一根毫无价值的劈柴一样给扔进熊熊烈火之中。作为一个思想僵化的教条主义者，他只把塞尔维特看成否定了他个人的上帝概念，因而也否定了上帝的罪人。现在对于喜欢强词夺理的他来说，只有一件事是重要的：在这个注定了必死无疑者吐出最后一口气之前逼出此人的供词，承认塞尔维特是错误的，而他，加尔文则正确无误。可是，塞尔维特既然感觉到，这个绝灭人性的宗教狂，还想从他那已经毁坏的身体里夺走他惟一生机活跃而且是他身上惟一永生不死的东西：他的信仰，他的信念，这个受尽折磨的人便挣扎着奋起反抗。他断然拒绝做出任何胆怯的让步。这样加尔文觉得再多说每一句话都是多余：一个在宗教事务上不愿完全屈服的人，对他而言，就不再是基督意义上的兄弟，而是撒旦的奴仆，就是罪人。跟他说每一句话都是浪费唇舌。何必为一个异端分子表示一丝一毫的好心善意？加尔文毅然决然地转过身子，离开了他的牺牲品，一声不吭，也不投去一瞥友好的目光。在他身后哐啷啷一响，铁门的门闩紧紧插上。这个宗教狂热的控告者用毫无感情的冷酷话语结束了他的报告，而这份报告直到永远都将对他自己做出控告：“既然我用规劝和警告都达不到任何目的，我不想变得比我老师允许我达到的更为睿智的程度，我遵循圣保罗 的规则，抽身离开这个异端分子。他自己对自己进行了宣判。”
捆在火刑柱上用文火慢慢烧烤致死是一切死刑中最为痛苦惨烈的方式，即使因极端凶残而臭名昭著的中世纪在它全部阴森恐怖的漫长岁月里，这种刑罚也采用得少而又少。在大多数情况下，死刑犯在遭受这种刑罚前，已事先捆在火刑柱上被人用刀子刺死或者使之麻醉。恰好打算把这种最为恐怖最为可怕的处死方式用来处分耶稣教的第一个被视为异教徒的受害者，这事激起了整个人道世界愤怒的惊呼。可以理解，加尔文事后，事隔很久之后，将想尽一切方法，把谋杀塞尔维特的暴行中采用这样特殊的残暴行径的责任全都推在别人身上。（在塞尔维特的尸体早已化为灰烬之时），加尔文说道，他和教会监理会的其他成员曾经努力设法，把犯人活生生的用文火烧死这一极端痛苦的死刑改为用剑刺死这一缓和的刑罚。但是 “他们的努力毫无效果” 。对于这些所谓的努力，在市政委员会的记录里，可没有找到片言只语。加尔文可是独自一人强迫法庭打成了这场官司，对俯首贴耳的市政当局施加强大压力才争得了对塞尔维特的死刑判决，哪一个不存偏见的人会相信，就是这个加尔文突然之间成了日内瓦一个毫无影响、毫无权力的普通人士，竟然无法使塞尔维特得到一种更为人道的死刑方法？从字面上看，加尔文也确实考虑过让塞尔维特获得更和缓的死刑，但是只有在一种情况下，惟一的情况下才能考虑（在这里他的说法出现一种辩证的重点转移），那就是塞尔维特必须以“ 精神上的牺牲 ” ，即在最后时刻以改变观点来买得这个缓刑；不是出于人道精神，而仅仅只是出于赤裸裸的政治考量，加尔文这才——他生平可是第一次——对一个敌人表示温和态度。因为倘若在离开火刑柱只有一寸的地方能从塞尔维特那里夺得他的忏悔，承认自己错了，加尔文对了！这对于日内瓦的这派学说将是多么重大的胜利！能迫使那个吓得心惊胆战的犯人承认，他并不是为了捍卫自己的学说作为殉道者而死，而是在最后时刻向全体民众宣布，只有加尔文的学说，而不是他的学说是正确的，是世上惟一正确无误的学说，这是什么样的胜利！
可是塞尔维特也知道，他将付出什么样的代价。在这里倔强对抗倔强，狂热对抗狂热。宁可为了自己的信念，忍受难以名状的苦刑而死，也不为彰显约翰·加尔文大师的教条而换得较为松快的死刑！宁可忍受半小时难以估量的痛苦，但是赢得精神上殉道者的荣誉，同时让敌人直到永远都烙上人性泯灭的污点！塞尔维特断然拒绝进行这笔买卖，做好思想准备，为他的倔强承担一切可以想像的酷刑，以此作为痛苦的代价。
余下的是令人骇然的惨烈场面。十月二十七日早晨十一点钟，身穿破衣烂衫的囚犯从监狱里押了出来。很久不见天日已经怯光的眼睛第一次看见天光，也是最后一次，直到永远。蓬乱的胡子，一身污秽，骨瘦如柴，这个判处死刑的犯人戴着哐啷做响的脚镣手铐，摇摇晃晃地向前迈着步子。明亮的秋日照着他死灰色的脸，一脸衰败，使人惊骇。刽子手们在市政厅的台阶前推推搡搡地把那吃力地向前挪动蹒跚脚步的死囚粗暴野蛮地推倒在地。囚禁了几个礼拜，他已不会走路。法官向聚集起来的民众宣读死刑判决，死囚自己也得低着脑袋聆听。判决书是这样结尾的：“我们宣布，将你，米盖尔·塞尔维特，戴上锁链，带到香佩尔广场去活活烧死。你的手稿和印出的书也一并焚烧，直到你的身体烧成灰烬。一切妄想犯这样罪行的人，应以你的下场为戒，切勿效尤。”
判处死刑的犯人浑身战栗，冷得发抖，倾听对他的判决。在死亡的痛苦之中，他膝行着挪近市政委员会的官员们，苦苦哀求他们给他一个小小的恩典，让他死于剑下。“这样，他所受的极度的痛苦，不至于把他逼到绝望的境地。”他说，他若犯了罪，那是由于无知。他一直被这种思想所驱使：认为是在促进上帝的荣誉。在这一瞬间，法累尔走到法官和膝行者中间。远处都可以听到他问那个即将处死的犯人，是否准备否定他那反对上帝是三位一体的学说，从而获得一个和缓刑罚的恩宠。现在——恰好是在最后时刻，一个平时资质平庸的人在道德上得到升华。塞尔维特再一次把向他提出的这场交易顶了回去，下定决心，实现他从前说过的话，他准备为了他的信念忍受一切苦痛。
于是只剩下走完这悲剧的道路。这一行人慢慢地向前挪动。走在最前面的是少尉大人和他的助手，两人都戴着标明他们头衔的徽章，由武装的弓箭手簇拥着，后面挤挤搡搡地跟着那些好奇心切的观众。队伍穿过全城，一路上，从不可胜数的民众面前走过，他们投来胆怯的目光，默不做声，法累尔紧挨在死囚犯的旁边。他一个劲地不停开导塞尔维特，让他在最后关头承认他的错误，收回他的错误观点。塞尔维特给他一个真正虔诚的回答：他判了死刑，纯属冤枉。但尽管如此，他仍然祈求上帝在审判控告他的人时，能充满怜悯之心。法累尔听了，燃起教条主义的怒火，冲着塞尔维特大声斥责：“什么？你犯下了一切罪过中最严重的滔天大罪，你还想自我辩护？你若再这样执迷不悟，我就听凭上帝对你做出的判决，再也不陪你往前走了。我本来是下定决心，一直到你呼出最后一口气，也绝不离开你。”
但是塞尔维特不再做出任何回答。这些刽子手，这些争吵不休的家伙叫他感到恶心：再也不跟他们说一句话！这个所谓的异教徒和亵渎上帝者，不断地喃喃自语，似乎是想麻醉自己：“啊，上帝，拯救我的灵魂吧！啊，耶稣，永恒的上帝之子，矜怜我吧！”然后他又扬起嗓音，请求在场所有的人，和他一起祈祷，为他祈祷。即使到了刑场，看见了火刑柱，他又再一次跪倒，虔诚地收敛心神。但是害怕一个所谓的异教徒的纯洁的手势可能会对民众产生印象，狂热的法累尔就越过那个怀着敬畏之心，跪倒在地的犯人，冲着观众叫道：“你们瞧，撒旦有多么强大的力量，他把一个人抓到他的魔爪之中。此人很有学问，也许深信自己做得很对。可是现在他已落到撒旦的手里。这种事情你们每个人都会碰上。”
与此同时那些令人发指的准备工作已经开始，柴禾已经堆在火刑柱的周围，要把塞尔维特吊到火焰上去的铁链锒铛做响，刽子手已经把死囚的双手捆绑起来。这时法累尔再一次，也是最后一次，挤到塞尔维特的身边。塞尔维特这时只在轻声叹息：“啊，上帝，我的上帝啊！”法累尔大声向他呼叫，说了这句阴险的话：“你没有别的话要说了吗？”这个强词夺理的家伙依然希望塞尔维特看见了这根折磨人的行刑柱会承认那惟一的真理，加尔文主义的真理。可是塞尔维特答道：“除了谈论上帝之外，我还有什么别的事情可做呢？”
法累尔深感失望，放开了他的牺牲品。现在只有另一个刽子手，那屠宰人们肉体的刽子手去干他那令人憎恶的差事。一根铁链把塞尔维特吊在火刑柱上，一根绳子在这骨瘦如柴的身上捆了四五道。刑吏们还把塞尔维特的著作和他当年为了求加尔文给予兄弟般的意见而秘密地（ 通过密封的信札 ） 寄给加尔文的那份手稿都插在这活生生的人体和残忍地嵌进肉里的绳索之间。最后为了嘲弄死囚，还把一顶令人反感的苦难之冠扣在塞尔维特的头上，一个用浸泡了硫磺的树叶编成的花环。做完了这件最残忍的事情之后，刽子手的工作就算完成。现在他只需要把柴堆点燃，谋杀行动就此开始。
当火焰从四面八方腾空而起时，受到折磨的死囚发出了一声撕心裂肺的惨叫，围观的人都感到惨不忍睹，一时都浑身寒噤地转过脸去。霎时间烟火弥漫，把那具在浓烟中挣扎的躯体盖住，但是大家还听见被火焰缓缓吞噬的鲜活的人肉里不断发出那无名无姓的受难者越来越刺耳的、痛彻心肺的锐声号叫，最后只听见那人在苦难中发出的最后一声虔诚的尖声呼喊：“耶稣啊，你永恒的上帝之子，矜怜我吧！”这无法描述的惨烈残酷的与死神的搏斗持续了足足半个小时。然后火焰似乎得到了餍足，渐渐熄灭，黑烟四下飘散，在烧焦了的死刑柱上有一团黑糊糊的冒着浓烟已成焦炭的东西吊在烧红了的铁链上，一堆令人触目惊心的胶状物体，已无法让人想起这曾是一个活人。从前曾经是一个能够思维，激情满怀地追求永恒的人间造物，是具有神性的灵魂能够呼吸的那一部分，如今已变成一堆可怕的粪土，一堆如此令人恐怖，叫人反感，臭气熏天的一堆残灰。这番景象也许会有一瞬间使加尔文认识到自己的恣情狂妄，竟然大胆地让自己既充当一个同信仰的兄弟的法官，又充当他的凶手。
但是在这恐怖时刻加尔文又在哪里呢？为了表示自己与此无涉，或者为了保护自己的神经，他小心翼翼地待在家里。他坐在窗户紧闭的书房里，把这残忍的差使交给刽子手和残暴的同信仰的兄弟法累尔。需要找出一个无辜者，对他进行控告，刺激得他火冒三丈，最后把他送到火刑柱上去，这种时刻加尔文总是不遗余力地挤在众人前面：可是在行刑的时候，只看见花钱雇来施刑的差役，可是看不见那真正有罪的人，此人希望进行这场“虔诚的谋杀”，下令把它付之实现。一直到下一个礼拜天，加尔文才身穿黑色法衣庄严肃穆地登上布道台，在沉默无语的当地百姓面前，对一个事件大加赞赏，称之为伟大壮举，必要而且公正，而他自己却不敢襟怀坦荡、无拘无束地正视这一事件。