突然，京都的大街小巷里喊声四起。
正值新春正月初四，那些毫无心理准备的市民突然听到有人喊了一声：“战争又打起来了！”他们已顾不得是什么人、在哪儿又打起来，一心只想快逃。街上并没看见武士模样的人，只是一群普通百姓。
“这可不得了了！”
“快收拾一下跑吧！”
家家户户立刻乱成一团，城市也失去了往日的宁静。
任何一个地方的人都不曾像京都百姓这样饱尝战乱之苦，甚至可以说京都的每一寸土地都来源于历次战乱时的灰烬。每当这里发生内乱时，京都内外都是火光冲天。
此次，信长率大军进京时，百姓都非常恐惧。他们回想起木曾山的军源义仲进京后犯下的种种烧杀抢掠的罪行，所以他们对于织田军的畏惧也不难理解。
然而，信长并不是义仲，市民们终于认清了这一点。在一片祥和的气氛中，京都百姓送走了旧年，迎来了新春。城里秩序井然，妇女们甚至可以安心地在夜间行走，大街小巷都在传送信长及织田军的美德。
然而，就在年底的时候，京都就有传言说流窜到泉州至河内地区的三好余党开始作乱。不过，老百姓都坚信织田军会保护京都，所以他们并未有任何不安。可是，信长留在京都的驻军并不多，京城内外只有两千军兵负责警备。同时，三好余党的细作乔装改扮悄悄溜进京城，当他们得知信长的大部队已返回岐阜城时，便将城内兵力不足的消息通知给各地余党。
密切注视着信长一举一动的敌人不只有三好、松永两党的残部，还有那位被信长逐出美浓的斋藤龙兴，以及刚被信长扫平的佐佐木家的残余势力。此时，斋藤龙兴的身影开始在河内及泉州附近频频出现，原美浓重臣长井隼人一直追随着他。随后，龙兴就与三好、松永余党结成了连盟。
这些人打算趁虚而入，攻进京都。
于是，敌人在年底时动了手，负责城内警备工作的藤吉郎不敢有丝毫松懈，为了避免引起骚乱，他未将此消息告知市民。然而，战况的发展却对织田军越来越不利。新春刚过，敌人就集结了一万兵马向京都逼来。
同时，那些潜入城中的残党趁着织田军忙于布防之机，悄悄与埋伏在城外的部分敌军会合，并在正月初四白天，突然包围了本国寺的护城河。
“啊！”敌军一边呐喊着，一边架桥越过护城河。
将军义昭就住在本国寺里。
因为他刚刚入京不久，幕府的办公衙门和将军府第还未来得及筹建。所以在新府第竣工之前，义昭便暂住在本国寺里。
前一位将军义辉因松永弹正作乱，被烧死在自己的府里。此时的义昭没想到，在朗朗乾坤、光天化日之下，那惨绝人寰的杀戮又要在本国寺重演，寺内顿时陷入一片混乱之中。当藤吉郎听到消息时，大喊一声：“不好！”立刻带领一队人马与敌军展开了巷战。两军相遇在本国寺与七条道场之间的十字路口，这场巷战从中午一直打到傍晚仍未结束。
附近民宅的门上、墙上溅满了血迹，随后这些民宅也都被付之一炬。
然而，这场战争依然未分胜负。
尽管负责警备的织田军人数不多，但藤吉郎指挥有方，他们仍能与敌人僵持下去。当然，这其中的伤亡自不必说。眼看天就要黑了，藤吉郎觉得这些自信满满的敌军快要坚持不住了。没想到，敌军的全面溃败比他设想得还要快。
“撤！”
“快撤回去！”
敌将拼命喊叫着后退，一时间溃兵如潮，只见他们走过的地上到处散落着残破的刀枪、头盔、草鞋、烧残的旗杆、碎纸和兜裆布。
“木下大人在吗？木下大人在吗？”天刚擦黑之时，三四百名援兵从本国寺附近赶到了藤吉郎的营中。
“我在这里。”满脸汗水的藤吉郎应声答道。
当敌军撤走后，他立刻命令：“不要追赶败军，要立刻灭火，以防火势蔓延至整个城区。”
藤吉郎一直四处奔走查看，脸上、头上都是热气腾腾。看到援兵后，他走上前问道：“请问你们是谁的部队？”
“就是刚来的人的。”只听一名全身盔甲的将官从队伍里走出来答道，原来正是荒木村重。
“咦，怎么是你？”
“我听说京都有变，立刻从尼崎飞奔至此。我可以帮你灭火，或是去本国寺看望将军。不过，如果你现在让我去追击败军，我保证为你斩下几颗敌军首级。总之，一切均听阁下调遣。”
“在下实在感激不尽。一切拜托你了！”
“那我们就出发了！”
说着，村重高举战刀，对严阵以待的军队命令道：“全力追击！”
村重一马当先，从淀川一直追击敌军至伏见城方向。敌军大败，坠河、被斩杀者不计其数，近千具尸体被丢在了沿途。
转眼到了正月初六，外面大雪纷飞。
早有探报抵达岐阜城，将本国寺之变和畿辅地区的叛军动向报告给信长。
“看来事态非常严重啊！”信长说了一句。他十分担心将军的安危，不过更让他忧心的是，自己好容易建立起的问鼎中原的基石有可能毁于一旦。“时不我待！不能再犹豫了！”
于是，信长立即下令出兵。此次出兵和往常一样，他仍是第一个越过城门，然后是十余名骑兵，再往后是二十名骑兵，接着是三十名骑兵。
大雪已积得很深，甚是难行，信长勒住马命令道：“所有骑兵均下马步行。”同时，他还让士兵将各自马鞍上的粮食和军需物品都带在身上，并让行李少的人帮行李多的人分担一下，这样一来每个人的负重就基本一样了。
“加快速度！”信长扬鞭命令道。
尽管大雪始终未停，但第二天织田军就已渡过了濑田大桥。他们用两天时间走完了三天的路程，直奔京都。
“织田大人已进入六条了！”
听到这个消息，弥漫在京都上空的乌云顿时消散一空。无论是天皇还是百姓，终于都松了一口气。
信长的铁军从都城外一直长驱直入至畿辅地区，再次向世人显示了“氏族神”的威力。然而，信长此行并不是为了剿灭那些草寇，而是另有他图。
在二条城的废墟上，一项浩大的工程已经开始了。工人们垒石墙、挖壕沟，还拆除了东北侧的一条街区，原来信长要为将军义昭修建府宅。
为使工程尽快完工，信长从美浓、尾张、江州及五畿总共十四国筹集了大量人力和建材。虽然此项工程规模庞大，但在四月六日就已基本竣工，还举行了落成典礼。
随后，将军在信长的邀请下，搬到新府内居住。
搬迁之日，义昭紧握信长的手说道：“阁下就是我的再生父母啊！”他的确从心底感激信长，在乔迁喜宴上，义昭还亲自为信长满酒以示祝贺。
看到将军如此高兴，信长也十分欣慰，随即命令随身侍童道：“与一郎，给将军跳一支猩猩舞！”
细川与一郎今年才七岁，是细川藤孝之子。
“是！”与一郎答应一声，立刻起身跳起来。信长取过小鼓，亲自为他伴奏。
“好呀！好呀！”
各国豪杰不禁交口称赞。不但与一郎的舞跳得好，信长的鼓也打得恰到好处，满堂上下响起一片喝彩声。
这个与一郎就是日后的细川三斋，即越中守忠兴。
仅过了两日，信长又投入到繁忙的公事中。
接下来的任务是修筑皇宫。
四月八日这天，皇宫前举行了奠基仪式。自从二次上京以来，信长每日都有忙不完的事，即便晚上也没有小憩或独酌的时间。
他不但亲自审定建筑图，还多次召见了工程奉行官岛田弥右卫门、朝山日乘及村井贞胜等人。
信长并非拘于古礼之人，但他规定修建皇宫时一定要遵循古礼行事。所有工人必须头戴黑帽、身着素袍，所用建材也必须为洁净之物，决不允许沾染一丝一毫的污秽。
此项工程的预算为一万贯，劳力需两万人，于是信长决定向京都的富商们征收一定的赋税。而且，他自己也经常身着行滕(14)、手持白刃到工地上视察。
由于信长的名望太高，有一个百姓为一睹信长尊容，竟头戴女式斗篷，悄悄溜到他身边。信长假装不知，默默从后面靠近此人，突然抽刀将对方首级砍下。那些之前认为信长很随和的人，这才发现他有多恐怖。他表面看上去不拘小节，实则非常严肃，他的命令必须要贯彻到底。每当信长信步走来的时候，所有人都立刻屏气凝神，以待指令。
京都城内的市政工作也在有条不紊地进行中，信长拆除了管辖范围内的所有关卡，允许百姓自由通行。同时，他还下令收回之前被各武家抢占的皇家领地，并将之归还给朝廷。
不久，京都内又有传言说信长即将回岐阜城，于是将军急忙向信长建议：“派遣一位善于谋略的武将来担任京都守备，以保将军安全。”
其实，信长早就想到了这一点。信长手下那些争强好胜的将官，偶尔也会在街边听到人们议论京都守备人选一事。
京都守备一职关系重大。首先，他要负责皇宫的保卫工作，同时还要保障将军的安全及百姓的日常生活秩序。其次，作为信长留在京都的代表，此人还要密切关注公卿与朝廷间微妙的政治动向，并及时向信长通报各种消息。从某种意义上来说，京都守备就是信长设在京都的谍报机关。
“信长会委任丹羽大人吧！”
“不，应该是柴田大人。”
“我觉得五郎左卫门大人会被选中。”
此时，丹羽五郎左卫门最为人们看好，其次是柴田胜家。
然而，最终结果却大大出乎人们的意料。所有人都没想到，信长选中了木下藤吉郎。
“大人怎么会看上这个平民子弟！”
“他能担负起京都守备的重任吗？”
“难道，这就是主公精挑细选的军中悍将吗？”
一时间，嫉妒、怀疑、不平之声从四面涌来。
“织田家明明有很多世袭重臣！”很多重臣都心有不甘，他们觉得即便主公要重用人才，也不能让功勋卓著的老臣们如此难堪。此时，佐久间信盛却表现得十分沉稳，他安抚大家道：“主公从来没有看走眼过，我们就不要说三道四了。”
无论什么事，只要信长下定决心，就不会有丝毫退却。不过，此次任命竟会引起老臣们如此不满，这不免让他也产生了一丝犹豫。然而，他毕竟不会因为一时犹豫或胆怯而改变当初的决定。
当日，信长就下命：“让藤吉郎去面谢将军。”
随后，藤吉郎立刻赶往将军府，请求拜见。担任执事的上野中务大辅说道：“在下已听说大人被任命为京都守备，按旧例应来拜谢将军。但大人今天的打扮实在不适宜拜见将军，待日后委任状送达之日，请大人身着官服再来拜谢吧！”
“您的话真奇怪呀！”
一身武将打扮的藤吉郎正色说道：“天子脚下，不可一日无守备。更何况除去京都外，天下各处仍有战乱。在下深蒙信长大人器重，被委任以守备一职，更要时刻提高警惕，就连睡觉也不敢脱下这身盔甲。如果我身着宽袍大袖，必然行动迟缓，倘若再发生上次那样的动乱，天皇及将军的安危将置于何地？您所说的旧例，还是由您这样的老臣来恪守吧！”
藤吉郎的一番言辞让执事非常吃惊，他急忙去回禀义昭。
就这样，将军破天荒地接受了藤吉郎的拜谢。藤吉郎彬彬有礼地接受了将军的祝贺，作为信长的臣子他显得不卑不亢。随后，在众位室町家臣的注目中，他从容地离开了将军府。