因为神是无所不能的，所以它的命令最终一定要完成。神的命令是赏善罚恶。但是谁该赏，谁该罚，不是已经决定了的。神是绝对自由的，它能变更它的意志，而为其所欲为。神的意志是绝对公正的，因为神所欲者，皆是绝对公正的。
第一章 邓斯·司各脱
第一节 邓斯·司各脱略传
邓斯·司各脱的思想中，有反对托马斯哲学的精神。他是英国人，为方济各会中的一员。不知道他精确的出生时间和出生地点。大概生于1265年，不是英格兰人，便是爱尔兰人。他肄业于牛津大学，喜欢研究数学，后来执教于牛津大学、巴黎大学及科隆大学。1308年，死于科隆大学。他以辩论灵敏、批评精细而出名。他的头衔为精细博士。他受到了罗吉尔·培根与阿勒的亚历山大的影响，而以奥古斯丁及安瑟伦为最高的权威。方济各会推举他为该会的博士。
第二节 对托马斯的进攻
托马斯哲学虽然被多明我会认为是官家的哲学，也招致了许多信徒，但其尊严未尝无人轻视之。方济各会中开始的大师如阿勒的亚历山大与波拿文都拉，虽然不反对亚里士多德主义，也详细介绍了奥古斯丁与柏拉图的陈训，但对于新系统的哲学却多加反对。因此基督教的经院学者，遂分为敌对的两派。方济各会专重于宗教之实用的、情感的、神秘的、人格的、虔敬的方面。他们认为理智不如意志重要，信仰之理论的建设，不如教义之伦理的、宗教的内容重要。此派对于新经院哲学，发出批评与非难之论，是自然而然的，不足为怪。他们所循的步骤：第一，攻击新经院哲学的原理；第二，不认为基督教能与亚里士多德的哲学结合；第三，否认信仰可以证实；第四，否认经院哲学的一切可能。邓斯·司各脱采取头三个步骤，以进至第四个步骤，因之来推翻经院哲学。
第三节 信仰与知识
邓斯·司各脱的思想基础，在于下列诸言论：教义无可争论之处；信仰是最高的真理之基础；爱是基本的道德；信仰与爱皆以意志为基础，它们是直接认识神的条件，所以意志高于理智。他与托马斯一样，认为信仰的真理与理性的真理之间无冲突；他也利用哲学的知识来支撑自己的主张，反驳反对者的主张。根据他的意见，理性不能解释宗教之秘，须辅之以信仰。但是他缩小了理性的范围，比托马斯还甚；他研究过数学，使他知道什么是真实的证实之意义；他不讨论关于神圣的本性、神圣的目的、神圣的预定以及灵魂不死等类的言论，而认为理性的探讨对此等问题有效。其所以认之为真实的，是由于信仰使之如此，信仰虽然未完全排除疑难，但明显的疑难却被排除了。神学的目的不在于理论的说明，而在于实际的应用。若无神学所研究的启示的道理，我们不能知道神对于人的意旨；这种事情，绝非任何学问所能指示的。神学有其固有的原理与最高的对象（神），所以高出一切学问之上。哲学亦有其固有的学问，而为一种独立的学问，不附属于神学之下。这种主张，显然是划分了神学与哲学，因此就引起哲学的解放，哲学不愿为神学的奴仆了。邓斯·司各脱如是区分，原是偏重于信仰，不过这样的区分，就引起了哲学的解放。他完全地信任启示的神学之真理，以至于不怕由思想而引发的结果所加的危险。他以为理性若运用得当，必与宗教相调和；纵然不能证实教义，至少亦不至于破坏教义。但是不如邓斯·司各脱坚持信仰的思想家，其所得的结论必不一定如此了；理性所得的结果与教义相冲突时，不是承认理性与信仰相并而行，便是放弃教义，信任理性，二者必居其一。
第四节 共相论
在共相论上，邓斯·司各脱与托马斯一样，采取以前的共相论：以共相为神心中的法式，先万物而存在，在万物之中，为万物的本质或通性；在人心中，为抽象的概念，后万物而存在。共相不仅仅是一种观念；概念的知识是真实的，或有真实的对象；不然一切学问只是空虚的逻辑罢了。邓斯·司各脱所遵从的原理是思想与实体是一致的，逻辑的概念与区别，不仅是思想的作用，而且有实物与之相符合。然而所谓的知识与对象相符合，不一定是说它们二者是一样的，也不是说前者必是后者的影本。我们若不以个体为起点，便不能思想；然而既然以之为起点，则思想时必须用共相。我们由逻辑方面来区分种与类；种必包含类，类必包含个体。各个体与其同类中的个体不同；各个体间有差异，犹如各类间有差异。各个体不能再分，因为其是一个不可再分的个体，是终极的实体，其小无以复加。个体的差异，构成特别的个体。个体是类之上加了个性的差异，正如类是种之上加了特别类的差异一样。个体是由普遍的本质，加上个体的本质。由动物进化出来的人，是加了人类的特性于动物性上；苏格拉底是一般的人性上，加了他的特殊的个性。邓斯·司各脱说这种个别的差异是个性的本原，不是托马斯所说的物质是个性的本原。各个体之所以成其为各个体，不是因为各个体中的物质，而是因为各个体的个性；若是因为各个体中的物质，则同类中的各个体皆是相同的，而无差异了。各个体的差异不在于外表的物质，而在于内潜的性质或法式。
我们从分析共相，最后可达到个体；反之，我们综合个体，一直前进，可以达到最普遍的概念，即最高的本质，超越一切。除此以外，还有其他超越的概念；我们常用之来论述万物，如统一、真理、善、齐一与差异、偶然与必然、实现与潜伏等。
第五节 神学
邓斯·司各脱和托马斯一样，主张我们推论神之存在，只能由神创造的工作——其证据潜伏于创造的精神中，理性可以使之实现——然而神之万能，或神之由无创有，则不能证实。神是纯粹的法式、能力或实现；神之中，一切东西皆是明显的，不是潜伏的，不然，它便不是完全的，更不是绝对的精神。神的知识是一切真实可能的事物的活的直观。我们由世界上的事实来推论第一因，思想必定表现它有意识的知识及目的。然而我们不能由神的本性或本质演绎先天的神之智识。根据经验推论而来的论证，方有合理的确实性；当时经院学者所遵循的其他一切思想法式，邓斯·司各脱皆排斥之。由于同样的理由，我们能认为神有意志；神的意志无限，有绝对的自由。这不是人类理性所能解释的，而是基督教所能解释的。神的意志注于世界，必是永久地注于世界，不然，若有某个时间断了，则是神之中发生了变动与不完备。
一切创造物，皆是法式与物质、实现与潜伏的结合；一切创造的心灵——天使与人魂——皆有物质与法式。（这是邓斯·司各脱派与托马斯派之间的争论点。）据邓斯·司各脱说，潜伏性含有某种物质性，唯有实现的心灵（神）方是纯粹的。物质为万物的共同性质，这是我们所想象得到的。
第六节 心理学
邓斯·司各脱的心理学与托马斯的心理学有很多相同之处。然而他主张法式与物质——灵魂与肉体——是人的实体存在。前节已说过，灵魂是法式与物质的结合，而肉体亦有其法式；他又说，灵魂有种种能力，彼此实质上虽然无差异，但形式上却有差异；换言之，灵魂有各种能力或机能。托马斯与邓斯·司各脱之间，还有一点根本不同之处。托马斯虽然认为意志重要，但在他的思想系统中，以智慧居首席；智慧是最抽象的、最单纯的作用，是最高等的心能，为合理的动物之特质，使意志趋向于至善。至于邓斯·司各脱，则以为意志超出于智慧之上。他以为如果意志必须由智慧来规定，则意志便不成其为意志。意志有取舍之权。想象与知识虽然为意志作用之必需的预先条件，却非决定的原因。意志是感觉与道德原理的裁判官。意志是自由的。
果真如此，则意志无需神恩的帮助，即能依照自然道德的要求而行动。邓斯·司各脱虽然承认此种结论，但他又说若无信仰、希望与爱，则不能得到永久的生命，因为这三种东西是神的恩赐，能使意志执行神的要求。依托马斯所说，永久的赐福，在于沉思神；依邓斯·司各脱所说，永久的赐福是由意志行为所引发的，因为那是与神合一，而与神合一是由于爱，爱是意志的行为。认识神是赐福的根本条件。知识的目的是意志，而意志或爱就是其本身的目的。如果在意志与知识之间有选择的权利，托马斯宁愿选择知识，而邓斯·司各脱则宁愿选择意志。他以为意志是灵魂最高贵、最有价值的心能，其行动有绝对的自由，其选择善是自由的，并非为善的概念所规定的。
第七节 神与道德律
邓斯·司各脱应用此种思想，以说明神。他说，在神这一方面，也是意志高于知识的：它不受制于它的理性。所以我们不能由理论的演绎来认识神的目的，了解神的动作。创造世界并非神之必要；如果神有意志创造世界，必能创造与此不同的世界。它也不受它所建立的秩序的束缚；它可以任意变更之，而不触犯罪过。神所抉择的与所建立的，皆是对的。所以宇宙不是合理的思想之必然结果，如其不然，我们便能自己推论出来宇宙万物，而想及神所有的思想。
同样的理由，支配我们在此世界上的生活与我们彼此间的关系的神圣命令，亦非必然的命令；换言之，神之命令我们遵循某种途径而行，并非由于行为的规律有理性的根据或必需者，不过是因为神要人如此行动而已。神未尝不可制造谋杀与夺妻以及侵夺人财产的权利，但此皆非认为是罪过的社会。我们不能由绝对的道德律上来推演出这些法则，亦不能由爱的命令上来推演出这些法则，因为它们不一定是由爱的命令产生出来的，而且爱之法则并不是自然之法则：我们不能证实神之爱是自然之法则。然而邓斯·司各脱认为“十诫”中头四道命令为必然。在原理上，这自然要与其自由意志论发生冲突，因为如果神受必然法则的支配，则不是绝对自由的了。邓斯·司各脱于是辩证如下：人须崇拜神，无须崇拜此外的诸神，也不可渎神之名——这是自明的法则；这些法则出于神之自爱，不是出于固执的意志之命令。
因为神是无所不能的，所以它的命令最终一定要完成。神的命令是赏善罚恶，但是谁该赏，谁该罚，不是已经决定了的。神是绝对自由的，它能变更它的意志，而为其所欲为。神的意志是绝对公正的，因为神所欲者，皆是绝对公正的。
第二章 唯名论
第一节 合理的神学与共相
托马斯与邓斯·司各脱皆限制或然的真理之范围。他们以前的经院学者所证实的言论，他们皆纳入教权与信仰之域。然而邓斯·司各脱比托马斯更进一步，他不仅划分哲学的范围，也考察批评那些曾经支持了基督教教义及自然神学的论据。他严格地检定经院学者的智力活动，精密地分析他们的推论中何者真实，何者不真实，并保持思想于他所认为的正当范围内。他对于人类理性并不缺少信任，而且应用逻辑上的方法于哲学及神学上。然而信条虽可由天启给以合理的说明，但若无自然的理性之助就不能取得之、证实之，又是他所显然知道的。有些思想家受了这种思想的暗示，于是做更进一步的设想。他们把或然的神学上的真理驱逐出经院哲学的范围。他们以为神学中没有什么可以被证实的了；神学完全不是一种学问，教义不仅不能被证实，且不能被理解。故我们不要使之理性化，只要服从之、信仰之即可。教条虽然与理性不符合，但是真理。信仰那不能被证实的教义，是可嘉赏的。
托马斯与邓斯·司各脱的实在论所暗示的，还有一种思想。如果个体如邓斯·司各脱所说，是终极的实体，如果个体不是偶然的特质，而是共相最后的实现，那么个体是最真实的实体，是科学研究的唯一对象。共相非真实，而是心理中的抽象品，是表示个体所共有的性质之方法。这是经院哲学初期的唯名论（罗塞林的唯名论）之复活，也是唯名论之告终。
第二节 奥卡姆的威廉
据奥卡姆的威廉（1285年—1349年）说，唯有个体存在，而我们的一切知识，皆以个体为起点。所以直觉是很重要的，我们由之而认识事物，并加以判断。我们由个体抽绎出其所共有的性质，进而造成共相。这不是我们有这样的特别心能，而是两相同的个体呈现于我们面前时，我们自然而然地抽绎出来的共相。然而这种共相不过是我们心中的观念或思想，用语言或符号来表示。所以学问完全是讨论这些符号或术语。然而此非谓我们的判断仅是对付观念的，实则是对付万物的。
归结起来，共相不在我们的心外，共相不在万物中；如果以为共相就像实在论者的主张，在万物之中，便是把抽象物实体化了，将要引入荒诞之中。神心中亦无如同实体的共相；它的心中，如我们的心中，只有个体，只有个体是实在。
直觉的知识中所包含的，除了感官知觉之外，还有我们内心状态的知识；所谓内心的状态，是智慧、意志、喜悦与怨仇；直觉的知识比感觉的知识确实多了。感觉的知识不能知道心灵之本性，只能察觉其活动。直觉的知识之外，我们尚有威廉所谓的抽象知识。抽象知识是由演绎法或三段论式而得到的知识，是必然的真理。
然而构成我们论证的原理，是由经验中归纳出来的。所以经验是我们一切知识的源泉；一切超越经验的知识皆是信仰的事实。神之存在，既不能由本体论上来证实，亦不能由经验上来证实。神之存在于合理的根基上是或然的，然而信条则非理性所能了解。欲使基督教教义理性化，是不可能的，我们只有信仰之。所以无所谓神学的学问；我们完全仰赖默示，以信任宗教真理的确实。哲学与神学，彼此不相干涉。神是无所不能的，不受任何规律的支配；其思想、意志、行为完全自由。它能建立未曾建立过的道德规律，使我们遵循之。它的意志高于它的理智。
第三节 唯名论与实在论的对抗
以上诸意见中，舍弃了经院哲学所由来的基本原理。经院哲学的目的，原在于把基督教的信仰理性化，换言之，在于结合哲学与神学。现在则以为此种目的不仅是一种假定的计划，而且是徒劳无益的。经院学者的神学是冒名的学问，其信仰的内容，非理性所能承认。虔敬的方济各会宣扬此等见解，固守他们的信仰，然而具有其他脾性的人则依然不愿抛弃把宇宙理性化的念头。开始是托马斯派及邓斯·司各脱派之间的争论，现在转而为实在论与唯名论之间的争论了。二者各走极端，争论激烈。1339年，巴黎大学禁止用奥卡姆的威廉的书籍；1340年大辟唯名论；之后一百多年，巴黎大学的教师必须立誓教授实在论。然而在其他地方又建了四所新大学，以讲授唯名论。如1348年所建的布拉格大学，1365年所建的维也纳大学，1386年所建的海德堡大学，及1348年所建的科隆大学，皆教授唯名论。两者对垒，历时一百余年。
威廉的弟子中出色者，有约翰·布里丹，讨论意志自由；艾伯特·萨克生著《逻辑与物理学》；此外还有很多人，波耳额尼（1350年—1425年）以为内心知觉比感官知觉确切些，承认演绎推论的科学的确切性。
罗伯特·侯卡特专注于哲学思想的发展，不顾其对于教义的结果如何。尼古拉斯批评因果概念，并反对亚里士多德，采取原子论及宇宙永久复活论。约翰·格尔松（1363年—1429年）根据唯名论，以主张神秘论，力言启示、忏悔与信仰的重要。萨宾德·雷蒙德想调和自然与启示，借神对于自然的启示，来证实基督教教义。
第三章 神秘论
第一节 正统派与异端的神秘论
当我们讨论中古时期的各种思潮时，常见经院哲学后随有神秘论的影子。许多学者以不能接近于神的研究为满足；如果不能使他们与神直接交流，而有亲身的经验，他们就以为神学无意义。14世纪神学思想的潮流偏向于神秘论的宗教运动。
14世纪时，有两派神秘论：（一）拉丁神秘论；（二）日耳曼神秘论。前者服从于教会，步波拿文都拉之后尘；后者对教会采取独立的态度。波耳额尼、约翰·格尔松、萨宾德·雷蒙德属于前一派；埃克哈特（1260年—1327年）、亨利希（1300年—1366年）、约翰内斯·托列斯（1300年—1361年）及荷兰的神秘论者，皆属于后一派。
第二节 埃克哈特
埃克哈特为神秘论运动的大师。他的神秘论虽然以托马斯的思想为基本，然而其中的新柏拉图主义的成分甚为显著。他在拉丁文的著作中，表现他的意见是很工整的，与经院哲学的遗风有关联。他在日耳曼著作中发表的意见是个人的、感情的与通俗的，其道德与心理的最大影响亦由其中表现出来。他的影响在于民众方面，而不在于僧侣方面。然而他的兴趣则常在思辨上；他不像14世纪时大多数神秘论者专注于“与神之神秘的融合”；他把基督教的人生观给以合理的解释。他的神秘论是主智的神秘论。
埃克哈特与新柏拉图派一样，以为神祇是不可知的、无限量的精神实体，是无限地潜伏万物而统一于其中的。神祇的起始终了，是神祇本身所不知的。因为神祇是如此的超越，故不能默示本身；神祇的表现，唯在三位一体中。在此三位一体中，三种东西永久地出于神，而复返于神。神祇唯有由思索其本身而后能变成神。神欲思索其本身，必须靠三位一体与世界。神必须自知、自相沟通而择取善者。凡此等程序，埃克哈特皆认为是无时间性的、无变化性的。他将人类的范畴应用于绝对之神上——之后又认为其不适宜于超越的实体，给取消了。
这绝对之神是世界的根基；一切永久的观念俱在其中，犹如美术工作存在于美术家的心中。世界是一个永久的创造。万物在神中，神在万物中。有限的心只认得复杂多端；无时间与空间的心便认识万物的全体：在神心中，万物皆是永久的现在。埃克哈特为了免除泛神论，于是划分了统一的理想世界与暂时的世界。世界由神的本质流出，然而包含于神的本质中；世界虽然在神中，然而非与神同一。无万物，则无由认识神。神无万物不彰，万物无神不显。神之真实所在处，是人类的灵魂。
认识是灵魂的最高机能；认识的最高阶段是超越自然的。所谓超自然的沉思，是超越时间与空间；超自然的沉思为了与其对象——神合一，乃超出于杂多、暂时及外表之上。灵魂之所以能如此，是借助于神圣的火光。灵魂与神心合一，不是由于我们自己的活动，而是由于存在于我们本身中的神的活动。知识的全部程序，是由复杂而至统一，不达到超过一切反对、差异之至高不动的境界不停止。
所谓道德，是在于使灵魂回归于神。欲实现此目的，各人必须弃其个性。凡欲认识神的人，必须灭绝自己，而攒入神中，回复其原状。最高的自身解脱是贫乏。贫乏的人，无知无欲，一无所有。人若不依照神的意志行事，或渴慕与神永久，便非十分贫乏，亦非十分完全。为行动之目的而行动，为爱之目的而爱；纵然无天堂或地狱，亦要为神之善而爱神。道德不由行为表现出来，而由本质表现出来。爱是一切道德的原理，目的在于趋归于善、趋归于神。救济不照外表的行为——如斋戒、节欲。唯有做事的精神是善，方是善；所以道德是一，而无等级。正当的行为，将由正当的道理而出。若做事与神的意志相反，便无神之爱。沉思固然是要紧的，但仅仅的沉思是自利。如果一个人处于无我之状态中，知道一个穷人需要救济，他最好是停止其无我的状态，而去救济之。
人依赖神之恩赐，复与神合一。人成为个人后，即将神之善表现给神。神若无人的灵魂，便不能自知；人包含于神的本质中，神由人而表现其工作。它的事业之对象，即是人。人返于神，即与神复合为一。神之变为人者，盖以便于人之变为神也。
埃克哈特的门徒忽略了他的神秘论之思索的方面，而专注于实用的宗教的方面。他的神秘论的本质，记载于一部著作中，之后由路德发现了，名之为《日耳曼神学》而发刊之。在宗教改革运动中，这部著作很有影响。
第四章 自由思想的进步
第一节 中世纪的理性论
中世纪的使命，在于准备让新兴的人民接受并保存基督教的文化。这种使命由教会来执行；教会就是新兴的民族之精神的培植者。然而此等如同婴儿时期的需待培植的新兴民族长大了，到了成人时期，培植时期就要告终，这是自然而然的。到了这个时期，哲学史上遂开一种新局面，不是忽然呈现的——这是历史上所罕有的——而是逐渐累积过去时代的特质，是长久进化的结果。经院哲学原是渴慕理性的内识之结果，原是想找出其所信仰者的理由。它原本类同于希腊思想史上黄金时代建设伟大的玄学系统的研究精神。诚然，它的研究之目的，是由信仰规定的，因此就把哲学变成了其奴仆；然而在其划定的范围之内，人类理性大有自由之余地。中世纪时寻求合理的知识之态度，自然不同于初期基督教时代的态度。初期基督教未尝荣显其人类理智的成功，未尝想由思索的理性之门径而入天堂。圣保罗曾问过：“哪里有聪明人？哪里有法律家？哪里有辩论之人？上帝竟然使此世界上的智慧愚笨了吗？为何除了上帝之外的世界，没有由智慧认识上帝而以信者得救的愚昧宣传来取悦上帝？”中古时期的经院哲学并不是这种精神。一般神甫及教会的博士皆热烈地希图了解其信仰，皆欲使其信仰理性化。他们想由智慧认识上帝。但他们研究世界，不如我们现今之研究世界；其找寻真理之态度，亦无希腊的独立态度。这完全受了他们所信仰的绝对真理之拘束。他们运用他们的理智，全在于弥补他们的系统。他们的兴趣在于超越的世界，在于我们地上的生活与天堂的关系。自然界所发生的现象，他们漠不关心，除非他们发现与神的计划有关系，他们才会理会它。教会不反对这种科学研究，但如果有不能证实教会之基本真理的事实，就弃而不论。
第二节 国家主义的兴起
我们要知道，反对教权的独立精神，虽然有长期的沉闷时期，但未尝完全灭迹。这种精神表现于国家与教会的政治范围的争论中。这种政治的斗争，为时甚早，两方面均极激烈。忽而教会得胜，忽而君王得胜。格列高利七世（1077年）时，是教会得胜，日耳曼皇帝亨利四世竟赴卡诺撒朝拜教皇。英诺森三世（1198年—1216年）时，教会的权力达于极点。然而自此以后，便衰落了。法兰西皇帝腓力四世（1285年—1314年）战胜了教皇卜尼法八世，夺取了教皇之政权。在这个时期中，唯名论与日耳曼神秘论两种独立的运动，为冲锋陷阵之先驱。自1378年至1415年间，教皇之管辖权一分为二，有两个教皇做主。有一段时期，竟然有三个教皇做主。这种分崩离析的情形，更足以令教会不能保持尊严。不幸的是，巴黎大学又产生了国家教会的观念，以为如果世界上可以有两个教皇，何以各国不能有其自己的最高主权呢？教会内部亦发生了对于教皇之专制主义的反抗，盖以为教会既然高于教皇，教皇就应该服从于教会会议。这就是国家主义与教会主义间的冲突，亦即民主主义与专制主义间的冲突。其实这冲突发生得甚早，12世纪时就已经有了。当时布雷西亚的阿诺德反对教会的政治权力，而建设一个共和国于罗马；但时间很短，阿诺德亦被绞死。开始教会的学者尚偏袒教会，继而便渐渐地反对罗马教皇的政权。
看重教会的权威者，一般都是旧经院学者；到了14世纪时，亦不乏其人。但丁（1265年—1321年）则以为世事归于皇帝管理之下，神事归于教皇管辖之下。弗洛里斯的约阿希姆、奥卡姆的威廉、威克里夫（1330年—1384年）、帕多瓦的马西略皆反对教会的政权。马西略主张帝国主义主权论及契约论。
第三节 异教的思潮
我们要记着，与基督教对垒的异教思潮，从来未曾消失。我们若追究教义的进化，就可以发现许多宗派与正统派的主张不同。极端服从于保罗的马吉安，为新教运动之祖；其信徒自5世纪以后，满布于小亚细亚地方。11世纪时，卡特里派被发现于南法兰西。教会残酷地反对“反教皇党”约数百年，借宗教裁判的恐怖，来镇压住反对党。12世纪时，北意大利发现一种沃尔多教派，此派建立于沃尔多。
14世纪与15世纪时，发生了大的宗教改革运动，创其始者为英格兰的威克里夫。继其后者，是波希米亚的约翰·胡司（1369年—1415年）。威克里夫反对教会组织、圣徒崇拜、牧师独身、僧侣生活、弥撒、化身、教会政治、教皇主权，要求回复原始的会议组织及教皇与国家的独立。因为宗教改革的要求发生了，政治与社会改革的要求亦随之而发生。英格兰的瓦特·泰勒、德国的托马斯·芒泽为社会革命的领袖。
第四节 自由研究的精神
这样的独立思想之征象，在反对正统派的哲学之哲学家身上，亦可见之。如前面所说的，厄里根纳、约西姆、图尔奈的西蒙、贝纳的阿马尔里克、狄南的大卫诸人所主张的咒骂教会的泛神论，皆是显明的独立思想。圣维克多之虔敬的神秘论者动摇了经院哲学所建立的基础，否认理性与信仰——科学与宗教之调和。12世纪时，正式的经院学者之中，亦有各种自由的思潮。他们常常不顾正统派的思想而独立地发出议论，纵然与固定的教义有冲突，亦在所不惜。安瑟伦的唯一目的，本在于把信仰理性化，亦常常与其前辈奥古斯丁及厄里根纳相同，但有趋于违反教会的教义之危险。罗塞林的共相论，亦完全是异端。阿伯拉尔的一生，完全是消磨于理智的研究与教会的忠义之冲突中。教会中的主教如沙特尔的伯纳德、孔切斯的威廉及其他诸人的著作中，亦有自由思想的火花。当时学者所讨论的问题，由现今之人观之，虽然愚笨可笑，但这是由于今人的人生观变了；若就中古时期的宗教文化来看，他们是有研究精神的思想家之代表。
13世纪时，学者的兴趣由柏拉图的实在论转入亚里士多德的实在论中了。学者的兴趣，转入亚里士多德的研究，亦是一种思想自由的代表。亚里士多德的著作是从不信基督教的阿拉伯人手中转到西欧来的。他的哲学要被教会禁止，自然是不足为奇的，但不久却发现其哲学足以迎合教会的需要，遂采之为教会的哲学。因为理性与信仰的结合从13世纪初就已经松散，而这种新宇宙观足以巩固之。亚里士多德的哲学一方面固然阻碍了当时自由思想的潮流，然而另一方面则证实了经院哲学的危机，进一步促进了独立思想的精神。为何呢？教会既然把一个不信基督教的哲学家抬举得那样高，便把一班人的理智活动范围扩大了，并增强了他们对于古代学问的注意。再者，亚里士多德的思想足以引起自然研究的兴趣，这也足以证明其是自由思想的兴奋剂。亚里士斯多德的哲学所引发的自然研究，构成了由柏拉图的实在论到唯名论的桥梁，进而开了近世科学之先河。原来，亚里士多德的哲学是自然主义的，基督教的思想是超自然主义的。托马斯虽然有心想用超自然主义补充亚里士多德的自然主义，然而两者之间终究有冲突。早晚这种冲突会显现出来，不过亚里士多德的学说仍然占了上风。
亚里士多德毕竟是希腊的天才哲学家，他的哲学使经院哲学解体了。托马斯根据亚里士多德的学说建立了一种思想系统，虽然足以满足教会之要求，但邓斯·司各脱相信自己所发挥的是亚里士多德的思想，是反对托马斯的理性论与命定论的。邓斯·司各脱力主个体之真实，因而坚决地肯定个人之重要与个人良心之价值。而且他的学说开了经验论与唯名论的先河。如果神不是由其理性之决定来创造世界，则自然法则亦非自然的了，也不能根据理性之法则从神之理性来演绎了。万物之所以成其为万物，是由神使之然；如果神欲成其为别的样子，亦可成为别的样子。所以要想知道自然是什么与自然如何活动，必须观察自然；经验就是知识的源泉。再者，如果个体是终极的实体，不来自经验，如何来认识它呢？
奥卡姆的威廉大胆地发挥了邓斯·司各脱学说的含义，攻击经院学者的根本思想。他以为共相如果非真实，便仅仅是文字了；如果神学是空虚无物的学问，教会就该抛弃它。教会须要与理性及世界绝缘，还是回复到简单的信仰与原始的民主的教会组织。
神秘主义通常是厌恶合理的神学的。它虽然有反理性主义的趋势，然而12世纪与13世纪的神秘论者仍然以为教会之固定的教义是真实的。到了14世纪与15世纪，则不然了，神秘论者变成了泛神论者与唯名论者。他们的学说虽然仍有宗教的味道，可实际上，却大大地削弱了经院哲学及教会的势力。