哲学家的意图，在于以经验世界为其立论的出发点，由经验的分析，来达到事物的本质或原理。这种学问方是本体学。我们由各个物体抽绎出其共同的性质，故只有共相能成立，或个体有共同性质时，方有科学。我们对于神灵没有共相，故对神灵无明确的知识。
第一章 阿拉伯哲学
第一节 希腊原料
西欧之开始认识亚里士多德的著作，是由阿拉伯文翻译而来的，是由阿拉伯的哲学家以新柏拉图主义的精神对亚里士多德的注释与论述。穆罕默德的信徒，因为其强烈地反对不相信伊斯兰教之人，于632年征服了世界。711年，又把叙利亚、埃及、波斯、阿非利加与西班牙纳入掌管当中。在叙利亚地方，穆斯林认识了亚里士多德的哲学，这种哲学带有新柏拉图主义的色彩，在东方帝国，曾风行几百年，又由聂斯脱利派传于叙利亚。阿拉伯的学者不仅翻译了亚里士多德自己的著作，而且翻译了别人对他的著作的注释，开始是由叙利亚文译的，之后由希腊文译的。他们也翻译了柏拉图的《理想国》《法律篇》与其他书。阿拉伯的学者又研究由希腊文译出的数学、天文学、医学及其他自然科学，他们对于这些学问皆有有价值的贡献。阿拉伯的学者所研究的亚里士多德，是穿了新柏拉图主义的衣服的亚里士多德，那些衣服是他的后来的注释者给他穿上的；因为这种事实及新柏拉图主义假充的亚里士多德的著述，故以流露说说明亚里士多德的哲学，绝不感到困难。
第二节 各种学派
伊斯兰教的学者，借着希腊著作的帮助，将他们的宗教安放于哲学的基础之上，进而创造出一种不同于西欧的经院哲学。他们的中心问题与基督教徒的一样，是神之默示对于人类知识与行为的关系；他们研究学问的目的，在于调和《古兰经》与理性，使其信仰理性化。
穆斯林的学者，开始争论的问题是：“神之预定”与“人之自由”的关系及“神之统一”与“神之属性”的关系。正统派承认《古兰经》的教义，不加更正。认定有一个全知全能的神，预定万事万物。自由思想家反对此派，把理性作为真理的标准。他们觉得有研究哲学的必要，所以根据希腊的各种思想，来维持其见解，然而未曾建立自己的系统。及至10世纪，理化论一派发生了一种反动，反对哲学，而同情正统派。亚里士多德的神及永久的宇宙说及新柏拉图派的流露说，皆被排斥，认为与伊斯兰教所主张的一个有人格的创造者的概念相抵触。阿舍利（873年—935年）所领导的反动派，极倾向于原子论，认为原子是神的不断创造。然而同时，他们否认自然的因果关系与一贯性质，其目的在于维持神之绝对的任意权力与奇异的干涉之可能性。
忠于哲学的理性论者的职务在于发挥了许多学说，其中有亚里士多德与新柏拉图主义的成分，有时还有新毕达哥拉斯主义的成分。他们中有些人注重新柏拉图主义的思想，以实用的、伦理的、宗教的问题为研究的主旨；另外有些人专注于亚里士多德的思想，以其逻辑为必需的准备，来建设他们所认为的根据自然科学而树立的玄学。
阿拉伯的新柏拉图主义的典型，是一部《科学百科全书》。此书由51篇论文组成，出于10世纪的宗教哲学者团体——恳亲兄弟会之手；对伊斯兰教世界大有影响。这个团体与意大利的旧毕达哥拉斯派相同，其理想在于借哲学的研究，来完成人类的灵魂，以类于神。他们的伦理的、宗教的主张，是根据于新柏拉图派的流露说，以为万物皆由神之绝对的统一性中流露而出，之后又返入其中。人是宇宙的缩影——小宇宙，必须脱离物质的束缚，清洁自身，而返于其所出的地方。《科学百科全书》充满隐秘之说，其最后一部分对于占星术、巫术与炼金术讨论甚详。
米希克维希在《道德之精炼》一书中所论述的伦理学，杂有柏拉图、亚里士多德与新柏拉图派的思想。伊斯兰教的苏非主义，注重新柏拉图主义的神秘一面；现象界是幻象；物质是由神所流出的最下等的产品。到了禁欲与无我的境地，则灵魂可以脱离迷梦，而没入神之中。由苏非主义之绝对的灭绝个人之灵魂观可以看出，其显然是受了佛教的影响。
第三节 理性论
阿拉伯学派的另一派别的代表，有阿尔铿底（死于870年）、阿尔法拉比（死于950年）与阿维森纳（死于1037年）。此派注重逻辑，以逻辑为哲学研究的发端；又高唱玄学必须根植于自然研究之上。但是他们的自然科学观是很肤浅的，含有怪诞的概念、宗教的迷信、难解的理论。他们以梦妖术、炼金术、占星术、魔术之说明为自然科学的正当部分。他们相信天界的神灵；他们把它视同《古兰经》与《圣经》中的天使；他们几乎都是神秘论者。其未沾染迷信者，唯逻辑与数学而已。这些思想家皆未得到亚里士多德的真义，皆以新柏拉图派的有色眼镜来窥探亚里士多德的学说。他们依据新柏拉图主义者对于亚里士多德的注释与说明，来研究亚里士多德的学说，就不奇怪真的亚里士多德之湮没不彰了。
阿拉伯的哲学家对于逻辑的研究，大多表示出很好的判断与论辩。他们对于共相的问题，也很有兴趣。阿尔法拉比说，共相离了个体，不能存在，它就在万物中；但人人心中有个体的法式。阿维森纳也说，除了神心之外，共相不能如同一个独立的实体，先于万物而存在；在我们心中，它是后万物而存在的，是由个体抽绎出来的；它存在于万物之中，杂有万物的偶然性质。
阿尔法拉比与阿维森纳在玄学上的主张，是由他们宗教的要求而来的。他们在必然与潜势之间，设一区别，以图消磨亚里士多德之永久的宇宙观。他们对于永久的、原始的实在，与亚里士多德相仿，认之为智慧，是必然的、无因的；其他的东西皆依之而存在，受其制约，而且潜伏于神之中。世界由本源而进化是一种流露的程序。阿尔法拉比以为物质是此程序中的一种现象；阿维森纳则以为物质是永久的、非创造的。但是两人都认为创造是物质中潜伏性的实现；物质的法式是神给的，神给物质以法式（潜伏性），而后由其活动的智慧实现之。据阿尔法拉比说，这是时间中的一个程序；据阿维森纳说，低者由高者流露而出，是永久的程序，因为结果永远与原因同时被发现，所以宇宙是永久的。
由神流出者之中，有一种是活动的创造的思想，是月星之灵魂，给万物以法式。潜伏的智慧之实现或人之知识的产生，即来自此普遍的活动的智慧。据阿尔法拉比说，这样实现的人类智慧遂变成简单不灭的实体。
哲学的目标在于尽可能地要知神而像神。据阿维森纳说，这种目标可依教育与神明而达到，然而阿尔法拉比则说唯有灵魂与神之神秘相融合，而后方能达之。
第四节 东方哲学的衰落
11世纪末，阿拉伯哲学在东方到了末日。阿尔加惹尔（死于1110年）著《哲学的毁灭》，攻击哲学，谓哲学不配得到真理。他攻击伊斯兰教正统派所持的理论，如创造说、人格不灭说及神之绝对的预料之信仰——神能预知人生将来的精细情形而随时干涉之。阿尔加惹尔的著作出现之后，不仅打倒了一些哲学家，而且引起了当时政府焚烧那些哲学书籍。
第五节 西班牙学派
东方阿拉伯哲学虽然衰落，但西方阿拉伯哲学却仍存在，并兴盛于西班牙的穆尔西亚，尤其是科尔多瓦，这是一所有名的学校所在地，其中穆斯林、犹太教徒、基督教徒皆自由地研究学问，互不干涉。西方阿拉伯的思想家中重要人物有：阿泛柏斯（死于1138年）、阿布巴克尔（死于1185年）与阿威罗伊（1126年—1196年），这些人是物理学家兼哲学家。阿威罗伊的思想，是阿拉伯登峰造极的思想，而且影响了基督教的经院学者。
阿泛柏斯否认个人不死，只认为表现于各人心中的普遍智慧是不灭的。他又反对神秘论：人生理想在于超出灵魂的低级阶段，而入完全的自我意识，在自我意识中，思想与其对象浑一；然而这种目的并非由无我的境地达到，而是由我们的精神机能逐渐而自然地发展而达到。阿布巴克尔大半赞成此说；他在他的哲学小说中，描述了一个独居荒岛的人，其自然的心能逐渐发展，之后因为禁欲与无我的功夫，而得以与神结合。
阿威罗伊把亚里士多德抬举得很高，认为亚里士多德的智慧是人心的完善。他的主要心愿即指出真的亚里士多德，但这种心愿很难说已经实现过。他的心愿之所以不能实现，一半是因为其依据新柏拉图派的成见来观察希腊哲学，一半是因为中古时期的哲学家皆欲使哲学适应宗教的要求。无论如何，他接受了伊斯兰教中不纯粹的亚里士多德主义的基本教义：流露说与普遍智理说。
阿威罗伊说，法式含蓄于物质中，不是由外面加上的，是由较高等的法式之动作实现的、发展的，其最高等的法式为神圣的理智，寻常所谓的创造是不对的。有一种普遍的活动的心，影响个人而使之有智识。阿威罗伊解释如下：个人的灵魂自然地倾向于这种影响；这种灵魂依靠普遍活动的精神动作，而变为潜势的心，因而有含蓄的智慧。普遍活动的精神与灵魂相结合，能够接受智慧，产生个人化的灵魂；灵魂因为普遍精神攒入其中，而能接受智慧变成个人化的，恰如阳光普照物体，物体接受阳光，而阳光变成个体化的一样。含蓄于个人化的灵魂中的知识，因为普遍的精神通过个人化的灵魂的进一步作用而实现出来，升为最高的自我意识，与普遍的精神合而为一，或攒入其中（神秘主义）。这是人类心理方面所共有的现象。个人灵魂不死，就是这个意思；因为唯有普遍的精神是不灭的。阿威罗伊认为普遍的精神是由神流露出来的一种东西。
阿威罗伊说，普通人得不到全体的真理。宗教中所说的真理是征象，哲学家以比喻说明之，普通人就字面意思讲求之。所以一件事情在哲学中是真的，在宗教中则不是真的；在宗教中是真的，在哲学中则不是真的。因此他说必须用理性来推论智慧的一贯性，但他又主张信仰而且有与此相反的意见；到晚年有人揭发其主张有害于伊斯兰教的教义，他遂被逐出科尔多瓦教皇的教廷。
基督教教会之所以不信任阿拉伯哲学的原因，不是难以明了之事。因为教会既然已经与泛神论的异教徒开战，自然不愿意开门引入其他的异教学说。
第六节 犹太哲学
上述阿拉伯的各种思潮，对于中古时期的犹太思潮大有影响。11世纪生于西班牙的阿维斯布隆著有一书，统括了新柏拉图主义，为欧洲经院学者所共知。这时期最大的犹太哲学家为摩西·迈蒙尼德。他是一个亚里士多德的信徒，认为亚氏是地上的权威，但又承认犹太思想中神的启示知识，否认从无中创造及全知上帝之说。他又传授自由意志及灵魂不死之说。
第二章 亚里士多德的盛行
第一节 经院哲学与亚里士多德
亚里士多德的哲学之研究，给了经院哲学以新生面目，只是未立刻给当时哲学的思潮以大变动。当时之所以采取亚里士多德的学说，是因为其足以巩固流行的经院哲学之基础。经院学者的主要目的，在于调和宗教与哲学；而亚里士多德的哲学，为希腊最完备的哲学，足以用之来达其目的。亚里士多德的哲学，包含人类知识中的各门类，有确切的结论、固定的用语、明了的文词，可以化育经院学者及一般人。他是逻辑上的大师，足以满足经院学者的辩论要求，使其能够拥护或反对主要的论说。
经院学者插入亚氏理论中很多其所需要的理论。若遇不能调和之处，则经院学者亦不难加以轻易解释或更改以使之合于教会的观点。亚里士多德有一个纯粹精神的神，超乎宇宙之上，而与宇宙不同；然而又是宇宙的最终原因。这种有神论及二元论的意见，与基督教恰好相符合。他有一种透彻的目的论与自然观，与常识相符合，足以引起学者们开始研究自然时的注意；因此，他又成了自然研究中的权威。由此看来，经院学者根据他的哲学来维持基督教的宇宙观，就不足为奇了。然而亚里士多德的哲学与基督教哲学之间，有极为不相同的几点，也是实情。这可以由经院哲学的发展史上看出来。亚里士多德主张宇宙之无始无终；基督教则主张宇宙是由无中创造出来的；他不主张人格的不灭，而基督教则主张之；他的伦理学是自然主义的，基督教的伦理学则是超自然主义的。然而二者之间虽有差异，但经院学者则力图调和之、折中之、补充之，以合其要求。
第二节 奥古斯丁的神学
10世纪时传统的神学运动，未尝因亚里士多德的兴盛而归于消灭。教会的教义依然仗着柏拉图的势力而发展；奥古斯丁的神学——旧教思想与希腊哲学的最大综合，依然有重大的势力。10世纪初，经院的功能，在于尽量消化新的材料，以纳入自己的圈套中。然而有些基督教学者，仍未受新哲学的影响，阿勒的亚历山大与根特的亨利即其最著名者。如大阿尔伯特及托马斯·阿奎那，就欲综合亚里士多德派的哲学与传袭的经院哲学。
阿勒的亚历山大首先利用集句派神学书中的新学说来证明教义。他先问后答，其所答者是根据教会的主张，用三段论法来证实之。在信仰上，他依据于安布罗斯、奥古斯丁、杰罗姆等辈；在理性上，他依据于柏拉图、亚里士多德、阿尔法拉比、阿维森纳、阿尔加惹尔、西塞罗等辈。他的神学、玄学及心理学中暴露了他偏向于奥古斯丁的情形，又暴露出了他未尝透入新思潮中。
第三节 阿尔伯特
阿尔伯特于1200年生于符腾堡，在帕多瓦及博洛尼亚两所大学中研究哲学、数学、医学、神学，于1222年加入多明我会。他在巴黎教授哲学，获得极大声誉，时人呼之为大阿尔伯特。他死于1280年，著有《亚里士多德哲学的注释》。
教会中的学者，首先将经院哲学的基础安放于亚里士多德哲学之上者，为阿尔伯特。然而他的著作中受到了阿拉伯学者的影响，是显而易见的。他对于神学上的问题的讨论，依归于摩西·迈蒙尼德的著作。他对于自然科学的研究，有深沉的热心，人常称之为罗吉尔·培根的先行者。他对自然研究虽然注重经验，然而有经院学者的习惯，并戴着亚里士多德的眼镜，来观察自然。阿尔伯特之出名，不在于其学问之深厚，而在于其学问之广博。但关于批评的精细、理解的透彻，远不如其弟子托马斯·阿奎那。
阿尔伯特说，哲学方面的问题，应当就哲学来研究；神学方面的问题，应当就神学来研究。这种划分开来的研究，起于经院学者逐渐知道了许多教义，如三位一体及化身诸说，不能用逻辑来证实。例如没有什么东西能够产生于“无”的原理，在物理学上是真的，在神学上则不是真的。在信仰方面，他依据于奥古斯丁；在自然科学及理论的神学方面，则依据于亚里士多德。阿尔伯特的思想，由其弟子托马斯·阿奎那发挥而完成，成为13世纪经院哲学的表率。
第三章 托马斯·阿奎那
第一节 托马斯·阿奎那小传
托马斯·阿奎那于1225年或1227年生于那不勒斯附近，早年加入多明我会，继而肄业于巴黎大学及科隆大学，而为阿尔伯特的弟子。其毕业后，又在巴黎、波仑亚、科隆、罗马及那不勒斯等处教授哲学与神学，专心致志于旧教思想系统的建设。他死于1274年。同曹称之为天生的博士。他对许多古书著有注解，其中就有关于亚里士多德及许多哲学和神学的短篇论文。
第二节 哲学与神学
托马斯·阿奎那的思想，是当时思想运动的典型。他的根本目的，在于证实宇宙的合理性为神的启示。就大要言之，他的思想与奥古斯丁的玄学是一致的，采取教会的主张为基本原理。但其所采用的方法，是亚里士多德的方法。他采用亚里士多德的四种因果律、法式与物质、实现与潜伏及其他原理。他未尝想消磨教会教义的效力。原来亚里士多德的自然主义与基督教的超自然主义互不干涉，故难以反对托马斯·阿奎那的严密的正统教义。
据托马斯说，哲学是由事实而达于神，神学是由神而达于事实。他师从阿尔伯特，在理性与信仰之间划一鸿沟，教义中如三位一体、化身、原罪、世界之创造及圣餐等，皆不能由自然的理性来证实；它们不是哲学的对象，而是信仰的事实，是神示的真理——超越理性而不与之相反。我们虽不能证明之，亦不能反驳之；但能反驳其反对论。例如创造世界之说，我们绝不能拿出必要的证据，因为其是神示的事实；不然，我们焉能知道？然而其中并无不合理性之处。唯有我们信仰之，而后其合理处、或然处及似真处，乃可明了。如欲证明宗教的秘密，即伤害了信仰，因为仅就能证明其合于理性而信仰之，则将无信仰的可能。信仰是意志的事实，意志命令我们承认。托马斯解释这种命令为内在的本能（神请我们信仰），或者为外来的奇迹之结果。
原来神示的神学与“合理的神学及哲学”之分离，已由巴黎大学所公认。该校曾发有命令，说哲学教师不要讨论特别的神学问题。正统派的基督教，不管是旧教还是新教皆承认。托马斯对于哲学的贡献，在于其划分神学的问题于哲学范围之外。邓斯·司各脱及其门徒，则更进一步，将合理的或自然的神学，摒弃于理性的权力之外，将一切关于神的问题，一概置于信仰之上。
托马斯·阿奎那
第三节 认识论
托马斯的认识论，大概取法于亚里士多德。真知识是概念的知识。然而概念的基础在于感觉知觉，换言之，知识来自感觉。灵魂有各种不同的心能，如感觉之心能、活动的智慧之心能、潜伏的智慧之心能。灵魂借这些权力而有种种作用，它由感觉来知悉各个物体的法式或模样。这种感觉的法式或模样，如欲为潜伏的智慧——完全独立于肉体而存在的智慧——所收受或知道，必须解除其中物质的或有形体的东西。解除感觉的模样中的物质的东西，是活动的智慧之职能，它把感觉的模样中适合智慧的成分抽绎出来，成为可知的模样，因为灵魂所能消化的，唯有与其本性相合的东西。故可知的模样，不是空间时间中各个物体的模样，也不全有各个物体的偶然属性，唯有其本质的属性。潜伏的智慧即由此可知的模样而知道事物的普遍概念。所以，若无感觉，人心便不能有所知；感觉中若无造成普遍概念的固有趋势，人心亦不能有所知。这是托马斯指出的我们知识的两方面：感觉的与概念的，单独的与普遍的。他又着重于思想的自动性质，并指出其先天的性质，认为人心有此种活动的倾向。知识含蓄于人心中；人被激发时，知识即表露出来。
外界物体作用于心灵之上，心灵便得着了知识的原料，再由较高的心能，提炼为概念的知识。所以真知识或科学的基础，在感觉知觉或经验之中；而我们能知道的，只有经验中的一切东西。哲学家的意图，在于以经验世界为其立论的出发点，由经验的分析，来达到事物的本质或原理。这种学问方是本体学。我们由各个物体抽绎出其共同的性质，故只有共相能成立，或个体有共同性质时，方有科学。我们对于神灵没有共相，故对神灵无明确的知识。
第四节 玄学
既然科学以共相为其对象，共相必是真实的，不然，将无真理可言。然而所谓共相的真实，并非说其离个体而独立。它不是一个具体的东西，也不是一个实体。共相原来存在于个体中，如“一”存在“多”中，如万物的本质，如万物之所以为万物的原因。托马斯与阿尔伯特相同，同意亚里士多德的主张，以为观念或共相内含于神心中，在人心中应作如是观，并以之为万物抽绎出来的东西。
所以法式或共相为玄学上立论的必要原理。然而仅有共相，不足以解释自然。托马斯与亚里士多德相同，引出一个第二原理——物质，以为自然是法式与物质的结合。形体的本质或本性，由此法式与物质组合而成。托马斯所谓的本质，是万物由它而成其为万物的东西，自然是由法式与物质结合而成的东西。托马斯依照这两种原理的帮助，不仅想解释自然界中的秩序与目的，而且欲解释万物的复杂与差异。有些实在论者以为法式是个体存在的原理，托马斯则以为物质是个体的原理。同类中个体的差异，是由于其体量构造的不同。定量的物质，与其适于该量的物质的偶然特性相结合，成为一特殊的个体。故各个体依物质的分量而成。人类中之所以有特别的人，是因为其灵魂与特别的有机体结合。苏格拉底之所以成其为苏格拉底而与别人有异，是因为其有特别的物质。
除了因物质而存在的法式外，尚有独自存在的法式，无须物质而真实。这种法式是纯粹的精神本质或天使与人类的灵魂。它的本质不是物质与法式的结合，而是单纯的法式。它的个性发生于它本身。
第五节 神学
神是纯粹的法式，纯粹的实现性。我们由信仰而认识神，但我们亦可由推论而认识神，不过此种认识是间接的认识。我们的推论是由已知到未知，由结果到原因，由有限定到无限定。我们由神的创造来推论神的存在，这只能用溯源的方法或后天法来证实。托马斯排斥安瑟伦的本体论的论证，而引用亚里士多德、奥古斯丁及一般阿拉伯哲学家所用的论证。他有四种论证：（子）凡运动的东西，必有使之运动者。一切结果必含有原因；然而运动中亦必有不运动的原理；不然，寻果追因，必至无限，而无所归宿。必有一种独自存在的东西，无须仰赖于别的东西而存在（亚里士多德之说）。（丑）自然的物体只是未定的或可能的；这个或那个个体的存在，不是必然的。所以必有某种东西是真实的，绝对必要的，而且为一切未定的可能的东西之基础（阿尔法拉比之说）。这两种论证，构成后来康德所谓的宇宙论的论证。（寅）万物构成一个完全的阶段，必有最完备的法式来完成各阶段中的物体。既然万物由第一因而发生，则此第一因必是宇宙中最完全之因（奥古斯丁之说）。（卯）自然界的万物，皆为了实现一个目的。这种行为由智慧来指导；这个有目的的宇宙，必有一个有智慧的神。这后面的两种论证，是目的论的论证，是希腊人与经院学者所共用的论证。
所以，神是宇宙之原始究竟（目的）的原因。它是纯粹的活动性或能力；如果它是潜伏的东西，必定需要别的东西使之活动或真实，它就不得不为第一因了。因为神是纯粹的实现性，所以神是绝对单纯的、绝对完全的；神又是绝对的智慧、绝对的意识、绝对的意志。
神由“无”创造世界。因其为万物之因，必为物质与法式之因。因其是纯粹的精神，不杂有物质，物质必不能由它流露出来，必定是它由“无”中创造出来的。然而“宇宙有始”之难证明，不亚于“宇宙无始”之难证明。此两种意见，皆是可能的。所谓神由无创造世界，是说世界之存在由于神，神为世界之必要的原因；那不是说其为暂时的创造或永久的创造。所以我们可由神示而信仰宇宙有始。时间的起点，是宇宙之创造的起点。神不仅创造世界，也是世界继续存在的原因：神之创造，是连续不断的创造。它选择这个世界，为一切可能的世界中最好的世界。它能选择最好的，因为它的意志是从于善的。它的创造的目的，是用各种可能的方法重现它自己，所以它创造各种各样的东西。
第六节 心理学
神创造自然、人类灵魂与天使。天使是纯粹非物质的心灵，有各种各样的。自然物体是有形质的，其法式内含于物质中；有植物的灵魂，有动物的灵魂，然而皆不能脱离物质而独存。人是纯粹的心灵与物质的结合，是一个人格，是完全的实体中的两种本原。然而灵魂是一个非物质的固有的法式，是肉体的命根。它是智慧的、感性的、有机的。它是身体之构成的或生命的本原，是感觉的本原，是主动的本原，又是智慧的本原。它是一个有各种心能的灵魂。胎儿具有感觉的与有机能的灵魂；出生后，方有智慧的灵魂。一到肉体准备接收灵魂时，神即为之创造灵魂。人类灵魂的本质，是由智慧与意志构造而成的；人类灵魂与别的灵魂之不同，即在此处。灵魂虽与有机的肉体紧密结合，然而其智慧的方面则是超有机的，完全不受肉体的束缚。换言之，人类的实质是灵魂与肉体的结合，二者虽然紧密结合在一起，然而不像自然物体中物质与法式之不可解的结合。灵魂是一个智慧的、感觉的、生命的本原。这样的一个三位一体形成身体，并使肉体有感觉、思想、选择等行动。
所以智慧的灵魂无需肉体而能运用其功能；它是不灭的；肉体解体后，依然能够活动。然而没有一个阿拉伯学者所说的普遍的灵魂。如果有，则人既不是合理的生物，也不是道德的生物，其思想与意志将与人所拥有的不同。各个灵魂，于其肉体死后，依然存在，重新构成肉体，与其旧的相仿。
托马斯所用的灵魂不死的论证，是柏拉图的旧论证，是基督教学者与阿拉伯学者所共有的产业。人类灵魂认识共相，是非物质的，因而与肉体分离后，无所毁伤；又因为其是现实的法式（活的原理），所以不能消灭，现实（生命）之意，即继续存在。再者，灵魂希望不死，又是其不灭的另一理由；凡自然的欲望，必要图满足的。
人有感觉的欲望与理性的欲望或意志，以与感觉的知识与理性的知识相呼应。人之欲望与行为不像禽兽，绝对地由外面的感觉印象来规定，他有自决的心能，何去何从，自有权柄。然而在意志有所决定之前，必须有善的观念。所以意志的运动，是由知识做主的。知识运动意志，并非强迫之，而是将其所向往的目的放置于所向往的面前。同时，意志又是灵魂界的运动者，因为其使智慧与感觉发生作用；然而意志对于有机生活无统治力。所以依托马斯之意，知识与意志是互相规定的，不过知识占意志的上风而已。意志由智慧所认为对的或合理的目的来规定，然而并非强迫的。所谓强迫，不是别的，而是外界的原因使之不得不然。人是有理性的，所以是自由的，未经其承认，外界的原因不能强迫其活动；他能择取方法，以实现其理性所认为对的目的或善。
第七节 伦理学
托马斯的伦理学，是亚里士多德与基督教徒伦理思想的汇集。其基本思想，在于神为了实现其善于创造中，而创造万物。万物的本性皆趋向于这个目的。万物实现其本性，以图实现神的观念，并实现神之善。所以至善，由客观方面言之，是神；由主观方面言之，则是万物自己的最大可能的完善，或与神相似。托马斯同意于亚里士多德所谓的人之至善（赐福），在于实现真自我。无理性的生物，由神所赋予的自然的或感觉的冲动来规定，以实现其目的；有理性的生物实现其目的，则是自愿的、有意的。最高尚的行为是思辨与探索，而思辨之最高的目的物，是神。所以人实现其真自我——完全于最大赐福——在于认识神。但是认识神的方法甚多。（甲）我们有一种自然的、直接的、不假思索的认识神的方法；然而这不能给我们以完全的幸福，因为其非完全的活动。（乙）我们可以由推论来认识神；然而此非一切人类所能做到的，而且也不够用。（丙）我们可以由信仰来认识神；然而信仰依赖于意志，而缺乏自证。（丁）认识神最高的方法是直觉，这是过后的与经久的认识，可以给我们以最大幸福，是人类的最大目标。这样认识神，极类似神，犹如神认识它自己。
这是基督教的完备的亚里士多德的观念。依亚里士多德之说，至善是思辨的知识，是哲学，是纯粹地探索神。他的理想是哲学家、聪明人。依托马斯之说，也是以认识神为至善，只能由直觉认识之，这是来世生活中赐福的认识。由此言之，至善是超自然的善，即神赐的福祉。既然福祉不过是得到至善，若无快乐随于其中，便不得谓之福祉。爱也是福祉的伴侣，我们若不爱神，便不能认识神。
托马斯的伦理学，未尝局限于至善的讨论，他进一步精细地分析道德的行为。行为之所以被称为合乎道德者，是审慎与选择的结果，即自由的、有理性的人之行为。行为的善恶，由行为者的目的与意志之如何来决定。行为的善恶须以理性为准绳，因为理性是人类行为的原理，道德行为的最高标准，是神的理性，是永久的神圣的法则，是《新约》与《旧约》中的法则。《旧约》中的法则是世俗的目标，要求公正的行为，其动机是恐惧；《新约》中的法则是天界的目标，要求意志的神圣，其动机是爱好。然而神之法则不是一种呆板的法则；神除了善之外，不愿择取别的什么。除了永久的法则之外，还有自然的或人类的法则，刻印于我们心上。所以行为欲图合乎善，必须由神圣的法则或自然的法则来激发，以适合于理性。
托马斯之解释良心，是中古时期的时髦解释。理智是思辨的兼实用的，换言之，理性具有理论的与实用的原理。因为理性是道德的原理，故称之为良心。良心贡献一种三段论式的大前提：一切恶须避免之；《圣经》上说奸淫是恶，所以良心就下一结论：奸淫须避免之。
我们须记住：外表的行为之不道德的性质，完全在于人的意志；外表的行为可以合乎善，但是可以趋于不道德的目的，所以是恶的。然而这种恶的外表行为绝不能由意志引导其向善而为善的行为。所以托马斯并未宣传“目的与手段相应”之论。至于灵魂的情绪、感觉的嗜好，皆不是道德上所谓的完全的恶；唯其不与理性的法规相符时，始得谓之为恶。
托马斯的德性分类，是取法于亚里士多德，而以基督教的思想补充之。道德不是生来就有的，可以由实行道德的行为来得之。这种后天的道德，可以得到现实生活中可能的不完全的幸福。欲实现永久的福祉，必须有神在灵魂上加上赐福之超自然的原理。神给人有三种超自然之德。这三种德是：信仰、希望与慈爱。若无这三种德，便不能达到超自然的目标。自然的伦理的德，如帮助幸福的生活之实现，亦必须由神赋予之；若单靠后天的德，便难有所为了。爱是最高等的德。
如上所说，沉思的生活，便是至高至福至乐的生活了。沉思的状态，在现实世界中可以达到。由神之明光满照，可以达到至乐的妙境。在此至乐妙境中，灵魂不受感觉与器官的束缚，而有纯净的行动（神秘主义）。沉思的生活不仅高于实际生活，而且是更可嘉赏的生活。沉思的生活之根基是建筑在神之爱上的，而实际生活的根基，是建筑在人之爱上的。因为实际生活的目的在于外表的行动，所以是沉思的生活之障碍；因为其是被用来制裁感觉的，所以又有助于沉思的生活。
求得福祉最安全、最快捷的方法，是完全舍弃世俗的善，而寻求永久的生活。这种事情，不是命令所能奏效的，只有劝解能奏效。依据福音的劝导，如独身、贫苦、服从，可以得到较高尚的完善。托马斯与奥古斯丁一样，以出世或僧院生活为理想生活（其实一切教会中的僧侣，皆如此主张）；然而此只限于少数人；生存于现实世界中的大多数民众，只能保持限度较低的生活。
中古时期的伦理学与希腊伦理学之间的冲突，早已叙述过。这个冲突，在托马斯道德哲学中显示得明明白白的。希腊学者以为至善是人类世俗生活中的事情，通过道德的作用及理性的帮助，可以得之。中世的神学学者，则以为至善不在现实世界的生活中——现实世俗生活是达到神的路径——而在来世生活的永久福祉中。求得至善，不必一定要实现道德的行为，只须仰仗神之超自然的恩惠。理想的善人，不是智慧人或哲学家，而是神佑的人。这种人由敬爱神的心理所激发，完全依照神的意志来行事。超脱世俗生活，依归僧院生活，而后能到达这种神圣之域。
托马斯与奥古斯丁相同，认为罪恶是善之缺乏。万物依其固有的善性而行动，便生不出来恶。恶生于物质方面或法式方面不完备的行为。道德上的恶，其缺乏在于意志，缺少理性的法规与神圣的法则之指导。万物的目的皆在于善，所以如发生恶，便是逾出其意志范围。这对于自由的理性的人类来说，尤其真实。他们所企图的，皆是他们所认为善的。他们所企图的，也许是恶的，但他们不是有意为恶，只是因为误认为善。
托马斯效法于奥古斯丁与正统派的神学，以救济说完成其伦理学。亚里士多德的玄学中，认为低级的万物是较高级的万物之质料，而较高级的万物是较低级的万物之法式，如此渐进，以至究竟。托马斯借用此种思想，谓自然的人为精神的人之质料，为成就精神的人之预备。精神的人享受神之恩惠，能达到比自然人更完全之域。从亚当犯罪起，人的本性就被腐化了，其罪恶之传于子孙，端赖于神之恩惠救济之。教会的圣餐，是神用来赐恩惠的机关或工具。神赐恩惠于应该救济之人。然而据托马斯的意见，这并不消灭意志的自由，因为神的赐福，只是与人的意志合作。人不能返归于神，神不负其责。神预先看见有些人将要破坏自由，而制造罪恶。神容许其破坏自由，而为之预先规定惩罚。然而一切伦理的与宗教的向上的目标，在于精神与肉体的复苏。
第八节 政治学
托马斯的政治学，是融合亚里士多德的政治思想与奥古斯丁的《神国》中基督教的政治思想于一体的结果。人是政治的生物，在社会中讨生活。一切政府的目的，在于共同的福利。若想得到共同福利，必须社会上的人，内能团结一致，以图和平，外能抵抗强敌，以保安宁。想达到此种目的，最好是有中央集权的政府或专制政府。专制政府必须避免暴君；若真如此，纵然受极端的压迫，但弑君与革命的举动，也绝非正当。救济之方，唯有求助于合法的手段，不与宪法相违背；因为政治的秩序，即神的秩序。如果这样的举动不能成功，唯有听候神来解决了。
君王须谨记神的目的而使其人民实现至善。但人类的至善既然在于永久的赐福，教会与教皇（地面上神的代理人）当然要在君王之上。在精神的事务上，君王官吏须臣属于僧侣。僧侣是教会的传达者，如果君王被教会罢黜，则人民对之无尽忠的必要。由此国家不再被认为是人类恶性根本的结果（如奥古斯丁的《神国》中的国家观），而被认为是神所建立的制度。
1286年，多明我会推举托马斯为博士。耶稣会采用其主张为根本，不过到后来又分离了。教皇利奥十三世敕令托马斯的哲学为旧教教会所公认的哲学，并敕令重新刊发其著作。托马斯哲学至今仍是旧教哲学中的主要体系；旧教中的教师与著作家，皆是根据托马斯而来的。
第四章 反经院哲学的思潮：神秘论、泛神论与自然科学
第一节 神秘论
13世纪，除了以上阿尔伯特及托马斯等大的经院哲学系统之外，尚有反对的思想运动。这些反动的思潮有：神秘论、泛神论、逻辑的及科学的研究。在论述12世纪的思潮时，业已提及这些思潮，到了13世纪，仍有许多经院学者爱好之。阿勒的亚历山大的弟子约翰·费坦扎（1221年—1274年）——世人称之为波拿文都拉，属于方济各会，该会带有的奥古斯丁的色彩极浓厚。波拿文都拉虽然著有《圣经集语》及教义训诂诸书，却是一个显著的神秘论者。他的思想倾向于奥古斯丁、柏拉图的思想之形态，他的神秘论根本上无异于圣维克多派。他的主要神秘论著作是《心向上帝的旅程》。
据波拿文都拉说，抵神之路是：起于认识，中经默思，而到沉思。沉思又有几个阶段：先由物质的世界沉思神，次由内心生活沉思神，最后就起而直接认识神。在这最后的最高阶段中，灵魂超越其本身，进入神圣无知之域，而与神合一。欲达此无我之域，须用礼拜祈祷来作准备。想完成基督教的最高法式，须立誓守贫、慈惠、服从，而过僧院中的隐遁生活。
第二节 逻辑
当时专心致志于逻辑及文法的研究者，有希雷斯伍德的威廉、奥舍尔的兰伯特及希思帕尼斯。希思帕尼斯著逻辑教科书，大旨取法于亚里士多德与波伊提乌，为数百年间逻辑上的权威。
第三节 自然科学
如前面所说，与中古世纪的经院学者并辔而行的，有自然科学研究的运动。13世纪时，此种运动的领袖罗吉尔·培根虽然抱怨牛津大学以外很少有人注意于科学的研究，然而此种研究，未尝停滞。除前面所说的对于自然注意的人以外，还有巴斯的阿德拉德及大阿尔伯特。在英国，有数学与物理学的研究。阿尔伯特、博韦的文森特及罗吉尔·培根皆专注于地理学的研究。当时科学家皆相信地球是圆球形的，但这种见解为教会所排斥。当时的学者假定地中海为地球的中心，由海道向西行，可抵印度。哥伦布发现印度的西部，故至死相信地圆之说。
当时科学家有下列诸人：亚历山大·内卡姆、阿尔弗雷德·萨泽尔、约翰·佩克汉姆、罗吉尔·培根、威特罗、弗莱堡的迪特里希。威特罗与迪特里希的自然科学研究中，杂有新柏拉图派的色彩。
此派人中最有创造性的独立见解者，为罗吉尔·培根。他是中古世纪的学者，而兼近世学者。他是一名方济各会人士，曾肄业于牛津大学及巴黎大学。他专攻数学（数学中包含算术、几何、天文与物理学）。他以数学为科学的研究基础，以天文学、炼丹术、农业（包含动植物）、医学、占星术、巫术为合法的有效的学术。他认为文字——希腊文、希伯来文、阿拉伯文、迦勒底文——的研究，是研究神学与哲学所不可少的。他以为玄学是研究第一原理之学。他的思想详见于其所著的类乎百科全书的《大著作》。
关于知识上的两种方法，如实证与经验，他最注重于后者。他说，若无经验，则无论何事，皆不能充分地知之。然而经验有两种：（一）人类的或哲学的，其来源于外表的感觉；（二）内心的明照或神圣的激发，我们由此不仅能得到心灵上的知识，而且能得到物质上的知识。由内心的经验，可以经过七个阶段，而达到无我的境地，可以知道精神的事情及一切人间的学问，并可以论道世人所不许论道的事情。由此观之，罗吉尔·培根的态度，与近世科学的态度相去太远。他在近世科学中混杂一些荒诞与迷信，混占星术于天文学中，混巫术于机械术中，混炼丹术于化学中；然而两种经验说，又打开了阻碍近世科学发展之可能的门径。不过其重点，则在于注重自然与观察的必要。
第四节 异端
除了神秘主义与自然科学两种不能与经院哲学妥协的思潮以外，13世纪还有完全与教会哲学相反的异端。有一班思想家，受了阿威罗伊主义的影响，区别真理为哲学的与宗教的两种。这两种真理虽然彼此相反，但在其各自的范围内，则是真的。这样发展的几种异端学说被巴黎主教于1247年排斥了。1247年，布雷西亚发展了异于神学的言论，而自谓其为哲学，非神学。1270年又被巴黎主教否认了，并禁止巴黎大学文科教授否认三位一体、肉体复活以及无我诸说。然而尽管教会竭力禁止异端，却还是有布拉班特的西格尔出来主张反对的言论，如无所谓神，无所谓道德的负责者，重的东西如不支撑之，并不向下坠落，这都是在表示神学上的话是不能证明的。
第五节 莱蒙特·吕黎
当时反对异端最激烈者为莱蒙特·吕黎。他生于1235年，死于1315年。据他的意见，由理性所得的结论，不仅不与基督教的信仰相反，而且能够证实基督教之确实。他发明了他所称谓的一种大术。他以为用这种大术，无须学问，无须思索，即可得到知识。这种大术的方法，是放九种概念与问题于七个回转奇异的盘中，旋转此盘，即可以求得所欲求之答案。这种方法虽然荒诞不经，但有很多人热心地信仰之，一直到17世纪，还有人信仰。