1901年2月，离开尼雅河尽头以远沙漠深处的遗址时，我就企望能够再来探险。1906年夏末，我带领探险队再次来到和田，认真准备，重返尼雅遗址大干一场。
在准备期间，我常常想，如果能够从空中搜寻沙漠深处那些隐藏在巨大沙丘之后的古代遗址，对我的探险一定会有很大帮助。但受各方面条件的限制，无论是使用风筝还是载人气球，都无法实现。那时，人类虽然已经发明了飞机，但是也不可能用于实际考察。所以，我只能等待夏季结束后，就立即派出我的向导伊布拉音前往各地寻找我以前不知道的古代遗址。
在和田与于田之间的达玛沟做完短期的考古发掘之后，1906年10月15日，我再次来到尼雅绿洲。从伊布拉音的汇报得知，他的搜寻结果收获很大。同样让我感到欣慰的是，那些上次曾随我到尼雅遗址发掘的民工又都应招回来了。这次我准备携带充足的用水，招募尽可能多的民工前往尼雅遗址。由于有我上次雇用的那些民工现身说法，以及伊布拉音伯克在当地的影响力，我们在一天内竟然召集了50个民工，备足了四个星期的粮草，增加了一些骆驼。
我的探险队在尼雅河干涸河道两旁的茂密胡杨林里匆匆行进了三天。秋日里，胡杨树叶和芦苇那火一般浓烈的色彩，令人心旷神怡。从伊玛目·贾法尔·萨迪格大麻扎朝圣归来的香客与尼雅河沿岸的景色相配恰如图画一般，给这里原本寂静的原野增添了不少人世的趣味。我们在距离大麻扎还有几英里的河道里，把所有的水桶和羊皮水袋都装满了水，然后决然向北进入沙漠深处。两天后，我又一次在距离遗址中央不远的地方安营扎寨。
第二次进入尼雅遗址时我所选择的路线，与第一次有所不同。这次途经的古代遗迹更多些，沿途看到多处大片倒塌的古代居住建筑遗址，以及一些环绕古代果园的篱笆墙遗迹。那些早已枯死卷曲的果树、白杨树，当年欣欣向荣地生长之时，也正是罗马帝耀武扬威无比荣耀之时。时过境迁，我置身于如此遥远的古老遗迹中，浮想联翩，感慨不已。我在一间残破不堪的小屋内稍做了一下搜寻，便发现了一些保存良好的佉卢文木牍文书。如此美好的开始给了我极大的鼓舞，并且也证实这片区域虽然向南距离我第一次发掘的遗址足有4英里，但是出土文物的性质相同，因而遗址年代也应该同属一个很古老的时期。
第一天傍晚，我在暮色朦胧中漫步走过高大的沙丘，来到一处遗址。1901年那次发掘时我就已经看到过它，因为一些不可名状的理由，我放弃了对它的发掘。现在，我又来到这里，看见一根雕刻精美的臂柱就横躺在遗址上，上面覆盖着一层薄薄的流沙。此刻，我感觉自己好像从未离开过这里。不过，此时我还完全没有料想到，一座巨大的考古学宝藏，就在离我咫尺的地方。
第二天一早，我就带领民工走过荒凉的沙丘地带，来到我们上次发掘过的遗址区西面约2英里的地方，那里是一大片房屋建筑遗址。我们在这片遗址的最北面开始了新一轮的发掘。上次由于高大沙丘的遮挡，这些古代建筑遗迹未被我们发现。显然，这里属于这片古代绿洲西北部地区边缘延长地带，当时应该有一条人工渠道通向尼雅河终点引水灌溉。
我们首先清理的是一处小房屋建筑遗址，流沙堆积不过三四英尺深。之所以选择这样一个遗址，是为了让我的印度助手拉姆·辛格 (22) 和其他新招募来的民工练习挖掘。对于没有做过沙漠发掘的新手而言，这个小遗址是非常合适的练兵场所。遗址周围因为风蚀形成较低的洼地，而遗址所在地也因风蚀变成一块狭长的舌形台地，台地与一条渠道相连。在遗址西侧居室内靠近地面的地方，发掘出土了一些佉卢文木牍文书。看到我现场奖赏那些首先发现木牍文书的民工几块中国银币之后，其他三间居室很快也相继发掘出土了佉卢文公文和书信文书。这样的发掘速度和出土木牍文书数量让我大为满意。这些木牍文书大概是最后居住在这里的一个小官吏丢弃的，时间大约在公元3世纪中叶。
令人惊喜的事接连不断。出土物中有一些长方形、楔形木牍文书，它们原来的密封麻绳依然完好如故，几件木牍文书的封泥封印也还基本保存完整。封泥上面压印出来的图案是赫拉克勒斯神像，还有一个似乎是罗马尼的像。这些图案，都是加盖古代印章之后留在封泥上面的痕迹（残件图）。眼看着这些珍贵文物不断地出土，我兴奋的心情难以言表。在荒凉的沙漠遗址中，与古希腊、古罗马的精美艺术品共处一处，时间和空间的历史距离好像忽然间消失了一般。这种确实的历史联系和时空感受，使我长时间处于精神亢奋状态。
这处遗址出土的家具和农具全部都是木制的。这些东西对于我来说已经很熟悉。木制器物有：一把雕刻精美的古希腊风格木椅和织布机、靴楦、大食盘、捕鼠夹，等等。由于有第一次探险考察的经验，对于这些出土文物的功用性质，我一眼就能辨识出来。此外，还出土了制作精美的木柱以及用柳树枝条编织再用灰泥涂抹的木骨泥墙（篱笆墙）。
我们的第二步发掘工作是清理营地附近一处规模较大的建筑遗址。这个遗址中，大部分居室建筑内的东西现在都已经腐蚀殆尽，只剩下一些褪色破裂的大木柱耸立那里，标示着房屋建筑原来的木框架结构形式。不过，我的运气依然很好，在一间形状像门房或厩房的建筑底下，发现了巨大的古代垃圾堆。根据以前的经验，我们完全有必要立即发掘这种臭气熏天的地方。虽然时间已经过去了1700多年，这个垃圾堆仍发散出刺鼻的臭味。发掘时恰巧又刮着东风，于是千年的尘土与恶臭混杂在一起，不断地迎面扑来。大家强忍着折磨，一层一层地掘开垃圾堆。在挖到7英尺深的时候，出土了一个原来大概是用来盛垃圾的小木箱，里面装有许多稀奇古怪的杂物，如用丝、棉和毛混合织成的纺织品，铜印章和骨印章、木笔、漆器残片和其他残破的木制用具等。
最令人高兴的是，发现了12枚书法精美的汉文木简。根据沙畹 (23) 先生后来的考证，这些文书中，大部分是礼品清单和书信，是专门附带在给当地长官家族赠送的礼物上面的。其中一件文书是写给当地长官夫人的。《汉书》记载，精绝国位于且末与克里雅之间。根据上述文书内容，我们断定，尼雅遗址古代属于精绝国的行政区划。在木箱底部，我还找到了捆成一束保存完好的谷物，谷物旁边有两具老鼠干尸。
接下来，我们发掘的是一处受破坏严重的古代建筑物。很早以前，这里应该是当地一位重要人物的住所。因为这个建筑物中厅堂很大，长41英尺，宽35英尺。后来再次来这片遗址区域考察时，在遗址区西南面发现一块平坦地面，地面上到处散布着破碎的陶片和其他硬质物品残片。这样的地方，当年一定是一处房屋稠密的地点，所有房屋很可能都是用土坯之类容易被风蚀破坏的材料砌筑而成的（就像现在这一地区平常人家使用土坯建造房屋那样），所以不能像富裕人家使用木材和红柳枝条建造的房屋那样，能够持久地抵挡风沙的侵蚀。
随后，为了寻找遗址南面的古代居住建筑遗址，我们前后忙碌了好几天。调查发现，有些建筑物已经残破得异常严重，其他一些保存相对完好的建筑物大多被掩埋在堆积得很厚的流沙中，清理起来很费工夫。在每一个房屋建筑遗址中，几乎都发现有书信、账簿、草稿、杂记一类的佉卢文木牍文书。此外，还出土了不少反映当地日常生活以及流行工艺的木质刻花建筑构件和家具。在这个东方小庞贝古城中，最后的居民虽然没有留下多少有实在价值的东西，然而他们遗弃的物品已足以说明，他们的生活在当时一定非常安逸。许多居室中都有火炉、舒适的炕床、木制碗柜等。房屋附近几乎一律都有围着篱笆墙的花园，以及两旁种着白杨树和果树的林荫道。因为有沙丘保护，果园中那些早已枯死的桑树至今依然挺立在那里，有些枯树高达12英尺。
每次进入沙漠遗址，四周茫茫沙海的那种绝对荒凉空阔的景象都使我感到迷惘。遗址区距离有红柳生长的地方也很远。眼前的黄沙漫无边际地铺展开去，犹如汪洋大海一般。沙丘像波涛一样连绵起伏，浩瀚无边，让人感到窒息。遗址区内，那些枯树树干、残垣断壁以及成行成列排列的枯朽木柱，在沙丘顶上时隐时现，成为这片荒凉之地的奇特点缀。这种奇异的景象，常常使人联想到波涛翻滚的大海中那些只剩下龙骨桅杆的沉船。在这个季节里，就连徐徐清风带来的也是那种海风般的沉静和苍凉。
我们在这里整整进行了14天的考古发掘，获得了大量的出土文物。在遗址区西面一群残破的建筑遗址中，我们清理出了一个规模较大的房屋。在遗址的中央大厅旁边，出土了雕刻精美的建筑构件残片，这表明，当年居住在这里的人一定很富有。在另外一间像是会客室的房间里，又出土了佉卢文木牍文书，其中一件足有3英尺长，可见其主人应该是一位重要的官吏。
在中央大厅隔壁的一间窄小房间内，我们发现了一些整齐排列的书架。那一瞬间，我就意识到，我们已经进入了主人的书房，从而认定会有更多有价值的东西将被发现。我的预感很快便得到了证实。仅仅一小会工夫，出土的木牍文书数量便已超过100件。这些木牍文书，大多都是用来传达命令的楔形文书，当然也有方形木牍文书。文书性质主要是账簿、目录，以及年代被颠倒乱用的公文。很显然，我们发现的是倒在地上的公文架。由于流沙堆积的深度有五六英尺，所以这些木牍文书都保存得非常完好。在随后继续进行的清理过程中，我的老队员中经验最丰富的挖掘民工罗斯坦居然又有了奇异的新发现。
在刚开始清理这间房屋建筑遗址时，我就曾注意到靠近墙根的地方有一大堆泥土。罗斯坦就是在那个土堆里发现了大量成捆的木牍文书。当时我没有让民工去动它，以为那里面不会有什么重要的东西。偶然间，我看到罗斯坦用两只手在掏挖那个土堆，还未等到我发话，就已经看见他从土堆和墙壁之间抽出一件保存完好的楔形双板木牍文书。正当我惊讶之时，他又从深约6英寸的沙土里拽出一件完整的长方形双板木牍文书。两块木牍上的封泥完好无损，封套还未曾打开。把洞口挖大之后，我看见在墙壁与墙基以下的部位全是捆绑得很紧的一层层木牍文书。
很明显，我们找到了一处隐藏着的档案库。我对这样一个有趣的发现十分满意。因为除了文书本身的价值和非常完善的保存状况，发现时的情景，更能够给我们提供有价值的指示。除去少许例外，最后到结束时，我获得的长方形木牍文书共36件，密封用的捆绑麻绳都依然完好，封泥也完整地保留在封套上，说明文书并未被打开过。基于以前对这类文书的研究，我曾做出过这样的假设，即这类木牍文书都是契约、合同这一方面性质的文书，它们之所以密封保存，为的是在一旦需要时可以保证文书的确实可靠性。现在发现的这个文书档案库，证实了我的假设。
特别值得一提的是，有两件拆封的木牍文书被研究证明是写给“神与人喜见的尊贵的科者波苏甲伽”的信。以前我发掘出土的文书中也有许多使用这种名称。根据罗斯坦的推测，这个土堆的本来作用，就是收藏和保护这些遗留下来的文书，同时也是为以后需要取用所设的标记。我非常赞同这一看法，这样的收藏保护方法也表明，文书的主人是出于意外的原因被迫仓促离开这里，然而仍然怀有回来的希望。
主人搬迁的时候一定小心谨慎，以免损坏木牍文书的封泥和封绳，其中有一件木牍文书的封泥上加盖了三个封印。夜幕降临，返回帐篷之后，我继续小心清理这些出土文书。清理发现，几乎所有的封印都如同新近加盖的一般，封印的图案中很大一部分是古希腊宙斯的形象。此外还有身围狮皮、手持棍棒的赫拉克勒斯、伊罗斯、普洛马科斯，以及一些身着甲胄的半身像形象。令人称奇的是，古代希腊刻印工人的精湛技术居然传播到了遥远中亚的沙漠腹地。细究起来，这份已经被流沙掩埋了近1700多年的关于这片土地和其他财产的苏甲伽文书，现在已归我所有。
后来，我们的发掘工作逐渐向遗址区南面转移。这里虽然还有一些红柳丛存活，但是整体环境条件反而更加恶劣，到处都是顶部长着半死半活的红柳丛的密集的大沙丘。我们就在这些沙丘之间寻找古代遗迹。我们找到的古代遗址都在沙丘边缘，而这些地方又有很深的风蚀洼地。这几种景观综合起来，构成一幅奇异荒寂的景象。不断吹过的东北风刮起一阵阵尘雾，给这种环境添加了生气。最后，我们来到遗址区最南端，找到一块空旷的地方，又发现了一些新的遗址。至此，我那一直高悬着的心放了下来。这里的遗址都不大，不过在进行一次细致的调查之后，发现许多有趣之处。
离我这一次发现佉卢文文书所在遗址约60码 (24) 远的地方，有一块耸立着许多枯死桑树的方形地块。这些古老桑树的树干至今仍高达10英尺以上。它的旁边，从前曾经是绿荫笼罩的池塘。现在池塘还在，只不过已经变成了一片洼地。我判断，古时水流入池塘的渠道离此处不会太远。一番搜寻之后，在西面最近的一座红柳丛覆盖的大沙丘后面，发现了一座长约90英尺的矮桥横跨在一条干涸的河床上。矮桥底下，两个清晰可辨的桥墩仍挺立在那里。古河床左岸有一个已经遭受严重侵蚀的果园遗址。我还可以看出河床西北方向蜿蜒而去的遗迹。河床的可见长度达2英里以上，已经满覆黄沙。不过，河床来到我们所在的位置时，又出现在低矮的沙丘与灌木丛之间。纵观周围环境，我们发现的地点无疑是一个断层地带。
尼雅遗址为何发生如此重大的变故？我能找到的答案，就在离小桥不远一片被高大沙丘环绕的风蚀低地之中。那是一处保存良好的果园遗址，果园里各种果树与葡萄架都排列得十分整齐。它们虽然已经枯死了16个世纪，但布局模样仍清晰可辨。