帝系的混乱和宰相的权力
在蒙古人与汉人有着巨大文化差异的情况下，元朝政权持续了一百多年，一种变异的社会形态从中产生。由于蒙古人的社会形态非常初级，朝廷继承法则并不固定，因而屡次爆发继统之争。元朝帝王世系如下：
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在泰定帝之后即位的天顺帝，由于迅速被废黜，故排除在外。此时，曾有一年三度改元的情况。
上述帝位继承方面的混乱情形，与上古时期的贵族政治相似。在殷代，就有过兄弟相继及平辈之间继承皇位的情形。可笑的是，武宗和仁宗本为手足兄弟，弟弟仁宗却被武宗立为皇太子。在家族关系非常严格的中原朝代里，有将弟弟立为皇太弟的例子。蒙古的皇位继承毫无规则可言，根本不管家族中的辈分次序，所以被汉人指责不懂人伦之道。宁宗和顺帝的情形更滑稽，弟弟宁宗的皇位被哥哥顺帝继承。明宗和文宗两兄弟之间的继承过程至今是个难解的谜团。本来是文宗出迎住在上都的明宗，明宗却不知何故死在来北京的途中，因此有人疑心是文宗从中作祟。在处理宁宗的后事时，顺帝表现得十分苛刻严酷。元朝内部的皇族关系非常混乱，一旦矛盾爆发，所谓佐命大臣的作用就大了。中国从宋朝起，君臣之间的等级关系更加严格，相权受到削弱。宰相被视作皇帝的秘书官，丧失了过去辅佐大臣的地位。只是由于南宋的情形特殊，宰相的权力比较大。南宋初期出现了棘手的继嗣问题，以致宰相权力得以复苏，但从整个政治组织来看，相权仍然遭到限制。蒙古也屡次产生继嗣问题，因为制度不及宋朝健全，导致宰相权力过重。根本原因在于蒙古的家族制度，它与基于汉文化建立起来的中原制度不同。
喇嘛的横暴
当时的汉人与蒙古人对待宗教的态度也不同。宋真宗消耗巨大财力在泰山封禅、祭祀，这并非出于信仰，而是为了满足皇帝炫耀的欲望，劳民伤财，愚弄人民，即古语所谓的“神道设教”。相比汉人淡薄的宗教信仰意识，蒙古人尚未脱离迷信时代。所以，蒙古人非常尊敬喇嘛，以至于后来喇嘛越来越横暴，成为元朝亡国的一大原因。
元朝给予喇嘛的待遇十分优厚，不只平民百姓，所有大小官吏都要向其敬礼，连亲王、公主也得为他们让道。骂喇嘛会被割掉舌头，打喇嘛会被剁手。皇族在路上遇到喇嘛，如果不向喇嘛施礼而被打，喇嘛不会因此受罚。从一个极端例子可见喇嘛的蛮横。有个叫杨琏真加的喇嘛是江南各寺院的总住持，竟胆大到盗掘南宋帝陵，掠夺墓中明器。由于这场盗墓，反倒使一桩怪异之事暴露了出来。被金国俘虏的宋徽宗死于中国东北后，宋高宗为求金国返还先帝棺椁，不惜忍辱称臣，缓和了敌对关系。徽宗夫妇的棺椁被送返后，未经检视便重新入土，因而人们一直疑心棺中是否真有徽宗夫妇尸体。杨琏真加盗墓时，发现棺中并没有尸骨，只有一些烛台，至此终于真相大白。
对人民的差别待遇
蒙古人与汉人的差异，不只体现于文化程度上，由于国情相异，蒙古人的政治与中原的传统政治相去甚远，也不适合中国。如果蒙古的将军占领了敌国的土地，那么，这块土地就会并入将军的封地，从而成为蒙古皇帝的领土，同时，此地人民也就成了这个将军的奴隶。如果军人被派往某地担任军事长官，这块皇帝直辖土地上的行政官员的地位也在军官之下，阻止不了军官对该地人民的奴役。军官的这些行为一向不被视作败坏官纪。
另外，元朝对人民实行差别待遇，即保护特权阶层的利益，肆意压榨没有权利的人民。当时的特权阶层各种各样，学者文人不受尊重。僧侣与喇嘛不一样，被称为和尚，道士被称为先生，学者文人像医者一样仅被看成能认字的人。由于能认字，是秀才，文人还是可以免除徭役，但这也是他们唯一的特权了。儒学家处境凄凉，虽无明文法令规定，但根据当时的传说，元朝把臣民分为十个等级，第九和第十等分别是儒士和乞丐，儒士仅比乞丐稍高一个等级。
无视科举制度，读书人阶层的诞生
科举制度是一种保护和奖励读书人的制度，在中原很早就出现了。但到了元朝，只在仁宗朝和顺帝末年偶尔开科考试，更多的时候不举行。对于中原读书人而言，科举是非常重要的入仕之途，但蒙古人对此基本无视。顺帝时，“南人”屡次上书要求重开科举考试，但时任宰相拒不答应。蒙古人的理由是，科举选拔的官员容易收取贿赂。科举与贿赂虽然没有必然关系，但在文化水平较高的中原政治组织中，科举与贿赂确实相伴而生。汉人已经想出了杜绝这种弊病的有效措施，但朴实的蒙古人却误以为科举是产生贿赂的病根，正如现在的日本人或其他外国人所认为的。蒙古人认为“南人”是狡猾的下等人。而在当时的汉人眼中，贿赂、谎言都是文化发达社会的副产品，蒙古人不说谎却野蛮。对汉人来说，不开科举考试是很痛苦的事情。为了满足学术和文艺的荣誉感，私设的考试组织便出现了。文人中间公推一名德高望重之人担任考官，由他品评各人所写的诗文，从中获得一种心理的满足感（类似日本连歌、俳谐组织中的点者——评判人）。若能在评比中获得好的评价，就能获得一种满足感。在文人群体中，此类活动必不可少。从此，南方开始流行把玩字画、设计庭院。此时，研习学问的主要是江苏、浙江一带的富家子弟，他们中间盛行风流文雅之气。南宋都城一带到现在这种传统仍未断绝，江浙是中国文艺最繁荣的地方。南宋的知识阶层以此传承了中国文化。元朝不用“南人”为官的政策，反而促进了民间文化奠定坚实的基础。
此类民间文化活动是沿袭南宋的传统。南宋时，以江浙为中心，各大学派经常进行学术论争，“道学家”作为一个阶层由此产生。过去的史书都将学者列入“儒林传”，只有元末编撰《宋史》时于“儒林传”外，又设“道学传”。后世有史家认为这有违成例，但也说明在元代道学家的继承者仍相当活跃，他们有在正史中增加“道学传”的影响力。但是，南宋视道学为伪学，一度予以排斥。因此，以朱熹为代表的道学家无法步入仕途，只能屏息于民间。然而这种艰难处境反而激发出一股不以学术求仕进的学风。民间讲学也能“为万世开太平”，治学不是只有进入朝廷，参与朝政一条路。无论是否为官，讲学派基本成了一个特别的阶层。从南宋到元朝，“南人”几乎无人仕途显赫，饱受蒙古人的歧视。因而，在野蛮的蒙古人的隔离下，他们组成了自己的社会，形成了自己的文化圈。这个文化圈里的成员相互交流，相互尊重。这个读书人阶层形成于宋元两百年间，到明清时期一直存在，甚至对现代中国文化中心势力的形成产生了影响。
另一方面，此时也有人异常执着于科举考试。虽说都是科举取士，清朝一次考试能有三五百人合格，而蒙古时代不过十几二十人。这些精英中确有行止非常之人，以至元亡时为元朝守节殉国。科举及第的人当时很少，因此都极其重视个人声誉，严格恪守效忠皇帝的责任。
政治与民众乖离，地方官员的处世哲学
在蒙古人看来，民众只是供其榨取租税的对象。在蒙古本土，由家畜出产财富；在中原，则是由民众生产财富。因此，蒙古人认为汉人与家畜并无差别。汉人也明白，政治就是官府治民的一种权术，政治针对的不是官府而只是平民。为维护民众利益，一些志士仁人挺身而出。泰定年间，陕西连遭五年大旱，出现大饥荒，但官府却全不关心，没有采取任何有效措施，只在文宗时期稍稍救助。据说文宗杀皇兄明宗而登基，故元朝皇族对文宗风评不佳。但文宗通晓汉文化，善于将蒙古政治转变为适用于汉人的中原式政治。文宗时期开始编纂八百余卷的《经世大典》，这部图书也是蒙古人珍贵的文化贡献。
为赈济陕西饥荒，文宗命张养浩负责赈灾。张养浩对蒙古统治本无好感，不得已才赴任。张养浩一旦领命便直奔灾区，在华山成功祈雨。但他来到陕西官署后，才知道祈雨并非赈灾的根本措施，便别创新的救济之法，其中一条就是改革利用纸币的方法。过去，蒙古利用纸币的方法是以旧币换新币，然后官署烧掉回收的全部旧纸币。按照张养浩的新法，旧纸币得到暂时保留，并发行与纸币一样的商品券，可以用来买米。张养浩的救济法很有效，但他也因过劳而病死。虽然张养浩赈灾是奉了皇帝的命令，但并不想为朝廷效劳，而是想在朝廷任命的位置上，尽一个中国人拯救中国的责任。所以，他实在是为拯救中国而牺牲的楷模。
张养浩的著作有《牧民忠告》等三部书，合称“三事忠告”，主要内容是讲民政官员如何执行自己的职务，并非法律方面的著作，而是他从政的心得，直到近代都被中国地方官奉为从政的金科玉律。这种官吏的心得在宋代就已存在，并不自张养浩开始。那时，地方官就已有获得朝廷制度以外的各色心得的必要。宋朝王安石以后的政治成了官本位政治。朝廷从事政治交易，地方官要忠于朝廷就会损害人民利益，要同情人民就不能忠于朝廷。除平民外，人民中还有种种类别，想面面都顾及委实不容易。要想立足官场，官吏需要非常高明的手段。因此，地方官的心得就显得非常重要，尤其在元朝。虽然张养浩的“三事忠告”也属于这类心得，但因为他诚实地为人民利益尽职尽责，因此是所有心得中最有说服力的，在日本德川时代大受欢迎。从人们喜欢读这类书，探究为官从政的经验，了解到中国的近代政治何其不严密。特别是联系元朝非常不规范的文化、政治情况来思考的话。由此可以认识到，元朝在中国近世社会的形成过程中是发挥过重大作用的朝代。从中唐开始，中国逐渐打破中古状态，而中国近世的形成时期则是从宋朝晚期到元朝。直到明朝以后，中国社会的情况再没有发生大的变化。
中国历史学家对蒙古政治的偏见
在蒙古统治中国的时代，不能说留给汉族的都是弊病。中国历史学家大都是纯粹的汉族人，书写历史时并未设身处地地从蒙古人的角度思考。哪怕像元世祖这样宽仁大度的君主，也被指出存在征收重税、生活奢侈、黩武好战等缺点。出身读书人阶层的历史学家似乎只看到蒙古政治消极的一面。但在元代除读书人阶层以外，多数人并不觉得蒙古政治全都不好。说起元朝弊病，总要提及纸币问题，但较少分析纸币问题产生的根源。元朝疆域非常大，贸易区域非常广，货物类别非常多，账目数字非常大，如以硬币结算难度很大，纸币无疑是最方便携带的一种货币。其实，纸币的弊端只是由于兑换问题没有得到有效解决，而这是官僚腐败导致的，并非纸币本身的原因。再者，蒙古人侵害人民的权利，奴役占领区的人民，将他们变成奴隶；但另一方面，他们成为皇族、贵族的奴隶后被免除政府的赋役，实惠很多。对人民而言，贵族政治并非全然不好。像日本曾归入庄园的人一样，奴婢反而比普通民众的状况更好。站在以中原文化为中心的读书人阶层的角度来说，元代政治制造了很多不便，但地位比较低的一般民众也许认为还可以。
元朝的灭亡
蒙古统治中国近百年后结果被驱逐出去。是何缘故呢？第一个因素是天灾。如果官吏都像张养浩一样，那么灾年并不是问题，但这样的官吏太少。要预防因为天灾产生暴乱是很困难的。天灾导致大量灾民四处流亡，滋生了造反的盗贼，终于使得元朝亡国。当时的天灾主要是洪水，如黄河的泛滥。之前，黄河与淮河的入海口都在江苏北部，但黄河经常改变流向。元末，黄河再次向北改道，改道当年黄河洪水泛滥成灾。元朝对如何治黄产生了不同意见。朝廷任用了主张使黄河复归古道的贾鲁，持反对意见的成遵未得任用。贾鲁受命，成为黄河治理工程的指挥。该工程于顺帝至正十一年（1351年）四月开工，七月疏通河道，九月通航，十一月完成堤防。此时流传着一个谣言：“石人一只眼，挑动黄河天下反。”果然，人们在修筑黄河工程中挖出了一只眼的石人。从此，聚集在黄河工地的大批民夫开始暴动，盗贼逐渐兴起。虽然贾鲁成功地治理了黄河，但治理工程和元朝统治同时结束了。
民变从河南开始，渐渐蔓延到各处。领导中原暴动的是刘福通、韩山童及其子韩林儿。他们秘密组成了白莲社，暴动的依据来自一种佛教信仰，相信天下大乱，弥勒降生。与此同时，徐寿辉、陈友谅在湖南、湖北，张士诚、方国珍在江苏、浙江，明玉珍在四川，纷纷发起暴动。
为此，元朝发兵平乱。顺帝信仰喇嘛教，被认为是个荒淫之君，但其实他并不坏，只是性格懦弱而缺乏指挥能力。典型的例子是，平乱大军分由几名将军率领，而他不能有效地统一领导这些将军。皇太子很有魄力，对顺帝的懦弱感到愤慨，想凭借自己的威望代父指挥。但派往山西的扩廓帖木儿（王保保）与陕西将领李思齐、张良弼不和，不服从太子指挥。官军互不配合，江南起义军不断坐大。和清末相同，当时的地方官大半庸劣无能，朝廷只能采取招抚政策，招降义军领袖，授予官爵，承认其在地方的合法统治地位。但义军只是名义上接受朝廷的招安，实际上打着朝廷名号招兵买马，壮大实力。更使元朝元气大伤的是，张士诚、方国珍等到力量强大后，就切断了运往大都的粮食供给。元朝政权因此越发虚弱，濒临崩溃边缘。陈友谅的义军也更加强大，成为盘踞武昌的最大势力。此时的明太祖朱元璋介于官军和陈友谅之间，遂从北方南下，因而与相邻的陈友谅爆发冲突。明太祖出身贫苦，出生时连名字都没有，其家人大都死于饥荒，曾当过和尚到处化缘，后来投奔义军领袖郭子兴成为他的部下。在冲突中，陈友谅一直打到朱元璋占据的南京附近，但朱元璋击退了入侵，实力更加壮大，最终在江西的鄱阳湖大战中彻底击溃陈友谅，追到武昌消灭了他。此时，占据苏州的张士诚称王。他本是一个贩私盐的船主，被一个帮会首领推举为起义军大将。称王后，张士诚以其宽大之怀颇得人心，并优遇学者，但仍被朱元璋打败。由于张士诚素有威信，苏州人民都爱戴他，憎恨朱元璋。朱元璋对此很憎恶，便对苏州人征收重税，一直到清朝都是如此。相比南宋贾似道为了收买江浙的公田对当地征收的重税，朱元璋加的税有过之无不及。直到清末，苏州府、松江府、太仓州、常州府负担的租税比这几个州府之外的江苏全省租税总额还多。江苏一省的租税额大致等于除江苏外的全国租税总额。苏州、常州是中国税负最高的地区。
朱元璋统一江南后，派遣大将徐达、李善长等人远征元朝都城。北方的元将王保保虽为人杰，但因元军缺乏统一指挥，元大都很快就被明军夺取。之后长期坚持抵抗明军的王保保，被太祖朱元璋赞为“天下奇男子”，认为自己的手下大将都不如其骁勇善战。顺帝死在了从大都逃往上都的路上，皇太子改年号为宣光，但不久也死了。仅在明太祖时期，元朝皇帝或早逝，或出现意外变故，换了三四任，导致其终不能恢复元气。
元亡的直接原因是民间爆发内乱。元朝在对起义头目的方式方法上频频失误，招降的起义军头目和内部不统一、皇帝与太子不和、领兵将领各自为政，以致最后被驱逐出中原。