西庇阿的稳健和深谋远虑的政策，在扎马之后的那些年里曾经削弱了他的影响力，现在却要导致他政治上的没落。事件的先后顺序不太清楚，但大致情况是很清楚的。以加图为首的一帮目光短浅之人无法满足于解除敌人的武装，还要求消灭他们，这帮人对这种新鲜的、通过仁慈和智慧实现的和平感到非常懊恼，以至于把怒火发泄在和平的缔造者身上。由于无法解除和约，他们便谋划着要让西庇阿身败名裂，并抓住受贿这一点，视其为最合理的指控。老实说，像加图这样的人或许根本想象不出对战败的敌人手下留情还能有什么别的理由。不过他们似乎还很聪明，没有先向兄弟中较强的那个人发难，针对的是弱点而不是长处，要的就是通过他的兄弟间接打击阿非利加努斯。
他们的第一步似乎是控告路奇乌斯挪用安条克支付的赔款。阿非利加努斯对这一指控非常气愤，当他的兄弟正在出示账簿时，他一把抢来，撕成碎片，撒在元老院的地上。这种行为并不明智，但非常符合人性。设身处地想一想，一个人为罗马作出了无可比拟的贡献，把她从逼到家门口的致命威胁中解救出来，并把她培养成无人挑战也无法挑战的世界霸主，然后，正如他愤然所言，他给国库增添了两亿塞斯特斯，却被要求解释四百万塞斯特斯的去向。我们也必须记住，西庇阿现在是一个病人，很快就将因这种病而死，而病人往往都很暴躁。还有一点毫无疑问，他标志性的极度自信，在疾病缠身的晚年发展到了近乎傲慢的地步。波利比乌斯向我们讲述了这样一个故事，不知是在这次审判中，还是在后来的审判中，总之有那么一次，他刻薄地反驳道：“罗马人民听取对普布利乌斯·科尔内利乌斯·西庇阿的指控简直是大逆不道，因为指控他的那些人正是因为他才有了说话的权力。”当王权被塞到他手里时，他拒绝了，甘愿继续做一名私人公民，但他希望看在自己为国家立下汗马功劳的分儿上，能够得到一定程度上的特殊照顾。
然而这种挑衅行为给了他的敌人垂涎已久的机会。佩提利乌斯氏族（Petilii）的两名保民官在加图的唆使下，开始控告他收受安条克的贿赂，以换取宽厚的和平条件。这个消息让整个罗马群情激奋，议论纷纷。“不同性格的人们对这件事情的解释也不同；有些人并不将其归咎于保民官，而是归咎于全体社会公众，他们竟能忍受事情发展到这一步”（李维）。经常有人这样说：“结果世界上最伟大的两个国家几乎是在同一时间被证明了对首席指挥官的忘恩负义；但这两个国家中更忘恩负义的还要数罗马，因为迦太基是在战败时把战败者汉尼拔流放了，而罗马却是在胜利时将胜利者阿非利加努斯放逐了。”
反方认为，任何公民都不应该站在那么高的位置上，以至于不必为自己的行为负责，而将最有权势的人送上审判席堪称一剂良药。
约定的开庭日到来时，“其他任何人，甚至包括担任执政官或者监察官时的西庇阿本人，从未像他以被告身份出庭的那天一样，在前往古罗马广场时有那么多人护送”。案件开庭后，保民官试图翻他在西西里岛冬营地时奢侈的希腊习惯和洛克里事件的旧账，以抵消没有任何确凿证据这一点。声音是佩提利乌斯氏族的两名保民官发出来的，但所采用的措辞显然是加图的。因为加图不仅是费边的门徒，而且他本人在西西里岛时也曾提出过一些站不住脚的指控，都被调查委员会驳斥了。而后，经过这番口头上的烟云之后，他们又释放出了毒气。由于缺乏证据，他们指出了他的儿子未付赎金就被送回去这件事，以及安条克向西庇阿提出和平提案的方式。“在执政官的任职地，他对待执政官的态度就仿佛自己是独裁官，而非副官。他到那里去，理由只有一个，就是想让希腊和亚洲看到，只有他才是罗马霸权的领袖和支柱，这种信念在西班牙、高卢、西西里和非洲早已深入人心；一个称霸世界的国家不过是在他西庇阿的影子下；他的首肯就相当于元老院的法令和人民的命令。”
保民官说得再怎么头头是道，也难以掩盖如此拙劣的论据，用李维的话说，他们的目的就是“尽可能地用嫉妒去攻击像他这样一个没有任何污点的人”。诉讼一直持续到傍晚，审判被延期到第二天。
第二天早晨，当保民官就座，被告被传唤答辩时，他的回答很有特点。双方都拿不出什么像样的证据，除了因自尊心过强而不愿为自己辩解外，他也知道敌人和朋友都听不进去这些解释。因此，他用职业生涯中的最后一次心理反击，取得了一场激动人心的胜利。
“诸位保民官和罗马公民，今天是我在非洲与汉尼拔和迦太基人进行一场激战并幸运取胜的周年纪念日。因此，在这样一个日子里，我们还是停止诉讼和争吵比较合适，我马上要去朱庇特神庙，在那里向至善至伟的朱庇特、朱诺、密涅瓦以及其他掌管神庙和城塞的神明表示感谢，感谢他们在那一天和其他很多时候赐予我为国家做出非凡贡献的意志和能力。各位罗马公民，你们谁要是愿意的话，就跟我一起去恳求诸神吧，让你们也能有像我这样的指挥官。因为从我十七岁到年老时，你们总是在我年纪还不够时就提前将荣誉授予我，而我也总是在接受这些荣誉之前就已经立下了功劳。”
他随即向朱庇特神庙走去，在场的所有人都跟了过去；最后甚至连书记员和信使也跟了过去，空荡荡的广场上只剩下几位原告。“罗马人对他的爱戴，以及对他至伟人格的尊崇，几乎把这一天变得比他因战胜西法克斯和迦太基人而获得凯旋式、站在战车上穿行于罗马城的那一天还要盛大隆重。”“然而这也是普布利乌斯·西庇阿光芒璀璨的最后一天。因为他能够预料到，自己将要面对的唯有因嫉妒而起的控告和与保民官持续不断的争论，审判被推迟到了将来的某一天，于是他退居位于利特努姆（Liternum）的庄园，下定决心不再出庭。他的灵魂天生过于高傲，也习惯了扶摇直上的运程，以至于他不知该如何扮演被告的角色，也不知该如何放下身段为自己辩护”（李维）。
延期之后的审判开庭了，叫到他的名字时，路奇乌斯·西庇阿称自己的兄弟因病缺席。提出控告的保民官拒绝接受，硬说这只是因为他习惯性地漠视法律，他们还责备人民跟着他到朱庇特神庙去，现在却不够果断。“当他统率一支军队和一支舰队时，我们足够果断，敢于派人去西西里岛……把他带回罗马，可我们现在却不敢派人强迫他离开田庄，出庭受审，尽管他是一个私人公民。”然而他们并没有得逞。路奇乌斯向其他保民官求情，那些人被感化了，表示既然提出了生病的理由，那么就应该接受这个理由，再度延期审理。然而有一名保民官提出了异议，他就是提比略·格拉古，大家都知道他与西庇阿不和，指望他作出更严厉的决议。然而他却表示“既然路奇乌斯·西庇阿以生病为由为他的兄弟求情，在自己看来，这番请求已经足够了；自己不会让普布利乌斯·西庇阿在回到罗马之前受到指控，即使西庇阿回到了罗马，如果他向自己求助，自己也会支持他拒绝出庭受审。普布利乌斯·西庇阿，由于他的伟大成就，由于他从罗马人民那里得到的荣誉，在诸神与凡人的一致同意下，已经登上了如此尊贵的高位，如果要他像一个罪犯一样站在讲台下，被一帮毛头小子侮辱，那么相比于他本人，罗马人民才是更丢脸的”。
李维补充说，格拉古作出判决之后，又发表了一番愤愤不平的演讲。“请问诸位保民官，著名的非洲征服者西庇阿难道要被你们踩在脚下吗？他在西班牙打败并击溃了迦太基最卓越的四位将军和他们的四支军队，难道是为了这个？他俘虏西法克斯，战胜汉尼拔，使迦太基向你们进贡，并且把安条克赶到了托罗斯山脉的另一边，难道是为了匍匐在佩提利乌斯氏族的两名保民官脚下？你们难道要从普布利乌斯·阿非利加努斯的手中夺过胜利的棕榈枝吗？”这番演说和他的判决让人深受触动，以至于元老院召开了一次特别会议，盛赞了格拉古，“因为他优先考虑的是公众利益，而不是私怨”。告发者遭到千夫所指，起诉被撤销了。
“此后便再也没有关于阿非利加努斯的消息了。他在利特努姆度过余生，完全没有重回罗马的想法，据说他临终时要求将自己就地安葬……这样一来，甚至连他的葬礼都不会在忘恩负义的祖国举行。”
似乎可以肯定，他在自愿流亡期间在利特努姆身故，时间可能是在公元前183年，但他的墓地在哪儿就不那么确定了，利特努姆和罗马都有他的墓碑。他去世时年仅五十二岁。无比巧合的是，他的伟大的对手汉尼拔也是在差不多同一时间去世的，甚至可能是在同一年——终年六十七岁。在马格尼西亚之后，他逃到了克里特岛，之后又到比提尼亚国王普鲁西阿斯那里寻求庇护。罗马元老院倒是很明白事理，意识到将他从最后的避难所赶走有失体面，但当地的指挥官弗拉米尼乌斯(1)却想唆使普鲁西阿斯杀害这个依赖他的客人，好让自己出风头。于是，汉尼拔服毒自尽，让刺客的计划落了空。
甚至在西庇阿死后，他的敌人都不肯善罢甘休。这反而“让他的敌人们更有精神了，这帮人的头目就是马尔库斯·波尔基乌斯·加图，此人甚至在西庇阿还活着的时候就已经习惯于对他的崇高人格冷嘲热讽”。在加图的唆使下，调查安条克贡金处置情况的要求被提了出来。现在路奇乌斯成了直接目标，虽然间接目标依然是他兄弟死后的名声。路奇乌斯和他的几名副官和幕僚被传讯。作出的判决对他们很不利，而当路奇乌斯声称自己收到的钱都进了国库，因此拒绝提供偿还担保时，他被勒令入狱。他的堂兄弟普布利乌斯·西庇阿·纳西卡（Publius Scipio Nasica）(2)提出了激烈且很有说服力的抗议，但裁判官宣布，鉴于这份判决，只要路奇乌斯拒绝偿还，他就别无选择。格拉古再次出面干预，想要使他的私敌免于耻辱。他利用自己的保民官权力，下令看在为罗马立功的份儿上释放路奇乌斯，取而代之的是判定由裁判官从路奇乌斯的财产中扣押应付的款项。于是裁判官派人去没收财产，“不仅没有发现任何从安条克那里收钱的痕迹，甚至将他的财产变卖之后都不够交罚款的”（李维）。这个证据足以令人信服地证明西庇阿兄弟是清白的，也引起了舆情的180度转变，“公众对西庇阿兄弟的愤恨反弹到了裁判官、他的顾问和那些控告者身上”。
然而，死后被正名这种事，并不能给晚年的阿非利加努斯带来慰藉。有谚语云：“对伟人忘恩负义是强大民族的标志。”难怪罗马会成为古代世界的主宰。
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(1)原文如此（Flaminius），但李维的原文中为弗拉米尼努斯（Flamininus），即前面提到的那位狗头山战役胜利者提图斯·昆克提乌斯·弗拉米尼努斯（Titus Quinctius Flamininus）。——译者注
(2)即第十三章在执政官选举中败给路奇乌斯·昆克提乌斯·弗拉朱尼努斯的那位。全名普布利乌斯·科尔内利乌斯·西庇阿·纳西卡。——译者注