拉丁教廷本身深受欧洲精神复兴的影响，虽然此时的教廷已经四分五裂，但是得以存留下来的那一部分得到了广泛改革。
我们在前面已经讲过，11世纪至12世纪时教廷如何在基督教世界实行专制统治，以及14世纪至15世纪时教廷对人们思想和行为的控制又是如何衰退的。我们还提过，先前曾给予教廷支持与力量的宗教狂热者，因为教廷的傲慢、迫害与集权而走向了教廷的对立面；宗教怀疑论者腓特烈二世是如何在教廷与王侯的斗争中坐收渔翁之利的。教廷大分裂极大地冲击了教廷的宗教权力和政治声望，多方反抗势力同时从宗教和政治两方面夹击教廷。
英国人威克里夫的思想在欧洲得到了广泛传播。公元1398年，捷克学者约翰·胡斯在布拉格大学发表了一系列有关威克里夫学说的演讲，此后威克里夫的思想便在普通民众中迅速传播开来，极大地激发了民众的热情。公元1414年至1418年，教廷为了解决大分裂的问题，在康士坦茨召开会议。胡斯被召回参加会议，虽然神圣罗马帝国皇帝承诺会确保胡斯的安全，但他还是被抓了起来，被指控为异端分子，并于公元1415年被判处火刑烧死。教廷的行为并没有镇住波西米亚人，反而激发了胡斯派信徒起义，并由此引发了一系列宗教战争，拉丁基督教世界瓦解的序幕正式开启。新选出来的象征天主教重新统一的教皇马丁五世为了镇压胡斯派信徒起义，颁布了组织“十字军”的圣谕。
教皇马丁五世为了讨伐波西米亚，先后共发动了5次“十字军”行动，均以失败告终。15世纪，整个欧洲的闲散游民都被编入队伍，送上了攻击波西米亚人的战场，正如13世纪时他们攻打瓦勒度派时那样。但是，波西米亚的捷克人与瓦勒度派不同，他们信奉武装抵抗。在公元1431年的多马日利采会战中，“十字军”远远听到了胡斯派的战车声和军队号角声，还未等战斗的枪声正式打响，他们便如潮水般从战场上溃退下来。公元1436年，教廷新会在巴塞尔与胡斯派达成协议，承认了胡斯派的许多教义。
15世纪，一场大瘟疫席卷了欧洲，整个社会陷入动荡不安的局面。普通民众处于水深火热之中，英国和法国多次爆发反抗地主和富人的农民起义。胡斯战争之后，农民起义在德意志愈演愈烈，还蒙上了宗教色彩。印刷术的出现对农民起义的发展产生了重大影响。15世纪中叶，荷兰和莱茵兰已经掌握了活字印刷术，随后，这项技艺传到了意大利和英格兰。公元1477年，英格兰的第一个印刷商卡克斯顿在威斯敏特创办了印刷厂，《圣经》被大量印刷和广泛传播，四处可见人们在讨论有关《圣经》的问题，整个欧洲俨然变成了《圣经》读者的世界，而这种现象此前都未曾有过。此时教廷陷入混乱与分裂局面，无力自卫，王侯们正在寻找机会削弱教廷在其领土内对财富的控制力量，印刷术的发展无疑给普通民众注入了更加清晰的宗教思想以及更丰富的信息。
在德意志，马丁·路德（公元1483年—1546年）对教廷进行了猛烈抨击，他于公元1517年在威滕伯格的大教堂对各种正统教义和礼节提出了批判。起初，他效仿经院哲学家的做法，用拉丁文进行辩论。后来，他运用了印刷术这个“新武器”，把自己的观点印制成德文读本，广泛地向大众宣传。与当初胡斯的遭遇一样，很多人试图打压马丁·路德，但是由于他在德意志王侯中有许多公开或秘密的朋友，加之印刷术在当时的发展，因此他免去了杀身之祸。
那是一个思想多元而信仰薄弱的年代，许多统治者看见了切断本国国民与罗马教廷之间的宗教关系所带来的益处。他们试图建立具有本民族特色的宗教，把自己推崇为宗教领袖。英格兰、苏格兰、瑞典、挪威、丹麦、波西米亚以及德国北部地区，都纷纷脱离了罗马教廷。从那之后，这些国家就一直保持独立。
但是，这些国家的王侯对本国臣民的道德和理性自由并不关心。他们只是利用民众对宗教的怀疑和反叛来加强他们与罗马的抗衡，一旦脱离罗马教廷的控制，并建立起由本国国王领导的教廷，他们便打算夺过民众运动的控制权。然而，基督的教义中总有一股奇特的力量，使得人们无论是身处教廷还是活在世俗之中，都能凌驾于服从与忠诚之上，追求正义与自尊。所以，从罗马教廷分离出来的王权教廷又分裂出了许多小教派，他们不允许王侯或是教皇介入上帝与个人之间。以英格兰和苏格兰为例，许多教派都把《圣经》作为他们生活与信仰的唯一准则，拒绝接受国家教廷的清规戒律。在英格兰，这些人被称为“不从国教者”，他们在17世纪至18世纪英格兰的政治生活中扮演了非常重要的角色。他们不赞成由王侯担任教廷的领导者，甚至在公元1649年还把国王查理一世推上了断头台。在不从国教者的统治之下，英格兰度过了繁荣昌盛的11年。
所谓的宗教改革，通常是指北欧各大派从天主教中脱离出来的运动。宗教改革所带来的冲击与压力，在罗马教廷内部也产生了同样深远的影响。教廷进行重组，并迎来了一种全新的精神理念。在这场思想复兴运动中，一名西班牙的年轻士兵发挥了重要作用，他就是伊尼戈·洛佩斯·德·雷亚尔德，被人们称为“圣依纳爵·罗耀拉”。他有一番颇具传奇色彩的经历。公元1538年，他成为一名教士，并获准成立耶稣会，他试着将慷慨、侠义的军事传统引入宗教机构中。正如世人所见，耶稣会成为世界性的教导与传教机构，还把基督教引入了印度、中国和美国。它不仅阻止了罗马教廷的迅速瓦解，还提升了整个天主教世界的教育水平和知识水平，加速了天主教道德观的发展，同时激发了欧洲新教为保持教育竞争性做出努力。我们今天所知的富有活力且积极进取的天主教，很大程度上正是耶稣会思想复兴的结果。