教皇选举制度是罗马教廷在争夺基督教世界领导权的斗争中体现出的一个巨大弱点。
只有制定强大、稳定和持续的方针政策，罗马教廷才能实现远大目标，在整个基督教世界建立规则与和平。所以，教皇首先必须正值壮年且才气过人；其次要有能与其讨论教廷政策的继任者；最后就是选举的形式与过程必须清晰明确，不能随意更改，且不容置疑。遗憾的是，以上几点中没有哪一点是能做到的，甚至没有明确谁有资格投票选举教皇，也不清楚拜占庭帝国或是神圣罗马帝国的皇帝就此是否有发言权。政治家希尔德布兰德，也就是教皇格里高利七世，为使教皇选举正规化耗费了许多精力。他规定只有罗马红衣主教可以投票选举教皇，而皇帝仅有权对教廷的公文决议做出例行公事的批准。但是，他没有就继任者的选举问题做出任何规定，于是红衣主教便开始争论谁可以成为教皇的继任者，这间接导致了教皇的位置可能会空置1年或更久的时间。
在16世纪以前，教皇选举制度缺乏严谨的过程，这也导致了一系列问题的出现。从很早之前开始，选举过程中就发生过诸多争议，甚至出现两人或多人都声称自己是教皇的情况。每逢这时，教廷就会请求皇帝或其他仲裁者来解决争端，这令教廷感到十分屈辱。每一位著名的教皇都难逃被审讯的命运，在他们死后，教廷就会处于群龙无首的状态，接任他们的可能是自己曾经的对手，他们上位后一心只想败坏前任的公德与名声。而有时，接任教皇位置的人可能已是耄耋之年，通常也无所作为了。
教皇制度特有的弱点引起了德意志王侯、法兰西国王以及统治英格兰的诺曼系和法兰西系国王的注意，他们想尽一切方法干预选举，以便推选出一个符合自身利益的人登上罗马拉特兰宫殿的教皇之位。教皇在欧洲事务中的话语权和地位越重要，国王与王侯们就干预得越多。在这种情形之下，也难怪大多数教皇是老弱无能之辈。但令人惊讶的是，这其中也出现了一些才华超众、胆识过人的教皇。
这一时期，有一位有趣且精力充沛的教皇——英诺森三世（在位时间为公元1198年至1216年）。英诺森三世运气甚佳，未满38岁即登上了教皇之位。他和他的继任者经常要与另外一位更加有趣的人物进行斗争，那就是被称为“世界奇才”的国王腓特烈二世。他与罗马教廷的斗争是历史上的一个转折点。虽然最后罗马教廷打败并摧毁了他的王朝，但他也沉重地打击了教皇与教廷的威望，使其最终走向衰败。
腓特烈二世是神圣罗马帝国的皇帝亨利六世的儿子，他的母亲则是西西里诺曼王罗杰一世的女儿。公元1198年，只有4岁的腓特烈二世便继承了西西里王国的王位，教皇英诺森三世则成了他的监护人。当时，西西里刚刚被诺曼人征服，宫廷里有一半是东方人，其中大多是受过高等教育的阿拉伯人。腓特烈二世正是在这种环境中成长起来的，深受这些人教育观念的影响。他们竭尽所能让腓特烈二世接受自己的思想，在这种双重教育的影响下，腓特烈二世认为所有的宗教都是骗人的，这种想法在那个宗教信仰至上的年代是如此震撼。但是，他从不避讳自己对这个问题的看法，四处宣扬，所以他的异端邪说和亵渎神明的言论都被记载了下来。
随着年岁的增长，腓特烈二世慢慢发现他与英诺森三世的观点出现了冲突与对立，英诺森三世对腓特烈二世的要求越来越严苛。比如，教皇要求他必须承诺将采取强硬手段打击德意志的异端邪教，还要求他必须承诺放弃对西西里和意大利南部的继承权。因为他的权力对教皇而言过于强大。虽然腓特烈二世同意免除德意志神职人员的所有赋税，但是他丝毫没有要信守诺言的意思。教皇曾唆使法兰西国王在法兰西发动战争，对瓦勒度派进行血腥镇压；他希望腓特烈二世也可以在德意志挑起这么一场战争。比起那些教皇憎恨的虔诚教徒，腓特烈二世是一个更激进的异教徒，他对组织“十字军”行动没有任何兴趣。因此，当英诺森三世怂恿他率领“十字军”收复耶路撒冷时，他虽然口头上做出了允诺，却丝毫不见行动。
腓特烈二世即位后，仍然留在西西里生活。相比德意志，他更喜欢把西西里当作自己的居住地。一直到英诺森三世于公元1216年在西西里去世，腓特烈二世都从未兑现过自己的任何诺言。
英诺森三世逝世后，霍诺里乌斯三世继承了教皇的位置，但是他对腓特烈二世也无计可施。公元1227年，格里高利九世登上教皇宝座，他决定不惜一切代价要让腓特烈二世这个年轻的皇帝臣服。他开除了腓特烈二世的教籍，剥夺了他所有的宗教特权。然而，这种做法对有近半数人拥有阿拉伯血统的西西里岛宫廷而言，却是无关痛痒之事。格里高利九世还写了一封公开信，他在信中痛斥腓特烈二世的种种罪行以及各种异端行为。之后，腓特烈二世则用一封更有力的回信予以还击。欧洲所有的王侯都收到了这封信，腓特烈二世在信中首次就教皇与王侯之间存在的争端做出了明确声明。他猛烈抨击了教皇欲成为欧洲绝对统治者的野心，建议王侯们联合起来抵抗教皇，还提醒王侯们注意教廷的财产。
掷出这惊天一雷之后，腓特烈二世决定履行他在12年前许下的诺言，召集“十字军”行动。
公元1228年，第六次“十字军”行动开始。然而，这次行动可以说是一场闹剧。腓特烈二世抵达埃及，与埃及苏丹会面，一起探讨了国家大事。他们二人对基督教都持有怀疑态度，因此会谈进展得十分融洽。在交换彼此的意见之后，他们达成了一项互惠互利的协议，埃及苏丹同意把耶路撒冷交给腓特烈二世。这可谓是一种新型的“十字军”行动形式，既没有战场上的血腥拼杀，也没有喜极而泣的战后场景，而是通过达成私人协议的方式完成了行动。由于完成这次不可思议的行动的领导者是一个被开除教籍的人，因此所有的神职人员都避而远之。当腓特烈二世成为耶路撒冷的国王时，只能举行纯粹世俗的加冕仪式，自己取下祭坛上的皇冠并戴在头上。当腓特烈二世返回意大利后，他把入侵其领土的教皇军队赶了出去，还要求教皇恢复他的教籍。那时正处于13世纪，王侯如此对待教皇的行为已经不会再引起民众的愤怒，因为那个民众信任教皇的时代已然过去。
公元1239年，格里高利九世再次挑起了与腓特烈二世的战争，并将他驱逐出教廷。王侯与教皇公开骂战的闹剧再次上演，而上一次已经使教皇的名声严重受损。后来，格里高利九世去世，英诺森四世即位，但是双方之间的骂战仍旧没有停息。腓特烈二世又写了一封信反击教廷，他大力谴责神职人员的傲慢和反宗教的行为，还把当时所有的腐败现象归咎于他们的贪婪与骄奢。腓特烈二世以恢复教廷名声为由，建议王侯们没收教廷的所有财产。之后，这个建议一直萦绕在欧洲王侯们的脑海里。
在此，我们就不继续讲述腓特烈二世的晚年生活了。与他的日常生活相比，他一生中所有的轶事都稍显逊色，倘若我们把他在西西里宫廷里的生活片段拼凑在一起，便能从中窥见一斑。他生活奢侈，钟爱一切美丽的事物。因此，有人说他放荡不羁。但他确实是一个好奇心十足且富有探索精神的人。他在宫廷里召集了犹太教、伊斯兰教和基督教的哲学家，想尽方法用萨拉森的思想和文化浇灌意大利人的心灵，还把阿拉伯数字和代数传授给基督教的学者。他的宫廷里有一位叫迈克尔·斯科特的哲学家，他翻译了亚里士多德著作中的很多节选内容，以及阿拉伯哲学家阿威罗伊（科尔瓦多人）对亚里士多德著作的注释。公元1224年，腓特烈二世创建了那不勒斯大学，同时还扩建了萨莱诺大学的医学院。他修建了一个动物园，留下了一本关于猎鹰的书，由此可以看出他曾细致入微地观察过鸟类的生活习性。他还是最早一批用意大利语写作诗歌的人，意大利诗歌正是诞生于他的宫廷之中。腓特烈二世是一位很有才华的作家(1)，被称为“王座上的第一个近代人”，这一称号恰如其分地说明他对待知识是公正、超然的。
当法兰西国王的权力日渐增长，并不断与教皇发生冲突时，这就意味着教皇的权威正不断削弱。腓特烈二世在位时，德意志就已陷入分裂的状态，法兰西国王则成为继霍亨斯陶芬王朝之后教皇的守卫者、支持者和竞争者。一连几代的教皇都推行有利于法兰西君主的政策。法兰西王侯们在罗马的支持和许可下，在西西里和那不勒斯建立了自己的王国，这让他们看见了重建和恢复查理曼帝国的曙光。然而，当霍亨斯陶芬王朝的最后一位国王腓特烈二世去世之后，神圣罗马帝国就处于大空位时代，直到公元1273年哈布斯堡家族的鲁道夫一世被选为皇帝。之后，罗马帝国的政策就开始在法兰西和德意志之间摇摆不定，随着相继任职的教皇的喜好而变化。在东方，希腊人于公元1261年从拉丁皇帝手中夺回了君士坦丁堡，新希腊王朝的缔造者迈克尔·帕里奥洛加斯（即迈克尔八世）假意与教皇和解，随后彻底脱离了罗马教廷。加之亚洲拉丁王国逐一衰落，教皇在东方的势力也渐渐消退了。
公元1294年，意大利人卜尼法斯八世登上教皇宝座。他对法兰西有着很深的敌对情绪，他身上有着强烈的罗马传统意识和使命感。他曾一度实行高压政策。
公元1300年，他举行了一次盛大的庆典，大批朝圣者聚集在罗马。“流入教皇财库的金钱如此之多，他的两个助手只能用耙子来收集堆积在圣彼得墓上的献礼。”然而，这次庆典只是表面上看起来取得了胜利。公元1302年，卜尼法斯八世与法兰西国王发生冲突。公元1303年，当他在位于阿纳尼的宫殿中准备宣布革除法兰西国王教籍时，被法兰西国王的密探纪尧姆·德·诺加雷特突袭并逮捕。诺加雷特强行进入宫殿，闯入教皇的卧室，让手拿十字架躺在床上的教皇大感惊慌，还对教皇大肆辱骂和威胁。过了一两天之后，城里的民众放了教皇，他仓皇逃回了罗马。但是回到罗马后，他又被奥尔西尼家族的成员囚禁起来。几个星期之后，由于受到惊吓和失望过度，卜尼法斯八世在狱中死去。
阿纳尼人民对诺加雷特的暴行感到十分震怒，于是他们奋起反抗并交出了卜尼法斯八世。人们之所以反抗，也是因为阿纳尼是卜尼法斯的故乡。但有一点值得我们注意，法兰西国王对待基督教教皇的粗暴行为却得到了法兰西人民的支持。法兰西国王在采取行动之前，召开了一次三级会议，即由教士、贵族和市民三个等级的代表参加的会议，会议对国王的决定表示赞成。而且无论是在意大利、德意志还是英格兰，人们都没有对这种随意处置教皇的行为表示异议。由此可见，基督教对人们思想的影响已渐渐削弱。
在整个14世纪，罗马教廷都没有采取任何措施来恢复它的道德影响力。卜尼法斯八世死后，法兰西国王选定法兰西人克莱门特五世接任教皇的位置。但他从未到过罗马，而是把宫廷设在了阿维农。当时，尽管阿维农位于法兰西的领土之内，但不受法兰西管控，而由罗马教皇统治。克莱门特五世之后的几任教皇一直居住在阿维农，直到公元1377年，教皇格里高利十一世才迁回梵蒂冈宫。然而，格里高利十一世虽然回到了罗马，但无法将整个教廷的情感带回罗马，因为大多数红衣主教都是法兰西人，他们的生活习惯和社会关系都深深扎根于阿维农。公元1378年，格里高利十一世去世，意大利人乌尔班六世当选为新一任教皇。但是红衣主教对此却表示反对，随即宣布选举无效，并另外推选克莱门特七世上位，他因此被称为“敌对教皇”。这就是历史上的“教廷大分裂”事件（公元1378年发生，1417年结束），教廷分裂为罗马教廷和阿维农教廷。英格兰、匈牙利、波兰以及欧洲北部地区支持罗马教廷；敌对教皇则继续留守阿维农，他们这一派得到了法兰西、苏格兰、西班牙、葡萄牙以及各德意志王侯的拥奉。两方教皇相互驱逐对方信徒，并施以诅咒。
在这种情况下，欧洲人民开始为自己的宗教信仰问题做打算。
我们在前面的章节提到过方济各会和多明我会，它们也不过是基督教世界里众多新崛起教派中的两个代表。这两个教派从自身利益出发，决定是支持还是反对教廷。尽管教廷对这两个教派都打压过，但更多的是希望可以同化和利用它们。不过，其他教派对教廷则表现出了不服从和批判的态度。一个半世纪后，威克里夫（公元1328年—1384年）来到了英格兰，他是牛津大学的博士，十分博学多才。他晚年曾多次直言不讳地批评教廷的愚昧和教士的腐败。他召集了一些贫苦教士组成了威克里夫派，并把他的思想传播到英格兰的大街小巷。为了让人们可以辨别他与教廷之间的是非曲直，他还把《圣经》翻译成了英文。与圣方济各和圣多明我相比，威克里夫更有学问，能力也更强。他的支持者中，既有普通的民众，也有上层社会的名人。虽然罗马教廷十分憎恨他，还下令拘禁他，但他到去世时仍然是自由身。然而，导致天主教毁灭的黑暗及腐朽势力，却让他的尸骨在墓中仍然得不到安宁。公元1415年，康士坦茨宗教廷议判定将他的遗骸挖出来焚烧。公元1428年，弗莱明主教执行了教皇马丁五世下达的这项命令。令人震惊的是，这种亵渎神灵的举动并非出自某些狂热分子，而是教廷的行为。
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(1) 事实上，无法查证腓特烈二世是一位“很有才华的作家”这种说法出自何处。