波斯帝国战败后的一个半世纪内，正是古希腊文明发展最为辉煌的时期之一。以雅典为首的提洛联盟和以斯巴达为首的伯罗奔尼撒联盟为了争夺希腊的统治权，从公元前431年到公元前404年一直处于交战状态，这场持续了近30年的伯罗奔尼撒战争给希腊带来了前所未有的破坏。到了公元前338年，马其顿人成为希腊真正的统治者。在这一时期，希腊人无论是在思想、创新能力还是艺术创作上，都上升到了一个新的阶段，他们所取得的成就被后人誉为人类历史上的一盏明灯。
当时，雅典成为希腊各城邦思想文化的中心。在公元前466年到公元前428年这30多年间，雅典一直处于杰出政治家伯里克利的统治之下，他思想开明且精力充沛，立志要让雅典这座被波斯人夷为平地的城市在废墟中重新建立起来。那些至今仍让雅典人荣耀至极的古迹废墟，正是这一时期伟大工程的遗迹。伯里克利不仅重建了雅典的物质世界，还重塑了雅典的精神文明。他广纳贤才，召集了建筑师、雕塑家、哲学家、诗人、剧作家和教育家。公元前438年，希罗多德来到雅典讲述他的历史著作；阿那克萨哥拉则带来他对于太阳和恒星的科学见解；埃斯库罗斯、索福克勒斯以及欧里庇得斯也相继把希腊的戏剧艺术推向唯美与崇高的最佳境界。
尽管旷日持久、徒劳无益的争权大战——伯罗奔尼撒战争打破了希腊原本的和平，但伯里克利给雅典精神文明发展带来的动力，在其离世之后依然延续。可以这么说，政治视野的黑暗没有阻碍人类思想的进步，反而加速了人类文明前进的步伐。
早在伯里克利时代之前，希腊民主制度特有的自由理念就极大地推动了辩论术的发展。当时，希腊城邦重大公共事务的决定权不在国王或祭司的手中，而是在公开辩论的场合，由公民或领导人投票表决。因此，民众十分向往拥有辩论能力。于是，便出现了一种新兴职业——“诡辩家”，专门传授年轻人辩论的技巧。但是，一个人不能脱离事实进行辩论，不能凭空乱说一通，因此随着辩论活动的发展以及学派之间相互辩论的盛行，人们开始对辩论风格、思维方法和论点有效性进行深刻的思考。伯里克利死后，苏格拉底因其超凡的辩论能力和对论点谬误的无情批判而声名鹊起，一大批才华横溢的年轻人纷纷追随苏格拉底。坦白说，大多数诡辩家所论述的观点是不严谨的。公元前399年，苏格拉底被雅典陪审法庭以不敬神灵和蛊惑青年的罪名判处死刑。他选择体面地死去，在自己的家中当着弟子的面喝下了铁杉毒液。虽然苏格拉底最后选择以死亡捍卫自己城邦的民主制度，但是他的思想永存于人们的心中，他的学生会继续把他的思想发扬光大。
在苏格拉底的众多学生中，柏拉图（公元前427年—公元前347年）的成就最高、影响最大，他开设了阿加德米学园（又称为“柏拉图学院”），专门教授哲学。柏拉图的教学主要分为两大部分：一是研究人类思维的本质与方式；二是考察政治制度。柏拉图在人类历史上最先提出了“乌托邦”这个概念，“乌托邦”不同于以往任何的社会制度，比现有的一切社会制度都更具优越性。“乌托邦”的提出彰显了人类思想上史无前例的胆识，而在此之前，人类总是无条件地接受一切社会传统和习俗。柏拉图坦率地向人类疾呼：“你们深受其害的绝大多数社会和政治弊端，大多是你们所能改变的，只要你们有决心和勇气去改变它们，只要你们愿意思考并付诸行动，你们完全可以在一个更加合理的制度下生活。你们只不过还没有意识到自己的力量！”这种极富冒险精神的教育理念，至今仍深深烙印在人类思想当中。《理想国》是柏拉图早期的著作之一，描述的是贵族共和主义制度下的理想王国；《法律篇》则是其晚年创作但未完结的著作，讲述的是另一种“乌托邦”国家的社会模式。
柏拉图死后，他的学生亚里士多德继续对思维方式和政府管理方法进行批判式研究。亚里士多德出生于马其顿的斯塔基拉，曾在吕克昂学园讲授知识。他的父亲是马其顿国王的宫廷御医，他还当过马其顿王子亚历山大的家庭教师。亚历山大登基后取得了许多伟大的成就，我们将在后面的章节中进行讲述。亚里士多德对于思维方式的研究，把逻辑学提升到一个新的发展高度。在其后的1500年甚至更长的时间里，逻辑学的发展便止步不前，一直到了中世纪，经院派学者才又重新开始研究这一古老的学科。亚里士多德并没有延续柏拉图“乌托邦”式的思想，他认为在人类能够像柏拉图所教导的那样真正掌握自己的命运之前，还需要掌握更多、更准确的知识，于是他开始系统地搜集和整理知识，这种系统化的过程被我们称为“科学”。此外，他还派探险队去搜集历史资料，并成为政治学的奠基人和自然历史的创始人。他那些在吕克昂学园的学生还曾研究和比较过158种不同的国家制度。
公元前4世纪，古希腊确实出现过一批真正的“现代思想家”。在那里，天真烂漫、幻想式的传统思维方式已荡然无存，取而代之的是对现实问题进行系统性和批判性抨击的思维模式。人们抛弃了怪力乱神，摒弃了阻碍人类思考的禁忌、敬畏及束缚，开始了自由、准确和系统的思考。这些来自北方丛林地带、无拘无束的自由灵魂，已然揭开了圣殿神秘的面纱，让思想的光芒照耀整个希腊文明。