在凤来寺的传说中，光明皇后(1)是从鹿胎里出生的。传闻凤来寺开山祖师利修仙人曾在西北方的烟严山岩洞内修行佛法。一天，他到山中眺望四方景色，偶生尿意，便在附近的芒草边解决了。这时刚好有一头鹿经过，舔了那根芒草，由此怀孕。一个满月之日，鹿生下一个玉石般漂亮的女孩儿，可仙人正在修行中，没时间应付这孩子，便悄悄遣人将其送到自己的故乡奈良，找了家身份高贵的宅邸遗弃于门前。这女孩儿长大后就成了光明皇后。但因为她受孕于鹿腹之中，一生下来每根脚趾都是两瓣，宛如鹿脚。皇后因此叹息不已，为了消除宿业，还曾到凤来寺的药师如来前诚心祈愿，进献了亲笔题字的匾额。这是《凤来寺寺记》中的说法。此外，该寺还藏有元禄时代写就的《扫鹿夜话》抄本，里面煞有介事地写着，利修仙人是出于无聊，才夜夜前往西边山脚下的村子，与那里的贫贱女子生下一个女儿，后来又把这件事牵强附会到鹿的身上。
而我在孩提时期听到的，与上述内容略有不同，是关于净琉璃姬的故事。净琉璃姬的传说也详见于《十二段草子》，说东海道矢作的驿站游女兼高(2)哀叹自己没有子嗣，遂至药师寺闭关祈祷三七二十一日，祈求神灵赐予她一个孩子。在祈愿完成之日的夜里，她梦到药师如来化作一头巨大的白鹿出现，对她说：“你虽诚心祈愿，然命中注定无有子嗣。”语毕给了她一颗珠丸，女子醒后便发现自己怀孕了。本地的传说却有不同，是药师如来化身为一位白发老翁出现，说可以赐给她一个鹿胎，接着便消失无踪。很快，在一个满月之日，她产下一个漂亮无比的女儿，可惜脚趾像鹿一样裂为两瓣。游女非常悲伤，为了不让人知晓，便用布裹住女儿的脚，据说这也是足袋(3)的滥觞。
听闻在三四十年前，还有人以讲述净琉璃姬一生的故事谋生，如今却再也看不到这种表演，听不到它的唱词了。另外，据说附近有两三户人家还收藏着绘有净琉璃姬姿容的挂轴。
鹿产下女婴的传说不断变形，最终与妹背山的入鹿产生了关联。
凤来寺东边山麓有个名为“东门谷”的小部落，坐落于群山之中。部落里有个名叫弥右卫门的人，屋后有个废弃的池子，水上漂满铁锈，俗称“入鹿池”。传说中，入鹿大臣(4)就是在这里于鹿腹内诞生。也有人说，是海豚在这里生下了一个人类的小孩。还有传闻称，猎人用这里的池水沾湿鹿笛后吹奏，无论什么样的鹿都会被引诱过来。这个池子如今是否还存在，尚未能考证。
另外，距离东门谷一峰之外的凤来寺村峰字内，有一块田名为“产田”，传说是前文中的鹿产下光明皇后之地，十年前，田的周围还拉着祓除不净的注连绳。
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(1) 光明皇后（701—760）：奈良时代大政治家藤原不比等的女儿，奈良时期的皇族，圣武天皇的皇后，以美貌和推崇佛教而著称。
(2) 一说兼高为源兼高，是净琉璃姬之父。
(3) 足袋：传统日式短布袜。
(4) 入鹿大臣：即苏我入鹿（？—645），飞鸟时代的豪族，大臣苏我虾夷之子，后在政变中被杀。