西班牙国王腓力二世最大的特点是不骄不躁。很小的时候，他曾多次听说自己的父亲——神圣罗马帝国皇帝查理五世的故事。得知帕维亚获得重大胜利的消息时，神圣罗马帝国皇帝查理五世的镇静让人们对他十分钦佩。西班牙国王腓力二世也许想要模仿自己的父亲。对他来说，模仿自己的父亲十分容易，因为他天生不是一个喜形于色的人。不管怎么说，在位的第三十三年，西班牙国王腓力二世已经得到西班牙人的爱戴。他是典型的斯多葛学派基督徒，能在困境中表现出令人钦佩的自制力。一个充满戏剧色彩的经典传说描述道：一位新上任的秘书对自己的工作非常不熟悉，显得十分紧张。因此，当他拿起一张写好的表格时，没有用沙子打磨表格，而是将墨水倒在了表格上。他非常害怕，等待着西班牙国王腓力二世发火。但西班牙国王腓力二世并没有发火，甚至温柔地告诉秘书：“那是墨水，这才是沙子。”还有一些轶事是关于西班牙国王腓力二世和皇储卡洛斯的。皇储卡洛斯的势力日益强大，但西班牙国王腓力二世对此一直忍耐。西班牙国王腓力二世驾崩后的十年间，流传着很多关于他的故事。一些富有同情心的编年史学家说，在极度失望的时候，西班牙国王腓力二世依然保持着钢铁一般的自制力。
法米亚诺·斯特拉达神父的寓言具有极高的文学价值。他讲述说，当桑坦德的使者前来汇报西班牙无敌舰队战败的消息时，西班牙国王腓力二世仍然坚信西班牙无敌舰队会取得胜利。他的秘书克里斯托瓦尔·德·莫拉和伊迪亚克兹都惊呆了，不敢相信西班牙无敌舰队会战败。西班牙国王腓力二世放下笔，抬了头。秘书结结巴巴地说了几句关于西班牙无敌舰队战败的消息，然后将使者推到了西班牙国王腓力二世面前。西班牙国王腓力二世听着使者的汇报，脸上毫无表情。然后，他开口说道：“我感谢神，因为祂给了我如此大的赏赐，让我在任何时候都能像我们失去的无敌舰队一样，在海上航行。有时，溪流也会被堵塞。但没有关系，只要源头是自由流动的就好。”西班牙国王腓力二世没有一丝叹息，脸上也没有一丝愠色，拿起笔继续写信。
不过，法米亚诺·斯特拉达神父是一位有教养的罗马人。西班牙人的语言虽然不够优雅，但有一种深沉的铿锵之感。因此，17世纪末期，西班牙的历史学家更青睐另一个版本。这一版本中包含惊慌失措的秘书、安静工作着的国王和带来可怕消息的使者，但西班牙国王腓力二世拿起笔前，只说了一句话：“我派舰队出征的目的是征服英格兰人，不是违背上帝的旨意。”
当然，上述故事很可能都不是真实的。面对突如其来的失败，西班牙国王腓力二世没有机会表现出久负盛名的自制力，因为他要将战败的所有细节弄清楚。有一段时间，即梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼回到桑坦德前，西班牙国王腓力二世读了梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼1588年8月21日前的来信和航海日志，并听了巴尔塔扎尔·德·苏尼加令人沮丧的报告。然后，他得知了帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞错过了与梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼会合的消息，不久又听说了西班牙无敌舰队在爱尔兰海岸遇难的谣言。阅读了梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼1588年8月21日前的航海日志后，西班牙国王腓力二世知道，无论如何，西班牙无敌舰队尽了最大努力。不论失败是由于上帝的旨意还是西班牙无敌舰队的行为，西班牙国王腓力二世都不会谴责任何人。
听到战败的消息后，西班牙国王腓力二世一直隐忍着自己的情绪。但任何隐忍都是有限度的。1588年秋天，西班牙国王腓力二世病了。外交使团认为，西班牙国王腓力二世病得很重，挥之不去的焦虑和失望加剧了他的病情。新上任的罗马教廷大使认为，西班牙国王腓力二世的眼睛由于长时间伏案工作和悲伤哭泣变得红肿。即使西班牙国王腓力二世真的哭过，也没有人看见过。有人说，过去的十个多月里，西班牙国王腓力二世苍老了很多。1589年开始，西班牙国王腓力二世的皮肤上开始出现奇怪的蘑菇色斑点，并且逐渐扩散到了脸上，最后胡须都变成了白色。奇怪的是，在一些肖像中，西班牙国王腓力二世脸上的斑点都被忽略了。1588年后，西班牙国王腓力二世外出的时间越来越少，会见来访者的次数也越来越少，但独自在书房里工作的时间却越来越长。
西班牙国王腓力二世如果已经感受到命运带来的打击，并且将其表现了出来，就不会被命运打倒。当得知西班牙无敌舰队损失惨重的时候，他向大臣们保证，他会不惜一切代价组建一支比西班牙无敌舰队更强大的舰队，即使需要熔化王宫里的餐具和烛台。但事情还没有发展到这一步。西班牙国王腓力二世需要事先与热那亚银行家达成新的协议，得到财政支援。然而，与一些船长交谈后，西班牙国王腓力二世清楚地认识到，此次失败不能完全归咎于西班牙无敌舰队。如果他真的需要一支更精良的舰队，那么西班牙完全可以做到。此外，他可以加快西班牙大炮的制造进程。西班牙国王腓力二世奋笔疾书，在1589年新年前，列好了招募船员、制造枪炮、建造舰船、财政支持等方面的所有计划。然而，组建新舰队的进程十分缓慢，因为相关人员需要时间弥补计划中的疏漏。人们相信西班牙国王腓力二世会成功组建一支新舰队。但几乎没有人相信，他会在1589年春天到来前完成舰队组建工作。
与此同时，西班牙国王腓力二世不得不接受目前发生的一切。首先，1588年10月13日，他将自己已知的消息写信告诉了西班牙主教，并提到了海战的不确定性。他接着写道：“我们要赞美上帝喜欢的一切事。现在，我要感谢上帝的慈悲。西班牙无敌舰队在风暴中航行，一定遭受了厄运的洗礼。只要人们不断虔诚祈祷，厄运就不会降临。”西班牙国王腓力二世委婉地告诉西班牙主教，厄运降临一定是祈祷的人不够虔诚。西班牙无敌舰队幸存的所有船都回到了西班牙。当时，英格兰人和尼德兰人认为，西班牙无敌舰队的失败是“上帝之风”导致的。
英格兰人和尼德兰人的说法并不难理解。据说，英格兰女王伊丽莎白一世颁发给英格兰舰队的勋章上刻着一句话：“上帝吹了一口气，将西班牙无敌舰队吹散了。”来自尼德兰的一枚勋章也刻着类似的文字。博学的诗人们用拉丁文歌颂英格兰女王伊丽莎白一世和新教的胜利，颂扬党派之争和突如其来的暴风雨淹死了成千上万西班牙人，但几乎没有提及英格兰舰队。
当然，西班牙无敌舰队的优势是庞大的规模和精良的武器。但由于恶劣的天气，西班牙无敌舰队在爱尔兰海岸遭受的损失远胜于弗朗西斯·德雷克火烧圣文森特角造成的损失。英格兰舰队对西班牙无敌舰队造成的破坏源于上帝的旨意。显然，上帝站在清教徒一边。暴风雨强大的破坏力谱写了西班牙无敌舰队的很多传奇故事。西班牙船员遭到了爱尔兰人的屠杀。声势浩大的西班牙无敌舰队对战规模较小的英格兰舰队时，怯懦的西班牙指挥官躲在甲板下面，受到侮辱的炮手炸毁了一艘加莱桨帆船，然后跳进了海里。
奇怪的是，西班牙和英格兰的很多传说惊人的相似，甚至有关梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的传说也非常相似。《理查德·雷恩的卧室遗存——一封信的副本》里杜撰了一个娱乐众人的故事，其中写道：“为了安全，他躲在船舱里。”英格兰舰队与西班牙无敌舰队的对比也是源于一些文学作品。人们在怀特岛看到的都是英格兰舰队的轻帆船和乌尔卡船，从而忽视了英格兰战舰。现在想起来，令人费解的是，西班牙人为什么会接受关于暴风雨的传说。当然，英格兰人喜欢听上帝支持自己的故事，但西班牙人为什么会接受上帝反对他们的故事呢？西班牙无敌舰队万事俱备，只差上帝的支持吗？败在上帝手中也许比败在英格兰人手中更容易让西班牙人接受。犹太基督教的传统可以解释上帝的非理性行为。上帝没有让西班牙赢得战争并不意味着西班牙人不是为了上帝的旨意而战，也不意味着上帝不会支持西班牙人。
伯纳迪诺·德·门多萨得知西班牙无敌舰队战败的消息时，委婉地将这一消息告诉了西班牙国王腓力二世。他说：“即使是十字军战士、圣路易或卡佩王朝的路易九世，也并不总是取得胜利，因此，战败是可以理解的。我们罪恶深重，上帝施与的任何惩罚都是合理的。上帝惩罚真心爱戴祂的人是为了他们好。羞辱为上帝的旨意而战的人也许可以使他们学会谦卑，然后使他们继续踏上通向胜利的路。”西班牙国王腓力二世在伯纳迪诺·德·门多萨的这些话下面画了线，并在信纸空白处注释同意这种说法。
通过学会谦卑踏上胜利之路。1588年冬天，西班牙国王腓力二世吸取了教训，打算重组舰队。新组建的舰队一定要更加强大，达到某种标准。缺乏远距离作战的大炮、指挥不当、协调不力、缺乏深水港、如何有效控制尼德兰沿海水域等，都是需要着重考虑的关键问题。帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞和其他人都忽视了这些问题。西班牙国王腓力二世虽然没有找到解决方案，但至少正视了这些问题，开始意识到自己还有很多事情要做。苏格兰女王玛丽的死使他陷入了迷梦般的状态。此时，失败的打击将他从梦中唤醒。作为西班牙国王，他谨小慎微，甚至有点胆怯、犹豫和过分警惕。不论做任何事，他都要力求做好充足准备，以免发生意外情况。
卡佩王朝的路易九世
关于西班牙国王腓力二世的一件轶事听起来十分真实。我们不知道事件发生的具体日期，应该是1588年后的一两年内。西班牙国王腓力二世在埃斯科里亚尔圣洛伦索修道院的花园里散步的时候，听到园丁说自己花了很多精力在南墙附近培育果树，上帝一定不会让果实腐烂。西班牙国王腓力二世用常用的严厉口吻对园丁喊道：“尼古拉，请注意你的言辞！猜测上帝的旨意是不虔诚的，是亵渎上帝的旨意！这源于你的自高自大，即使是我也不能这么说。”随后，西班牙国王腓力二世用温和的语气说道：“我们必须服从上帝的旨意，绝对不能猜测上帝的旨意，更不能试图利用上帝的旨意！”