1588年8月13日星期六清晨，半个月来，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼并没有发现身后穷追不舍的英格兰舰队。西班牙无敌舰队乘西南风急速前进，返回英吉利海峡的时机已经过去。然而，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼宁愿带着自己的旗舰继续漂泊，也不愿战败后返乡。与此同时，他决心让尽量多的舰船返回西班牙。
战争结局已经无法逆转。自从进入英吉利海峡后，西班牙无敌舰队至少损失了七艘船，包括一艘加莱赛战船。第一批船由于不适合长时间航海，受创严重，船上五分之一的船员和水手伤亡，几乎弹尽粮绝。在英吉利海峡，西班牙军队的士气高涨，但现在已经濒临崩溃。1588年8月9日上午，西班牙无敌舰队中一半以上的舰船在等待迎接敌人——英格兰舰队的信号。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼尽了最大努力。他在“圣马丁”号上举行了一场隆重的军事审判。二十名船长因拒不服从命令被绞死，其中一位船长是梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼在桑卢卡尔的邻居，被吊死在船上的投石器上。其余十九名船长由军队法官马丁·德·阿兰达将军处理。然而，法官与刽子手无力挽回西班牙无敌舰队的士气。自从西班牙无敌舰队离开埃迪斯通群礁后，士兵们一直萎靡不振。
与此同时，西班牙无敌舰队无望凯旋。“圣马丁”号的吃水线位置被英格兰舰队的长重炮或半长重炮打了一个洞，但可以被专业的工匠修补好。胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德的“圣胡安”号甲板下面的情况很不好，一根主桅也出现问题，无法起航。在格拉沃利讷，“圣马科斯”号曾与“圣马丁”号并肩作战，现在已经无力应战。“圣马科斯”号的船长将船捆得像个包裹一样。为了防止船散架，他命人将缆绳从龙骨下面穿过。三艘葡萄牙盖伦帆船似乎没有另外三艘地中海战船受损严重。地中海战船似乎在慢慢下沉，并且越沉越快。事实上，所有西班牙战舰都受创严重，一些船的船体即将散架。一艘叫“汉堡的小帆船”的船突然沉没。虽然船上的船员幸免于难，但所有物资与船一起沉入了大海。
物资紧缺是西班牙无敌舰队面临的最严重问题。船上没有新鲜食物，大部分饼干已经发霉变质，咸鱼和咸肉无法入食。但船员们对咸食的需求不大，因为现在最缺的是水。在拉科鲁尼亚，船上的所有酒桶都装满了水，足够饮用三个月。后来，一些桶开始漏水，打开后只剩下几英寸绿色黏液。现在可以看到，弗朗西斯·德雷克突袭圣文森特角的后果是多么致命。前方路途艰险，每支分遣队依次汇报严格分发配给。但糟糕的是，所有船上的配给只够用一个月甚至更短时间。
阿朗索·马丁内斯·德·莱瓦代表挪威，迭戈·弗洛雷斯·德·瓦尔德斯代表爱尔兰。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼表面上得到了所有将领的支持，实际上不包括胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德。西班牙战事议会一致同意，说服反对派绕苏格兰和爱尔兰向北航行，留出足够的海上空间，以便让整支舰队向右舷方向前进。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼下令时强调，必须远离爱尔兰，“因为爱尔兰海岸可能会对你造成伤害”。他采取了能想到的所有预防措施。为了节约用水，他命人将所有马和骡子扔到海里，命令舰队里的每个人，不分男女，每天只配给八盎司饼干、一品脱水和半品脱酒。“圣马丁”号也严格执行了命令。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼以身作则，觉得自己并没有做出多大牺牲。只有在平静的水面上，他才会想吃一点食物。他曾写信给西班牙国王腓力二世说：“我在海上总是晕船，并且经常感冒。”总有一天，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼对此次航行的悲观预言会成为现实。
因此，西班牙无敌舰队按照“进入挪威海峡”的航线航行，直到领航员认为已经到达北纬61°31'的位置。西南偏西的航线会错过设得兰群岛。航行过程中，一些船走散了。1588年8月14日清晨，三艘黎凡特的大卡拉克帆船吃水很深，只能转向东方，在绝望中向着海岸进发。主力舰队等了很久，没有得到关于失散舰船的任何消息。1588年8月17日夜晚，一场暴风雨过后，与“格兰·格里丰”号一起的其他舰船都失踪了。“格兰·格里丰”号掉转船头，迎风前进。帆船一路向北。阴雨绵绵，衣衫不整的安达卢西亚人和黑人冻得瑟瑟发抖。
1588年8月21日，领航员断定舰队已经到达北纬58°。在艾齐尔岬西北约九十里格的地方，西班牙无敌舰队向戈尔韦海岸进发。戈尔韦海岸是一个地标。西班牙无敌舰队也许到达了克莱尔岛，船员们完全被弄糊涂了。戈尔韦海岸是西班牙无敌舰队改变航线的地方。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼命令舰队最后一次集结。他惊奇地发现，除了伤员，还有近三千人生病。最近八天里，生病人数一直在激增。淡水紧缺，比梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼想象的还要糟糕。一些表面结实的桶也开始漏水。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼再次下令改变航线，同时派巴尔塔扎尔·德·苏尼加乘轻帆船向西班牙国王腓力二世汇报舰队现在所处的位置，讲述这场战争的经历。
西班牙无敌舰队航行路线
麻烦接连不断，连续两周一直是西南风，暴风雨从未停止。1588年9月3日星期六，按照领航员指引的方向，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼发现自己依然停留在北纬58°，只是比两周前的位置更偏东。同时，十七艘舰船离开了主力舰队，包括胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德的“圣胡安”号、阿朗索·马丁内斯·德·莱瓦的“拉塔·科罗纳达”号、一艘加莱桨帆船、四艘黎凡特船、四艘大战舰、一艘安达卢西亚人的船、一艘卡斯蒂尔人的船、两艘奥肯多的西班牙舰船和两艘加莱赛战船。风向暂时转为东北风。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼派一艘轻帆船去向西班牙国王腓力二世汇报情况。他再次率领西班牙无敌舰队踏上了归途。
1588年9月22日，在桑坦德，“圣马丁”号向领航员发出信号。从几天后的报告中我们可以得知，曾在1588年7月从西班牙驶向英格兰的舰队中，此时有六十六艘船再次返回西班牙港口。后来，又有一艘船返回西班牙港口。
不久，根据英格兰的报道及幸存者的描述，西班牙无敌舰队在爱尔兰海域遭受的损失最大。阿朗索·马丁内斯·德·莱瓦带领的五艘黎凡特船出发。一艘比斯开船、一艘吉普斯夸船、一艘葡萄牙加莱赛战船和三艘霍尔克船向爱尔兰西海岸行进，前去寻找食物和水，以及修补破损的索具和船体。葡萄牙舰船和胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德的“圣胡安”号停泊在丁格尔湾大布拉斯基特岛的下风向处。船员们往船上装淡水，随后返回。1588年10月7日，“圣胡安”号摇摇晃晃地进入了拉科鲁尼亚港。据说，“圣胡安”号是最后一艘幸存的西班牙战船。一艘大船和一艘医护船追随胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德离开了丁格尔湾，返回了西班牙。医护船上的病人都活着。其他船沿英吉利海峡航行，希望尽快抵达法兰西港口或英格兰港口。然而，其他船在德文郡的布退尔岬搁浅，船上的士兵全部获救。向爱尔兰挺进的十七艘西班牙舰船都遇难了，其中包括不知道名字的船和轻帆船。西班牙船员没有航海图也没有领航员，更没有抛锚，船体受损严重，不适合继续航行。由于食物供给不足，加上疾病蔓延，船员们身体虚弱，只能躺在岩石上或挤在礁石上。加莱赛战船“赫罗纳”号被人发现，逃到岛上的幸存者全部获救。阿朗索·马丁内斯·德·莱瓦的船和剩下的船在巨人堤附近遇难，船上所有的人无一幸免。
巨人堤
在爱尔兰海岸，数千名西班牙士兵丧生。即使逃上岸的人，命运也十分悲惨。许多筋疲力尽的士兵躺在岸边的海滩上，昏昏沉沉。在爱尔兰西部海岸，西班牙士兵遭到追杀，像野兽一样四处逃窜。一些西班牙士兵被爱尔兰人交给了英格兰刽子手。被俘的西班牙士兵虽然愿意投降，但还是被杀了。爱尔兰副总督威廉·菲茨威廉不顾其他人的反对，下令屠杀西班牙战俘。他率领约两千名英格兰士兵守卫爱尔兰。这支部队装备极差，并且训练无素。威廉·菲茨威廉不能冒险让西班牙士兵停留在爱尔兰海岸上。他的原则是只要发现西班牙人，就立刻处死。
关于爱尔兰海域的西班牙无敌舰队有两个传说：一个是在英格兰广为流传的传说，称西班牙人一上岸，他们的衣物、武器和财物就被爱尔兰人抢劫一空；另一个传说一直在欧洲其他国家流传，称西班牙士兵长着黑头发、黑眼睛和鹰钩鼻，脸颊黝黑。爱尔兰人允许西班牙无敌舰队上岸，但经常将西班牙人的贵重物品拿走，偶尔还会杀人灭口。爱尔兰人杀害西班牙逃亡者一事，引发了公众的谴责。通常情况下，爱尔兰人会庇护西班牙人，为西班牙人提供必需品，时机成熟时帮助他们逃出去。几百名西班牙人确实逃到了苏格兰，途中也没有抛弃自己的同胞。一些西班牙人也许会有幸遇到好客的爱尔兰家庭，但这种情况很少发生。如果有人在康诺特和西班牙加利西亚地区看到了逃亡的西班牙士兵，那么一定另有原因。
在苏格兰和爱尔兰附近的西班牙战舰残骸表明，西班牙人不是因英格兰人的追击逃到苏格兰和爱尔兰的，而是因为迷路。1588年7月30日，利德泽岛有六十八艘西班牙舰船。这些舰船遵照命令，沿事先设定好的路线返回了家乡，包括十艘来自印度卫戍队的盖伦帆船，其中七艘是葡萄牙盖伦帆船、八艘安达卢西亚舰船、七艘奥肯多舰船和六艘胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德的船。十艘黎凡特船中的八艘船成了残骸。西班牙无敌舰队是一支满目疮痍的战败舰队。经验丰富的指挥官向梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼提议，在危机时刻带领剩余舰船返航。提议者不会是迭戈·弗洛雷斯·德·瓦尔德斯，也不会是胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德。西班牙无敌舰队剩余的舰船得以保全主要依靠指挥官们的英明决策。
当时，没有人记得梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼带领西班牙无敌舰队返航的壮举，后来的人也很少注意到这一点。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼对此并不在意。格拉沃利讷战役后，他尝尽了失败的滋味，认为自己有责任拯救西班牙无敌舰队。无论如何，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼保住了近三分之二的舰船和枪炮。他觉得自己的行为减轻了西班牙王国遭受的损失，不会让自己输得太惨。面对已经发生的一切，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼也曾责备自己。相比西班牙无敌舰队，英格兰舰队占据了舰船、枪炮、船员素质和作战地点等方面的优势。西班牙无敌舰队力量薄弱，供给不足，船员们执行任务时力不从心。当时，西班牙人将西班牙无敌舰队的失败归咎为指挥官的无能，并称如果指挥官是圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞、胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德、米格尔·德·奥肯多或佩德罗·德·瓦尔德斯中的一人，那么结局会截然不同。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼对此并没有异议，其间功过，无人质疑。
梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼决定率领西班牙无敌舰队返航。当时，经验丰富的海军军官马洛林·德·胡安被滞留在了敦刻尔克。“圣马丁”号上有四名领航员，其中一人是英格兰人。后来，三名领航员在海上丧命。在西风的吹拂下，第四名领航员带领“圣马丁”号摇摇晃晃地通过了科伦那，来到桑坦德岛靠岸。我们不知道这名领航员的名字。
1588年9月3日，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼决定返航。他坐在床上，几天来一直高烧不断，饱受痢疾之苦，吃不下任何东西。在噩梦般的航程中，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼辗转反侧，失去了意识，只模糊记得风势猛烈，暴风雨不断，西班牙无敌舰队错过了登陆的最佳时机。他被安置在巴尔塔扎尔·德·苏尼加的领航船上，由于身体太虚弱，无力起身，也无法在文件上签署自己的名字。抵达西班牙港口后，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼立即被送去面见西班牙国王腓力二世和圣地亚哥大主教。
仅在“圣马丁”号上，除了战死或受伤的人，截至1588年9月23日，共有一百八十人死于坏血病、斑疹伤寒或流行性感冒。食物紧缺使船员们的病情越来越严重。其他船上的死亡人数每日剧增。没有生病的船员将食物、衣服、被褥等收拾整洁，以便更好地照料生病的船员。高级军官们的情况也不乐观。1588年10月，胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德和米格尔·德·奥肯多去世。其他船上的情况比“圣马丁”号更糟糕。到达西班牙港口的时候，一些船员因缺乏食物被活活饿死，一些船员长达五六天滴水未进，雨水淋湿了他们褴褛的衣衫。一艘船因没有收帆抛锚的人，在拉雷多港搁浅。几个星期以来，西班牙士兵和军官们陆续死亡。剩下的人将物资和钱集中起来，建立了一支救护队。
西班牙无敌舰队处境艰难。一艘船抛锚后随即沉入大海。一些像“圣马科斯”号一样装备精良的船上武器充足，其中包括梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的佛罗伦萨加莱赛战船。靠岸后的第二天，巴尔托利船长去世。他的下属在格拉沃利讷战役中身亡。加斯帕尔·达·苏萨称西班牙无敌舰队中的每艘船都尽了最大努力，一次次勇敢地加入激烈的战斗。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼在给佛罗伦萨大使的信函中证实了这一点。但托斯卡纳大公弗朗西斯科一世打算将“圣弗朗西斯科”号送到拉科鲁尼亚。西班牙无敌舰队中唯一的加莱桨帆船已经无法继续做旗舰。据我们所知，幸存的西班牙舰船中有一半以上舰船不能继续执行任务。一名观察者认为，受创严重的西班牙无敌舰队能在海上漂泊这么久真是一个奇迹。
梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼躺在病榻上，处理着西班牙无敌舰队的事宜，周围的侍从大多是舰队靠岸后招募的。不论何时，他只要觉得有力气，就会向秘书伊迪亚克兹和西班牙国王腓力二世口述书信和备忘录中的内容，其中大多是抱怨，甚至有些语无伦次。他很担心西班牙无敌舰队的状况，更担心船员们身处的困境。由于岸上没有安置地，船员们只能在臭气熏天的霍尔克船中死去。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼坚持派经验丰富的人处理返航事宜。他似乎认为，西班牙无敌舰队的失败主要归因于没有采取更积极的行动，而不是因为他缺乏海战经验或没有能力。几天以来，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的病情虽然并不严重，但一直高烧不断，神志不清。意识清醒时，他也无力签署任何文件。事实上，目前的局势发展已经超出任何人的掌控。在给伊迪亚克兹的信中，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼认为西班牙国王腓力二世不应该让他指挥西班牙无敌舰队，因为他没有在海上生活和作战的经验。他曾提醒西班牙国王腓力二世，作为总指挥官，他无法做出决断，甚至不知道应该信任谁。看看结局吧！梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼不会再指挥海战了，除非有人以命相逼！
梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼唯一想做的是返回家乡，回到桑卢卡尔的橘子林。他听了弗朗西斯科·德·博瓦迪利亚将军的报告，读了布尔戈斯主教和私人医生的信。面对打了败仗的梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼，后来的历史学家们和西班牙国王腓力二世的态度显得公平客观。西班牙国王腓力二世罢免了梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼海军总指挥一职，允许他返回家乡养病。
1588年10月，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼乘坐一辆挂着帘子的马车，在几位侍从的护送下，横跨山脉前往南方。途中，他没有在贵族家中停留，并且避开了城镇，以免遭到愤怒的西班牙民众的辱骂和袭击。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼回到桑卢卡尔前，圣马丁节刚刚过去。1589年春天，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼已经能够在庄园里散步了。事实上，痊愈后，他和以前一样，继续为西班牙国王腓力二世效力了十年，又为西班牙国王腓力三世效力了十二年。他位高权重，西班牙人从未忘记他，也从未原谅他。1594年，一位法兰西外交官见到了梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼，看出他失败的创伤尚未愈合。
在英格兰，情况和人们想象的并没有什么不同。虽然英格兰舰队没有经历艰险的返航，但当帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞错过了潮汐，没有听到任何关于西班牙无敌舰队的消息时，英格兰女王伊丽莎白一世十分不耐烦地解散了舰队。英格兰船长和顾问们对英格兰女王伊丽莎白一世的草率感到惊讶，劝说女王在爱尔兰传来消息前，最好继续保持警惕。在哈里奇和马盖特，很多英格兰船员因生病去世。在多佛和唐斯，英格兰船员们的死亡率几乎和西班牙船员的海上死亡率一样。有人认为，导致船员们死亡的致命杀手是船热和斑疹伤寒。然而，按照英格兰王国的传统，军官和士兵们将一切都归咎于劣质啤酒。毫无疑问，如果有足够的上好啤酒，英格兰士兵和水手就不会生病。
后来，英格兰女王伊丽莎白一世终于如愿以偿，开始遣散军队。遣散过程涉及钱、衣服和食物等问题，以及无法回家的生病士兵的住宿问题。虚弱的水手们躺在多佛和罗切斯特的街道上，奄奄一息，就像他们在拉雷多和桑坦德时那样。作战过程中，马丁·弗罗比舍从来没有退缩过，并且主动提出和弗朗西斯·德雷克并肩作战。英格兰英雄约翰·霍金斯给伯利勋爵威廉·塞西尔写了一封信，说道：“很抱歉，收到您言辞如此严厉的信。”然后，他写信给弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士抱怨说：“我向上帝祈祷，我是为了钱写这封信的……我相信上帝会很快将我救出来，因为我已经身处地狱。”他的口吻很像梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德对英格兰舰队不断上升的死亡率感到无助和愤怒。
英格兰出现了与西班牙同样的情况。英格兰人抱怨海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德为什么没有将西班牙无敌舰队一举歼灭，为什么害怕近距离接触西班牙无敌舰队。荒唐的是，西班牙人也以同样的问题质问梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼。英格兰人一致认为，如果当时任命弗朗西斯·德雷克作为英格兰海军总指挥，就不会出现无疾而终的结局了。在战争期间，英格兰舰队的所有胜利都是弗朗西斯·德雷克取得的。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德并没有像梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼那样，独自忍受痛苦，因为毕竟英格兰舰队获胜了。在海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德生命的最后几年，西班牙无敌舰队的失败已经消散到金色薄雾中。英格兰国王詹姆斯一世统治时期，人们只记得英格兰女王伊丽莎白一世“英明”的统治。就像当时的大多数事件一样，随着时间的流逝，很多事件只剩下辉煌和荣誉。虽然海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德声名远播，但对大多数英格兰人来说，这场胜利仍然是弗朗西斯·德雷克取得的。
在过去的二十多年中，历史学家试图给海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德正名。最近的评论很有说服力：“这是一场海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德领导的战争，他取得了胜利。”甚至有人认为，是海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德打败了西班牙无敌舰队，没有人能像他一样做得这么好。另一种观点对梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的勇气和领导能力给予了认可，但没有人认为他已经做到最好。然而，关于这场战争的争议依然存在，没有人能下定论。除非梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼切断了“皇家方舟”号和英格兰舰队之间的联系，否则很难说他的一个错误影响了整场战争的结局。关于梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼其他决策的正确性也存在争议，包括他在加来抛锚和决定返航等非常果断的决策。对逝者来说，他们能否从后人口中得到公正评价已经无关紧要。但对活着的人来说，公平正义不论何时到来，都十分重要。