英格兰舰队没有再次发动进攻。人们猜测，英格兰舰队之所以没有进攻，是因为对西班牙无敌舰队能在短时间内重整旗鼓感到惊愕。但英格兰舰队曾冲破了西班牙无敌舰队的阵形，现在也可以再次冲破。还有可能是因为英格兰指挥官发现大多数船上的弹药即将消耗殆尽，无法维持一个小时的激战，只能紧盯着西班牙无敌舰队，想办法解决弹药问题。事实上，不论是西班牙无敌舰队还是英格兰舰队，都无法再开一枪一炮，但双方并不知道对方面临的难题。
1588年8月8日夜晚，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德给弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士写信说：“我已经收到你的信。你想让我分一部分弹药给你，但我无法做到。我恳请你火速支援一些弹药给我。”当然，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德还需要粮食。他简短地描述了1588年8月8日的战事：“清晨，我们一路追击西班牙无敌舰队，直到晚上使西班牙无敌舰队陷入困境。但西班牙无敌舰队实力强大，我们对它的伤害微乎其微。”截至目前，这是英格兰舰队对西班牙无敌舰队比较保守的评价。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德并不认为战争马上会结束。
显然，弗朗西斯·德雷克对战局的描述比海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德的描述更加乐观，他说：“上帝帮助我们打赢了今天的战役。西班牙无敌舰队被逼到了背风向。我希望帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞和梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼近期不会会合。我相信，不论他们何时会合，都不会对今天的战事感到满意。”但在信的结尾，他加了一句，强调“无论西班牙无敌舰队在哪儿，我们都急需弹药和粮食”。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德和弗朗西斯·德雷克都没有预见到，他们无须与西班牙无敌舰队作战了。
事实上，西班牙无敌舰队也一头雾水。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼发现弹药已经耗尽，西班牙无敌舰队只能被动挨打了。西班牙的大部分船受创严重，开始漏水。船上没有索具，甲板上满是创伤，一些船损失惨重。其间，大型比斯开战船“玛丽亚·胡安”号孤立无缘，受到重创，但船上的大部分人安全撤离。最后，“玛丽亚·胡安”号沉没了。夜幕降临，“圣马特奥”号和“圣费利佩”号由于漏水严重，只能再坚持几个小时。船长命人调转船头，摇摇晃晃朝纽波特和奥斯坦德之间的河驶去，在那里搁浅。1588年8月9日清晨，“圣马特奥”号和“圣费利佩”号被拿骚的尤斯蒂努斯抢劫一空。1588年8月10日早上，迭戈·弗洛雷斯·德·瓦尔德斯的一艘武装商船绝望地落在后面，最后在英格兰舰队的视线中消失了。
1588年8月8日星期一夜晚的风势很猛，西班牙无敌舰队在英格兰舰队的追击下，在海上盲目地逃亡。1588年8月9日星期二早晨，西班牙无敌舰队遇到了更大的危险。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼一直在舰队后方护航。胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德率“圣胡安”号和阿朗索·马丁内斯·德·莱瓦的卡拉克帆船、忠诚的“圣马科斯”号、一艘加莱赛战船以及三艘残存的加莱桨帆船，与主力舰队的其他船之间隔着一定距离。英格兰舰队发起进攻后，西班牙无敌舰队后方的守卫发射了一枚加尔文长炮。风势渐缓，风向转为西北风，西班牙无敌舰队只能靠近海岸航行，无法赢得更多作战空间。令人恐惧的是，海洋的坡度发生变化，前方水域的颜色也变了。西班牙无敌舰队向港口驶去。按照目前的航线，在半小时内，西班牙无敌舰队就可以到达泽兰沙地。
战死沙场好过沉溺水底。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼重整后方舰队，派轻帆船传达命令，让前面的舰船停下来等待英格兰舰队，尽可能杀出一条路与他会合。一些舰船遵循了梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的命令。与此同时，西班牙军官和水手们商量，准备用剩下的小型武器迎战英格兰舰队。但英格兰舰队态度冷漠。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼不需要领航员告诉他其中原因。海风使西班牙无敌舰队的后方舰队驶向背风处，致使其无法在松软的沙地上抛锚。对西班牙无敌舰队的前方舰队来说，除了继续航行外别无选择。几分钟后，灾难发生。英格兰人亲眼看见了上帝如何毁灭西班牙无敌舰队。
西班牙无敌舰队遭重创
引航员建议梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼保持原来的航道，向海边靠拢。据“圣马丁”号的锁链测量，水深由七英寻缩短到六英寻，“圣马丁”号的吃水深度是五英寻。与此同时，后面的舰船也赶了上来。汹涌的波涛会将西班牙舰船击成碎片，比英格兰舰队的攻击还要凶猛。西班牙人感受到了死亡的气息。我们不知道西班牙人做了什么祈祷，发了什么誓言。就在他们准备迎接海浪冲击的时候，大风忽然停了。一位目击者欣喜若狂地说，指南针指向东南方向。按照梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的汇报，西风转为西南风，领航的船将西班牙无敌舰队带到了深水域。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼和船长们都认为，西班牙无敌舰队得到了上帝的帮助。
当然，西班牙国王腓力二世和梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼绝不能指望上帝的帮助。即使西班牙无敌舰队幸免于难，英格兰舰队也不会战败。胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德的讽刺表明，如果没有神明的介入，风暴过后的风向没有改变或风暴来得迟一点，那么战争的结局将截然不同。但胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德是一名经验丰富的水手，能有效利用天气因素。西班牙无敌舰队比任何舰队都幸运。
英格兰舰队的想法与西班牙无敌舰队类似。西班牙无敌舰队仓皇逃走使英格兰舰队十分沮丧，但弗朗西斯·德雷克的信心并没有动摇，迫切希望与西班牙无敌舰队决一死战。约翰·霍金斯、海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德和弗朗西斯·德雷克都在四处寻求弹药供给。同时，英格兰舰队“装模作样”地紧紧盯着西班牙无敌舰队，好像自己弹药充足。
1588年8月9日夜晚，双方舰队分别召开了战事会议。在“皇家方舟”号上召开的紧急会议十分简短。英格兰舰船大都完好无损，没有受到重创，唯一匮乏的就是弹药和食物。英格兰人希望马上得到食物和炮弹供给。然而，亨利·西摩勋爵准备将自己的舰船带回唐斯，监视帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞。他发表了愤怒的演说，称自己在格拉沃利讷战役中竭尽全力，现在有权在危急时刻做出决定。亨利·西摩勋爵想与西班牙无敌舰队决一死战，谴责海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德公然想要夺走他的所有荣誉。但海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德的态度十分坚决。如果帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞真的想横跨英吉利海峡，那么必须有人去阻止他。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德显然不相信尼德兰人。与此同时，拿骚的尤斯蒂努斯的“皇家方舟”号劫持了两艘西班牙加莱桨帆船，阻止了向敦刻尔克和纽波特进军的西班牙舰船。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德写道：“海上不会有尼德兰和泽兰的战舰。”他对盟友的了解远不如对西班牙人的了解。但并没有任何迹象表明他只在乎自己的荣耀，不顾英格兰的安全。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德固执地认为，自己的舰队必须停在西班牙无敌舰队和海岸之间。
“圣马丁”号上召开的战事会议持续了很长时间，进展缓慢。西班牙无敌舰队的所有一级战舰几乎都受到了重创，伤亡惨重，无法继续战斗。此外，由于炮弹紧缺，在接下来的战斗中，西班牙无敌舰队无望取胜。然而，西班牙战事会议一致认为，如果过几天风向改变，西班牙无敌舰队就可以反击英格兰舰队，占领英格兰的港口或重返英吉利海峡要地。显而易见，西班牙无敌舰队严重匮乏粮食和水，长途航行十分危险。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼固执地提醒船长们，只要有机会，就必须执行他的命令。任何结局都比战败返回西班牙好。然而，西班牙人不得不承认，如果接下来四天的风向一直不变，那么只有冲进挪威海，才有可能从英格兰西侧返回家乡。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼补充道，如果船长们不能采取任何行动，就要保证舰船的安全。尽可能保存西班牙无敌舰队的力量是梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的责任。
风向一直没有变，西班牙无敌舰队和英格兰舰队向北行进，经过了赫尔和伯威克。1588年8月12日星期五下午，在北纬56°，英格兰舰队返航，向福斯湾进军。令海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德感到满意的是，西班牙舰船上的粮食和水已经消耗殆尽，但西班牙人并未试图登陆。
梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼站在“圣马丁”号的甲板上，看到英格兰舰队驶进风中，越行越远。朴茨茅斯城外发生了一场噩梦般的战斗，很多人因此丧生，其中包括一位索环工、一位滑膛枪手和西班牙的绅士们。除了大腿上的伤口，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼几乎没有受伤。他偶尔会去吃点东西，睡一会觉，但大多数情况下都不怎么吃甲板上的食物，或吃得很少。很多个夜晚，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼倚在船尾的栏杆上。此刻，他依然倚在船尾的栏杆上，眼睁睁看着熟悉的风帆消失在西边。他只穿了紧身上衣和短斗篷，将自己的一件长斗篷送给了弗雷·伯纳多·德·贡戈拉，但弗雷·伯纳多·德·贡戈拉什么也没有给他带来。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的另一件斗篷送给了躺在船舱的一名受伤男孩。船舱里很冷。英格兰舰队最后一片风帆消失在了梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的视线中。他一直靠在船尾的栏杆上。有时，他会问自己，西班牙无敌舰队会为了胜利向前冲还是见到英格兰舰队后落荒而逃。此时，悬念已经揭晓，西班牙无敌舰队注定会失败。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼已经尽力，但没有取得任何好的结果。如果换成一个更有能力，经验更丰富的人，会有好的结果吗？弗朗西斯·德雷克曾说，他会让梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼回到圣玛丽亚港。1588年8月12日夜晚，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼到底希望去哪里，我们不得而知。