由于气候异常，准备不足，英格兰海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德也像西班牙海军总指挥梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼一样，忧心不已。1588年4月，英格兰舰队和雇佣船供给充足。然而，英格兰舰队没有进行系统规划，一次只分发一个月的配给，上个月的供给消耗完后，必须等到第二个月才能补充配给。在马盖特，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德无奈地写信给英格兰女王伊丽莎白一世道：“这个月的食物配给是从1588年4月20日到1588年5月18日……根据报告，西班牙舰队到达的时间很可能是1588年5月15日。到那时，我们只有三天的食物配给。如果陛下认为这样合适的话，就是我多虑了。”在信中，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德提到，在“女王陛下的父亲亨利八世”时代，舰队的供给安排更为妥善。
海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德虽然对历史的判断并不准确，但逻辑思维能力很强。在写给伯利勋爵威廉·塞西尔的信中，他说，即使处理问题的方法一成不变，现在也必须采取行动。然而，眼前的困难并不是因为伯利勋爵威廉·塞西尔和英格兰女王伊丽莎白一世没有好的想法，也不是弗朗西斯·德雷克猜测的一些处心积虑的谋臣们的叛国之举。问题的关键不是英格兰女王伊丽莎白一世过于吝啬，而是英格兰舰队缺少有效的管理机制和组织，无法为长达几个月的航行提供足够的食物和水。1588年，英格兰的海军力量空前强大，实力不输西班牙。但在物资供给方面，英格兰海军的经验没有西班牙海军丰富。大型舰队需要提前储备两三个月的食物，一旦舰队食物匮乏，就可以及时配给，而不是草率的一次性配给。
1588年春天，弗朗西斯·德雷克迫不及待地准备起航。他得到情报，在里斯本港，西班牙国王腓力二世有四五百艘船，船上有八万名水手和士兵。然而，凭借英格兰女王伊丽莎白一世的四艘盖伦帆船和一些轻帆船，以及部分伦敦商船，足以建立一支拥有五十艘船的舰队。弗朗西斯·德雷克准备在西班牙海域拦截西班牙舰队，让加的斯战役在里斯本重演。后来，他告诉一位意大利日记作者兼史学家，他打算封锁西班牙海岸，使西班牙舰队无法离开港口，更无法到达英格兰，然后将其一网打尽。他还告诉彼得鲁乔·乌巴尔迪尼，他将封锁和袭击西班牙沿岸的几个地方，激发英格兰士兵的勇气。如果远离英格兰海域作战，不仅能让英格兰更安全，还能阻止西班牙海军与帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞的陆军会合。弗朗西斯·德雷克信心十足地指挥着五十艘船。如果彼得鲁乔·乌巴尔迪尼的转述准确，就可以证明弗朗西斯·德雷克没有自夸，西班牙海岸确实对他的名字闻风丧胆。
弗朗西斯·德雷克依赖自己名字的威慑力，一直坚信只要英格兰舰队停泊在伊比利亚海岸，西班牙人就不敢进军英格兰。1588年的整个夏天，他一直在西班牙沿岸劫掠当地居民，和西班牙舰队捉迷藏。他打算一步步击败西班牙舰队。但西班牙舰队疲于应付，无力还击。
弗朗西斯·德雷克没有向彼得鲁乔·乌巴尔迪尼和盘托出自己的计划，也没有向英格兰女王伊丽莎白一世详细陈述计划细节。英格兰女王伊丽莎白一世准许他起航，并询问袭击里斯本的具体战略。弗朗西斯·德雷克回复说无可奉告。经历了加的斯战役后，在接下来的战役中，西班牙舰队一定会全力以赴。此外，西班牙舰队再次集结，实力更加强大。因此，目前有两件事困扰着弗朗西斯·德雷克：第一件是西班牙舰队的实力，第二件是“英格兰舰队在海上会有什么表现”。然而，弗朗西斯·德雷克如果没有向英格兰女王伊丽莎白一世详细汇报自己的计划，那么也许是他没有确切计划。他一向依赖运气和鼓舞士气作战，从未失败过。在信中，弗朗西斯·德雷克的自信展露无遗。他写道：“以我之见，女王陛下的舰队实力强大，足以对抗西班牙舰队。上帝会在海上和陆地上保佑女王陛下获胜。我一直坚信，面对女王陛下和正统的宗教力量，没有谁能与我们匹敌。但帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞实力大增，定会履行自己的承诺……”因此，在某些方面，弗朗西斯·德雷克和西班牙国王腓力二世有很多相似之处。
弗朗西斯·德雷克虽然没有详细的作战计划，但十分清楚自己可以掌控战争，也知道战争会在何时何地爆发。弗朗西斯·德雷克在同一封信中写道：“女王陛下，请您放心，只要我们有足够的供给留在里斯本港，在上帝的帮助下，离开里斯本后的战事……会占据各个方面的优势，这已经是成功的一半。但如果女王陛下命我率领已经到达里斯本港的舰队和后续舰队起航，我一定会做出最好的战略安排。”弗朗西斯·德雷克是海战天才，是热忱的宗教徒。作为天生的指挥官，他接着写道：“后续舰队为整支舰队带来了充足的补给……英格兰士兵远离家乡，这些补给会让他们安心。如果他们浴血奋战却得不到任何好处，就很难留住他们。”
写完信两天后，梅迪纳·西多尼亚在里斯本大教堂举行了神坛祭祀。但一个多月过去了，由于暴风，供给船队和后续舰队都没能及时到达。与此同时，西班牙舰队被困在塔霍河入口处。恶劣的天气使弗朗西斯·德雷克无法前往兰兹角和韦桑岛，但他依然率舰队竭力前往朴茨茅斯。在他面前，任何阻力都微不足道。弗朗西斯·德雷克认为，只要充分发挥人的潜力，就一定能取得成功。因此，他力排众议，率英格兰舰队立即前往西班牙海岸。他担心英格兰女王伊丽莎白一世会突然改变主意，命舰队返航。
弗朗西斯·德雷克通过什么方式说服了其他人，我们不得而知。约翰·霍金斯一直支持弗朗西斯·德雷克。英格兰海军委员会的大多数成员和高级指挥官们都与弗朗西斯·德雷克站在一起。起初，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德主张防御策略。但1588年5月，他接受了其他人的意见，像弗朗西斯·德雷克一样坚决主张起航。最终，英格兰女王伊丽莎白一世很不情愿地同意起航，因为她觉得在天时地利的优势下，只要英格兰舰队抵达西班牙海岸就成功了一半。
鉴于我们目前掌握的资料，有些疑问是可以理解的。弗朗西斯·德雷克犯了一个致命错误。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼下令，不论弗朗西斯·德雷克采取什么行动，西班牙舰队都必须毫不动摇地进军英格兰。弗朗西斯·德雷克如果执意前往西班牙海岸，利用自己的威名震慑西班牙人，那么很可能错过西班牙无敌舰队。此外，他对战争的判断似乎有误。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞准备起航，并认为英格兰舰队的每门炮配备了约三十枚炮弹。事实上，在还没有对西班牙无敌舰队造成实质性伤害前，英格兰舰队已经超计划使用了武器。在朴茨茅斯港，英格兰舰队需要纠正错误的估计。如果离开里斯本港，英格兰舰队可能会遇到大麻烦。英格兰舰队虽然运气不佳，但没有受到重创。此外，凭借一支只有五十艘船的舰队，弗朗西斯·德雷克根本无法阻挡西班牙无敌舰队。在海上，如果英格兰舰队与西班牙无敌舰队相遇，那么我们可以通过后来发生的事推断，弗朗西斯·德雷克即使发射所有炮弹，也无法阻止西班牙无敌舰队的集结。因此，他不得不在西班牙无敌舰队到达英格兰海峡前返航。英格兰舰队失败了，士兵们的士气跌落到了低谷，英格兰舰队和西班牙无敌舰队之间的平衡也被打破了。
1588年春天，英格兰和西班牙的海军专家都没有预见会发生什么。英格兰舰队和西班牙无敌舰队的武装力量空前绝后。直到航空母舰出现前，没有一次海战像英格兰和西班牙之间的海战一样，受到了这么多因素的影响。英格兰舰队没有在葡萄牙海岸挑起战争，而是在英吉利海峡迎战。弗朗西斯·德雷克认为，主要原因是糟糕的天气和供给未能及时送达。
弗朗西斯·德雷克的进攻策略并非无效。他用八艘皇家盖伦帆船和其他船组成了一支舰队。这支舰队是他独立指挥过的规模最大的舰队。英格兰女王伊丽莎白一世决定派出更多舰船，包括十四艘皇家加莱赛战船、武装商船和一些志愿参加战争的船，打算任命弗朗西斯·德雷克为英格兰舰队总指挥官。英格兰女王伊丽莎白一世也许很欣赏弗朗西斯·德雷克的海战能力。如果海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德负责此次行动，就不会做出海盗式的冒险行为。英格兰女王伊丽莎白一世可能认为，如果这场战争是一场冒险，那么不如冒最大的险。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德任命弗朗西斯·德雷克为英格兰舰队副指挥官，弗朗西斯·德雷克欣然接受。经过一个月的合作，两人之间不再有矛盾。后来，弗朗西斯·德雷克对彼得鲁乔·乌巴尔迪尼说，他对此次任命十分失望。
旧历1588年5月23日，即新历1588年6月2日，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德抵达朴茨茅斯港，随后举行了庆祝弗朗西斯·德雷克担任英格兰舰队副指挥官的仪式。与此同时，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼率西班牙无敌舰队离开里斯本港，驶向大海。在英格兰，几乎没有人知道西班牙无敌舰队已经起航。由于天气原因，与梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼一样，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德推迟了行程。供给迟迟未到，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德不得不更改命令。天气变得越来越糟糕，西班牙无敌舰队在暴风中失散。拉芒什海峡入口处偶尔会出现西班牙舰船。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德非常警惕，认为西班牙人可能会在爱尔兰西部与敦刻尔克之间发起进攻。因此，他一直犹豫不决，迟迟没有下达命令。英格兰女王伊丽莎白一世并不支持英格兰舰队进军西班牙。众所周知，此时，西班牙无敌舰队早已来到英格兰附近。
海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德与弗朗西斯·德雷克会合三个星期后，风暴将他困在了朴茨茅斯港。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德依然希望获得更多人手和食物，认为西班牙人想通过计谋拖延战期，使英格兰舰队无法制订行动计划，直到消耗完所有供给。一旦没有足够的食物，船员就会离开舰队。1588年6月2日，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼在写给西班牙国王腓力二世的信中，建议放弃入侵英格兰的计划。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德如果意识到，他的担心也是梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的担心，那么可能会感到些许安慰。在英格兰，除了一些负面谣言，没有人知道西班牙无敌舰队的具体情况。又过了三个星期，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德一直非常苦恼。英格兰女王伊丽莎白一世将海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德调到了无关紧要的地方，命他负责英格兰、苏格兰和爱尔兰的海上通道。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德愤怒地表示抗议，英格兰女王伊丽莎白一世指示中提到的地方根本不存在，而他必须驱逐韦桑岛或锡利群岛根本不存在的西班牙无敌舰队。他一直没有等到供给，感到十分气愤，因为供给关乎士兵的健康和舰队的士气。
突然，一切变得明朗起来。情报传来，西班牙无敌舰队由于风暴失散，现在在拉科鲁尼亚重新集结。伦敦传来消息，英格兰女王伊丽莎白一世认为，英格兰舰队可以在西班牙港口主动出击。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德、弗朗西斯·德雷克和约翰·霍金斯甚至没有完成装货，就马上分散行动，乘着凉爽的东北风驶向西班牙海岸。西班牙海岸停泊着西班牙无敌舰队，大大小小的武装舰船共有九十多艘。
1588年7月22日，英格兰舰队安全返回朴茨茅斯港。在比斯开湾、韦桑岛和拉科鲁尼亚岛之间，狂风呼啸着向南吹去。英格兰舰队顺风航行，西班牙无敌舰队逆风航行。西班牙无敌舰队要逆风前行，看到兰兹角的时候，英格兰舰队还没有绕过菲尼斯特雷角。西班牙无敌舰队别无选择，只能调转方向，在朴茨茅斯港抛锚。在拉科鲁尼亚港，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼认真分析着局势。
沿英格兰海岸航行的西班牙无敌舰队
停泊在朴茨茅斯的第二个星期，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德和弗朗西斯·德雷克遇到了曾经困扰西班牙无敌舰队的问题。英格兰女王伊丽莎白一世的船加入英格兰舰队后，虽然海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德非常高兴，但毫无疑问，约翰·霍金斯对此并不满意。英格兰女王伊丽莎白一世的船非常结实且不漏水。但过去的七个星期里，由于长期使用，一些船开始漏水，一些船需要新的桅杆和绳索，一些船供给不足，六个人只能吃四个人的配给，大多数船缺水。英格兰舰队在海上航行了很长时间，许多船员开始生病。现在，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德的首要任务是率领舰队靠岸，让发烧生病的船员登陆，在德文郡和附近村庄寻找新鲜食物。船员们没有时间清理舰船，只能尽快往船上装新鲜食物。据说，与此同时，西班牙人提出放弃进攻英格兰。英格兰舰队可能会放弃任务，首先是四艘最大的帆船，其次是英格兰女王伊丽莎白一世的船。但没有任何迹象表明，西班牙人放弃进攻英格兰会影响英格兰舰队在朴茨茅斯港的备战节奏。
1588年7月29日，即旧历1588年7月19日星期五，晚饭过后，三桅帆船“金鹿”号的船长托马斯·弗莱明接受任务，在英吉利海峡入海口巡航。随后，托马斯·弗莱明前来汇报，称西班牙的大批舰队已经到达锡利群岛，表面上看似乎遭遇了撞击，实际上是在等待后续舰队前来会合。据说，在朴茨茅斯港，托马斯·弗莱明汇报的时候，弗朗西斯·德雷克正在玩地滚球。当时，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德可能也在场。托马斯·弗莱明本来应该向英格兰舰队的总指挥汇报情况，而不是弗朗西斯·德雷克。但他遇到了弗朗西斯·德雷克的右翼舰队。这个故事中没有具体提到西班牙无敌舰队，主要描述了弗朗西斯·德雷克。听了托马斯·弗莱明的汇报后，弗朗西斯·德雷克举起并盯着手里的地滚球，慢悠悠地回答道：“时间还早，我先结束这一局，再去打败西班牙人。”
当然，西班牙无敌舰队最终发动了进攻。没有权威文献记载1588年7月29日发生的事件的具体细节。有关这起事件的最早记载出现在事发四十年后。四十年中，通过口口相传，这起事件的可信度已经无从考证。上述故事也许真的发生了。弗朗西斯·德雷克姿态傲慢，很有才能，喜欢用玩笑缓和紧张气氛。因此，即使海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德站在他身边，他也会说同样的话。最终，人们判断故事中的话确实是弗朗西斯·德雷克说的。他比其他人早一两秒钟意识到时间还早，并为此感到高兴。这确实符合弗朗西斯·德雷克的风格。
托马斯·弗莱明汇报情况的时间不可能是1588年7月29日下午3时。1588年7月29日上午9时，托马斯·弗莱明看到了西班牙无敌舰队。此时，他距弗朗西斯·德雷克只有九十海里。1588年7月29日下午3时左右，潮水开始涌进朴茨茅斯港，水位最高的时候会形成一股海流。西南风刮来，潮水涌动，没有人能离开朴茨茅斯港，事实上也没有人离开。英格兰女王伊丽莎白一世的加莱赛战船停在舰队最前面。直到1588年7月29日晚上10时，潮水依然没有退去。弗朗西斯·德雷克确实有时间打完一局地滚球。
西班牙无敌舰队袭击英格兰
西班牙无敌舰队采用了出其不意的战术。此时，西班牙无敌舰队占据了天时地利优势，已经成功一半。天气异常，英格兰舰队处在下风向。西班牙无敌舰队可以轻而易举地突袭英格兰舰队。托马斯·弗莱明的汇报非常及时。英格兰舰队排成一道作战屏风，在船长们的指挥下，根据天气调整航向和航速。虽然英格兰舰队做好了作战准备，但还有一些小型商船在卸载货物。海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德说道：“将我们带出西班牙海岸的南风帮助西班牙无敌舰队驶出了海港。希望上帝保佑我们调转航向。”从这句话中可以看出，面对当时的状况，海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德并不惊讶。如果他的战事委员会没有预测到局势的发展，就会让人感到奇怪。在海战中，预测战事的发展可以增强军队的信心。西班牙无敌舰队的行驶速度很快，士兵们作战英勇，但这些远远不够。在朴茨茅斯港，随着最后一个地滚球冲向千斤顶，海浪汹涌，西班牙无敌舰队很可能追上英格兰舰队。
夜幕降临，风力逐渐减弱，潮汐退去。英格兰舰队的盖伦帆船和装备精良的商船驶离朴茨茅斯港，前往雷姆岬抛锚。1588年7月30日清晨，风向转为西南。英格兰舰队的所有舰船使出海港，没有一艘船被西班牙无敌舰队捕获。五十四艘英格兰舰船驶向埃迪斯通。航行过程中，英格兰舰队的航海技术堪称壮举。但海军大臣埃芬厄姆勋爵查尔斯·霍华德用一句话否定了英格兰舰队的壮举。后来，再也没有人提起此次航行。两个月以来，英格兰舰队不断进入和离开朴茨茅斯港。如果再次看到西班牙无敌舰队，英格兰舰队一定不会返回朴茨茅斯港了。