西班牙海军总指挥圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞和参加过勒班陀战役、特塞拉岛战役等其他著名战役的指挥官，是入侵英格兰计划的西班牙军队指挥官。入侵英格兰计划一确定，西班牙国王腓力二世就任命圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞为海军总指挥。1588年2月9日，圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞在里斯本去世。后来，人们认为圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞是西班牙海军的领袖，是西班牙获胜的最大希望。现在，即使圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞活着，继续指挥西班牙海军，形势也与以往不同了。然而，在圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的努力下，西班牙无敌舰队准备就绪。西班牙国王腓力二世的一再敦促使圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞非常伤心。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞六十二岁时与世长辞。当时的西班牙编年史记载了很多关于他的传奇故事。
令人难以置信的是，1588年，由霍雷肖·纳尔逊率领的西班牙无敌舰队即使起航，也不一定取胜。事实证明，在里斯本，圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞因过度劳累去世。从他写给西班牙国王腓力二世的二十多封信中可以看出，他认为入侵英格兰的时机还不成熟，现在不能起航，但时机很快会降临。西班牙国王腓力二世回信中的用词并不严厉，但显得很不耐烦。现在，人们证实了传言。事实上，1587年冬天，西班牙国王腓力二世和圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞似乎互换了性格。西班牙国王腓力二世曾经写道：“英格兰是一个伟大的王国，是时候改变局势了。”他继续写道：“成功主要取决于速度。一定要快！”圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞曾提出主动出击，反对拖延时间和防御战略。现在，他的观点发生了变化。他认为草率起航会使西班牙沿岸失去防御力量，投入一场没有做好准备的战役是不明智的。
圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的建议无法打动西班牙国王腓力二世。1587年9月，圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞从亚速尔群岛返回。西班牙国王腓力二世下令，那不勒斯的加莱桨船队和安达卢西亚的运粮船队加入西班牙舰队后，圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞就可以率领舰队前往马盖特角和泰晤士河入口处，进军英格兰。速度和秘密行动是作战的重要因素。冬天出海虽然很危险，但在上帝的保佑下，西班牙舰队定会顺风顺水。在亚速尔群岛，西班牙舰队遭受了损失。因此，西班牙国王腓力二世同意推迟几个星期起航。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞得到命令后，在港口重整舰队，将起航时间推迟了一个星期左右。1587年12月，虽然西班牙舰队的船不足三十五艘，但西班牙国王腓力二世依然坚持立即起航，不管舰队是否由圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞指挥。在横跨英吉利海峡的地方，帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞率领的陆军得到了西班牙海军的援助。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞被迫答应起航。与此同时，英格兰军队整装待发。在英吉利海峡，英格兰舰队力量强大。于是，西班牙国王腓力二世同意推迟起航时间，因为三十五搜船确实远远不够。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞希望继续壮大西班牙的海军力量。但西班牙国王腓力二世规定，西班牙舰队不能晚于1588年2月15日起航。随着起航日期的临近，西班牙国王腓力二世派丰特斯伯爵佩德罗·恩里克斯·德·阿塞维多前往里斯本，敦促圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞按照计划起航。
西班牙国王腓力二世改变了主意。他一直非常谨慎，经常说“时间是时间，我是我”。他还喜欢说“利用时间”“等待时机成熟”。1588年，面对情况紧急时，他像一个即将离世的人一样，一直在催促。他并不确定帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞是否已经准备就绪，命圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞率舰队起航，并命帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞立即横渡英吉利海峡，不必等待圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的舰队。每次询问行军情况时，西班牙国王腓力二世都非常烦恼，认为除非无计可施，否则不能有任何延误。他一直是一名虔诚的天主教徒。但后来，他认为一切困难和危险都是上帝的旨意，行事不必过于小心谨慎。他不是一个以自我为中心或独断专行的人，从未提过自己坎坷的命运，只提到过肩负的重要职责。然而，只要认定一件事，他就会勇往向前，决不退缩。与历史上的君主或伟人一样，西班牙国王腓力二世盲目自信，坚持自己的想法，不喜欢听别人的意见。
佩德罗·恩里克斯·德·阿塞维多
（152—610）
虽然圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞一再承诺几个星期内率舰队起航，在信函中，西班牙国王腓力二世强烈反对他的建议，并怀疑他在故意拖延时间。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞无须向西班牙国王腓力二世保证自己为上帝而战，但经历了土耳其的多次战役后，他过于自信。他坚信如果有五十艘盖伦帆船，就可以打败英格兰舰队。目前，他只有十三艘战船，其中一艘船十分破旧，木头朽烂，很可能不能下海。此外，他希望获得一百艘装备齐全、食物储备充足的船，以及四十艘霍尔克船、六艘盖伦帆船、四十艘加莱桨帆船和一百四十到一百六十艘各类小船。然而，事实上，截至1588年1月，他只有十三艘加莱赛战船、四艘加莱赛战船、六七十艘其他船，以及在波罗的海到亚得里亚海之间的海域租赁或征用的船，其中一些船漏水严重，一些船破损不堪。船上的水手十分笨拙，动作缓慢。最好的战船是吉普斯夸的奥肯多战船，但船员很少，武器配备不足。整支舰队的小舰艇数量不到所需数量的一半。
然而，圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞认为，起航时机已经到来。他积极备战，命人将食物和弹药装上船，并命监狱的警员和医务人员在里斯本集合。所有商船停泊在里斯本港，船员严重不足，只能让监狱的警员和医务人员充当船员。起航前一个星期，圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞在睡梦中与世长辞。
西班牙国王腓力二世很快找到了接替圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的人。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞去世的消息一传到马德里，西班牙国王腓力二世就立即公布了三天前准备好的命令。他任命梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼接任西班牙海军总指挥。
1587年，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼及时支援加的斯的民兵组织，以防加的斯受到弗朗西斯·德雷克的突袭。迄今为止，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼支援加的斯也许是为西班牙王室效力最显著的一次。他一直以贵族身份维持着安达卢西亚的和平，亲眼见证了镇压英格兰人、法兰西人和巴巴里海盗的骚乱，并负责招募新兵，将各种供给物资运到里斯本。总之，他一直认真履行自己的职责，妥善处理了所有事务。这些事实也许对西班牙国王腓力二世挑选海军总指挥有一定影响。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼性格温和，和蔼可亲，没有勃勃野心，不会与帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞产生争执。帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞既不骄傲也不固执，更不会咄咄逼人。因此，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼很适合做帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞的下属。西班牙国王腓力二世也许认为，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼履历清白，是虔诚的天主教徒，更重要的是，他是古斯曼·艾布耶诺家族的首领，卡斯蒂尔资格最老、声誉最好的贵族。没有人认为梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼不适合担任西班牙海军总指挥。大家都仰慕他的为人，服从他的指挥。
阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼
（155—615）
从画像和信函中可以得知，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼中等身材，骨骼较小，嘴角、前额和眼睛显露出深思熟虑的神情。他敏感多虑，神情胆怯，但也不是没有智慧和魅力。肖像上的梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼神情忧虑。这幅肖像绘制的三年前，他遇到了人生最大的挫折。因此，从肖像上的他看上去不像一个幸运的人。
从梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼写给西班牙国王腓力二世的秘书的信中，我们对他有了更全面的了解。接到任命后，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼不相信西班牙国王腓力二世会任命他为海军总指挥。信的内容如下：
我的身体状况不适合海上航行。我经验不足，在海上经常感染风寒。我们家族的债务高达九十万达克特，无法为国王分担财政压力。我没有海上作战经验，无法承担重大作战任务。我对圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞一无所知，也不像他那样熟悉英格兰的情况，因此，我认为自己不能担此重任。如果盲目应从，一定会依赖他人的意见，无法辨别是非。甚至有人会想取代我成为总指挥。尊贵的卡斯提尔的行政长官比我更适合这个职位。他有丰富的海上作战经验，并且是非常虔诚的基督徒。
与征服墨西哥和秘鲁不同，西班牙虽然威慑整个欧洲，但有时也会受到嘲笑。这是诚实的自我评价，体现出敢于暴露真相的勇气。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的信真诚坦率。西班牙贵族不会自我贬低，也不会在身居要职时自毁形象。后来，西班牙国王腓力二世再次施压。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼接受了任命。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼并不是对西班牙国王腓力二世不忠诚，也不是没有勇气承担重任。西班牙国王腓力二世祈祷上帝会帮助梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼克服弱点，改正缺点。随后，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼告别了桑卢卡尔的家人，直奔里斯本。
抵达里斯本后，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼发现里斯本混乱不堪。一个星期以来，他一直在处理圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的葬礼和西班牙舰队的枪支、供给等事务。船员们集合起来，随时准备出发。无论如何，不能在岸上耽搁时间了。船上的大多数士兵和水手没有钱、武器，也没有合适的衣服。一些船员甚至没有食物。有些船吃水很深，非常不安全；有些船漂浮在水面上，吃水很浅。通过野蛮的争夺，船长们得到了自己想要的东西，尤其是军械。一些船上的武器很多，但没有足够的放置空间；一些船上几乎没有武器。盖伦帆船的甲板上摆放着一些新的铜制大炮。一艘与轻帆船差不多大的比斯开战船得到了一门半加农炮。有的船上有炮，但没有炮弹；有的船上有射击孔，但没有火炮。西班牙海军总指挥圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞离世后，整支舰队人心惶惶。很多军官虽然看到了问题所在，但没有能力处理问题。
梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼首先要解决的问题是理顺局面。出于对西班牙国王腓力二世的忠诚，他试图阻止圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的私人秘书带走所有文件，包括战略计划、各类汇报和关于管理舰队的各种文件。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的私人秘书的做法是合法的，因为所有文件属于圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的私人财产，都是他的个人信函。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼没有过问，西班牙国王腓力二世也没有下令留下文件。但梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼非常想了解圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的想法。
梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼逐渐理顺了局面。迭戈·弗洛雷斯·德·瓦尔德斯是一位聪明、有志向的军官，曾经参加过加的斯战役，后来得到了梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的赏识和信赖。迭戈·弗洛雷斯·德·瓦尔德斯和马罗林·德·胡安都是经验丰富的海军军官，也是西班牙国王腓力二世极力推荐的人。阿朗索·德·塞斯佩德斯认为，想要指挥炮兵部队，需要借鉴印度射击学。阿朗索·德·塞斯佩德斯有三位得力的分队指挥官，分别是佩德罗·德·瓦尔德斯、米格尔·德·奥肯多和胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德。他们组成了战争议事会。随着对梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼越来越了解，他们开始喜欢并尊重梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼也经常听取他们的意见，遵从他们的判断，态度十分和蔼可亲，与圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞粗鲁的咆哮截然不同。一时间，整支舰队通力合作，比圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞担任总指挥时更团结一致。
有了三位得力的分队指挥官，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼开始检查舰队。显然，他对发现的一些问题感到震惊，在给西班牙国王腓力二世的信中，他的言辞既透彻明白，又显得小心谨慎。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼对圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞留下的麻烦只字未提。他也许认为，在疾病缠身、面对重重困难的时候，圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞已经将局面处理得很好了。然而，西班牙国王腓力二世对里斯本的混乱局面十分不满。与此同时，舰队需要保留多支分队，整个冬天都要处在备战状态，并等待其他力量的加入，以充实军力薄弱的分队和战船。英格兰舰队的遣散系统很完备。西班牙国王腓力二世依然很烦躁。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼并没有像圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞一样劝说西班牙国王腓力二世。
米格尔·德·奥肯多
（153—588）
梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的首要任务是重新分配枪炮和货物。频繁出现的意外令人十分不愉快，但大家都认为枪炮是最重要的。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞以前的属下也有同样的想法。据说，西班牙人非常珍视枪炮，认为冰冷的钢铁是海战胜利的必需品。他们认为，既然硝石是从地下挖出来的，那么只要有了大炮，就可以上战场。但军事专家们不这么认为。在大西洋海域的大多数战争中，舰船都是单独行动，目的是拦截敌船，然后登上敌船。地中海加莱桨帆船参与的战争就是如此，根据局势选择战略或同时采用两种战略直接进行肉搏战。但如果要控制海上的战舰，就必须拥有重型枪炮。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的副将们曾经抱怨没有足够的枪炮或枪炮威力太小。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞将副将们的抱怨告诉了西班牙国王腓力二世。当然，加莱赛战船必须配备重型武器。战争议事会非常理解这一点，要求西班牙国王腓力二世提供更多资金。西班牙国王腓力二世明白道理，于是拨了一些钱。
按照要求，马德里的兵工厂承诺在1587年12月15日前，为西班牙舰队提供三十六门铜制大炮、加农炮、半加农炮、长重炮和半长重炮。里斯本承诺提供三十门大炮。六七十门大炮从国外运往西班牙港口，但都比较小，大多是铁制的大炮。炮弹只有六磅、四磅、两磅重。很多铜制大炮从意大利途经神圣罗马帝国汉萨港运到西班牙港口。制造枪炮不是一件容易的事。铸造大型铜制大炮的工序和雕刻一尊像本努韦托·切利尼的《珀尔修斯》雕像一样复杂。但能铸造大炮的工匠非常少。此外，威力大的大炮非常昂贵，尤其是能远程射击的长程火炮，需要大量铁和一定重量的炮弹球。因此，即使有足够的钱，铸造大炮也会受到很多限制。我们不知道枪炮是如何运到里斯本的，但过程一定很艰难。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞去世后，枪炮才运到，大家对此非常失望。枪炮是圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞想尽办法得到的。现在，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼需要将武器分配下去。他开始思考如何弄到更多武器，以便替换小型武器，进攻英格兰舰队。军官们向梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼汇报说，舰队的武器装备比例已经大幅提高。毋庸置疑，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼找到了更多武器。1588年5月，西班牙舰队打算起航。与1588年2月的武器装备相比，现在的武器装备充足了很多。然而，武器数量依然没有达到梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼和其他军官的期望。最好的战船配备了威力最大的武器。令人担忧的是，迎战英格兰舰队的第一排战船缺少远程射击大炮。
与此同时，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼舰队为战船数量引发了激烈争吵，尤其是战舰数量。在梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的一再要求下，西班牙国王腓力二世最终同意停止“守卫西印度群岛的盖伦帆船”的常规任务，派其加入进攻英格兰的舰队。1588年3月底，迭戈·弗洛雷斯·德·瓦尔德斯将加的斯港的船调集过来，包括八艘装备精良的盖伦帆船，其中七艘船的规模完全一样，每艘船的排水量高达四百吨。七艘盖伦帆船的规模比“复仇”号小，但和“无畏”舰差不多大。剩下的一艘盖伦帆船的规模只有其他船的一半，但依然适合在前线作战。
葡萄牙加莱赛战船的种类比斯卡蒂尔的帆船多。葡萄牙海军曾经是仅次于英格兰海军的武装力量，有时甚至会超过英格兰海军。1580年，阿维什王朝灭亡。数年前，阿维什家族对葡萄牙海军的资金投入越来越少。特赛拉岛战役后，葡萄牙曾修补了舰船。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞从亚速尔群岛追击弗朗西斯·德雷克未果，只能率领十二艘葡萄牙加莱赛战船返回。后来，十二艘葡萄牙加莱赛战船留在了欧洲海域。其中一艘船正在返回葡萄牙的途中。另一艘船经过1587年11月的风暴后，开始漏水，到达岸边时已经完全散架。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼发现剩下的十艘船中，几艘船需要大修，其中一艘船又小又旧，船体的木头朽烂，几乎不能航行，无法参加战斗。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼不得不将这艘船留在港口装载重炮。
幸运的是，圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞高瞻远瞩，找到了让葡萄牙战船恢复往日辉煌的其他办法。在葡萄牙加莱赛战船中，“弗洛伦西亚”号是西班牙无敌舰队中威力最强的战舰。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞曾经打算将“弗洛伦西亚”号作为黎凡特的旗舰。托斯卡纳大公弗朗西斯科一世为了修补“弗洛伦西亚”号，从西班牙国王腓力二世手中借钱。“弗洛伦西亚”号是托斯卡纳大公弗朗西斯科一世最珍爱的船。托斯卡纳大公弗朗西斯科一世非常不愿意派“弗洛伦西亚”号加入西班牙的远征。
“弗洛伦西亚”号意外落入了圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞手中。攻陷安特卫普和包围斯凯尔特河的战役导致欧洲香料市场陷入混乱。暴乱期间，安特卫普成为欧洲贸易中心。1585年，辣椒、大蒜、肉豆蔻干皮、桂肉等货物被堆到了里斯本的仓库。托斯卡纳大公弗朗西斯科一世不明白的是，佛罗伦萨为什么不能成为香料交易中心？自己为什么不能从中受益？通过外交问询，他发现英格兰东印度公司和葡萄牙的议会行事谨慎。在西班牙国王腓力二世的支持和鼓励下，他与西班牙达成了有关香料价格和支付的条款。达成交易后，他派新建的盖伦帆船运回香料。因为香料价值昂贵，所以只有派与“圣弗朗西斯科”号一样的大船运输，才能抵御巴巴里海盗。
弗朗西斯科一世
（154—587）
乘“圣弗朗西斯科”号到达里斯本港的时候，巴尔托利船长遇到了大型商业贸易常常遇到的问题。西班牙国王腓力二世的代理商还没有做好运送香料的准备。经过一番讨价还价后，托斯卡纳大公弗朗西斯科一世骄傲地向西班牙驻里斯本的海军总指挥展示了自己的船。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞对“圣弗朗西斯科”号上的货物产生了浓厚兴趣。他夸赞“圣弗朗西斯科”号干净整洁、线条流畅、结构结实，尤其是船上的五十二门铜制大炮。他承认“圣弗朗西斯科”号上的武器比自己船上的武器威力更大。总之，“圣弗朗西斯科”号是圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞见过的装备最精良的船。不论谁指挥“圣弗朗西斯科”号，都会非常愉快。几个星期后，其他西班牙船长为“圣弗朗西斯科”号发生了争吵。
时间一点点流逝，巴尔托利船长一直没有看到香料，开始起了疑心。于是，他给托斯卡纳大公弗朗西斯科一世写了一封信，决定放弃此次香料生意。托斯卡纳大公弗朗西斯科一世命巴尔托利船长将“圣弗朗西斯科”号船驶回利沃纳，因为他急需使用“圣弗朗西斯科”号。香料生意失败后，得到圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的许可，巴尔托利船长立即起航。随后，圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞下令，如果托斯卡纳大公弗朗西斯科一世的船进入航道，就想办法让他的船沉入大海。1586年11月，在马德里，巴尔托利船长的主要任务是让“圣弗朗西斯科”号离开里斯本。
当做好准备追击弗朗西斯·德雷克的时候，圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞决定派加斯帕尔·达·苏萨率领一支精锐的葡萄牙步兵登上“圣弗朗西斯科”号。圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞命巴尔托利船长遵照加斯帕尔·达·苏萨的命令，和葡萄牙帆船队一起出发，以免遇到英格兰舰队。“圣弗朗西斯科”号在亚速尔群岛附近航行，是船队中唯一一艘没有漏水、没有丢失翼梁的船。巴尔托利船长在写给圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞的信中，难掩骄傲之情。西班牙舰队不会让“圣弗朗西斯科”号离开西班牙。托斯卡纳大公弗朗西斯科一世去世前一直命令“圣弗朗西斯科”号返航。托斯卡纳大公弗朗西斯科一世的继承者斐迪南一世在前往英格兰的路上，一直尝试收回“圣弗朗西斯科”号。
西班牙人将“弗洛伦西亚”号改名为“圣弗朗西斯科”号，将其加入西印度群岛的西班牙卫戍舰队。因此，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼拥有了二十艘盖伦帆船。除了弹药，西班牙舰队的整体配备可以与英格兰最精良的舰队匹敌。二十艘盖伦帆船与那不勒斯的四艘加莱赛战船和卡斯蒂尔的大型加莱赛战船组成了西班牙无敌舰队的先锋舰队。第二排舰队由四十艘武装商船组成。虽然其中少数船的武力与英格兰第二排舰队的商船武力相当，但其他船的规模都比英格兰的船大。英格兰女王伊丽莎白一世最大的船是“胜利”号和“白熊”号。1588年2月以来，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼得到了大部分印度卫戍舰，其中包括威尼斯卡拉克帆船、一艘来自意大利或热那亚的船，以及来自比斯开湾各港口的六七艘船和一些商船。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼还得到了一些大船和霍尔克船。1588年2月，西班牙舰队的战船数量翻了一倍。1588年4月月底，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼拥有一百三十多艘船，其中包括各种大船和小船。西班牙舰队做好了起航准备。
斐迪南一世
（154—609）
在争论西班牙无敌舰队战船数量的时候，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼想到了增强舰队实力的其他办法。他打算尽量用里斯本当季的木头替换受损的船体和木头朽烂的船，更换裂纹梁。一些加莱赛战船和很多商船都有高耸的艏楼和艉楼。然而，西班牙和葡萄牙的加莱赛战船上没有高耸的艏楼，只有相对低矮的艉楼和舱壁。这些船虽然航行速度快，更能适应天气变化，但打仗的时候，大多数西班牙船长喜欢高耸的艏楼。在战斗中，艏楼可以掩护士兵。一些英格兰船长们，譬如马丁·弗罗比舍，也喜欢高耸的艏楼。因此，他接管里斯本的西班牙舰队后，命木匠们对没有艏楼的船进行改造。
梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼延迟了起航日期。西班牙舰队由此获益良多。1588年3月月初，头盔、胸甲、长枪、短枪、滑膛枪、火绳枪等武器非常短缺。直到1588年4月月底，武器才达到计划数量。弹药数量也增加了几倍，几乎所有弹药都是质量上乘的“火药粉”。最重要的是，加农炮的弹药供给也增加了，每门大炮可以发射五十枚炮弹。虽然炮弹数量依然不够，但与圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞最初计划的每门大炮发射三十枚炮弹相比，炮弹数量增加了很多。
然而，在某种程度上，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼的不懈努力并没有改变西班牙舰队的状况，也无法阻止西班牙舰队的衰退趋势。西班牙舰队存在很多人力不能解决的问题。每星期，里斯本港的船员们都在消耗下个星期的食物。因此，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼必须想办法补充供给。西班牙舰队预计1587年10月起航。但1587年6月，装在桶里的肉、鱼和饼干已经不能食用。最糟糕的是人员消耗。虽然瘟疫并没有蔓延到整支舰队，但死亡率不断上升，导致每星期的经费开支不断增加。由于饮食不洁、衣衫不足、工资拖欠等问题，每星期都有士兵和水手离开西班牙舰队。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼想办法找到了一些钱，但离开的士兵和水手数量依然在增加，1587年12月达到了最高，1588年3月和1588年4月有所减少。表面上，很多农民加入了西班牙舰队。1587年11月，圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞抱怨找不到训练有素的水手。人员流失越来越严重。训练有素的炮手十分稀缺。这个问题一直困扰着圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞。但与弹药不足，尤其是枪炮不足相比，炮手稀缺并不算什么。
马丁·弗罗比舍
（153—594）
然而，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼不论有多少疑虑，都深知不能忽视西班牙国王腓力二世的敦促。此外，他无力弥补现存的不足。1588年4月25日，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼前往里斯本大教堂，祈求得到远征祝福，并宣布即将起航。此次航海具有神圣意义。参加航海仪式的每个人都承认这一点。梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼严禁士兵和水手们亵渎神明，犯下不可饶恕的罪行，并命人搜查了所有舰船，确保船上没有女人。与此同时，他庄严地步入里斯本大教堂，同行的有奥地利大公艾伯特三世。里斯本的大主教也祝福此次远征。他将神坛上的军旗拿起来，转交给多米尼亚的市长。然后，梅迪纳·西多尼亚公爵阿朗索·佩雷斯·德·古斯曼亲自将军旗放在神坛上，表示自己愿意为此次航海献出生命。军旗放在士兵和水手的前面。教士诵读了教皇赦令，赦免参与航海的人的所有罪恶。这是一面神圣的军旗，一面是基督在十字架受难的图，一面是圣母玛丽亚。军旗下方有一行赞美诗：“主啊，请守住您的伟业！”
里斯本大教堂
起航仪式非常庄重且令人感动，教皇从派往里斯本的代表那里得到了关于当时盛况的报告，十分赞赏西班牙国王腓力二世为远征所做的一切准备。相比英格兰人，西班牙人更尊敬教皇西克斯图斯五世。西克斯图斯五世继任罗马教皇后，开始敦促西班牙国王腓力二世出征英格兰。但当西班牙国王腓力二世向他借钱的时候，他会立即拒绝。然而，西克斯图斯五世的意图绝不是让西班牙国王腓力二世侵略英格兰。他拒绝为任何侵略行为提供便利，并向奥利瓦雷斯伯爵恩里克·德·古兹曼承诺说，只要西班牙军队踏上英格兰的国土，就不会借给西班牙一分钱，但在出征前，会无条件地借给西班牙国王腓力二世一百万达克特。然而，西班牙舰队起航的时候，西班牙国王腓力二世会向境内的教士收取特别赋税。无论如何，他都会这样做。不论西班牙国王腓力二世认为教皇西克斯图斯五世的祝福和赦令多么重要，都不会得到教皇西克斯图斯五世的一分钱。显然，教皇西克斯图斯五世认为，只要西班牙国王腓力二世进攻英格兰，他就有机会从中获益。
为了获得收益，教皇西克斯图斯五世不仅特意提醒驻马德里的罗马教廷大使，还派使者以处理教会事物为由前往里斯本。举行军旗仪式的前几天，教皇西克斯图斯五世对红衣主教蒙塔尔托说了一段令人深思的话。他们的谈话非常私密。
后来，教皇西克斯图斯五世直言不讳地问西班牙久经沙场的军官胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德：“在英吉利海峡，如果西班牙无敌舰队遇到英格兰舰队，你认为谁会赢得战争？”
胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德回答道：“当然是我们。”
教皇西克斯图斯五世问：“为什么这么确定呢？”
胡安·马丁内斯·德·雷卡尔德说：“这个问题非常简单。众所周知，我们是为上帝而战。因此，当我们遇到英格兰人，上帝会安排一切。我们会拦截并登上英格兰的船。上帝也许会制造异常天气，甚至让英格兰人失去智慧。我们如果能靠近英格兰人，就会凭借勇敢和武力取得胜利。英格兰的船比我们的船快，舰船数量和远距离发射的枪炮也比我们多。我们深知英格兰人的优势。因此，除非上帝用奇迹帮助我们，否则我们不会获胜。但这些都不是问题。英格兰人可能会用大炮将我们的船击成碎片，我们却不能对他们造成任何伤害。然而，我们千里迢迢远征英格兰，充满信心，因为我们期待发生奇迹。”