然而，在埃斯科里亚尔圣洛伦索修道院宫殿的深处，西班牙国王腓力二世正思考着苏格兰女王玛丽的死造成的影响。在格林尼治的王宫，弗朗西斯·德雷克比西班牙国王腓力二世更坚信上帝的旨意。在西班牙国王腓力二世之前，他就知道上帝想要通过战争解决问题。弗朗西斯·德雷克的父亲埃德蒙·德雷克是德文郡的神父。从父亲那里，弗朗西斯·德雷克了解了自己与生俱来的使命。如同西班牙国王腓力二世遵从神圣的罗马教皇的教诲一样，弗朗西斯·德雷克谨遵父亲的教诲。西班牙国王腓力二世和弗朗西斯·德雷克的气质、性格虽然截然不同，但有一点很相像，即他们对自己的信仰非常坚定虔诚，从未动摇。
在埃德蒙·德雷克的教导下，弗朗西斯·德雷克明白了清教徒的基本信仰。世间的一切都由上帝的意志决定，上帝希望彻底毁灭罗马主教及其从事的事业。因此，上帝对罗马教廷的态度十分坚决，一个明显的标志是：人类永远和上帝在一起，人类是上帝的选民。弗朗西斯·德雷克从未动摇过自己的信念。于是，他发动了对西班牙的战争，并使战争达到了高潮，打破了人们的偶像崇拜，就像《旧约》里的英雄一样。
然而，弗朗西斯·德雷克向西班牙开战是出于公共或宗教责任，源于心底对天主教深深的不满。1568年，年轻的弗朗西斯·德雷克和表兄约翰·霍金斯来到圣胡安-德乌卢阿港。随后，战争爆发。武装起来的英格兰商船停泊在驻扎着西班牙驻防舰队的港口，局势十分危急。战争结束后，弗朗西斯·德雷克乘漏水的小船回到了朴茨茅斯的家。这艘小船是战争中唯一幸存的船。约翰·霍金斯乘另一艘船艰难地回到了家，并在战争结束后说：“我们十分痛苦，但在战斗打响的那天晚上，‘朱迪斯’号抛弃了我们。”约翰·霍金斯没有指责自己的属下，但他也许担心人们会说他因为害怕西班牙人，所以放弃了自己的船。弗朗西斯·德雷克摸了摸口袋，发现自己筹到的所有钱已经都花在此次航行上了，口袋已经空空如也。
约翰·霍金斯
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圣胡安-德乌卢阿战役
1588年，弗朗西斯·德雷克开始偿还之前航行欠下的债款，同时赢回自己的声誉。不光彩地返回朴茨茅斯后，十八年来，他也曾衣锦还乡。第一次衣锦还乡是在1573年8月的一个星期天。当时，弗朗西斯·德雷克和一群来自德文郡的伙伴截获了一艘西班牙护卫舰，从农布雷·德·迪奥斯带回了金银财宝。最令人振奋的是1580年秋天，弗朗西斯·德雷克绕雷姆岬周游世界，从太平洋海域带回了黄金、珠宝、香料和丝绸等。此次航海的所有股东都会分得高达百分之四千七百的红利，其中一部分是给船长和英格兰女王伊丽莎白一世的。近来，弗朗西斯·德雷克又带回一支强大的军队，并在伊比利亚半岛的港口公然挑衅西班牙国王腓力二世，在西印度群岛打败了西班牙商船。伦敦商人认为，弗朗西斯·德雷克的此次航行是一次失败的航行，因为他损失了近一半财富。对此，西班牙人或许会感到些许安慰。1586年，秘鲁和墨西哥的白银从未成功穿越大西洋，塞维利亚人濒临破产，西班牙的银行家们开始恐慌。
英格兰女王伊丽莎白一世虽然将王室的船借给了弗朗西斯·德雷克，并从中获利，但她表示对弗朗西斯·德雷克的计划毫不知情，也对他的行为不负任何责任。因此，在西班牙人眼中，弗朗西斯·德雷克是一个海盗。弗朗西斯·德雷克自称在与西班牙国王作战。他不止一次地公开表示对西班牙国王腓力二世的蔑视。对他来说，他和西班牙之间的战争是从圣胡安-德乌卢阿战役开始的。不打败西班牙，他绝不会罢休，至少要击溃西班牙舰队，就像他的船“朱迪斯”号受到重创后，船员们狼狈逃回朴茨茅斯港那样。
弗朗西斯·德雷克只是一名骑士，却独自对天主教世界的国王发起了挑战，充分体现了伟大的骑士精神。16世纪的现实生活中，有人取笑弗朗西斯·德雷克像唐·吉诃德一样疯狂。弗朗西斯·德雷克从未承认自己的疯狂，也许是源于他无可救药的自信。更令人震惊的是，整个欧洲都认同弗朗西斯·德雷克的想法。饶舌者、小册子作家，甚至各国政客和外交大使都在讨论西班牙和英格兰之间的海战，称其为西班牙国王腓力二世和弗朗西斯·德雷克之间的个人决斗。1581年，神圣罗马帝国和斯堪的纳维亚的新教君主，以及胡格诺派的领主们和西班牙的其他敌人，开始四处传播弗朗西斯·德雷克的画像。不久，人们都熟悉了弗朗西斯·德雷克。弗朗西斯·德雷克身材健壮，肩膀宽阔，精力旺盛，显得咄咄逼人，而且面色红润，蓝色的眼睛大而明亮，目光中透露出坚定不移，胡须是棕色的。随后，英格兰和西班牙共同掌握了英吉利海峡。德意志人、法兰西人、西班牙人和意大利人都在做战事记录，好像英格兰的舰队是弗朗西斯·德雷克船队的扩大版一样。他们写道：“星期日，发现了弗朗西斯·德雷克。”“弗朗西斯·德雷克的舰船击毁了很多船……他也损失了很多船……离开了怀特岛……弗朗西斯·德雷克来到了加来……弗朗西斯·德雷克被打败了……弗朗西斯·德雷克胜利了。”这些记录让人觉得英格兰女王伊丽莎白一世的舰队没有其他将领，只有弗朗西斯·德雷克，甚至这支舰队根本不是英格兰女王伊丽莎白一世的舰队一样。间谍和作家们写道：“弗朗西斯·德雷克正在壮大自己的力量……弗朗西斯·德雷克的计划是做舰队的拦截板……弗朗西斯·德雷克会突然造访巴西。”英格兰女王伊丽莎白一世舰队的所有行动好像都由弗朗西斯·德雷克指挥。
弗朗西斯·德雷克往返于伦敦和格林尼治的王宫之间。他先从格林尼治到格雷夫森德，然后再到伦敦。他由衷希望民间流传的所有故事都是真的，也很乐意听听水手的意见。他能嗅到南方吹来的风，从朋友那里了解到西班牙正在积极备战。他的朋友是英格兰女王伊丽莎白一世的秘书弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士。通过加勒比海战役中的突袭，弗朗西斯·德雷克知道了如何阻止西班牙备战。与此同时，他个人的战争已经升级成为国家之间的战争。如果他能立即发动猛烈突袭，西班牙的无敌舰队就会在起航前宣告失败。英格兰舰队受到英格兰女王伊丽莎白一世的统治，没有女王的命令，舰队不得航行。弗朗西斯·德雷克对此懊恼不已。1587年3月逐渐过去了，弗朗西斯·德雷克还在等待英格兰女王伊丽莎白一世的命令。英格兰女王伊丽莎白一世曾经一天召见了弗朗西斯·德雷克九次。但几个星期过去了，弗朗西斯·德雷克一直没有见到英格兰女王伊丽莎白一世。
弗朗西斯·德雷克的传记解释了英格兰女王伊丽莎白一世生气的原因，因为他在西印度群岛航海失败，没有带回金银财宝。毫无疑问，英格兰女王伊丽莎白一世对他很失望。很多事情都需要英格兰女王伊丽莎白一世自掏腰包。1586年冬天，英格兰女王伊丽莎白一世希望弗朗西斯·德雷克突袭加勒比海，如果幸运的话，还能带回满船的财宝。与此同时，英格兰女王伊丽莎白一世的侍臣认为，女王不想听弗朗西斯·德雷克的解释，因为她现在最关心的是苏格兰女王玛丽的命运，对处决苏格兰女王玛丽一事忧心如焚。因此，她根本不想过问其他事。
也许在一定程度上，上面的两种解释都有道理。苏格兰女王玛丽被处死后的一个月里，英格兰女王伊丽莎白一世一直处在深深的悲痛中，面对大臣时喜怒无常，态度急躁，根本没有心情管其他事。此时，法兰西人显得很平静。英格兰女王伊丽莎白一世流露出的悲伤之情给法兰西人留下了深刻印象，在一定程度上阻止了西班牙与法兰西，或西班牙与苏格兰之间的联盟，同时推迟了英格兰舰队对西班牙无敌舰队的突袭。1587年2月下旬和1587年3月，英格兰女王伊丽莎白一世情绪好转。在1587年1月，通过委婉的方式，英格兰女王伊丽莎白一世曾授权沃尔特·罗利手上的一名西班牙囚犯，将相关提案交给西班牙国王腓力二世。与此同时，与英格兰女王伊丽莎白一世议政的大臣有多少，我们不得而知，但英格兰女王伊丽莎白一世一直谨慎地与帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞谈判。如果福瑟陵格的斧子没有落下，面对动荡的局势，英格兰女王伊丽莎白一世一定会尽力维持之前的局面。
沃尔特·罗利
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同时，不容忽视的是，英格兰受到西班牙三方面的威胁。
首先，第一个威胁是尼德兰。帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞的军队驻扎在佛兰德斯海岸。英格兰女王伊丽莎白一世需要尼德兰的支持，尼德兰也需要英格兰的支持。英格兰女王伊丽莎白一世认为，尼德兰统治者傲慢且小气。迄今为止，英格兰的远征军遇到了军事和财政方面的困难。但无论如何，英格兰都会筹到钱维持海上舰队，使尼德兰安心，继而重建两国同盟。英格兰女王伊丽莎白一世虽然很生气，但依然要在苏格兰女王玛丽死后的一个月里，处理好所有事。
其次，英格兰女王伊丽莎白一世必须抽时间考虑来自法兰西的威胁。法王亨利三世也许是个可悲的失败者，但他在外交上取得了胜利。所有人都认为他是一位不可信赖的国王。伯纳迪诺·德·门多萨和西班牙国王腓力二世认为，法王亨利三世可能会在西班牙无敌舰队起航时，选择与英格兰和纳瓦拉联手。与此同时，爱德华·斯塔福德爵士和弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士，甚至英格兰女王伊丽莎白一世也害怕法王亨利三世会加入西班牙和吉斯公爵亨利一世的阵营。英格兰和西班牙一致认为，对待法王亨利三世必须使用武力。西班牙主要依赖天主教联盟。英格兰女王伊丽莎白一世的议政大臣主张用神圣罗马帝国的清教徒军队加强胡格诺派的力量。英格兰女王伊丽莎白一世非常希望说服德意志为了宗教而不是金钱而战。但她自己对此并没有把握。她叹息着同意给德意志人五万英镑的补贴。当补贴金额涨到十万英镑时，英格兰女王伊丽莎白一世有些害怕，但没有退缩。同时，她还要竭尽全力为一文不名的纳瓦拉国王挤出一点钱。弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士为新教事业奋斗的热情并没有使英格兰女王伊丽莎白一世感到安慰。英格兰女王伊丽莎白一世意识到，面对当前的危局，她应该设法让法兰西忙于内政。
第三，英格兰面临的最大威胁来自西班牙，必须时刻提防西班牙的海上侵袭。对此，英格兰已经做好海战准备。16世纪战争间隙期，没有人会让战舰一直保持备战状态。幸运的是，由于约翰·霍金斯，英格兰女王伊丽莎白一世做好了充足的应战准备。英格兰有很多可以作战的船，一切已经准备就绪。即使一些船需要修理，成本也并不高。无论何时何地，英格兰舰队都有信心打败西班牙，但无论战争发生在西班牙沿岸还是在英吉利海峡，都会是一次可怕的冒险。弗朗西斯·德雷克认为自己的计划成本最低。他希望突袭西班牙海岸，将西班牙无敌舰队挡在西班牙海港内。英格兰女王伊丽莎白一世犹豫不决，不想主动挑衅西班牙国王腓力二世，也不想多花一分钱。她知道，弗朗西斯·德雷克一类的煽动者会让她卷入麻烦，给她带来危险。当然，如果西班牙无敌舰队推迟起航时间，甚至推迟一年，那么谁也无法预料结局。也许，可以使此次航海伪装成一次个人冒险，使女王与西班牙的和谈尚有回旋余地。
英格兰女王伊丽莎白一世干预了英格兰的作战计划。弗朗西斯·德雷克需要英格兰女王伊丽莎白一世为他配备四艘一等规格的盖伦帆船和两艘舰载艇。同时，他得到了授权，将会获得伦敦商船的支持。英格兰海军总指挥也提出派两艘加莱赛战船和一艘舰载艇加入弗朗西斯·德雷克的船队。在朴茨茅斯港，弗朗西斯·德雷克用自己的四艘船和其他船组成了一支小型巡航舰队。巡航舰队一般是有利可图的。因此，从某种意义上来说，弗朗西斯·德雷克的此次航行是一次平民组织的商业冒险，但他的目标是“破坏西班牙舰队的海上计划，阻止西班牙舰队在里斯本集结”。弗朗西斯·德雷克下达了命令，“在西班牙港口击毁了西班牙的战舰”。他是在执行英格兰女王伊丽莎白一世的命令。最后，弗朗西斯·德雷克对西班牙发动的个人战争演变成了英格兰与西班牙之间的战争。
如果航期延误，弗朗西斯·德雷克也许会遇到更多波折和变故。对此，他曾与弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士商量过。据弗朗西斯·德雷克的记录，他执行任务的时间是1587年3月15日，即旧历1587年3月25日。但伯纳迪诺·德·门多萨的间谍得知，弗朗西斯·德雷克准备通过英格兰女王伊丽莎白一世的军舰结束整场战争的时间比这一时间早几天。1587年3月18日，弗朗西斯·德雷克命令伦敦商船和英格兰女王伊丽莎白一世的舰船在格雷夫森德港起航，但他没有和船队一起出发。他也许打算留下来等待格林尼治王宫的问询。如果真的是这样，那么问询一定会是一场秘密召见。随后，弗朗西斯·德雷克和妻子迅速赶到了多佛。一艘舰载艇将他们送上了旗舰。弗朗西斯·德雷克下达了命令。1587年3月28日，他率领舰队来到了朴茨茅斯湾。
莱赛战船
在朴茨茅斯湾，弗朗西斯·德雷克只待了一个星期，全身心投入工作。随后，他看到了自己的四艘船，同时等待英格兰女王伊丽莎白一世的补给。他在匆忙执行任务的过程中，由于过于草率，导致朴茨茅斯的伦敦商船和英格兰王室的军舰供给严重不足，引发了一系列麻烦。朴茨茅斯谣言四起。弗朗西斯·德雷克默默执行任务的时候，谣言并没有消散。一些人谣传弗朗西斯·德雷克此次航海的目标不是西印度群岛和西属美洲大陆，尽管那里有贸易集市和富裕的种植园，还可以从敌船上掠夺银比索，使穷困的水手富裕起来。此外，他的目的地不是防守不严的巴西，也不是亚速尔群岛，而是加的斯和里斯本。很多人认为加的斯和里斯本堡垒群立，弗朗西斯·德雷克可能会用军舰和武器猛烈攻击这些堡垒。可以确定的是，弗朗西斯·德雷克最先公布的航海目的地是加的斯。弗朗西斯·德雷克的舰队即将离港的时候，消息传到了伯纳迪诺·德·门多萨耳中。弗朗西斯·德雷克怀疑有叛徒泄了密，因此，立即写信给英格兰的海军将领，认为此事严重威胁到了英格兰女王伊丽莎白一世的利益，应该严惩叛徒。同时，他安排好了值班表。看到英格兰王室的军舰和自己的四艘船，以及剩下的伦敦商船后，1587年4月1日，弗朗西斯·德雷克准备起航。
1587年4月2日清晨，在旗舰“伊丽莎白·博纳旺蒂尔”号上，弗朗西斯·德雷克开始给朋友弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士写告别信。他的信虽然句法蹩脚，但充满热情。他写道：“我们都感受到了舰队强大的凝聚力。感谢上帝，所有人众志成城，为了我们伟大而亲切的女王和王国，抵抗一切敌人。感谢上帝，在伟大的绅士威廉·伯勒船长、托马斯·芬纳船长和贝林厄姆船长的协助下，我才能谨慎、高效地执行任务。尊敬的先生，如果您看到我们的舰队已经起航，知道舰队上所有人万众一心，您一定会非常高兴。因此，请您放心，任何力量都无法摧毁我们的舰队……我向您保证，我们不会错过任何战机……”
随后，弗朗西斯·德雷克抱怨说：“在整个行动中，一些人不怀好意……一些人事不关己，高高挂起；一些人试图干预女王的决策。我向上帝发誓，我不会让他们得逞。”写信的时候，令弗朗西斯·德雷克感到苦恼的是，他无法确定身边谁是阴暗危险的敌人。不久，他确信威廉·伯勒船长是敌人之一。
正如弗朗西斯·德雷克在信中说的那样，也许主张和平的英格兰大臣中，如他和弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士的敌人，都不愿英格兰与西班牙交战。我们无法确定弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士是否提醒过弗朗西斯·德雷克，英格兰女王伊丽莎白一世也许会改变主意，限制对他的财政支持。弗朗西斯·德雷克一再强调速战速决，好像有人要求他速战速决一样。当然，他知道英格兰女王伊丽莎白一世和帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞之间的会谈有了进展。为了攻打西班牙海岸，英格兰女王伊丽莎白一世一定不会让会谈失败。不论发生什么，都不会改变弗朗西斯·德雷克的计划。弗朗西斯·德雷克得意洋洋地在信的结尾写道：“风向催促我立即行动。我们的舰队即将起航。无论是我们的舰队还是西班牙舰队，都生活在对上帝的敬畏中。无论在英格兰国内还是在国外，上帝都在帮助英格兰女王伊丽莎白一世陛下。赶快出发！登上‘伊丽莎白·博纳旺蒂尔’号！”
英格兰女王伊丽莎白一世改变了主意。使者立即出发前往朴茨茅斯，将英格兰女王伊丽莎白一世的新指示告诉了弗朗西斯·德雷克。英格兰女王伊丽莎白一世听说西班牙国王腓力二世希望双方调和矛盾，不愿意激化矛盾，因此，她要求弗朗西斯·德雷克：“暂时不要进入西班牙的任何港口或向西班牙的舰船开炮，也不要在西班牙的领地内做出任何敌对行为。你和舰队依然要竭尽全力，尽量避免流血牺牲，更不要妄想占领西班牙国王或其臣民的船只和领地。”无论弗朗西斯·德雷克和其他好战的英格兰人的理由多么充分，英格兰女王伊丽莎白一世的目的都很明确，不会向西班牙宣战。
当然，如果弗朗西斯·德雷克收到并服从英格兰女王伊丽莎白一世的指示，那么战争结果可能会截然不同。然而，关于弗朗西斯·德雷克的多部传记显示，他并没有收到英格兰女王伊丽莎白一世的指示。其中一本传记记载，1587年4月19日，英格兰枢密大臣秘密签署了撤销命令的指示，并派人将指示送往朴茨茅斯。1587年4月19日，伯纳迪诺·德·门多萨在巴黎得到消息，弗朗西斯·德雷克已经率舰队起航。奇怪的是，关于弗朗西斯·德雷克的起航是否影响了格林尼治王宫的决议一事，没有任何记载。使者带着英格兰女王伊丽莎白一世的指示，乘舰载艇追赶弗朗西斯·德雷克的时候，弗朗西斯·德雷克已经出发九天。弗朗西斯·德雷克根本不需要躲避使者的追赶。他率舰队离开菲尼斯特雷角的几天前，暴风雨将使者的舰载艇吹回了英吉利海峡。使者的舰载艇在英吉利海峡上漂流，截获一艘葡萄牙商船，这表明追赶弗朗西斯·德雷克并非紧急的任务。
一位著名的历史学家评论说，新的指示“极具英格兰女王伊丽莎白一世的特点”。当然，他想表达的是，他不主张女性参与男性主导的事件。对此，英格兰女王伊丽莎白一世的很多枢密大臣深有同感。然而，越考虑新的指示一事，越能感受到英格兰女王伊丽莎白一世的行事风格。此事蒙着一层神秘的面纱，是一个蓄谋已久的阴谋。新指示中的言辞模棱两可，让人难以捉摸，而且仅仅是关于财政安排的。英格兰女王伊丽莎白一世直言不讳，特别强调了战利品的份额，也许这份指示是她亲自写的。最终，无论是否是故意而为，大多数人都认为是有意为之。面对两个完全相左的命令，弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士在写给爱德华·斯塔福德爵士的信中说，英格兰女王伊丽莎白一世禁止弗朗西斯·德雷克进入西班牙的任何港口。爱德华·斯塔福德爵士是否会将此事告诉伯纳迪诺·德·门多萨呢？伯利勋爵威廉·塞西尔可能会以名誉向帕尔玛公爵亚历山大·法尔内塞的代表德·卢保证，英格兰女王伊丽莎白一世已经下达命令，禁止弗朗西斯·德雷克对西班牙采取任何挑衅行为。弗朗西斯·德雷克如果既不服从命令，也无法澄清自己，就会受到严厉的惩罚。事实证明，西班牙和英格兰还没有开战，尼德兰会谈将继续进行。与此同时，弗朗西斯·德雷克擅自阻止西班牙舰队集结。英格兰女王伊丽莎白一世认为，弗朗西斯·德雷克比任何人都清楚战争的结局。